Method Article

Misk Otu Poleni Alerjeni Art V 1 Proteininin Biyoinformatik Tabanlı Analizleri ve B/Th Hücre Epitop Tahmini

DOI:

10.3791/66517

⸱

December 22nd, 2023

 ,  ,  ,  ,  ,  , 
1School of Basic Medicine, Ningxia Medical University, 2Preparation Center, General Hospital of Ningxia Medical University, 3Department of Pharmacy, General Hospital of Ningxia Medical University, 4Institute of Neurological Diseases, Shizuishan First People's Hospital, 5Department of Pharmacy, People's Hospital of Ningxia Hui Autonomous Region

In This Article

Summary

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Burada, artemisia polen alerjik hastalık aşısı ve hastalık tedavisinin müteakip gelişimi için teorik bir temel sağlamak amacıyla, pelin poleni ana alerjeni Art v 1 proteininin fizikokimyasal özelliklerini, ikincil yapısını ve B ve T yardımcı hücre epitoplarını tahmin etmek için biyoinformatik korelasyon analizi yapmak için bir protokol sunuyoruz.

Abstract

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Pelin polen alerjeni Art v 1 proteininin dizi özelliklerini analiz etmek ve B hücresi ve Th (yardımcı T hücresi) hücre epitoplarını tahmin etmek için, Art v 1 proteininin gen dizisi ve amino asit dizisi Genebank'a başvurularak elde edilmiştir. Proteinin fizikokimyasal özelliklerini, transmembran bölgesini, ikincil yapısını, üçüncül yapısını ve B hücresi ve Th hücre epitoplarını analiz etmek ve tahmin etmek için ExPASy'nin Prot Param, TMHMM, DNAstar Protean, Swiss-Model, UCLA-DOE LAB SAVE v6.0 ve IEDB kullanıldı.

Art v 1 proteini 132 amino asit kalıntısından oluşur, bağıl moleküler ağırlık 13404.26, moleküler formül C584H903N157O181S12, pI değeri 7.49, lipit çözünürlük indeksi 41.59 ve hidrofilik indeks -0.454'tür, bu da hidrofilik protein olarak kabul edilir. Kararsızlık indeksi (ii), kararsız bir protein olarak sınıflandırılan 78.11'dir. Proteinin N-terminali, 5-27 amino asit kalıntı dizisinde bulunan α-sarmal bir transmembran bölgesine sahiptir ve 1-24 konumu, sinyal peptit dizisidir. Rastgele bobin, β dönüşlü, α sarmal ve β levha vardır ve ayrıca hidrofilik bölge, esnek bölge ve yüzey erişilebilirlik bölgesi yapıları içerir.

Üçüncül yapının tahmin sonuçları, ikincil yapının analiz sonuçları ile tutarlıdır. Beş baskın B hücresi epitopu tahmin edildi, bunlar Art v 1 71-87, Art v 1 33-49, Art v 1 104-120, Art v 1 95-111 ve Art V 1 86-102 idi. Art v 1 2-16, Art v 1 3-17, Art v 1 4-18, Art v 1 5-19 ve Art v 1 6-20 olmak üzere beş Th hücre baskın epitopu vardı. Art v 1 proteininin, B hücresi ve Th hücresi epitoplarının varlığından dolayı iyi bir antijeniteye sahip olduğu tahmin edilmektedir.

Introduction

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Compositae'de bir Artemisia cinsi olan Mugwort, İç Moğolistan, Gansu ve Çin'in diğer bölgelerinde yaygın olarak dağıtılmaktadır1. Pelin poleninin neden olduğu çeşitli alerjik hastalıklar genellikle atopik bireylerin polen alerjenlerine tekrar tekrar maruz kalması ve biyoaktif mediatörlerin oluşması sonucu oluşan tip I alerjilerdir, bu da burun mukozası, konjonktiva ve bronşun nezle iltihabı ve hatta astım atakları ile sonuçlanır2. DSÖ / IUIS Alerjen Nomenklator Alt Komitesi3 , şu anda yedi pelin alerjenini resmi olarak tanımıştır, yani, Art v 1-Art v 6 ve Art AN 7....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Protocol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. Art v 1 proteininin fiziksel ve kimyasal özellikleri

