Name: Büyük Hacimli Kıyı Deniz suyu Örnekleri (20L +) Filtrasyon (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2009-06-18T00:00:00.000+00:00
Duration: 5 min 58 s
Description: Öğrenin, büyük hacimli deniz suyu örneklerini filtreleme yöntemini ve 0,22μm ile 2,7μm arası mikrobiyal biyokütlenin toplanmasını. Bu teknik, deniz ekosistemlerinde mikrobiyal çeşitlilik araştırmaları için etkili bir yaklaşım sunar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Yenilik, British Columbia Bilgi Kalkınma Fonu ve Ulusal Bilimler ve Mühendislik Araştırma Konseyi (NSERC) Kanada Kanada Vakfı Biz, kıyı ve açık okyanus sularında düşük oksijen bölgelerde devam eden çalışmalar destek için teşekkür etmek istiyorum. DAW NSERC, Killam ve TULA vakıf Mikrobiyal Çeşitlilik ve Evrim finanse Merkezi burs tarafından desteklenmiştir.

<ol><li> Filtrasyon aparatı ayarlayın <ol><li> Filtrasyon cihazı kurmak için ön filtre konut içine bir not GF / D filtre yerleştirmek için cımbız kullanın. Gevşek el konut sıkın. Genel bir kural olarak, aşırı sıkmayın ya da birim pompa başladığında kaçağına sebep olur. </li><li> Dokunmadan dikkatlice damacana iç boru içine sokarak otoklavlanmış kap ve ekli boru ile damacana kapağı değiştirin. Gerekirse, damacana tüp kılavuzu için cımbız kullanın. </li><li> Peristaltik pompa ile dış boru geçirin. </li><li> Ön filtre, hem de harici tüpler (yani her 2 adet damacana) sonuna kadar konut takın. Pense ile bağlantı sıkın. </li></ol></li><li> Deniz suyu filtre <ol><li> Deniz suyu filtreleme başlamak için, pompa açmak ve 1 akış hızını ayarlamak. Bu doğru yönde su pompalanan sağlamak için izleyin. </li><li> 500 ml su ön filtre ünitesi ve 1 L Beher içine serbestçe dolaşmasına izin verin. </li><li> Pompa kapatın ve ön filtre kurulum ücretsiz sonunda erkek luer uydurma bir Sterivex filtre takmak. Ön filtreyi konut rahatça el ile sıkın. </li><li> , Ön filtre konut ve ön filtre konut ve damacana yol açan tüp arasındaki bağlantıyı izleyin. Sızıntıları varsa, pompa kapatmak ve gevşetin ve buna bağlı olarak ön filtre konut sıkın. Pompa geri çevirin. </li><li> 4 L şişeler süzüntü toplayın. Bir kez onlar temiz bir damacana içine şişeler, boş dolu. Her filtre geçerek hacmi not ettiğinizden emin olun. Toplanan süzüntü, virüs filtrasyon gibi, ileri işlenmiş olabilir. </li><li> Bidonlarda su kalana kadar filtreleme devam edin. 4-5 saat / 20 L damacana arasında Olağan filtrasyon kez aralık, ancak, bu su içinde biyokütle miktarı önemli ölçüde bağlıdır. </li><li> Filtrasyon işlemi tamamlandıktan sonra, pompayı kapatın ve Sterivex filtreler kesmek. </li></ol></li><li> Filtrelerin Depolama <ol><li> Filtrelerin saklamak için, ilk defa 30-60 ml şırınga ile kalan suyu dışarı atmak. </li><li> Bir pipet kullanarak, daha sonra ek reaktifler filtre alanı yaklaşık 200 ül tutarak, filtre 1.8ml lizis tamponu ekleyin. </li><li> Parafilm küçük bir parça ile alt ve üst Sterivex filtrenin Seal, ve tarih ve örnek tanımlama filtreleri etiket. </li><li> Bir ön-etiketli 50 ml şahin tüp filtreler Mağaza -80 ° C </li><li> Konut filtreleri çıkarın ve 2 ml lizis tamponu içeren etiketli 50 ml Falcon tüp içine yerleştirin. Bu Mağaza -80 ° C </li></ol></li><li> Temizleme <ol><li> Son temizliği için, 0,1 M HCl içeren bir balona damacana içindeki hortum </li><li> Orijinal damacana 4L balonuna yol tüp Doğrudan. </li><li> Pompa açın ve orijinal damacana çalışma akışını toplamak, 3 çalışmasını. </li><li> Son olarak, boru otoklava su ile durulayın. </li></ol></li></ol> Temsilcisi Sonuçlar: Elde edilen sonuç, iki Sterivix filtreler 0.22μm ve 2.7μm boyut aralığı içinde yaklaşık 10 litre deniz suyundan mikrobiyal biyokütle içeren her oluşur. Bu lizis tamponu saklanır ve DNA ekstraksiyonu için hazırdır. Buna ek olarak, bu yordamı toplar ve GF / D ön filtre, 2.7 mm daha fazla biyokütle yoğunlaşmaktadır. Bu da lizis tamponu saklanır ve DNA ekstraksiyonu için hazırdır. Ek işleme adımlar atıldığı takdirde, flow-through 0.22 mcM de viral bir kısmını toplamak için aşağı konsantre olabilir.

