Biz mikro besin bioavailability ve ciro karasal sistemlerinde katkıda bulunan siderophore olası çevresel örneklerin hızlı tarama için bir iletişim kuralı mevcut.
Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliğiniz gereklidir. Giriş yapın veya ücretsiz denemenizi bugün başlatın.
Yöntem makalesi
Yüksek işlem hacmi Siderophore filtreleme dışında çevre örnekleri: bitki doku, toplu topraklar ve rizosferde topraklar
* These authors contributed equally
Bu makalede
Özet
Özet
Siderophores (düşük moleküler ağırlığı metal bileşikleri Şelat) demir (Fe) biyojeokimyasal topraklarda patojen rekabet, bitki büyüme promosyon ve çapraz-Krallık sinyal Bisiklete binme üzerinden arasında değişen çeşitli ekolojik fenomen önemlidir. Ayrıca, siderophores da bioleaching ve bioweathering metal taşıyıcı mineral ve madenler ticari ilgi vardır. Kantitatif değerlendirilmesi siderophore üretim yapılan karmaşık bir hızlı, uygun maliyetli ve güçlü araç ekolojik etkileri de dahil olmak üzere, roman siderophore mikroplar üreten siderophore aktivitesinin önemli yönlerini tanımlayan anahtardır. Burada sunulan Yöntem inceliğini microbiome topluluklarda toprak veya bitki doku gibi çevre örnekleri siderophore etkinliğini değerlendirmek için geliştirilmiştir. Örnekleri homojenize ve (olmadan Fe) değiştirilmiş bir M9 ortamda seyreltilmiş ve zenginleştirme kültürler 3 gün boyunca inkübe. Siderophore üretim bir roman 96-şey Mikroplaka CAS (Krom azurol sülfonat) kullanarak 24, 48 ve 72 saat (s) örneklerinde değerlendirildi-Fe agar tahlil, siderophore değerlendirilmesi, geleneksel olarak ve zaman alıcı sıkıcı kolorimetrik yöntemi bir uyarlaması bireysel ekili mikrobiyal yalıtır üzerinde gerçekleştirilen aktivitedir. Biz Lewjain, Madsen ve PI561725 ve iç Pacific Northwest yaygın olarak yetiştirilen PI561727 de dahil olmak üzere 4 farklı genotip/satır buğday (Triticum soğanı L.), bizim yöntem uygulanır. Siderophore üretim açıkça genotip buğday ve bitki dokularında gözlenen belirli türleri tarafından etkilenebilir. Biz başarıyla bizim hızla bitki genotip etkisi siderophore üretim, karasal ve sucul ekosistemler önemli bir işlev için ekran için kullanılan yöntem. Biz birçok teknik çoğaltır, çok güvenilir istatistiksel farklar toprak ve bitki doku içinde verimli üretti. Önemlisi, sonuçlar önerilen yöntem hızla güvenilirlik, özellikleri ve işlevsel genleri belirlemek daha sonra iş için korunmuş gibi topluluklar sağlar bir şekilde yüksek derecesi ile karmaşık örnekleri üretimde siderophore incelemek için kullanılan gösterir.
Giriş
Siderophores önemli biomolecules öncelikle demir şelasyon bioavailability, ancak ek amaçlı olarak karasal ve sucul ekosistemler, mikrobiyal bitki-ana bilgisayarlara sinyal algılama mikrobiyal çekirdek arasında değişen geniş bir dizi daha yer vardır, bitki büyüme promosyon, işbirliği ve rekabet içinde karmaşık mikrobiyal topluluklar1,2. Siderophores genel olarak sınıflandırılabilir etkin sitelere ve yapısal özellikleri, göre dört temel türleri oluşturma: karboksilat, hydroxamate, catecholate ve karışık tip3,4. Birçok mikroorganizmalar siderophores
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Protokol
Not: Yer alan sitenin: Washington State Üniversitesi, bitki patoloji çiftlik (46 ° 46'38.0 "N 117 ° 04'57.4" W). Tohumlar mekanik bir çiftlik 19 Ekim 2017 üzerinde kullanarak ekili. Her buğday genotip kök sistemi örtüşen önlemek için headrows içinde yaklaşık 1 metre arayla yerleştirilmişti. Bitki ve toprak örnekleri 9 Ağustos 2018, ne zaman bitkiler hasat için hazırdılar üzerinde toplanmıştır. Örnekleri üç dört buğday genotip çoğaltır toplanan: PI561727, PI561725, Madsen, Lewjain.
