RESEARCH
Peer reviewed scientific video journal
Video encyclopedia of advanced research methods
Visualizing science through experiment videos
EDUCATION
Video textbooks for undergraduate courses
Visual demonstrations of key scientific experiments
BUSINESS
Video textbooks for business education
OTHERS
Interactive video based quizzes for formative assessments
Products
RESEARCH
JoVE Journal
Peer reviewed scientific video journal
JoVE Encyclopedia of Experiments
Video encyclopedia of advanced research methods
EDUCATION
JoVE Core
Video textbooks for undergraduates
JoVE Science Education
Visual demonstrations of key scientific experiments
JoVE Lab Manual
Videos of experiments for undergraduate lab courses
BUSINESS
JoVE Business
Video textbooks for business education
Solutions
Language
tr_TR
Menu
Menu
Menu
Menu
Research Article
Adrianna Kolberg1, Christiane Wenzel1, Thorsten Hugel1,3, Markus Gallei2, Bizan N. Balzer1,3
1Institute of Physical Chemistry,Albert-Ludwigs-Universität Freiburg, 2Chair in Polymer Chemistry,Saarland University, 3Cluster of Excellence livMatS at FIT - Freiburg Center for Interactive Materials and Bioinspired Technologies,University of Freiburg
Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.
Erratum Notice
Important: There has been an erratum issued for this article. View Erratum Notice
Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Prob moleküllerinin atomik kuvvet mikroskobuna kovalent bağlanması (AFM) kantilever uçları fiziksel özelliklerinin araştırılması için gerekli bir tekniktir. Bu bize yüksek tekrarlanabilirlik ile AFM tabanlı tek molekül kuvvet spektroskopisi ile polimerlerin germe kuvveti, desorpsiyon kuvveti ve uzunluğu belirlemenize olanak sağlar.
Atomik kuvvet mikroskobu (AFM) tabanlı tek molekül kuvvet spektroskopisi, tek bir polimer ve yüzeyler arasındaki etkileşimleri araştırmak için ideal bir araçtır. Gerçek bir tek molekül deneyi için, sonda molekülünün kovalent eki gereklidir, çünkü ancak o zaman bir ve aynı moleküle sahip yüzlerce kuvvet uzantısı izi elde edilebilir. Tek bir molekülün tek başına incelenmiş olduğunu kanıtlamak için birçok iz gereklidir. Ayrıca, pasifasyon tek prob molekülü ve AFM cantilever ucu yanı sıra AFM cantilever ucu ve altta yatan yüzey arasında istenmeyen etkileşimleri önlemek için çok önemlidir. Burada sunulan işlevselleştirme protokolü güvenilirdir ve çeşitli polimerlere kolayca uygulanabilir. Kuvvet uzatma izlerinde karakteristik tek molekül olayları (yani, esnemeler ve platolar) tespit edilir. Bu olaylardan germe kuvveti, desorpsiyon kuvveti ve desorpsiyon uzunluğu gibi fiziksel parametreler elde edilebilir. Bu, tek molekül düzeyinde uyarıcıduyarlı sistemlerin hassas bir şekilde araştırılması için özellikle önemlidir. Örnek sistemler olarak poli (etilen glikol) (PEG), poli(N-izopropilarilamid) (PNiPAM) ve polistiren (PS) sulu ortamda SiOx (PEG ve PNiPAM için) ve hidrofobik kendinden monte edilmiş monolayer yüzeylerden (PS için) gerilir ve desorbed edilir.
1980'lerde icadından bu yana,1,atomik kuvvet mikroskobu (AFM) sub-nanometre mekansal çözünürlük, alt pikonewton kuvvet çözünürlüğü ve çeşitli çözücü ve sıcaklıkkoşullarındaölçme imkanı 2 ,3,4,5,,6,7içeren doğa biliminin en önemli görüntüleme tekniklerinden biri haline gelmiştir .
