RESEARCH
Peer reviewed scientific video journal
Video encyclopedia of advanced research methods
Visualizing science through experiment videos
EDUCATION
Video textbooks for undergraduate courses
Visual demonstrations of key scientific experiments
BUSINESS
Video textbooks for business education
OTHERS
Interactive video based quizzes for formative assessments
Products
RESEARCH
JoVE Journal
Peer reviewed scientific video journal
JoVE Encyclopedia of Experiments
Video encyclopedia of advanced research methods
EDUCATION
JoVE Core
Video textbooks for undergraduates
JoVE Science Education
Visual demonstrations of key scientific experiments
JoVE Lab Manual
Videos of experiments for undergraduate lab courses
BUSINESS
JoVE Business
Video textbooks for business education
Solutions
Language
tr_TR
Menu
Menu
Menu
Menu
Research Article
Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.
Erratum Notice
Important: There has been an erratum issued for this article. View Erratum Notice
Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Laboratuvar toprak ısınma deneyleri genellikle birden fazla odada iki veya daha fazla sabit sıcaklık kullanır. Sofistike bir çevre odası sunarak, in situ toprak sıcaklığının büyüklüğünü ve genliğini taklit etmek ve toprak inkübasyon çalışmalarının deneysel tasarımını geliştirmek için doğru bir sıcaklık kontrol yöntemi sunuyoruz.
Topraklar üzerindeki ısınma etkisinin incelenmesi, sıcaklığın gerçekçi ve doğru bir şekilde temsil edilmesini gerektirir. Laboratuvar inkübasyon çalışmalarında, yaygın olarak benimsenen bir yöntem, toprak değişimleri üzerindeki ısınma etkisini elde etmek için birden fazla odada sabit sıcaklıklar oluşturmak ve düşük ve yüksek sıcaklık odaları arasındaki toprak tepkilerinin karşılaştırılması yoluyla olmuştur. Bununla birlikte, yaygın olarak kullanılan bu yöntem, saha koşullarında gözlemlendiği gibi gerçek sıcaklıkların hem büyüklüğünü hem de genliğini taklit edememiş, böylece bu tür çalışmaların geçerliliğini potansiyel olarak baltalamıştır. Gelişmiş çevre odalarının giderek daha fazla kullanılabilir hale gelmesiyle, toprak inkübasyon araştırması için alternatif sıcaklık kontrol yöntemlerini incelemek zorunludur. Bu protokol, son teknoloji ürünü bir çevre odası tanıtacak ve toprak inkübasyonunun deneysel tasarımını geliştirmek için hem geleneksel hem de yeni sıcaklık kontrol yöntemlerini gösterecektir. Protokol temel olarak dört adımdan oluşur: sıcaklık izleme ve programlama, toprak toplama, laboratuvar inkübasyonu ve ısınma etkisi karşılaştırması. Farklı sıcaklık kontrol yöntemlerini ve bunun sonucunda ortaya çıkan zıt ısınma senaryolarını göstermek için bir örnek sunulacaktır; yani, kademeli ısınma (SW) olarak adlandırılan sabit bir sıcaklık tasarımı ve kademeli ısınma (GW) olarak simüle edilen in situ sıcaklık tasarımının yanı sıra toprak solunumu, mikrobiyal biyokütle ve hücre dışı enzim aktiviteleri üzerindeki etkileri. Ek olarak, belirli iklim değişikliği araştırma ihtiyaçlarını (örneğin, aşırı sıcak) karşılamak için sıcaklık değişikliği senaryolarını çeşitlendirmek için bir strateji sunuyoruz. Sıcaklık kontrol protokolü ve önerilen iyi uyarlanmış ve çeşitlendirilmiş sıcaklık değişim senaryoları, araştırmacıların laboratuvarda güvenilir ve gerçekçi toprak inkübasyon deneyleri oluşturmalarına yardımcı olacaktır.
