$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
Klonalite tespitinin işlem kapasitesi, lineerliği ve hassasiyeti
BCR/TCR klonalite analizleri, iki tur multipleks PCR ve ardından NGS uygulamasına dayanıyordu (Şekil 1). BCR klonalite analizleri; ayrı reaksiyonlar veya tek bir optimize edilmiş karışık reaksiyon kullanılarak IGH (VH-DH-JH veya DH-JH), IGK (Vκ-Jκ, Vκ-Kde ve intronRSS-Kde) ve IGL (Vλ-Jλ) yeniden düzenlemelerinin yanı sıra BCL1-IGH ve BCL2-IGH translokasyonlarını tanımlayabilmekteydi. TCR klonalite analizleri ise TCRB (Vβ-Dβ-Jβ) ve TCRG (Vγ –Jγ) yeniden düzenlemelerini tespit edebiliyordu. B hücreli lenfoid malignitelerin BCR klonalite saptama oranı %93,94, T hücreli lenfoid malignitelerin TCR klonalite saptama oranı ise %90,91 olarak gerçekleşti (Tablo 1).
Hücre hattı testlerinin sonuçlarına dayanarak, birkaç büyüklük sırasını kapsayan geniş bir örnek giriş aralığında (0.2 µg, 2 µg ve 20 µg) doğrusallık gösterilmiştir. Doğrusallığı belirlemek için, normal gDNA'ya 10 katlık seri seyreltmeler (10, 100, 1.000 ve 10.000 hücre) kullanılarak malign hücreler eklenmiştir. Doğrusallık, 1 ile 10-6 arasındaki klonal frekanslarda 0.93–1.06 arasında tahmini eğimlerle gözlemlenmiştir (Şekil 2A). LOD'un hem BCR hem de TCR klonalite analizlerinde 1 ile 2 malign hücre arasında olduğu tahmin edilmiştir (Şekil 2B). Ayrıca, BCR/TCR klonalite analizleri, doku örnekleri (BMA) ve eşleşmiş periferik kan kullanarak lenfomadaki klonaliteyi tespit edebilmiştir (Ek Tablo 1).
MRD tespitinin doğrulanması için kullanılan hastalar ve örnekler
MRD tespitinin doğrulanması, bir hastanın örnek hasarı nedeniyle hariç tutulmasıyla birlikte, toplam 29 MM hastasını kapsamıştır. Çalışma popülasyonu, medyan yaşı 65 yıl (aralık 33–82) olan %65,52 (19/29) erkek ve %34,48 (10/29) kadınlardan oluşmuştur (Tablo 2). Kohort içerisinde, IMWG kriterlerine göre18 hastaların %31,03'ü (9/29) yüksek riskli, %24,14'ü (7/29) standart riskli ve %37,93'ü (11/29) düşük riskli olarak sınıflandırılmıştır. Revize edilmiş multipl miyelom uluslararası evreleme sistemi (R-ISS) evre I, II ve III sırasıyla hastaların %10,34'ünü (3/29), %48,28'ini (14/29) ve %20,69'unu (6/29) temsil etmiştir19.
NGS ve MFC analizlerinin karşılaştırılması
OriMIRACLE LTM ve MFC analizlerinin kantitatif doğruluğunu değerlendirmek için doğrudan ikili bir karşılaştırma yapılmıştır. Sonuçlar, özellikle 10−4 üzerindeki MRD frekanslarında, test edilen aralık boyunca benzer kantitatif doğruluk göstermiştir ve Pearson R değeri 0,73 olarak belirlenmiştir (Şekil 3). 29 MM hastasından alınan 59 örnekte hem MFC hem de NGS analizleri tarafından tümör hücreleri tespit edilmiş ve tutarlılık %81,36'ya (48/59) ulaşmıştır. Bu tutarlılık, yöntemler arasındaki gerçek uyumdan ziyade, farklı zaman noktalarında tespit edilebilir tümör hücrelerinin varlığını yansıtmaktadır. Örnekler arasında %62,07'si (18/29) hem NGS hem de MFC analizleri ile MRD+ olarak test edilmiş, bir hasta her iki yöntemle de MRD− olarak test edilmiş ve 11 hasta NGS ile MRD+ ancak MFC ile MRD− olarak test edilmiştir. Tutarsız tespit sonuçları olan hastalar arasında, üçünün tespit frekansı 10-4 altında iken, sekizinin tespit frekansı 10-2–10-4 aralığındaydı (Şekil 3). Mümkün olduğunca fazla DNA elde etmek için rezidüel kemik iliği yayma örneklerinden DNA ekstraksiyonu gerçekleştirilmiştir. Tedavi öncesi klonalite tespiti için ortalama 91,95 ng (100,0 ng'ye kadar) DNA girdisi test edilmiştir. Sonraki MRD testi için ortalama 1623,39 ng (50,1–17400,0 ng aralığında) DNA ekstrakte edilmiştir (Ek Tablo 2). Bu durum, rezidüel örnek yetersiz olduğunda bile NGS'nin MRD'yi tespit edebildiğini, MFC'nin ise bazı durumlarda MRD'yi tespit edemediğini ortaya koymuştur.
