Yöntem makalesi

Meme Biyopsisi ve Mastektomi Örnek Toplama İşlemlerinin Biyobankacılık, Kişiselleştirilmiş Tıp ve Araştırma Uygulamaları için Optimizasyonu

DOI:

10.3791/67193

⸱

2 Eylül 2025

 ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  , 
1Department of Biology, University of the Philippines Baguio, 2Philippine Genome Center, University of the Philippines, 3Department of Surgery, Philippine General Hospital, University of the Philippines, 4Institute of Biology, College of Science, University of the Philippines Diliman, 5Department of Pathology, College of Medicine, University of the Philippines Manila, 6Institute of Human Genetics, National Institutes of Health, University of the Philippines Manila

* These authors contributed equally

Bu makalede

Özet

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Bu makale, biyobankacılık, kişiselleştirilmiş tıp ve diğer araştırma uygulamaları için faydalarını optimize etmek üzere tasarlanmış meme kanseri örneklerinin toplanması için ayrıntılı bir protokol sunmaktadır. Meme biyopsisi ve mastektomi prosedürleri de dahil olmak üzere numune toplama iş akışı, doku hasarını en aza indirmeye ve numune kalitesini en üst düzeye çıkarmaya odaklanarak ayrıntılı olarak açıklanmaktadır.

Özet

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Meme kanseri, özellikle Asya'da kadınları etkileyen en yaygın kanserdir ve Filipinler'de en yüksek insidansa sahiptir. Devam eden çabalara rağmen, meme kanseri biyolojisinin anlaşılması, etkili tarama programlarının ve zamanında tedavilerin eksikliği ile birleştiğinde yetersiz kalmaktadır. Bu sorunları ele alarak, biyolojik örnekler için biyobankalar ve diğer depolar küresel bir ivme kazanmıştır. Filipinler Üniversitesi-Filipin Genel Hastanesi (UP-PGH), Filipinler'de kanser araştırmaları için devlet destekli bir girişimin uygulanabilirliğini gösteren bir kanser biyobankası kurdu. Çalışma, UP-PGH, Filipin Genom Merkezi (PGC) ve Filipinler Diliman Üniversitesi Biyoloji Enstitüsü'nün (UPD-IB) uzmanlığından yararlanarak, çeşitli hastalık evrelerinde 100 Filipinli meme kanseri hastasının prospektif bir gözlemini içermektedir. Kapsamlı hasta verilerinin yanı sıra biyolojik örneklerin toplanmasını, işlenmesini ve depolanmasını entegre eder. Prosedürler arasında RNA ekstraksiyonu, kütüphane hazırlama ve dizileme yer alır. Ek olarak, bir hasta alt kümesi, kemoterapi ön taraması için in vitro üç boyutlu (3D) hücre kültürü deneyine katılır. Toplanan veriler, standart klinik yaklaşımların yetersiz kaldığı durumlarda kişiselleştirilmiş tedavilere yol açabilecek terapötik stratejileri ortaya çıkarmayı amaçlamaktadır. Anahtar teknikler arasında ultrason kılavuzluğunda çekirdek iğne biyopsisi, titiz normal meme dokusu toplama ve yüksek kaliteli RNA ekstraksiyonu, dizileme ve 3D hücre kültürü sağlamak için hassas tümör yüzdesi belirleme yer alır. Çalışma aynı zamanda önceki biyobankacılık çabalarında karşılaşılan zorlukları da ele alıyor. Sonuç olarak, bu araştırma meme kanseri araştırmalarına önemli ölçüde katkıda bulunmayı, kendisini Filipinler gibi gelişmekte olan ülkelerde işbirlikçi araştırma, biyobanka kurulumu ve hassas tıbbın ilerlemesi için bir model olarak konumlandırmayı amaçlamaktadır.

Giriş

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Meme kanseri, Filipinli kadınlar arasında en yaygın kanser türüdür. Asya'da, Filipinler en yüksek meme kanseri ölüm oranlarından birini ve en düşük ölüm-insidans oranını sergilemektedir1. Oranlar, meme kanseri için tarama programlarının ve zamanında ve etkili tedavinin olmamasından büyük ölçüde etkilenmiş olabilir. Ülkede, meme kanseri tipik olarak daha sonraki aşamalarda teşhis edilir, çünkü çoğu kanser hastası yalnızca ileri kanser evrelerinde konsültasyon ister. Meme kanseri insidansının yüksek oranda görüldüğü Filipinler'de meme kanseri vakalarının %53'ü Evre III ve IV'te, sadece %2-3'ü Evre I'de teşhis edilmiştir 1,2,3. Meme kanseri ile ilgili tarama alımını ve hasta eğitimini teşvik etmenin yanı sıra, ülkede meme kanseri insidansını azaltmak için meme kanseri ile ilgili araştırma ve geliştirme çalışmaları daha fazla araştırılmalıdır.

