Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliğiniz gereklidir. Giriş yapın veya ücretsiz denemenizi bugün başlatın.

Yöntem makalesi

Murine pks+ Escherichia coli ile İltihap Olmayan Koşullarda Kolonizasyon

347 görüntülenme

⸱

DOI:

10.3791/70204

⸱

10 Mart 2026

 , 
1Nutrition and Microbiome Laboratory, Institut du Cancer de Montréal, Centre de recherche du Centre hospitalier de l’Université de Montréal (CRCHUM), 2Department of Medicine, Faculty of Medicine, Université de Montréal

Bu makalede

Özet

Bu protokol, pks+ Escherichia coli farelerinin inflamatuar olmayan koşullarda kolonileşmesi için gerekli adımları, ayrıca kolonizasyonun doğrulanması ve dışkıda pks+ E. coli genişlemesinin değerlendirilmesi için invaziv olmayan yöntemleri tanımlar.

Özet

pks+ Escherichia coli , özellikle erken başlangıçlı CRC'li genç hastaların hızla büyüyen bir alt grubunda kolorektal kanser (CRC) gelişiminde giderek daha fazla rol oynamaktadır. pks+ E. coli suşları, CRC ile ilişkili çift iplikli DNA kırılmalarına ve hücre çoğalma ve farklılaşma yollarında mutasyonlara neden olduğu bilinen genotoksin kolibaktini üretir. Bu makale, bakteriyel aşı hazırlamaktan kolonizasyonun doğrulanmasına kadar farelerde pks+ E. coli kolonizasyonu için bir yöntemi detaylandırmaktadır. Gece kuluçkasının ardından, pks+ E. coli türü E. coli NC101 , antibiyotikle tedavi edilen farelere oral garaj yoluyla uygulanır. Kolonizasyon, dışkıda laktoz fermente eden gram-negatif koloni oluşturan birimlerin (CFU) sayısı ve nicel PCR amplifikasyonu ile değerlendirilir. Bu protokol kullanılarak, C57BL/6 farelerinin E. coli NC101 ile başarılı kolonizasyonunun ardından, diyet lifi inülinle takviyenin pks+ E. coli'nin büyümesini teşvik ettiği gösterildi; bunun CFU'ların artan iyileşmesi, Enterobacteriaceae ailesinin daha yüksek bolluğu ve clbP seviyelerinin yükselmesiyle yansıdı. Gene. Özetle, bu model CRC gelişiminde yer alan önemli bir patobiontu hedefleyen önleyici ve terapötik tedavilerin incelenmesine olanak tanır.

Giriş

Bağırsak mikrobiyotası, konak sağlığı ve hastalıkta önemli bir rol oynadığı bilinir; bağırsak mikrobiyal disbiozi veya bazı potansiyel patojenik bakterilerin (pathobiontlar) aşırı büyümesi, kardiyovasküler hastalık, inflamatuar bağırsak hastalıkları (IBD) ve kanser gibi çeşitli hastalık durumlarının ayırt edici özelliği olarak tanımlanır. pks+ Escherichia coli, IBD2 ve kolorektal kanser (CRC)3 hastalarının kolonik doku örneklerinde sağlıklı bireylere kıyasla zenginleştirilmiş bir pathobionttur. Pks+ E. coli'nin pro-tümörjenik aktivitesi, poliketid sentaz (pks) gen kümesinin ekspresyonu ve genotoksinkolibaktin 4 üretimiyle bağlantılıdır. Kolibaktin, kolon epitel hücrelerinin çekirdeğine taşınır; bu da çift iplikli DNAkırılması 5 ve kritik CRC ile ilişkiliyollarda mutasyonlar oluşmasına yol açar 6. pks+ E. coli kolonizasyonunun, kolitle ilişkili CRC (CAC) preklinik modellerinde tümörbaşlatma 7 ve tümörilerlemesi 3'e katkıda bulunduğu gösterilmiştir. Son zamanlarda, kolibaktin kaynaklı mutajezi erken başlangıçlı CRC 8,9 ile ilişkilendirilmiştir. 50 yaşından küçük kişilerde erken başlangıçlı CRC görülmesi son on yıllarda artmakta olup, CRC oranlarındaki mevcut genel düşüşü tersineçevirme potansiyeli vardır9.

