Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliğiniz gereklidir. Giriş yapın veya ücretsiz denemenizi bugün başlatın.

Yöntem makalesi

Nehir kenarı ve su böcekleri arasında moleküler operasyonel taksonomik birimler (MOTU'lar) oluşturmak için bir karışım boru hattı

914 görüntüleme

⸱

DOI:

10.3791/68323

⸱

11 Temmuz 2025

 ,  , 
1Ateneo Biodiversity Research Laboratory, Department of Biology, School of Science and Engineering, Higher Education Cluster, Ateneo de Manila University, 2Ateneo Institute of Sustainability, Ateneo de Manila University, 3Ateneo School of Medicine and Public Health, Higher Education Cluster, Ateneo de Manila University

Bu makalede

Özet

Burada sunulan protokol, böceklerden üretilen sitokrom c oksidaz alt birim I (COI) gen dizilerinin bilgisayar tabanlı işlenmesi konusunda kullanıcılara rehberlik etmeyi amaçlamaktadır, öyle ki moleküler operasyonel taksonomik birimler (MOTU'lar) adı verilen tür kümeleme hipotezi DNA'dan üretilebilir.

Özet

Biyoçeşitlilik düşüşü hayal bile edilemeyecek oranlarda gerçekleşiyor, ancak biyolojik çeşitliliğin izlenmesi, temel çeşitliliğin eksik envanteri ve yetenekli taksonomistlerin azalan nüfusu da dahil olmak üzere çok sayıda faktör tarafından engelleniyor. "Karanlık taksonların" veya taksonomide sıklıkla yeterince incelenmeyen aşırı çeşitli grupların tür envanterindeki bu engeli kapatmak, aşılmaz çevresel baskılarla karşı karşıya kalan tropik bölgelerde özellikle önemlidir. Morfolojiye dayalı alfa taksonomisi, türlerin tanımlanmasında altın standart olmaya devam ederken, DNA tabanlı yöntemler, türlerin tanımlanması ve keşfedilmesinin hızlandırılmasında muazzam bir potansiyel göstermektedir. Burada, Filipinler'den Limnichidae familyasından Byrrhinus Motschulsky, 1858 ve Hydrophilidae familyasından 1859 Anacaena Thomson olmak üzere, son derece göze çarpmayan iki böcek cinsi üzerinde uygulanan altı moleküler tür sınırlama yaklaşımını içeren moleküler operasyonel taksonomik birimler (MOTU'lar) oluşturmak için bir karışım boru hattını açıklıyoruz. Bu protokol DNA barkodlarının işlenmesine odaklandığından ve bu genetik verilerin dizileme yoluyla veya çevrimiçi veritabanlarından indirilerek elde edilebileceği göz önüne alındığında, burada açıklanan protokolün başlangıç noktası DNA dizileridir. COI barkodları göz önüne alındığında, boru hattı, girdi verileri olarak dizi hizalamayı kullanan TaxonDNA, K2P ve ASAP olmak üzere üç eşik tabanlı moleküler tür sınırlama yaklaşımının bir kombinasyonunu kullanır. Ek olarak, boru hattı, giriş verileri olarak bir ağaç dosyası gerektiren PTP-ML, PTP-BI ve mPTP olmak üzere üç birleştirici tabanlı yaklaşımla ilerler. Bazı yaklaşımlar web sunucularının kullanımını gerektirirken, diğerleri yerel yazılımı kullanır. Sunulan algoritmik yöntemlerin seçilmesiyle, MOTU'lar fikir birliği veya çoğunluk ile tanımlanabilir. Dikkat çekici bir şekilde, bu boru hattı, aynı veya bitişik bölgelerden belgelenenler de dahil olmak üzere, Filipinler'den neredeyse göze çarpan böcek türlerini tanımladı.

Giriş

Çeşitli taksonlar 1,2,3,4 arasında benzeri görülmemiş küresel tür düşüş oranlarıyla birlikte, daha önce keşfedilmemiş ve tanımlanmamış türleri içeren kapsamlı bir biyoçeşitlilik envanteri oluşturma itici gücü, zamana karşı bir yarış haline gelir 2,5. Birincisi, biyolojik çeşitliliğin korunması ancak uygun taksonomik bilgiışığında anlamlıdır 6,7. Bu nedenle, yakından ilişkili ancak farklı türlerin benzersiz temel nişlere sahip olabileceği göz önüne alındığında, biyolojik çeşitliliğin tür düzeyinde tanımlanması gereklidir8.

Böcek sistematiğinde, alfa taksonomisi veya geleneksel taksonomi, hayvan gruplarının hepsine olmasa da çoğuna benzer şekilde tür tanımlamasında altın standarttır9. Bu yaklaşım, organizmaları daha yüksek taksonomide sınıflandırmak ve tür düzeyinde tanımlama sağlamak için morfolojik karakterlere dayanır10,11. Birçok durumda, aile12 ve hatta cins düzeyinde tanımlama13, vücut formu ve özel adaptasyonlar gibi tek başına dış morfolojik özellikler kullanılarak yapılabilir. Bu arada, böceklerde tür düzeyinde tanımlama genellikle aedeagus veya erkek cinsel organının yapısal detaylarının karşılaştırılması yoluyla yapılır 14,15,16.

Bu morfolojiye dayalı alfa taksonomisinin geniş çapta kabul görmesine rağmen, tür keşfine yönelik bu yaklaşım, özellikle omurgasızlar arasında çok sayıda 'taksonomik engel'6,17,18 tarafından engellenmektedir19. Böcek sistematiğinde, alfa taksonomisi kullanılarak tür tanımlama ve/veya keşif, sınırlı sayıda yetenekli taksonomistesahip olmanın zorluklarıyla karşı karşıyadır 20,21, kısa ve zar zor bilgilendirici önceki açıklamalar22 ve literatüre ve tip örneklerine erişimle ilgili lojistik sorunlar23.

Bu, söz konusu takson şifreli veya çok göze çarpmayan olduğunda daha da kötüleşir. Kriptik türler, ince türler arası fenetik farklılıklar göz önüne alındığında, karşılaştırmalı morfoloji ile kolayca tanımlanamayan aynı cinsin veya hatta farklı cinslerin tür kümesini ifade eder24. 'Karanlık taksonlar'25,26,27 olarak kabul edilen bazı şifreli taksonlar, ayrıca aşırı çeşitliliğe sahip olmakla birlikte çok az çalışılmış olmaktan muzdariptir. Ne yazık ki, bu nehir kenarı ve su böceklerinde nadir değildir 8,28. Kriptik karanlık taksonlar arasındaki tür tanımlamasının ele alınmaması, potansiyel olarak farklı nişlere ve ekolojik gereksinimlere sahip organizmalara herkese uyan tek bir koruma önlemi verildiğinden, biyolojik çeşitliliği tehdit etmektedir 8,29.

