Kaynak: Dr. Ian Pepper ve Dr. Charles Gerba'nın Laboratuvarları - Arizona Üniversitesi
Gösteren Yazar: Luisa Ikner
Bakteriler, Dünya'da en bol bulunan…
1. Bakteri Kültürü Alikotlarının Toplanması
2. Seri Seyreltme

| E. coli kültürü | Seyreltme gerekli ve Tüp # | ||||||
| Bir | B | Ç | D | E | F | G | |
| T0 | 10-1 | 10-2 | |||||
| T1 | 10-1 | 10-2 | |||||
| T2 | 10-1 | 10-2 | 10-3 | ||||
| T3 | 10-1 | 10-2 | 10-3 | 10-4 | |||
| T4 | 10-1 | 10-2 | 10-3 | 10-4 | 10-5 | ||
| T5 | 10-1 | 10-2 | 10-3 | 10-4 | 10-5 | 10-6 | |
| T6 | 10-1 | 10-2 | 10-3 | 10-4 | 10-5 | 10-6 | 10-7 |
| T7 | 10-1 | 10-2 | 10-3 | 10-4 | 10-5 | 10-6 | |
| T8 | 10-1 | 10-2 | 10-3 | 10-4 | 10-5 | 10-6 | |
Tablo 2. Her E. coli kültürü için gerekli seyreltme serisi.
3. Kaplama
| E.coli kültürü | Kaplanacak dilüsyonlar | ||
| T0 | 10-1 | 10-2 | 10-3 |
| T1 | 10-1 | 10-2 | 10-3 |
| T2 | 10-2 | 10-3 | 10-4 |
| T3 | 10-3 | 10-4 | 10-5 |
| T4 | 10-4 | 10-5 | 10-6 |
| T5 | 10-5 | 10-6 | 10-7 |
| T6 | 10-6 | 10-7 | 10-8 |
| T7* | 10-5 | 10-6 | 10-7 |
| T8* | 10-4 | 10-5 | 10-6 |
*Daha düşük seyreltmeler, ölüm evresi nedeniyle daha düşük popülasyonları hesaba katar.
Tablo 3. E. coli kültürleri için kaplama protokolü.
4. Kolonileri Sayma ve Ortalama Üretim Süresini Hesaplama
Bakterilerin büyüme hızının ölçülmesi temel bir mikrobiyolojik tekniktir ve temel araştırmalarda olduğu kadar tarımsal ve endüstriyel uygulamalarda da yaygın olarak kullanılmaktadır.
Bakteriler, insan vücudu da dahil olmak üzere her ekosistemde bulunan Dünya'daki en bol yaşam formları arasındadır. Bazı bakteri türleri de genetik olarak oldukça izlenebilirdir ve araştırma modelleri olarak veya endüstriyel ölçekte doğal veya sentetik ürünler üretmek için kullanılmıştır. Bununla birlikte, tüm bakteri türleri laboratuvarda kültürlenemez. Yapabilenler için önemli bir özellik çarpma oranı veya "büyüme kinetiği" dir.
Bir bakteri kültürünün büyüme hızının ölçülmesi, bilim insanlarını fizyolojik ve metabolik işlevleri hakkında bilgilendirebilir ve ayrıca aşağı akış uygulamaları için bakterilerin doğru bir hücre sayısını elde etmek için yararlıdır.
Bu video, bakteri büyüme hızı analizinin arkasındaki ilkeleri tanıtacak, büyüme hızını bir "büyüme eğrisi" ile karakterize etmek için bir protokol gösterecek ve son olarak, bakteri büyüme kinetiğini ölçmek için çeşitli çevre bilimi uygulamalarını keşfedecektir.
Bakteriler genellikle eşeysiz olarak çoğalırlar ve bir ebeveyn hücresinin iki özdeş yavru hücreye bölündüğü basit ikili fisyonla çoğalırlar. Besinlerin bol miktarda bulunduğu ve sıcaklık gibi çevresel parametrelerin hepsinin büyümeye elverişli olduğu elverişli büyüme koşulları altında, çarpma oranı ölüm oranını çok aşıyor. Bu, üstel büyüme ile sonuçlanır.
