Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliğiniz gereklidir. Giriş yapın veya ücretsiz denemenizi bugün başlatın.

Yöntem makalesi

Ağ Farmakolojisi ve Proteomik Yoluyla Ateroskleroza Karşı San Jie Tong Mai Formülünün Mekanizmasının İncelenmesi

198 görüntülenme

⸱

DOI:

10.3791/70080

⸱

17 Nisan 2026

 ,  ,  ,  ,  , 
1Department of Cardiology, the Third Affiliated Clinical Hospital of Changchun University of Chinese Medicine, 2Department of Respiratory, The Affiliated Hospital of Changchun University of Chinese Medicine, 3The Affiliated Hospital of Changchun University of Chinese Medicine

Bu makalede

Özet

Bu çalışma, San Jie Tong Mai formülünün, Hsd11b1 aracılı glukokortikoid metabolizmasını düzenleyerek ApoE-/ - farelerde aterosklerozu azalttığını ve böylece dislipidemi ve damar iltihabını iyileştirdiğini göstermektedir. Entegre ağ farmakolojisi, proteomik ve moleküler kenetlenme analizleri, anti-aterosklerotik etkilerinin altında yatan çok bileşenli, çok hedefli sinerjistik bir mekanizmayı ortaya koymaktadır.

Özet

Bu çalışma, kardiyovasküler morbiditenin başlıca nedenlerinden biri olan ateroskleroz (AS) karşısında San Jie Tong Mai Formülü (SJTMF) mekanizmasını açıklamayı amaçladı. ApoE-/- fare modellerini kullanarak, SJTMF'nin AS plak ilerlemesini anlamlı şekilde inhibe ettiğini gösterdik. Entegre bir ağ farmakolojisi ve proteomik stratejisi kapsamında, beta-sitosterol, naringenin, luteolin, isorhamnetin ve 3beta-hidroksi-24-metilen-8-lanosten-21-oik asit olmak üzere beş temel biyoaktif bileşen tanımlandı. Eş zamanlı olarak, proteomikler farklı olarak eksprese edilen 129 AS-ile ilişkili protein ortaya koydu. Moleküler kenetlenme, bu bileşenler ile ana hedef Hsd11b1 arasında yüksek affiniteli bağlanma etkileşimlerini doğruladı; bağlanma enerjilerinin hepsi -5 kcal/mol'un altındadır. Mekanik araştırmalar ayrıca SJTMF'nin Hsd11b1 aracılı glukokortikoid metabolizmasını düzenleyebileceğini ortaya koydu. Bu düzenleme, hem dislipidemi hem de damar iltihabının önemli ölçüde iyileştirilmesine katkıda bulunur ve böylece AS gelişimini baskılar. Bu çalışma, geleneksel Çin tıbbı formülünün Hsd11b1 hedefinin çok bileşenli sinerjik düzenlemesi yoluyla anti-AS etkileri yarattığı yenilikçi mekanizmayı ilk kez göstererek terapötik müdahale için yeni içgörüler sunmaktadır.

Giriş

Ateroskleroz (AS), sistemik damar sistemini etkileyen kronik bir inflamatuar hastalık olup, kardiyovasküler ve beyin vasküler olayların birincil patolojik temelinioluşturur 1. Patogenezi, çok aşamalı ve polijenik özellikler sergileyen genetik, çevresel, psikososyal ve çok faktörlü patolojik faktörler arasında karmaşık etkileşimleri içerir. Mevcut tedavi stratejileri — özellikle statinler ve Proprotein Convertase Subtilisin/Kexin Tip 9(PCSK9) inhibitörleri gibi lipid düşürücü ajanlar — düşük yoğunluklu lipoprotein kolesterol (LDL-C) seviyelerini etkili bir şekilde azaltsa da, tekrarlayan kardiyovasküler olayları tetikleyen kalıntı inflamatuar riski tam olarak elealmamaktadır 2. Ayrıca, terapiyle ilişkili yan etkiler (örneğin, yeni başlangıçlı diyabet, miyotoksisite, hepatorenal bozulma) lipid düşürücü tedavinin uzun vadeli kullanımını ve yoğunlaştırılmasınısınırlar 3,4. Bu sınırlamalar, sadece lipid düşürmesinin ötesinde kardiyovasküler riski daha da azaltmak için anti-inflamatuar tedaviler dahil olmak üzere doğrudan damar iltihabını hedefleyen tamamlayıcı yaklaşımlara olan ihtiyacı ortaya koymaktadır.

Geleneksel Çin tıbbında (TCM), AS "göğüs engeli" (Xiong Bi) ve "damar birikimi" (Mai Ji) kategorilerine girer; "balgam-stazi dolanışığı" (Tanyu Hujie) temel patogenezi olarak kabul edilir. "Stazis dönüştürücü hidroterapi" (Yuneng Huashui) ilkesiyle yönlendirilen araştırma grubumuz, balgam bulanıklığını sinerjik şekilde çözmek, stazisi dağıtmak ve diurezi teşvik etmek için Salvia miltiorrhiza (Danshen) ve Whitmania pigra Whitman (Shuizhi) dahil olmak üzere 14 bitkiden oluşan "San Jie Tong Mai Formülü (SJTMF)"yi geliştirdi. Ön klinik çalışmalar, SJTMF'nin karotisAS 5 hastalarında lipid profillerini anlamlı şekilde iyileştirme ve aterosklerotik plakları stabilize/tersine çevirme konusundaki etkinliğini göstermiştir. Deneysel araştırmalar, makrofaj polarizasyonunu ve otofajiyollarını modüle ederek AS ilerlemesini engelleyebilme kapasitesini ayrıca ortaya koymuştur 6,7. Buna rağmen, TCM formüllerinin çok bileşenli, çok hedefli ve çok yollu özellikleri, geleneksel indirgemeci yaklaşımlarla entegre düzenleyici mekanizmalarını sistematik olarak açıklamada zorluklar yaratır.