Pks+ E. coli'nin CRC gelişiminde ve konak sağlığının mikrobiyota aracılı diğer yönlerinde rolü açıklamaya devam etmektedir. Ayrıca, iltihap10, luminal demir konsantrasyonları11 ve diyetfaktörleri 12,13 gibi birkaç faktörün pks gen ifadesini etkilediği gösterilmiştir ve bu da mikrobiyota hedefleme müdahalelerine kapı açmaktadır. Burada, farelerde pks+ E. coli suşunun NC101 (E. coli NC101) fare suşunu kullanarak ağızdan gazajla pks+ E. coli bağırsak kolonizasyonu için bir yöntem tanımlanmıştır. Diğer modeller, oral gavaj ve rektalswabing 3 ile monokolonize edilmiş mikropsuz (GF) farelerde E. coli NC101'in iltihap ve karsinogenezi üzerindeki etkilerini, genetik olarak hassas (IL-10-/-) kolit 3,14 modellerinde ve kimyasal olarak indüklenen kolon iltihabı ile bağırsak bariyeri bozulması modellerindedeğerlendirmiştir 15. Ancak, pks+ E. coli ile maliyet etkin kolonizasyon, antibiyotiklerle önceden tedavi edilen spesifik patojensiz (SPF) farelerde de maliyet etkin bir şekilde elde edilebilir ve böylece kolonizasyon ve genişleme için bir nişoluşturulur. 14,16,17. Fare dışkısında pks+ E. coli'nin tespit ve nicelendirilmesi için çeşitli yöntemler de sunulmaktadır; bunlar arasında clbP geninin nicel PCR (qPCR) amplifikasyonu, Enterobacteriaceae ailesinin bolluğunun qPCR değerlendirmesi ve gram-negatif laktoz fermente bakterilere özgü MacConkey agar ortamında koloni oluşturan birimlerin (CFU) geri kazanılması yer alır. Bu yöntemler, doğrulama amacıyla pks+ E. coli varlığını ve kolibaktin üretimini doğrulamak veya mikrobiyota hedefleme müdahalelerine yanıt olarak pks+ E. coli genişlemesindeki farklılıkları değerlendirmek için birbirinin yerine veya birlikte kullanılabilir.

Burada, bu protokol diyet lifi inülinin pks+ E. coli kolonizasyonu ve qPCR ile genişlemesi ile CFU'ların iyileşmesi üzerindeki etkisini değerlendirmek için kullanılır. İnulin, bağırsakta faydalı Bifidobacterium ve Lactobacillus türlerinin büyümesini teşvik ettiği ve bağırsak homeostazında önemli rol oynayan kısa zincirli yağ asitlerinin üretimini artırdığı gösterilen birprebiyotiktir 18. Ancak, inulinin pks+ E. coli ve kolibaktin üretiminin büyümesini teşvik ettiği gösterilmiştir; bu da DSS ile tedavi edilen adenomatoz polipozis coli (Apc)Min/+ CRC modelinde tümörgenezin artmasına yol açmıştır. Bu deney, fare modelinde inflamasyon veya bağırsak bariyeri bozulmadan diyet inüline yanıt olarak pks+ E. coli genişlemesini değerlendirmektedir.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Protokol

