Name: Amiloid beta-Protein, Alzheimer hastalığının etkeni Aptamers Seçimi (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2010-05-13T17:00:00.000+00:00
Duration: 15 min 23 s
Description: Keşfedin, amiloid beta-protein için RNA aptamer seçimi yöntemini in vitro evrim süreçleri kullanarak. Bu teknik, Alzheimer hastalığı araştırmalarında tanı ve tedavi uygulamaları için potansiyel sunar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Bu çalışma, California Halk Sağlığı Bölümü&#39;nden NIH / NIA ve 07-65798 AG030709 hibe tarafından desteklenmiştir. Peptid sentezi ve amino asit analizi, yardım ve proje destek ve reaktiflerin sağlanması için Dr Chi-Hong B. Chen ilk adımları destekleyen Dr Elizabeth F. Neufeld, ve Dr. Andrew D Margaret M. Condron kabul yararlı tartışmalar için Ellington.

<ol><li>Monien, B. H., Apostolova, L. G., Bitan, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Early+diagnostics+and+therapeutics+for+Alzheimer%27s+disease-how+early+can+we+get+there%5BTitle%5D)+AND+%22Expert.+Rev.+Neurother%22%5BJournal%5D)">Early diagnostics and therapeutics for Alzheimer's disease-how early can we get there.</a> Expert. Rev. Neurother. 6, 1293-1306 (2006).</li>
<li>Nestor, P. J., Scheltens, P., Hodges, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advances+in+the+early+detection+of+Alzheimer%27s+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Med%22%5BJournal%5D)">Advances in the early detection of Alzheimer's disease.</a> Nat. Med. 10, S34-S41 (2004).</li>
<li>Kawas, C. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Clinical+practice.+Early+Alzheimer%27s+disease%5BTitle%5D)+AND+%22N.+Engl.+J.+Med%22%5BJournal%5D)">Clinical practice. Early Alzheimer's disease.</a> N. Engl. J. Med. 349, 1056-1063 (2003).</li>
<li>Haass, C., Selkoe, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Soluble+protein+oligomers+in+neurodegeneration%3A+lessons+from+the+Alzheimer%27s+amyloid+%CE%B2-peptide%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Rev.+Mol.+Cell.+Biol%22%5BJournal%5D)">Soluble protein oligomers in neurodegeneration: lessons from the Alzheimer's amyloid β-peptide.</a> Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. 8, 101-112 (2007).</li>
<li>Kirkitadze, M. D., Bitan, G., Teplow, D. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Paradigm+shifts+in+Alzheimer%27s+disease+and+other+neurodegenerative+disorders%3A+the+emerging+role+of+oligomeric+assemblies%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Neurosci.+Res%22%5BJournal%5D)">Paradigm shifts in Alzheimer's disease and other neurodegenerative disorders: the emerging role of oligomeric assemblies.</a> J. Neurosci. Res. 69, 567-577 (2002).</li>
<li>Rahimi, F., Shanmugam, A., Bitan, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structure-function+relationships+of+pre-fibrillar+protein+assemblies+in+Alzheimer%27s+disease+and+related+disorders%5BTitle%5D)+AND+%22Curr.+Alzheimer+Res%22%5BJournal%5D)">Structure-function relationships of pre-fibrillar protein assemblies in Alzheimer's disease and related disorders.</a> Curr. Alzheimer Res. 5, 319-341 (2008).</li>
<li>Jayasena, S. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Aptamers%3A+an+emerging+class+of+molecules+that+rival+antibodies+in+diagnostics%5BTitle%5D)+AND+%22Clin.+Chem%22%5BJournal%5D)">Aptamers: an emerging class of molecules that rival antibodies in diagnostics.</a> Clin. Chem. 45, 1628-1650 (1999).</li>
<li>Bunka, D. H., Stockley, P. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Aptamers+come+of+age+-+at+last%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Rev.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Aptamers come of age - at last.</a> Nat. Rev. Microbiol. 4, 588-596 (2006).</li>
<li>Ellington, A. D., Szostak, J. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vitro+selection+of+RNA+molecules+that+bind+specific+ligands%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">In vitro selection of RNA molecules that bind specific ligands.</a> Nature. 346, 818-822 (1990).</li>
