Bu protokolün amacı, anaerobik odacıklar kullanılmadan, özellikle b ve D gerinim tipleri üreten epsilon toksini olmak üzere, yerel olarak satın alınan gıdalarda farklı Clostridium perfringens toksinlerini tespit etmektir.
Yöntem makalesi
* These authors contributed equally
Bu protokolün amacı, anaerobik odacıklar kullanılmadan, özellikle b ve D gerinim tipleri üreten epsilon toksini olmak üzere, yerel olarak satın alınan gıdalarda farklı Clostridium perfringens toksinlerini tespit etmektir.
Clostridium perfringens (C. perfringens)üretken bir toksin üreticisidir ve çeşitli konaklarda çok çeşitli hastalıklara neden olur. C. perfringens beş farklı toksin genleri taşıma dayalı beş farklı toksin tipleri, A ile E, ayrılır. Bu çeşitli toksinotiplerin yaygınlığı ve dağılımı, özellikle Amerikan perakende gıda yaygınlığı, az çalışılmıştır. Bizi özellikle ilgilendiren tip B ve D suşları, epsilon toksin üretmek, son derece ölümcül toksin insanlarda multipl skleroz çevresel tetikleyici olduğu öne sürüldü. Çeşitli gıda örneklerinde farklı C. perfringens toxinotypes varlığını değerlendirmek için, biz seçici sadece üç culturing adımları içeren bir anaerobik konteyner sistemi kullanmadan bu bakterileri kültür için kolay bir yöntem geliştirdi. Gıda yerel bakkallardan satın alınır ve ortam koşullarında laboratuvara taşınır. Numuneler modifiye hızlı perfringens ortama (RPM) doğrlanır ve bir gecede 37 °C'de kapalı, hava geçirmez konik bir tüpiçinde kuluçkaya yatırılır. Gece kültürleri katı Triptose Sülfit Cycloserine bir alt tabaka üzerine aşılanmış (TSC) agar, ve sonra erimiş TSC agar bir üst tabaka ile kaplanmış, bir "sandviç", anaerobik bir ortam yaratmak. Agar plakaları bir gecede 37 °C'de kuluçkaya yatırılır ve daha sonra siyah, sülfit azaltıcı kolonilerin görünümü için değerlendirilir. C. perfringens-şüpheli koloniler steril göz damlalıkları kullanılarak TSC agar kaldırılır ve RPM içine aşılanmış ve hava geçirmez konik bir tüp içinde 37 °C'de bir gecede alt kültürlü. DNA RPM alt kültüründen çıkarılır ve polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yoluyla C. perfringens toksin genlerinin varlığı için analiz edilir. Örnekalınan gıdanın türüne bağlı olarak, numunelerin tipik olarak %15-20'si C. perfringensiçin pozitif test eder.
Clostridium perfringens (C. perfringens)bir Gram pozitif, anaerobik, spor oluşturan, çevrede her yerde bulunan çubuk şeklinde bakteridir. Bu bakteri türü 17 toksinüzerinde kodlayan genler taşır ve tarihsel olarak, dört farklı toksin geninin varlığına dayanan beş toksin (A-E) olarak karakterize edilmiştir: alfa, beta, epsilon ve iota toksin (Tablo 1)1. Son zamanlarda, bu yazım düzeni C. perfringens enterotoksin (CPE) ve NetB toksin, sırasıyla2liman F ve G, türleri içerecek şekilde genişletilmesi gerektiği ileri sürülmüştür . Ancak, bu entrika sistemi resmen kabul edilmeden önce daha fazla araştırma gereklidir. Alfa toksin geni kesinlikle kromozomal olarak bulunurken, CPE geni hem kromozomda hem de plazmidlerde bulunabilir. Buna karşılık, kalan toksinlerin genleri çeşitli farklı boyutlu plazmidler bulunur. Bu suşlar insanlarda multipl sklerozun (MS) tetiklemede rol oynadığı öne sürülen son derece güçlü, gözenek oluşturan bir toksin olan epsilon toksini ürettiği için C. perfringens tip B ve D'nin yaygınlığı ile özellikle ilgileniyoruz3 ,4,5,6,7. İnsanların bu suşlar tarafından nasıl enfekte veya kolonize hale olduğu bilinmemektedir. Olası bir açıklama kontamine gıda ürünlerinin tüketimi ile. Bu soruyu yanıtlamaya yardımcı olmak için, Amerikan gıda örneklerinde farklı C. perfringens toxinotypes yaygınlığını belirlemek için çalıştı.