Tüm işlemler, Montréal Üniversitesi Hastane Merkezi'nin (CRCHUM) Kurumsal Hayvan Bakım Komitesi'nin onayından sonra Kanada Hayvan Bakım Konseyi yönergelerine uygun olarak gerçekleştirilmiştir. Yedi haftalık fareler ticari bir kaynaktan alındı ve deneyin başlamasından bir hafta önce bir hafta boyunca alışkanlık yapıldı. Bu yöntemin şematik bir temsili Şekil 1'de sunulmaktadır. Bu çalışmada kullanılan hayvanlar, reaktifler ve ekipmanların detayları Malzeme Tablosu'nda listelenmiştir.

figure-protocol-1
Şekil 1: Pks+ E.coli hazırlanması ve kolonizasyonu şeması. (D)-4. Gün: Gavajdan dört gün önce, farelere antibiyotik tedavisi başlatılır. D-1: Gavajdan 24 saat önce, antibiyotikleri çıkarın. Gece kuluçka için pks+ E. coli kültürü hazırlayın. D0: Pks+ E. coli bakteri aşısını hazırlayın. Aşı hazırlandıktan hemen sonra pks+ E. coli veya araç kontrolü (salin) farelere oral garaj yoluyla mümkün olan en kısa sürede verin. D7+ Pks+ E. coli kolonileşmesinin tespiti ve nicelendirilmesi için farelerden dışkı toplayın. Bu figürün daha büyük bir versiyonunu görmek için lütfen buraya tıklayın.

1. Antibiyotik tedavisi

  1. Ampisilin, kolistin ve streptomisini steril içme suyunda son konsantrasyona kadar 1 mg/mL ampisilin için, 1 mg/mL kolistin ve streptomisin için 5 mg/mL olarak seyreltin.
  2. İçme suyunda antibiyotiklere 3 gün boyunca imkansız erişim izni verin.
  3. Antibiyotikleri çıkarın ve E. coli NC101 aşısı ile garajdan önce 24 saat boyunca steril suya erişimi geri getirin.
    NOT: Her deney için antibiyotik çözeltisi taze hazırlanmalıdır. Antibiyotik çözeltinin yeterli alımı izlenmelidir. Gerekirse, suya bir tatlandırıcı eklenebilir.

2. E. coli NC101 inokulumunun hazırlanması (n = 12 fareye kadar)

NOT: 2.1-2.8 adımları aseptik teknikle yapılmalıdır.

  1. Lizojeni Bulvarını (LB) hazırlayın ve otoklavlayın.
  2. Glitserol stokundan Streak E. coli NC101'i steril aşılama döngüsü ile LB agar plakasına yerleştirin. 37 °C'de gece kuluçka yapın.
  3. Steril LB çorbasını, LB agar plakasından tek bir koloni içeren bir kültür tüpünde aşılama döngüsü ile aşılayın. Gece boyunca 37 °C'de, 150 rpm'de bir tezgah üstü kuluçka sallayıcısında inkubasyon yapın.
  4. Kültür tüpünü oda sıcaklığında 5 dakika boyunca 1500 x g ile santrifüjleyin.
  5. Üst bakteri pelletini çıkarıp atarak bakteriyel pelletten kaçının; çünkü tüpün tabanında açık beyaz bir birikinti olarak belirir.
  6. Bakteriyel pelleti 5 mL %0,9 steril salinle yeniden süsle geçirin.
  7. 4'ten 6'ya kadar olan adımları tekrarlayarak yıkayın.
  8. Optik yoğunluğu 600 nm (OD600) olarak hücre yoğunluğu ölçer kullanarak ölçün ve steril salin kullanarak OD600'ü 0.625'e (~1 x 108 CFU/fare) ayarlayın.
    NOT: 3. adımda çorbanın bakteriyel kontaminasyonunu önlemek için, gece boyunca 2-3 mL steril LB suyu içeren ayrı bir tüpü kuluçka yapın. Su suyu gece kuluçkasından sonra temiz kalmalıdır, bu da bakteriyel bir kontaminasyon olmadığını gösterir. BaşlangıçOD 600 0.625'ten küçükse, 4'ten 6'ya kadar olan adımları tekrarlayın ve daha küçük bir hacim kullanarak pelleti tekrar asabilirsiniz. E. coli NC101'in doğru dozunu sağlamak için, gavaj sıvısının seri seyreltmeleri gece boyunca kaplama ve kültüre geçirilmelidir. Her seyreltme için CFU sayısı, bakteriyel süspansiyondaki başlangıç CFU miktarını tahmin etmek için kullanılabilir.

