Tüm hayvan prosedürleri, Kurumsal Hayvan Bakımı ve Kullanımı Komitesi (Protokol numarası: IACUC-2024-FK-007) tarafından onaylanmış ve Görme ve Oftalmoloji Araştırmaları Derneği'nin Oftalmik ve Görme Araştırmalarında Hayvanların Kullanımı Açıklaması'na uygun olarak gerçekleştirilmiştir. 8-10 haftalık ve 20-25 g ağırlığındaki erkek C57BL/6 fareler, 22 ± 2 °C ve %50-60 bgöreli nem koşullarında, 12:12 saat açık-karanlık döngüsüyle kontrol edilen bireysel havalandırmalı kafeslerde tutuldu. Bu özel patojensiz hayvanlar Charles River Laboratuvarları'ndan elde edilmiştir ( bkz. Materyal Tablosu). Tüm fareler, deneysel prosedürlerden önce yeni ortama uyum sağlamak için 1 haftalık bir alışma dönemi geçirdi; standart kemirgen yemeği ve suya sınırsız erişim sağlandı.
DIKKAT: Aspergillus fumigatus , biyogüvenlik seviye 2 muhafaza gerektiren patojenik bir organizmadır. Tüm mantar kültürleri, eldiven, laboratuvar önlüğü ve göz koruma gibi uygun kişisel koruyucu ekipmanlarla sertifikalı biyolojik güvenlik dolabında ele alınmalıdır. Dimetil sülfoksit (DMSO) yanıcıdır ve cildi nüfuz edebilir; İyi havalandırılan alanlarda tutun ve doğrudan temastan kaçının. Ketamin ve ksilazin, kurumsal düzenlemelere uygun şekilde güvenli depolama ve uygun belgeler gerektiren kontrollü maddelerdir.
Deneysel hazırlık
Tüm gerekli reaktifler, ilaçlar ve malzemeler deneysel iş akışına göre hazırlandı (şematik için Materyal Tablosu ve Ek Şekil 1'e bakınız). Rasemik (±)-α-Lipoik asit (LA) stok çözeltileri, oksidatif bozunmayı önlemek için DMSO'da çözünmüş racemik α-lipoik asit (1,2-ditiolane-3-pentanoik asit) kullanılarak hazırlanmış ve oksidatif bozulmayı önlemek için -80 °C sıcaklıkta tek kullanımlık alikotlarda saklanmıştır. Nrf2 inhibitörü ML385 ve HO-1 inhibitörü SnPPIX de donma-çözülme döngülerini önlemek için tek kullanımlık olarak benzer şekilde hazırlanmış ve aliquote edilmiştir. Tüm hücre kültürü ortamları ve takviyeler steril koşullarda hazırlanmış ve kullanımdan önce 37 °C'ye kadar önceden ısıtılmıştır.
Mantar kültürleriyle kirlenmiş tüm malzemeler, agar plakaları, kültür tüpleri ve tek kullanımlık plastikler dahil olmak üzere 121 °C'de 30 dakika boyunca otoklavlanarak biyolojik tehlike atık konteynerlerine atıldı. Organik çözücüler içeren kimyasal atıklar ayrı ayrı toplanıp kurumsal çevre sağlığı ve güvenliği protokolleriyle bertaraf edilmiştir. Hayvan dokuları ve leşleri, onaylı biyomedikal atık hizmetleri aracılığıyla yakıldı.
Mantar kültürü ve enfeksiyon hazırlığı
Aspergillus fumigatus, Sabouraud dekstroz aga'sında 37 °C'de 5-7 gün boyunca yetiştirildi ve olgun konidial oluşum gözlemlendi. Konidiyalar, %0,05 Tween-80 içeren steril fosfat-tamponlu tuzlu (PBS) olgun kültürlerin su basması ile hasat edildi ve konidial süspansiyonlar steril gazlı bezden süzülerek hipal parçaları çıkarıldı. Konidial konsantrasyon bir hemositometre kullanılarak belirlenmiş ve yayımlanmış mantar keratit modellerine göre belirlenmiş konsantrasyonlara göre ayarlanmıştır. In vitro deneyler için, 1 x 106 konidiya/mL (enfeksiyonun çokluğu 10:1) önceki çalışmalara dayanarak seçilmiştir; bu çalışmalar bu konsantrasyonun korneal epitel hücrelerinde güçlü inflamatuar yanıtlar tetiklediğini ve sonraki analizler için yeterli hücre canlılığınıkorurken 16,17. In vivo çalışmalar için, bu aşı, enfeksiyon sonrası 5. güne kadar tekrarlanabilir hastalık puanlarıyla tutarlı, orta şiddette keratit üretir ve aşırı ölüm olmadan terapötik etkinliği değerlendirmek için yeterli dinamik aralık sağladığı için in vivo çalışmalar için 1 x 107 konidiya/mLseçilmiştir 16,19.