Küresel yüzey sıcaklığının bu yüzyılda 1,8-6,4 °C 1,2 artması bekleniyor. Küresel ısınma, topraktan atmosfere CO2 akışını artırabilir ve ısınma3,4,5,6 ile olumlu geri bildirimle sonuçlanabilir. Mikrobiyal topluluklar, ısınmaya karşı toprak solunum tepkilerinin düzenlenmesinde kritik bir rol oynadığından,7,8, mikrobiyal solunumdaki değişiklikler ve ısınma ile birlikte altta yatan mikrobiyal mekanizmalar bir araştırma odağı olmuştur. Saha koşullarında bir ısıtma kablosu9 ve üstü açık bir oda10 aracılığıyla uygulanan toprak ısınma deneyleri, sıcaklık11 gibi doğal toprak özelliklerini yakalamada avantajlı olmasına rağmen, kurulum ve bakım için yüksek maliyetleri uygulamalarını sınırlamıştır. Alternatif olarak, farklı sıcaklıklara tabi toprak inkübasyon deneyleri uygun bir seçimdir. Bir laboratuvarda toprak inkübasyonunun birincil avantajı, iyi kontrol edilen çevresel koşulların (örneğin, sıcaklık), bir saha deney ortamında12,13 diğer kafa karıştırıcı faktörlerden tek faktörlü etkiyi çözebilmesidir. Büyüme odası ve saha deneyleri (örneğin, bitki büyümesi) arasındaki farklılıklara rağmen, laboratuvar sonuçlarından tarlaya çeviri kolayca yapılabilir14. Toprak örneklerini laboratuvar ortamında kuluçkaya yatırmak, toprağın ısınmaya tepkisi hakkındaki mekanik anlayışımızı geliştirmeye yardımcı olabilir15.
Literatür taramamızda, geçmiş toprak inkübasyon çalışmalarında çeşitli sıcaklık kontrol yöntemleri ve dolayısıyla farklı sıcaklık değişim modları tanımlanmıştır (Tablo 1). İlk olarak, sıcaklığı kontrol etmek için kullanılan aletler çoğunlukla bir inkübatör, büyüme odası, su banyosu ve nadir bir durumda ısıtma kablosundan geçer. Bu aletler göz önüne alındığında, üç tipik sıcaklık değişim modeli oluşturulmuştur (Şekil 1). Bunlar arasında en çok uygulanan mod, sabit sıcaklık (CT), sıfır olmayan sabit sıcaklık değişim oranına sahip doğrusal değişim (LC) ve günlük sıcaklık türünde bulunan doğrusal olmayan değişim (NC) bulunur. Bir BT paterni vakası için, sıcaklık zamanla büyüklük olarak değişebilir, ancak inkübasyon sırasında sabit sıcaklık belirli bir süre kalır (Şekil 1B). LC için, sıcaklık değişim hızı farklı çalışmalarda ikiden fazla büyüklük sırasına göre değişebilir (örneğin, 0,1 ° C / gün ve 3,3 ° C / s; Tablo 1); NC vakaları için, çoğu kullanılan aletlerin içsel kapasitesine dayanıyordu, böylece çeşitli modlara yol açtı. Buna rağmen, bir ısıtma kablosu veya inkübatör16,17 aracılığıyla bir tür günlük sıcaklık değişimi talep edildi; Bununla birlikte, bu deneylerdeki oda sıcaklıkları doğrulanmamıştır. Tablo 1'deki diğer önemli gözden geçirme sonuçları arasında, çoğu 5-25 °C arasında olmak üzere 0-40 °C kuluçka sıcaklığı aralığı; deneylerin süresi birkaç saat (<1 gün) ile yaklaşık 2 yıl (~ 725 arasında değişiyordu. ayrıca, inkübasyona tabi tutulan topraklar, çoğunlukla abd, Çin ve avrupa'da bulunan baskın mineral ufku, organik ufuk hatta kirlenmiş topraklara sahip orman, otlak ekin ekosistemlerinden toplanmıştır (Tablo 1).