SJTMF'nin anti-aterosklerotik etkilerini aracı eden moleküler mekanizmaları incelemek ve bu zorlukları ele almak için bu çalışma, entegre bir çok disiplinli strateji kullandı. Hopkins 8,9 tarafından kavramsallaştırılan ağ farmakolojisi, çok boyutlu bir "bitkisel bileşen-hedef-hastalık yolu" ağı oluşturmak için kullanılmıştır. Bu yaklaşım, SJTMF'nin birincil aktif bileşiklerinin ve AS müdahalesi için potansiyel terapötik hedeflerin tahminini kolaylaştırdı; bu da TCM'nin bütünsel düzenleyici özellikleriyle tutarlıdır. Bunu tamamlayan proteomik teknolojisi, yüksek verimlilik ve yüksek hassasiyetli nitel ve nicel proteinanalizini 10 kullanarak hayvan modellerinde SJTMF müdahalesinden sonra AS ile ilişkili protein ifade profilindeki değişiklikleri dinamik olarak izledi. Bu, anahtar efektör moleküllerin ve sinyal olaylarının tanımlanmasını mümkün kılarak mekanik keşif için deneysel kanıtlar sağladı. Daha sonra, ağ farmakolojisi tarafından öngörülen çekirdek hedefler ile ana biyoaktif bileşenler arasındaki bağlanma modları ve bağlanma enerjileri değerlendirilmek için yüksek hassasiyetli moleküler kenetlenme simülasyonları gerçekleştirildi ve potansiyel bileşen-hedef etkileşimleri için teorik bir temelsağlandı11. Alternatif yaklaşımlara kıyasla, örneğin yalnızca ağ farmakolojisi tahminlerine dayanmak (yüksek yanlış pozitif oranlara yatkın ve deneysel doğrulamadan yoksun)12 veya sadece proteomik ile moleküler kenetlenmeyi (ki bu da ağ analiziyle öngörülen sistem düzeyindeki etkileşimleri yakalayamayabilir) birleştirmek gibi, bu entegre strateji bu doğuştan gelen sınırlamaları sinerjik bir şekilde elealır 13.

Çok boyutlu teknikleri entegre ederek, bu çalışma SJTMF'nin temel farmakodinamik malzeme temelini, temel hedef ağını ve çok yollu sinerjik mekanizmalarını sistematik olarak aydınlatmayı amaçlamaktadır. Böylece, TCM'nin modernleşmesini ve yenilikçi ilaçların geliştirilmesini ilerletmek için mekanizma odaklı teorik destek sağlamaktadır.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Protokol

Tüm hayvan işlemleri, Changchun Çin Tıp Üniversitesi Deneysel Hayvan Komitesi'nin (Etik Onay No. 2023521) onayı ile gerçekleştirilmiştir. Belirli patojensiz (SPF) erkek C57BL/6J ve ApoE⁻/⁻ fareleri (5 haftalık, 18-22 g) çalışmaya dahil edildi (Laboratuvar Hayvan Kullanım Lisans No. SCXK (JI) 2023-002 ve SCXK (SU) 2021-0013). Reaktifler ve enstrümantasyon ile ilgili bilgiler Malzeme Tablosu'nda verilmiştir.

1. Ağ farmakolojisi

  1. SJTMF'nin Aktif Bileşenleri ve Hedeflerinin Tahmini
    1. Salvia miltiorrhiza, Panax notoginseng, Artemisia scoparia, Poria cocos, Alisma plantago-aquatica L, Amomum villosum, Santalum albumL, Citrus aurantium ve Citrus reticulata peeling'in aktif bileşenlerini, kriter olarak %30 biyoerişilebilirlik (OB) ve ilaç benzerliği (DL) ≥≥ %0.18 kullanarak taramak.
    2. Whitmania pigra Whitman, Bombyx batryticatus, Periostracum cicadae, Taeniam'daki Caulis Bambusae ve Ophicalcitum tıbbi maddelerin aktif bileşenlerini Lipinski'nin Beş Kuralı uygulayarak şu parametrelerle taran: miLogP ≤ 5, nOHNH ≤ 5 ve nOH ≤ 10.
    3. Ekranlanan bileşikleri SMILES kodlarıyla birleştirerek bileşik hedefleri tahmin edin.
      NOT: Yukarıda bahsedilen iki veritabanı hakkında detaylar için Materyaller Tablosu'na bakınız.
  2. AS ile ilgili hedeflerin tahmini ve "uyuşturucu bileşeni-hedef" ağının inşası.
    1. GeneCards veritabanını kullanarak standart hastalık terminolojisi kullanarak AS ile ilgili hastalık hedeflerini alabilirsiniz.
    2. SJTMF ile AS arasındaki kesişen hedefleri SJTMF'nin potansiyel terapötik hedefleri olarak tanımlamak için Venny 2.1 yazılımını kullanın.
    3. Cytoscape 3.9.1'i kullanarak bir "ilaç bileşeni-hedef" ağ diyagramı oluşturun.
      NOT: Yukarıda bahsedilen veritabanları hakkında detaylar için Materyaller Tablosu'na bakınız.