Dünya genelinde biyobankaların kurulması, tıbbi gelişmelerin hızlanmasına izin verdi. Biyobankalar, gelecekteki araştırma ve geliştirme çalışmaları için bilimsel açıdan değerli biyolojik örneklerin depolanması ve korunması için kullanılmaktadır4. O zamandan beri, biyobankalar translasyonel araştırmalar5 ve kişiselleştirilmiş tıbbi yaklaşımların geliştirilmesi6 için kullanılmaktadır. Asya'da, biyobankalar çoğunlukla Doğu Asya'da, özellikle Çin, Japonya ve Kore'de yoğunlaşmaktadır4. Filipinler gibi Asya'daki düşük ve orta gelirli ülkelerde, biyobankacılık kavramı hala ortaya çıkmaktadır. Filipinler'deki biyobankalar çoğunlukla, daha geniş Filipin demografisinin sağlık ve maruz kalma durumunun iyi temsil edilmeyebileceği özel sağlık kurumlarına aittir.

Filipinler Manila Üniversitesi (UPM) Filipin Genel Hastanesi'nde (PGH) kanser biyobankasının kurulması, Filipinler'de kanserle ilgili çalışmaları ilerletebilecek devlet destekli bir kanser biyobankası kurmanın fizibilitesini kanıtlamıştır7. Tıbbi uzmanlık, araştırma yeniliği ve sağlık politikası arasında köprü kuran işbirlikçi bir çabayla bu temel üzerine inşa ederek, Filipinler'de meme kanseri bakımı ve araştırması alanında olumlu bir değişim yaratmaya çalışıyoruz. Bununla birlikte, bir kanser fenomeni biyobankacılık iş akışına ve ulusal ölçekte kapsamlı ve tabakalı hastaya özgü verilerin toplanmasını kolaylaştıran genişletilmiş bir yaklaşıma sahip olmak için zorunlu bir ihtiyaç vardır. Bu çalışma, meme biyopsisi ve mastektomi örneği toplama prosedürleri için protokolü açıklamakta ve bunların biyobankacılık çerçevesine entegrasyonuna odaklanmaktadır. Filipinli popülasyon bağlamında meme kanseri patogenezi konusundaki anlayışımızı ilerletmekle kalmayıp, aynı zamanda etkilenen bireylerin benzersiz genetik, çevresel ve klinik özellikleriyle uyumlu hassas tedavilerin geliştirilmesini de kolaylaştırmak.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Protokol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Bu, tanımlanmamış biyoörneklerin (tümör ve normal meme dokusu) ve çeşitli evrelerdeki 100 Filipinli meme kanseri hastasından alınan klinikopatolojik, tedavi ve sonuç verilerinin bir koleksiyonu ile prospektif, gözlemsel bir çalışmadır. Bu, Filipin Genel Hastanesi (PGH), Filipin Genom Merkezi (PGC) ve Filipinler Diliman Üniversitesi Biyoloji Enstitüsü (IB) arasında, her biri belirlenmiş görevlere sahip ortak bir çalışmadır. Protokol, Araştırma Hibeleri Yönetim Ofisine (RGAO-2020-0933) kaydedildi ve Filipinler Üniversitesi Manila Araştırma Etik Kurulu (UPMREB) tarafından UPMREB 2020-822-01 etik izin numarası altında uygulanmak üzere gözden geçirildi ve onaylandı. Kullanılan tüm laboratuvarlar, her kurumun biyogüvenlik yönergelerine uymaktadır. Hastaların PGH'den alınması, klinikopatolojik faktörler, etnik köken ve çevresel maruziyetler açısından varyans ve temsiliyeti sağladı. Numunelerle ilgili satın alma, toplama, taşıma ve diğer lojistik düzenlemeler için çerçeve olarak önceki projelerde geliştirilen ve doğrulanan standart bir işletim prosedürü (SOP) kullanılmıştır.

NOT: Protokol iş akışının özeti ve çalışmada yer alan her bir kurumun rolleri için Şekil 1 - Protokolün diyagramatik iş akışına bakınız.