Üç ana sıcaklık değişim modu göz önüne alındığında, geçmiş çalışmalarda elde edilen birkaç farklı ısınma senaryosu Tablo 2'de özetlenmiştir. Bunlar arasında kademeli ısınma (SW), değişen büyüklükte SW (SWv), kademeli doğrusal ısınma (GWl), kademeli ısınma doğrusal olmayan (GWn) ve günlük olarak kademeli ısınma (GWd) bulunur.
Özetle, geçmiş toprak inkübasyonları genellikle bir alandaki ortalama hava veya toprak sıcaklığını yakaladı. Birçok durumda, Tablo 1'de gösterildiği gibi, inkübatörler veya hazneler sabit bir sıcaklıkta manuel olarak programlanmış, ancak sıcaklığı istenildiği gibi otomatik olarak ayarlayamamış, zamanla sıcaklık değişim modunu ve hızını kontrol etme yeteneğinden yoksundur (Eq. 1) ve böylece yerel toprağın günlük sıcaklığını taklit etmede zorluğa yol açmıştır. Öte yandan, iki deneyde16,17 olarak denenmiş olmasına rağmen, inkübasyon deneylerinde kademeli ısınmayı günlük olarak (GWd) açıkça taklit eden hiçbir çalışma tespit etmedik (Tablo 1). Literatür taramasına dayanarak, en büyük engel, özellikle günlük veya diğer kademeli ısınma senaryolarının uygulanmasını ve doğrulanmasını sağlayan sofistike bir araçtan yoksun olan zayıf deneysel tasarımda yatmaktadır.
(Ek. 1)
ΔT'nin sıcaklık değişiminin miktarı olduğu yerde, m sıcaklık değişim modudur, r sıcaklık değişim hızıdır ve t değişim süresidir.
Toprak inkübasyonundaki deneysel titizliği arttırmak için, bu çalışmada doğru ve sofistike bir sıcaklık kontrol yöntemi sunulmuştur. Giderek daha fazla kullanılabilir ve ekonomik olarak uygulanabilir olan son teknoloji ürünü bir çevre odasını benimseyen yeni tasarım, yalnızca in situ toprak sıcaklığının (örneğin, günlük desen) doğru simülasyonunu sağlamakla kalmayacak, aynı zamanda olası sıcaklık değişimi aşırılıklarını hesaba katarak, araçsal önyargının eserlerini en aza indirmenin güvenilir bir yolunu sağlayacaktır. Mevcut toprak inkübasyon tasarımı, araştırmacıların kuluçka ve araştırma ihtiyaçlarını karşılayan en uygun stratejileri belirlemelerine yardımcı olmalıdır. Bu yöntemin genel amacı, toprak biyojeokimyacılarına toprak inkübasyon tasarımında reform yapmak için oldukça operasyonel bir yaklaşım sunmaktır.
1. Sıcaklık izleme ve programlama
2. Toprak toplama ve homojenleştirme
3. Laboratuvar inkübasyonu
4. Isınma etkisi karşılaştırması
Seçilen son teknoloji ürünü odalar, hedef sıcaklığı yüksek hassasiyetle kopyaladı (Şekil 2A, B, E, F) ve inkübasyon deneyinin teknik gereksinimini karşıladı. Kolay kullanım ve kullanım göz önüne alındığında, bu, toprak ısınma çalışmalarında ve bitki çalışmaları gibi diğer uygulamalarda sıcaklık simülasyonunu iyileştirme tekniğini ifade ediyordu. Prosedür, Orta Tennessee'deki bir şalter çimi ekim alanına dayanan son vaka çalışmamızda kullanılmıştır.