2. Aklimatizasyon

  1. Tüm fareleri SPF tesislerinde (24 °C; %50-60 nem; 12 saat ışık/karanlık döngü) barındırın. Standart yemek ve su sağlayın. Deneylerden önce alışma için 7 gün bekle.

3. SJTMF'nin hazırlanması

  1. Şunları içeren 14 bitkili formülü hazırlayın: Salvia miltiorrhiza (Dan Shen) 30 g, Artemisia scoparia (Yin Chen) 10 g, Panax notoginseng (San Qi) 10 g, Poria cocos (Fu Ling) 10 g, Amomum villosum (Sha Ren) 10 g, Alisma plantago-aquatica L (Ze Xie) 30 g, Santalum albumL (Tan Xiang) 10 g, Citrus reticulata kabuğu (Chen Pi) 10 g, Citrus aurantium (Zhi Qiao) 10 g, Whitmania pigra Whitman (Shui Zhi) 10 g, Periostracum cicadae (Chan Tui) 10 g, Bombyx batryticatus (Jiang Can) 10 g, Caulis Bambusae Taeniam (Zhu Ru) 10 g ve Ophicalcitum (Hua Rui Shi) 30 g.
  2. Decoct bitkisel malzemeler (toplam 1.800 g) 3× ve 8 hacim damıtılmış su (ekstraksiyon başına 1,5 saat).
  3. Gazlı bez ve 100 meshli naylon ile filtreleyin.
  4. 60 °C'de (yoğunluk: 1.23-1.27) konsantre filtratı yapılabilir. 70 °C'de düşük basınçta kuru konsantre yapın.
  5. Kurutulmuş ekstraktı 80 ağlık elekten (verim: %20,6) ezin (verim: %20,6).
    NOT: Daha önce yayımlananbir rapor 7 sonrasında, fareler vücut yüzey alanına göre normalleştirilmiş 3.56 g∙kg⁻¹∙day⁻¹ SJTMF ekstraktı aldı.

4. Model kurulum

  1. 12 haftalık yüksek yağlı diyet (HFD; %20 yağ, %1,25 kolesterol) kullanan ApoE-/- farelerde AS indükasyonu. Metabolik izleme için vücut ağırlığını 7 günlük aralıklarla ölçün.
  2. C57BL/6J farelerini Kontrol grubuna (Kontrol, normal diyet + salin) atayın. Başarılı şekilde modellenmiş fareleri dört gruba rastgele olarak atanır: Model grubu, Atorvastatin grubu (0,0026 mg/g atorvastatin), SJTMF-L grubu (düşük dozlu SJTMF, 3,56 g∙kg-1∙day-1), SJTMF-H grubu (yüksek dozlu SJTMF, 7,12 g∙kg-1∙day-1)7. Tüm müdahaleleri sabah standartlaştırılmış 0.4 mL garaj ile 4 hafta boyunca uygulayın.
    NOT: SJTMF'nin stok çözümleri, belirlenmişprotokolümüze göre hazırlanmıştır 7. Deneysel müdahaleler 9. haftada başladı ve sabah dozu klinik zaman ritmini sürdürdü. Fareler, aortada belirgin aterosklerotik plaklar gözlemlendiğinde kaba Yağ Kırmızı Oboyama 7 ile başarılı şekilde modellenmiştir.

5. Örnek toplama, Aorta hasadı ve koruma

NOT: 4 haftalık intragastrik uygulamadan sonra, tüm fareleri 12 saat (libitumlu su) oruç tutun. Son vücut ağırlıklarını ölçün, sonra anestezi altında servikal dislokasyon yoluyla feda edin.

  1. Fare karnını xiphoid sürecine kadar kesin.
  2. Aort kökünden ortak iliak arter bifurkasyonuna aort izole edin.
  3. Fazla yağ dokusunu çıkarın ve aortu yaklaşık 1 cm distal olarak aort arkına kesin.
  4. Aortu paraformaldehitle sabitleyin veya sıvı azotta ani dondurun.
    NOT: Serumu toplayın ve aort dokularını gelecekteki analiz için -80 °C'de saklayın.
  5. HE boyama
    1. Ksilen içindeki bölümleri her biri 20 dakika boyunca sırayla, toplamda iki kez yerleştirin; Sonra her biri 10 dakika boyunca toplam iki kez mutlak etanole aktarın. Bölümleri hidratlayın, her konsantrasyon başına 5 dakika olan iniş dereceli etanol serisinden (%95, 90%, 80%, %70) geçin.
    2. %0,4 hematoksilin ile ardışık olarak 3-8 dakika boyanın, ardından %0,5 eosin çözeltisi ile 1-3 dakika boyan.
      NOT: Adımlar arasında damıtılmış suyla iyice durulayın.
    3. Bölümleri artan etanol serisi (%95'ten mutlak etanol'e) ile kurutun, her konsantrasyon başına 5 dakika. Ksilen ile kesitleri 5 dakika boyunca temizleyin, toplamda iki kez. Tamamen hava kurumasına izin verin, sonra nötr reçine ile monte edin.
    4. Mikroskop altında gözlemleyin ve görüntüler yakalaşın.