<li>Tuerk, C., Gold, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Systematic+evolution+of+ligands+by+exponential+enrichment%3A+RNA+ligands+to+bacteriophage+T4+DNA+polymerase%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Systematic evolution of ligands by exponential enrichment: RNA ligands to bacteriophage T4 DNA polymerase.</a> Science. 249, 505-510 (1990).</li>
<li>Lee, J. F., Stovall, G. M., Ellington, A. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Aptamer+therapeutics+advance%5BTitle%5D)+AND+%22Curr.+Opin.+Chem.+Biol%22%5BJournal%5D)">Aptamer therapeutics advance.</a> Curr. Opin. Chem. Biol. 10, 282-289 (2006).</li>
<li>Weiss, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA+aptamers+specifically+interact+with+the+prion+protein+PrP%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Virol%22%5BJournal%5D)">RNA aptamers specifically interact with the prion protein PrP.</a> J. Virol. 71, 8790-8797 (1997).</li>
<li>Bibby, D. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Application+of+a+novel+in+vitro+selection+technique+to+isolate+and+characterise+high+affinity+DNA+aptamers+binding+mammalian+prion+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Virol.+Methods%22%5BJournal%5D)">Application of a novel in vitro selection technique to isolate and characterise high affinity DNA aptamers binding mammalian prion proteins.</a> J. Virol. Methods. 151, 107-115 (2008).</li>
<li>Rhie, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterization+of+2%27-fluoro-RNA+aptamers+that+bind+preferentially+to+disease-associated+conformations+of+prion+protein+and+inhibit+conversion%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Biol.+Chem%22%5BJournal%5D)">Characterization of 2'-fluoro-RNA aptamers that bind preferentially to disease-associated conformations of prion protein and inhibit conversion.</a> J. Biol. Chem. 278, 39697-39705 (2003).</li>
<li>King, D. J., Safar, J. G., Legname, G., Prusiner, S. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Thioaptamer+interactions+with+prion+proteins%3A+sequence-specific+and+non-specific+binding+sites%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">Thioaptamer interactions with prion proteins: sequence-specific and non-specific binding sites.</a> J. Mol. Biol. 369, 1001-1014 (2007).</li>
<li>Proske, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Prion-protein-specific+aptamer+reduces+PrPSc+formation%5BTitle%5D)+AND+%22ChemBioChem%22%5BJournal%5D)">Prion-protein-specific aptamer reduces PrPSc formation.</a> ChemBioChem. 3, 717-725 (2002).</li>
<li>Murakami, K., Nishikawa, F., Noda, K., Yokoyama, T., Nishikawa, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Anti-bovine+prion+protein+RNA+aptamer+containing+tandem+GGA+repeat+interacts+both+with+recombinant+bovine+prion+protein+and+its+%CE%B2+isoform+with+high+affinity%5BTitle%5D)+AND+%22Prion%22%5BJournal%5D)">Anti-bovine prion protein RNA aptamer containing tandem GGA repeat interacts both with recombinant bovine prion protein and its β isoform with high affinity.</a> Prion. 2, 73-80 (2008).</li>
<li>Luhrs, T., Zahn, R., Wuthrich, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Amyloid+formation+by+recombinant+full-length+prion+proteins+in+phospholipid+bicelle+solutions%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">Amyloid formation by recombinant full-length prion proteins in phospholipid bicelle solutions.</a> J. Mol. Biol. 357, 833-841 (2006).</li>
<li>Bunka, D. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Production+and+characterization+of+RNA+aptamers+specific+for+amyloid+fibril+epitopes%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Biol.+Chem%22%5BJournal%5D)">Production and characterization of RNA aptamers specific for amyloid fibril epitopes.</a> J. Biol. Chem. 282, 34500-34509 (2007).</li>
<li>Ylera, F., Lurz, R., Erdmann, V. A., Furste, J. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Selection+of+RNA+aptamers+to+the+Alzheimer%27s+disease+amyloid+peptide%5BTitle%5D)+AND+%22Biochem.+Biophys.+Res.+Commun%22%5BJournal%5D)">Selection of RNA aptamers to the Alzheimer's disease amyloid peptide.</a> Biochem. Biophys. Res. Commun. 290, 1583-1588 (2002).</li>
