İnsan denekleri içeren araştırma, Soochow Üniversitesi Birinci Bağlı Hastanesi Etik Kurulu tarafından incelendi ve onaylandı (Onay No. 2019026). Soochow Üniversitesi Birinci Bağlı Hastanesi'nin etik inceleme kurulu, bu veri kullanımının etik incelemesi için bir muafiyeti onayladı veya verdi. Ayrıca tüm katılımcılardan bilgilendirilmiş onam alındı.
Biyoinformatik veri analizi
TCGA ve Tümör IMmune Tahmin Kaynağı (TIMER) veritabanlarının kapsamlı bir Pan-kanser ekspresyon analizi incelemesinden sonra, LLT1'in davranışı, özellikle mide kanserine odaklanılarak çeşitli kanser türlerinde araştırıldı. LLT1 ekspresyon seviyeleri ile mide kanserinin farklı moleküler alt tipleri arasındaki korelasyonu araştırmak için TISIDB veri tabanından yararlanıldı. Hastaların klinik özellikleri ile LLT1 ekspresyonu arasındaki korelasyon, R programlama yoluyla TCGA verileriyle daha fazla analiz edildi. LLT1'in gastrik karsinogenezdeki fonksiyonel rolünü araştırmak için GO ve KEGG analizleri kullanıldı. ESTIMATE (Ekspresyon verilerini kullanarak MAlignant Tümör dokularındaki STromal ve Bağışıklık hücrelerinin tahmini) algoritması ayrıca LLT1 ekspresyon modellerine göre tümör dokularındaki immün ve stromal hücre infiltrasyon seviyelerini ölçmek için kullanıldı. LLT1 ekspresyon seviyeleri ile tümör mikroçevresindeki spesifik bağışıklık hücresi infiltrasyon paternleri arasındaki korelasyonları değerlendirmek için CIBERSORT algoritması kullanılarak daha fazla analiz yapıldı. LLT1 ekspresyon profilleri ve immün düzenleyici biyobelirteçler arasındaki potansiyel korelasyonları sorgulamak için TCGA veri kümeleri ve R istatistiksel programlama (v4.4.1) kullanılarak kapsamlı biyoinformatik analiz yapıldı. Son olarak, LLT1 ekspresyonunun PD-1/PD-L1 immün kontrol noktası blokaj tedavisine yanıtı tahmin edip edemeyeceğini araştırmak için TCIA (Kanser İmmün Atlası) veri tabanı kullanıldı.
GAC örnekleri ve doku mikrodizisi (TMA) yapımı
Aşağıdaki gibi iki set doku mikrodizi verisi oluşturuldu:
İlk set, 2011 yılında ameliyat edilen 268 GAC'li hastadan alınan örnekleri retrospektif olarak analiz etti. Patologlar parafin bloklarını seçtiler, tümör çekirdek bölgelerini tanımladılar ve bunları doku mikrodizileri halinde oluşturdular. Cinsiyet, yaş, neoplazm boyutları, neoplastik farklılaşma derecesi, kanser ilerleme evresi, invazyon derinliği, lenfatik tutulum ve uzak yayılımın varlığı gibi ilişkili klinik parametreleri titizlikle izlemek için her bir numune bölgesine ayrı bir tanımlayıcı tahsis edildi. Genel sağkalım (OS) süresi, tedavinin başlamasından mortalitenin ortaya çıkmasına veya Aralık 2017'nin son tarihine kadar geçen süre olarak tanımlandı. Kapsamlı işletim sistemi verilerinin yalnızca 198 katılımcıdan oluşan bir alt küme için mevcut olduğu vurgulanmalıdır.
İkinci grup, 2016-2023 yılları arasında Soochow Üniversitesi Birinci Bağlı Hastanesi'nde cerrahi/endoskopik rezeksiyon uygulanan, daha önce tedavi görmemiş ileri evre GC'li 115 hastayı içeriyordu. Patologlar, hastalığın ilerlemesini yakından takip ederek parafin bloklarını değerlendirdi ve doku mikrodizileri oluşturdu. Özellikle, tüm örnekler herhangi bir preoperatif tedaviden önce toplandı ve postoperatif tedavi esas olarak kemoterapi ile kombine PD-1 monoklonal antikorlarından oluşuyordu.
Tüm cerrahi rezeksiyon spesmenleri mide antrumundan toplandı. Tüm numuneler nötr tamponlu formalin içine sabitlendi ve parafine gömüldü. H&E boyalı bölümlerin değerlendirilmesine dayanarak, iki kıdemli patolog parafine gömülü örneklerden en temsili doku bölgelerini bağımsız olarak belirledi. Doku mikrodizileri (TMA'lar), önceden tanımlanmış modüllere göre TMA bloklarında hassas bir şekilde konumlandırılmış doku çekirdekleri ile otomatik bir doku dizileyici kullanılarak oluşturuldu. Son olarak, tamamlanan TMA blokları deneyimli bir histoteknolog tarafından 4 μm kalınlığında kesitlendi.
