İnsan Genomik ve Model Organizma Genetiği Bilgilerini Entegre Eden Web Tabanlı Bir Araç olan MARRVEL'de Gezinme

Julia Wang; Zhandong Liu; Hugo  J. Bellen; Shinya Yamamoto

doi:10.3791/59542

Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliğiniz gereklidir. Giriş yapın veya ücretsiz denemenizi bugün başlatın.

Yöntem makalesi

İnsan Genomik ve Model Organizma Genetiği Bilgilerini Entegre Eden Web Tabanlı Bir Araç olan MARRVEL'de Gezinme

9.1K görüntülenme

⸱

DOI:

10.3791/59542

⸱

15 Ağustos 2019

Julia Wang¹^,² , Zhandong Liu³^,⁴ , Hugo J. Bellen¹^,⁴^,⁵^,⁶^,⁷ , Shinya Yamamoto¹^,⁴^,⁵^,⁶

¹Program in Developmental Biology, Baylor College of Medicine, ²Medical Scientist Training Program, Baylor College of Medicine, ³Department of Pediatrics, Baylor College of Medicine, ⁴Jan and Dan Duncan Neurological Research Institute, Texas Children's Hospital, ⁵Department of Molecular and Human Genetics, Baylor College of Medicine, ⁶Department of Neuroscience, Baylor College of Medicine, ⁷Howard Hughes Medical Institute, Baylor College of Medicine

Bu makalede

Özet

Burada, birçok insan ve model organizma veritabanlarına verimli bir şekilde erişmek ve analiz etmek için bir protokol salıyoruz. Bu protokol, yeni nesil sıralama çalışmalarından tanımlanan hastalığa neden olan aday varyantları analiz etmek için MARRVEL kullanımını göstermektedir.

Özet

İnsan genetikçiler, bütün eksom/genom dizilimi sayesinde hastalık fenomenilerle ayrıştıran nadir varyantları tanımlarlar. Belirli bir varyantın patojenik olup olmadığını değerlendirmek için, ilgi geninin genetik bir hastalıkla bağlantılı olup olmadığını, belirli varyantın daha önce bildirilip bildirilmediğini ve model organizmada hangi işlevsel verilerin mevcut olduğunu belirlemek için birçok veritabanını sorgulamak gerekir. genin insandaki işlevi hakkında ipuçları verebilecek veritabanları. MARRVEL (Nadir Varyant Patlaması için Model organizma Toplu Kaynaklar) fare, fare, zebra balığı, meyve sineği, nematod solucanı, fizyon dahil olmak üzere yedi model organizmada insan genleri ve varyantları ve bunların ortolog genleri için tek noktadan oluşan bir veri toplama aracıdır. maya ve tomurcuklanan maya. Bu Protokol'de, MARRVEL'in ne için kullanılabileceğine genel bir bakış sunmaktayız ve bilinen bir hastalığa neden olan gende (VUS) bilinmeyen öneme (VUS) veya belirsiz öneme sahip bir genin (GUS) varyantının nasıl kullanılabileceğini değerlendirmek için farklı veri kümelerinin nasıl kullanılabileceğini tartışıyoruz. Patojenik. Bu protokol, bir kullanıcı geni ile başlayan ve ilgi nin bir varyantı olmayan birden fazla insan veritabanını aynı anda arayarak bir kullanıcıya rehberlik edecektir. Ayrıca OMIM, ExAC/gnomAD, ClinVar, Geno₂MP, DGV ve DECHIPHER'den gelen verilerin nasıl kullanılacağını tartışıyoruz. Ayrıca, her insan geni ile ilişkili model organizmalarda ortolog aday genlerinin, ifade kalıplarının ve GO terimlerinin bir listesini nasıl yorumlanacağımızı gösteriyoruz. Ayrıca, sağlanan değer protein yapısal etki alanı ek açıklamaları tartışmak ve ilgi bir varyant evrimsel olarak korunmuş etki alanı veya amino asit etkiler olup olmadığını değerlendirmek için birden fazla tür protein hizalama özelliği nasıl kullanılacağını açıklar. Son olarak, bu web sitesinin üç farklı kullanım durumlarını tartışacağız. MARRVEL, hem klinik hem de temel araştırmacılar için tasarlanmış kolay erişilebilir bir açık erişim web sitesidir ve fonksiyonel çalışmalar için deneyler tasarlamak için bir başlangıç noktası olarak hizmet vermektedir.

Giriş

Yeni nesil sıralama teknolojisinin kullanımı hem araştırma hem de klinikgenetik laboratuvarlarda genişlemektedir 1. Bütün eksozum (WES) ve tüm genom dizilemesi (WGS) analizleri, bilinen hastalığa neden olan genlerde bilinmeyen önemi (VUS) ve mendeli bir hastalıkla henüz ilişkili olan genlerdeki varyantları (GUS: belirsiz genler) ortaya koymaktadır. önemi). Klinik dizi raporunda gen lerin ve varyantların bir listesini sunan tıbbi genetikçiler, hangi varyantın hastada görülen belirli bir fenotipten sorumlu olabileceğini değerlendirmek için daha fazla bilgi edinmek için birden fazla çevrimiçi kaynağı el ile ziyaret etmelidir. . Bu süreç zaman alıc....