Çevresel Mikrobiyoloji

Kaynak: Dr. Ian Pepper ve Dr. Charles Gerba'nın Laboratuvarları - Arizona Üniversitesi Gösteren Yazar: Bradley Schmitz Topraklar normalde "toprak nem içeriği" olarak ifade edilebilecek sınırlı miktarda su içerir. Bu nem, toprak agregaları arasındaki gözenek boşluklarında (agregalar arası gözenek boşluğu) ve toprak agregaları içinde (agrega içi gözenek boşluğu) bulunur (Şekil 1). Normalde bu gözenek boşluğu hava ve/veya su tarafından işgal edilir. Tüm gözenekler hava tarafından işgal edilirse,...

Kaynak: Dr. Ian Pepper ve Dr. Charles Gerba'nın Laboratuvarları - Arizona Üniversitesi Gösteren Yazar: Luisa Ikner Aseptik teknik, çevresel mikrobiyoloji alanında yaygın olarak uygulanan ve laboratuvarda farkındalık ve uygulama dengesi gerektiren temel bir beceridir. Bu tekniğin doğru kullanımı, reaktiflerin, kültür ortamının ve çevresel numunelerin bakteriyel veya fungal kontaminasyon olasılığını azaltır. Aseptik teknik, veri bütünlüğünü sağlamak ve çok nadir ve kültürlenmesi zor izolatlardan...

Kaynak: Dr. Ian Pepper ve Dr. Charles Gerba'nın Laboratuvarları - Arizona Üniversitesi Gösteren Yazar: Luisa Ikner Çevresel mikrobiyolojideki araştırma yelpazesi, kapsam ve uygulama potansiyeli bakımından geniştir. Çalışma, bilinen bakteri izolatları ile tezgah ölçeğinde veya bilinmeyen bakteri izolatları içeren toprak veya su örneklerini toplayan sahada olsun, ilgilenilen kültürlenebilir popülasyonları hızlı ve görsel olarak ayırt etme yeteneği, bugün bile çevresel mikrobiyologlar için büyük...

Kaynak: Dr. Ian Pepper ve Dr. Charles Gerba'nın Laboratuvarları - Arizona Üniversitesi Gösteren Yazar: Bradley Schmitz Toprak, yaşama katkıda bulunan biyotik ve abiyotik faktörleri içeren, dünya yüzeyindeki ince tabakayı içerir. Abiyotik kısım, toprağın dokusunu belirleyen boyut ve şekil olarak değişen inorganik parçacıkları içerir. Biyotik kısım bitki kalıntılarını, kökleri, organik maddeleri ve mikroorganizmaları içerir. Bir gram toprakta 107-8 bakteri, 106-8 aktinomiset, 105-6 mantar, 103...

Kaynak: Dr. Ian Pepper ve Dr. Charles Gerba'nın Laboratuvarları - Arizona Üniversitesi Gösteren Yazar: Bradley Schmitz Mantarlar heterotrofik ökaryotik organizmalardır ve mayalar hariç aerobiktir. Yüzey topraklarında bol miktarda bulunurlar ve besin döngüsündeki rolleri ve organik madde ile organik kirleticilerin ayrışmasındaki rolleri için önemlidirler. Beyaz çürüklük mantarlarının (phanerochaete chryosporium) örneğin, (Şekil 1) aromatikleri bozduğu bilinmektedir. Şekil 1. Huş ağacı...

Kaynak: Dr. Ian Pepper ve Dr. Charles Gerba'nın Laboratuvarları - Arizona Üniversitesi Gösteren Yazar: Luisa Ikner Topraklardaki mikrobiyal topluluklar için geleneksel analiz yöntemleri, genellikle seçici ve diferansiyel ortamlar üzerinde seyreltme ve kaplama metodolojisini kullanan kültürel tahlilleri veya doğrudan sayım tahlillerini içermektedir. Doğrudan sayımlar, mevcut toplam bakteri sayısı hakkında bilgi sunar, ancak topluluk içinde bulunan popülasyonların sayısı veya çeşitliliği hakkında...

Kaynak: Dr. Ian Pepper ve Dr. Charles Gerba'nın Laboratuvarları - Arizona Üniversitesi Gösteren Yazar: Bradley Schmitz Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR), toprak, su ve atmosferik ortamlarda bulunan mikroorganizmaları tespit etmek için kullanılan bir tekniktir. PCR, DNA'nın belirli bölümlerini çoğaltarak, hedef mikroorganizmaların tür, suş ve serovar/patovar seviyesine kadar tespit edilmesini ve tanımlanmasını kolaylaştırabilir. Teknik, numunelerdeki tüm mikroorganizma topluluklarını karakterize...