6. Aort dokusu örneklerinden toplam protein hazırlama

NOT: Proteinler, üç deneysel grubun (Kontrol grubu, Model grubu, SJTMF-H grubu) her birinin aort dokularından izole edildi.

  1. Aort dokularını lizis tamponunda homojenize edin (%1,5 SDS/100 mM Tris-HCl, pH 8,5), ardından protein denatürasyonu için 95 °C'de 15 dakika kuluçka yapın.
  2. Numuneleri soğutun, sonra 12.000 × g ve 4 °C'de 5 dakika santrifüjle yapın ve süpernatantı toplayın. Üst proteinleri aseton çökeltme yöntemiyle çökeltin.
  3. Protein çökeltini yeniden çözün (8 M Urea/100 mM Tris-HCl, pH 8.5), ardından üreticinin talimatlarına göre BCA test seti hazırlanır ve toplam protein konsantrasyonunu belirler, bkz. Malzeme Tablosu'na bakınız.
    NOT: Farklı örnekler arasında aynı miktarda protein olduğunda, yeniden çözünmüş çözelti tüm örnekleri aynı hacme doldurmak için kullanıldı.
  4. TCEP ve CAA ile 37 °C'de 1 saat boyunca protein indirgemesi ve alkilasyon yapılsın.
  5. Protein örneğine tripsin (1:50) ekleyin ve 37 °C'de 24 saat kuluçka yapın (bkz. Malzeme Tablosu).
  6. Sindirimi sonlandırmak için pH'ı 6.0'a ayarlamak için TFA kullanın. Numuneyi 12.000 × g sıcaklıkta 15 dakika boyunca santrifüjlen, ardından üst yüzeydeki peptitleri kendi yapımı SDB-RPS tuz arıtma kolonu ile arındırın (bkz. Malzeme Tablosu).
    NOT: Peptit eluat vakumla kurutulmuş ve daha sonra kullanılmak üzere -20 °C'de saklanmıştır.

7. Sıvı kromatografi - tandem kütle spektrometrisi (LC - MS/MS)

  1. 1 μL enjeksiyon hacmiyle 200 ng peptid sindirimini C18 tuzak kolonuna (75 μm × 2 cm, 3 μm, 100 Å) enjekte edin. Peptitler, daha sonra ters faz C18 analitik kolonunda (75 μm × 15 cm, 1,7 μm, 100 Å) 0,3 μL/dakika akış hızıyla ayrıldı.
  2. Mobil faz A olarak %0,1 formik asit (FA) içeren su, mobil faz B olarak %0,1 FA içeren asetonitril (ACN) kullanın (bkz. Malzemeler Tablosu). 0-12 dakika boyunca %12 ile %30 B'ye doğrusal bir gradyan uygulayın, ardından 12-15 dakika boyunca %30'dan %80 B'ye yükseltin ve kolon yıkama için 15-18 dakika arasında %80 B'de kalın. Akış hızını 0-15 dakika arasında 0.300 μL/d'ye ayarlayın, ardından 16-18 dakika arasında 0.400 μL/dakika'ya çıkarın. Kapiler voltajı 1500 V'a ayarlayın.
  3. 100 ila 1700 m/z aralığında MS ve MS/MS spektrumları edinin.
  4. İyon hareketliliğini 0.6 ila 1.6 Vs/cm² aralığında taran. Birikme süresini ve rampa süresini 50 ms olarak ayarlayın.

8. Protein fonksiyon analizi

NOT: Proteomiklerden elde edilen Farklı Ekspreslenen Proteinler (DEP'ler) ağ farmakolojisinden önemli hedeflerle kesiştirildi ve üst üste düşen hedef proteinler Gen Ontolojisi (GO) fonksiyonel açıklaması ve Kyoto Genler ve Genomlar Ansiklopedisi (KEGG) yol zenginleştirme analizi için seçildi. P < 0.05 olan fonksiyonel kategoriler ve yollar anlamlı olarak kabul edildi.

  1. DIA ham verilerini kütüphanesiz modda analiz edin.
  2. Spektrum dosyalarını Fare protein dizisi veritabanıyla karşılaştırın.
  3. Ana arama parametrelerini ayarlayın.
    1. In silico-predicted spektral kütüphane üretimi için öncü iyon üretim seçeneklerini etkinleştirin.
    2. En fazla 2 kaçırılmış kesintiye izin verilen enzimi belirtin (bkz. Malzeme Tablosu).
    3. Sisteinin (C) karbamidometilasyonunu sabit bir modifikasyon olarak ayarlayın.
    4. Metionin (M) ve protein N-terminal asetilasyonunun oksidasyonunu değişken modifikasyonlar olarak setle.
    5. Öncü kütle doğruluğunu ve MS1 kütle doğruluğunu 15 ppm'ye ayarlayın.
    6. Koşular ve sezgisel protein çıkarımı arasında eşleşmeyi etkinleştirin.
    7. Güvenilir tanımlama için Ön Yön Yanlış Keşif Oranı (FDR) eşiğini %1'e ayarlayın.
  4. DIA-NN (1.8.2 beta 11) analizini çalıştırın.
    NOT: DIA-NN kullanarak protein düzeyinde nicelik gerçekleştirin ve R ile biyoinformatik analiz ve görselleştirme yapın. Öğrencinin t-testi ve katlanma değişim eşiklerinden alınan P değeriyle DEP'ler önemli şekilde belirlendi.