Araştırma sonuçları, kontrol tedavisine göre, ısınmanın her iki ısınma senaryosunda (SW ve GW) önemli ölçüde daha fazla solunum kaybına (Rs ve R c) yol açtığını ve GW'nin ısınmaya bağlı solunum kaybını (Rc) SW'ye göre% 81'e karşı% 40 oranında iki katına çıkardığını göstermiştir (Şekil 3). 42. günde, MBC ve AÇA da SW ve GW arasında anlamlı derecede farklıydı, öyle ki MBC SW'de GW'den daha yüksekti (%69'a karşı %38; Şekil 4) glikozidazlar ve peroksidaz (örneğin, AG, BG, BX, CBH, NAG, AP, LAP) GW'de SW senaryolarına göre anlamlı derecede yüksekti (Şekil 5).

Şekil 1: Tablo 1'den kavramsallaştırıldığı gibi bir toprak ısınma deneyinde sıcaklık değişim modunun gösterimi. (A) Çoğu çalışma tarafından benimsenen sabit sıcaklık (BT). (B) Değişen büyüklükte sabit sıcaklık (CTv). (C,D) Pozitif ve negatif oranlarda doğrusal değişim (LC). (E,F) Düzensiz desen ve günlük desen ile doğrusal olmayan değişim (NC). Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.

Şekil 2: 24 saatlik bir test süresi boyunca programlama ve oda sıcaklığı ile hedeflenen sıcaklık. (A,B) Kontrol altında hedef sıcaklık (gri çizgi) ve oda sıcaklığı kayıtları (kesikli çizgi) ve kademeli ısınmanın (SW) ısınma işlemleri; (C,D) Hedef sıcaklık (gri çizgi) ve oda sıcaklığı kayıtları (kesikli çizgi) kontrol altında ve kademeli ısınmanın (GW) ısınma işlemleri; (E, F) C ve D panellerindeki kayıtlar için elde edilen sıcaklık farkı. Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.

Şekil 3:42 günlük bir toprak inkübasyon deneyinde SW ve GW'de ortalama (± SE) kümülatif toprak solunum hızı (Rc, μg CO 2-C·g toprak-1) kontrol altında (içi boş) ve ısınma (karanlık) işlemleri. İçkısımlar, kümülatif solunumu tahmin etmek için uygulanan toprak solunum hızlarını (R s, μg CO 2-C · h-1 · g toprak-1) gösterir veR'nin aşağıdaki ölçüme kadar sabit olduğu varsayılır. (A) Kademeli ısınma (SW) ve (B) kademeli ısınma (GW). Her koleksiyonda N = 4. Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.

Şekil 4: 42 günlük bir toprak inkübasyon deneyinde SW ve GW'de kontrol altındaki ortalama (± SE) MBC ve ısınma işlemleri. MBC = mikrobiyal biyokütle karbonu; Her koleksiyonda N = 4. S, ısınma senaryosunun (SW vs GW), p < 0.05'te, üç yönlü tekrarlanan ölçümlere dayanan ANOVA'ya göre önemli etkisini gösterir. Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.

Şekil 5: 42 günlük bir inkübasyon deneyinde SW ve GW'de kontrol altında olan ortalama (± SE) glikozidazlar ve peroksidaz (μmol aktivitesi h-1 · gsoil-1). BX =β1,4-ksilosidaz; AP = Asit Fosfataz; TUR = Lösin Aminopeptidaz; NAG =β-1,4-N-asetil-glukozaminidaz; OX = Oksidatif enzimler; PHO = Fenol oksidaz; BAŞINA = Peroksidaz. Her koleksiyonda N = 4. S, ısınma senaryosunun (SW vs GW), p < 0.05'te, üç yönlü tekrarlanan ölçümlere dayanan ANOVA'ya göre önemli etkisini gösterir. Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.
