Name: Kıyı Deniz suyu Örnekleri Küçük Hacim (1-3L) Filtrasyon (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2009-06-19T00:00:00.000+00:00
Duration: 4 min 21 s
Description: Öğrenin, kıyı deniz suyu örneklerinde mikrobiyal biyokütleyi izole etmek için küçük hacimli filtrasyon yöntemini. Bu teknik, deniz mikrobiyal çeşitliliğini incelemek için etkili bir laboratuvar prosedürüdür.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

Yenilik, British Columbia Bilgi Kalkınma Fonu ve Ulusal Bilimler ve Mühendislik Araştırma Konseyi (NSERC) Kanada Kanada Vakfı Biz, kıyı ve açık okyanus sularında düşük oksijen bölgelerde devam eden çalışmalar destek için teşekkür etmek istiyorum. DAW NSERC, Killam ve TULA vakıf Mikrobiyal Çeşitlilik ve Evrim finanse Merkezi burs tarafından desteklenmiştir.

<ol><li> Filtrasyon aparatı ayarlayın <ol><li> Filtreleme önce, herhangi bir yoğunlaşma ilk tam şişelerden uzak silin ve onları tartmak </li><li> Pompanın bir tarafta diğer tarafta bir otoklav bin, ve atık şişesi koyun. </li><li> Sonra tam bir örnek otoklav bin şişe yerleştirin; ancak, henüz şişe kapağını çıkarmayın. </li><li> Boru luer ucundaki balon olduğunu peristaltik pompa ile boru iletin. </li><li> 25 ml steril bir pipetle cımbız kullanarak, pamuk kaldırmak ve pipet Hortumun diğer ucunu takın. </li></ol></li><li> Deniz suyu filtre <ol><li> Deniz suyu filtreleme başlamak için, şişe ve pipet ekleyin. Pompa açın ve 1 akış hızını ayarlamak. Bu doğru yönde su pompalanan sağlamak için izleyin. </li><li> ~ 100 ml su tüm boru geçmesine izin verin. </li><li> Pompa kapatın ve boru ücretsiz sonunda erkek luer uydurma bir Sterivex filtre takmak. </li><li> Hiç su şişeleri kalana kadar filtreleme devam edin. </li></ol></li><li> Filtrelerin Depolama <ol><li> Filtrelerin saklamak için, ilk defa 30-60 ml şırınga ile kalan suyu dışarı atmak. </li><li> Parafilm Sterivex filtrenin alt Seal. Bir pipet kullanarak, daha sonra ek reaktifler filtre alanı yaklaşık 200 ül tutarak, filtre 1.8ml lizis tamponu ekleyin. </li><li> Sonra, küçük bir parça ile Parafilm Sterivex filtre üst mühür ve tarih ve örnek tanımlama filtreleri etiket. </li><li> Etiketli öncesi 50 ml şahin tüpler filtreler Mağaza -80 ° C </li></ol></li><li> Temizlemek <ol><li> % 0.1 HCl içeren bir balona 25 ml pipet yerleştirin ve pompa açın. </li><li> HCl yıkama sonra tüp, otoklavlanmış su ile durulayın. Son olarak, ölçmek ve filtre geçen su hacmini hesaplamak için artık boş 1L şişeleri kitle kayıt. </li></ol></li></ol> Temsilcisi Sonuçlar: Her 1 L su numunesi 0.22 mm daha fazla biyokütle içeren bir Sterivix filtresi, elde edilebilir . Bu lizis tamponu sonraki DNA ekstraksiyonu ve analiz için saklanır. Nihai sonuç, bir Sterivix lizis tamponu saklanan 1 litrelik şişe başına filtre ve DNA ekstraksiyonu için hazır oluşur. Filtre 0.22 mm daha fazla biyokütle içerir. Filtreler, -80 ° C Edna çıkarma önce saklanabilir.

Yazarların beyan edecek herhangi bir çıkar çatışması yoktur.