9. Moleküler kenetlenme

  1. RCSB PDB veritabanından hedef proteinin üç boyutlu kristal yapısını indirin ve PDB formatında kaydedin; bu arada, SJTMF'nin temel aktif bileşeninin moleküler yapısını PubChem veritabanından indirip SDF formatında kaydedebilirsiniz.
  2. PyMOL 2.6.0 kullanarak hedef protein yapısında su çıkarımı ve hidrojenasyon gerçekleştirir, alakasız endojen ligandları çıkarır ve işlenmiş protein yapısını PDB formatında saklar; PyMOL'un Getbox Eklentisi aracılığıyla kenetlenme cep parametrelerini elde edin, ızgara kutusu parametreleri şu şekilde ayarlanır: center_x = -7.2, center_y = 53.4, center_z = 30.6, size_x = 73.7, size_y = 85.9, size_z = 67.2 ve kenetlenme konformasyonları sayısı num_modes = 10.
  3. İşlenen hedef protein dosyasını ve SJTMF'nin çekirdek bileşik dosyasının dosyasını ayrı ayrı AutoDock Tools 1.5.6'ya aktararak her iki dosyayı PDBQT formatına dönüştürür, ardından yukarıda tanımlanmış grid kutusu parametrelerine göre AutoDock Vina 1.1.2 ile moleküler kenetlenme işlemi gerçekleştirin.
  4. Moleküler kenetlenme sonuçlarını PyMOL ile görselleştirin.

10. İstatistikler

  1. İstatistiksel analiz yapın.
  2. Sonuçları ortalama ± standart sapma (SD) olarak ifade edin.
  3. Tek yönlü ANOVA sonrası veriler normallik ve varyans homojenliğine ulaştığında sonradan analiz için Tukey'nin Dürüst Anlamlı Fark (HSD) testinin kullanılmasını belirtmek; heteroskedastik veriler için Games-Howell testini uygulayın. Bir p < 0.05 istatistiksel olarak anlamlı bir noktayı düşünün.
  4. Verileri GraphPad Prism8.0.2 ile görselleştirin.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Sonuçlar

SJTMF, ApoE-/- farelerde aterosklerotik plak oluşumunu bastırır
SJTMF'nin AS üzerindeki inhibitör etkisini araştırmak için, vücut ağırlığı değişikliklerini izlemek ve aortadaki histopatolojik değişiklikleri gözlemlemek için ApoE-/- fare modeli kullanıldı. Model grubuyla karşılaştırıldığında, SJTMF müdahalesi HFD ile beslenen ApoE-/- farelerde vücut kilosu artışını azaltmıştır (Şeki...

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Tartışma

Önceki çalışmalar, SJTMF'nin ApoE⁻/⁻ fare modellerinde anti-inflamatuar etkiler yarattığını ve makrofaj polarizasyonunu indüklediğinigöstermiş olsa da, anti-aterosklerotik aktivitesinin altında yatan spesifik moleküler mekanizmalar belirsizdir. Geleneksel Çin tıbbındaki "farklı hastalıklar için aynı tedavi" ilkesi, çok bileşenli, çok hedefli ve çok yollu düze...

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Açıklamalar

Yazarların beyan edecek çıkar çatışmaları yoktur.

Teşekkürler

Bu çalışma, Jilin Eyaleti Doğa Bilimleri Vakfı (Nos. YDZJ202401644ZYTS) tarafından desteklenmiştir.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Malzemeler