Yazarların beyan edecek herhangi bir çıkar çatışması yoktur.

Tezgahları ve pompalar, aksi takdirde ekipman paslanmasına neden olur tuzlu su herhangi bir kalıcı izlerini kaldırmak için kullanımdan sonra nemli bir havlu ile temizlemek için şarttır. Işlem basit olmasına rağmen, zaman gereksinimi süzülen örnek biyokütle ya da enkaz konsantrasyonuna bağlı olarak geniş olabilir.

<table><tbody><tr><td>Peristaltik pompa</td><td></td><td>Masterflex (Cole Palmer)</td><td>77913-20, 77200-62, 77200-04</td><td></td></tr><tr><td>Tygon LFL tüp</td><td></td><td>Masterflex (Cole Palmer)</td><td>06429-24</td><td>Filtrasyon aparatı için</td></tr><tr><td>Hortum kelepçeleri</td><td></td><td>Cole-Parmer</td><td>0683204</td><td>Filtrasyon aparatı için</td></tr><tr><td>1/4&amp;#8221; x 3/16&amp;#8221; boru adaptörleri</td><td></td><td>Cole-Parmer</td><td>31702-20</td><td>Filtrasyon aparatı için</td></tr><tr><td>Polipropilen ön filtre gövdesi</td><td></td><td>ADVANTEC</td><td>501200</td><td>Filtrasyon aparatı için</td></tr><tr><td>Metal luer bağlantı parçası (Hortum ucundan Erkek luer kilidine)</td><td></td><td>Cole-Parmer</td><td>31507-27</td><td>Filtrasyon aparatı için</td></tr><tr><td>2&amp;#8220; Mıknatıslar</td><td></td><td></td><td>Filtrasyon aparatı için</td><td></td></tr><tr><td>3 portlu karboy kapakları</td><td></td><td></td><td></td><td>Filtrasyon aparatı için</td></tr><tr><td>GV 0.22 &amp;mu;m STERIVIX filtreler</td><td></td><td>EMD Millipore</td><td>SVGV01R5</td><td></td></tr><tr><td>47 mm çapında 2.7 &amp;mu;m GF/D filtreler</td><td></td><td>Whatman, GE Healthcare</td><td>1823047</td><td></td></tr><tr><td>Lizis tamponu</td><td>Reaktif</td><td></td><td></td><td>0.75 M sükroz, 40 mM EDTA, 50 mM Tris (pH 8.3)</td></tr><tr><td>0.1 % HCl</td><td>Reaktif</td><td></td><td></td><td>Filtrasyon sonrası durulama için</td></tr><tr><td>Otoklavlanmış su</td><td>Reaktif</td><td></td><td></td><td>Filtrasyon sonrası durulama için</td></tr></tbody></table>