1. Meme öncesi örnek alma prosedürü

  1. Bir klinik konsültasyonu veya ameliyat öncesi konferans sırasında çalışmaya dahil edilmek üzere uygun hastaları belirleyin ve tarayın.
    1. Kanser hastaları için dahil edilme kriterleri
      1. Evre 1, 2 ve 3 meme kanseri teşhisi konan 19-75 yaş arası Filipinli, kadın ve Evre 3B ve 4 meme kanseri teşhisi konan 19-70 yaş arası Filipinli kadınları içerir.
      2. Herhangi bir aşamada klinik olarak şüphelenilen veya patolojik olarak teşhis edilen invaziv meme kanseri vakalarını dahil edin.
      3. Cerrahi tedavi (modifiye radikal mastektomi veya radikal mastektomi) ya önceden (Klinik Evre I veya II) ya da neoadjuvan kemoterapi sonrası (Evre IIIB, IIIC) uygulanacak hastaları içerir. Evre IIIA hastalar, doktorun tavsiyelerine göre ön cerrahi veya neoadjuvan tedavi görebilir. Evre IV hastalar için, meme tümörünün ve bitişik normal dokunun çekirdek iğne biyopsisi yapmak isteyenler. Evre IV meme kanseri hastalarına cerrahi tedavi uygulanmayacaktır.
      4. İşe alımdan önce neoadjuvan tedavi görmüş Evre III meme kanseri hastalarını dahil edin ve eksiksiz bir tıbbi ve klinik tedavi yanıt kaydı vardır.
      5. Bilgilendirilmiş onayı anlayabilen ve imzalayabilen hastaları dahil edin.
    2. Kanser hastaları için dışlama kriterleri
      1. Meme kanserinin önceden teşhisi de dahil olmak üzere önceden veya eşzamanlı malignitesi olan hastaları hariç tutun.
      2. İki taraflı meme kanseri olan hastaları hariç tutun.
      3. Daha önce neoadjuvan radyoterapi veya hormonal tedavi gören hastaları hariç tutun.
      4. Neoadjuvan kemoterapi uygulanacak hastalar için biyopsi prosedürünün tekrarlanmasına rıza gösterilmeyen daha önce kor veya insizyonel biyopsi yapılan hastaları hariç tutun (çünkü kemoterapi öncesi taze tümör örneği elde edilemez)
      5. Rezidüel tümör olmadan daha önce eksizyonel biyopsi yapılan hastaları hariç tutun.
      6. Cerrahi tedaviyi veya neoadjuvan kemoterapiyi engelleyen komorbiditeleri olan hastaları hariç tutun.
    3. Para çekme kriterleri
      1. Katılımcıları, tıbbi bakımlarını etkilemeden güvenlik veya diğer endişeler nedeniyle istedikleri zaman geri çekilebilecekleri konusunda bilgilendirin. Bu girişimsel olmayan çalışma, katılımcılar için tedavi seçimini etkilemeyecektir.
  2. Hastadan onay alın ve veri toplama formunu doldurun.
    NOT: Atanan sorumlu üye (FIC) veya danışman, üniversite araştırma görevlisi (URA) ile birlikte onayı güvence altına alır.
  3. Çalışmaya katılımlarını onayladıktan sonra hastanın çekirdek iğne biyopsisi prosedürü için programını alın ve doğrulayın.
  4. Kurumun Etik Kurul Komitesi ve Biyogüvenlik Komitesi tarafından belirlenen ve onaylanan kılavuzlara uygun olarak işlem yapmak.

2. Meme biyopsisi örneği toplama prosedürü

NOT: Evre III ve IV hastalar için çekirdek iğne göğsü biyopsi prosedürünün ayrıntılı iş akışı için Şekil 2'ye bakın ve her prosedür için numunelerin dağılımını gösterin.

  1. Örnek toplamadan önce tüpleri GB, yani Genomik - Meme (örneğin altında olduğu çalışma), katılımcı sayısı olan ve 001 ile 100 veya daha fazla arasında değişebilen xxx ve A, C ve D harfleri olarak önceden etiketleyin. Tüplerin etiketlenmesinde kullanılacak harf kodları şunlardır:
    A - PGC'ye göndermek için çekirdek iğne biyopsisi, tümör dokusu anlamına gelir
    C - biyobankacılık için çekirdek iğne biyopsisi, tümör dokusu anlamına gelir
    D - çekirdek iğne biyopsisi, normal doku anlamına gelir
    1. Sıralama için gönderilen numuneleri laboratuvarın etiketiyle birlikte atayın: "BC" ve iki adet iki basamaklı numune numarası (ör. BC01, BC21). Her numunenin, numune toplama sırasında atanan kodla ilişkili olan karşılık gelen bir "GB" kodu vardır.