Bu makalede kullanılan malzemelerin listesi
AdŞirketKatalog numarasıYorumlar
2-Kloroasetamid (CAA)Sigma-AldrichC0627-100G
%4 Paraformaldehit Sabit ÇözümSinopharm Kimyasal Reaktif Şirketi, Ltd.80096618
0.5– 10 µ L MikropipetEppendorf4924000029
10 – 100 & mikro; L MikropipetEppendorf4924000053
20 – 200 µ L MikropipetEppendorf4924000061
100 – 1.000 µ L MikropipetEppendorf4924000088
1000 µ L Pipet UçlarıNEST Yaşam Bilimleri Şirketi, Ltd.303216
10 µ L Pipet UçlarıNEST Yaşam Bilimleri Şirketi, Ltd.301016
20 µ L Pipet UçlarıNEST Yaşam Bilimleri Şirketi, Ltd.302106
15 mL Santrifüj TüpüNEST Yaşam Bilimleri Şirketi, Ltd.601052
1.5 mL Santrifüj TüpüNEST Yaşam Bilimleri Şirketi, Ltd.615601
Geleneksel Çin tıbbının yüksek verimli deney ve referans rehberli veritabanı (HERB)/http://herb.ac.cn/v2
Asetonitril (LC-MS)Thermo Fisher ScientificA955-4
Asetonil asetonSinopharm Kimyasal Reaktif Şirketi, Ltd.10000418
Amonyak SuyuSinopharm Kimyasal Reaktif Şirketi, Ltd.10011028
OtoklavŞanghay Sanshen Tıbbi Cihazlar A., Ltd.YM75
Acclaim PepMap (75µ m*2cm, C18, 3µ m, 100Å)Termo164535
AURORA ULTIMATE (75µ m*25cm, 1.6µ m, 100Å)AURORAAUR3-25075C18-CSI
BCA Protein Test KitiSangon Biotech (Şanghay) Şirketi, Ltd.C503021-0500
Tezgah Üstü Yüksek Hızlı Soğutmalı SantrifüjHunan Kecheng Enstrüman Ekipmanları A.Ş., Ltd.H1 - 16KR
Bromofenol MavisiSinopharm Kimyasal Reaktif Şirketi, Ltd.71008060
Blok IsıtıcıHangzhou Miu InstrumentsDKT-100
KloroformSinopharm Kimyasal Reaktif Şirketi, Ltd.10006818
Kemilyünesans Görüntüleme SistemiHangzhou Shenhua Teknoloji A.Ş., Ltd.SH - 523
Temiz SıraSuzhou Jinghua Ekipman Şirketi, Ltd.SW-CJ-2D
Kapak CamıJiangsu Shitai Deneysel Ekipman Şirketi, Ltd.10212450C
Cytoscape v3.9.1//
DIA-NN (V1.8.1)Francis Crick Enstitüsügithub.com/vdemichev/DiaNN
Dijital Ekran Sabit Sıcaklıklı Su BanyosuChangzhou Jinnan Enstrüman Üretim Şirketi, Ltd.HH - W600
Destaining ShakerWuhan Lingsi Biyoteknoloji A., Ltd.TSY-B
Su giderme makinesiWuhan Junjie Elektronik Şirketi, Ltd.JT-12J
EosinWuhan Lingsi Biyoteknoloji A., Ltd.E8090
Parafin gömülüSinopharm Kimyasal Reaktif Şirketi, Ltd.69019361
Etanol MutlakSinopharm Kimyasal Reaktif Şirketi, Ltd.10009218
Gömüleme MakinesiWuhan Junjie Elektronik Şirketi, Ltd.JB-P5
GraphPad Prizması/8.0.2
Buzul Asetik AsidiSinopharm Kimyasal Reaktif Şirketi, Ltd.10000218
GeneCards/https://www.genecards.org/
GliserolSinopharm Kimyasal Reaktif Şirketi, Ltd.10010618
GlisinBiofroxx1275GR500
Gen Ontolojisi (GO)/geneontology.org
HematoksilinWuhan Lingsi Biyoteknoloji A., Ltd.G1140
Yatay ShakerHaimen Qilinbeier Enstrüman Üretim Şirketi, Ltd., JiangsuTS - 1
Hidrofobik Bariyer KalemiServicebioWG1066-1
HCIXinyang Kimyasal Reaktif FabrikasıGB622-89
Yüksek performanslı sıvı kromatografiÇevik1200
İzopropanoSinopharm Kimyasal Reaktif Şirketi, Ltd.80109218
Image-Pro PlusMedya SibernetiğiSürüm 6.0
Görüntüleme SistemiNikonDS-Fi3
IRIS-Ince Mikro Disseksiya MakaslarıRWD Yaşam Bilimleri Şirketi, Ltd.S12004-09
Kyoto Genler ve Genomlar Ansiklopedisi (KEGG)/www.genome.jp/kegg/
Mikroskop SlaytıNantong Mevid Yaşam Bilimleri Şirketi, Ltd.PC2-301
Mikrodalga fırınGalanz Mikrodalga Fırın Elektrikli Cihazlar Şirketi, Ltd.P70D20TL-P4
Mini SantrifüjEjderha LaboratuvarıD1008E
Nötr ReçineWuhan Lingsi Biyoteknoloji A., Ltd.G8590
NaClSinopharm Kimyasal Reaktif Şirketi, Ltd.10019318
NCBI/www.ncbi.nlm.nih.gov
Temassız ultrasonik hücre pulverizatoruSCIENTZ08-III
n-ButanolSinopharm Kimyasal Reaktif Şirketi, Ltd.100052190
FırınŞanghay Huitai Enstrüman Üretim Şirketi, Ltd.DHG-9140A
PubChem/https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
PBS Fosfat Tampon TozuWuhan Lingsi Biyoteknoloji A., Ltd.P1010
Patolojik MikrotomLeica Instruments Co., Ltd. (Şanghay)RM2016
Taşınabilir SantrifüjWuhan Lingsi Biyoteknoloji A., Ltd.D1008
R 4.5.1//
RIPA Liz Tamponu (1.5 ML)MeilunbioMA0151
Sodyum dodesil sülfat (SDS)Sigma-AldrichL3771-500G
SpeedVacGemmyCV200
SPSS yazılımıIBM SPSS istatistikleriSürüm 22
Dikiş Bağlama PensetleriRWD Yaşam Bilimleri Şirketi, Ltd.FC11001R-11
Stereo Diseksiyon MikroskobuRWD Yaşam Bilimleri Şirketi, Ltd.77001S
Döner Kolonları RMCWBIOCW0597S
timsTOF Pro kütle spektrometresiBruker DaltonicstimsTOF Pro
Geleneksel Çin Tıbbı Sistemleri Farmakoloji Veritabanı ve Analiz Platformu (TCMSP)/https://tcmspw.com/tcmsp.php
Termo mikserHangzhou Miu InstrumentsMTC-100
Trifluoroasetik asit (TFA)Sigma-Aldrich299537-500G
Tris(2-karboksietil)fosfin hidroklorür (TCEP)Sigma-AldrichC4706-10G
TripsinSigma-AldrichT575-31N-10
Doku HomojenizeriHangzhou Miu InstrumentsMT-30K
Tris(hidroksimetil)aminometan (Tris bazı)Sigma-AldrichT1503-1KG
UltiMate 3000 RSLCnano sistemiTermo BilimselUltiMate 3000 RSLCnano
UniProt (2023-01-03)Francis Crick Enstitüsügithub.com/vdemichev/DiaNN
UreaSigma-Aldrich51456-500G
Venny2.1/https://www.bioinformatics.com.cn/static/others/jvenn/example.html
Vortex MikserKylin-BellVORTEX-5
Vannas Yaylı MakasRWD Yaşam Bilimleri Şirketi, Ltd.S11001-08
Su (LC-MS)Thermo Fisher ScientificW6-4
KsilenSinopharm Kimyasal Reaktif Şirketi, Ltd.10023418