Hayvan tedavisi ve kornea enfeksiyonu
Genel anestezi altında (intraperitoneal ketamin 100 mg/kg ve ksilazin 10 mg/kg enjeksiyonu), mantar keratitisi merkezi korneada steril 25G iğne kullanılarak üç adet 1 mm lineer çizik oluşturularak indüklendi, ardından 5 μL A. fumigatus konidial süspansiyonu topikal olarak uygulandı. Fareler tedavi gruplarına rastgele ayrıldı (grup başına n=8): kontrol (enfekte olmayan), enfekte kontrol, enfekte + LA tedavisi (günde 4 kez topikal olarak 60 μmol/L) ve enfekte + LA + SnPPIX tedavisi (LA artı 5 mg/kg intraperitoneal günlük SnPPIX). Klinik değerlendirme ve doku toplama işlemi enfeksiyon sonrası 5. günde gerçekleştirildi.
Hayvan taşıma önlemleri: Anestezi altındaki hayvanlarla ilgili tüm işlemler aseptik koşullarda yapılmalıdır. Anestezi sırasında hayvanları solunum depresyonu için sürekli izleyin. Kontamine yatak takımları, cerrahi atıklar ve enfekte dokular otoklavlama yoluyla ve ardından kurumsal biyolojik tehlike atık yönetim protokollerine göre yakma yoluyla bertaraf edilir.
Hücre kültürü ve tedavisi
İnsan kornea epitel hücreleri (HCECs) ATCC'den alındı ve %10 fetal sığır serumu, %1 penisillin-streptomisin ve %1 L-glutamin ile desteklenmiş, 37 °C sıcaklıkta nemlendirilmiş %5 CO₂ atmosferinde %10 fetal sığır serumu ve %1 L-glutamin takviyesi ile tutuldu. Hücreler, %80-90 birleşimine ulaştıklarında her 3-4 günde bir alt kültür yapıldı ve tutarlılığı sağlamak için 3-8 pasajlar arasında kullanıldı. Deneysel tedaviler için, hücreler uygun plakalarda her kuyu başına 5 x 10⁴ hücre olarak tohumlanmış ve tedaviden önce 24 saat yapışmaları beklenmiştir. Tüm in vitro mekanik deneylerde, hücreler önce enfeksiyon oluşturmak için 4 saat boyunca 10:1 enfeksiyon oranında (MOI) Aspergillus fumigatus conidia ile maruz kalmış, ardından LA (60 μM), ML385 (5 μM) veya SnPPIX (1 μM) tek başına veya kombinasyon halinde 24 saat daha eklenmiştir. Bu ardışık tasarım, LA'nın belirlenmiş mantar sorunu üzerindeki terapötik etkilerinin profilaktik tedavi yerine değerlendirilmesine olanak tanır.
Hücre yaşama değerlendirmesi (CCK-8 analizi)
Hücre canlılığı Hücre Sayma Kiti-8 (CCK-8) kullanılarak değerlendirildi. Hücreler, 96 kuyu ölçüsünde 5 x 104 hücre ölçüsünde tohumlanarak tedavi edilmeden önce 24 saat kuluçka altına alındı. İlaç maruziyetinden sonra, her kuyuya 10 μL CCK-8 çözeltisi eklendi ve plakalar 37 °C'de 2 saat inkübe edildi. Absorbans, Çok Modlu Mikroplaka Okuyucu kullanılarak 450 nm olarak ölçüldü. Her deneysel koşul oktüuplikat olarak gerçekleştirildi ve deneyler bağımsız olarak üç kez tekrarlandı. Sitotoksik etkileri önlemek için araç kontrol (DMSO) konsantrasyonu %0,1'in altında tutuldu.
RNA çıkarımı ve nicel gerçek zamanlı PCR
Toplam RNA, üreticinin protokolüne göre RNeasy Mini Kit kullanılarak kültürlenmiş hücreler ve kornea dokularından izole edildi. Doku örnekleri, doku homojenizatörü kullanılarak RLT tamponunda 50 Hz'de 2 dakika boyunca homojenleştirildi. RNA kalitesi ve konsantrasyonu spektrofotometre kullanılarak değerlendirildi; örnekler 1.8-2.0 oranlarında 260/280 oranlarına sahip oldu ve sonraki analiz için kullanıldı. İlk zincirli cDNA sentezi, her reaksiyon başına 1 μg toplam RNA ile Yüksek Kapasiteli cDNA Ters Transkripsiyon Kiti kullanılarak gerçekleştirildi. Nicel PCR, SYBR Green bazlı qPCR master karışımı kullanılarak gerçek zamanlı PCR sisteminde yapıldı; ilk denatürasyon 95 °C'de 2 dakika sürdü, ardından 15 saniye boyunca 95 °C ve 1 dakika boyunca 60 °C ile 40 döngü yapıldı. Amplikon özgüllüğünü doğrulamak için erime eğrisi analizi yapıldı. Tüm primerler kullanımdan önce verimlilik (%90-%110) ve özsellik açısından doğrulandı. Göreli mRNA ifadesi, referans gen olarak GAPDH ile 2(-ΔΔCT) yöntemiyle hesaplandı.