<li>Rahimi, F., Murakami, K., Summers, J. L., Chen, C. H., Bitan, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA+aptamers+generated+against+oligomeric+A%CE%B240+recognize+common+amyloid+aptatopes+with+low+specificity+but+high+sensitivity%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">RNA aptamers generated against oligomeric Aβ40 recognize common amyloid aptatopes with low specificity but high sensitivity.</a> PLoS ONE. 4, e7694-e7694 (2009).</li>
<li>Bitan, G., Lomakin, A., Teplow, D. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Amyloid+%CE%B2-protein+oligomerization%3A+prenucleation+interactions+revealed+by+photo-induced+cross-linking+of+unmodified+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Biol.+Chem%22%5BJournal%5D)">Amyloid β-protein oligomerization: prenucleation interactions revealed by photo-induced cross-linking of unmodified proteins.</a> J. Biol. Chem. 276, 35176-35184 (2001).</li>
<li>Rahimi, F., Maiti, P., Bitan, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Photo-induced+cross-linking+of+unmodified+proteins+%28PICUP%29+applied+to+amyloidogenic+peptides%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Vis.+Exp%22%5BJournal%5D)">Photo-induced cross-linking of unmodified proteins (PICUP) applied to amyloidogenic peptides.</a> J. Vis. Exp. , (2009).</li>
<li>Bitan, G., Fradinger, E. A., Spring, S. M., Teplow, D. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Neurotoxic+protein+oligomers-what+you+see+is+not+always+what+you+get%5BTitle%5D)+AND+%22Amyloid%22%5BJournal%5D)">Neurotoxic protein oligomers-what you see is not always what you get.</a> Amyloid. 12, 88-95 (2005).</li>
<li>Bitan, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structural+study+of+metastable+amyloidogenic+protein+oligomers+by+photo-induced+cross-linking+of+unmodified+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Enzymol%22%5BJournal%5D)">Structural study of metastable amyloidogenic protein oligomers by photo-induced cross-linking of unmodified proteins.</a> Methods Enzymol. 413, 217-236 (2006).</li>
<li>Chen, C. H., Chernis, G. A., Hoang, V. Q., Landgraf, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inhibition+of+heregulin+signaling+by+an+aptamer+that+preferentially+binds+to+the+oligomeric+form+of+human+epidermal+growth+factor+receptor-3%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+USA%22%5BJournal%5D)">Inhibition of heregulin signaling by an aptamer that preferentially binds to the oligomeric form of human epidermal growth factor receptor-3.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 100, 9226-9231 (2003).</li>
<li>Adams, D. S. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aAdams%2C+DS+%22Lab+math%3A+a+handbook+of+measurements%2C+calculations%2C+and+other+quantitative+skills+for+use+at+the+bench%22">Lab math: a handbook of measurements, calculations, and other quantitative skills for use at the bench</a>. , Cold Spring Harbor Laboratory Press. (2003).</li>
<li>Gopinath, S. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Methods+developed+for+SELEX%5BTitle%5D)+AND+%22Anal.+Bioanal.+Chem%22%5BJournal%5D)">Methods developed for SELEX.</a> Anal. Bioanal. Chem. 387, 171-182 (2007).</li>
<li>Takahashi, T., Tada, K., Mihara, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA+aptamers+selected+against+amyloid+%CE%B2-peptide+%28A%CE%B2%29+inhibit+the+aggregation+of+A%CE%B2%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Biosyst%22%5BJournal%5D)">RNA aptamers selected against amyloid β-peptide (Aβ) inhibit the aggregation of Aβ.</a> Mol. Biosyst. 5, 986-991 (2009).</li>
</ol>

SELEX sürecinin başlangıç ​​noktası, genellikle 10 12 -10 15 dizileri içeren bir rasgele oligonükleotid kütüphane sentezi . RNA SELEX, burada gösterdi ise DNA SELEX, bu kütüphane, bir ssDNA havuz oluşturulur sonra doğrudan kullanılır, ssDNA kütüphane in-vitro transkripsiyon tarafından enzimatik bir RNA havuzu ilk dönüştürülür. Sonra her döngü maruz kalma ve amaçlanan hedef için oligonükleotidler bağlayıcı oluşur sayede SELEX bağlayıcı olmayan dizileri ve bağlayıcı dizilerinin elüsyon bağla...