Bir kültürdeki bakteri miktarını zamanın bir fonksiyonu olarak ölçerek, bir büyüme eğrisi elde edilebilir. Optimal koşullar altında sıvı bir kültürde bakteri yetiştirmek, çeşitli fazlara ayrılabilen karakteristik bir şekle sahip bir büyüme eğrisi üretir. Eğri, bakteriler kültür koşullarına alışırken büyümenin yavaş olduğu bir "gecikme fazı" ile başlar. Sonraki, bakterilerin üstel büyüme yaşadığı "log" veya "üstel faz" dır. Besinler tükendiğinde ve atık ürünler biriktiğinde büyüme sonunda durur ve bu da "durağan bir faz" ile sonuçlanır. Son olarak, çoğalma hızı hücre ölümü hızı tarafından aşıldığında, kültür "ölüm aşamasına" girer.
Bir büyüme eğrisi oluşturmak için, bir sıvı kültür şişesindeki bakteri sayıları, belirli bir kültürleme periyodu boyunca farklı zaman noktalarında sayılır. Bakteri sayımları bir dizi farklı yöntemle elde edilebilir. Yaygın bir yaklaşım, bakteri çözeltisinin 600 nm dalga boyunda ışığı emmesi olan optik yoğunluğu - veya "OD" - 600'ü ölçmektir.
Başka bir yöntem, kültürün mililitresi başına "CFU" veya koloni oluşturan birimleri belirlemektir. Bakteri üremesinin klonal doğası nedeniyle, bir kültürdeki bir bakteri teorik olarak bir agar plakası üzerinde gözlemlenebilir bir koloniye genişleyebilir. Bireysel, ayrı kolonilerin gözlemlenebileceği bir bakteri konsantrasyonuna ulaşmak için bir bakteri kültürünün bir dizi seyreltmesini kaplayarak, "seri seyreltme kaplaması" adı verilen bir yöntemle, koloni sayımı, bakteri konsantrasyonunu mL başına CFU cinsinden geri hesaplamak için kullanılabilir.
Artık bakteri üremesinin nasıl analiz edilebileceğini anladığınıza göre, seri seyreltme kaplama yöntemini kullanarak iyi kurulmuş bir bakteri modeli olan Escherichia coli'nin saf kültürleri üzerinde büyüme eğrisi analizi yapmak için bir protokol gözden geçirelim.
Zaman noktası toplamadan bir gün önce, 20 mL önceden sterilize edilmiş triptikaz soya suyu veya TSB, orta kısmı 50 mL'lik bir şişede tek bir E. coli kolonisi ile aşılayın.
Kültürü bir gecede 37 yaşında kuluçkaya yatırın ? Çalkalama ile C. E. coli için bu, yaklaşık 109 CFU / mL'lik bir sabit faz popülasyonu ile sonuçlanacaktır.
Ertesi gün, 100 ? Gece boyunca kültürün L'si 500 mL'lik bir şişede 250 mL TSB'ye dönüştürülür. İyice karıştırın. Bu, yaklaşık 4 x 105 CFU / mL'lik seyreltilmiş bir kültür üretir. Bu seyreltilmiş kültürün 5 mL'sini bir kültür tüpüne saklayın. Bu, 0 veya T0 zaman noktasından gelen alikottur. Hemen 4 ° C'de soğutun.
Kültürün kalan hacmini 37 ° C'de inkübe edin Çalkalama ile C. Daha sonra her saat 8 saate kadar, kültürden 5 mL'lik alikotlar toplayın. Bu örnekleri T1 ila T8 olarak belirleyin ve hepsini 4 ° C'de saklayın. Kullanana kadar C.
Deney günü, E. coli zaman noktası alikotlarını buzdolabından çıkarın ve buz üzerinde tutun. Her biri 900 μ μ'lık steril mikrofüj tüpleri kullanın. Aşağıdaki tabloya göre her bir alikot için bir seyreltme serisi oluşturmak için L steril salin.
T0 kültürünü hafifçe girdaplayarak iyice karıştırın, ardından 100 ? L'den Tüp A'ya seyreltme serisi, 10'da 1 veya 10-1 seyreltme yapar. Vorteks Tüpü A'yı karıştırın ve taze bir pipet ucu kullanarak 100 ? L Tüp A'dan Tüp B'ye, 100'de 1 veya 10-2 seyreltme yapar.
Her kültür alikotu için işlemi tekrarlayın ve Tablo 2'ye göre uygun seyreltme serisini yapın. Tüm zaman noktası numuneleri için seyreltme serisi yapıldıktan sonra, bakteri kaplaması için hazırlanmış uygun sayıda steril triptikaz soya agar plakasına sahip olun.