Görüntüleme dışında8,9, AFM tek molekül kuvvet spektroskopisi gerçekleştirmek için kullanılır (SMFS) tek bir polimer ve yüzeyler arasındaki yapışkan etkileşimleri içine fikir veren, tek polimerlerin fiziksel özellikleri ve proteinlerin gelişen mekanizmaları7,10,11,12,13,14,15,16. Normal bir SMFS deneyinde, işlevselleştirilmiş kantilever ucu bir yüzeyle temas eder, böylece AFM'deki polimer bu yüzeye fizorbs uç. AFM kantilite ucunu yüzeyden geri çekerek, AFM kantilinin sapmasındaki bir değişiklik kuvvet uzatma eğrisine giden bir kuvvete dönüştürülür4. Germe kuvveti, desorpsiyon kuvveti ve desorpsiyon uzunluğu gibi fiziksel parametreler çekme hızı, yüzeyde çalışma süresi, yüzeye girinti derinliği, sıcaklık, çözücü17,,18 ve katı yüzeyler, polimer filmler veya desteklenen lipid bilayers19,20,21,22gibi farklı parametrelere bağlı olarak belirlenebilir. Ayrıca, bir polimer farklı mekansal yönlerde incelenmiş olabilir, böylece polimer sürtünme özellikleri araştırarak23,24,25,26.
Bu tür çalışmalar için araştırılan polimerin AFM kantilever ucuna kovalent bağlanması esastır. Böylece, bir AFM cantilever ucuna bağlı bir ve aynı polimer ile tek molekül olayların yüksek verim afm cantilever27,,28,değişen ek noktaları29 veya değişen polimerler (farklı kontur uzunlukları ile) nanobalıkçılık durumunda olduğu gibi kalibrasyon nedeniyle sonuçların herhangi bir önyargı önler30,31,32. Ayrıca, diğer polimerler ile etkileşimleri yanı sıra ortalama etkileri yaygın olarak önlenebilir18,28. AFM kantilever ucuna bir polimer kovalent eki için, kimyasal değişiklikler farklı uygulanabilir, birçoğu Hermanson tarafından kitapta özetlenebilir33. Amin ve tiyol bazlı bağlama reaksiyonları yanı sıra tıklama kimyaa afm cantilever uç fonksiyonelizasyonunda en sık kullanılan yöntemleri temsil34,35,36,37,38,39,40,41,42. Becke ve ark.40 nasıl 1-etil-3-(3-dimethylaminopropyl)karbodiimid (EDC)/NHS kimya sı bir AFM kantilever ucuna bir protein eklemek için nasıl kullanılacağını göstermektedir. Ancak, dedi fonksiyonel gruplar çapraz bağlantı eğilimindedir, böylece işlevsellik kaybına yol açan43,44. Ayrıca, karbodiimidesçözeltisi 43hızlı hidroliz eğilimi göstermektedir. Maleimid ve tiyol grupları genellikle daha kararlıdır ve çapraz bağlama reaksiyonları göstermezler. Sunulan protokol,35,39.
Burada, kontur uzunluğu veya hidrofobiklik gibi özelliklere bakılmaksızın çok sayıda farklı polimere kolayca ayarlanabilen güvenilir bir işlevselleştirme protokolü sunulmaktadır. Hidrofilik polietilen glikol (PEG) ve poli(N-izopropilerilrilamid) (PNiPAM) ve yüksek molar kütleli hidrofobik polistiren (PS) olmak üzere üç farklı polimer seçilmiştir. Uygun bir bağlayıcı molekülü ile kovalent bağlama yeteneği sağlamak için, üç polimerfonksiyonel son grup olarak teleşitik tiyol moiety sahip için seçildi. Bağlayıcı molekülün kendisi tipik olarak iki aktif siteli kısa bir PEG polimeri, bir ucunda bir silane grubu ve diğer ucunda bir maleimid grubudur. Eski AFM cantilever ucuna kovalent bir eki sağlar ve ikinci işlevselleştirilmiş yüksek molar kitle polimer tiyol grubu ile bağlayıcı bir reaksiyon. Ayrıca, inaktif PEG bağlayıcı molekülleri prob polimeri ve AFM cantilever ucu ile AFM kantilever ucu ile altta yatan yüzey arasında istenmeyen etkileşimleri önlemek için bir pasifasyon tabakası görevi görebilirsiniz.
NOT: Şematik bir bakış için Şekil 1'e bakın.
