Bu protokol, kanserdeki önemli moleküler değişiklikleri tanımlamak için yararlı bir araç tanımlar ve özofagus skuamöz hücreli karsinomu için yeni tanı ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yol açar.
Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliğiniz gereklidir. Giriş yapın veya ücretsiz denemenizi bugün başlatın.
Yöntem makalesi
Özofagus Skuamöz Hücreli Karsinomu için Özet Geliştirme
Bu makalede
Özet
Özet
Özofagus kanseri (ÖK) en agresif 8. malignite olarak yer almaktadır ve erken teşhisi kolaylaştıran biyobelirteçlerin eksikliği nedeniyle tedavisi zor olmaya devam etmektedir. EC, adenokarsinom (EAD) ve skuamöz hücreli karsinom (ESCC) olmak üzere iki ana histolojik formda kendini gösterir - her ikisi de coğrafi olarak farklı popülasyonlar arasında insidansta farklılıklar gösterir. Yüksek verimli teknolojiler, kanser de dahil olmak üzere hastalıkların anlaşılmasını dönüştürüyor. Bilim camiası için önemli bir zorluk, literatürdeki dağınık verilerle uğraşmaktır. Bunu ele almak için, halka açık mikrodizi veri kümelerinin analizi ve kanser ile normal koşullar arasında farklı şekilde düzenlenmiş moleküllerin toplanması için basit bir boru hattı önerilmiştir. Boru hattı, kanser ve normal dokular arasında veya farklı kanser alt tipleri arasında farklı şekilde ifade edilen genleri tanımlayarak diferansiyel gen ekspresyon analizi için standart bir yaklaşım olarak hizmet edebilir. Boru hattı, Veri ön işleme (numuneler arasındaki teknik farklılıkları ortadan kaldırmak için ham gen ekspresyon verilerinin kalite kontrolünü ve normalizasyonunu içeren), Diferansiyel ekspresyon analizi ( t-testleri gibi istatistiksel testler kullanarak iki veya daha fazla numune grubu arasında diferansiyel olarak ifade edilen genlerin tanımlanması) dahil olmak üzere çeşitli adımları içerir, ANOVA veya doğrusal modeller), Fonksiyonel analiz (diferansiyel olarak ifade edilen genlerde zenginleştirilmiş biyolojik yolları ve işlevleri tanımlamak için biyoinformatik araçları kullanarak) ve Doğrulama (bağımsız veri kümeleri veya qPCR veya immünohistokimya gibi deneysel yöntemler kullanılarak doğrulamayı içerir). Bu boru hattını kullanarak, yemek borusu kanseri de dahil olmak üzere herhangi bir kanser türü için diferansiyel olarak ifade edilen moleküllerin (DEM'ler) bir koleksiyonu oluşturulabilir. Bu özet, kanser için potansiyel biyobelirteçleri ve ilaç hedeflerini belirlemek ve hastalığın altında yatan moleküler mekanizmaların anlaşılmasını geliştirmek için kullanılabilir. Ek olarak, bu boru hattını kullanarak özofagus kanserinin popülasyona özgü taraması, farklı popülasyonlar için spesifik ilaç hedeflerinin belirlenmesine yardımcı olacak ve hastalık için kişiselleştirilmiş tedavilere yol açacaktır.
Giriş
AK'nin dünya çapında en sık görülen sekizinci kanser ve dünya çapında altıncı önde gelen ölüm nedeni olması endişe vericidir. Çin, Hindistan ve İran endişe verici derecede yüksek insidans ve ölüm oranlarına sahiptir. İki ana EC türü vardır: özofagus adenokarsinomu (EAC veya EAD) ve özofagus skuamöz hücreli karsinomu (ESCC)1. EAC Batı dünyasında daha yaygınken, ESCC Doğu ülkelerinde, özellikle Çin ve İran'da daha yaygındır2. Tütün ve alkol kullanımı, obezite ve gastroözofageal reflü hastalığı (GERD) dahil olmak üzere çeşitli risk faktörleri AK ile ilişkilidir. Ek olarak, meyve ve sebze ek....
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Protokol
1. ESCC'de diferansiyel olarak düzenlenmiş moleküllerin manuel kürasyonu
- PubMed kullanarak ilgili düşük verimli çalışmaları bulma
NOT: Düşük verimli ve yüksek verimli teknikler arasındaki temel farkı anlamak önemlidir. İlkinde, yalnızca sınırlı sayıda numune üzerinde çalışılır ve süreç genellikle zaman alıcıdır, buna karşılık daha sonra daha hızlıdır ve numune sayısı tek seferde analiz edilebilir, bu da Northern blot gibi düşük verimli yöntemlerden önemli ölçüde daha yüksektir ve Western blot düşük verimli tekniklerdir, cDNA mikrodizisi ve LC-MS/MS tabanlı kantitatif proteomik ise yüksek verimli teknikl....