Her zaman noktası kültürünün3 seyreltmesi aşağıdaki tabloya göre üç kopya halinde kaplanacaktır. Plakaları buna göre etiketleyin. Ardından, pipet 100 ? İlgili agar plakasının merkezine uygun şekilde seyreltilmiş her bir kültürün L'si. "L" şeklindeki bir cam çubuğu alevle sterilize edin, çubuğu aşıdan uzakta agar'a dokundurarak soğutun ve sıvıyı hemen agar yüzeyine yayın. Yayılmadaki bir gecikmenin, aşılama noktasında aşırı bakteri üremesine neden olabileceğini lütfen unutmayın.
Her 9 zaman noktası kültürünün tümü için her bir seyreltme serisini kaplamaya devam edin, her seyreltme serisi arasında cam yayma çubuğunu alevle sterilize edin.
Plakaların birkaç dakika kurumasına izin verildikten sonra, ters çevirin ve 37 ? Gece boyunca C inkübatör. Bu büyüme döneminden sonra, plakalar 4 °C'de saklanabilir.
Seyreltme plakalarının gece boyunca inkübe edilmesinden sonra, kolonilerin kontaminasyonu ve homojenliği açısından inceleyin. Her zaman noktası kültürü için, plaka başına 30-300 koloni arasında olan bir seyreltme seçin. Bu seyreltme için üçlü plakaların her birindeki koloni sayısını sayın.
Her seyreltme için ortalama koloni sayısını ve seyreltme faktörünü kullanarak, CFU/mL cinsinden her bir zaman noktasında orijinal kültürdeki bakteri konsantrasyonunu hesaplayın. Örneğin, 10-4'ün 0.1 mL'sinden veya 10.000'de 1 seyreltmeden elde edilen üçlü plaka setinden ortalama 30 koloni varsa, o zaman 30 bölü 0.1 mL ile 10.000 ile çarpılır veya 3 milyon CFU/mL olur.
Her zaman noktası için hesaplanan bakteri konsantrasyonunu kullanarak, bakteri konsantrasyonlarının baz-10 günlüğünün CFU/mL cinsinden saat cinsinden zamana karşı bir grafiğini çizin. Grafikten, orijinal bakteri kültürünün büyümesinin log fazını tanımlayın ve log fazı içindeki zaman noktalarından ikisini seçin, bu zaman noktalarından ilkini t = 0 olarak belirtin. X denklemini kullanarak ortalama üretim süresini hesaplayın 2'ye eşittir ve n'nin kuvveti X ile çarpılır.0 burada X, t zamanındaki bakteri konsantrasyonudur, X0, t = 0'daki başlangıç konsantrasyonudur ve n, iki zaman noktası arasında geçen nesil sayısıdır.
Örneğin, X0'ın 1.000 CFU/mL olduğunu ve t = 6 h'de konsantrasyonun 16.000 CFU/mL olduğunu varsayalım. Denklemi kullanarak, 6 saat içinde 4 neslin meydana geldiğini elde ederiz, bu da 6'lık bir nesil süresi bölü 4 veya 1.5 saat verir.
Bakteri üreme kinetiğinin ölçümü, araştırma, tarım veya biyomühendislik amaçlı birçok uygulama için temeldir.
Bakteri büyüme hızını bilmek için bir kullanım, başka bir kültürü veya ortamı aşılamak için doğru miktarda bakteri kültürünün elde edilmesine izin vermektir. Örneğin, baklagiller gibi bazı mahsullerin, bitkilerin köklerini nodüller oluşturmak için kolonize eden ve nitrojeni "sabitleyen" - atmosferik nitrojeni bitki tarafından kullanılabilecek amonyağa dönüştüren rizobi olarak bilinen simbiyotik bakterilerle yetiştirilmesi gerekir. Tarımsal uygulamalar için, turba bazlı bir karbon ortamına bilinen miktarda rizobi eklenir ve bu daha sonra bitki-bakteri simbiyozunu oluşturmak için baklagil tohumlarını aşılamak için kullanılır.
Büyüme analizi, endüstriyel atıkları bozabilen ve muhtemelen değerli yan ürünler üretebilen bakteri türlerini belirlemek için de kullanılabilir. Bu örnekte araştırmacılar, odun hamuru ve kağıt üretiminden kaynaklanan bir atık ürün olan siyah likör ile desteklenmiş büyüme ortamının çevresel bir mikrobiyal izolatın büyümesini nasıl etkilediğini araştırdılar.
