Yöntem makalesi

Amiloid ve Çapraz Beta Mimarisi

DOI:

10.3791/69350

⸱

13 Şubat 2026

 ,  ,  ,  , 
1School of Life Sciences, University of Sussex

Bu makalede

Özet

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Amiloid fibriller çok sayıda proteinden oluşur ve ortaya çıkan fibriller "çapraz β tabaka" yapısını paylaşır. Burada, amiloid fibril örneklerin X-ışını lifi kırınımı için nasıl hazırlanabileceğini ve desenlerin nasıl analiz edilebileceğini açıklıyoruz.

Özet

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Amiloid fibriller, yanlış katlanmış, kendi kendine oluşmuş bir proteinden oluşur ve iyi tanımlanmış, tekrarlayan bir yapıya sahiptir. Alzheimer hastalığı ve tip 2 diyabet gibi protein yanlış katlama hastalıklarında önemli rolleriyle tanınırlar; bu hastalıklarda çözünmeyen amiloid fibriller dokulara biriktirilir. Ayrıca, birçok organizmada önemli fonksiyonel bir rol oynadıkları bulunmuştur; güç, iskele ve koruma sağlamaktadır. Amiloidin ilk yapısal modelleri, hizalanmış amiloid fibril demetlerinden toplanan X-ışını lifi kırınım verileriyle bilgilendirildi. Bu, yüksek yönlü ve yarı kristalin örneklerden elde edilen daha ayrıntılı kırınım analiziyle yerini alan genik çapraz β yapısının erken modellerinin ortaya çıkmasına yol açtı ve bu da peptitlerin tekrarlayan bir mimariye organizasyonunun ayrıntılarını ortaya çıkardı. Burada, bu fibrillerin altta yatan mimarisini belirleme yöntemlerini tanımlamaya odaklandık ve çeşitli patojenik, fonksiyonel ve sentetik kaynaklardan alınan amiloid fibrillerin ortak özelliklerini tanımladık. Örneklerin hazırlanmasını, veri toplamanı ve ardından yapılan veri analizini, deneysel verilerle karşılaştırılabilen bir model yapısı oluşturmak için tanımlıyoruz.

Giriş

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Amiloid fibriller ilk olarak Amiloidoz olarak bilinen hastalıklar grubunda tanımlanmıştır; bu hastalıklarda proteinli fibriller dokuların ekstrasellülerboşluklarında birikmektedir 1. Her hastalık, belirli bir öncül proteinle karakterize edilir ve bu protein konformasyonel değişime uğrayarak yüksek düzenli, stabil proteinfibrilleri 2,3 oluşturur. Amiloid fibrillerin daha yeni tanımı ise artık hücresel ortamda biriken fibrilleri kapsamaktadır. Daha yakın zamanda, amiloid yapısını kullanarak stabilite, yapışma veya hatta bilgi depolama sağlayan birçok fonksiyonel sistem tanımlanmıştır. Kendi kendine toplanıp amiloid fibriller oluşturabilen geniş bir protein yapısına rağmen, hepsi çapraz β yapıya sahiptir4. Bu çapraz β düzeni ilk olarak Astbury tarafından tavuk yumurtabeyazı 5 için tanımlanmış, daha sonra Geddes tarafından çapraz βipek 6 için daha ayrıntılı açıklanmıştır. Bu protein mimarisinde, fibriller fibril eksenine dik uzanan β ipliklerden oluşur ve bu iplikler β zincirler aracılığıyla birleşerek daha sonra sterik fermuarlarolarak adlandırılan 7 zinciri oluşturur. Bu, lifle paralel giden hidrojen bağları ile birlikte son derece stabil bir organizasyon oluşturur; yan zincirler 8 aracılığıyla hidrofobik, elektrostatik ve polaretkileşimler içerir.