Bu zorluklar göz önüne alındığında, 'bütünleştirici taksonomi'23 veya alfa taksonomisini başka bir kanıt dizisiyle birleştirme yaklaşımı, son yirmi yılda yeni türler oluşturmanın bir yolu olarak ilgi gördü30,31,32. Böcekler 33,34,35,36,37,38,39 ve diğer böcek takımları 40,41,42,43,44,45 üzerindeki bütünleştirici taksonomik çalışmalarda kullanılan bu tür bir kanıt dizisi DNA dizisidir. Özellikle, mitokondriyal sitokrom c oksidaz alt birimi I (COI) geni, orta derecede muhafazakar doğası nedeniyle çeşitli hayvan kümesini barkodlamak için kullanılmaktadır 46,47,48. 'Barkodlama fragmanı' veya 'Folmer fragmanı' olarak da bilinen 658bp uzunluğundaki 5'-ucu (COI-5'), 'teşhis' dizisi49 olarak önerilmiş olsa da, 723 bp-uzunluğundaki COI-3' de 3'-uç50,51,52 için sağlam bir primer seti sayesinde kullanılmaktadır.

COI kullanarak DNA barkodlaması, tür düzeyinde tanımlama için tasarlanmış olsa da, GenBank54 ve BOLD55 gibi a priori dizi deposu53 ile sınırlıdır, moleküler tür sınırlama yaklaşımları, ön koşul deposu56 olmaksızın yalnızca sağlanan DNA dizilerini kullanarak tür sınırlarını belirler. Giriş dosyasına dayalı olarak iki sınıf moleküler tür sınırlama yaklaşımı vardır. İlk olarak, girdi olarak dizi hizalamasını kullanan eşik tabanlı yaklaşımlar,48,57,58 türü arasındaki ve içindeki farklılığı belirlemek için kesme değerlerini kullanır. Mesafeye dayalı yöntemler olarak, bu yaklaşımlar, böcekler için gözlemlenen maksimum %3'lük bir tür içi mesafeye dayanır ve bu da 'barkodlama boşluğu' olarak adlandırılır51,59. Eşik tabanlı yaklaşımlardan bazıları, TaxonDNA60'ta uygulanan SpeciesIdentifier, Kimura 2 parametreli (K2P)61 aracılığıyla genetik mesafe ve Otomatik Bölümleme (ASAP) ile Türleri Birleştir'dir.62.

İkinci olarak, ağacı girdi dosyası olarak kullanarak, birleştirici tabanlı yaklaşımlar, soy dallanma oranındaki 63,64,66 değişikliği belirleyerek tür sınırlarını belirler ve bağımsız soyları sıralar. Genellikle filogenetik tür kavramı67'ye dayanan birleşim temelli yaklaşımlar, Poisson ağacı süreçlerini (PTP)68 ve bunların varyasyonu, çok oranlı PTP69'u içerir. Her durumda, moleküler tür sınırlama yaklaşımları tarafından oluşturulan kümeler topluca moleküler operasyonel taksonomik birimler (MOTU'lar) olarak adlandırılır.

Burada, üç eşik tabanlı yaklaşım ve üç birleştirici tabanlı yaklaşım içeren MOTU'lar oluşturmak için bir karışım boru hattı için yöntemler sunuyoruz (Şekil 1). Boru hattı iki veri kümesi üzerinde test edilmiştir, yani (1) nehir kenarı Byrrhinus Motschulsky'nin COI-3' dizileri, 1858 böcekleri, daha önce bütünleştirici taksonomi ve tanımlanmamış türlerden ek diziler kullanılarak oluşturulmuş iki yayınlanmış türden35 oluşur ve (2) Anacaena Thomson, 1859 böceğinin COI-5' dizileri, yayınlanmış iki türdendizilerden oluşur 70 daha önce alfa taksonomisi ve tanımlanmamış türlerden ek diziler kullanılarak dikilmişti.

figure-introduction-1
Şekil 1: MOTU'ları oluşturmak için karışım boru hattının akış şeması. Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Protokol

Bu karışım boru hattı için başlangıç materyalleri, çevrimiçi depolardan (örneğin, BOLD, GenBank) indirilebilen veya Sanger dizilimi71'den oluşturulabilen DNA dizileridir. Tablo 1 ve Tablo 2 , temsili sonuçları bu yazıda sunulan veri kümelerinin katılım sayılarını listeler.

1. Eşik tabanlı yaklaşımlar için hazırlık adımı: Dizi hizalama

  1. MEGA X72'de yükleme dizileri.
    NOT: MEGA X şu adresten indirilebilir: https://www.megasoftware.net/
    1. Açılır menüyü açmak için Hizala'ya tıklayın. Alignment'ı Düzenle/Oluştur'a tıklayın ve Yeni bir hizalama oluştur'u seçin. Bu seçimi onaylamak için Tamam'a tıklayın. Hizalama için veri türü olarak DNA'yı seçin.
    2. Fareyi Düzenle sekmesinin üzerine getirin ve Dosyadan Sıra Ekle'yi seçin. Dizilerin bulunduğu dizine gidin ve MEGA'ya yüklenmek üzere bunları seçin.
  2. Alignment'a tıklayarak dizileri hizalayın ve ardından Align by ClustalW73'e tıklayın. Varsayılan ayarlarla devam edin ve Tamam'a tıklayın.
  3. Her iki ucu da kırparak ve ekleme veya silmeleri temizleyerek dizileri manuel olarak düzenleyin.
    1. Eklemeleri silmek için, eklenen tabanlara ve/veya konumlara tıklayın ve klavyede Delete tuşuna basın.
    2. Silme işlemlerini düzeltmek için, "-" ile gösterildiği gibi silinmiş olması gereken konuma tıklayın. "-" işaretini silin ve istenen tabanı yazın.
    3. Tüm dizilerin bir karaktere sahip olduğu en erken konumu bulun. Belirlenen konumun solundaki konumun satır başlığındaki boş kutuya tıklayın ve başlangıç sonu seçilene kadar tüm diziler için fazla konumlar olana kadar sürükleyin. Kırpmak için Delete tuşuna basın.
    4. Tüm dizilerin bir karaktere sahip olduğu son konumu arayarak 1.3.3 adımını tekrarlayın. Belirlenen konumun sağındaki konumun başlık satırındaki boş kutuya tıklayın, terminal sonu seçilene kadar tüm diziler için fazla konumlar olana kadar sürükleyin. Delete tuşuna basın.
      NOT: Şekil 2A , DNA dizilerinin iyi bir hizalamasını göstermektedir. Son veri kümesi, eşit uzunlukta dizilerden oluşan bir matristir; Bu nedenle, dizi uzunluğu çalışmanın sonuçlarını etkileyen bir faktör değildir. Referans dizileri, hizalama matrisinin son uzunluğu için bir temel görevi görür.
  4. COI'nin bir protein kodlayan dizi olduğu göz önüne alındığında, durdurma kodonlarını kontrol etmek için diziyi çevirin.
    1. Tüm dizileri seçin, ardından Çevrilmiş Protein Dizileri sekmesine tıklayın.
    2. İstendiğinde, genetik kodu Omurgasız Mitokondriyal olarak doğrulayın. Genetik kod farklıysa, Hayır'a tıklayın ve Omurgasız Mitokondriyal genetik kodu kutusunu işaretlemenize izin veren bir menü görünecektir.
    3. Hizalama gövdesinde yıldızlarla gösterildiği gibi durdurma kodonları tüm sütun için mevcutsa, DNA Dizileri'ne tıklayın ve tüm diziler için ilk konumu silin.
    4. Herhangi bir sırada durdurma kodonları hala mevcutsa önceki adımı tekrarlayın.
    5. Durdurma kodonları hala mevcutsa, daha önce silinen konumları geri yükleyin. Tüm dizileri seçin, ardından fareyi Veri sekmesinin üzerine getirin ve Ters Çevir'e tıklayın.
    6. Adım 1.4.1'i tekrarlayın. Durdurma kodonları hala mevcutsa, 1.4.3 ve 1.4.4 adımlarını tekrarlayın.
      NOT: Şekil 2B , kodonların iyi bir şekilde hizalandığını göstermektedir.
  5. DNA Dizileri'ne tıklayın ve dizi hizalamasını .mas/x olarak kaydedin. Sırayı, .meg dosyası ve .fasta dosyası gibi diğer ilgili dosya türlerine aktarın.
    NOT: Bazı moleküler tür sınırlama yaklaşımları, dış grup olmadan daha iyi çalışır. Bu nedenle, olası bir değerlendirme, hizalama dosyasının bir kopyasını dış grup olmadan oluşturmaktır.