Bakteriler sadece siyah likör ile gelişmiş büyüme göstermekle kalmadı, aynı zamanda siyah likörde bakterilerin metabolize edebileceği birden fazla karbon kaynağının varlığını gösteren "difazik" bir büyüme paterni gösterdi. Siyah likörün tek tek bileşenleri daha sonra daha ayrıntılı büyüme analizi için çıkarılabilir.
Son olarak, büyüme hızı ölçümleri, örneğin petrol kirliliğinin iyileştirilmesi gibi belirli endüstriyel amaçlar için tasarlanmış bakterileri karakterize etmek için de yararlıdır. Burada bilim adamları, petrolün hidrokarbon bileşenlerini parçalamak için enzimler içeren genetik olarak tasarlanmış bakteri suşları yarattılar. Örneğin, tasarlanmış bakterilerin toksik hidrokarbonların varlığında normal bakterilerden daha yüksek büyüme hızına sahip olduğunu doğrulamak için büyüme analizi yapıldı, bu da tasarlanmış bakterilerin kirlilik temizleme işlevlerini yerine getirmelerine izin verecek gelişmiş toleransı gösterir.
JoVE'nin bakteri üreme oranlarını büyüme eğrileri ile analiz etme hakkındaki videosunu az önce izlediniz. Artık bakteri kültürlerinin farklı büyüme aşamalarını, zaman noktası toplama ve seri seyreltme kaplamasını kullanarak bir büyüme eğrisi elde etmek için bir deneyin nasıl gerçekleştirileceğini ve büyüme analizinin araştırma ve endüstriyel amaçlara nasıl uygulanabileceğini anlamalısınız. Her zaman olduğu gibi, izlediğiniz için teşekkürler!
View the full transcript and gain access to JoVE Science Education videos
Q1: What are the four main phases of a bacterial growth curve?
A bacterial growth curve has four distinct phases. The lag phase occurs when bacteria acclimate to culture conditions and growth is slow. The exponential or log phase follows, with rapid bacterial multiplication. The stationary phase begins when nutrients deplete and waste accumulates, halting growth. Finally, the death phase occurs when cell death exceeds multiplication.
Q2: How does serial dilution plating help determine bacterial concentration?
Serial dilution plating involves creating successive 10-fold dilutions of a bacterial culture and plating each on agar. Individual colonies that grow represent colony forming units, or CFUs. By counting colonies on plates with 30-300 colonies and applying the dilution factor, researchers back-calculate the original bacterial concentration in CFU per milliliter. This method is fundamental to culturing and enumerating bacteria from soil samples and other environmental sources.
Q3: What is optical density 600 and why is it used to measure bacterial growth?
Optical density at 600 nanometers, or OD600, measures a bacterial solution's absorbance of light at that wavelength. This method provides a quick, non-destructive way to estimate bacterial cell density in liquid culture. OD600 is commonly used alongside other counting methods to track population changes during growth curve analysis.
Q4: How can bacterial growth rate analysis improve agricultural applications?
Growth rate analysis enables precise inoculation of known bacterial quantities for agricultural use. For example, legume crops require symbiotic rhizobia bacteria that fix nitrogen from the atmosphere. By measuring rhizobia growth kinetics, researchers can add exact bacterial amounts to peat-based media used to inoculate legume seeds, establishing optimal plant-bacterial symbiosis.
Q5: How is bacterial growth analysis used to identify waste-degrading microorganisms?
Researchers measure how environmental bacteria grow when exposed to industrial waste products like black liquor from paper production. Enhanced growth indicates the bacteria can metabolize waste components. Diphasic growth patterns reveal multiple carbon sources present. This analysis helps identify candidate organisms for bioremediation and guides extraction of individual waste components for further study.
Q6: What does mean generation time tell us about bacterial growth?
Mean generation time is the duration required for a bacterial population to double. Calculated from growth curve data using the equation X equals 2 to the power of n multiplied by X0, it quantifies how rapidly bacteria reproduce under specific conditions. For example, if a population doubles every 1.5 hours, the mean generation time is 1.5 hours per generation.
Q7: How does growth analysis support development of engineered bacteria for environmental remediation?
Scientists measure growth rates of genetically engineered bacterial strains designed to degrade pollutants like hydrocarbons from oil spills. Growth analysis verifies that engineered bacteria exhibit increased growth rates compared to normal bacteria when exposed to toxic compounds. This improved tolerance indicates the engineered organisms can survive and perform their pollution cleanup function effectively in contaminated environments.