Lead interval için NGS analizi ile MRD tespitinin klinik geçerliliği
Tüm MM hastalarında başlangıçta klonal diziler tespit edilmiş, ardından MRD değerlendirmesi yapılmıştır (Şekil 4). On sekiz hastanın NGS ve MFC tespiti ile MRD+ olduğu onaylanmıştır. Hem MFC hem de NGS ile MRD+ olan hastaların %61,11'i (11/18) daha sonra PD veya nüks yaşamıştır. Hastaların %38,89'u (7/18) çalışma sırasında stabil hastalık (SD) veya PR elde etmiştir. NGS ile MRD+ ancak MFC ile MRD− olduğu onaylanan hastalar arasında, %36,36'sı (4/11) en son klinik değerlendirmede klinik CR elde edememiştir (Ek Tablo 2). Ayrıca, klinik yanıtı CR olan tüm hastalar arasında, hastaların %37,50'si (3/8) tedavi kesildikten sonra nüks yaşamıştır. Ayrıca, PFS sonuçları ile ilişkili olarak temel klinik özellikleri ve MFC sonuçlarını inceledik (Ek Şekil 1). PFS'nin tek değişkenli ve çok değişkenli analizleri, bunların anlamlı bir şekilde ilişkili olmadığını ortaya koymuştur. Bu çalışmada, yalnızca MFC'den elde edilen MRD sonuçları analiz edildiğinde PFS'de anlamlı bir fark gözlemlenmemiştir.
VERİ KULLANILABİLİRLİĞİ
Hasta gizliliği kısıtlamaları ve kurumsal politikalar nedeniyle, ham veriler kamuya açık değildir. Toplanan verilerin bir özeti Ek Dosya 1'de sunulmuştur.

Şekil 1: BCR/TCR klonalite analizi, multiplex PCR ve ardından NGS uygulanmasını içerir. Birinci tur PCR, lokusa özgü primerler ve örneğe özgü indeksler kullanılarak yeniden düzenlenmiş immün reseptör genlerinin CDR3 bölgesini çoğaltmış ve ikinci tur PCR sırasında NGS adaptörleri eklenmiştir. Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.

Şekil 2: Klonallik tespitinin lineerliği, hücre hattı gDNA'sının çeşitli klonal frekanslarda normal gDNA'ya eklenmesiyle değerlendirilmiştir. (A) BCR ve TCR klonallik analizlerinin lineerliği. (B) Klinik örnekler ve sağlıklı donör periferik kan gDNA'sına eklenen hücre hatları kullanılarak tahmin edilen tespit sınırı (LOD). Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.

Şekil 3: MFC ile NGS MRD testi arasındaki MRD frekans ölçümlerinin ikili karşılaştırması. Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.

Şekil 4: MM hastalarının MRD dinamikleri ve hastaların farklı klinik durumları. Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.