  2. Poliklinikte, ameliyathanede veya diğer aseptik ortamlarda ultrason rehberliğinde 14 G çekirdek iğne biyopsi tabancası kullanarak dokuz adede kadar doku çekirdeği elde edin.
    1. Her çekirdek için, tümörün merkezinde yaklaşık 2 cm uzunluğunda ve bitişik normal doku için tümörden 1 cm uzakta bir meme örneği alın. Her katılımcıdan iki tür örnek toplayın: tümör dokusu ve normal doku.
    2. Her numuneyi, fosfat tamponlu salin (PBS) çözeltisi içeren bir petri kabına yerleştirilmek üzere URA'ya verin.
      NOT: Bu çalışmada sadece Evre III ve IV meme kanserli hastalara core iğne biyopsileri yapıldı. Evre III hastalar için, çekirdek iğne biyopsileri kemoterapi-naif tümör örnekleri sağladı. Evre IV hastalarda, mastektomi yapılmadığı için kor iğne biyopsileri primer tümör örneği olarak görev yaptı. Evre I ve II meme kanserli hastalara çekirdek iğne biyopsisi yapılmadı. Bunun yerine mastektomi spesimenlerinden tümör ve komşu normal dokular elde edildi.
  3. Çalışma ve histopatolojik analiz arasında eşit olarak dağıtmak için biyopsi örneklerini ikiye bölün.
    1. Tümör dokusu için, 14-G iğne kullanarak çalışma hastası başına 9'a kadar çekirdek elde edin.
    2. Elde edilen tümör çekirdeklerini Petri kabında 2 gruba ayırın: RNA analizi için numuneler (6 çekirdek) ve biyobankacılık için numuneler (3 çekirdek).
    3. Her bir çekirdeği uzunlamasına 2'ye kesin, ancak bunu yapmanın zor olduğu durumlarda çekirdekleri çapraz olarak 2'ye kesin. Çekirdekleri kesmek için steril bir bıçak kullanın. Doku çekirdeğinin yarısını RNA analizi için gönderin veya biyobankacılık için saklayın. Doku çekirdeğinin diğer yarısını rutin histopatolojik analiz için Patolojiye gönderin.
    4. Normal doku için, 14 G'lik bir iğne kullanarak çalışma hastası başına 3 adede kadar çekirdek elde edin. Kontaminasyonu önlemek için tümör dokularını elde etmek için kullanılandan farklı bir iğne kullanın. Bunun mümkün olmadığı durumlarda tümör dokuları alınmadan önce normal meme dokuları elde edilir.
    5. Elde edilen her normal dokuyu, tümör dokularıyla yapılana benzer bir Petri kabına yerleştirin ve çekirdekleri ikiye bölün. Çalışma için örnekleri ve histopatolojik analiz için Patoloji Bölümüne dağıtın.
  4. Numune alındıktan sonra, numuneleri bir öncelik sırasına ve sırasına göre tüpler arasında dağıtın.
    1. Çekirdeklerin yarısını, 1.25 mL RNA stabilizasyon çözeltisi ile önceden doldurulmuş belirlenmiş 2 mL kriyoviyal içine yerleştirin (RNA analizi için tüm çekirdekler 1 şişede bir araya getirilir ve biyobankacılık için tüm çekirdekler ayrı bir şişede yerleştirilir, numuneleri her zaman soğuk sıcaklıkta tutun) ve bu çekirdeklerin karşılık gelen yarısını sıradan numune şişesine/tüpüne yerleştirin ve %10 nötr tamponlu formalin (%10 NBF) ile sabitleyin, histopatolojik analiz için. Belirlenen merkeze giden (örneğin, RNA analizi için gönderilen numuneler) ve ilgili Patoloji numunesi olmak üzere karşılık gelen iki yarı grubun aynı numune koduna sahip olduğundan emin olun.
  5. Cerrahi patoloji formlarını doldurun. Formlarla birlikte, formalin ile sabitlenmiş Patoloji örneklerini rutin histopatoloji için Patolojiye gönderin.
  6. RNA stabilizasyon solüsyonu (ideal olarak solüsyonun dokuya oranı 5: 1, yani 0.25 cm doku ise, 1.25 mL RNA stabilizasyon solüsyonu) içeren tüplere batırılmış çekirdek iğne biyopsi örneklerini parafilm ile kapatın.
  7. Numuneleri 4 °C'de 24 saat saklayın ve ardından -80 °C sıcaklıktaki ultra düşük dondurucuya aktarın.
    NOT: Saklama ile ilgili bir kılavuz Bölüm 4'te (Numunelerin saklanması, paketlenmesi ve taşınması) ele alınacaktır.