Tablo 1: Toprak inkübasyon çalışmalarında sıcaklık kontrol yöntemleri ve sıcaklık değişim modlarının literatür taraması 12,13,16,17,20,21,22,23,24,25,2 6,27,28,29, 30,31,32,
33,34,35,36,37,38,39,40,41,42,43,44,45,46,47,48,49,50, 51,
52,53,54,55,56,57,58,59,60,61,62.
Derlemeye toplam 46 çalışma dahil edilmiştir. Bu tabloyu indirmek için lütfen tıklayınız.
Tablo 2: Başlıca sıcaklık değişim modları ve literatür taramasına dayalı ilgili ısınma senaryoları (Tablo 1). Çok çeşitli olası sıcaklık değişimi ve ısınma koşullarını temsil etmek için beş mod ve senaryo oluşturulmuştur. Bu tabloyu indirmek için lütfen tıklayınız.
Yazarın açıklayacak hiçbir şeyi yoktur.
Laboratuvar toprak ısınma deneyleri genellikle birden fazla odada iki veya daha fazla sabit sıcaklık kullanır. Sofistike bir çevre odası sunarak, in situ toprak sıcaklığının büyüklüğünü ve genliğini taklit etmek ve toprak inkübasyon çalışmalarının deneysel tasarımını geliştirmek için doğru bir sıcaklık kontrol yöntemi sunuyoruz.
Araştırmayı desteklemek için kullanılan finansman kaynakları arasında ABD Ulusal Bilim Vakfı (NSF) HBCU − EiR (No. 1900885), ABD Tarım Bakanlığı (USDA) Tarımsal Araştırma Hizmeti (ARS) 1890'ların Fakülte Araştırma Sabbatical Programı (No. 58-3098-9-005), USDA NIFA hibesi (No. 2021-67020-34933) ve USDA Evans - Allen Grant (No. 1017802) bulunmaktadır. TSU'nun Nashville, Tennessee'deki Ana Kampüs Tarım Araştırma ve Genişletme Merkezi'ndeki (AREC) personelden alınan yardıma teşekkür ederiz.
| Toprak solunum ölçümü için | 10 mL-Şırınga | Fisher Scientific | 14-826-13 |
| Besteci Yazılımı | Kuluçka sıcaklığı ayarı için | TestEquity | Model #107 |
| Toprak inkübasyonu için | çevre odası | TestEquity | Model #107 |
| Çevresel gaz analizörü | Toprak solunum ölçümü | ||
| Toprak inkübasyonu için | filtre kağıdı | Fisher Scientific | 1005-125 |
| Toprak inkübasyonu için | Mason kavanoz | Topu | 15381-3 |
| Fırın | Fisher Scientific | 15-103-0520 | toprak nemi ölçümü için |
| Plastik Fermuarlı Mühür Saklama Çantası | Fisher Scientific | 09-800-16 | toprak toplama için |
| Plaka okuyucu | Moleküler cihazlar | Toprak | hücre dışı enzim analizi için | FilterMax F5
| R Yazılımı | R Foundation | R sürüm 4.1.3 (2022-03-10) | İstatistiksel hesaplama için |
| Buzdolabı/Dondurucu | Fisher Scientific | 13-991-898 | toprak depolama için |
| Tornavida | Fisher Scientific | 19-313-447 | toprak toplama için |
| Sharpie | Fisher Scientific | 50-111-3135 | toprak toplama için |
| Elek | Fisher Scientific | 04-881G | toprak örneğini elemek için |
| Toprak inkübasyonu için kullanılan mason kavanozları için | silikonSepta | Duran Wheaton kimble | 224100-070 |
| Toprak toplama için | toprak burgu | AMS | 350.05 |
| SpecWare Yazılımı | Sıcaklıktoplama aralığı ayarı için | Spectrum Technologies | WatchDog E2700 (3340WD2) |
| Sıcaklık probu | Toprak | sıcaklığı içinWatchDog E2700 (3340WD2) | Toprak |
| mikrobiyal biyokütle analizi için | TOC/TN analizörü | Shimadzu | TOC-L serisi |