figure-protocol-1
Şekil 2: MEGA X'te dizi hizalaması. (A) Byrrhinus veri setinin manuel olarak temizlenmiş son DNA dizisi hizalaması ve (B) çevrilmiş protein dizisi hizalaması, ekleme, delesyon ve boşluk göstermez. Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.

2. Tür Tanımlayıcı 1.8'de Takson DNA modülü ile sınırlama

NOT: Tür Tanımlayıcı şu adresten indirilebilir: https://taxondna.sourceforge.net/

  1. TaxonDNA'yı açın. İçe Aktar'a tıklayın, ardından Fasta'ya tıklayın. Hizalamayı .fasta biçiminde yükleyin.
  2. Modüller'e tıklayın ve Küme'ye tıklayın. Eşiği %3 olarak ayarlayın. Ardından, Tek tek küme hakkında bilgi oluştur seçeneğini işaretleyin (Şekil 3).
  3. Şimdi kümeler oluştur'a tıklayın!. Ekran görüntüsü alarak sonuçları kaydedin.

figure-protocol-2
Şekil 3: Tür Tanımlayıcı 1.8 penceresindeki TaksonDNA, sınırlama için kullanıcı tarafından tanımlanan %3 eşiğini gösterir. Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.

3. MEGA X'te Kimura 2 parametreli (K2P) ile sınırlama

  1. MEGA'da, Dosya'ya tıklayarak .meg dosyasını açın, ardından Bir Dosya/Oturum Açın. Mesafe'ye tıklayın, ardından İkili Mesafeleri Hesapla'ya tıklayın. Sınırlama için .meg dosyasını onaylayın.
  2. Fareyi Model/Yöntem'in yanındaki sarı kutunun üzerine getirin ve kutunun sağında görünen oka tıklayın.
  3. Açılır menüden Kimura 2 parametreli modeli seçin. Programı çalıştırmak için Tamam'a tıklayın. Veri çıkış penceresini açın (Şekil 4).
  4. Dosya'ya ve ardından Dışa Aktar/Yazdırma Mesafeleri'ne tıklayın.
  5. Çıktı Biçimi'nin yanındaki açılır menüyü açın ve XL: Microsoft Excel çalışma kitabı'nı seçin. Ondalık Basamaklar için 4'ü seçin.
  6. Elde edilen elektronik tabloyu Microsoft Excel'e kaydedin. Mesafesi 0,03'ten (veya %3'ten) az olanları vurgulamak için Koşullu Biçimlendirme'yi kullanın.
    NOT: Bu makalede açıklanan diğer yaklaşımlardan farklı olarak, K2P, kullanıcı tarafından tanımlanan eşiğe bağlı olduğu için kümelemeyi hemen sağlamaz. Bu boru hattı, eşiğin %3 olduğu varsayımı üzerinde çalışıyor, bu da genetik mesafesi %3'ten az olan herhangi bir dizi çiftinin aynı moleküler kümeye ait olduğu anlamına geliyor.

figure-protocol-3
Şekil 4: MEGA X'te Kimura-2 parametresinin sonuçlarını gösteren sonuç penceresi. Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.

4. Otomatik bölümleme (en kısa sürede) ile türleri birleştirerek sınırlama

  1. En kısa sürede web sunucusuna gidin: https://bioinfo.mnhn.fr/abi/public/asap/asapweb.html
  2. Bir dosya seç... etiketli turuncu kutuya tıklayarak ve .fasta dosyasını seçerek hizalamayı yükleyin. Alternatif olarak, .fasta dosyasını turuncu kutuya sürükleyin. Aşağı kaydırın ve Git'e tıklayın.
  3. Kümelemeyi indirmek için, en düşük ASAP puanına ve en yüksek p-val sıralamasına sahip satırın listesine tıklayın (Şekil 5).
    NOT: Sonuç çıktısı, moleküler kümelerin alt kümelerini sunan bir .txt dosyasıdır.

figure-protocol-4
Şekil 5: Olası sınırlamaları gösteren en kısa sürede ortaya çıkan pencere. İlk sonuç (mavi kutu), en düşük ASAP puanı (kırmızı kutu) ve en yüksek P-val derecesi (sarı kutu) nedeniyle kabul edilir. Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.