3. E. coli NC101'in oral gavaji

  1. Bakteri aşısını nazikçe karıştırarak bakterilerin eşit dağılımı sağlanır.
  2. Gavaj iğnesini 1 mL bir şırıngaya takın ve 0,2 mL bakteriyel inokulum ile doldurun, hava kabarcıklarını çıkarın.
  3. Fareyi kafesten çıkarın ve kulakların hemen arkasından kürek kemiklerine kadar deriyi başparmak pediyle ve işaret parmağının yanını kullanarak nazikçe ama sağlam bir şekilde kavra. Kuyruğu aynı elden orta veya yüzük parmağıyla sabitleyin.
  4. Faresi dik pozisyonda tutun ve gavage iğnesini ağzın yanına sokuyun. Gavage iğnesinin ucunu ağız tavanı boyunca yemek borusu ve karnına kaydırın, farenin başını nazikçe geriye iterek boynu uzatın. Herhangi bir direnç hissedilirse, gavage iğnesini çıkarın. Gerekirse tekrar denemeden önce fareyi tekrar fırçalayın.
  5. Bakteriyel inokulum (0.2 mL) yavaşça enjekte edilip iğneyi yerleştirme açısını takip ederek çekin.
  6. Fareyi kafese geri götürün ve kalan farelerle devam edin.
    NOT: Bakteriyel inokulum hazırlıktan hemen sonra mümkün olan en kısa sürede uygulanmalıdır. Kontrol fareleri %0,9 steril salin (vehicle) 0,2 mL almalıdır. Gavage iğnesinin uygun uzunluğu, ölçüsü ve top çapı, her deneydeki farelerin ortalama vücut ağırlığına göre belirlenmelidir. Hayvan tesisinden çıkmadan önce 5 dakika sonra farenin nefes alışını ve aktivitesini kontrol edin. Zorlanan nefes alma/solunum sıkıntısı gözlemlenirse, fareyi onaylanmış bir protokole uygun olarak ötenazi yapın. Oral gavaj yalnızca eğitimli araştırma personeli tarafından yapılmalıdır. Ağızdan yapılan gavajın yanlış uygulanması, özofageal perforasyon veya gavaj sıvısının akciğerlere enjeksiyonu nedeniyle ciddi komplikasyonlara veya ölüme yol açabilir. Deneyimli araştırma personeli tarafından yapıldığında, bu işlemle ölüm beklenmez. Bu deneyde kullanılan fareler SPF koşullarında barındırılmalıdır. Kafesler arasında kontaminasyonu önlemek için bireysel olarak havalandırılan kafesler kullanılmalı ve fareler biyolojik bir güvenlik dolabında manipüle edilmelidir. Her kafes açılmadan önce, eller ve kafes kapağının dışı uygun bir dezenfektan (örneğin, hızlandırılmış hidrojen peroksit) ile silinmelidir. Bu protokolde kullanılan fareleri manipüle etmek için PPE gereksinimleri arasında bir önlük (tek kullanımlık veya tekrar kullanılabilir) ve eldiven bulunur. Ev sahibi hayvan tesisi tarafından ek PPE gerekebilir. Kontrol fareleriyle ilgili tüm manipülasyonlar önce yapılmalıdır.

