$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
1. iLiNP cihazının imalatı
NOT: iLiNP cihazı standart yumuşak litografi yöntemi kullanılarak üretilmiştir18. Ayrıntılı imalat protokolü daha önce 10,13 bildirilmiştir.
- SU-8 kalıp imalatı
- SU-8 3050'i 3 inç silikon gofrete dökün. 100 μm kalınlığında bir SU-8 tabakası elde etmek için silikon gofreti döndürün.
- Silikon gofretleri 65 °C'de bir ocak üzerine 5 dakika ve 95 °C'de 45 dakika boyunca yerleştirerek pişirin.
- Pişirdikten sonra, silikon gofredi masaüstü maskesiz litografi sisteminin sahnesine yerleştirin.
- Silikon gofretini bir pozisyon başına 1,5 sn için 365 nm'de UV ışığına maruz bırak.
NOT: Bu deneyde masaüstü maskesiz litografi sistemi kullanılmıştır. Sistem, UV ışığını otomatik olarak mikrokanenin bölünmüş ışınlama alanında (bir konum) gösterir.
- UV ışınlamadan sonra, silikon gofret 65 °C'de 1 dakika ve 95 °C'de 5 dakika pişirin.
- Silikon gofret soğutun ve ardından pozlanmamış SU-8'i çıkarmak için 15 dakika boyunca bir SU-8 geliştiricisine batırın.
- Su-8 kalıbını Trichloro(1H,1H,2H,2H-perfluorooctyl)silane'nin buharını bir kurutucu ve vakum pompası kullanarak tedavi edin.
- iLiNP cihazının imalatı
- Silikon tabanı ve polidimetilsiloksisan (PDMS) kür maddesini 10:1 oranında (w/w) karıştırın.
- Karışımı vakum pompası ve kurutucu kullanarak gazdan arındırın.
NOT: PDMS, oda sıcaklığında 10 dakika boyunca vakum pompası kullanılarak gazdan arındırıldı.
- Gazdan arındırılan PDMS'yi SU-8 kalıbına 0,5 ila 1 cm kalınlıkta 100 mm Petri kabında dökün, ardından 80 °C'de bir fırında 1 saat pişirin.
- Kalıbı soğutun ve ardından PDMS substratını bir cımbız kullanarak SU-8 kalıbından soyun.
- PDMS alt tabakasında üç delik (0,5 mm) delin. Bir iLiNP cihazı oluşturmak için PDMS alt tabakasını ve bir cam kaydırağı oksijen plazma temizleyicisi kullanarak yapıştırın (bkz. Şekil 1)13.
- Üç PEEK kılcal damarı (I.D. 0.3 mm, O.D. 0.5 mm) iLiNP cihazının giriş ve çıkışına bağlayın ve bir superglue ile kürleyin.
NOT: PEEK kılcal damarlarının uzunluğu ayarlanabilir ve deneye bağlıdır.
2. Lipit çözeltilerinin hazırlanması
- Lipid/etanol çözeltileri hazırlayın: 13,4 mM 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glisiro-3-fosfokolin (POPC), 10 mM 1,2-Distearoyl-sn-glisero-3-fosfokolin (DSPC), 20 mM 1,2-dioleoyloxy-3-trimethylammonium propan (DOTAP), 5 mM 1,2-dimyristoyl-rac-glisero-3-metoksipolyethylene glikol-2000 (DMG-PEG2k) ve 20 mM kolesterol. Deneyden önce stok çözümlerini -20 °C'de saklayın.
- SiRNA yüklü LNP'leri üretmek için DOTAP, DSPC, kolesterol ve DMG-PEG2k çözeltilerini 50/10/38.5/1.5 molar oranında karıştırın. Toplam lipit konsantrasyonu 8 mM'ye ayarlanır.
3. Sulu çözümlerin hazırlanması
- Sulu çözeltiler hazırlayın: 154 mM NaCl (salin), 25 mM asetat tampon pH 4.0'da DNase/RNase içermeyen damıtılmış su kullanarak.
- Çözeltileri 0,2 μm boyutlu membran filtreleri veya şırınna filtreleri ile filtreleyin.