Erken yapısal çalışmalar, amiloid fibrillerin yapısını sorgulamak için X-ışını lifi kırınımı kullandı; bu yöntemde fibriller hizalanıp yönlendirilerek bir amiloid fibril demeti oluşturarak bir difraktometre 9,10'un X-ışını ışınına yerleştirilebildi. İnsan hastalık dokusundan çıkarılan veya in vitro4 yetiştirilen birkaç amiloid fibrilden alınan kırınım desenlerine uyacak şekilde amiloid fibrillerin genel bir yapısı oluşturulmuş ve bu, daha fazla yapısal tanım için temelsağlamıştır 11. Son yıllarda, katı hal nükleer manyetik rezonansı (ssNMR), mikrokristal X-ışını kristalografisi ve kriyojenik elektron mikroskobu (CryoEM) alanlarındaki ilerlemeler, çapraz β yapısı için atomik detaylarsağlamıştır 11. Ancak, X-ışını lifi kırınım yöntemi önemli ve faydalı olmaya devam etmekte olup, proteinlerin tekrarlayan organizasyonu hakkında bilgi sağlar. Ayrıca, bazı durumlarda daha uzun vadeli bir emrile ilgili bilgiler erişilebilir olabilir. Temelde, X-ışını lifi kırınımı genellikle farklı proteinlerden oluşan amiloid fibrillerin varlığını doğrulamak için kullanılır ve çapraz β desen, bir lifli yapımın amiloid12 olarak sınıflandırılması için temel gereksinimlerden biridir.

Burada, amiloid fibrillerin hazırlanmasında kullanılan metodolojiyi ve X-ışını lifi kırınım veri toplama için hizalanmasını açıklıyoruz. Ayrıca, kırınım verilerinin nasıl daha fazla analiz edilip model yapısı oluşturulabileceğine, tahmin edilen kırınım desenine ve ex-vivo türettiği fibrillerden alınan kırınım verileriyle karşılaştırılabileceğine dair detaylar sunuyoruz.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Protokol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. X-ışını lifi kırınımı için fibrillar örneklerin hazırlanması

  1. İlgi gören protein veya peptidi, seçilen amiloidejenik peptid için fibril oluşumu için optimal koşullarda çözün ve elektron mikroskobu veya atomik kuvvet mikroskobu ile fibril oluşumunu değerlendirin. Örneklerin nasıl hazırlanacağı ve görüntüleme yapılacağı ile ilgili ayrıntılar başka yerlerdemevcuttur 13. Fibrillerin uzun, düz ve dallanmamış olduğundan emin olun, Şekil 1'de gösterildiği gibi. Örneğin, Şekil 1'de gösterilen fibriller iletim elektron mikroskopisi (TEM) kullanılarak görüntülenmiştir. Fibriller içeren bir damlayı elektron mikroskop ızgarasına yerleştirin ve ardından uranylasetat 14 ile negatif boyama yapın.
    NOT: Fibrillerin ızgarada eşit bir şekilde kaplanması ve dağılımı istenmektedir.
  2. Hizalanarak ideal olarak fiber eksenleri paralel olan bir fibril demeti oluşturulur (Şekil 2A).
    1. Mum mumunu sıvı hale getirene kadar sıcak bir plaka ile eritin. Elmas kalem gibi bir cam kesici kullanarak, 1 mm borosilikat cam kapilyarları yaklaşık 2-3 cm uzunluğunda kesin ve sıvı balmuma kısa süreliğine batırın. Mum mumunu kapiler hareketiyle (kapiler içinde yaklaşık 1-2 mm uzunluğunda) yukarı çekin. Fibril süspansiyonun eşit şekilde dinlenebilmesi için mum yüzeyinin düz olduğundan emin olun.
    2. Kapatılmış kapillyarları yatay olarak Petri kabına yerleştirmek için plastilen kullanın; mum dolu uçlar arasında 0,5 mm ila 2 mm arasında boşluk olacak şekilde (Şekil 2A).
    3. Bir pipet kullanarak, iki kapilyarın mum dolu uçları arasına dikkatlice 10 μL bir çözelti damlası askıya alın. Çözeltinin her iki balmumu ucuyla temas ettiğinden ancak camın üzerine yayılmadığından emin olun.
    4. Petri kabını kaplayarak numuneyi tozdan koruyun. Numunenin gece boyunca buharlaşmasına izin verin, böylece fibriller hizalanır (bkz . Şekil 2A).
      NOT: Numunenin tamamen kuruması birkaç gün sürebilir ve bu ortam sıcaklığına, nemine ve numunenin viskozitesine bağlıdır.
    5. Plakayı mühürleyin; daha düşük sıcaklıklarda bir buzdolabında kuluçka yapın veya kurumayı yavaşlatmak için nemi kapalı bir kutuda kuluçka yapın; bu da numunenin daha iyi hizalanmasına yol açabilir.
  3. Amiloid fibrilleri cam bir kapiller içinde hizalanın (Şekil 2B).
    1. 1 mL'lik bir şırınga, geniş ucuna küçük bir kauçuk boru parçası takarak 0,7 mm çapında silikonlu cam kapiler sabitleyin ve 2-3 cm fibril süspansiyon çekin.
    2. Kapillerin bir ucunu erimiş balmumu ile kapatın ve diğer ucu buharlaşmaya izin vermek için açık kalmasına izin verin. Kapilleri dikey olarak düzenleyin ve birkaç gün veya hafta boyunca kurumasına izin verin, ta ki kapiller tüpte kurumuş bir disk oluşana kadar (Şekil 2B).
  4. Fibrilleri "mat" veya ince film olarak hizalamak (Şekil 2C).
    1. Yüksek konsantrasyonlu (örneğin >10 mg/mL) fibril numuneyi cam slayt, parafilm veya teflon parçası üzerine yerleştirin ve en az 24 saat hava kurumasına izin verin. Bu yüzeyde ince ve düz bir film oluşturmak için kuruyabilir. Bunu dikkatlice bir bistüriyle kaldırın ve ardından yapıştırıcı veya plastilen kullanarak cam bir kapiller tüpe takın.
    2. Matın rastgele bir fibril düzeni olacaktır (bkz. Şekil 2C). Örneği dikkatlice bir gonyometre başlığına monte edin ki X-ışını ışını ışını numunenin kenarından geçip filmin düzlemine paralel geçsin (Şekil 2C).
      NOT: Filmin yüzünden yapılan kırınım, rastgele hizalama nedeniyle kırınım halkaları oluşturur (bkz . Şekil 2C).
  5. Örneği inceleyin.
    1. Numunenin ne kadar hizalandığını ışık mikroskobu altında çapraz polarizör ile inceleyerek inceleyin. Eğer ikili kırılma varsa, fibril demetinde iyi hizalanma olduğunu gösterebilir.
    2. Kapiller lif örneğini bir goniyometre başlığına plastilin ile takın. Numuneyi X-ışını ışınına yerleştirirken bir lif demet, mat mı yoksa disk mi olduğunu düşünün.
      1. Örnek dönme ekseni, bir fiber demeti için fiber ekseninin etrafında olacağını (Şekil 2A) not edin; disklerde ise lifler tüpün çapı boyunca hizalanma eğiliminde olur (Şekil 2B). Bir matın iki farklı yönü olur (filmin düzlemine paralel ve ona dik) (Şekil 2C).
    3. Kendi içi X-ışını ekipmanı (protein kristalografisi için CuKα) veya sinkrotron radyasyonu kullanılarak ( Şekil 3A'da gösterildiği gibi) bir kırınım desenini toplayın. Pozlama süreleri, X-ışını ışınının yoğunluğuna bağlı olarak değişir; Bunu, kırınım kaynağı için önerilen toplama sürelerine göre ayarlayın.