3. Meme mastektomi örneği toplama prosedürü

  1. Bölüm 1'deki meme öncesi örnek alma prosedürünü izleyin.
    NOT: Çalışmaya kayıtlı Evre I, II ve III hastalara Ameliyathanede (OR) mastektomi uygulanacaktır. Evre I ve II hastalar için mastektomi önceden yapılırken, Evre III hastalar için mastektomi sadece 8 döngü neoadjuvan tedavinin tamamlanmasının ardından yapılacaktır. Evre 4 için mastektomi örneği toplanmaz. İşlem başına numune dağılımını gösteren ayrıntılı meme mastektomi numune toplama protokolü için Şekil 3'e bakınız.
  2. Programı işbirlikçiler ve Patoloji departmanı ile koordine edin. Bunu, prosedürün hedef tarihinden en az 2 gün önce yapın. Belirlenen programda değişiklik olması durumunda, programda herhangi bir çakışmayı önlemek için ilgili personeli hemen bilgilendirin.
  3. Örnek toplamadan önce tüpleri GB, yani Genomik Meme (örneğin altında olduğu çalışma), katılımcı sayısı olan ve 001 ile 100 veya daha fazla arasında değişebilen xxx ve E ve F harfleri olarak önceden etiketleyin. Tüplerin etiketlenmesinde kullanılacak harf kodları şunlardır:
    E - mastektomi, tümör dokusu, PGC, IB'ye göndermek ve biyobankacılık için anlamına gelir
    F - mastektomi, normal doku anlamına gelir
    1. Sıralama için gönderilen numuneleri laboratuvarın etiketiyle birlikte atayın: "BC" ve iki haneli numune numarası (ör. BC01, BC21). Her numunenin, numune toplama sırasında atanan kodla ilişkili olan karşılık gelen bir "GB" kodu vardır.
  4. Ameliyat sırasında, numuneyi beklerken cerrahi patoloji formlarını doldurun. Örnek toplama için gerekli hazırlıkları yapmaları için sorumlu patoloğa güncellemeleri gönderin.
  5. Meme numunesinin çıkarılmasından ve belgelenmesinden hemen sonra numuneyi temiz bir plastik/numune torbasına koyun. Soğuk iskemik zamanı en aza indirmek için mastektomi spesimeninin derhal Patoloji bölümüne getirildiğinden emin olun. Numuneyi gönderdikten sonra formalin içine koymayın.
    NOT: Mastektomi sırasında örnek eylem fotoğrafları Şekil 4'te gösterilmiştir (Mastektomi prosedürü sırasında örnek toplamanın temsili görüntüleri).
  6. Brütleme üzerine her örnekten iki tür numune alın: tümör dokusu ve normal doku.
    1. Tümör dokusu
      1. Örnek başına 1 cm × 1 cm × 1 cm tümör dokusu ölçülerinde en az bir blok (tercihen daha fazla) elde edin.
      2. Elde edilen doku bloğunu, her yarım blok 1 cm × 0,5 cm × 0,5 cm ölçülerinde olacak şekilde iki parçaya kesin. Doku bloğunun yarısından fazlasını biyobankacılık ve analiz için URA'ya verin ve ardından diğer yarısını rutin histopatoloji için formalin içinde sabitleyin.
      3. Taze dokunun yarım bloğunu eşit şekilde üçe bölün. Bu, RNA dizilimi, biyobankacılık ve organoid kültürü için tasarlanacaktır.
      4. RNA dizilimi için: Hemen önceden soğutulmuş, önceden etiketlenmiş 5 mL kriyoviyallere koyun, önceden doldurulmuş 2.5 mL RNA stabilizasyon solüsyonu ile önceden doldurulmuş (30 dakikayı geçmemelidir, her zaman soğuk tutulmalıdır).
      5. Biyobankacılık için: Hemen 2,5 mL RNA stabilizasyon çözeltisi ile önceden soğutulmuş, önceden etiketlenmiş ve önceden doldurulmuş 5 mL kriyoviyallere yerleştirin (30 dakikayı geçmemelidir, her zaman soğuk tutulmalıdır).
      6. Organoid kültürü için: Hemen 5 mL doku saklama solüsyonu ve 0.01 mL Primocin (30 dakikayı geçmemek üzere, her zaman soğuk tutulmalıdır) ile önceden soğutulmuş, önceden etiketlenmiş ve önceden doldurulmuş 15 mL konik şişelere yerleştirin. Numunenin farklı bölümlerinden elde edilen tüm tümör bloklarının üçte birini bir konik tüpte bir araya getirin.
    2. Normal doku
      1. Örnek başına 1 cm × 1 cm × 1 cm normal meme dokusu ölçülerinde en az bir blok (tercihen daha fazla) elde edin.
      2. Elde edilen doku bloğunu, her yarım blok 1 cm × 1 cm × 0,5 cm olacak şekilde iki parçaya kesin. Doku bloğunun yarısından fazlasını biyobankacılık ve analiz için URA'ya verin ve ardından diğer yarısını rutin histopatoloji için formalin içinde sabitleyin.
      3. Çalışma için doku bloğunu eşit olarak ikiye bölün. Bunlar RNA dizilimi ve biyobankacılık için tasarlanacaktır.
      4. RNA dizilimi için: Hemen önceden soğutulmuş, önceden etiketlenmiş 5 mL kriyoviyallere yerleştirin, RNA stabilizasyon solüsyonu ile 2,5 mL kriyoviyallerle önceden doldurun (30 dakikayı geçmesin, her zaman soğuk sıcaklıkta tutun).
      5. Biyo-bankacılık için, hemen RNA stabilizasyon çözeltisi ile önceden soğutulmuş, önceden etiketlenmiş ve önceden doldurulmuş 2,5 mL kriyoviyallere yerleştirin (30 dakikayı geçmesin, her zaman soğuk sıcaklıkta tutun).
        NOT: "E" etiketli tümör örnekleri tipik olarak örneğin üç veya daha fazla farklı bölümünden elde edilir. Karışıklığı önlemek için, RNA analizi ve biyobankacılık için tasarlanan tümör örnekleri E1, E2, E3 vb. olarak etiketlenmiş ayrı tüplere yerleştirilirken, hücre kültürü için amaçlanan havuzlanmış tümör örnekleri basitçe E olarak etiketlenmiş tüplere yerleştirilmelidir. E1, E2 ve E3 etiketli numuneler için, her bir doku numunesinin tümöre göre göreceli konumu/konumu (örneğin, merkez, saat 10 konumu) kaydedilmelidir.
  7. Mastektomiden elde edilen numuneleri içeren kriyoviyalleri parafilm ile kapatın.
  8. Kriyoviyalleri 24 saat boyunca 4 °C'de saklayın ve sonunda uzun süreli saklama için -80 °C sıcaklıktaki ultra düşük dondurucuya aktarın.
  9. Havuzlanmış tümör bloklarını içeren konik tüpü paketleyin ve taşıma için hazırlayın. Bu tümör blokları, organoidlere hücre kültürü için kullanılacaktır.