4. Dışkı örneklerinin toplanması

  1. Her fareden bir dışkı pelleti, 3.3. adımda tarif edildiği gibi fare sığırlanarak 1.5 mL'lik bir mikrosantrifüj tüpünde toplayın. Fare hemen dışkı yapmalı. Alternatif olarak, fareyi temiz ve boş bir kafese yerleştirin ve kaçma gerçekleşmesini 30 dakikaya kadar bekleyin.
  2. Tüpü sıvı azotla yerleştirerek numuneyi anlık dondurun. Numuneyi daha fazla analiz yapılana kadar -80 °C'de sakla.
    NOT: Deney başlamadan önce eckide clbA tespit edilmesi veya clbP'nin gerçek zamanlı PCR ile nicelendirilmesi, farelerin pks+ E. coli ile kolonileşmediğini doğrulamak için yapılmalıdır. Kolonizasyonun bir haftadan fazla sürdürülmesi için, deneysel koşullara bağlı olarak antibiyotik önden uygulanmadan tekrar eden bakteriyel gawage (adımlar 2.1-3.6) gerekebilir. Bu protokolü ilk kez uygularken, dozlama sıklığını optimize etmek için deney süresi boyunca en az haftada bir kez dışkıda E. coli NC101'in nicelendirilmesi, CFU kurtarımı veya gerçek zamanlı PCR ile yapılmalıdır.

5. Dışkı bakteri DNA ekstraksiyonu

  1. Üreticinin talimatlarına uygun olarak toplanan dışkı örneklerinden bakteriyel DNA çıkarma kiti ile alın.
  2. DNA konsantrasyonunu spektrofotometre kullanarak ölçün ve DNA konsantrasyonunu 5 ng/μL'ye ayarlayın.

6. ClbA ve E. coli 16S genlerinin tespitiyle kolonizasyonun doğrulanması

  1. Üreticinin talimatlarına uygun bir ana karışım ve PCR aleti kullanılarak clbA ve E. coli 16S ribozomal RNA (rRNA) genlerinin (Ek Tablo 1) eşzamanlı olarak PCR ile amplifikasyonu gerçekleştirilir.
  2. E. coli NC101'de clbA ve E. coli 16S genlerini, daha önce tanımlandığı gibi agaroz jel elektroforezi ile kolonize edilmiş farelerdegörselleştirin 19. Kolonizasyon olmayan farelerde clbA bandı yok olmalıdır.

7. CFU kurtarımıyla E. coli NC101'in nicelendirilmesi

NOT: 7.1-7.7 numaralarını aseptik teknikle uygulayın.

  1. Boş 1.5 mL mikrosantrifüj tüpünü tart.
  2. 1.5 mL mikrosantrifüj tüpüne yaklaşık 20 mg dışkı ekleyin ve tüpün ağırlığını eklenen numuneyle kaydedin.
  3. Her tüpe 200 μL %0,9 steril salin ekleyin.
  4. Dışkıların oda sıcaklığında yumuşaması için 10-15 dakika bekleyin ve her tüpü maksimum hızda 5 dakika girdabla vurarak homojen bir süspansiyon elde edin. Sindirilmemiş gıda maddesinin küçük parçacıkları görünür olacak.
  5. Her süspansiyondan 100 μL MacConkey agar plakasına aktarın ve homojenatı L-şekilli bir yayıcı ile eşit şekilde yayın.
  6. Plakaları gece boyunca 37 °C'de kuluçka edin.
  7. Pembe koloni sayısını sayın ve her fekal pelletin ağırlığı ile kaplama hacmiyle normalleştirin.
    NOT: MacConkey agar gram-negatif bakteriler için seçilir. Ayrıca, laktozu fermente edebilen bakteriler (örneğin E. coli) pembe koloniler oluştururken, renksiz veya sarı koloni oluşturamayanlar ise bu koloniler oluşturur. Bu protokol kapsamında yalnızca pembe koloniler sayılmalıdır. Koloni sayısı sayılmaz kadar yüksekse, ilk homojenatın seri seyreltilmesi %0,9 steril tuzlu suyla yapılabilir. Örnek başına koloni sayısı hesaplanırken seyrelme faktörünü dikkate alın.
    Pellet ağırlığı = mikrosantrifüj tüpünün pelet örneğiyle birlikte ağırlığı - boş mikrosantrifüj tüpünün ağırlığı.