<table><tbody><tr><td>A&amp;#946;40</td><td>UCLA Biyopolimerler Laboratuvarı</td><td></td><td>Liyofilize toz</td></tr><tr><td>MX5 Otomatik-S Mikroterazi</td><td>Mettler Toledo</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Silikon kaplı, 1,6 ml'lik tüpler</td><td>Denville Scientific</td><td>C19033 veya C19035</td><td></td></tr><tr><td>1,1,1,3,3,3-heksafluoro-2-propanol (HFIP)</td><td>TCI America</td><td>H0424</td><td>Çeker ocakta kullanın.</td></tr><tr><td>Amonyum persülfat</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A-7460</td><td>Çözelti berraklaşana kadar vorteksleyin. APS her seferinde taze olarak hazırlanmalı ve 48 saat içinde kullanılmalıdır.</td></tr><tr><td>Tris(2,2-bipridil)diklororutenyum(II) hekzahidrat</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>Lütfen çevrilecek metni sağlayın. Metni gönderdiğinizde, belirttiğiniz tüm bilimsel ve akademik standartlara uygun olarak profesyonel Türkçe çevirisini gerçekleştireceğim.</td><td>Çözelti berraklaşana kadar vorteksleyin. Reajeni ortam ışığından korumak için RuBpy tüpünü folyo ile kaplayın. RuBpy her seferinde taze olarak hazırlanır ve 48 saat içinde kullanılmalıdır.</td></tr><tr><td>Ditiotreitol (DTT)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>43815</td><td></td></tr><tr><td>D-Tuz&amp;#8482; Excellulose&amp;#8482; tuz giderme kolonları</td><td>Thermo Fisher Scientific, Inc.</td><td>20449</td><td></td></tr><tr><td>Amonyum asetat</td><td>Fisher Scientific</td><td>A637-500</td><td></td></tr><tr><td>Silikon kaplı, 0,6 ml'lik tüpler</td><td>Denville Scientific</td><td>C19063</td><td></td></tr><tr><td>Novex Tricine Jelleri (10&amp;#8211;20%)</td><td>Invitrogen</td><td>EC6625B0X</td><td>10 kuyucuklu; mini boyut (8 cm X 8 cm); 25 &amp;#x03BC;kuyu başına yükleme hacmi; ayırma aralığı 5 kDa ile 40 kDa arası</td></tr><tr><td>Kuvars küvet</td><td>Hellma</td><td>105.250-QS</td><td></td></tr><tr><td>Beckman DU 640 spektrofotometre</td><td>Beckman Coulter Inc.</td><td></td><td></td></tr><tr><td>ssDNA kütüphanesi</td><td>Integrated DNA Technologies</td><td>Özel siparişle getirtilmiş</td><td>Kütüphane, primer bağlanma ve klonlama bölgelerini içeren iki sabit bölge ile çevrelenmiş 49 rastgele nükleotid içerecek şekilde tasarlanmıştır: 5&amp;rsquo;-TAA TAC GAC TCA CTA TAG GGA ATT CCG CGT GTG C (N:25:25:25:25%) (N)&lt;sub&gt;49&lt;/sub&gt; G TCC GTT CGG GAT CCT C-3&amp;rsquo;</td></tr><tr><td>Taq DNA polimeraz</td><td>USB Corp., Affymetrix</td><td>71160</td><td>Rekombinant &lt;em&gt;Thermus aquaticus&lt;/em&gt; 10 ile birlikte sağlanan DNA Polimeraz&amp;#215; PCR Tamponu ve 25 mM MgCl₂ içeren ayrı bir tüp&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt; rutin PCR için.