4. Numunelerin depolanması, paketlenmesi ve taşınması

  1. Tümörü ve normal dokuları içeren tüm kriyoviyalleri hemen parafilm ile kapatın ve bunları 4 ° C'de 24 saat saklayın. 24 saat sonra, tüpleri yaklaşık 2-4 saat boyunca -20 ° C'ye aktarın ve ardından nakliyeye kadar uzun süreli depolama için süresiz olarak -80 ° C'ye aktarın.
  2. Numunenin kimliğinden emin olmak için rutin histopatoloji sonuçları ve tümör yüzdeleri de dahil olmak üzere RNA analizi için numunelerin taşınmasından önce numune izleyiciyi ve veritabanını güncelleyin.
  3. Taşımadan önce her numune için bir taşıma manifestosu gerçekleştirin. Paketleme işleminin hızlı olduğundan ve numuneleri içeren tüplerin uzun süre oda sıcaklığında (RT) bırakılmadığından emin olun.
    1. Sızıntıyı önlemek için tüm kriyoviyal kapakları parafilm ile kapatın.
    2. Tüm tüpleri bir test tüpü rafına yerleştirin.
    3. Sıcaklık kaydediciyi ayarlayın ve taşımak için tüplerin yanındaki rafın üzerine yerleştirin.
    4. Tüpleri emici malzemeyle, ardından balonlu naylon ile sarın ve öğeleri yeniden kapatılabilir torbanın içine yerleştirin. Torbanın içindeki öğeleri kapatmadan önce sıcaklık kaydedicinin sıcaklık kaydettiğinden ve tüplerin sağlam ve dik olarak yerleştirildiğinden emin olun.
    5. Jel paketlerini polistiren nakliye kutusunun altına yerleştirin, ardından tüpleri içeren yeniden kapatılabilir torbayı jel paketlerinin üzerine yerleştirin. Torbanın üzerine başka bir kat jel paketi koyun. Numunelerin taşıma sırasında soğuk tutulmasını sağlamak için tüplerin jel paketleri arasına sıkıştırıldığından emin olun.
    6. Polistiren kutuyu kapatın ve bir karton nakliye kutusunun içine koyun. Büyük bir karton kutu yoksa, daha büyük bir polistiren kutu kullanın. Tamamlanan taşıma manifestosunu kilitli bir torbanın içine yerleştirin ve kutunun içine koyun. Öğelerin kutu içindeki yerleşimi Şekil 5'te gösterilmiştir.
    7. Karton kutuyu kapatın ve uygun nakliye etiketini kutunun dışına yerleştirin.
  4. Alıcıyı numune toplama programı ve numunelerin hedef gönderiminin ne zaman olacağı konusunda bilgilendirin.
    1. Organoid kültür için sadece mastektomilerden türetilen tümör dokuları gönderilir ve kullanılır. Bunların taze, ıslak buz üzerinde ve numune alındıktan sonra 24 saat içinde teslim edildiğinden emin olun. Numuneler paketlendikten ve kutu mühürlendikten sonra, onları taşımak için hızlı bir şekilde bir kurye ayırtın. Ciddi bir sıcaklık düşüşü veya yükselmesi numunelerin canlılığını tehlikeye atabileceğinden, kutuların uzun süre yüksek sıcaklıktaki alanlarda bırakılmayacağından emin olun.
    2. Kuryeye teslim etmeden önce, sevk edilen flakon / tüp sayısını ve kuryenin Biobank'tan ne zaman ayrıldığını not edin. Paketin varışından sonra, alıcının aşağıdakilere dikkat ettiğinden emin olun: Varış ve belirlenen merkeze teslim alma zamanı, varış sıcaklığı, alınan şişe/tüp sayısı ve güvenliği ihlal edilmiş herhangi bir numune
    3. RNA analizi için, numuneleri RNA analizi için göndermeden önce, teslim edilecek numunelerin Cerrahi Patoloji Bölümünden karşılık gelen bir histopatoloji sonucuna ve tümör yüzdelerine sahip olup olmadığını kontrol edin. RNA ekstraksiyonu için gönderilecek her hasta için en yüksek tümör içeriğine sahip doku bloğunu belirleyin ve seçin. Numuneleri sadece tümör yüzdeleri olanları taşıyın.
    4. Toplu işlemeyi kolaylaştırmak için numuneleri 40'tan fazla olmayan gruplar halinde gönderin. Çekirdek iğne biyopsisi veya mastektomiden tümör dokusu ve mastektomiden normal doku kombinasyonunun herhangi bir kombinasyonunu seçin. Çekirdek iğne biyopsisinden alınan normal doku taşınacaksa aşağıdaki koşulları gözden geçirin:
      -Evre 3 olarak kaydoldu, ancak histopatoloji sonucu Evre 4'ü gösteriyor
      -Evre 3 olarak kayıtlı, ancak histopatoloji sonucu hastalığın loko-bölgesel ilerlemesini gösteriyor.
    5. Tüm numunelerin ıslak buz üzerinde taşındığından emin olun. 3D hücre kültürü için numune gönderirken izlenen protokole benzer şekilde, numuneler paketlendikten ve kutu mühürlendikten sonra, nakliye için derhal bir kurye ayırtın. Kutuları uzun süre yüksek sıcaklıktaki alanlarda bırakmaktan kaçının, çünkü önemli sıcaklık dalgalanmaları numunelerin canlılığını tehlikeye atabilir.
    6. Kuryeye teslim etmeden önce, sevk edilen flakon / tüp sayısını ve kuryenin Biobank'tan ne zaman ayrıldığını not edin. Paketin varışında aşağıdakilere dikkat edin: varış zamanı ve belirlenen merkeze teslim alma, varış sırasındaki sıcaklık, alınan şişe/tüp sayısı ve (varsa) güvenliği ihlal edilmiş herhangi bir numune.
  5. Gönderilen numunelerin veritabanını güncelleyin ve numunelerin daha fazla işlenmesinden önce gereken tüm gerekli bilgileri girin. Veritabanını haftada bir kez izleyin ve değerlendirin.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Sonuçlar

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Çekirdek iğne biyopsisi sırasında örneklerin toplanması için, prosedürün ultrason rehberliğinde yapılması, hasta rahatlığı ve iş akışının verimliliği ile örneklerin RNA bütünlüğü üzerinde büyük bir etkiye sahipti. Bu yapılmazsa, beklenen sonuçlar elde edilemeyebilir ve hastaların prosedürü tekrarlamak için kliniklere geri dönmeleri gerekir, bu nedenle numune toplama ve işleme uzar.