1. Reaktif kurulumu
NOT: Bu protokol için kullanılan polimerler şunlardır: maleimide-polietilen glikol-triethoxysilane (silane-PEG-mal, 5 kDa), tiyol-polietilen glikol-tiol (HS-PEG-SH, 35 kDa), thiol terminated poli(N-izopropylarilamid) (PNiPAM-SH, 637 kDa) ve tiyol sonlandırılmış polistiren (PS-SH, 1.3 mDa).
2. Ekipman Kurulumu
NOT: Paslanmaz çelik veya camdan yapılmış cımbız ve gagalar kullanın. Güvenli bir tutuş için ters cımbız kullanın (örn. düşük yay sabitine sahip model R3 SA).
3. İpucu işlevselleştirme
NOT: Organik buharların solunmasını önlemek için tüm adımlar duman kaputunda yapılmalıdır. Ayrıca eldiven, laboratuvar önlüğü ve göz koruması gerekmektedir. Kontaminasyonu önlemek için her adımda nitril veya lateks eldiven kullanın. Tolüen kullanırken solvente dayanıklı eldivenler takın. Aksi belirtilmedikçe tüm adımlar RT'de yapılır.
4. Yüzey hazırlama
5. Veri toplama
NOT: Burada gösterilen tüm ölçümler, sıcaklık değişimi için ısıtma ve soğutma numunesi aşaması kullanılarak Cypher ES AFM ile ultra saf suda gerçekleştirilmiştir. Genellikle, sıvılarda ölçme özelliği sağlayan tüm AfM'ler kullanılabilir.
6. Veri değerlendirmesi
NOT: Veri değerlendirmesi için, aşağıdaki adımları gerçekleştirmek için Igor Pro'ya dayalı özel olarak yazılmış bir yazılım kullanılmıştır.
Aşağıdaki örnekler, PEG, PNiPAM ve PS polimerlerinin tek molekül germe ve desorpsiyon sonuçlarını göstermektedir. Tüm AFM cantilever ipuçları yukarıda verilen protokol ile işlevselleştirilmiştir. PEG ve PNiPAM sıcaklık değişimi ile SiOx üzerinde ölçüldü. PEG ve PNiPAM için ortaya çıkan ısıya bağlı germe eğrilerinin4,27ayrıntılı bir tartışması için,51,39bkz.
Örnek 1: PEG ve PNiPAM'ın suda gerilmesi
Sudaki ısıya bağlı germe davranışı, bir ucunda ki AFM kantilucuya kovalent olarak bağlanan tek PNiPAM ve PEG polimerleri kullanılarak ölçüldü ve diğer ucunda ki SiOx yüzeyinde fizyonhaline verildi. Kalibrasyon ve temiz kontrol deneylerinden sonra (kuvvet uzatma eğrilerinin %2'sinden azı tek molekül lüzumlu olayları gösterir), her AFM kantili için en az iki kuvvet eşlemi kaydedildi. Isıya bağlı deney, her sıcaklıkta en az bir kuvvet haritası kaydedilerek gerçekleştirildi. Sadece birkaç germe olayı ortaya çıktığında, ilgili AFM kantili atılır ve çipin bir sonraki AFM kantili alınmıştır (genellikle MLCT-Bio-DC'nin C, B, D ve E sırasına göre). PEG'in örnek verileri için, ölçülen 500 kuvvet uzatma eğrisinin 95'inde () tek bir germe olayı gözlendi. PNiPAM için, 600 kuvvet uzatma eğrisinin 252'si germe deseni (B) gösterdi. Kuvvet uzatma eğrilerinin daha iyi karşılaştırılması için her sıcaklık için tek bir ana eğri oluşturuldu. Bu amaçla, konformasyonel dalgalanmalar ve çözücü etkileri ihmal edilebilir olan en az 500 pN'ye kadar germe olayı olan eğriler52olarak seçilmiştir. Dikkate alınan son esneme sayısı 278 K'da 3, PEG için 318 K'da 7 ve PEG için 318 K'da 4, 278 K'da 3, PNiPAM18için 318 K'da 3.