Tezgahları ve pompalar, aksi takdirde ekipman paslanmasına neden olur tuzlu su herhangi bir kalıcı izlerini kaldırmak için kullanımdan sonra nemli bir havlu ile temizlemek için şarttır. Işlem basit olmasına rağmen, zaman gereksinimi süzülen örnek biyokütle ya da enkaz konsantrasyonuna bağlı olarak geniş olabilir.

<table><tbody><tr><td>Peristaltik pompa</td><td>Masterflex (Cole Palmer)</td><td>77913-20, 77200-62, 77200-04</td><td></td></tr><tr><td>Tygon LFL hortum</td><td>Masterflex (Cole Palmer)</td><td>06429-24</td><td>Filtrasyon düzeneği için</td></tr><tr><td>Hortum kelepçeleri</td><td>Cole-Parmer</td><td>0683204</td><td>Filtrasyon düzeneği için</td></tr><tr><td>1/4&amp;#8221; x 3/16&amp;#8221; boru adaptörleri</td><td>Cole-Parmer</td><td>31702-20</td><td>Filtrasyon düzeneği için</td></tr><tr><td>Polipropilen ön filtre gövdesi</td><td>ADVANTEC</td><td>501200</td><td>Filtrasyon düzeneği için</td></tr><tr><td>Metal luer bağlantı parçası (Hortum ucundan Erkek luer kilidine)</td><td>Cole-Parmer</td><td>31507-27</td><td>Filtrasyon düzeneği için</td></tr><tr><td>2&amp;#8220; Mıknatıslar</td><td></td><td></td><td>Filtrasyon düzeneği için</td></tr><tr><td>3 girişli karboy kapakları</td><td></td><td></td><td>Filtrasyon düzeneği için</td></tr><tr><td>GV 0.22 &amp;mu;m STERIVIX filtreler</td><td>EMD Millipore</td><td>SVGV01R5</td><td></td></tr><tr><td>47 mm çapında 2.7 &amp;mu;m GF/D filtreler</td><td>Whatman, GE Healthcare</td><td>1823047</td><td></td></tr><tr><td>Lizis tamponu</td><td></td><td></td><td>0.75 M sükroz, 40 mM EDTA, 50 mM Tris (pH 8.3)</td></tr><tr><td>0.1 % HCl</td><td></td><td></td><td>Filtrasyon sonrası durulama için</td></tr><tr><td>Otoklavlanmış su</td><td></td><td></td><td>Filtrasyon sonrası durulama için</td></tr></tbody></table>

kıyı deniz suyu Örnekleri küçük hacim (1-3l) filtrasyon

Small Volume (1-3L) Filtration of Coastal Seawater Samples

İş akışı downstream mikrobiyal topluluk için kıyı deniz sularında, besin ve iz gaz analizleri toplanması ile başlar. Bugün s gösteri örnekleri için Saanich&#39;dan Giriş HMS John Strickland işletim güverte toplanmıştır. Bu video belgeleri küçük hacimli (~ 1 L) su sütunu mikrobiyal biyokütle filtrasyon. Biyokütle tüm boyut sınıfları 0.22 mikron filtre cut-off toplanır, bu nedenle burada, herhangi bir ön filtrasyon adım vardır: protokolü, büyük hacimli örnekleme protokolü önemli bir fark, daha önce açıklanan bir uzantısı. Örnekler bu şekilde toplanan nükleik asit analizi için idealdir. Set-up, filtrasyon, ve temiz adımlarla, her biri 20-30 dakika sürer. 8 örnekleri aynı zamanda filtre olabilir, aynı anda iki peristaltik pompa kullanıyorsanız. Örnekleme gezileri arasında biyofilm oluşumunu önlemek için tüm filtrasyon ekipmanları seyreltik HCl ve deiyonize su ile durulanır ve kullanımdan hemen sonra otoklava olmalıdır.