8. clbP geninin nicelendirilmesi

  1. Üreticinin talimatlarına uygun bir ana karışım ve gerçek zamanlı PCR için cihaz kullanılarak nicel PCR ile clbP ve evrensel 16S rRNA genlerinin (Ek Tablo 1) amplifikasyonunu gerçekleştirin.

9. Enterobacteriaceae'nin Nicelendirilmesi

  1. Enterobacteriaceae ve evrensel 16S RNA genlerinin (ek olarak) gerçek zamanlı PCR için uygun bir master karışım ve cihaz kullanılarak nicel PCR ile amplifikasyonunu gerçekleştirin.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Sonuçlar

ClbA ve E. coli 16S genlerinin dışkıda son noktada PCR ve jel elektroforezi ile amplifikasyonu ve görselleştirilmesi, her iki genin de E. coli NC101 kolonize farelerde görünür olduğunu, ancak kontrol farelerinde yalnızca E. coli 16S geninin görülebileceğini ve bunun E. coli NC101'in bulunmadığını doğruladığını göstermiştir (Şekil 2B).

Beklendiğigibi 15, inulin ta...

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Tartışma

Kolibaktin üreten pks+ E. coli'nin kanserojen etkileri, son zamanlarda hem erken başlangıçlı CRC9'un artışı hem de "Batı tarzı" diyet12'nin benimsenmesiyle ilişkilendirilmiştir; bu faktörler önümüzdeki on yıllarda CRC trendlerini şekillendirmeye devam edecektir. Pks+ E. coli kolonizasyonunun çoğu modeli, pks+ E. coli'nin iltihap olmayan koşullarda karakterize edilmesine izin vermeyen, kolitle ilişkili kanser bağla...

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Açıklamalar

Yazarların beyan edecek çıkar çatışmaları yoktur.

Teşekkürler

Bu çalışma, Kanada Sağlık Araştırmaları Enstitüleri'nden [CIHR, CSV-198232 hibe] alınan bir hibe ile finanse edilmiştir. CRCHUM'un hayvan tesisine teşekkür ederiz. Figürler BioRender.com kullanılarak oluşturuldu.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Malzemeler

Bu makalede kullanılan malzemelerin listesi
AdŞirketKatalog numarasıYorumlar
%0,9 steril salinBaxterJF7634
%10 İnülin özel diyetiTekladTD.240286Temsilci sonuçlar
50 ppm FeS04 (Lifsiz) özel diyetTekladTD.120515Temsilci sonuçlar
8-12 haftalık dişi B6 fareleriCharles River LaboratuvarlarıC57BL/6Temsilci sonuçlar 
Ampisilin sodyum tuzu ve nbsp;Wisent Inc400-110 XG
Tezgah üstü santrifüjFisher bilimsel75004381
Hücre yoğunluk ölçeriBiochrom80-2116-30
Kültür tüpü, 13mLSarstedt62.515.006
EcNC101YokYokDr. Christian Jobin tarafından hediye edilmiş, Kuzey Carolina Üniversitesi Chapel Hill 
Gavaj iğnesi, 38mm x 22 GHarvard Aparatı Kanada34-024Artık mevcut değil - Olası bir alternatif Instech Labs (FTP-22-38) 
Kuluçka yörünge sallayıcısıVWR980153
Aşılama döngüsüFisher bilimsel22-363-595
L-şekilli yayıcıFisher bilimsel14-665-230
Lizojeni suyu Wisent Inc800-060 LG35g LB tozu 1L su ekleyin. Kullanmadan önce otoklav kullanın.
Lizogeni suyu agar Wisent Inc800-011 LG35g LB tozu 1L su ekleyin. Kullanmadan önce otoklav kullanın.
MacConkey agarBecton Dickinson2113871L suya 50g MacConkey tozu ekleyin. Otomatik olarak . 
Mikrobiyal DNA çıkarma kitiQiagen47016
Mikrobiyolojik kuluçka makinesiFisher bilimsel150152633
Mikrosantrifüj tüpü, 1.5mL UltiDent Scientific73-M150-C
PCR Rotor - Gen şerit tüpleri UltiDent Scientific73-V100-RG
Petri kabıSarstedt82.1472.001
Gerçek zamanlı PCR SYBR Yeşil Master KarışımıThermoFisher A25742
Gerçek zamanlı PCR termal döngüleyiciCorbett AraştırmalarıRG-3000A
Vida kapaklı tüp, 15mLSarstedt62.554.502
Sodyum kolistimethate Fresenius KabiC309306
Streptomisin sülfat tuzuMillipore SigmaS9137
Tüberkülin kayma tüpü, 1mLBecton Dickinson309659
VortexFisher bilimsel12-812

