17 Haziran 2009
Bu video belgeleri kıyı deniz suyu örneklerinin toplanması ve biyokütle konsantrasyonu, nükleik asit saflaştırma, hücrenin bolluk, besin ve iz gaz analizleri de dahil olmak üzere çeşitli alt uygulamalar için işleme yöntemleri.
Merhaba, ben University of British Columbia Mikrobiyoloji ve İmmünoloji Bölümü'ndeki Stephen Hallam Laboratuvarı'ndan Elena Kova. Bugün size fiziksel, kimyasal ve biyolojik analizler için deniz suyu toplama prosedürünü göstereceğiz. Laboratuvarımızda deniz sularının okyanografik parametrelerini incelemek için bu prosedürü kullanıyoruz.
Öyleyse başlayalım. İlk olarak, her bir atıştaki atış sayısı ve derinlikler atanır, ardından örnekleme yapılacak derinlikler ve mevcut atış için toplanacak toplam hacim belirlenir. Go-flow ve kin su örnekleme cihazlarının açık konumda olduğundan ve tüm vanaların ve muslukların kapalı olduğundan emin olun.
CTD'yi hattın tabanına takın ve profildeki en derin noktaya ulaşmak için suya indirin. CTD'nin hemen arkasına hatta bir örnekleme cihazı yerleştirin. Hattın cihaz braketine düzgünce oturduğundan ve vidaların sıkı olduğundan emin olun.
Cihazı suya indirmeden önce, en derin örnekleme derinliği hariç her bir cihaza ağırlıklı bir haberci (messenger) takın. Hattı ve ilk belirtilen derinlik ile bir sonraki derinlik arasındaki mesafeyi indirin, ardından başka bir örnekleme cihazı kurun. Büyük hacimli su örneklerinin toplandığı derinlik aralıkları için, toplamda iki adet 12 litrelik şişenin yaklaşık 0,75 metre arayla ardışık olarak yüklendiğini unutmayın.
Tüm cihazlar hatta yerleştirildikten sonra, hattı en derin noktaya indirin ve iki dakika bekleyin. Her bir cihazı kapalı konuma getirmek için aşağıya bir tetikleyici gönderin. Hattı geri çekmeden önce birkaç dakika bekleyin.
Tüm cihazların kapalı olduğundan emin olmak için hattı geri sarın ve sudan çıkan her bir cihazı güverteye boşaltın. Protein, DNA veya RNA saflaştırması için büyük örnek hacimleri gerektiren derinliklerde, iki örnekleme cihazını tandem olarak kullanın. Bir şişeden RNA'yı hemen toplayın ve gemide filtreleyin.
Diğer şişedeki kimyasallar ve besin maddeleri örneklemesi yapıldıktan sonra, nihai hacim 20 litre olacak şekilde kalan suyu karboyona boşaltın. Düşük hacimli örnekler için, steril Nalgene şişelerde filtrasyon yapmak üzere bir litre suyu ayırın. Tipik olarak, 16 derinlik aralığından alınan düşük hacimli örnekler 16 x bir litrelik örnekler şeklinde, yüksek hacimli örnekler ise altı x 20 litrelik örnekler şeklinde toplanır.
Gaz numuneleri toplanırken her zaman oksijen ve eser gaz numuneleri alın. İlk olarak, su örnekleme cihazının musluğuna ince bir boru parçası takın. Borunun diğer ucunu glos serum şişelerine yerleştirin.
Serum şişesini üç kez durulayın, ardından numune suyu ile hava kabarcığı kalmayacak şekilde taşana kadar doldurun. Serum şişesine 50 µL cıva klorür ekleyin. Numuneye hava kabarcığı girmemelerine dikkat edin.
Nitrat, fosfat ve silikat dahil olmak üzere besin ölçümleri için örnekler toplamak amacıyla, serum şişesini kauçuk tıpa C ve alüminyum kapakla mühürleyin ve ardından buz üzerinde saklayın. İlk olarak 60 cc'lik bir şırıngayı örnek su ile durulayın. Ardından, hatta 0,2 mikrometrelik bir acro disk filtre takın.
Filtreyi temizlemek için şırınga aracılığıyla yaklaşık 2 ml su geçirin. Bir polietilen şişeyi, yaklaşık 10 ml filtrelenmiş su ile üç kez durulayın.