Bu video belgeleri küçük hacimli (~ 1 L) su sütunu mikrobiyal biyokütle filtrasyon.

Kıyı Deniz suyu Örnekleri Küçük Hacim (1-3L) Filtrasyon

İş akışı, alt aşamalardaki mikrobiyal topluluk, besin maddesi ve iz gaz analizleri için kıyı deniz sularının toplanmasıyla başlar. Bugünkü...

Merhaba, ben British Columbia Üniversitesi Mikrobiyoloji ve İmmünoloji Bölümü'nde Steven Hallam laboratuvarından David Walsh. Bugün sizlere, mikrobiyal biyokütle için küçük hacimli deniz suyu filtreleme prosedürünü göstereceğiz. Deniz ortamındaki mikrobiyal çeşitliliği incelemek için laboratuvarımızda bu prosedürü kullanıyoruz.Hadi başlayalım. Filtrelemeden önce, önce dolu şişelerdeki yoğuşmuş sıvıları silin ve onları tartın. Pompanın bir yanına bir otoklav kabı, diğer yanına ise bir otoklav kabı içindeki atık balonunu yerleştirin.Ardından, dolu bir numune şişesini otoklav haznesine yerleştirin. Ancak, şişenin kapağını henüz çıkarmayın. Tüpü, tüpün yemleme ucunun beherin içinde kalacağı şekilde perisaltik pompadan geçirin.Cımbız kullanarak, steril 25 mililitrelik bir pipetteki pamuğu çıkarın ve pipeti hortumun diğer ucuna takın. Deniz suyunu filtrelemeye başlamak için şişeyi açın ve pipeti içeri yerleştirin. Pompayı çalıştırın ve suyun doğru yönde pompalandığından emin olmak için akış hızını bir saatle takip ederek ayarlayın.Tüm boru hattından yaklaşık 100 mililitre suyun geçmesini sağlayın. Pompayı kapatın ve borunun boşta kalan ucundaki erkek bağlantı aparatına bir stev X filtres

small-volume-1-3l-filtration-of-coastal-seawater-samples

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Bu video belgeleri kıyı deniz suyu örneklerinin toplanması ve biyokütle konsantrasyonu, nükleik asit saflaştırma, hücrenin bolluk, besin ve iz gaz analizleri de dahil olmak üzere çeşitli alt uygulamalar için işleme yöntemleri.

Deniz suyu Örnekleme ve Tahsilat

Su sütunu çapı 0.22μm ve 2.7μm arasında değişen mikrobiyal biyokütle Bu video belgeleri büyük hacimli filtrasyon (≥ 20 L).

Büyük Hacimli Kıyı Deniz suyu Örnekleri (20L +) Filtrasyon

Burada, uzak deniz ortamlarında organik ve inorganik besin mevcudiyetini ve mikrobiyal ve viral toplulukların bolluğunu ve yapısını değerlendirmek için kapsamlı bir protokol sunuyoruz.

Su Kimya ve Deniz Mikrobiyoloji A Field Guide - Okyanusu&#39;nda gaybı Oyuncular çözülüyor

Bu el yazması, yeni nesil dizileme için DNA parçalarını saflaştırmak için otomatik bir jel boyutu seçim yaklaşımını açıklamaktadır. Ranger Teknolojisi, agaroz jel yükleme, elektroforetik analiz ve hedeflenen DNA parçalarının geri kazanılması sürecinin tamamının tam otomasyonunu sağlayarak yüksek verimli ve yüksek kaliteli yeni nesil dizileme kitaplıklarına olanak tanır.

Otomatik Jel Boyut Seçimi Çevre Su Örneklerinden hazırlanmıştır nesil Sıralama Kütüphaneler Kalitesi Geliştirmek için

Suyun temiz ve doğru noktadan örneklenmesi için basit, müdahaleci olmayan ve güvenilir bir yöntem olan VacuSIP'i tanıtıyoruz. Sistem, partikül ve çözünmüş bileşiklerin uzaklaştırılmasını ve atılımını temiz bir şekilde ölçmek için bentik süspansiyon besleyiciler tarafından solunan ve solunan suyun yerinde eşzamanlı olarak toplanması için geliştirilmiş ve değerlendirilmiştir.

