Question 1

Bir bakteriyofajın yapısı nedir?

Accepted Answer

Bakteriyofajlar, DNA veya RNA'dan oluşan bir nükleik asit genomu ile bunu çevreleyen kapsid adı verilen bir protein kılıftan meydana gelen virüslerdir. Bazı fajlar, ek bir lipid zar ve iğne benzeri yüzey uzantılarına veya kuyruklara sahiptir. Bu ultramikroskobik partiküller, ışık mikroskobuyla görülemeyecek kadar küçüktür ve yalnızca elektron mikroskobu kullanılarak görülebilirler.

Question 2

Bakteriyofajlar bakteri hücrelerini nasıl enfekte eder ve nasıl çoğalırlar?

Accepted Answer

Bakteriyofajlar, bakteriyel hücre yüzeyine tutunur ve genetik materyallerini konakçıya enjekte ederler. Viral genom, konakçı hücrenin biyokimyasal mekanizması kullanılarak replike edilir ve kapsid proteinleri üretilir. Faj partikülleri bir araya geldikten sonra, konakçı hücreyi lizleyerek salınırlar; bu süreçte genellikle hücreyi patlatarak bakteriyi öldürürler.

Question 3

Plak deneyi nedir ve faj konsantrasyonunu nasıl ölçer?

Accepted Answer

Plak analizi, fajların bakterilerle ve standart agar plaklarının üzerine dökülen yumuşak agar ile karıştırılmasına dayanır. Bakteriler sürekli bir örtü (lawn) oluşturur ve fajlar bakterileri enfekte edip lizlediklerinde, berrak bölgeler şeklinde plaklar meydana gelir. Ayrı plakların sayılması ve mililitre başına plak oluşturan birimlerin (PFU) hesaplanması, örnekteki orijinal faj konsantrasyonunu belirler.

Question 4

Kolifajlar neden su kontaminasyonu için yararlı göstergelerdir?

Accepted Answer

Kolifajlar, fekal kontaminasyonun göstergesi olan yaygın bir bağırsak bakterisi olan E. coli'yi enfekte ederler. Bunlar, yine fekal yolla bulaşan ancak analizi zor olan hastalık yapıcı enterovirüsler için güvenilir sürgat göstergelerdir. Hızlı ve düşük maliyetli sayım yöntemleri, kolifajları çevresel su örneklerindeki fekal kontaminasyonun değerlendirilmesi için cazip araçlar haline getirmektedir.

Question 5

Bir plak analizinde bakterilerin hazırlanması için hangi koşullar gereklidir?

Accepted Answer

Her bir bakterinin canlı olduğundan emin olmak ve fajların progeni üretmesine olanak sağlamak için bakteriler büyümenin log fazında olmalıdır. Analizden üç saat önce, gece boyu sürdürülen kültürü taze besiyerine inoküle edin ve 35-37°C'de çalkalamalı inkübasyona bırakın. Bu zamanlama, bakterilerin faj replikasyonunu desteklemek için optimal metabolik aktiviteye ulaşmasını sağlar.

Question 6

Plak sayım deneyleri, bakteriyofajlar dışındaki virüsleri tespit etmek için nasıl uyarlanabilir?

Accepted Answer

Plak sayım analizleri, doku kültürü kaplarında memeli hücreleri monokatmanlar halinde büyüterek influenza gibi memeli virüsleriyle gerçekleştirilebilir. Enfeksiyonu sağlamak amacıyla virüs içeren ortamlar eklenir ve ardından hücrelerin üzerine agaroz gibi immobilize edici bir ortam tabakası serilir. İki haftaya kadar süren inkübasyonun ardından, plakları görüntülemek ve saymak için enfekte hücreler fikse edilir ve boyanır.

Question 7

Plak deneyleri kullanılarak çevresel örneklerden tekil faj izolatları nasıl elde edilir?

Accepted Answer

Fajlar, toprak gibi çevresel örneklerden filtrasyon yoluyla toplanır ve ardından bir plak assay'inde duyarlı bakterileri enfekte etmek için kullanılır. Münferit plaklar seçilir ve üzeri bakteri içeren üst agar ile kaplanmış yeni agar plaklarına çizgi ekim yöntemiyle aktarılır. Faj konsantrasyonu ekim hattı boyunca azalarak, tekil faj tiplerinden kaynaklanan ayrı plakların izole edilmesine ve daha detaylı analiz edilmesine olanak tanır.

Çevresel Örneklerde Bakteriyofajların Tespiti - Değerlendirme quizi