Protein ekstraksiyonu ve Western Blot analizi
Toplam protein ekstraksiyonu için, hücreler ve dokular RIPA tamponunda proteaz ve fosfataz inhibitörü kokteylleriyle desteklenerek lizedilmişti. Üretici protokolüne göre NE-PER Nükleer ve Sitoplazmik Ekstraksiyon Reaktifleri kullanılarak nükleer ve sitoplazmik protein fraksiyonları hazırlandı. Protein konsantrasyonları Bradford testi kullanılarak belirlendi. Eşit miktarda protein (30-50 μg) SDS-PAGE ile ayrılarak PVDF membranlarına aktarıldı. %0,1 Tween-20 içeren Tris tamponlu tuzlu sümle %5 yağsız sütle 1 saat bloke edildikten sonra, membranlar 4 °C'de gece boyunca primer antikorlarla inkübe edildi, ardından oda sıcaklığında 1 saat boyunca uygun HRP ile konjuge edilmiş ikincil antikorlar uygulandı. Protein bantları, sinyal yoğunluğuna bağlı olarak 30-180 saniye kadar pozlama süreleriyle geliştirilmiş kemimilüminesans reaktifi kullanılarak görselleştirildi. Bantlar, ImageJ yazılımı kullanılarak nicelendirildi; toplam proteinler için yükleme kontrolü olarak β-aktin, nükleer proteinler için lamin B1 ise kullanıldı.
Klinik değerlendirme ve histolojik analiz
Kornea hastalığının şiddeti, fare mantarkeratiti 22 için belirlenmiş protokollere dayanan standart bir klinik puanlama sistemi kullanılarak değerlendirildi. Puanlama sistemi, 0-4 ölçekli üç parametreyi değerlendirir: kornea opaklığı (0 = temiz, 4 = tamamen opak), yüzey düzensizliği (0 = pürüzsüz, 4 = perforasyonlu şiddetli ülserasyon) ve inflamatuar yanıt (0 = infiltrasyon yok, 4 = hipopiyonlu yoğun infiltrasyon), toplam puanlar 0 ile 12 arasında elde edilir. Tüm klinik değerlendirmeler, tedavi grubu atamalarına maskeli iki bağımsız gözlemci tarafından yapıldı ve gözlemciler arası anlaşma %90'ı aştı. Kornea fotoğrafları, dijital kamerayla donatılmış yarık lambalı biyomikroskop kullanılarak çekildi. Histolojik analiz için gözler enukleasyon, %4 paraformaldehit ile sabitlenmiş, parafinli gömülü ve 5 μm kalınlıkta kesitlenmiştir. Kesitler genel morfoloji değerlendirmesi için hematoksilin ve eosin ile boyandı.
Enzimle bağlantılı immünosorbent testi (ELISA)
Hücre kültüründeki süpernatantlar ve kornea dokusu homojenatlarında salgılanan IL-1β ve TNF-α seviyeleri, üreticinin talimatlarına göre ticari ELISA kitleri kullanılarak nicelendirildi. 24 saatlik tedaviden sonra hücre kültürü süpernatantları toplanırken, kornea dokuları proteaz inhibitörleri içeren PBS ile homojenleştirildi. Örnekler 12.000 x g ile 10 dakika boyunca 4 °C'de santrifüjlendi ve ELISA analizi için süpernatanlar kullanıldı. Tüm örnekler çift olarak analiz edildi ve sitokin konsantrasyonları standart eğrilerden hesaplandı.
İstatistiksel analiz
Tüm deneyler uygun biyolojik kopyalarla ( in vitro çalışmalar için n ≥6, hayvan çalışmaları için n =8) yapıldı ve en az 3 kez bağımsız olarak tekrarlandı. Veriler, ortalama ± ortalama standart hatası (SEM) olarak sunulur. Veri analizi GraphPad Prism sürüm 9.0 kullanılarak gerçekleştirildi. Özellikle, veri dağılımını değerlendirmek için normallik testi fonksiyonunu (Shapiro-Wilk), iki gruptan fazla deney için Tukey'nin çoklu karşılaştırma testiyle tek yönlü ANOVA ve iki grup karşılaştırmaları için eşleşmemiş Student'in t-testini kullandık. Grafikler, bireysel veri noktalarının üzerine dağılma grafikleri olarak yerleştirildiği gruplanmış çubuk grafikler olarak oluşturulmuş, hata çubukları ortalamanın standart hatasını temsil etmektedir.