Kaynaklar

  1. Mensah, G. A., Roth, G. A., Fuster, V. The global burden of cardiovascular diseases and risk factors: 2020 and beyond. J Am Coll Cardiol. 74 (20), 2529-2532 (2019).
  2. Sampson, U. K., Fazio, S., Linton, M. F. Residual cardiovascular risk despite optimal LDL cholesterol reduction with statins: The evidence, etiology, and therapeutic challenges. Curr Atheroscler Rep. 14 (1), 1-10 (2012).
  3. Katzmann, J. L., Packard, C. J., Chapman, M. J., Katzmann, I., Laufs, U. Targeting rna with antisense oligonucleotides and small interfering RNA: JACC state-of-the-art review. J Am Coll Cardiol. 76 (5), 563-579 (2020).
  4. Ward, N. C., Watts, G. F., Eckel, R. H. Statin toxicity. Circ Res. 124 (2), 328-350 (2019).
  5. Xie, T., Guo, J. The effect of the San Jie Tong Mai formula on elderly patients with carotid arteriosclerosis. Chinese Journal of Gerontology. 38 (22), in Chinese 5395-5397 (2018).
  6. Li, P., et al. San Jie Tong Mai Fang protects against atherosclerosis progression by regulating macroautophagy through the PI3K/AKT/mTOR signaling pathway. J Cardiovasc Pharmacol. 82 (4), 333-343 (2023).
  7. Han, H., et al. Mechanism of san jie tong mai fang in atherosclerosis attenuation by JAK/STAT-mediated inhibition of macrophage M1 polarization. J Vis Exp. (221), e68546(2025).
  8. Hopkins, A. L. Network pharmacology. Nat Biotechnol. 25 (10), 1110-1111 (2007).
  9. Hopkins, A. L. Network pharmacology: The next paradigm in drug discovery. Nat Chem Biol. 4 (11), 682-690 (2008).
  10. Vogel, C., Marcotte, E. M. Insights into the regulation of protein abundance from proteomic and transcriptomic analyses. Nat Rev Genet. 13 (4), 227-232 (2012).
  11. Pinzi, L., Rastelli, G. Molecular docking: Shifting paradigms in drug discovery. Int J Mol Sci. 20 (18), (2019).
  12. Huang, T., et al. Approaches in studying the pharmacology of Chinese medicine formulas: Bottom-up, top-down-and meeting in the middle. Chin Med. 13, 15(2018).
  13. Zhao, P., et al. Integration of transcriptomics, proteomics, metabolomics, and systems pharmacology data to reveal the therapeutic mechanism underlying the Chinese herbal BuFei Yishen formula for the treatment of chronic obstructive pulmonary disease. Mol Med Rep. 17 (4), 5247-5257 (2018).
  14. Geng, X., et al. Determining the mechanism of action of the qishan formula against lung adenocarcinoma by integration of network pharmacology, molecular docking, and proteomics. Medicine (Baltimore). 102 (13), e33384(2023).
  15. Ru, J., et al. TCMSP: A database of systems pharmacology for drug discovery from herbal medicines. J Cheminform. 6, 13(2014).
  16. Li, H., et al. A network pharmacology approach to determine active compounds and action mechanisms of ge-gen-qin-lian decoction for treatment of type 2 diabetes. Evid Based Complement Alternat Med. 2014, 495840(2014).
  17. El Omari, N., et al. Unveiling the molecular mechanisms: Dietary phytosterols as guardians against cardiovascular diseases. Nat Prod Bioprospect. 14 (1), 27(2024).
  18. Feng, S., et al. Intake of stigmasterol and β-sitosterol alters lipid metabolism and alleviates NAFLD in mice fed a high-fat western-style diet. Biochim Biophys Acta Mol Cell Biol Lipids. 1863 (10), 1274-1284 (2018).
  19. Bodet, C., La, V. D., Epifano, F., Grenier, D. Naringenin has anti-inflammatory properties in macrophage and ex vivo human whole-blood models. J Periodontal Res. 43 (4), 400-407 (2008).
  20. Chtourou, Y., Slima, A. B., Makni, M., Gdoura, R., Fetoui, H. Naringenin protects cardiac hypercholesterolemia-induced oxidative stress and subsequent necroptosis in rats. Pharmacol Rep. 67 (6), 1090-1097 (2015).
  21. Luo, Y., Shang, P., Li, D. Luteolin: A flavonoid that has multiple cardio-protective effects and its molecular mechanisms. Front Pharmacol. 8, 692(2017).
  22. Luo, Y., et al. Isorhamnetin attenuates atherosclerosis by inhibiting macrophage apoptosis via PI3K/Akt activation and HO-1 induction. PLoS One. 10 (3), e0120259(2015).
  23. Xu, S., et al. Exploring the mechanisms of guizhifuling pills in the treatment of coronary spastic angina based on network pharmacology combined with molecular docking. Medicine (Baltimore). 103 (29), e39014(2024).