| Örnek tipleri | No. | Hastalık tipi | Baskın klonotip |
| Hücre hatları | REH | 1 | B-ALL | IGH, IGK |
| NALM6 | 2 | B-ALL | IGH, IGK |
| Jurkat | 3 | T-ALL | TCRB, TCRG |
| H9 | 4 | Lenfoma | TCRB, TCRG |
| Klinik B-hücreli lenfoid maligniteler | 5 | B-ALL | IGH |
| 6 | B-ALL | IGL |
| 7 | B-ALL | IGH |
| 8 | B-ALL | Saptanmadı |
| 9 | CLL | IGH, IGK |
| 10 | CLL | IGH, IGK |
| 11 | CP-CML | IGH |
| 12 | BP-CML | IGH |
| 13 | MM | IGK |
| 14 | MM | IGH, IGK |
| 15 | MM | IGK |
| 16 | MM | IGH |
| 17 | MM | IGH |
| 18 | MM | IGK |
| 19 | MM | IGH |
| 20 | MM | IGH, IGK |
| 21 | MM | IGH, IGK |
| 22 | MM | IGH |
| 23 | Lenfoma | IGH, IGK |
| 24 | Lenfoma | IGH, IGK, IGL |
| 25 | Lenfoma | IGH, IGK, IGL |
| 26 | Lenfoma | IGH, IGK, IGL |
| 27 | Lenfoma | IGH |
| 28 | Lenfoma | IGH |
| 29 | Lenfoma | IGH, IGK, IGL |
| 30 | Lenfoma | IGH, IGK |
| 31 | Lenfoma | IGH, IGK |
| 32 | Lenfoma | IGH, IGK, IGL |
| 33 | Lenfoma | IGK |
| 34 | Lenfoma | IGH |
| 35 | Lenfoma | Saptanmadı |
| Klinik T-hücreli lenfoid maligniteler | 36 | Lenfoma | TCGR |
| 37 | Lenfoma | TCRB, TCRG |
| 38 | Lenfoma | TCRB, TCRG |
| 39 | Lenfoma | TCRB, TCRG |
| 40 | Lenfoma | TCRB, TCRG |
| 41 | Lenfoma | TCRB, TCRG |
| 42 | Lenfoma | TCRB, TCRG |
| 43 | Lenfoma | TCRB, TCRG |
| 44 | Lenfoma | Saptanmadı |
Tablo 1: 4 hücre hattı ve 40 klinik örnekte BCR/TCR klonalite analizleri kullanılarak klonalite tespiti. B-ALL: B-hücreli akut lenfoblastik lösemi; T-ALL: T-hücreli akut lenfoblastik lösemi; CP-CML: Kronik faz kronik miyeloid lösemi; BP-CML: Blast fazı kronik miyeloid lösemi; CLL: Kronik lenfositik lösemi; MM: Multipl miyelom.
| Karakteristik | Toplam (N = 29) |
| Medyan yaş, yıl (aralık) | 65 (33-82) |
| Cinsiyet, n (%) | |
| Erkek | 19 (65.52) |
| Kadın | 10 (34.48) |
| Ağır zincir tipi, n (%) | |
| IgG | 14 (48.28) |
| IgA | 7 (24.14) |
| IgE | 1 (3.45) |
| Hafif zincir tipi, n (%) | |
| k | 19 (65.52) |
| λ | 8 (27.59) |
| Sitogenetik anomali, n (%) | |
| del17p | 2 (6.90) |
| del13q14 | 9 (31.03) |
| 1q21 kazancı/amp | 12 (41.38) |
| t (4;14) | 2 (6.90) |
| Anomali yok | 9 (31.03) |
| ISS evresi, n (%) | |
| I | 4 (13.79) |
| II | 13 (44.83) |
| III | 12 (41.38) |
| R-ISS evresi, n (%) | |
| I | 3 (10.34) |
| II | 14 (48.28) |
| III | 6 (20.69) |
| Eksik | 6 (20.69) |
| IMWG, n (%) | |
| Yüksek risk | 9 (31.03) |
| Standart risk | 7 (24.14) |
| Düşük risk | 11 (37.93) |
| Eksik | 2 (6.90) |
Tablo 2: Bu çalışmaya dahil edilen 29 MM hastasının temel özellikleri. k: kappa; λ: Lambda; DS: Durie-Salmon; ISS: Uluslararası evreleme sistemi; R-ISS: revize edilmiş Uluslararası evreleme sistemi; IMWG: Uluslararası Miyelom Çalışma Grubu
Ek Şekil 1: Klinik özellikler ve MFC sonuçlarına dayalı sağkalım analizi. (A) PFS'nin tek değişkenli ve çok değişkenli analizleri. (B) MFC sonucuna göre Kaplan-Meier eğrisi. (C) NGS sonucuna göre Kaplan-Meier eğrisi. Bu dosyayı indirmek için lütfen buraya tıklayınız.
Ek Tablo 1: Doku örneklerinde ve eşleşmiş periferik kanda BCR/TCR klonalite analizleri kullanılarak lenfomanın klonalite tespiti. NHL: non-Hodgkin lenfoma; HGBL: yüksek dereceli B-hücreli lenfoma; FL: foliküler lenfoma; DLBCL: diffüz büyük B hücreli lenfoma; ITLPD-GI: gastrointestinal sistemin indolent T-lenfoproliferatif bozuklukları. Bu dosyayı indirmek için lütfen buraya tıklayın.
Ek Tablo 2: MFC ve NGS analizlerine dayalı MRD tespit sonuçları. ND: tespit edilmedi; Parsiyel yanıt: PR; Tam yanıt: CR; Stabil hastalık: SD; Çok iyi parsiyel yanıt: VGPR. Bu dosyayı indirmek için lütfen buraya tıklayın.
Ek Dosya 1: Bu çalışmada toplanan ham verilerin özeti. Bu dosyayı indirmek için lütfen buraya tıklayın.