Kaynaklar

  1. Hou, K., et al. Microbiota in health and diseases. Signal Transduct Target Ther. 7 (1), 135(2022).
  2. Martin, H. M., et al. Enhanced Escherichia coli adherence and invasion in Crohn's disease and colon cancer. Gastroenterology. 127 (1), 80-93 (2004).
  3. Arthur, J. C., et al. Intestinal Inflammation targets cancer-inducing activity of the microbiota. Science. 338 (6103), 120-123 (2012).
  4. Nougayrède, J. -P., et al. Escherichia coli Induces DNA double-strand breaks in eukaryotic cells. Science. 313 (5788), 848-851 (2006).
  5. Dziubańska-Kusibab, P. J., et al. Colibactin DNA-damage signature indicates mutational impact in colorectal cancer. Nat Med. 26 (7), 1063-1069 (2020).
  6. Iftekhar, A., et al. Genomic aberrations after short-term exposure to colibactin-producing E. coli transform primary colon epithelial cells. Nature Commun. 12 (1), 1003(2021).
  7. Yang, Y., Gharaibeh, R. Z., Newsome, R. C., Jobin, C. Amending microbiota by targeting intestinal inflammation with TNF blockade attenuates development of colorectal cancer. Nat Cancer. 1 (7), 723-734 (2020).
  8. Rosendahl Huber, A., et al. Improved detection of colibactin-induced mutations by genotoxic E. coli in organoids and colorectal cancer. Cancer Cell. 42 (3), 487-496.e6 (2024).
  9. Díaz-Gay, M., et al. Geographic and age variations in mutational processes in colorectal cancer. Nature. 643 (8070), 230-240 (2025).
  10. Arthur, J. C., et al. Microbial genomic analysis reveals the essential role of inflammation in bacteria-induced colorectal cancer. Nat Commun. 5 (1), 4724(2014).
  11. Tronnet, S., et al. High iron supply inhibits the synthesis of the genotoxin colibactin by pathogenic Escherichia coli through a non-canonical Fur/RyhB-mediated pathway. Pathog Dis. 75 (5), ftx066(2017).
  12. Arima, K., et al. Western-style diet, pks Island-carrying Escherichia coli, and colorectal cancer: Analyses from two large prospective cohort studies. Gastroenterology. 163 (4), 862-874 (2022).
  13. Oliero, M., et al. Oligosaccharides increase the genotoxic effect of colibactin produced by pks+ Escherichia coli strains. BMC Cancer. 21 (1), 172(2021).
  14. Thakur, B. K., et al. Dietary fibre counters the oncogenic potential of colibactin-producing Escherichia coli in colorectal cancer. Nat Microbiol. 10 (4), 855-870 (2025).
  15. Oliero, M., et al. Inulin impacts tumorigenesis promotion by colibactin-producing Escherichia coli in ApcMin/+ mice. Front Microbiol. 14, 067505(2023).
  16. Jans, M., et al. Colibactin-driven colon cancer requires adhesin-mediated epithelial binding. Nature. 635 (8038), 472-480 (2024).
  17. Devaux, A., et al. L-serine promotes pro-carcinogenic effects of colibactin-producing E. coli. Gut Microbes. 17 (1), 2515480(2025).