büyük hacimli kıyı deniz suyu Örnekleri (20l +) filtrasyon

Large Volume (20L+) Filtration of Coastal Seawater Samples

İş akışı downstream mikrobiyal topluluk için kıyı deniz sularında, besin ve iz gaz analizleri toplanması ile başlar. Bu yöntem için Saanich&#39;dan Giriş HMS John Strickland işletim güverte, örnekler toplandı. Su sütunu çapı 0.22μm ve 2.7μm arasında değişen mikrobiyal biyokütle Bu video belgeleri büyük hacimli filtrasyon (≥ 20 L). İki 20L örnekleri dört dönen başkanları ile donatılmış tek bir pompa ünitesi kullanılarak aynı anda filtre edilebilir. Filtreleme alanında uzun yolculuklar yapılabilir, ya da hemen günübirlik geziler için döndükten sonra. Her bir sterivex filtre ünitesi üzerinden geçen su miktarını kaydetmek için önemlidir. Örnekleme gezileri arasında biyofilm oluşumunu önlemek için tüm filtrasyon ekipmanları seyreltik HCl ve deiyonize su ile durulanır ve kullanımdan hemen sonra otoklava olmalıdır. Bu işlem yaklaşık 5 saat artı temizlik için ek bir saat sürer.

Su sütunu çapı 0.22μm ve 2.7μm arasında değişen mikrobiyal biyokütle Bu video belgeleri büyük hacimli filtrasyon (≥ 20 L).

Büyük Hacimli Kıyı Deniz suyu Örnekleri (20L +) Filtrasyon

İş akışı, mikrobiyal topluluk, besin maddesi ve iz gaz analizlerinin gerçekleştirilmesi amacıyla kıyı deniz sularının toplanmasıyla başlar. Bu yöntem için, ...

Merhaba, ben British Columbia Üniversitesi Mikrobiyoloji ve İmmünoloji Bölümü'nde Steven Hallam'ın laboratuvarından David Walsh. Bugün size, mikrobiyal biyokütle elde etmek amacıyla büyük hacimlerde deniz suyunun filtrelenmesine yönelik bir prosedür göstereceğiz. Deniz ortamındaki mikrobiyal çeşitliliği incelemek için laboratuvarımızda bu prosedürü kullanıyoruz.Öyleyse başlayalım. Filtrasyon düzeneğini kurmak için, bir cımbız yardımıyla grade GFD filtreyi ön filtre gövde ünitesine yerleştirin. Gövdeyi elinizle gevşekçe sıkın.Genel bir kural olarak, ünite sızdırmasın diye aşırı sıkma yapmayın. Pompalama başladığında, karboy kapağını otoklav kapağıyla değiştirin ve iç hortumu, ona temas etmeden dikkatlice karboyun içine yerleştirerek hortumu bağlayın. Gerektiğinde, hortumu karboyun içine yönlendirmek için cımbız kullanın.Ardından kapağı sıkın, harici tüpleri peristaltik pompadan geçirin. Her iki harici tüpün ucuna ön filtre gövde ünitelerini takın. Deniz suyunu filtrelemeye başlamak için bağlantıyı penseyle sıkın.Pompayı çalıştırın ve suyun doğru yönde pompalandığından emin olmak için akış hızını bir saatle kontrol edin. 500 milliliters suyun ön filtre ünitesinden serbestçe geçip bir

large-volume-20l-filtration-of-coastal-seawater-samples

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Bu video belgeleri kıyı deniz suyu örneklerinin toplanması ve biyokütle konsantrasyonu, nükleik asit saflaştırma, hücrenin bolluk, besin ve iz gaz analizleri de dahil olmak üzere çeşitli alt uygulamalar için işleme yöntemleri.

Deniz suyu Örnekleme ve Tahsilat

Bu video belgeleri küçük hacimli (~ 1 L) su sütunu mikrobiyal biyokütle filtrasyon.

Kıyı Deniz suyu Örnekleri Küçük Hacim (1-3L) Filtrasyon

Burada, uzak deniz ortamlarında organik ve inorganik besin mevcudiyetini ve mikrobiyal ve viral toplulukların bolluğunu ve yapısını değerlendirmek için kapsamlı bir protokol sunuyoruz.

Su Kimya ve Deniz Mikrobiyoloji A Field Guide - Okyanusu&#39;nda gaybı Oyuncular çözülüyor

Bu el yazması, yeni nesil dizileme için DNA parçalarını saflaştırmak için otomatik bir jel boyutu seçim yaklaşımını açıklamaktadır. Ranger Teknolojisi, agaroz jel yükleme, elektroforetik analiz ve hedeflenen DNA parçalarının geri kazanılması sürecinin tamamının tam otomasyonunu sağlayarak yüksek verimli ve yüksek kaliteli yeni nesil dizileme kitaplıklarına olanak tanır.

