Bu çalışmanın genel iş akışı Şekil 1'de gösterilmiştir; literatür araması, bibliyometrik analiz, paylaşılan genlerin tanımlanması, protein-protein etkileşim ağının inşası ve yol zenginleştirme analizinin ardışık adımlarını özetlemektedir.
Literatür arama stratejisi
Literatür araması, 22 Haziran 2025'te Web of Science (WOS) Core Collectionveritabanı 19'da gerçekleştirildi. Arama, 1 Ocak 2015'ten 31 Aralık 2024'e kadar yayınları kapsayan Bilim Atıf Endeksi (SCI-Genişletildi) ve Sosyal Bilimler Atıf Indeksi (SSCI) ile sınırlıydı. Özel arama terimleri ve ilgili sonuç sayısı Tablo 1'de verilmiştir. İlk aramadan sonra, toplantı özetleri, konferans makaleleri, editoryal materyaller, kitap bölümleri ve geri çekilen yayınlar gibi belge türleri hariç tutuldu. Daha sonra, yalnızca İngilizce dilinde ve "Makale" veya "İnceleme Makalesi" türlerinde kayıtlar daha fazla analiz için tutuldu.
Bibliyometrik analiz
Bibliyometrik analiz ve görselleştirme, detayları Materyal Tablosu'nda yer alan belirli yazılım araçlarının desteğini gerektirir. Bu çalışma, miyozit ve romatoid artriti birleştiren disiplinlerarası araştırma alanının bilgi haritasını oluşturmayı amaçlamaktadır. Analitik kapsam, son on yıldaki yayın eğilimi analizini, uluslararası iş birliği ve iş birliği ağları kalıplarını, kurumlar/dergiler/yazarlar arasındaki akademik etkiyi, araştırma noktalarını yansıtan temel anahtar kelimeleri ve atıf ağı analizini kapsar.
Yıllık yayın sayısı verileri ilk olarak Web of Science veritabanından dışa aktarıldı ve yayın eğilimlerini gösteren istatistiksel grafikler oluşturmak için kullanıldı. Alınan literatür verileri analiz için VOSviewer yazılımına aktarıldı: "Ortak yazarlık" modülünde, "Yazarlar", "Organizasyonlar" ve "Ülkeler" seçenekleri sırasıyla seçilerek yazar iş birliği ağları, kurumsal iş birliği ağları ve ülke işbirliği ağları oluşturuldu; "Atıf" modülünde, dergi iş birliği ağları oluşturmak için "Kaynaklar" seçeneği seçildi; "Ortak atıf" modülünde, "Atıf Alan Kaynaklar" ve "Atıf Alan Yazarlar" atıf verilen dergi iş birliği ağları ve atıf verilen yazar iş birliği ağları elde etmek için seçildi. Uluslararası iş birliği ilişkilerini daha sezgisel olarak görselleştirmek için, ülke iş birliği ağı görsel netlik ve yorumlanabilirliği artırmak için Scimago Graphica yazılımı kullanılarak estetik olarak daha da optimizeedildi 20.
Anahtar kelime noktaları ve disiplinlerarası tematik terimlerin analizi CiteSpaceyazılımı 21 kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Pathfinder algoritması, ağ budama için seçildi; Ocak 2015'ten Aralık 2024'e kadar olan zaman aralığı aylık zaman dilimlerine ayrıldı. Düğüm tipi "Anahtar Kelime" olarak yapılandırıldı; bu da araştırma sıcak noktalarının, her küme için temsili terimlerin ve en sık görülen 20 en yaygın sıcak nokta anahtar kelimesinin anahtar kelime haritasını sağladı. Atıf ağı analizi benzer bir prosedürel iş akışını takip eder ve ilgili analizi gerçekleştirmek için yalnızca düğüm tipinin "Atıflanan Referans" olarak değiştirilmesini gerektirir.
Paylaşılan genlerin tanımlanması
Bibliyometrik analizlere dayanarak, "miyozit" anahtar kelimesi kas patolojisi ve romatoid artritin disiplinlerarası araştırma alanında önemli bir yer göstermiştir. Bu nedenle, bu çalışma, örtüşen gen analizi yapmak için miyozit ve romatoid artriti araştırma konuları olarak seçti. Özel prosedür şöyleydi: İlk olarak, miyozit ve romatoid artrit ile ilişkili hedef genler GeneCardveritabanından alındı 22. Analizin kapsamlılığını sağlamak için, bu çalışma bir alakalılık skoru eşiği belirlemedi ve hastalıklarla ilişkili tüm bildirilen genleri dahil ederek karşılık gelen iki gen seti oluşturuldu. Bu iki setin karşılaştırılmasıyla, örtüşen genler tespit edilmiştir. Bu örtüşen genler nihayetinde "RA-Miyozit komorbiditeyle ilgili genler" olarak tanımlandı ve sonraki analizler için temel veri seti olarak hizmet verdi.
Protein-protein etkileşimi (PPI) ağ yapısı
STRING veritabanındaki "Çoklu proteinler" sorgu fonksiyonunu kullanarak, analiz için "RA-miyozit komorbidite-ilişkili genler" listesinigönderdik 23. Organizma "Homo sapiens" olarak ayarlandı ve minimum gerekli etkileşim puanı ≥0.700 (orta güvenlilik) idi. Ortaya çıkan protein-protein etkileşim ağı verileri daha sonra görselleştirmek için Cytoscape'e aktarıldı. STYLE paneli aracılığıyla düğüm şekilleri ve renkleri özelleştirilerek, net görselleştirilmiş bir protein-protein etkileşim ağı diyagramı oluşturuldu.
Yol zenginleştirme analizi
Yol zenginleştirme analizi için özel iş akışı şu şekilde ilerledi. İlk olarak, Ryazılımı 24'teki clusterProfiler paketiyle paylaşılan gen seti üzerinde Kyoto Genler ve Genomlar Ansiklopedisi (KEGG) yol zenginleştirme analizi yapıldı. İstatistiksel anlamlılık hipergeometrik testle değerlendirildi ve p-değerleri, yanlış keşif oranını kontrol etmek için Benjamini-Hochberg yöntemiyle çoklu testler için ayarlandı. Ayarlanmış p-değeri 0.05 < olan yollar önemli ölçüde zenginleştirilmiş olarak kabul edildi ve daha fazla analiz için korundu. Belirli insan hastalıkları veya genel metabolik süreçlerle ilgili yollar manuel olarak dışlanarak analizi temel sinyal mekanizmalarına odakladı. Filtrelenen yollar ve ilgili genler daha sonra Cytoscape yazılımına ithal edilerek bir etkileşimağı 25 oluşturuldu. "yFiles Organik Düzen" algoritması, net bir hiyerarşik yapı oluşturmak için uygulandı. STYLE panelinde görsel özellikler daha da optimize edildi: düğüm renk yoğunluğu zenginleştirme anlamlılığına eşlendi, düğüm boyutu her yoldaki çekirdek gen sayısına göre ağırlıklandırıldı ve kenar kalınlığı, gen örtüşme derecesini yansıtmak için yollar arasındaki Jaccard benzerlik katsayısıyla ağırlıklandırıldı. Sonuç olarak, kapsamlı analiz için bir KEGG yol etkileşim ağı elde edildi.