5. Birleştirici temelli yaklaşımlar için hazırlık adımı: Ağaç tahmini

  1. Veri'ye tıklayarak .meg dosyasını açın, ardından Bir Dosya/Oturum Açın. En uygun ikame modelini test edin.
    1. Modeller'e tıklayın, ardından En İyi DNA/Protein Modellerini (ML) bulun. Analiz için .meg dosyasını onaylayın.
    2. Analiz Tercihleri menüsünde Tamam'a tıklayın (Şekil 6A). En düşük BIC ve AICc değerini kullanan en iyi modeli not edin (Şekil 6B).
      NOT: Bu genellikle ortaya çıkan penceredeki model listesinde ilk sırada yer alır. Ortaya çıkan pencerenin alt kısmındaki kısaltılmış model adlarının tam adlarına bakın.
  2. Ağacı oluşturun.
    1. Filogeni'ye tıklayın ve ardından Maksimum Olabilirlik Ağacını Oluştur/Test Et'e tıklayın.
    2. En uygun nükleotid ikame modelini kullanın. Bunu, Model/Yöntem'in yanındaki sarı kutuya tıklayarak yapın. Açılır menüden modeli seçin.
    3. En uygun nükleotid ikame modelinde '+G' veya '+I' veya her ikisi varsa, Siteler Arasındaki Oranlar'ın yanındaki kutuya tıklayın ve açılır menüden parametreleri (G, I, G + I) seçin (Şekil 6C).
    4. Filogeni Testi altında, Filogeni Testi'nin yanındaki kutuya tıklayın ve açılır menüden Bootstrap yöntemini seçin. "Hayır" seçeneğinin yanındaki kutuya tıklayın. of Bootstrap Replications" ve 1000 yazın (Şekil 6C). Analizi çalıştırmak için Tamam'a tıklayın.
  3. Ortaya çıkan ağacı içeren bir pencere açıldığında (Şekil 6D), ağaç oturumunu .mts/x olarak kaydedin. Çıktıyı .nwk dosyası olarak kaydedin. Ağacı ayrıca .png resim dosyası olarak kaydedin.

figure-protocol-5
Şekil 6: Birleştirici yaklaşımlar için bir hazırlık adımı olarak MEGA X'te ağaç tahmini. (A) En uygun nükleotid ikame modelini belirlemek için ayarlama. (B) Byrrhinus veri seti için, en düşük BIC ve AICc değerleri (kırmızı kutu) nedeniyle en uygun model GTR + I'dir. (C) Maksimum olabilirlik ağacı çalıştırılırken, GTR (sarı kutu) + I (mavi kutu) parametre olarak ayarlanmıştır. (D) Elde edilen ham ML ağacı, sonraki analizlerde kullanılmak üzere. Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.

6. Poisson Ağacı İşlemleri (PTP) ile Sınırlama

NOT: Aşağıdaki adımlar PTP-ML ve PTP-BI'nin sonuçlarını verecektir.

  1. PTP web sunucusuna gidin: https://species.h-its.org/ptp/
  2. Dosya seç'e tıklayarak bir newick dosyası yükleyin. Ağacım altında, Köklü'yü seçin (Şekil 7A).
  3. Analiz için parametreleri girin. Hayır. MCMC nesilleri altında, 100000 girin. İnceltme altında, 100 girin. Burn-in altında, 0.1 girin. Tohum altında, 123 girin.
  4. Dış grup takson adları (varsa) altındaki kutuya ipuçlarının adını yazarak dış grubu girin. Girişi biçimlendirme talimatları, giriş kutusunun sağındadır.
  5. İlgili alana e-posta adresini girin ve Gönder'e tıklayın. PTP tür sınırlama sonuçları penceresinde, sonuç penceresini açmak için buraya tıklayın.
  6. Maksimum olabilirlik çözümü altında, Sınırlama sonuçlarını indir'e tıklayarak PTP-ML sonuçlarını indirin (Şekil 7B).
  7. Bayes tarafından desteklenen çözüm altında, Sınırlama sonuçlarını indir'e tıklayarak PTP-BI sonuçlarını indirin.
    NOT: Sonuçlar, bölümlerdeki dizi gruplarını gösterir. Bunlar, numaralandırılmış türler olarak etiketlenecek ve ardından 1.000'in ideal olduğu bir destek değeri gelecektir.

figure-protocol-6
Şekil 7: Poisson ağacı süreçleri ile moleküler türlerin sınırlandırılması. (A) Giriş parametrelerini gösteren pencereler. (B) PTP web sunucusunda, sınırlama sonuçlarını içeren bağlantı ile ortaya çıkan pencere (kırmızı kutu). Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.

7. Çok Hızlı Poisson Ağacı İşlemleri (mPTP) ile Sınırlama

  1. mPTP web sunucusuna gidin: https://mptp.h-its.org/#/tree
  2. Newick dosyasını gri dikdörtgenin üzerine sürükleyerek veya dikdörtgenin üzerine tıklayarak yükleyin. Veriler aynı sayfada yüklendikten sonra, Dış grup seçimine devam et seçeneğine tıklayın (Şekil 8A).
  3. Dış grup belirtimi sayfasında, dış grup örneklerinin takson etiketlerinin yanındaki kutuya tıklayarak dış grubu seçin. Dizinin altındaki Kırpma Dış Grubu seçeneğine tıklayın. Model seçimi'ne tıklayın.
  4. MPTP'ye tıklayın, ardından Görselleştirme Seçenekleri'ne tıklayın. Görselleştirme seçenekleri sayfasında, varsayılan ayarları kabul edin.
    NOT: Alternatif olarak, toplam görüntü boyutu SVG genişliği altına bir değer (piksel cinsinden) girilerek ayarlanabilir. Metnin yazı tipi ve aralığı, SVG yazı tipi boyutu, İpuçları arasındaki boşluk, Sol Kenar Boşluğu, Sağ Kenar Boşluğu, Üst Kenar Boşluğu ve Alt kenar boşluğu altına istenen boyutlar (piksel cinsinden) girilerek ayarlanabilir.
  5. İletişim bilgileri'ne tıklayın. Sonuçların ileride referans olması için e-posta adresini girin (İsteğe bağlı).
  6. Genel Bakış'a tıklayın. Takson girişinin sayısını ve seçilen dış grupları gözden geçirdiğinizden emin olun.
  7. Gönder'e tıklayın. İndirilebilir Dosyalar (Şekil 8B) altındaki dosyalara sağ tıklayın ve sonuçları kaydetmek için Farklı kaydet...'i seçin.
    NOT: Çıktı metin dosyası, sonuçların başında sınırlandırılmış türlerin toplam sayısını gösterecektir. Daha sonra, kümelerin her birinin altına hangi dizilerin düştüğünü sunacaktır. Bu kümeler ve karşılık gelen diziler, .svg dosyasında oluşturulan ağaca benzer şekilde düzenlenir. mPTP SVG dosyası, dizilerin kümelenmesini görüntüler. Kümeler, ağaç boyunca kırmızı dallarla birbirine bağlanan dizi grupları tarafından sunulur. İzole edilmiş her kırmızı dal seti, tekil bir MOTU'yu gösterir.

figure-protocol-7
Şekil 8: Çok oranlı Poisson ağacı işlemleriyle moleküler türlerin sınırlandırılması. (A) Yüklenen ağaçla ilgili mPTP tarafından okunan bilgileri gösteren pencereler. (B) mPTP web sunucusunda ortaya çıkan pencere, sınırlama sonuçlarını içeren bağlantı ile (kırmızı kutu). Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.