  24. Khalaf, K., et al. Cellular aspects of immunity involved in the development of atherosclerosis. Front Immunol. 16, 1461535(2025).
  25. Kadowaki, T. Insights into insulin resistance and type 2 diabetes from knockout mouse models. J Clin Invest. 106 (4), 459-465 (2000).
  26. Ginsberg, H. N. Insulin resistance and cardiovascular disease. J Clin Invest. 106 (4), 453-458 (2000).
  27. Taskinen, M. R. Diabetic dyslipidaemia: From basic research to clinical practice. Diabetologia. 46 (6), 733-749 (2003).
  28. Kamagate, A., et al. Foxo1 mediates insulin-dependent regulation of hepatic VLDL production in mice. J Clin Invest. 118 (6), 2347-2364 (2008).
  29. Mulvihill, E. E., et al. Nobiletin attenuates VLDL overproduction, dyslipidemia, and atherosclerosis in mice with diet-induced insulin resistance. Diabetes. 60 (5), 1446-1457 (2011).
  30. Rask-Madsen, C., King, G. L. Mechanisms of disease: Endothelial dysfunction in insulin resistance and diabetes. Nat Clin Pract Endocrinol Metab. 3 (1), 46-56 (2007).
  31. Han, S., et al. Macrophage insulin receptor deficiency increases ER stress-induced apoptosis and necrotic core formation in advanced atherosclerotic lesions. Cell Metab. 3 (4), 257-266 (2006).
  32. Rask-Madsen, C., et al. Loss of insulin signaling in vascular endothelial cells accelerates atherosclerosis in apolipoprotein E null mice. Cell Metab. 11 (5), 379-389 (2010).
  33. Braverman, J., Stanley, S. A. Nitric oxide modulates macrophage responses to mycobacterium tuberculosis infection through activation of hif-1α and repression of nf-κb. J Immunol. 199 (5), 1805-1816 (2017).
  34. Cao, C., et al. Ikkε knockout prevents high-fat diet-induced arterial atherosclerosis and NF-κB signaling in mice. PLoS One. 8 (5), e64930(2013).
  35. Gliozzi, M., et al. Modulation of nitric oxide synthases by oxidized LDLs: Role in vascular inflammation and atherosclerosis development. Int J Mol Sci. 20 (13), (2019).
  36. Chantong, B., Kratschmar, D. V., Nashev, L. G., Balazs, Z., Odermatt, A. Mineralocorticoid and glucocorticoid receptors differentially regulate NF-κB activity and pro-inflammatory cytokine production in murine BV-2 microglial cells. J Neuroinflammation. 9, 260(2012).
  37. Rask, E., et al. Tissue-specific dysregulation of cortisol metabolism in human obesity. J Clin Endocrinol Metab. 86 (3), 1418-1421 (2001).
  38. Livingstone, D. E., et al. Understanding the role of glucocorticoids in obesity: Tissue-specific alterations of corticosterone metabolism in obese Zucker rats. Endocrinology. 141 (2), 560-563 (2000).
  39. Kipari, T., et al. 11β-hydroxysteroid dehydrogenase type 1 deficiency in bone marrow-derived cells reduces atherosclerosis. Faseb J. 27 (4), 1519-1531 (2013).
  40. Charo, I. F., Taubman, M. B. Chemokines in the pathogenesis of vascular disease. Circ Res. 95 (9), 858-866 (2004).
  41. Hadoke, P. W., Kipari, T., Seckl, J. R., Chapman, K. E. Modulation of 11β-hydroxysteroid dehydrogenase as a strategy to reduce vascular inflammation. Curr Atheroscler Rep. 15 (5), 320(2013).
  42. Allerheiligen, S. R. Next-generation model-based drug discovery and development: Quantitative and systems pharmacology. Clin Pharmacol Ther. 88 (1), 135-137 (2010).
  43. Fleisher, B., Brown, A. N., Ait-Oudhia, S. Application of pharmacometrics and quantitative systems pharmacology to cancer therapy: The example of luminal a breast cancer. Pharmacol Res. 124, 20-33 (2017).
  44. Leil, T. A., Ermakov, S. Editorial: The emerging discipline of quantitative systems pharmacology. Front Pharmacol. 6, 129(2015).
  45. Zha, X., Ji, R., Li, Y., Cao, R., Zhou, S. Network pharmacology, molecular docking, and molecular dynamics simulation analysis reveal the molecular mechanism of halociline against gastric cancer. Mol Divers. 29 (5), 4693-4703 (2025).

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Yeniden basım ve izinler

Daha fazla makale keşfet

Ateroskleroz MekanizmasıProteomik AnalizApoE Nakavt FarelerBiyoaktif BileşenlerMoleküler KenetlenmeGlukokortikoid MetabolizmasıVasküler İnflamasyonHsd11b1 Hedefi
Bize Ulaşın
Kütüphaneye Öner

Gizlilik

Kullanım Koşulları

Politikalar

Telif Hakkı © 2026 MyJoVE Corporation. Tüm hakları saklıdır.