İmmünohistokimya (IHC) ve multipleks immünofloresan (mIHC)
İmmünohistokimyasal ve multipleks immünofloresan deneyleri, yapılandırılmış bir doku mikrodizisi üzerinde gerçekleştirildi. IHC boyaması, önceden belirlenmiş bir metodolojiye26 uygun olarak gerçekleştirildi. İlk mikrodizi parafin kesitleri seti cam slaytlara aktarıldı ve 72°C'de 1 saat pişirildi. Kesitler ksilen ile deparafinize edildikten ve art arda artan etanol dilüsyonlarında rehidre edildikten sonra, 30 dakika boyunca peroksidaz bloke edici solüsyon uygulanarak endojen peroksidaz aktivitesi bloke edildi. Antijen geri kazanımı, slaytların 110 °C'de Sitrat Antijen Geri Alma Çözeltisi (pH 6.0) içinde 3 dakika kaynatılmasıyla gerçekleştirildi. %5 BSA blokaj tamponu ile bloke edildikten sonra kesitler fare anti-insan CLEC2D monoklonal, fare anti-insan CD3 monoklonal (kullanıma hazır), fare anti-insan CD4 monoklonal (kullanıma hazır), tavşan anti-insan CD8 monoklonal (kullanıma hazır), fare anti-insan CD11c monoklonal (1:50) fare anti-insan CD19 monoklonal (kullanıma hazır), fare anti-insan CD31 monoklonal (kullanıma hazır), fare anti-insan CD56 monoklonal (kullanıma hazır), fare anti-insan CD68 monoklonal (kullanıma hazır), tavşan anti-insan Foxp3 monoklonal (1:50), fare anti-insan IL-17 monoklonal (1:50), fare anti-insan IFN-γ monoklonal (1:50), fare anti-insan Ki67 monoklonal (1:50), fare anti-insan PD-L1 monoklonal (kullanıma hazır) gece boyunca 4 °C'de27,28. Slaytlar daha sonra yıkandı ve yaban turpu peroksidaz etiketli ikincil antikorlar (anti-fare ve tavşan) ile oda sıcaklığında 30 dakika inkübe edildi. İnkübasyondan sonra numuneler yıkandı ve immün tespit için EnVision tespit sistemi kullanıldı. Mikroskop altında, çip üzerinde kahverengi alanlar görünmeye başladığında dikkatli gözlem gereklidir. Kahverengi alanlar artık artmadığında kromojenik reaksiyon durdurulmalıdır. Slaytlar Mayer hematoksilini ile boyandı ve nötr yapıştırıcı ile monte edildi. Negatif kontrolde, birincil antikor yerine fare veya tavşan IgG kullanıldı. Pozitif kontrol insan bademcik dokusuydu. İkinci mikrodizi kesitleri seti, multipleks immünohistokimya (mIHC) için kullanılır. Yukarıda bahsedilen antijen alma ve bloke etme koşullarını yeniden kullanarak, antikor paneli aşağıdaki gibi spektral olarak optimize edilir: PD-L1 (480 nm), CD161 (520 nm), LLT1 (570 nm), PD-1 (620 nm), CD8 (690 nm) ve PAN-CK (780 nm). Birincil antikorlar, orijinal protokol29'dakiyle aynı koşullar altında (yeni tanıtılan PANCK ve CD161 hariç), önerilen 1:100 seyreltmede inkübe edildi ve ardından tiramid sinyal amplifikasyonu (TSA) floresan boyaması yapıldı. Her floresan boyama turundan sonra, antikor sıyırma gerçekleştirilir, ardından bir sonraki birincil antikoru inkübe etmeden önce tekrarlanan antijen alımı, endojen peroksidaz blokajı ve spesifik olmayan hedef blokajı yapılır. Multipleks immünohistokimya yapılırken üç nokta çok önemlidir: her floresan boya için ön deneyler yapılmalı, güçlü eksprese edilen antikorlar zayıf floresan sinyallerle eşleştirilmeli, zayıf eksprese edilen antikorlar ise güçlü floresan sinyallerle eşleştirilmeli ve her bir floresan işaretleyici boyandıktan sonra, boyama sonuçları ışıktan korunan koşullar altında mikroskop altında gözlemlenmelidir. 6. floresan boya ile boyandıktan sonra, etiket hücre çekirdeklerine DAPI karşı boyama uygulanır ve slaytlar monte edilir. Son olarak, tüm doku mikrodizileri bir dijital patoloji tarayıcısı kullanılarak tarandı ve yapay zeka destekli bir dijital patoloji görüntü analiz yazılımı ile analiz edildi.