2. Veri analizi

  1. Veri analizi için CLEARER kullanımı15.
    NOT: X-ışını lifi kırınım desen analiz programı, ilgili yazar tarafından akademik kullanıcılara ücretsiz olarak sunulmaktadır. Kırınım analizi için diğer yöntemler mevcuttur16,17 (www.esrf.fr/computing/expg/subgroups/data_analysis/FIT2D)18. Parantez içindeki italik yazılar menü komutlarını gösterir.
    1. Kırınım desenini .tiff bir dosyaya dönüştürün ve dosyayı CLEARER'a yükleyin (Şekil 4).
    2. Kırınım ayarlarını (Kırınım Deseni: Kırınım ayarları), TIFF görüntüsündeki piksel boyutunu, X-ışını kaynağını ve örnekten detektöre mesafeyi dahil olmak üzere girin.
    3. Kırınım deseninin meridyenin dikey olacak şekilde yönlendirildiğinden emin olun (Görüntü İşleme: Döndür). Görüntüyü merkezlemek için merkezleme modülünü (Difraksiyon Deseni: Merkez Görüntü) kullanın. İki ana eksen (meridyen ve ekvator) tanımlanır: - Bu modül, desenin bu iki ekseni boyunca yoğunluğu karşılaştırır. Merkezleme tamamlandıktan sonra, görüntüyü kaydedin ve sonraki adımlar için kullanıldığından emin olun.
    4. Uygun bir açı belirtin (iki ana eksen boyunca [meridyen ve ekvator]) ve Radyal Ortalama modülü (Kırınım Deseni: Radyal Ortalama) kullanarak kırınım sinyal konumunu yoğunluğa karşı gösteren bir grafik çıkarın (Şekil 4A).
    5. Peak Find modülü (Diffraction Pattern: Radially Average: Peak Find) kullanılarak kırınım sinyal konumlarını ölçüp otomatik olarak çıkarın (Şekil 4B). Tüm kırınım sinyallerinin doğru algılandığından emin olun, zirve arama genişliğini ayarlayarak ve gürültünün algılanmadığından emin olun.
    6. Zoom & Measure modülünü (Diffraction Pattern: Zoom & Measure) kullanarak Peak Find ile sinyal konumlarını çıktıklarını kontrol edin. Tüm sinyal konumlarının listelendiğini ve doğru eksene atandığını doğrulayın.
    7. Birim hücre Optimizasyon modülü (Difraksiyon Deseni: Birim Hücre Optimizasyonu) (Şekil 5A) kullanılarak gözlemlenen kırınım sinyallerini üretecek birim hücre boyutlarını (b ve c) keşfedin. Ekvator üzerindeki güçlü sinyalleri inceleyerek birim hücre giriş tablosuna giriş için ilk tahmin oluşturabilir ve CLEARER'ın potansiyel hücreleri aradığı minimum ve maksimum [hkl] indekslerini belirtin (bir boyut meridyonal olup varsayılan olarak 4.76 Å).
    8. Potansiyel birim hücre boyutlarını hesaplayın ve tahmin edilen kırınım sinyal pozisyonlarını gözlemlenen yansımalarla karşılaştırın. Birim hücreler, tahmin edilen ve deneysel sinyaller arasındaki uyum derecesine göre puanlanır. Ardından ilk yirmi maç gösterilir. Peptit öncü uzunluğu ve elektron mikroskopi, AFM veya katı hal nükleer manyetik rezonansı (ssNMR) verilerine ve numuneye uyacak en iyi birim hücreleri seçmeye yardımcı olmak için diğer bilgileri göz önünde bulundurun.