Ana eğrileri oluşturma yordamı Şekil 3'teverilmiştir. Seçilen kuvvet uzatma eğrileri(Şekil 3A) L0 (500 pN kuvvetinde uzatma) uzunluğuna yeniden ölçeklendirilir, bkz.B Yapışma tepe yüzey ve AFM cantilever ucu arasında spesifik olmayan yapışma büyük bir varyasyon gösterir, ancak polimer germe davranışı etkilemez. Yeniden ölçeklendirildikleri kuvvet uzatma eğrileri birleştirdikten sonra Şekil 3C'desunulduğu gibi bir binominal yumuşatma ile ortalama olarak belirlenir. Bunun için, Bir Gauss filtresi verileri Pascal üçgeninden türetilen normalleştirilmiş katsayılarla, 2053parametresine eşit bir düzeyde kıvrıklar. Son olarak, Şekil 3D'deverilen her sıcaklık için bir ana eğri elde edilir. Yakınlaştırma, kuvvet uzatma davranışı üzerindeki sıcaklık etkisinin en belirgin olduğu aralığı gösterir.
PEG (A) ve PNiPAM(B)sıcaklık davranışlarının karşılaştırılması Şekil 4'tebulunabilir. PEG için artan sıcaklıkile germe kuvvetinde azalma gözlenmiştir. Sıcaklığı 278'den 318 K'ye çıkarken 100 pN'de yeniden ölçeklenen uzatmanın yaklaşık %5'inde bir artış gözlendi. PNiPAM için, zıt bir ısıya bağlı kayma ortaya çıkabilir. Sıcaklık 278'den 328 K'ye yükseltildiğinde 100 pN'de yeniden ölçeklenen uzatmanın yaklaşık %1'inde azalma gözlenmiştir. Bu moleküler dinamikleri (MD) simülasyonları18yardımı ile germe serbest enerji enerjik ve entropik katkıları ayıklamak için kullanılabilir.
Örnek 2: PS'nin suda sam yüzeyinden desorpsiyonu
PS'nin sudaki bir SAM yüzeyinden bozulması, desorpsiyon kuvvetini ve uzunluğunu belirlemek ve hidrofobik etkileşimi ölçmek için kullanılabilir. Kalibrasyondan sonra, yüzeyin iki farklı noktasında en az iki kuvvet haritası kaydedildi. Polimer eki başarılı olduğunda, kuvvet uzatma eğrileri karakteristik özelliği olarak sabit kuvvet platoları gösterdi, Şekil 5A ve Şekil 5Cbakın. Yayla benzeri desorpsiyon, problanan bağların dinamiği AFM kantilever ucunun (yarı-denge) çekme hızından çok daha hızlı olduğunda gözlenir. Plato benzeri kuvvet uzatma eğrilerinin desorpsiyon kuvvetleri, kuvvet uzatma izi54'üentegre ederek doğrudan yapışmaserbest enerji sağlar. Onlar sıvı ortamda yüzeylerde tek polimerlerin elektrostatik, dağılım ve hidrofobik etkileşimleri yanı sıra sürtünme özelliklerini belirlemek için kullanılmıştır2,4,23,51,54,55.
Sabit kuvvether plato daha sonra histogramlar çizilen desorpsiyon kuvveti ve desorpsiyon uzunluğu belirlemek için bir sigmoidal eğri ile donatılmıştır. Histogramlar maksimum değer ve standart sapma ayıklamak için bir Gaussian ile donatılmıştır. Daha iyi bir genel bakış için, desorpsiyon kuvveti ve uzunluk değerleri Şekil 5B ve Şekil 5D'deverildiği gibi bir dağılım çiziminde birlikte gösterilmiştir.
Suda SAM polistiren için, belirlenen desorpsiyon kuvvetleri daha önce elde edilen değerlere karşılık gelir19,23. Desorpsiyon uzunluğu polimer kontur uzunluğu51ile ilişkili olduğu için, desorpsiyon uzunluğu dağılımı fonksiyonel uç grubu aracılığıyla AFM cantilever ucuna ilgili polimerkovalent bağlama bir kanıtı olarak kullanılabilir. Böylece, desorption uzunluğu bir parmak izi olarak hizmet vermektedir.