</td></tr><tr><td>PCR Nükleotid Karışımı, 10 mM çözelti</td><td>USB Corp., Affymetrix</td><td>77212</td><td>(her biri 10 mM dATP, dCTP, dGTP, dTTP)</td></tr><tr><td>İleri primer</td><td>Integrated DNA Technologies</td><td>Özel siparişli</td><td>5&amp;rsquo;-TAA TAC GAC TCA CTA TAG GGA ATT CCG CGT GTG C-3&amp;rsquo;</td></tr><tr><td>Ters primer</td><td>Integrated DNA Technologies</td><td>Özel siparişle temin edilen</td><td>5&amp;rsquo;-GAG GAT CCC GAA CGG AC-3&amp;rsquo;</td></tr><tr><td>Termal döngüleyici</td><td>Denville Scientific</td><td>Techne TC-312</td><td></td></tr><tr><td>QIAquick PCR Purification Kit (50)</td><td>Qiagen</td><td>28104</td><td></td></tr><tr><td>Agaroz</td><td>Denville Scientific</td><td>CA3510-8</td><td></td></tr><tr><td>O-ringli kapaklı, konik, steril 1,6 ml'lik tüpler</td><td>Denville Scientific</td><td>C19040-S</td><td></td></tr><tr><td>RiboMAX&amp;#8482; Büyük Ölçekli RNA Üretim Sistemi&amp;#8211;T7</td><td>Promega Corp.</td><td>P1300</td><td>Kit şunları içerir: 120 &amp;#x03BC;Enzim Karışımı (RNA polimeraz, rekombinant RNasin&amp;#174; ribonükleaz inhibitörü ve rekombinant inorganik pirofosfataz); 240 &amp;#x03BC;l transkripsiyon 5 tamponu; 100 &amp;#x03BC;her biri 100 mM olan 4 rNTP, 110 U RQ1 RNazden arındırılmış DNaz, 1 U/&amp;#x03BC;l; 10 &amp;#x03BC;lineer kontrol DNA, 1 mg/ml; 1 ml 3M sodyum asetat (pH 5.2); 1,25 ml nükleaz içermeyen su</td></tr><tr><td>&amp;alpha;-&lt;sup&gt;32&lt;/sup&gt;P-sitidin 5&amp;rsquo;-trifosfat, 250 &amp;mu;Ci (9,25 MBq), </td><td>PerkinElmer, Inc.</td><td>BLU008H250UC</td><td>Spesifik Aktivite: 3000 Ci (111 TBq)/mmol, 50 mM Trisin (pH 7,6)</td></tr><tr><td>Sitratla doyurulmuş fenol:kloroform:izoamil alkol (125:24:1, pH 4,7)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>77619</td><td></td></tr><tr><td>Kloroform:İzomil alkol (24:1)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>C0549</td><td></td></tr><tr><td>Moleküler biyoloji için absolut etanol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>E7023</td><td></td></tr><tr><td>Z216-MK soğutmalı mikrocentrifüj</td><td>Denville Scientific</td><td>C0216-MK</td><td></td></tr><tr><td>illustra ProbeQuant&amp;#8482; G-50 Mikro Kolonlar</td><td>GE Healthcare</td><td>Fisher Scientific'ten temin edilmiştir (45-001-487)</td><td>Sephadex ile önceden doldurulmuş&amp;#8482; G-50 DNA Grade ve biyosit olarak %0,15 Kathon içeren STE tamponu ile önceden dengelenmiş</td></tr><tr><td>Triathler Masaüstü Sintilasyon Sayıcı</td><td>Hidex Oy, Turku, Finlandiya</td><td>Triathler LSC Modeli: 425-034</td><td></td></tr><tr><td>Novex&amp;#174; TBE-Üre Örnek Tamponu (2X)&amp;#215;)</td><td>Invitrogen</td><td>LC6876</td><td></td></tr><tr><td>%6 TBE-Üre Jelleri 1,0 mm, 10 