IHC/mIHC boyama değerlendirmesi
Boyama sonuçları iki uzman patolog tarafından çift kör bir şekilde yorumlandı. Yüksek güçlü bir objektif (200x büyütme) veya eşleşen floresan ayarı (200x) kullanarak boyama derinliğini ölçtüler ve 0 (boyama yok) ile 3 (yoğun boyama) arasında değişen puanlar verdiler. Mide karsinomu numunelerindeki LLT1 pozitif hücrelerin fraksiyonları dört tabakaya ayrıldı: 0 (%<5), 1 (%5-25), 2 (%26-50) ve 3 (%>50). İmmünoreaktivite Skoru (IRS), LLT1 pozitif hücrelerin boyama derinliği ve oranının ürününden türetilmiştir. Sıfır puan alan örnekler negatif olarak kabul edilirken, 1-4 arası puanlar zayıf ekspresyon, 5-7 orta ve 8-9 güçlü ekspresyon gösterdi; Ki67 ve CD3 gibi diğer belirteçlerin ekspresyonunu değerlendirmek için de aynı kriterler uygulandı. Değerlendirme ve gruplama metodolojisine göre numuneler güçlü (IRS8-9), orta (IRS5-7), zayıf (IRS1-4) veya ekspresyonu yok (IRS0) olarak etiketlendi. En düşük puana sahip hastalar (IRS≤4) düşük ekspresyon grubuna, daha yüksek skorlara sahip hastalar (IRS≥5) ise yüksek ekspresyon grubuna atandı.
Bununla birlikte, PD-L1 belirteci için, CPS kullanılarak farklı bir yaklaşım benimsenmiştir. Bu puan, PD-L1 pozitif hücrelerin (tümör, bağışıklık ve stromal hücreler dahil) 100 kat büyütülen toplam canlı tümör hücresi sayısına oranıyla belirlendi. CPS'si beşi aşan bireyler yüksek ifadeli kohorta yerleştirilirken, CPS'si beş veya daha düşük olanlar düşük ifadeli kohortta gruplandırıldı.
İmmünoterapi yanıt gruplaması
Solid Tümörlerde Yanıt Değerlendirme Kriterleri versiyon 1.1 (RECIST 1.1) doğrultusunda, hastalarda hedef lezyonların değerlendirilmesi dört farklı kategoriye ayrılır: (a) Tam Yanıt (CR): tüm hedef lezyonlar tamamen kaybolmuştur ve tüm patolojik lenf düğümlerinin (hem hedef hem de hedef olmayan) kısa ekseni 10 mm'den az olmalıdır; (b) Kısmi Yanıt (PR): tüm ölçülebilir hedef lezyonların kümülatif çapı, başlangıç ölçümlerine göre en az %30 oranında azalmıştır; (c) İlerleyici Hastalık (PD): Bu kategori, hedef lezyonların kümülatif çapı, çalışma sırasında kaydedilen en küçük değere kıyasla en az %20 arttığında (en küçük değeri temsil ediyorsa referans olarak referans olarak kullanıldığında) geçerlidir, mutlak artış 5 mm'den az olmamalıdır; ayrıca yeni lezyonların ortaya çıkması da Progresif Hastalık (PD) olarak kategorize edilir; (d) Stabil Hastalık (SD): Hedef lezyonların kümülatif çapı, çalışma boyunca ne PR için azalma kriterlerini ne de PD için artış kriterlerini karşılayamaz. İki tabakalaşma tekniği uygulandı. İlk yöntem, PD (n=53) ve SD (n=46) hastalarının yanıt vermeyen grubu (n=99) oluşturduğu, PR (n=15) ve CR (n=1) hastalarının yanıt veren grubu (n=16) oluşturduğu hastaların yanıt durumlarına göre ayrılmasını içeriyordu. İkinci yaklaşım, CR, PR ve SD hastalarının immünoterapide etkili kohort (n=62) ve PD hastalarının immünoterapide etkili olmayan kohort (n=53) olarak sınıflandırıldığı, hastaların hastalığın ilerlemesine göre kategorize edilmesini gerektiriyordu.
İstatistiksel analiz
Ampirik değerlendirmeler R bilgi işlem platformu (sürüm 4.4.1) ve SPSS İstatistik yazılım paketi (sürüm 27.0) kullanılarak yapıldı. Çalışma kohortları arasındaki eşitsizlikler, ki-kare olasılık tablosu analizi uygulanarak araştırıldı. Değişkenler arasındaki ilişkilerin gücünü ve yönünü araştırmak için Spearman'ın parametrik olmayan korelasyon tekniği kullanıldı. Hayatta kalma süresi varyasyonları, anlamlılık için log-rank testi ile tamamlanan Kaplan-Meier tahmincilerinin oluşturulması yoluyla analiz edildi. Daha sonra, hasta sağkalım sonuçlarını potansiyel olarak etkileyen faktörleri belirlemek için Cox orantılı tehlike regresyon modelleri kullanıldı. İstatistiksel anlamlılık, <0.05'lik iki taraflı bir p-değeri eşiği olarak önceden tanımlandı. Bulguların sağlamlığını sağlamak amacıyla, potansiyel kafa karıştırıcı değişkenleri değerlendirmek amacıyla kapsamlı duyarlılık analizleri yapıldı ve çok değişkenli modeller buna göre ayarlandı. Ayrıca, klinik anlayışı kolaylaştırmak için tehlike oranlarının açık yorumları sağlanmış ve tanımlanan risk faktörlerinin hasta prognozu üzerindeki pratik etkileri vurgulanmıştır.