Deniz suyu Örnekleme ve Tahsilat
June 17th, 2009
Bu video belgeleri kıyı deniz suyu örneklerinin toplanması ve biyokütle konsantrasyonu, nükleik asit saflaştırma, hücrenin bolluk, besin ve iz gaz analizleri de dahil olmak üzere çeşitli alt uygulamalar için işleme yöntemleri.
Merhaba, ben British Columbia Üniversitesi Mikrobiyoloji ve İmmünoloji Bölümü'ndeki Stephen Hallam Laboratuvarı'ndan Elena Kova. Bugün size fiziksel, kimyasal ve biyolojik analizler için deniz suyu toplama prosedürünü göstereceğiz. Laboratuvarımızda bu prosedürü deniz sularının okyanus grafik parametrelerini incelemek için kullanıyoruz.
Öyleyse başlayalım. İlk olarak, her bir dökümdeki döküm sayısı ve derinlik atanır, daha sonra örneklenecek derinlikler ve mevcut döküm için toplanacak toplam hacim belirlenir. Go flow ve akraba suyu numune alma cihazlarının açık konumda olduğundan ve tüm vanaların ve tıkaçların kapalı olduğundan emin olun.
CTD'yi hattın tabanına takın ve profildeki en derin derinlik için suya indirin. CTD'yi hemen takip eden hatta bir numune alma cihazı getirin. Misinanın cihaz braketine düzgün şekilde takıldığından ve vidaların sıkıldığından emin olun.
Suya indirmeden önce en derin örnekleme derinliği dışında her cihaza ağırlıklı bir haberci takın. Çizgiyi ve belirtilen ilk derinlik ile bir sonraki derinlik arasındaki mesafeyi indirin, ardından başka bir örnekleme cihazı donatın. Büyük hacimli su numunelerinin toplandığı derinlik aralıkları için, yaklaşık 0,75 metre aralıklarla art arda toplam iki x 12 litrelik şişenin yüklendiğini unutmayın.
Tüm cihazlar hatta girdikten sonra, hattı en derin derinliğe indirin ve iki dakika geçmesine izin verin. Her cihazı yakın konuma getirerek bir haberci gönderin. Hattı kurtarmadan önce birkaç dakika geçmesine izin verin.
Tüm cihazların kapalı olduğundan emin olmak için, hattı sarın ve her cihazı sudan çıkarken güverteye boşaltın. Protein DNA veya RNA saflaştırması için büyük numune hacimleri gerektiren derinlikler için, birlikte iki numune alma cihazı kullanın. RNA'yı hemen bir şişeden toplayın ve gemide süzün.
Diğer şişedeki kimyasalları ve besinleri örnekledikten sonra, 20 litrelik bir nihai hacim elde etmek için kalan suyu arabaya boşaltın. Düşük hacimli numuneler için, steril Nalgene şişelerinde filtrasyon için bir litre su ayırın. Tipik olarak 16 derinlik aralığından düşük hacimli numuneler 16 x bir litrelik numuneler ve altı x 20 litrelik numuneler yüksek hacimli numuneler olarak toplanır.
Gaz numuneleri toplarken daima oksijen ve eser gaz numuneleri alın. İlk olarak, su örnekleme cihazının musluğuna ince bir boru parçası takın. Borunun diğer ucunu glos serum şişelerine yerleştirin.
Serum şişesini üç kez durulayın, ancak numune suyu alın ve hava kabarcığı olmayacak şekilde taşana kadar doldurun. Serum şişesine 50 mikrolitre cıva klorür ekleyin. Numunenin içine hava kabarcıkları girmemesine dikkat edin.
Serum şişesini alüminyum kapaklı kauçuk bir tıpa C kıvrımı ile kapatın ve ardından nitrat, fosfat ve silikat dahil olmak üzere besin ölçümleri için numune toplamak üzere buz üzerinde saklayın. Önce 60 cc'lik bir şırıngayı numune suyu ile durulayın. Ardından sıraya 0,2 mikrometrelik bir acro disk filtresi takın.
Şırıngadan yaklaşık iki ml su itin. Filtreyi temizlemek için. Bir polietilen şişeyi yaklaşık 10 ml filtrelenmiş su ile üç kez durulayın.