Otomatik Jel Boyut Seçimi Çevre Su Örneklerinden hazırlanmıştır nesil Sıralama Kütüphaneler Kalitesi Geliştirmek için

Suyun temiz ve doğru noktadan örneklenmesi için basit, müdahaleci olmayan ve güvenilir bir yöntem olan VacuSIP'i tanıtıyoruz. Sistem, partikül ve çözünmüş bileşiklerin uzaklaştırılmasını ve atılımını temiz bir şekilde ölçmek için bentik süspansiyon besleyiciler tarafından solunan ve solunan suyun yerinde eşzamanlı olarak toplanması için geliştirilmiş ve değerlendirilmiştir.

VacuSIP, bir Geliştirilmiş INEX Yöntemi için<em&gt; In Situ</em&gt; Partikül Ölçümü ve Çözünmüş bileşikler Aktif Süspansiyon besleme üniteleri İşlenmiş

Su örneklerinin bir filtre kartuşu ile filtrelenmesi ve filtreyi çıkarmak için muhafazayı kesmek zorunda kalmadan çevresel DNA'nın (eDNA) çıkarılması için bir protokol açıklıyoruz. Bu protokol, balıklardan alınan eDNA'yı metabarkodlama için geliştirilmiştir, ancak diğer organizmalardan alınan eDNA'ya da uygulanabilir.

Filtrasyon Su Örnekleri ve Çevre DNA Ekstraksiyon için bir Filtre Kartuşu Kullanımı

Plankton ve askıya alınan parçacıklar okyanusta biyojeokimyasal döngüleri içinde önemli bir rol oynamaktadır. Burada, deniz suyu büyük miktarlarda işleme yeteneği ile parçacıklar ve plankton denizde irili ufaklı derlemesinin bir ultra temiz, düşük stres yöntemi sağlamak.

Şeker boyutu deniz Plankton ve askıya alınan parçacıkları toplamak için Ultra temiz bir çok katmanlı aparat

Bu protokol deniz suyu ve biyolojik örneklerde lipitlerin belirlenmesi içindir. Filtratlardaki lipitler, katı madde durumunda kloroform veya kloroform ve metanol karışımları ile çıkarılır. Lipid sınıfları, alev iyonizasyon tespiti ile çubuk ince katmanlı kromatografi ile ölçülür ve toplam lipit içeriği verir.

Deniz Örneklerinde Toplam Lipid ve Lipid Sınıflarının Belirlenmesi

Burada, faal feribotlardan ve diğer ticari gemilerden deniz suyu örneklerinin toplanması ve filtrelenmesi yoluyla deniz eDNA'sını almak için yeni bir protokol sunuyoruz.

Yüzer Laboratuvar: Çevresel DNA Analizi için İşletme Feribotlarından Deniz Suyu Örneklerinin Toplanması ve Filtrelenmesi için Standart Operasyonel Prosedür

Burada, siyanofajları (ve konakçılarını) izole etmek için deniz ve tatlı su ekosistemlerinin öfotik bölgelerinden örnekleme yöntemlerini ve tek genotipleri zenginleştiren ve virüs-konak etkileşim dinamiklerini karakterize eden örnekleme sonrası süreçleri açıklıyoruz.

Fotosentetik Mikropların ve Virüslerinin Çevresel Örneklemesi: Tarladan Laboratuvara

Bu protokol, balina gözlem gemilerinden deniz balığı çevresel DNA (eDNA) örnekleri toplamak için standartlaştırılmış bir iş akışını tanımlar. Araştırmacılar ve eğitimli vatandaş bilim insanları için fizibilite önceliklidirken, çevresel koşullar, filtrasyon süresi, bulanıklık ve gemi üzerindeki lojistik uygulamanın pratik sınırlarını belirler.

Balina İzleme Gemileri için Çevresel DNA Örnekleme Örneği

Öğrenin, büyük hacimli deniz suyu örneklerini filtreleme yöntemini ve 0,22μm ile 2,7μm arası mikrobiyal biyokütlenin toplanmasını. Bu teknik, deniz ekosistemlerinde mikrobiyal çeşitlilik araştırmaları için etkili bir yaklaşım sunar.

Büyük Hacimli Kıyı Deniz suyu Örnekleri (20L +) Filtrasyon

Daha fazla video keşfet