Buna ek olarak, sorumlu patolog tarafından yapılan numune başına tümör yüzdeler...

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Tartışma

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Bu protokolün başarılı bir şekilde uygulanması, yalnızca teknik hassasiyete değil, aynı zamanda tutarlı numune kalitesi ve veri bütünlüğünü sağlamak için klinik ve araştırma ekiplerinin koordinasyonuna da dayanır. Bu protokol, tanısal doğruluğu en üst düzeye çıkarmak ve sonraki moleküler analizler için uygun yüksek kaliteli biyonumuneler oluşturmak için tasarlanmış birkaç temel prosedürü içerir. Anahtar adımlar arasında hem normal hem de tümör meme dokusunu elde etmek için ultrason kılav...

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Açıklamalar

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Yazarların ifşa etmesi gereken finansal, kişisel veya kurumsal herhangi bir çıkar çatışması yoktur.

Teşekkürler

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Bu araştırma, Filipin Sağlık Araştırma ve Geliştirme Konseyi (DOST-PCHRD) Bilim ve Teknoloji Bakanlığı tarafından finanse edilmekte ve Filipin Genom Merkezi (PGC) ve Filipinler Diliman Üniversitesi - Biyoloji Enstitüsü (UPD-IB) ile işbirliği içinde yürütülmektedir. Yazarlar ayrıca bu protokolün optimize edilmesindeki yardımları için Bay Lech Havel Tizon, Bay Conrad Chong ve Bayan Valibia'ya ve bu protokolün filme alınmasına katkıda bulunan patoloji asistanları Dr. Clarisse Veronica Mirhan ve Dr. Patricia Franco'ya teşekkür eder.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Malzemeler

Bu makalede kullanılan malzemelerin listesi
AdŞirketKatalog numarasıYorumlar
%37 Formalin çözeltisiPHILUSA ŞirketiYokHistopatolojik analiz için dokuların koruyucusu olarak kullanılır
%70 İzopropil alkolYeşil Haç A.Ş.YokDezenfektan olarak kullanılıyor
Barkod yazıcıZebraGC420tÖrnekleri içeren etiketleme tüplerinde kullanılacak barkod etiketlerinin basılması için
Çamaşır suyuYeşil Haç A.Ş.YokDezenfektan olarak kullanıldı; cerrahi aletlerin dekontaminasyonu için
Mavi buz paketleriRubbermaid1002Numunelerin taşınma sırasında düşük sıcaklıklarda tutulması için
Çekirdek iğne biyopsisi 14-G iğneBardMN1410Anatomik bir yapıdan (biyopsi) küçük bir doku örneğinin otomatik olarak çıkarılması ve çevresindeki doku hasarının minimum olmasına yol açarak biyopsi tabancası el parçasına bağlanacak şekilde tasarlanmış invaziv tübüler cerrahi alet, doku patolojik inceleme/test için.
Çekirdek iğneli meme biyopsi tabancasıBardMG1522Çekirdek iğne biyopsisi sırasında doku örnekleri toplamak için kullanılan yeniden kullanılabilir çekirdek biyopsi cihazı
Tek kullanımlık Petri Kabı 90 mm x 15 mmPhoenix Biyomedikal ÜrünleriLOT: 20220206PBS'ye dokular batırıldığında çekirdek iğne biyopsisi örneği toplamada kullanılır
Dulbecco'nun fosfatla tamponlanmış tuzlu suyu (PBS)Thermo Fisher Scientific21600010Hücrelerin ayrışmadan önce yıkanması, hücrelerin veya dokunun taşınması, sayma için hücrelerin seyreltiltilmesi ve reaktiflerin hazırlanması gibi çeşitli hücre kültürü uygulamaları için kullanılan dengeli bir tuz çözeltisi.
ForsepsYerel TedarikçiYok
Kimtech Science KimWipes Hassas Görev SilecekleriKimberly Clark ProfesyonelKC341204.3 x 8.4 inç. (11,0 cm x 21,3 cm); 1 katlı 280 Count; Yüzeyleri, parçaları, aletleri ve tıbbi ofisleri temizlemek için bu mendiller sıvıları, tozu ve küçük partikülleri kolayca temizler.
MACS Doku depolama çözümüMiltenyi Biotec130-100-008Taze organ ve doku örneklerinin optimize bir şekilde depolanmasını sağlamak için kullanılan depolama çözümü
MikropipetŞanghay Lichen Instrument Technology Co., Ltd.STEM-GC-3197-Yküçük hacimlerde sıvıların pipetlenmesi/aktarılması için
Mikropipet uçlarıTarsons521100küçük hacimlerde sıvıların pipetlenmesi/aktarılması için
ParafilmParafilm M5259-04LC PM996Sızıntıları önlemek için tüplerin hava geçirmez ve nem geçirmez şekilde sızdırmazlığı için
Primosin 250 mg (5 x 1 mL)InvivoGenant-PM-05Dokuları mikrobiyal kontaminasyondan korumak için kullanılır
Buzdolabı (4 derece ve derece; C)LGModel: GR-Y331SLZBDoku örnekleri ve reaktiflerin depolanması için
RNAlater çözümüThermo Fisher ScientificAM7021dokuların depolanması ve biyobankacılığında kullanılan RNA stabilizasyon çözümü
Steril 15 mL konik tüpü Termo Bilimsel339650Doku depolamada kullanılan reaktif/ortamların alikotlarını yapmak için kullanılır
Steril 5 mL KriyoviallerTermo Bilimsel5000-1020Doku depolamada kullanılan reaktif/ortamların alikotlarını yapmak için kullanılır
Steril bistüri bıçağı (#11)SurgitechYokTümör ve normal meme dokularını kesmek için
Cerrahi makas (18,5 cm 7 & frac14; " str)Olten InstrumentsBO-0125Tümör ve normal meme dokularını kesmek için
Sıcaklık kaydediciExtech Instruments42280Numunelerin taşınması sırasında sıcaklık ve nem kaydı için
Doku mürekkebiEpredia3120123Histopatolojik analiz için çıkarılmış cerrahi örneklerin kenarlarını boyamak için
Ultra düşük dondurucuHaier BiomedicalDW-86L579Tümör ve normal meme dokularının süresiz depolanması için
İdrar numunesi kabı 60mLSure Guard0016UCS06PCHistopatolojik analiz için dokuların depolanması için
Ziplock TorbalarReynolds Tüketici Ürünleri LLCNumunelerin taşınma için paketlenmesinde kullanılır