Amerikan gıda örneklerinde C. perfringens toxinotypes varlığı az çalışılmıştır ve genellikle anaerobik konteyner sistemleri ve çok sayıda alt culturing adımları8,9,10,11 kullanımını gerektirir . Saflaştırılmış izole elde etmek için çok sayıda alt culturing adım gerekli olmasına rağmen, Bu yöntem zamanla plazmid kaybına yol açabilir12,13,14, muhtemelen plazmid kaynaklı toksin genlerinin tespitini etkileyen epsilon toksin geni de dahil olmak üzere. Biz anaerobik odaları, kavanoz veya çanta kullanmadan seçici kültür C. perfringens için, daha az alt culturing adımları ile kolay bir yöntem geliştirmeye çalıştı. Kısaca, gıda örnekleri Rapid Perfringens Media (RPM) gecede (ON) içine aşılanır, sonra "sandviç" TSC agar içine ve ON inkübe. C. perfringens olduğundan şüphelenilen koloniler daha sonra RPM'ye alt kültürlenir ve tekrar ON'a kuluçkaya yatırılır. DNA çıkarılır ve genotipi belirlemek için PCR yapılır (Şekil 1). Biz diğer daha standart medya15ile karşılaştırıldığında gıda numuneleri C. perfringens suşların kurtarma artırmak için gösterilmiştir olarak RPM kullanmayı seçti. Buna ek olarak, RPM başarıyla bir MS hasta dan tip B suşu üreten bir epsilon toksin izole etmek için kullanılmıştır4. Kolay DNA çıkarma sağlamak için orijinal sürüm yerine RPM değiştirilmiş bir sürümünü kullanın. Bu yöntem, numuneler içinde toksin genlerinin kolayca tanımlanmasını sağlarken, tek bir numunenin birden fazla C. perfringens toxinotype içermesi mümkündür. Yöntemimiz birden fazla saflaştırma turunun kullanılmasıyla saflaştırılmış suşları izole etmediğinden, bir örnekten birden fazla toxinotipin tanımlanması mümkün değildir. Ancak, standart arıtma teknikleri (genellikle TSC plakaları veya kan agar plakaları üzerine streaking) saflaştırılmış kültürleri elde etmek için protokolümüzün sonunda uygulanabilir.
NOT: C. perfringens bir biyogüvenlik tehlike düzeyi 2 (BSL2) organizma olarak kabul edilir. Tüm gıda örnekleri C. perfringensiçermese de, tüm kültürlü numuneler bu şekilde ele alınmalıdır. Tüm uygun önlemler ve personel koruyucu ekipman (PPE) her zaman giyilmelidir. Bertaraf edilmeden önce tüm malzemeyi dezenfekte edin.
1. Değiştirilmiş RPM4,15 hazırlayın
2. Örnek toplama ve RPM kuluçka
3. TSC "sandviç" kaplama
4. Sülfit azaltıcı kolonilerin alt culturing
5. DNA Çıkarma
6. PCR genotipleme yoluyla C. perfringens tespiti
Bu yöntemi kullanarak, örneklenmiş gıdalarımızın -20'si C. perfringenspozitif tir. Çoğu suş toksinotip A pozitif olmakla birlikte, gıda örneklerinde hem Tip B hem de D'yi başarıyla tespit ettik. Daha önce yayınlanmış bir makalede, New York perakende mağazalarından satın alınan toplam 216 gıda numunesini test ettik16 (Tablo 3). Bu örnekler arasında çeşitli et örnekleri (sığır eti, kuzu, domuz eti ve kuzu eti), kümes hayvanları örnekleri (tavuk ve hindi) ve deniz ürünleri örnekleri (morina, somon, kabuklu deniz ürünleri, snapper, pisi balığı, kalamar, tilapia, ton balığı ve diğer çeşitli balıklar) yer aldı. Ürün ve süt ürünleri de test edildi. 216 örnekte 34 () C. perfringensiçin pozitif ti. 34 C. pozitif numunelerin
Burada, sınırlı subculturing ve anaerobik oda sistemi kullanmadan perakende gıda örneklerinde C. perfringens yaygınlığını belirlemek için bir yöntem açıklıyoruz. Bu yöntem, gıda numunelerinden C. perfringens belirlenmesini artırmak için tekniklerin bir kombinasyonunu kullanır. RPM ortamının değiştirilmiş bir sürümünü kullanarak, C. perfringensseçici büyüme için izin verir. TSC agar katmanları arasında aşılanmış RPM sandviç olarak, tespit etmek ve C. perfringensanaerobik, sülfit azaltıcı bakteri karakteristik izole edebiliyoruz. C. perfringensvarlığını onaylamak için, sülfit azaltıcı koloniler taze RPM içine alt kültürlü. Modifiye edilmiş sürüm veya RPM, belirli toksin genlerinin PCR teyidini sağlayarak kültürlerden kolayca DNA çıkarmamızı sağlar. C. perfringens kontamine gıda örnekleri onayı üç gün içinde elde edilebilir.