  18. Li, L. L., et al. Inulin with different degrees of polymerization protects against diet-induced endotoxemia and inflammation in association with gut microbiota regulation in mice. Sci Rep. 10 (1), 978(2020).
  19. Lee, P. Y., Costumbrado, J., Hsu, C. Y., Kim, Y. H. Agarose gel electrophoresis for the separation of DNA fragments. J Vis Exp. (62), e3923(2012).
  20. Oliero, M., et al. Putrescine supplementation limits the expansion of pks+ Escherichia coli and tumor development in the colon. Cancer Res Commun. 4 (7), 1777-1792 (2024).
  21. Jans, M., Vereecke, L. Physiological drivers of pks+ E. coli in colorectal cancer. Trends Microbiol. , (2025).
  22. Lavelle, A., et al. Baseline microbiota composition modulates antibiotic-mediated effects on the gut microbiota and host. Microbiome. 7 (1), 111(2019).
  23. Russell, A., et al. Reduced housing density improves statistical power of murine gut microbiota studies. Cell Rep. 39 (6), 110783(2022).
  24. Turner, P. V., Brabb, T., Pekow, C., Vasbinder, M. A. Administration of substances to laboratory animals: Routes of administration and factors to consider. J Am Assoc Lab Anim Sci. 50 (5), 600-613 (2011).
  25. Harnack, C., et al. Short-term mucosal disruption enables colibactin-producing E. coli to cause long-term perturbation of colonic homeostasis. Gut Microbes. 15 (1), 2233689(2023).
  26. Gurbatri, C. R., et al. Engineering tumor-colonizing E. coli Nissle 1917 for detection and treatment of colorectal neoplasia. Nat Commun. 15 (1), 646(2024).
  27. Yang, S., et al. Surface expression of antitoxin on engineered bacteria neutralizes genotoxic colibactin in the gut. Nat Microbiol. 11 (1), 53-66 (2026).
  28. Tronnet, S., et al. The Genotoxin colibactin shapes gut microbiota in mice. mSphere. 5 (4), (2020).
  29. Condamine, B., et al. Strain phylogroup and environmental constraints shape Escherichia coli dynamics and diversity over a 20-year human gut time series. ISME J. 19 (1), (2024).
  30. Cougnoux, A., et al. Bacterial genotoxin colibactin promotes colon tumour growth by inducing a senescence-associated secretory phenotype. Gut. 63 (12), 1932(2014).
  31. Oliero, M., et al. Prevalence of pks + bacteria and enterotoxigenic Bacteroides fragilis in patients with colorectal cancer. Gut Pathog. 14 (1), 51(2022).
  32. Chen, J., et al. A commensal-encoded genotoxin drives restriction of Vibrio cholerae colonization and host gut microbiome remodeling. PNAS. 119 (11), e2121180119(2022).

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Yeniden basım ve izinler

Etiketler

Kolibaktin retimiKolorektal KanserFare KolonizasyonuOral Gavagenulin TakviyesiKoloni Olu turan BirimlerKantitatif PCREnterobacteriaceae Bollu uFekal DNA Ekstraksiyonu
Murine pks+ Escherichia coli ile İltihap Olmayan Koşullarda Kolonizasyon
Bize Ulaşın
Kütüphaneye Öner

Gizlilik

Kullanım Koşulları

Politikalar

Telif Hakkı © 2026 MyJoVE Corporation. Tüm hakları saklıdır.