Dünya çapında kansere bağlı ölümlerin üçüncü önde gelen nedeni olan hepatoselüler karsinom (HCC), yüksek heterojenlik ve nüks oranları ile karakterizedir1. Bu uzamsal ve zamansal heterojenlik, tümör dokularındaki belirli hücre popülasyonlarını metabolizma, proliferasyon, ilerleme, stres toleransı ve ilaç direncinde diğerlerinden daha aktif hale getirir. HCC dokularındaki canlı hücrelerin yerinde tespiti, bu hücreler çoğalan alt klonları, tedaviye dirençli popülasyonları ve metastaz başlatan hücreleri kapsadığından derin klinik ve biyolojik öneme sahiptir. Bu tür canlı hücreler, tümör nüksü, bağışıklıktan kaçınma ve terapötik başarısızlığın kritik itici güçleri olarak hizmet edebilir2.
Bununla birlikte, mevcut uzamsal profilleme teknolojileri (örneğin, uzamsal transkriptomik) özel enstrümantasyon gerektirir ve yüksek maliyetlerle ilişkilendirilirken, geleneksel toplu analizler genellikle canlı hücrelerin uzamsal heterojenliğini ve stromal bileşenlerle dinamik etkileşimlerini gözden kaçırır3. Örneğin, rezeksiyon sonrası rezidüel canlı HCC hücreleri, ayrışmış hücre sistemlerinde aslına uygun olarak özetlenemeyen farklı metabolik profiller sergiler4. Bu nedenle, canlı tümör hücreleri ile mikro çevreleri arasındaki işlevsel karışmayı çözmek ve sonuçta hassas terapötik stratejilere bilgi sağlamak için mekansal olarak çözümlenmiş tespit teknolojilerinin geliştirilmesi zorunludur. Grubumuz tarafından HCC'deki canlı hücreleri tespit etmek için akış sitometrisi veya immünohistokimya (IHC) gibi geleneksel yöntemler kullanılmış olsa da, doku ayrışması veya fiksasyonu gerektirirler, böylece uzamsal bağlamı kaybederler ve hücre-hücre etkileşimlerinin analizini engellerler 5,6. Bu nedenle, canlı hücrelerin yerinde tespiti için tahribatsız, yüksek çözünürlüklü teknolojilerin geliştirilmesi, HCC direnç mekanizmalarının aydınlatılması ve hassas tedavilerin yönlendirilmesi açısından kritik öneme sahiptir.
HCC dokularındaki canlı hücreleri yıkıcı tedavi olmaksızın in situ olarak hızlı bir şekilde tespit etmek ve görüntülemek için basit bir 3-(4,5-dimetiltiazol-2-il)-2,5-difeniltetrazolyum bromür (MTT) bazlı doku kültürü yöntemi geliştirilmiştir. Kısaca, taze ince HCC dokuları (yaklaşık 1 × 1 × 0.2cm3) ilk olarak %20 fetal sığır serumu (FBS) ve MTT (1 mg/mL) içeren 3 saat boyunca DMEM ortamında kültürlendi. Daha sonra %4 paraformaldehit (PFA) fiksasyonu ve DAPI içeren montajdan sonra OKT'ye gömülü donmuş doku lamları (20 μm kalınlığında) parlak veya UV ışığı altında mikroskobik gözleme tabi tutuldu. Canlı hücreler mor, mor-kırmızı veya mor-siyah renk gösterecektir. Bu protokolü kullanarak, HCC dokularındaki canlı hücreleri 5 saat içinde başarıyla tespit ettik. Bu arada, bu yöntem 3D mikro mimariyi korur, aşağı akış çoklu omik analiziyle uyumludur ve basit, aynı zamanda zaman ve maliyet dostudur. Ancak bu yöntemin bazı sınırlamaları vardır. Çok adımlı yıkama, kesit alma ve kültürleme işlemleri, dokularda, özellikle bu çalışmada HCC dokusu gibi yüksek metabolik örneklerde yapısal deformasyona ve apoptoza neden olabilir. Ek olarak, kriyoseksiyon dilimlerinin kalınlığının artması, mikroskobik gözlemlerin netliğini ve düzlüğünü tehlikeye atar.