8. MOTU nesli

  1. Ağacı bir fotoğraf düzenleme programı kullanarak veya PowerPoint kullanarak açın.
  2. Her bir moleküler tür sınırlama yaklaşımının sonuçlarını temsil etmek için bir çubuk oluşturun (örnekler için bkz. Şekil 9 ve Şekil 10 ). Herhangi bir tek çubuğun, moleküler kümesinde içerdiği dizilerle hizalandığından emin olun.
  3. MOTU'yu bu iki yaklaşımdan biriyle belirleyin74
    1. Tüm yaklaşımlar belirli bir moleküler küme için aynı sonuçları veriyorsa, moleküler kümeyi fikir birliği ile bir MOTU olarak oluşturun.
    2. Çoğu yaklaşım belirli bir moleküler küme için aynı sonuçları veriyorsa, moleküler kümeyi çoğunlukla bir MOTU olarak dikin.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Sonuçlar

Bu makale, sucul ve nehir kenarı böceklerine TaxonDNA, K2P, ASAP, iki PTP varyasyonu ve mPTP içeren bir moleküler tür sınırlama karışım boru hattı uyguladı. Altı yaklaşımın her birinin sonucu 'moleküler kümeler' olarak adlandırılırken, özet 'moleküler operasyonel taksonomik birimler' veya MOTU'lar75 olarak adlandırılır.

Karışım boru hattı iki veri kümesi üzerinde test edildi. İlk veri seti (Tablo 1, Şekil 9), Filipinler'den...

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Tartışma

DNA dizileri, özellikle COI49, bir biyo-tanımlama sistemi46 için çevrimiçi halka açık depolarda 54,55,79,80 referans dizileri 22,53,78 ile karşılaştırılabilirken, böyle bir yaklaşım mevcut birikmiş dizilerle sınırlıdır....

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Açıklamalar

Açıklayacak hiçbir şeyimiz yok.

Teşekkürler

Balıkçılık ve Su Kaynakları Bürosu'na (BFAR) ve ilgili yerel yönetim birimlerine, biyolojik çeşitlilik örneklemesi yapmak için bize önceden bilgilendirilmiş onay verdikleri için teşekkür ederiz. Taksonomik çalışma konusundaki rehberliği için Dr. Hendrik Freitag'a teşekkür ederiz. Ayrıca hakemlere ve editörlere yararlı, yapıcı yorumları için teşekkür ederiz. Son olarak, Ateneo de Manila Üniversitesi'nin Üniversite Araştırma Konseyi Büyük Proje Hibesi'ne (URC 2022-09) ve Açık Erişim Yayın Hibesi'ne, Ateneo Bilim ve Mühendislik Araştırma Enstitüsü'nün Çevresel Liderlik için SC Johnson Öğrenci Araştırma ve Geliştirme Fonu'na ve bu çalışmayı finanse ettikleri için LinnéSys: Linnean Society of London ve Systematics Association'a en içten teşekkürlerimizi sunarız.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Malzemeler

Bu makalede kullanılan malzemelerin listesi
AdŞirketKatalog numarasıYorumlar
ASAP Spart kaşifihttps://bioinfo.mnhn.fr/abi/public/asap/asapweb.html
BilgisayarHerhangi bir işlem birimi
MEGA X MEGA Yazılımhttps://www.megasoftware.net/
mPTP web sunucusuhttps://mptp.h-its.org/#/tree
PTP web sunucusuHeidelberg Teorik Araştırmalar Enstitüsü (HITS)https://species.h-its.org/ptp/
Tür Tanımlayıcı   https://taxondna.sourceforge.net/