3. CLEARER kullanarak yapısal modelleme ve test

  1. Moleküler modeller oluşturun (PDB formatı).
    NOT: Pymol (DeLano)19 veya Insight II (Accelerys) gibi protein modelleme programlarını kullanarak öncü peptidin PDB koordinatlarını β iplik konformasyonda ve β sayfa düzeninde oluşturun. Bu bölüm, ortorombik birim hücre için kullanılan basit bir süreci (tüm 90° açılar) tanımlar. Daha fazla kırınım bilgisi gerektiğinde ortogonal olmayan organizasyonlar mümkündür. Bunlar, daha karmaşık birim hücreler için CLEARER'da incelenebilir.
    1. Belirlenen birim hücre(ler)e uyacak şekilde peptidlerin üç boyutlu düzenlemelerini β sayfa şeklinde oluşturun. Bu modelin hücre içindeki tüm simetri ile ilgili nesneleri içerdiğinden emin olun.
    2. PDB modelini Yapı Zinciri Oluşturucu modülüne (Kırınım Simülasyonu: Yapılar: Yapı Zinciri Oluşturucu) yükleyerek inşa edilen yapı koordinatlarını kontrol edin. Fiber ekseni ve kiriş ekseninin doğru şekilde atandığından emin olun. Belirlenen birim hücre boyutlarını girin. Seçilen hücre boyutları için çatışma olup olmadığını kontrol edin (Şekil 5B).
    3. PDB model koordinatlarını Fiber Diffraksiyon Simülasyonu modülüne (Diffraction Simulation: Fiber Diffraction Simulation) yükleyin.
      1. Fiber ekseninin yönünü, ışın yönü, 3.1.2. adımdan seçilen birim hücre boyutlarını, X-ışını kaynağı ve dedektör ayarlarını girin ve simülasyon tuşuna tıklayın. Ortorombik birim hücre simülasyonu için, fiber ekseni, kullanılan modeldeki fiber ekseninin yönümüyle ilişkili Kartezyen eksenle tanımlanır.
      2. Kiriş eksenlerinin fiber eksenine dik olduğundan emin olun, yani diğer iki olası eksenden birinde olsun. Simülasyon ayarlarını .html dosya olarak kaydedin (Dosya: Kaydet). Bunlar daha sonra yüklenip düzenlenerek optimal model yapısını yinelemeli olarak keşfedilebilir.
      3. Ortaya çıkan simüle edilen deseni ham bir formatta kaydedin; bu da daha sonra daha fazla analiz için yüklenebilir veya .tiff olarak (bu formatta ek kontrast bilgisi atılır) (Simülasyon: Görüntülenebilir Görüntüyü TIFF olarak Kaydet). Sonra, bunları deneysel desenle karşılaştırın.
  2. Sunum için simüle edilmiş kırınım desenlerini deneysel desenlerle karşılaştırın.
    1. Simüle edilmiş kırınım sinyallerini ölçmek ve deneysel desenlerden ölçülenlerle karşılaştırmak için 2.1.5-2.1.6 numaralı adımları kullanın (Şekil 6). Bunları bir tabloya kaydet.
    2. Sinyal konumlarını karşılaştırmak için simüle edilmiş ve deneysel desenleri üst üste bükmek için Katmanlar (Difraksiyon Deseni: Katmanlar) adlı bir modül kullanın ( Şekil 6C).
    3. Sinyal konumlarını ve deneysel ve simüle edilmiş desenler arasındaki göreceli yoğunlukları karşılaştırın; simüle edilen desenin bir dörtkesini deneysel desenle birlikte (Şekil 6B'de gösterildiği gibi) düzenleyin 8,20,21.
    4. Önerilen bir birim hücre ve modelin geçerliliğini değerlendirin ve ardından model ve hücreyi yinelemeli olarak değiştirerek simüle edilen desen ile deneysel kırınım deseni arasındaki benzerliği artırın.
    5. Farklı modeller ve hücrelerin sonuçlarını adımda 3.1'de belirtilen prosedürle kapsamlı şekilde karşılaştırarak çeşitli alternatifleri test etmektir. TEM, AFM ve NMR gibi diğer tekniklerden toplanan bilgilerin, modellemeyi kısıtlamak ve 8,21,22,23 verilerine uyan en iyi yapısal temsili elde etmek için değerlendirildiğinden emin olun.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Sonuçlar