VacuSIP, bir Geliştirilmiş INEX Yöntemi için<em&gt; In Situ</em&gt; Partikül Ölçümü ve Çözünmüş bileşikler Aktif Süspansiyon besleme üniteleri İşlenmiş

Su örneklerinin bir filtre kartuşu ile filtrelenmesi ve filtreyi çıkarmak için muhafazayı kesmek zorunda kalmadan çevresel DNA'nın (eDNA) çıkarılması için bir protokol açıklıyoruz. Bu protokol, balıklardan alınan eDNA'yı metabarkodlama için geliştirilmiştir, ancak diğer organizmalardan alınan eDNA'ya da uygulanabilir.

Filtrasyon Su Örnekleri ve Çevre DNA Ekstraksiyon için bir Filtre Kartuşu Kullanımı

Plankton ve askıya alınan parçacıklar okyanusta biyojeokimyasal döngüleri içinde önemli bir rol oynamaktadır. Burada, deniz suyu büyük miktarlarda işleme yeteneği ile parçacıklar ve plankton denizde irili ufaklı derlemesinin bir ultra temiz, düşük stres yöntemi sağlamak.

Şeker boyutu deniz Plankton ve askıya alınan parçacıkları toplamak için Ultra temiz bir çok katmanlı aparat

Çoğu microplastic araştırma bugüne deniz sistemleri asma katı düzeyleri nispeten düşük olduğu ortaya çıktı. Odak şimdi yüksek tortu yükler ve yüzen enkaz özelliği olabilir tatlı su sistemleri için kayıyor. Bu iletişim kuralı toplama ve asma katı yük içeren su ortamları microplastic örnekleri analiz giderir.

Örnekleme, sıralama ve Microplastics su ortamlarında yüksek askıya alınan tortu yükler ve büyük yüzen enkaz ile karakterize

Bu protokol deniz suyu ve biyolojik örneklerde lipitlerin belirlenmesi içindir. Filtratlardaki lipitler, katı madde durumunda kloroform veya kloroform ve metanol karışımları ile çıkarılır. Lipid sınıfları, alev iyonizasyon tespiti ile çubuk ince katmanlı kromatografi ile ölçülür ve toplam lipit içeriği verir.

Deniz Örneklerinde Toplam Lipid ve Lipid Sınıflarının Belirlenmesi

Burada, faal feribotlardan ve diğer ticari gemilerden deniz suyu örneklerinin toplanması ve filtrelenmesi yoluyla deniz eDNA'sını almak için yeni bir protokol sunuyoruz.

Yüzer Laboratuvar: Çevresel DNA Analizi için İşletme Feribotlarından Deniz Suyu Örneklerinin Toplanması ve Filtrelenmesi için Standart Operasyonel Prosedür

Burada, siyanofajları (ve konakçılarını) izole etmek için deniz ve tatlı su ekosistemlerinin öfotik bölgelerinden örnekleme yöntemlerini ve tek genotipleri zenginleştiren ve virüs-konak etkileşim dinamiklerini karakterize eden örnekleme sonrası süreçleri açıklıyoruz.

Fotosentetik Mikropların ve Virüslerinin Çevresel Örneklemesi: Tarladan Laboratuvara

Öğrenin, kıyı deniz suyu örneklerinde mikrobiyal biyokütleyi izole etmek için küçük hacimli filtrasyon yöntemini. Bu teknik, deniz mikrobiyal çeşitliliğini incelemek için etkili bir laboratuvar prosedürüdür.

Kıyı Deniz suyu Örnekleri Küçük Hacim (1-3L) Filtrasyon

Daha fazla video keşfet