Kaynaklar

  1. Ceballos, G., Ehrlich, P. R. Mammal population losses and the extinction crisis. Science. 296 (5569), 904-907 (2002).
  2. Dirzo, R., et al. Defaunation in the Anthropocene. Science. 345 (6195), 401-406 (2014).
  3. Cardoso, P., et al. Scientists' warning to humanity on insect extinctions. Biol Conserv. 242, 108426(2020).
  4. Wagner, D. L., Grames, E. M., Forister, M. L., Berenbaum, M. R., Stopak, D. Insect decline in the Anthropocene: Death by a thousand cuts. Proc Natl Acad Sci U S A. 118 (2), 1-10 (2021).
  5. Steffen, W., Crutzen, P. J., McNeill, J. R. Welcome to the Anthropocene. Ambio. 36 (8), 614-621 (2007).
  6. de Carvalho, M. R., et al. Taxonomic impediment or impediment to taxonomy? A commentary on systematics and the cybertaxonomic-automation paradigm. Evol Biol. 34 (3-4), 140-143 (2007).
  7. Satler, J. D., Carstens, B. C., Hedin, M. Multilocus species delimitation in a complex of morphologically conserved trapdoor spiders (Mygalomorphae, Antrodiaetidae, Aliatypus). Syst Biol. 62 (6), 805-823 (2013).
  8. Arribas, P., Andújar, C., Sánchez-Fernández, D., Abellán, P., Millán, A. Integrative taxonomy and conservation of cryptic beetles in the Mediterranean region (Hydrophilidae). Zool Scr. 42 (2), 182-200 (2013).
  9. Baker, K., et al. Carpooling with ecologists, geographers and taxonomists: Perceptions from conducting environmental research in tropical regions. Biodivers Conserv. 28 (4), 975-981 (2019).
  10. Tan, D. S. H., Ang, Y., Lim, G. S., Bin Ismail, M. R., Meier, R. From "cryptic species" to integrative taxonomy: An iterative process involving DNA sequences, morphology, and behaviour leads to the resurrection of Sepsis pyrrhosoma (Sepsidae: Diptera). Zool Scr. 39 (1), 51-61 (2010).
  11. Tan, M. K., Storozhenko, S. Y., Hwang, W. S., Meier, R. Integrative taxonomy reveals two sympatric species of the genus Eucriotettix Hebard, 1930 (Orthoptera: Tetrigidae). Zootaxa. 4268 (3), 377-394 (2017).
  12. Yule, C. M. Freshwater invertebrates. Freshwater Invertebrates of the Malaysian Region. , 23-31 (2004).
  13. Komarek, A., Jäch, M. A., Ji, L. Hydrophilidae: I. Check list and key to Palearctic and Oriental genera of aquatic Hydrophilidae (Coleoptera). Water Beetles of China. 3, 383-395 (2003).
  14. Rudoy, A., Ribera, I. The macroevolution of size and complexity in insect male genitalia. PeerJ. 4, e1882(2016).
  15. Rudoy, A., Beutel, R. G., Ribera, I. Evolution of the male genitalia in the genus Limnebius Leach, 1815 (Coleoptera, Hydraenidae). Zool J Linn Soc. 178, 97-127 (2016).
  16. Shapiro, A. The lock-and-key hypothesis: Evolutionary and biosystematic interpretation of insect genitalia. Annu Rev Entomol. 34 (1), 231-245 (1989).
  17. Scotland, R., Hughes, C., Bailey, D., Wortley, A. The big machine and the much-maligned taxonomist. Syst Biodivers. 1 (2), 139-143 (2003).
  18. Vinarski, M. V. Roots of the taxonomic impediment: Is the "integrativeness" a remedy. Integr Zool. 15 (1), 2-15 (2020).
  19. Cardoso, P., Erwin, T. L., Borges, P. A. V., New, T. R. The seven impediments in invertebrate conservation and how to overcome them. Biol Conserv. 144 (11), 2647-2655 (2011).
  20. Engel, M. S., et al. The taxonomic impediment: A shortage of taxonomists, not the lack of technical approaches. Zool J Linn Soc. XX, 1-7 (2021).
  21. Tancoigne, E., Dubois, A. Cladistics taxonomy: No decline, but inertia. Cladistics. , 1-4 (2013).
  22. Riedel, A., Sagata, K., Suhardjono, Y. R., Tänzler, R., Balke, M. Integrative taxonomy on the fast track: Towards more sustainability in biodiversity research. Front Zool. 10 (15), 1-9 (2013).
  23. Dayrat, B. Towards integrative taxonomy. Biol J Linn Soc. 85 (3), 407-415 (2005).
  24. Bickford, D., et al. Cryptic species as a window on diversity and conservation. Trends Ecol Evol. 22 (3), 148-155 (2007).
  25. Page, R. D. M. DNA barcoding and taxonomy: Dark taxa and dark texts. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 371 (1702), 20150334(2016).
  26. Morinière, J., et al. A DNA barcode library for 5,200 German flies and midges (Insecta: Diptera) and its implications for metabarcoding-based biomonitoring. Mol Ecol Resour. 19 (4), 900-928 (2019).
  27. Hartop, E., Srivathsan, A., Ronquist, F., Meier, R. Towards large-scale integrative taxonomy (LIT): Resolving the data conundrum for dark taxa. Syst Biol. 71 (6), 1404-1422 (2022).
  28. Fossen, E. I., Ekrem, T., Nilsson, A. N., Bergsten, J. Species delimitation in northern European water scavenger beetles of the genus Hydrobius (Coleoptera, Hydrophilidae). ZooKeys. 564, 71-120 (2016).
  29. Bálint, M., et al. Cryptic biodiversity loss linked to global climate change. Nat Clim Change. 1 (6), 313-318 (2011).
  30. Padial, J. M., De La Riva, I. A response to recent proposals for integrative taxonomy. Biol J Linn Soc. 101 (3), 747-756 (2010).
  31. Andújar, C., Arribas, P., Ruiz, C., Serrano, J., Gómez-Zurita, J. Integration of conflict into integrative taxonomy: Fitting hybridization in species delimitation of Mesocarabus (Coleoptera: Carabidae). Mol Ecol. 23 (17), 4344-4361 (2014).
  32. Schlick-Steiner, B. C., et al. Integrative taxonomy: A multisource approach to exploring biodiversity. Annu Rev Entomol. 55 (1), 421-438 (2010).
  33. Stüben, P. E., Astrin, J. J. Integrative taxonomy, phylogeny, and new species of the weevil genus Onyxacalles Stüben (Coleoptera: Curculionidae: Cryptorhynchinae). Psyche (Lond). 2012, 1-22 (2012).
  34. Hawlitschek, O., et al. Pleistocene climate change promoted rapid diversification of aquatic invertebrates in Southeast Australia. BMC Evol Biol. 12 (142), 1-15 (2012).
  35. Delocado, E. D., Freitag, H. Two new species of Byrrhinus Motschulsky, 1858 (Coleoptera, Limnichidae, Limnichinae) from Negros, Philippines. ZooKeys. 1070, 51-72 (2021).
  36. De Vera, G. C. M., Sia, J. I. L., Freitag, H., Delocado, E. D. The first new species of Leptelmis Sharp, 1888 (Coleoptera, Elmidae) from the Philippines in the last 50 years. Tijdschr Entomol. 166 (2-3), 175-186 (2023).
  37. Seno, C. B. N., Delocado, E. D., Freitag, H. Three new species of Ancyronyx Erichson, 1847 (Coleoptera, Elmidae) from Mindanao, Philippines. Tijdschr Entomol. 72, 61-80 (2022).
  38. López-López, A., Hudson, P., Galián, J. Islands in the desert: Species delimitation and evolutionary history of Pseudotetracha tiger beetles (Coleoptera: Cicindelidae: Megacephalini) from Australian salt lakes. Mol Phylogenet Evol. 101, 279-285 (2016).