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

CcbMet örnek24: Şekil 1, X-ışını lifi örneği hazırlamak için uygun bir ızgarada yüksek yoğunluklu amiloid fibrilleri gösteren elektron mikrograflarını göstermektedir. Şekil 2, lifli numune lif demetinden (Şekil 2A), disk (Şekil 2B), mat/film (Şekil 2C) ve X-ışını ışınının yönünü göste...

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Tartışma

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

X-ışını lifi kırınması, bir örneğin amiloid yapı oluşturup oluşturmadığını değerlendirmek ve lifler içindeki öncü protein veya peptidin moleküler organizasyonu hakkında daha fazla bilgi edinmek için kullanılabilir. Burada, lifli örneklerin X-ışını lif difraksiyonu için nasıl hazırlanabileceğini, verilerin elde edilebileceğini ve ardından analiz edilebileceğini açıkladık. Kritik olarak, elde edilen verilerin kalitesi hem bireysel liflerin içindeki sıraya bağlı olacaktır. Bu nedenle, ilk ö...

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Açıklamalar

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Yazarların açıklayacak herhangi bir çıkar çatışması yoktur

Teşekkürler

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Yazarlar, CLEARER programının geliştirilmesi ve desen analizinde Dr. Pawel Sikorski ve Profesör Edward Atkins'in yardımlarını takdir etmek isterler. Programın yazarı Dr. O Sumner Makin. Bu çalışma, Alzheimer Araştırma Vakfı ve BBSRC tarafından finanse edilen fonlarla desteklenmiştir.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Malzemeler

Bu makalede kullanılan malzemelerin listesi
AdŞirketKatalog numarasıYorumlar
0,7 mm çapında X-ışını  kuvars cam kılcal damarlar GLAS, W. Muller, D-13503, Berlin, AlmanyaQ-07-001-80
Cam kılcal damarlar 1,5 mm borosilikatHarvard appatus Ltd, (Edenbridge, Kent, UK)BS4 30-0074örnek, diğer üreticilerde mevcuttur
Protein kristalografisi X-ışını kırınım ölçerÇeşitliÇeşitli üreticiler