  1. Art v 1 proteininin amino asit dizisini elde etmek için Gen Bankasına (Malzeme Tablosu) AF493943.1 girin (Ek Dosya 1-Ek Şekil S1).
    NOT: Art v 1 proteini, 624 bp gen dizisi tarafından kodlanan 132 amino asit içerir. Amino asit dizisi (AAO24900.1) MAKCSYVFCAVLLIFIVAIGEMEAAGSKLCEKTSKTYSG'dir.
    KCDNKKCDKCIEWEKAQHGACHKREAGKESCFCYF
    DCSKSPPGATPAPPGAAPPPAAGGSPSPPADGGSPP
    PPADGGSPPVDGGSPPPPSTH.
  2. Adım 1.1'de bahsedilen Art v 1 protein amino asit dizisini girerek Expasy ProtParam Aracı....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Results

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Protein10'un fizyokimyasal ve fonksiyonel karakterizasyonu için ExPASy'nin Prot Param Tool çevrimiçi yazılımı kullanıldı. Açık metin okuma çerçevesinin uzunluğu 624 bp idi, 132 amino asidi kodluyordu, toplam 1.837 atomlu proteinleri kodluyordu ve bağıl moleküler ağırlığı 13.404.26'ydı. Moleküler formül C584H903N157O181S12'dir, bunların ilk üç amino asidi prolin (Pro,% 15.9), alanin (Ala,% 12.1), glisin (Gly,% 11.4) ve amino asitlerin geri kala.......

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Discussion

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Artemisia, Çin'deki en önemli dış mekan alerjenlerinden biridir ve polen parçacıkları küçüktür, 19-25 μm çapındadır, rüzgarla kolayca dağılır ve büyük miktarlarda toz üretir. Ek olarak, hastaların alerjik semptomlarının şiddeti havadaki polen içeriği ile ilişkilidir5. Art v 1, pelin poleni alerjisinin dönüm noktası alerjeni olarak kabul edilir ve pelin alerjisi olan hastaların %95'inden fazlası Art v 1'e duyarlıdır. Çin'de, pelin alerjisi olan hastaların ~% 81'i p.......

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Disclosures

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Yazarların açıklanacak herhangi bir çıkar çatışması yoktur.

Acknowledgements

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Bu çalışma, Ningxia Doğa Bilimleri Vakfı (2022AAC03601 ve 2023AAC02087) ve Ningxia Tıp Üniversitesi Araştırma Vakfı (XM2019052) tarafından desteklenmiştir.

....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Materials

List of materials used in this article
NameCompanyCatalog NumberComments
ABCpredIndraprastha Bilgi Teknolojileri Enstitüsü, Hindistanhttps://webs.iiitd.edu.in/raghava/abcpred/ABC_submission.html
DNAstar Protean yazılımı DNASTAR, Inc.Sürüm 7.1
Expasy ProtParam AracıSIB İsviçre Biyoinformatikhttps://web.expasy.org/protparam/
GeneBankUlusal Biyoteknoloji BilgiMerkezi https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/
IEDB Analiz KaynakUlusal Alerji ve Bulaşıcı Hastalıklarhttp://www.iedb.org/
SignaIP-5.0 SunucuDTU Sağlık Teknolojisihttps://services.healthtech.dtu.dk/services/SignalP-5.0/
İsviçre Modeli çevrimiçi yazılımBIOZENTRUMhttps://swissmodel.expasy.org/interactive
TMHMM SunucuDTU Sağlık TeknolojisiSürüm 2.0https://services.healthtech.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/
UCLA - DOE LAB ABD'YI KURTARIYOREnerji Bakanlığı BilimOfisi Sürümü 6.0https://saves.mbi.ucla.edu/
Enstitüsü Enstitüsü

References

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Liu, D., et al. Recombinant expression of allergen Art la 3.0101 and Art la 3.0102 of Artemisia lavandulaefolia pollen and characteristics of serum specific IgE reactivity. J Clin Dermatol. 49 (07), 398-402 (2020).
  2. Sun, X.

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Reprints and Permissions

Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article

Request Permission

Tags

Art V 1 ProteinMugwort Pollen AllergenEpitope PredictionB Cell EpitopeTh Cell EpitopeBioinformatics AnalysisProtein Structure PredictionAmino Acid SequencePhysicochemical PropertiesTransmembrane Region
Video Coming Soon

Related Articles