  39. Ibarra, J. W. B., Bantiding, F. J. A., Delocado, E. D. First Georissidae (Coleoptera) from the Philippines with description of two new species of Georissus Latreille, 1809. Tijdschr Entomol. , 45-58 (2025).
  40. Boonsoong, B., Sartori, M. Review and integrative taxonomy of the genus Prosopistoma Latreille, 1833 (Ephemeroptera, Prosopistomatidae) in Thailand, with description of a new species. ZooKeys. 825, 123-144 (2019).
  41. Wang, Y., Nansen, C., Zhang, Y. Integrative insect taxonomy based on morphology, mitochondrial DNA, and hyperspectral reflectance profiling. Zool J Linn Soc. 177 (2), 378-394 (2016).
  42. Schutze, M. K., et al. One and the same: Integrative taxonomic evidence that Bactrocera invadens (Diptera: Tephritidae) is the same species as the Oriental fruit fly Bactrocera dorsalis. Syst Entomol. 40 (2), 472-486 (2015).
  43. Schär, S., et al. Integrative biodiversity inventory of ants from a Sicilian archipelago reveals high diversity on young volcanic islands (Hymenoptera: Formicidae). Org Divers Evol. 20, 405-416 (2020).
  44. Ševčík, J., et al. Integrative taxonomy of Central European Planetella (Diptera: Cecidomyiidae) indicates high species diversity, intraspecific variation and low host specificity. Acta Entomol Musei Natl Pragae. 63 (2), 413-450 (2023).
  45. Mengual, X., Ståhls, G., Vujić, A., Marcos-García, M. Á Integrative taxonomy of Iberian Merodon species (Diptera, Syrphidae). Zootaxa. 1377, 1-26 (2006).
  46. Hebert, P. D. N., et al. Biological identifications through DNA barcodes. Proc R Soc B Biol Sci. 270 (1512), 313-321 (2003).
  47. Hebert, P. D. N., et al. Ten species in one: DNA barcoding reveals cryptic species in the neotropical skipper butterfly Astraptes fulgerator. Proc Natl Acad Sci U S A. 101 (41), 14812-14817 (2004).
  48. Hebert, P. D. N., Gregory, T. R. The promise of DNA barcoding for taxonomy. Syst Biol. 54 (5), 852-859 (2005).
  49. Hebert, P. D. N., Ratnasingham, S., DeWaard, J. R. Barcoding animal life: Cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species. Proc R Soc Lond B. 270 (Suppl), S96-S99 (2003).
  50. Simon, C., et al. Evolution, weighting, and phylogenetic utility of mitochondrial gene sequences and a compilation of conserved polymerase chain reaction primers. Ann Entomol Soc Am. 87 (6), 651-701 (1994).
  51. Hendrich, L., et al. Mitochondrial Cox1 sequence data reliably uncover patterns of insect diversity but suffer from high lineage-idiosyncratic error rates. PLoS ONE. 5 (12), e14448(2010).
  52. Balke, M., et al. Suggestions for a molecular biodiversity assessment of Southeast Asian freshwater invertebrates: Lessons from the megadiverse beetles (Coleoptera). J Limnol. 72 (Suppl 2), 61-68 (2013).
  53. Virgilio, M., et al. Comparative performances of DNA barcoding across insect orders. BMC Bioinformatics. 11, 206(2010).
  54. Benson, D. A., et al. GenBank. Nucleic Acids Res. 41 (D1), 36-42 (2013).
  55. Ratnasingham, S., Hebert, P. D. N. BOLD: The barcode of life data system. Mol Ecol Notes. 7, 355-364 (2007).
  56. Pons, J., et al. Sequence-based species delimitation for the DNA taxonomy of undescribed insects. Syst Biol. 55 (4), 595-609 (2006).
  57. Puillandre, N., et al. automatic barcode gap discovery for primary species delimitation. Mol Ecol. 21 (8), 1864-1877 (2012).
  58. Fontaneto, D., Flot, J. F., Tang, C. Q. Guidelines for DNA taxonomy, with a focus on the meiofauna. Mar Biodivers. 45 (3), 433-451 (2015).
  59. Balke, M., et al. New Guinea highland origin of a widespread arthropod supertramp. Proc R Soc B Biol Sci. 276 (1666), 2359-2367 (2009).
  60. Meier, R., et al. DNA barcoding and taxonomy in Diptera: A tale of high intraspecific variability and low identification success. Syst Biol. 55 (5), 715-728 (2006).
  61. Kimura, M. A simple method for estimating evolutionary rates of base substitutions through comparative studies of nucleotide sequences. J Mol Evol. 16 (2), 111-120 (1980).
  62. Puillandre, N., Brouillet, S., Achaz, G. ASAP: Assemble species by automatic partitioning. Mol Ecol Resour. 21 (2), 609-620 (2021).
  63. Wiens, J. J., Penkrot, T. A. Delimiting species using DNA and morphological variation and discordant species limits in spiny lizards (Sceloporus). Syst Biol. 51 (1), 69-91 (2002).
  64. Fujisawa, T., Barraclough, T. G. Delimiting species using single-locus data and the generalized mixed Yule coalescent approach: A revised method and evaluation on simulated data sets. Syst Biol. 62 (5), 707-724 (2013).
  65. Yang, Z., Rannala, B. Unguided species delimitation using DNA sequence data from multiple loci. Mol Biol Evol. 31 (12), 3125-3135 (2014).
  66. Leaché, A. D., Fujita, M. K. Bayesian species delimitation in West African forest geckos (Hemidactylus fasciatus). Proc R Soc B Biol Sci. 277 (1697), 3071-3077 (2010).
  67. Luo, A., et al. Comparison of methods for molecular species delimitation across a range of speciation scenarios. Syst Biol. 67 (5), 830-846 (2018).
  68. Zhang, J., et al. A general species delimitation method with applications to phylogenetic placements. Bioinformatics. 29 (22), 2869-2876 (2013).
  69. Kapli, P., et al. Multi-rate Poisson tree processes for single-locus species delimitation under maximum likelihood and Markov chain Monte Carlo. Bioinformatics. 33 (11), 1630-1638 (2017).
  70. Sanchez, E. G. S., Delocado, E. D., Freitag, H. Two new species of Anacaena Thomson, 1859 (Coleoptera, Hydrophilidae) from the Philippines. ZooKeys. 1112, 11-25 (2022).
  71. Sanger, F., Coulson, A. R. A rapid method for determining sequences in DNA by primed synthesis with DNA polymerase. J Mol Biol. 94 (3), 441-448 (1975).
  72. Kumar, S., et al. MEGA X: Molecular evolutionary genetics analysis across computing platforms. Mol Biol Evol. 35 (6), 1547-1549 (2018).
  73. Thompson, J. D., Higgins, D. G., Gibson, T. J. CLUSTAL W: Improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Res. 22, 4673-4680 (1994).
  74. Pentinsaari, M., Vos, R., Mutanen, M. Algorithmic single-locus species delimitation: Effects of sampling effort, variation and nonmonophyly in four methods and 1870 species of beetles. Mol Ecol Resour. 17 (3), 393-404 (2017).
  75. Galimberti, A., et al. Integrated operational taxonomic units (IOTUs) in echolocating bats: A bridge between molecular and traditional taxonomy. PLoS ONE. 7 (6), e40122(2012).
  76. Kundrata, R., Jäch, M. A., Bocak, L. Molecular phylogeny of the Byrrhoidea-Buprestoidea complex (Coleoptera, Elateriformia). Zool Scr. 46 (2), 150-164 (2017).