Kaynaklar

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Wu, T., Lee, J. Promoting breast cancer awareness and screening practices for early detection in low-resource settings. Eur J Breast Health. 15 (1), 18-25 (2018).
  2. De Leon Matsuda, M. L., et al. BRCA1 and BRCA2 mutations among breast cancer patients from the Philippines. Int J Cancer. 98 (4), 596-603 (2002).
  3. Ngelangel, C. A., Wang, E. H. M. Cancer and the Philippine Cancer Control Program. Jpn. J Clin Oncol. 32 Suppl, S52-S61 (2002).
  4. Lee, S., Jung, P. E., Lee, Y. Publicly-funded biobanks and networks in East Asia. SpringerPlus. 5 (1), 1080(2016).
  5. Murtagh, M. J., Demir, I., Harris, J. R., Burton, P. R. Realizing the promise of population biobanks: a new model for translation. Hum Genet. 130, 333-345 (2011).
  6. Coppola, L., et al. Biobanking in health care: evolution and future directions. J Transl Med. 17 (1), 172(2019).
  7. Sajo, M. E. J. V., et al. A pilot cancer-phenome biobanking system in a low-resource Southeast Asian setting: The Philippine general hospital biobank experience. Biopreserv Biobank. 18 (3), 180-188 (2020).
  8. Considerations for RNA Seq Read Length and Coverage. , Illumina Knowledge. https://knowledge.illumina.com/library-preparation/rna-library-prep/library-preparation-rna-library-prep-reference_material-list/000001243 (2024).
  9. Evidence-based clinical practice guidelines for early breast cancer. Phil J Surg Specialties. 68 (2), 41-74 (2013).
  10. Al-Ismaeel, A. H., Nugud, A., Nugud, A., Nugud, S. Ultrasonography-guided core needle biopsy diagnostic value in breast lump assessment: An experience from the Middle East. J Diagn Med Sonogr. 37 (1), 5-11 (2021).
  11. Poontananggoon, S. Accuracy of ultrasound-guided core-needle biopsy on non-palpable breast masses. Srinagarind Med J. 35 (2), 125-128 (2020).
  12. Finak, G., et al. Gene expression signatures of morphologically normal breast tissue identify basal-like tumors. Breast Cancer Res. 8 (5), R58(2006).
  13. Johnson, K. C., et al. Normal breast tissue DNA methylation differences at regulatory elements are associated with the cancer risk factor age. Breast Cancer Res. 19 (1), 81(2017).
  14. Smits, A., et al. The estimation of tumor cell percentage for molecular testing by pathologists is not accurate. Mod Pathol. 27, 168-174 (2014).
  15. Busheri, L., et al. Breast cancer biobank from a single institutional cohort in an urban setting in India: Tumor characteristics and survival outcomes. Cancer Treat Res Commun. 28, 100409(2021).
  16. Pekar, G., et al. Biobanking multifocal breast carcinomas: sample adequacy with regard to histology and DNA content. Histopathology. 68, 411-421 (2016).

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Yeniden basım ve izinler

Bu JoVE makalesinin metnini veya şekillerini yeniden kullanmak için izin iste

İzin iste

Etiketler

Breast Cancer BiobankingCore Needle BiopsyRNA SequencingOrganoid CultureTumor Tissue CollectionNormal Tissue CollectionUltrasound Guided BiopsyCryo Vial StoragePersonalized MedicineThree Dimensional Culture

İlgili makaleler