AFM kantilever ucuna bağlı birden fazla polimer için, kuvvet uzatma eğrileri56platolar (ayrık adımlar) basamaklı görülebilir. Her plato farklı bir uzantıda bir polimerin desorpsiyontemsil eder. Şekil 5 Figure 5C ve Şekil 5D'de verilen deney, AFM kantilever ucuna aynı anda bağlı iki polimerin tipik bir durumunu göstermiştir. Son kopma takılarak, desorpsiyon uzunluğu için bimodal dağılımı bulunabilirken, desorpsiyon kuvveti dar bir dağılım gösterdi. Bu durumda, daha küçük desorpsiyon uzunluğu şekil 5C'de
Yazarlar hiçbir rakip mali çıkarları olduğunu beyan.
Prob moleküllerinin atomik kuvvet mikroskobuna kovalent bağlanması (AFM) kantilever uçları fiziksel özelliklerinin araştırılması için gerekli bir tekniktir. Bu bize yüksek tekrarlanabilirlik ile AFM tabanlı tek molekül kuvvet spektroskopisi ile polimerlerin germe kuvveti, desorpsiyon kuvveti ve uzunluğu belirlemenize olanak sağlar.
B.N.B. ve T.H. Almanya'nın Mükemmellik Stratejisi kapsamında Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG, Alman Araştırma Vakfı) tarafından finanse edilmektedir - EXC-2193/1 – 390951807, gefördert durch die Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) im Rahmen der Exzellenzstrategie des Bundes und der Länder – EXC-2193/1 – 390951807 ve hibe HU 997/1-13 (proje # 420798410). M.G., Hessen Eyaleti Yüksek Öğretim, Araştırma ve Sanat Bakanlığı tarafından yapılan LOEWE Projesi iNAPO çerçevesinde kısmi destek kabul ediyor. Biz Dr Wolfgang Bronner ve Dr Agne Zukauskaite Fraunhofer Enstitüsü Uygulamalı Katı Hal Fizik IAF yüksek kaliteli altın kaplı silikon gofret bağışı için teşekkür ederiz.
| 1-Dodekanetiol (≥ %98) | Sigma-Aldrich, ABD | 417364-500ML | SAM için kullanılır |
| Amonyak çözeltisi (%30) | Roth, Almanya | CP17.2 | |
| Cypher ES | Asylum Research, bir Oxford Instruments şirketi, | ABD-AFM | |
| Etanol (≥ %99,9) | Roth, Almanya | PO76.1 | Solvent |
| Altın kaplı silikon gofret | Fraunhofer Uygulamalı Katı Hal Fiziği Enstitüsü IAF, | Almanya-SAM | Yüksek |
| Çözünürlüklü Çoğaltma Bileşiği | için kullanılır Microset Products Ltd, İngiltere | 101RF | Bağlayıcı madde |
| Hidrojen peroksit çözeltisi | Sigma-Aldrich, ABD | H1009 | Igor Pro'yu |
| temizlemek için kullanılırWavemetrics, | ABD-Yazılım | ortamı | |
| Tetra-30-LF-PC | Diener Electronic, | Almanya-Plazma | odası |
| Maleimid-polietilen glikol-trietoksisilan | Yaratıcı PEG işleri, ABD | PHB-1923 | Bağlayıcı polimer |
| MLCT-Bio-DC | Bruker, ABD | MLCT-Bio-DC | AFM konsol |
| Prime CZ-Si gofret, n-tipi (Fosfor) TTV < 10 &mikro; m | MicroChemicals, Almanya | WSA40600250 P1314SNN1 | Silikon gofret |
| Purelab Chorus 1, 18.2 MΩ cm | Elga LabWater, Almanya | 10034-540 | Ultra saf su kaynağı |
| R3 SA | Vomm GmbH, Almanya | 5803 Boş | Cımbız |
| Tiyol sonlu poli (N-izopropilakrilamid) | Gallei Group, Saarland Üniversitesi, | Almanya-PNiPAM prob polimeri | |
| Tiyol sonlu polistiren | Polimer Kaynağı, Kanada | P40722-SSH | PS prob polimeri |
| Tiyol-polietilen glikol-tiyol | Creative PEGWorks, ABD | PSB-615 | PEG prob polimeri |
| Toluen (% 99.99) | Fisher Chemicals | T324-500 | Çözücü |