Durulama sırasında şişeyi çalkalayın, ardından yaklaşık dörtte üçü dolu şişelere filtrelenmiş numune suyu ekleyin. Numuneyi buz üzerinde saklayın. Amonyak ölçümleri için numune toplamak için distal su toplama tüplerini boşaltın.
Önce toplama tüplerini durulayın, ancak suyu tamamen örnekleyin. 10 ml'lik dereceli bir silindiri, dereceli silindirden beş ml numune suyunda numune su borusu ile doldurun ve kalanını silindirden boşaltın. Ardından beş ml'yi tekrar boş silindire ekleyin.
Tüm derinliklerden numuneler toplandıktan sonra, her tüpe 7.5 ml amonyum işleme reaktifi yerleştirildi. Hücre sayımları için numune toplamak için, %4'lük bir nihai konsantrasyon için 5.4 ml, %37 formalite yüksekliği içeren önceden etiketlenmiş 50 ML Falcon tüpünü 50 ml işaretine kadar doldurun Tüpün taşmamasına dikkat edin. Numuneleri toplamak için numuneyi buz üzerinde saklayın.
Hidrojen sülfür ölçümleri için. Üstüne üç ml,% 20 çinko asetat içeren önceden etiketlenmiş 50 ML Falcon tüpünü doldurun. Tüpün taşmamasına dikkat edin.
Küçük hacimleri toplamak için numuneyi buz üzerinde saklayın. Biyokütle konsantrasyonu için. Biyokütle konsantrasyonu için büyük hacimler toplamak için bir litrelik Nalgene şişelerini en üste kadar doldurun.
Üstüne 20 litrelik damacanaları doldurun. Deniz suyu örneklemesinin nihai sonucu yaklaşık 32 ila 48 arasındadır. Gaz numuneleri, 32 amonyum numunesi.
16 hidrojen sülfür örneği. Hücre sayımı için 16 örnek. Altı adet 20 litrelik araba, 16 adet bir litrelik şişe ve dört adet sterex.
İkinci nokta, mikrobiyal biyokütle içeren iki mikrometre filtresi daha sonra kullanılmak üzere korunur. RNA izolasyonu. Biyokimyasal analiz için farklı türde su örneklerinin nasıl toplanacağını gösterdik.
Bu, çok fazla hazırlık ve planlama gerektirir. Bu nedenle, işleri düzene sokmak için yolculuktan iki gün önce ve temizlik için bir gün sonra bütçe ayırın, tuzlu suyun bir peralt pompasıyla veya saha ekipmanını taşımak için kullanılan alüminyum zago kutusuna temas etmesine izin vermeyin. Ekipmana saygılı davranın ve uzun süre iyi hizmet edecektir.
İşte bu kadar. İzlediğiniz için teşekkürler ve deneylerinizde iyi şanslar.
View the full transcript and gain access to thousands of scientific videos
Genel Bakış
Bu video, kıyı deniz suyu numunelerinin toplanması ve bunları biyokütle konsantrasyonu, nükleik asit saflaştırma, hücre bolluğu, besin maddesi ve iz gaz analizleri gibi çeşitli sonraki uygulamalar için işleme yöntemlerini belgelemektedir.
Çalışmanın Temel Bileşenleri
Bilim Alanı
- Deniz biyolojisi
- Çevre bilimi
- Mikrobiyoloji
Arka Plan
- Okeanografik parametreleri anlamak, deniz ekosistemlerini incelemek için çok önemlidir.
- Su numune alma, deniz araştırmalarındaki çeşitli analizler için esastır.
- Deniz suyu numunelerini toplamak ve işlemek için farklı yöntemler kullanılabilir.
- Doğru numune alma teknikleri, sonraki uygulamalar için güvenilir veriler sağlar.
Çalışmanın Amacı
- Deniz suyunun analiz için toplanması prosedürünü göstermek.
- Deniz araştırmalarında uygun numune alma tekniklerinin önemini vurgulamak.
- Deniz ortamlarını inceleyen araştırmacılar için bir kaynak sağlamak.
Kullanılan Yöntemler
- Numune alma için atış sayısı ve derinliklerin belirlenmesi.
- Toplanacak toplam su hacminin belirlenmesi.
- Go flow ve kin su numune alma cihazlarının kullanılması.