4. SiRNA/tampon çözeltisinin hazırlanması
- 70 μg siGL4'i 1 mL 25 mM asetat tamponuna (pH 4.0) çözün.
NOT: siGL4 luciferaz geninin devrilmesi için kullanılır.
5. iLiNP cihazının kurulumu ve LNP'lerin üretimi
NOT: Şemalar için Şekil 1'e bakın.
- 1 mL cam şırınnaları sırasıyla lipit ve sulu çözeltilerle (bireysel şırınçlarda 3.1 ve 4.1 adımlarından) doldurun.
NOT: Lipid ve sulu çözelti hacmini LNP değerlendirme denemesi için gereken miktara bağlı olarak ayarlayın.
- Cam şırınnaları şırınna konektörlerini kullanarak PEEK kılcal damarlarına bağlayın.
- Lipit ve sulu çözeltilerin akış hızını ayarlayın.
NOT: Sulu fazın lipid fazı akış hızı oranı (FRR) 3:1 ile 9:1 arasında değişmektedir.
- Lipid ve sulu çözeltileri şırınna pompaları kullanarak iLiNP cihazına ayrı ayrı tanıtın.
- LNP süspansiyonlarını iLiNP cihazının çıkışından bir mikrotüpte toplayın (Şekil 1).
6. LNP süspansiyonunun diyalizi ve LNP boyut ölçümü
- LNP süspansiyonunu, sırasıyla POPC LNP'ler ve siRNA yüklü LNP'ler için salin veya D-PBS'ye karşı bir gecede 4 °C'de diyaliz membranı (12−14 kDa MW kesme) kullanarak dialyze edin.
NOT: POPC tuzlu suda çözülmez (Lütfen bkz. 2.1). POPC/etanol çözeltisi iLiNP cihazında salin ile seyreltilir.
- Çaprazlanmış LNP süspansiyonlarını mikrotüplerde toplayın.
- Pipet 20-30 μL LNP süspansiyonu bir mikro kuvars hücreye.
- Dinamik ışık saçılım (DLS) ile LNP boyutunu, LNP boyut dağılımını ve çok disiplinlilik dizinini ölçün.
7. LNP'nin Z potansiyelinin ölçültünü
NOT: Z potansiyelinin ölçümü için, üreticinin talimatını takiben bir parçacık analizörü (bkz. Malzeme Tablosu) kullanılmıştır.
- Adım 6.1'den elde edilen LNP süspansiyonu 10 mM HEPES tamponu (pH 7.4) ile 35 kez seyreltin.
- Pipet 700 ila 1000 μL seyreltilmiş LNP süspansiyonu kılcal hücreye.
- Üreticinin talimatına göre Z potansiyelini ölçün.
8. RiboGreen tahlil tarafından siRNA kapsülleme verimliliği
NOT: Ribogreen tahlili, lnps19 içine siRNA kapsülleme değerlendirmek için gerçekleştirilir. Ribogreen tahlili, LNP'lerin içindeki ve dışındaki RNA'ların miktarını yüzey aktif maddeli/yüzey aktif maddesiz (örneğin, TritonX-100) ölçebilir.
- 2 mg/mL siGL4'ü 10 mM HEPES tamponu (pH 7.4) ile 500 ng/mL siGL4 çözeltisi ile seyreltin.
- Triton (+) ve Triton (-) numuneleri için kalibrasyon eğrisi yapmak için siGL4 çözeltisinin seyreltme serisini (0, 12,5, 25, 50, 100, 200 ng/mL) hazırlayın.
- LNP süspansiyonu 10 mM HEPES tamponu (pH 7.4) ile 100 kez seyreltin.
- Triton (+) çözümü için aşağıdakileri karıştırın: 980 μL 10 mM HEPES (pH 7.4), 20 μL% 10 w /v TritonX-100 ve 1.25 μL RiboGreen 96 kuyulu bir mikro plakanın 10 kuyusu için.
- Triton (-) çözeltisi için aşağıdakileri karıştırın: 1000 μL 10 mM HEPES (pH 7.4) ve 1.25 μL RiboGreen 96 kuyulu bir mikro plakanın 10 kuyusu için.