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Sonuçlar
Örnek olarak, ESCC'de diferansiyel olarak araştırılan genleri incelemek için GEO katılım GSE161533 kullanıldı. Analizin temsili sonuçları Şekil 3'te gösterilmiştir. GEO2R, iki deney deneği grubu arasında önemli ölçüde farklılık gösteren olayları tanımlamak için yararlı olan bir yanardağ grafiği oluşturur. Volkan grafiği, y ekseninde -log10 dönüştürülmüş anlamlılık (p-değeri) ve x ekseninde kat değişiklikleri (log2 dönüştürülmüş kat değişikliği ile) ile genel ge.......
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Tartışma
Yüksek verimli OMICS tekniklerinin kanser biyolojisine dahil edilmesinden bu yana, veri üretme hızı önemli ölçüde artmıştır. Bu, araştırmacılar için, özellikle de bilgisayar meraklısı bir doğaya sahip olmayanlar için bir zorluk teşkil etmektedir. Yıllar içinde üstesinden gelmek için biyoinformatikçiler, verileri organize bir şekilde sağlamak için bir veri tabanı geliştirme fikrini ortaya attılar. Bu, araştırmacılardan, özellikle de teknolojiyle ilgilenmeyenlerden olumlu bir yanıt aldı. A.......
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Açıklamalar
Yazarların ifşa edecek hiçbir şeyi yok.
Teşekkürler
MKK, sırasıyla Bilim ve Mühendislik Araştırma Kurulu (SERB), Bilim ve Teknoloji Departmanı ve Hindistan Tıbbi Araştırma Konseyi (ICMR), Hindistan Hükümeti, Yeni Delhi'den TARE bursu (Hibe # TAR/2018/001054) okul dışı hibe (Hibe # 5/13/55/2020/NCD-III) alıcısıdır.
....Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Malzemeler
| Ad | Şirket | Katalog numarası | Yorumlar |
|---|---|---|---|
| NCBI-PUBMED | NCBI | Bölüm 1'e atıfta bulunarak, literatür taraması için gereklidir | |
| : İnternet tesisi ve web tarayıcısı olan bir dizüstü bilgisayar/macbook veya kişisel bilgisayar. | |||
| g:Profil Oluşturucu | ELIXIR altyapısı | https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gost | GO:MF, GO:BP ve GO:CC'nin zenginleştirilmesi için gerekli olan bölüm 4.10'a atıfta bulunularak |
| Gen ekspresyonu omnibus | NCBI | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ | Bölüm 3.1'e atıfta bulunarak. mikroarray çalışma veritabanı |
| arama yapmak için gereklidir.https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/ | GEO2R aracı Google Google https://www.google.com kullanılarak verilerin analiz edilmesi için gerekli olan bölüm 3.2'ye atıfta bulunularak | ||
| 1.1'e atıfta bulunularak HGNC literatür taraması için gereklidir | |||
| HGNC, İnsan Genomu Organizasyonu'nun (HUGO) bir komitesidir | https://www.genenames.org | Bölüm 6.1'e atıfta bulunarak, DEGs 'nin resmi gen sembolünü bilmek gereklidir; | |
| HPRD | Biyoinformatik Enstitüsü, Bangluru | http://hprd.org | Protein mimarisi hakkında bilgi için gerekli olan bölüm 5.1'e bakınız |
| OMIM | Johns Hopkins Üniversitesi, Baltimore | http://www.omim.org/entry | Belirli bir genin OMIM ID'sini bilmek için gerekli olan bölüm 8.1'e atıfta bulunularak / DEG |
| Pangloss Programı | Chris Seidel tarafından geliştirilmiştir | http://www.pangloss.com/seidel/Protocols/venn.cgi | Bölüm 4.9'a atıfta bulunularak. Venn diyagramını oluşturmak için gereklidir |
| Kaliforniya | Üniversitesi'ndeki PANTHER Thomas laboratuvarıhttp://www.pantherdb.org/geneListAnalysis.do | Bölüm 4.10'a atıfta bulunarak, GO:MF, GO:BP ve GO:CC'nin zenginleştirilmesi için gereklidir | |
| ShinyGO | Güney Dakota Eyalet Üniversitesi | http://bioinformatics.sdstate.edu/go | Bölüm 4.10'a atıfta bulunarak. kromozomlar üzerindeki DEG'lerin tahsisi için gereklidir |
Kaynaklar
- Zeng, H., et al. Esophageal cancer statistics in China, 2011: Estimates based on 177 cancer registries. Thorac Cancer. 7 (2), 232-237 (2016).
- Zhang, H., Jin, G., Shen, H. Epidemiologic differences in esophageal cancer between Asian a....
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Yeniden basım ve izinler