- Numune almadan önce tüm valfler ve muslukların kapatılmasının sağlanması.
Ana Sonuçlar
- Çeşitli analizler için deniz suyu numunelerinin başarılı bir şekilde toplanması.
- Etkili numune alma tekniklerinin gösterimi.
- Sonraki uygulamalar için numunelerin hazırlanması.
- Deniz sularının okeanografik parametreleri hakkında bilgiler.
Sonuçlar
- Doğru deniz araştırmaları için uygun numune alma teknikleri hayati önem taşır.
- Toplanacak numuneler çeşitli bilimsel analizler için kullanılabilir.
- Bu prosedür diğer deniz çalışmalarında tekrarlanabilir.
Sıkça Sorulan Sorular
Executive Industry Relevance
Robust seawater sampling and collection protocols are foundational for generating high-quality datasets in marine biopharma discovery, enabling accurate assessment of environmental variables and biological materials. These methods underpin downstream analyses such as nucleic acid purification, cell abundance quantification, and nutrient profiling, which are critical for target validation and mechanistic de-risking in marine-derived drug discovery. Standardized collection ensures reproducibility and comparability across discovery programs, supporting portfolio-wide decision-making.
Strategic Applications in Biopharma R&D
Early Discovery & Target Validation
- Enables precise interrogation of marine microbial communities for novel target identification.
- Supports functional validation of environmental samples for pathway elucidation.
- Facilitates mechanistic de-risking by providing uncontaminated, well-characterized input material.
- Improves predictive confidence in early-stage marine bioprospecting.
Screening & Assay Development
- Delivers standardized, high-integrity samples for downstream assay development.
- Ensures reproducibility in cell abundance and nutrient quantification workflows.
- Provides scalable sample volumes for parallel screening and method optimization.
- Enables reliable evaluation of marine-derived compounds and bioactivities.
Translational & Preclinical Research
- Aligns environmental sampling with translational biomarker discovery when marine systems are disease-relevant.
- Maintains continuity from environmental collection through preclinical validation of marine bioactives.
- Supports risk-adjusted advancement by ensuring sample traceability and quality.
- Reduces ambiguity in linking environmental variables to biological outcomes.
Pipeline & Workflow Integration
Seawater sampling and collection methods are positioned at the front end of the marine biopharma discovery continuum, providing foundational material for workflows spanning target validation, screening, and translational research.
- Discovery Biology: Supplies uncontaminated, well-characterized samples for hypothesis testing and pathway analysis.
- Screening: Enables reproducible, quantitative readouts for cell counts, nutrient levels, and trace gas analyses.
- Analytics: Supports robust statistical comparison of environmental and biological variables across conditions.
- Translational Research: Facilitates alignment of environmental sampling with downstream biomarker and preclinical studies when relevant.
- Enterprise Reuse: Establishes a standardized protocol adaptable across marine sampling campaigns and R&D programs.
Operational & Enterprise Impact
- Scientific Value: Increases predictive confidence and reduces mechanistic ambiguity in marine-derived target validation.
- Operational Value: Promotes standardization, reproducibility, and scalability in sample collection and processing.
- Strategic Value: Enables informed go/no-go decisions and capital-efficient portfolio management by ensuring data integrity.
- Portfolio Impact: Supports risk-adjusted prioritization and advancement of marine biopharma assets.
Implementation Considerations
- Requires technical expertise in marine sampling and environmental parameter control.
- Demands specialized instrumentation such as CTD sensors, Niskin or Go-Flo bottles, and filtration systems.
- Necessitates rigorous cross-team standardization to ensure data comparability.
- Must be adaptable to varying marine environments and sample volume requirements.
- Logistical planning is essential to minimize contamination and preserve sample integrity during collection and processing.
Biopharma FAQs
Chapters in this video
0:05
Title
0:10
Introduction
0:37
Water Collection
3:07
Gas Sample Collection
4:04
Nutrient Sample Collection (includes nitrate, phosphate, and silicate)
4:58
Ammonia Sample Collection
5:46
Sample Collection for Cell Enumeration
6:13
Sample Collection for Hydrogen Sulfide Measurements
6:36
Small Volume Collection for Biomass Concentration
6:51
Large Volume Collection for Biomass Concentration
7:04
Representative Results/Outcome
7:42
Conclusion