Durulama sırasında şişeyi çalkalayın, ardından filtrelemiş numune suyunu şişelerin yaklaşık dörtte üçü dolacak şekilde ekleyin. Numuneyi buz üzerinde saklayın. Amonyak ölçümleri için numune toplamak üzere distal su toplama tüplerini boşaltın.
Önce toplama tüplerini durulayın, ancak numune suyunu tamamen kullanın. 10 ml'lik dereceli bir silindiri numune suyuyla doldurun, dereceli silindirden beş ml numune suyu çıkarın ve silindirdeki geri kalan kısmı boşaltın. Ardından, beş ml'yi boş silindire geri ekleyin.
Tüm derinliklerden örnekler toplandıktan sonra, her tüpe 7,5 ml amonyum çalışma reaktifi ekleyin. Hücre sayımı için örnek toplamak amacıyla, içeriğinde 5,4 ml %37'lik formaldehit bulunan önceden etiketlenmiş 50 ML'lik Falcon tüpünü, nihai konsantrasyon %4 olacak şekilde 50 ml işaretine kadar doldurun. Tüpün taşmamasına dikkat edin. Örnekleri toplamak için numuneyi buz üzerinde saklayın.
Hidrojen sülfür ölçümleri için. Önceden etiketlenmiş, içinde 3 ml %20 çinko asetat bulunan 50 ML Falcon tüpünü ağzına kadar doldurun. Tüpün taşmamasına dikkat edin.
Küçük hacimleri toplamak için örneği buz üzerinde saklayın. Biyokütle konsantrasyonu için, biyokütle konsantrasyonuna yönelik büyük hacimleri toplamak amacıyla bir litrelik Nalgene şişelerini ağzına kadar doldurun.
20 litrelik damacanaları ağzına kadar doldurun. Deniz suyu örneklemesinin nihai sonucu yaklaşık 32 ila 48 örnektir. Gaz örnekleri, 32 amonyum örneği.
16 hidrojen sülfür örneği. Hücre sayımları için 16 örnek. Altı adet 20 litrelik kap, 16 adet bir litrelik şişe ve dört adet sterex.
Mikrobiyal biyokütle içeren 2,2 µm filtreler daha sonra kullanılmak üzere saklanır. RNA izolasyonu. Biyokimyasal analiz için farklı türde su örneklerinin nasıl toplanacağını göstermiş olduk.
Bu süreç, kapsamlı bir hazırlık ve planlama gerektirir. Bu nedenle, işleri düzene sokmak için seyahatten önce iki gün ve temizlik işlemleri için seyahatten sonra bir gün ayırın; tuzlu suyun bir peralt pompasına veya saha ekipmanlarını taşımak için kullanılan alüminyum zago kutusuna temas etmesine izin vermeyin. Ekipmana özenle yaklaşırsanız, size uzun süre boyunca iyi hizmet edecektir.
İşte böyle. İzlediğiniz için teşekkürler, deneylerinizde başarılar dileriz.
Tam transkripti görüntüleyin ve binlerce bilimsel videoya erişin
Bu video, kıyı deniz suyu örneklerinin toplanması ve biyokütle konsantrasyonu, nükleik asit saflaştırması, hücre bolluğu, besin maddesi ve eser gaz analizleri dahil olmak üzere çeşitli ardıl uygulamalar için işlenmesine yönelik yöntemleri belgelemektedir.
Sağlam deniz suyu örnekleme ve toplama protokolleri, çevresel değişkenlerin ve biyolojik materyallerin doğru değerlendirilmesine olanak tanıyarak, denizel biyofarma keşiflerinde yüksek kaliteli veri setlerinin oluşturulması için temel teşkil eder. Bu yöntemler; deniz kaynaklı ilaç keşfinde hedef doğrulama ve mekanistik risk azaltma süreçleri için kritik önem taşıyan nükleik asit saflaştırma, hücre bolluğu nicelendirmesi ve besin profillemesi gibi sonraki analizların temelini oluşturur. Standartlaştırılmış toplama işlemleri, keşif programları arasında tekrarlanabilirliği ve karşılaştırılabilirliği sağlayarak portföy genelindeki karar verme süreçlerini destekler.
Deniz suyu örnekleme ve toplama yöntemleri, hedef doğrulama, tarama ve translasyonel araştırmaları kapsayan iş akışları için temel materyaller sağlayarak, deniz biyofarmasötik keşif sürekliliğinin başlangıç aşamasında yer alır.