  77. Komarek, A., Freitag, H. Taxonomic revision of Agraphydrus Règimbart, 1903 V. Philippine species and their first DNA barcodes. Koleopt Rundsch. 90, 201-242 (2020).
  78. Tautz, D., et al. A plea for DNA taxonomy. Trends Ecol Evol. 18 (2), 70-74 (2003).
  79. Altschul, S. F., et al. Basic local alignment search tool. J Mol Biol. 215 (3), 403-410 (1990).
  80. Porter, T., Hajibabaei, M. Over 2.5 million COI sequences in GenBank and growing. bioRxiv. , 353904(2018).
  81. Gómez, R. A., Reddell, J., Will, K., Moore, W. Up high and down low: Molecular systematics and insight into the diversification of the ground beetle genus Rhadine LeConte. Mol Phylogenet Evol. 98, 161-175 (2016).
  82. Kodada, J., et al. Ancyronyx clisteri, a new spider riffle beetle species from Borneo, redescription of A. sarawacensis Jäch including a description of the larva and new distribution data for A. procerus Jäch using DNA barcodes (Coleoptera, Elmidae). ZooKeys. 912, 25-64 (2020).
  83. Hajibabaei, M., Janzen, D. H., Burns, J. M., Hallwachs, W., Hebert, P. D. N. DNA barcodes distinguish species of tropical Lepidoptera. Proc Natl Acad Sci U S A. 103 (4), 968-971 (2006).
  84. Yeo, D., Srivathsan, A., Meier, R. Longer is not always better: Optimizing barcode length for large-scale species discovery and identification. Syst Biol. 69 (5), 999-1015 (2020).
  85. Sabordo, M. R., Delocado, E., Freitag, H. Two new species of the genus Ancyronyx Erichson, 1847 from the island of Negros, Philippines (Insecta, Coleoptera, Elmidae). Tijdschr Entomol. 163 (1), 13-30 (2020).
  86. Astrin, J. J., et al. Exploring diversity in cryptorhynchine weevils (Coleoptera) using distance-, character- and tree-based species delineation. Mol Phylogenet Evol. 63 (1), 1-14 (2012).
  87. Pritchard, J. K., Stephens, M., Donnelly, P. Inference of population structure using multilocus genotype data. Genetics. 155, 945-959 (2000).
  88. Huelsenbeck, J. P., Andolfatto, P., Huelsenbeck, E. T. Structurama: Bayesian inference of population structure. Evol Bioinform. 7, 55-59 (2011).
  89. Hausdorf, B., Hennig, C. Species delimitation using dominant and codominant multilocus markers. Syst Biol. 59 (5), 491-503 (2010).
  90. Fujita, M. K., et al. Coalescent-based species delimitation in an integrative taxonomy. Trends Ecol Evol. 27 (9), 480-488 (2012).
  91. Monaghan, M. T., et al. Accelerated species inventory on Madagascar using coalescent-based models of species delineation. Syst Biol. 58 (3), 298-311 (2009).
  92. Yang, Z., Rannala, B. Bayesian species delimitation using multilocus sequence data. Proc Natl Acad Sci U S A. 107 (20), 9264-9269 (2010).
  93. Ence, D. D., Carstens, B. C. SpedeSTEM: A rapid and accurate method for species delimitation. Mol Ecol Resour. 11 (3), 473-480 (2011).
  94. de Queiroz, K. Species concepts and species delimitation. Syst Biol. 56 (6), 879-886 (2007).
  95. Blair, C., Bryson, R. W. Cryptic diversity and discordance in single-locus species delimitation methods within horned lizards (Phrynosomatidae: Phrynosoma). Mol Ecol Resour. 17 (6), 1168-1182 (2017).
  96. Dellicour, S., Flot, J. F. Delimiting species-poor data sets using single molecular markers: A study of barcode gaps, haplowebs and GMYC. Syst Biol. 64 (6), 900-908 (2015).
  97. Dellicour, S., Flot, J. F. The hitchhiker's guide to single-locus species delimitation. Mol Ecol Resour. 18 (6), 1234-1246 (2018).
  98. Liu, L., et al. Estimating phylogenetic trees from genome-scale data. Ann N Y Acad Sci. 1360 (1), 36-53 (2015).
  99. Lim, G. S., Balke, M., Meier, R. Determining species boundaries in a world full of rarity: Singletons, species delimitation methods. Syst Biol. 61 (1), 165-169 (2012).
  100. Zhou, Z., et al. molecular species delimitation based on COI-5P barcode sequences revealed high cryptic/undescribed diversity for Chinese katydids (Orthoptera: Tettigoniidae). BMC Evol Biol. 19 (1), (2019).
  101. Toussaint, E. F. A., et al. Comparative molecular species delimitation in the charismatic Nawab butterflies (Nymphalidae, Charaxinae, Polyura). Mol Phylogenet Evol. 91, 194-209 (2015).
  102. Carstens, B. C., Dewey, T. A. Species delimitation using a combined coalescent and information-theoretic approach: An example from North American Myotis bats. Syst Biol. 59 (4), 400-414 (2010).
  103. Esselstyn, J. A., et al. Single-locus species delimitation: A test of the mixed Yule-coalescent model, with an empirical application to Philippine round-leaf bats. Proc R Soc Lond B. 279 (1743), 3678-3686 (2012).
  104. Stech, M., et al. Molecular species delimitation in the Racomitrium canescens complex (Grimmiaceae) and implications for DNA barcoding of species complexes in mosses. PLoS One. 8 (1), e53134(2013).
  105. Kekkonen, M., Hebert, P. D. N. DNA barcode-based delineation of putative species: Efficient start for taxonomic workflows. Mol Ecol Resour. 14 (4), 706-715 (2014).
  106. Meier, R., et al. "Dark taxonomy": A new protocol for overcoming the taxonomic impediments for dark taxa and broadening the taxon base for biodiversity assessment. Cladistics. 41, 223-238 (2025).
  107. Ebach, M. C., Holdrege, C. DNA barcoding is no substitute for taxonomy. Nature. 434, 697(2005).
  108. Ebach, M. C., Holdrege, C. More taxonomy, not DNA barcoding. BioScience. 55 (10), 822-823 (2005).
  109. Mora, C., et al. How many species are there on Earth and in the ocean. PLoS Biol. 9 (8), e1001127(2011).
  110. Stork, N. E. How many species of insects and other terrestrial arthropods are there on Earth. Annu Rev Entomol. 63, 31-45 (2018).
  111. Scheffers, B. R., et al. What we know and don't know about Earth's missing biodiversity. Trends Ecol Evol. 27 (9), 501-510 (2012).
  112. Carbayo, F., Marques, A. C. The cost of describing the entire animal kingdom. Trends Ecol Evol. 26 (4), 153-154 (2011).
  113. Walsh, J. C., et al. Trends and biases in the listing and recovery planning for threatened species: An Australian case study. Oryx. 47 (1), 134-143 (2013).
  114. Carrizo, S. F., et al. Freshwater megafauna: Flagships for freshwater biodiversity under threat. BioScience. 67 (10), 919-927 (2017).

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Yeniden basım ve izinler

Etiketler

MOTU AkDNA BarkodlamaT r S n rland rmasK y B cekleriCOI DizileriDizi HizalamaMaksimum Olabilirlik A acKimura 2 Parametreli Model
Nehir kenarı ve su böcekleri arasında moleküler operasyonel taksonomik birimler (MOTU'lar) oluşturmak için bir karışım boru hattı
Bize ulaşın
Kütüphaneye tavsiye et

Gizlilik

Kullanım Şartları

İlkeler

Telif hakkı © 2026 MyJoVE Corporation. Tüm hakları saklıdır.