Kaynaklar

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Shirahama, T., Cohen, A. S. High resolution electron microscopic analysis of the amyloid fibril. J Cell Biol. 33, 679-706 (1967).
  2. Buxbaum, J. N., et al. Amyloid nomenclature 2024: Update, novel proteins, and recommendations by the International Society of Amyloidosis (ISA) Nomenclature Committee. Amyloid. 31 (4), 249-256 (2024).
  3. Dobson, C. M. The structural basis of protein folding and its links with human disease. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 356 (1406), 133-145 (2001).
  4. Sunde, M., et al. Common core structure of amyloid fibrils by synchrotron X-ray diffraction. J. Mol. Biol. 273, 729-739 (1997).
  5. Astbury, W. T., Woods, H. J., Bragg, W. L. X-ray studies of the structure of hair, wool, and related fibers. II. The molecular structure and elastic properties of hair keratin. Philos Trans R Soc Lond A. 232, 333-394 (1934).
  6. Geddes, A. J., Parker, K. D., Atkins, E. D., Beighton, E. "Cross-beta" conformation in proteins. J Mol Biol. 32 (2), 343-358 (1968).
  7. Sawaya, M. R., et al. Atomic structures of amyloid cross-beta spines reveal varied steric zippers. Nature. 447 (7143), 453-457 (2007).
  8. Makin, O. S., Atkins, E., Sikorski, P., Johansson, J., Serpell, L. C. Molecular basis for amyloid fibril formation and stability. Proc Natl Acad Sci U S A. 102 (2), 315-320 (2005).
  9. Eanes, E. D., Glenner, G. G. X-ray diffraction studies on amyloid filaments. J Histochem Cytochem. 16 (11), 673-677 (1968).
  10. Kirschner, D. A., Abraham, C., Selkoe, D. J. X-ray diffraction from intraneuronal paired helical filaments and extraneuronal amyloid fibers in Alzheimer disease indicates cross-beta conformation. Proc Natl Acad Sci U S A. 83 (2), 503-507 (1986).
  11. Ke, P. C., et al. Half a century of amyloids: Past, present and future. Chem Soc Rev. 49 (15), 5473-5509 (2020).
  12. Sipe, J. D., et al. Nomenclature 2014: Amyloid fibril proteins and clinical classification of the amyloidosis. Amyloid. 21 (4), 221-224 (2014).
  13. Morris, K. L., Serpell, L. C. X-ray fiber diffraction studies of amyloid fibrils. Methods Mol Biol. 849, 121-135 (2012).
  14. Al-Hilaly, Y. K., et al. Tau (297-391) forms filaments that structurally mimic the core of paired helical filaments in alzheimer's disease brain. FEBS Lett. 594 (5), 944-950 (2020).
  15. Makin, O. S., Sikorski, P., Serpell, L. C. Clearer: A new tool for the analysis of X-ray fiber diffraction patterns and diffraction simulation from atomic structural models. Appl Cryst. 40 (5), 966-972 (2007).
  16. Winn, M. D. An overview of the CCP4 project in protein crystallography: An example of a collaborative project. J Synchrotron Radiat. 10 (Pt 1), 23-25 (2003).
  17. Squire, J., et al. New CCP13 software and the strategy behind further developments: Stripping and modelling of fiber diffraction data. Fibre Diffr Rev. 11, 7-19 (2003).
  18. Makin, O. S., Serpell, L. C. Amyloid Proteins: Methods and Protocols. , Humana Press. Totowa, NJ. (2005).
  19. The pymol molecular graphics system. , DeLano Scientific. San Carlos, USA. (2002).
  20. Jahn, T. R., et al. The common architecture of cross-beta amyloid. J Mol Biol. 395 (4), 717-727 (2009).
  21. Madine, J., et al. Structural insights into the polymorphism of amyloid-like fibrils formed by region 20-29 of amylin revealed by solid-state NMR and X-ray fiber diffraction. J Am Chem Soc. 130 (45), 14990-15001 (2008).
  22. Madine, J., Copland, A., Serpell, L. C., Middleton, D. A. Cross-β spine architecture of fibrils formed by the amyloidogenic segment nfgsvqfv of medin from solid-state NMR and X-ray fiber diffraction measurements. Biochemistry. 48 (14), 3089-3099 (2009).
  23. Papapostolou, D., et al. Engineering nanoscale order into a designed protein fiber. Proc Natl Acad Sci U S A. 104 (26), 10853-10858 (2007).
  24. Steinmetz, M. O., et al. Atomic models of de novo designed ccβ-met amyloid-like fibrils. J Mol Biol. 376 (3), 898-912 (2008).
  25. Blake, C., Serpell, L. Synchrotron x-ray studies suggest that the core of the transthyretin amyloid fibril is a continuous β-helix. Structure. 4, 989-998 (1996).

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Yeniden basım ve izinler

Bu JoVE makalesinin metnini veya şekillerini yeniden kullanmak için izin iste

İzin iste

Etiketler

Amyloid FibrilleriProtein Yanl KatlanmasX I n K r n mAlzheimer HastalTip 2 DiyabetFibril Yap sNumune Haz rlamaVeri AnaliziPeptit Organizasyonu

İlgili makaleler