1. değiştirilmiş M9 orta hazırlanması
- Kullanım Na2PO4∙7H2O (12,8 g/200 mL), KH2PO4 (0.3 g/200 mL)....
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Sonuçlar
Bir pyoverdine karışımı uzarlar Pseudomonas fluorescens tarafından standart olarak yorumlamak ve absorbans ölçmek için kullanılan (420, nm) açısından µM. pyoverdine eşdeğerleri örnekleri Şekil 1 absorbans (420 arasındaki ilişkiyi gösterir Nm) ve pyoverdine (günlük10 derişim µM olarak) konsantrasyon başlayarak. Çünkü pyoverdine ve R2 ile ulaşılabilir olduğundan sergilenen büyük absorbans ölçümleri yapıldı örnekleri (
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Tartışma
Bu eser birincil sonucu kantitatif siderophore üretim/etkinlik çevre örnek ölçme sırasında mikroplar üreten siderophore için hızla zenginleştirmek için kullanılabilir yeni bir metodoloji yapımıdır. Metodoloji hızlı, basit ve düşük maliyetlidir ve ne kadar karmaşık ve yeni örnek türleri aktivitesinden siderophore algılamak için kullanılabilir sonuçlar gösterir (e.g., toprak ve bitki dokusu). Protokol aynı zamanda sonuçlar gliserol stokları zenginleştirme kültürlerin üretiminde hangi kolayca zaman içinde mikrobiya.......
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Açıklamalar
Yazarlar hiçbir ifşa etmek çıkar çatışması var.
Teşekkürler
Yazarlar Kalyani Muhunthan Laboratuvar yordamları, Lee Opdahl genotip buğday hasat için Washington State Concord üzüm Araştırma Konseyi ve Washington State Üniversitesi Merkezi tarım sürdürülmesi için yardım için teşekkür etmek istiyorum ve Doğal kaynakların bir BIOAg için bu çalışmalarına destek vermek. Ek finansman USDA/NIFA kapağı projesi 1014527 yoluyla tarafından sağlandı.
....Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Malzemeler
| Ad | Şirket | Katalog numarası | Yorumlar |
|---|---|---|---|
| Agarose | Apex | LF451320014 | |
| Alüminyum Fırın Tepsisi | |||
| Alüminyum Folyo | |||
| Amonyum klorür, granül | Fiesher Scientific | 152315A | |
| Otoklav ve Sterilizatör | Thermo Scientific | ||
| Kalsiyum klorür dihidrat | Fiesher Scientific | 171428 | |
| CAS (Krom Azurol S) | Chem-Impex Int'l Inc) | 000331-27168 | |
| Dekstroz Monohidrat (glikoz), kristal toz | Fiesher Scientific | 1521754 | |
| EDTA, disodyum tuzu, dihidrat, Kristal | J.T.Baker | JI2476 | |
| Gliserol, | Susuz Baker Analiz Edildi | C22634 | |
| HDTMA (Setiltrimetilamonyum Bromür | Reaktif Dünyası | FZ0941 | |
| Hidroklorür asit | ACROS Organik | B0756767 | |
| Sonsuz M200 PRO plaka okuyucu | TECAN | ||
| Demir (III) klorür hekzahidrat, %99 | ACROS Organik | A0342179 | |
| Laboratuvarı Çeker ocak | Thermo Scientific | ||
| Laboratuvar İnkübatörü | VWR Scientific | ||
| Magnezyum Sülfat | Fiesher Scientific | 27855 | |
| Nirik Asit, (69-70)% | J.T.Baker | 72287 | |
| BORULAR tamponu, %98,5 | ACROS Organik | A0338723 | |
| Potasyum fosfat, dibaisc, toz | J.T.Baker | J48594 | |
| Pyoverdine | SIGMA-ALDRICH | 078M4094V | |
| Kum | |||
| SI-600R Çalkalayıcı | Laboratuvar Arkadaşı | ||
| Sodyum klorür, granül | Fiesher Scientific | 136539 | |
| Sodyum hidroksit, peletler | J.T.Baker | G48K53 | |
| Sodyum fosfat, dibazik heptahidrat, %99 | ACROS Organik | A0371705 |
Kaynaklar
- Butaite, E., Baumgartner, M., Wyder, S., Kummerli, R. Siderophore cheating and cheating resistance shape competition for iron in soil and freshwater Pseudomonas communities. Nature Communications. 8, (2017).
- Ghirardi, S., et al.
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Yeniden basım ve izinler