İlk deneylerde, gıda örnekleri sadece RPM ve DNA ON kültürleri çıkarılan içine aşılanmış edildi. Bu yöntem, sınırlı sayıda örnekte (veriler gösterilmez) C. perfringens'in algılanmasıyla sonuçlandı. RPM C. perfringens büyüme için seçici olmasına rağmen, C. perfringens büyüme için özel değildir. Diğer, gram-pozitif, D-cycolserine dirençli bakteriler hala RPM büyüyebilir. Diğer bakteri türlerinin kontaminasyonunun, ilk ON RPM kültürümüzde PCR analizimizin hassasiyetini azaltarak C. perfringens suşlarının tespitini azaltmış olabileceğini varsaverdik. C. perfringens tespitini artırmada kritik bir adım TSC agar "sandviç" tekniğinin dahil edilmesioldu. Bu bize ayırt etmek ve anaerobik, sülfit azaltıcı koloniler, C. perfringens karakteristik seçmek için izin verdi. Bu süreçte önemli bir adım erimiş TSC agar üst tabakası 40 ° C olmasını sağlamaktır. Bazı C. perfringens suşları artan sıcaklıklarda büyüyebilir rağmen (46-48 °C)15,16, artan sıcaklıklarda erimiş agar eklenmesi büyük ölçüde kurtarılan kültürlerin miktarını azaltır, büyük olasılıkla hücre ölümü nedeniyle .
Bu yöntemiçin çeşitli olası sınırlamalar vardır. Daha önce de belirtildiği gibi, ne RPM ne de TSC agar seçer veya C. perfringens için sadece farklılaştırır, gıda örneklerinde mevcut diğer bakteri türlerinin büyümesine izin. Bu, yalnızca C. perfringens için seçmek için tsay duyarlılığını azaltabilir. Ancak, bu hemen hemen tüm kültür teknikleri ortak bir sınırlamadır. Saflaştırılmış izole lerin genotipleme onayı C. perfringens ve diğer bakteri türlerini kesin olarak tanımlamak için en iyi yöntemdir. Bu çalışmanın bir diğer sınırlaması da saflaştırılmış izolasyonları test etmememizdir. Bunu, plazmid kaybına neden olacak şekilde tekrarlanan subküle atma lardan korktuğu için, subküle etme miktarını sınırlamak için kasıtlı olarak yaptık. Saflığı izole etmediğimiz için, aynı örnek veya alt kültürde birden fazla C. perfringens toxinotypes'un bulunması mümkündür. Araştırmacılar saflaştırılmış izole elde etmek istiyorsanız, standart arıtma yöntemleri bu yöntemde açıklanan son RPM kültürü üzerinde kullanılabilir; bu genellikle anaerobik odaların kullanımını gerektirir. Başlangıçta C. perfringens gıda izole etmek için kullanılan rağmen, bu yöntem tanımlamak ve c. perfringens çok sayıda kaynaktan izole etmek için kullanılabilir. Özellikle, bu yöntemin bu tür bir uygulama daha iyi enfeksiyon kaynağını anlamak için C. perfringens ile enfekte olduğundan şüphelenilen insanlar (veya hayvanlar) dışkı örnekleri test etmek ve toxinotype bakteri.
Açıklama yok.
Bu araştırma kamu, ticari veya kar için olmayan sektörlerden herhangi bir özel fon almadı.
| Ad | Şirket | Katalog numarası | Yorumlar |
|---|---|---|---|
| D-Sikloserin | Sigma-Aldrich | C6880 | |
| Dekstroz | Sigma Yaşam Bilimleri | D9434-250G | |
| Tek Kullanımlık Transfer Pipetleri | herhangi bir marka | Thermo Scientific Tek Kullanımlık Transfer Pipetleri 137116M/EMD | |
| DNeasy Blood & Doku Kitleri | Qiagen | 69504 | Not: çok sayıda DNA ve plazmit ekstraksiyon kiti değerlendirildi, bu kit en çok arzu edilen sonuçları verdi. |
| Kuru İnkübatör | herhangi bir marka | ||
| Sıvı tiyoglikolat ortamı | Remel | R453452 | |
| Domuz derisinden elde edilen jelatin | Sigma Life Science | G1890-500G | |
| Bireysel Primerler | Invitrogen | ||
| Demir (II) sülfat heptahidrat | Sigma Life Science | F8633-250 G | |
| Tavuk yumurtası beyazından lizozim | Sigma-Aldrich | L6876 | DNA ekstraksiyonu için gereklidir, kit mikrosantrifüj tüpünde sağlanmaz, |
| herhangi bir marka | |||
| parafilm veya plastik sargı | herhangi bir marka | ||
| Pepton | Sigma-Aldrich | 70173-100G | |
| Perfringens Agar Tabanı (TSC + SFP) | Oxoid | CM0587 | TSC agarını talimatlara göre yapın |
| Potasyum fosfat dibazik | Sigma-Aldrich | P2222-100G | |
| Sodyum klorür | Sigma-Aldrich | S-7653 | |
| Steril Hücre Sıyırıcı | herhangi bir marka | ||
| Steril hücre Yayıcı | herhangi bir marka | ||
| Steril petri kapları | herhangi bir marka | ||
| Jel elektroforezi için malzeme ve ekipman | herhangi bir marka | ||
| masa üstü santrifüj | herhangi bir marka | ||
| Taq PCR Master Mix Kiti | Qiagen | 201443 | |
| PCR reaksiyonu için termodöngüleyici | herhangi bir marka | ||
| su banyosu | herhangi bir marka | ||
| Maya özü | Sigma-Aldrich | 70161-100G |