- SiGL4 çözeltisinin seyreltme serisinin pipet 100 μL'si ve siyah 96 kuyulu bir mikro plakanın kuyularına seyreltilmiş LNP süspansiyonları.
NOT: SiGL4 çözeltisinin seyreltme serisi ve seyreltilmiş LNP süspansiyonları her koşula dört mikrowells içine dağıtıldı.
- Pipet 100 μL algılama çözeltisi (TritonX-100 (+) veya Triton (-)) kuyulara.
NOT: Algılama çözeltisi (TritonX-100 (+)) her durum için numune başına iki kuyuya, TritonX-100 (-) çözeltisi ise numune durumu başına kalan iki kuyuya dağıtıldı.
- Mikro plakayı oda sıcaklığında 5 dakika kuluçkaya yatırın.
- 475 nm dalga boyunda bir mikro plaka okuyucu kullanarak floresan yoğunluğunu ölçün.
- Aşağıdaki denklemden siRNA kapsülleme verimliliğini hesaplayın19.
9. Hücre kültürü
- DMEM, ısı inaktive 10% FBS, 100 U /mL penisilin, 100 μg/ mL streptomisin ve 400 μg / mL G418 içeren bir büyüme ortamı hazırlayın.
- Kültür HeLa hücreleri, %5 CO2 inkübatörde 37 °C'de büyüme ortamını içeren 100 mm TC ile işlenmiş bir hücre kültürü çanağı içinde ateş böceği ve Renilla luciferaz (HeLa-dluc) ile kasten ifade eder.
10. Hücre canlılığı tahlilleri
- Büyüme ortamındaki (6 x 103 hücre/kuyu) HeLa hücrelerinin 96 kuyulu bir mikro plakada süspansiyonunun 100 μL tohum.
NOT: Hücreler bir hücre sayacı plakası ve mikroskop kullanılarak sayıldı.
- Mikro plakayı %5 CO2 inkübatörde 37 °C'de 24 saat kuluçkaya yatırın.
- SiRNA yüklü LNP'leri DMEM (FBS (-)) ile 10 ve 100 nM siRNA konsantrasyonlarında seyreltin.
- Kuyu başına seyreltilmiş siRNA yüklü LNP süspansiyonunun 100 μL'sini dağıtın.
- Mikro plakayı %5 CO2 inkübatörde 37 °C'de 4 saat kuluçkaya yatırın.
- LNP süspansiyonu çıkarın ve 100 μL DMEM (FBS (+)) ekleyin.
- Mikro plakayı %5 CO2 inkübatörde 37 °C'de 20 saat kuluçkaya yatırın.
- Üreticinin protokolüne göre piyasada bulunan bir kit kullanarak hücre canlılığını ölçün.
NOT: Negatif kontrol olarak D-PBS (-) kullanılmıştır.
11. Luciferase gen nakavt tahlil
- Büyüme ortamındaki (4,5 x 103 hücre/kuyu) HeLa hücrelerinin 96 kuyulu bir mikro plakada süspansiyonunun 75 μL tohumu.
- Mikro plakayı %5 CO2 inkübatörde 37 °C'de 24 saat kuluçkaya yatırın.
- SiRNA yüklü LNP'leri DMEM (FBS (-)) ile 10 ve 100 nM siRNA konsantrasyonlarında seyreltin.
- Seyreltilmiş siRNA yüklü LNP süspansiyonunun 75 μL'lik kısmını bir kuyu başına dağıtın.
- Mikro plakayı %5 CO2 inkübatörde 37 °C'de 4 saat kuluçkaya yatırın.
- LNP süspansiyonu çıkarın ve 75 μL DMEM (FBS (+)) ekleyin.
- Mikro plakayı %5 CO2 inkübatörde 37 °C'de 20 saat kuluçkaya yatırın.
- Luciferaz ifadesini, üreticinin protokolüne göre piyasada bulunan bir kit kullanarak ölçün.
NOT: Negatif kontrol olarak D-PBS (-) kullandık.