Kaynak: Dr. Ian Pepper ve Dr. Charles Gerba'nın Laboratuvarları - Arizona Üniversitesi Gösteren Yazar: Bradley Schmitz Ters transkripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR), nükleik asitleri amplifiye etmek için geleneksel PCR - döngü sıcaklığı ile aynı işlemi içerir. Bununla birlikte, konvansiyonel PCR yalnızca deoksiribonükleik asitleri (DNA) amplifiye ederken, RT-PCR, tamamlayıcı DNA (cDNA) oluşumu yoluyla ribonükleik asitlerin (RNA) amplifikasyonunu sağlar. Bu, çevrede bulunan RNA bazlı...

Kaynak: Dr. Ian Pepper ve Dr. Charles Gerba'nın Laboratuvarları - Arizona Üniversitesi Gösteren Yazar: Bradley Schmitz Gerçek zamanlı PCR olarak da bilinen kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu (qPCR), ortamdaki mikroorganizmaları sayımlamak için yaygın olarak kullanılan bir moleküler tekniktir. Bu yaklaşımdan önce, mikroorganizmaların miktarının belirlenmesi büyük ölçüde klasik kültür tabanlı tekniklerle sınırlıydı. Bununla birlikte, çevresel örneklerden mikropların kültürlenmesi özellikle...

Kaynak: Dr. Ian Pepper ve Dr. Charles Gerba'nın Laboratuvarları -Arizona Üniversitesi Gösteren Yazar: Luisa Ikner Su kalitesi analizi, kirleticiler, besinler, patojenler ve suyun bir kaynak olarak bütünlüğünü etkileyebilecek diğer bileşenler gibi antropojenik etkileri izler. Dışkı kontaminasyonu, bitki, hayvan ve insan sağlığını hastalık veya hastalıkla tehdit eden mikrobiyal patojenlere katkıda bulunur. Artan su talepleri ve katı kalite standartları, insan veya çevre kaynakları için sağlanan...

Kaynak: Dr. Ian Pepper ve Dr. Charles Gerba'nın Laboratuvarları - Arizona Üniversitesi Gösteren Yazar: Luisa Ikner Tarım, eğlence ve evsel ortamlarda kullanılmak üzere tasarlanan suyun kalitesi, su kaynaklı hastalık salgınları potansiyeli nedeniyle büyük önem taşımaktadır. Bu tür olaylarda rol oynayan mikrobiyal ajanlar, enfekte insan ve hayvanların dışkısında yüksek sayıda dökülen parazitleri, bakterileri ve virüsleri içerir. Yeni ve duyarlı konakçılara bulaşma daha sonra kontamine suyun...

Kaynak: Dr. Ian Pepper ve Dr. Charles Gerba'nın Laboratuvarları - Arizona Üniversitesi Gösteren Yazar: Alex Wassimi Virüsler, hem ökaryotik hem de prokaryotik organizmaları enfekte eden benzersiz bir biyolojik varlık grubudur. Metabolik kapasiteye sahip olmayan zorunlu parazitlerdir ve çoğalmak için, konakçı hücrelerin içinde kendi kendine bir araya gelen viral parçalar üretmek için konakçı metabolizmasına güvenirler. Virüsler ultramikroskobiktir - ışık mikroskobu ile görülemeyecek kadar...

Kaynak: Dr. Ian Pepper ve Dr. Charles Gerba'nın Laboratuvarları - Arizona Üniversitesi Gösteren Yazarlar: Bradley Schmitz ve Luisa Ikner Yüzey toprakları, ikincil agregalar oluşturmak için bir araya gelen inorganik ve organik parçacıkların heterojen bir karışımıdır. Agregaların içinde ve arasında, görsel olarak hem hava hem de su içeren boşluklar veya gözenekler bulunur. Bu koşullar bakteriler için ideal bir ekosistem oluşturur, bu nedenle tüm topraklar, genellikle gram toprak başına 1...

Kaynak: Dr. Ian Pepper ve Dr. Charles Gerba'nın Laboratuvarları - Arizona Üniversitesi Gösteren Yazar: Luisa Ikner Bakteriler, Dünya'da en bol bulunan yaşam formları arasındadır. Her ekosistemde bulunurlar ve günlük yaşam için hayati önem taşırlar. Örneğin, bakteriler insanların yediklerini, içtiklerini ve nefes aldıklarını etkiler ve aslında bir kişinin vücudunda memeli hücrelerinden daha fazla bakteri hücresi vardır. Bakterilerin önemi nedeniyle, laboratuvarda belirli bakteri türlerinin...

Kaynak: Dr. Ian Pepper ve Dr. Charles Gerba'nın Laboratuvarları - Arizona Üniversitesi Gösteren Yazar: Bradley Schmitz Algler, fotosentetik pigmentlere sahip olmak gibi ortak bir özelliğe sahip olan oldukça heterojen bir mikroorganizma grubudur. Çevrede algler suda büyüyerek yüzme havuzu sahipleri için sorunlara neden olabilir. Algler ayrıca toksinleri serbest bırakan alg patlamaları nedeniyle göller ve rezervuarlar gibi yüzey sularında sorunlara neden olabilir. Daha yakın zamanlarda, algler,...