Burada açıklanan modelin daha önce yayınlanmış vajinal aşılama modellerinden farklı olmasının en önemli yolu, canlı inokülumun hazırlanması ve bakterilerin farelerden geri kazanılması için özel hususlar gerektiren anaerobik olarak kültürlenmiş bakterilerin kullanılmasıdır. Yukarıdaki protokoldeki belirli adımlar, Ek Dosya 1'de önerildiği gibi, kullanılan bakteri türüne / suşuna bağlı olarak biraz değişebilir. Ek olarak, bu makale, araştırmacı tarafından daha az deneyim gerektiren bakteri ve vajinal yıkamaların uygulanması için yeni bir prosedürel yöntemi ve fareler için daha az kısıtlama gerektirmektedir. Deneyci, adım 3.2'de açıklanan kısıtlama biçiminden memnun değilse. ve adım 3.3., fareler bunun yerine deneysel tasarıma ve kurumsal IACUC kılavuzlarına göre anestezi ile veya anestezi olmadan daha önce tarif edildiği gibi34 olarak karıştırılabilir.
Murin modellerinde anaerobik olarak kültürlenmiş bakterilerin kullanımına ilişkin önemli bir uyarı, belirli adımların (canlı hayvanları içeren herhangi biri gibi) anaerobik odanın dışında yapılması gerektiğidir. Bu nedenle, bu protokoldeki en kritik adımlar, ilgilenilen bakterilerin, farelerin aşılanması sırasında olduğu gibi aerobik bir ortama maruz kalacağı adımlardır. Bu modelde herhangi bir yeni anaerobun kullanılması, oksijene maruz kaldıktan sonra canlılığını sürdürme kabiliyeti hakkında ön araştırma gerektirecektir (örneğin, adım 2.5. ve adım 3.4'te açıklandığı gibi aşılama öncesi ve sonrası CFU'ların karşılaştırılması gibi). Organizmanın oksijen derecesine ve PBS duyarlılığına bağlı olarak, farklı inokulum hazırlama yöntemleri düşünülmelidir (Ek Dosya 1, adım 2.4.5.). G. vaginalis JCP8151B kullanan aşılar için, PBS'de tek bir inokülum tüpünün hazırlanabileceğini ve tüm fareleri enfekte etmek için kullanılabileceğini bulduk. Oksijene daha duyarlı farklı bir anaerobik bakteri kullanılıyorsa, inokülum bunun yerine her fare için ayrı tüplerde hazırlanabilir, böylece tüpün tekrar tekrar açılması / kapatılması gerekmez. Aynı şekilde, ilgilenilen bakteri türleri PBS'de G. vaginalis'ten daha titiz / daha az hayatta kalabiliyorsa, aşılama bunun yerine kültür ortamında hazırlanabilir. Kullanılan ortam, Prevotella bivia'yı kültürlemek için kullanılan CDC anaerobe ortamı gibi indirgeyici maddeler içeriyorsa (Ek Dosya 1, adım 2.1. ve adım 2.2.), bakteriler ayrıca oksijene maruz kalmaya karşı daha fazla korumaya sahip olacaktır.
Homojenizasyon için, tüp kapağı kapalıyken yapılan ve bu nedenle el tipi homojenizatörden daha az oksijen sağlayabilen boncuk çırpma22,35 gibi alternatif yöntemler de düşünülebilir. Ek olarak, daha oksijene duyarlı organizmalar, ortam için daha uzun bir denge süresi gerektirebilir. Anaerobik koşullara ulaşıldığını kontrol etmek için resazurin gibi bir oksijen göstergesi kullanılabilir (adım 2.1.). Anaerobik kavanozlar gibi alternatif yöntemler sonuçları etkileyebilir ve kullanımdan önce bakteriyel canlılık açısından incelenmelidir.
Deneysel organizmanın oksijen duyarlılığı ve titizliği, lavajlar / homojenizasyon sırasında canlı bakterilerin fareden başarılı bir şekilde geri kazanılmasında da rol oynayabilir (Ek Dosya 1, adım 3.2. ve adım 5.1.). Son derece hassas organizmalar için, alınan ve kaplanan lavaj arasındaki süre, canlılık kaybına yol açabilir ve yapay olarak düşük bir bakteriyel vajinal kolonizasyon tahminine neden olabilir. Bu etkiyi hafifletmek için, toplanan lavajlar derhal taze anaerobik kültür ortamına (indirgeyici madde ile) seyreltilebilir. Benzer şekilde, organ homojenizasyonu, bakteriyel canlılığı artırmak için PBS yerine taze kültür ortamında yapılabilir ve ayrıca oksijen maruziyetini en aza indirmek için anaerobik odanın kendisinde de yapılabilir.
Belirli bir deneyin amacına bağlı olarak, deneyci kontrol gruplarına dikkat etmelidir. Hipotezleri test etmek için, sadece araçla alay edilen enfekte olmamış kontrol farelerinin temel ölçümleri, kemokinlerin / sitokinlerin indüksiyonunun veya enfeksiyonun diğer spesifik sonuçlarının olup olmadığını belirlemeye yardımcı olacaktır. Kullanılan kontrol aracı, aşılama için kullanılan araçla aynı olmalıdır, bu nedenle bakteriler kültür ortamında aşılanmışsa, aşılanmamış kültür ortamı kontrol olarak kullanılmalıdır (Ek Dosya 1, adım 2.4.5.).
Bu protokolde açıklanan yöntemler, anaerobik olarak büyüyebilen ancak geleneksel olarak aerobik kültür koşulları ( Escherichia coli veya Grup B Streptococcus gibi) kullanılarak incelenen fakültatif bakterilere de uygulanabilir. Bu, özellikle serviks gibi düşük oksijen seviyeleri içerdiğine inanılan vücut bölgelerindeki bu organizmaların enfeksiyonları için geçerli olabilir. Fakültatif bir organizmanın, inokülum aerobik olarak aerobik olarak aerobik olarak hazırlandığında bölgeleri daha az oksijenle daha başarılı bir şekilde enfekte etmesi olabilir. Böyle bir deneyde, CFU sayımı için canlı bakterilerin geri kazanımı anaerobik koşullar gerektirmeyebilir.