kuyucuklu</td><td>Invitrogen</td><td>EC6865BOX</td><td></td></tr><tr><td>Novex&amp;#174; TBE Çalıştırma Tamponu (5&amp;#215;)</td><td>Invitrogen</td><td>LC6675</td><td></td></tr><tr><td>Radyoaktivite dekontaminantı</td><td>Fisher Scientific</td><td>04-355-67</td><td></td></tr><tr><td>Jel yükleme uçları</td><td>Denville Scientific</td><td>P3080</td><td></td></tr><tr><td>XCell &lt;em&gt;SureLock&lt;/em&gt; Mini-Hücre</td><td>Invitrogen</td><td>EI0001</td><td>XCell &lt;em&gt;SureLock&lt;/em&gt; Mini-Hücre</td></tr><tr><td>Otoradyografi filmi</td><td>Denville Scientific</td><td>E3018</td><td>Tam karanlıkta kullanın</td></tr><tr><td>Otoradyografi filmi, Hyperfilm&amp;#8482; Elektrokemilüminesans</td><td>Amersham</td><td>RPN3114K</td><td>Kırmızı güvenli ışık altında kullanılabilir.</td></tr><tr><td>Membran diskler</td><td>EMD Millipore</td><td>GSWP02500</td><td>Karışık selüloz ester, hidrofilik, 0.22-&amp;#x03BC;m-disc membranlar</td></tr><tr><td>125 ml'lik balon için fritli cam destek tabanı</td><td>VWR international</td><td>26316-696</td><td></td></tr><tr><td>Petri kapları</td><td>Fisher Scientific</td><td>08-757-11YZ</td><td></td></tr><tr><td>Üre</td><td>Fisher Scientific</td><td>AC32738-0050</td><td></td></tr><tr><td>EDTA</td><td>Fisher Scientific</td><td>118430010</td><td></td></tr><tr><td>Glikojen</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>G1767</td><td></td></tr><tr><td>Moleküler biyoloji için 2-Propanol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>I9516</td><td></td></tr><tr><td>Rekombinant RNaz inhibitörü</td><td>USB Corp., Affymetrix</td><td>71571</td><td></td></tr><tr><td>ImProm-II&amp;#8482;Ters Transkripsiyon Sistemi</td><td>Promega Corp.</td><td>A3802</td><td></td></tr><tr><td>Rekombinant RNaz inhibitörü</td><td>USB Corp., Affymetrix</td><td>71571</td><td></td></tr><tr><td>RapidRun&amp;#8482; Yükleme Boyası</td><td>USB Corp., Affymetrix</td><td>77524</td><td></td></tr></tbody></table>

amiloid beta-protein, alzheimer hastalığının etkeni aptamers seçimi

Selection of Aptamers for Amyloid &beta;-Protein, the Causative Agent of Alzheimer&#39;s Disease

Alzheimer hastalığı (AH) 1 presymptomatic tanı zor kılan sinsi bir seyir ile ilerici, yaşa bağlı, nörodejeneratif bir bozukluktur . Kesin MS tanısı, böylece AD presymptomatic, erken tanı, etkin tedaviler 2,3 geliştirmek ve yönetmek için çok önemlidir kurulması, sadece postmortem elde edilir. Β amiloid protein (Aβ), MS patogenezinde merkezi. Çözünür, oligomerik Aβ meclisleri AD 4,5 nörotoksisite altında yatan sinaptik fonksiyon bozukluğu ve nöron kaybı etkilediğine inanılmaktadır . Çözünür Aβ meclislerinin çeşitli şekillerde tarif edilmiştir, ancak onların ilişkileri ve AD etyolojisi ve patogenezi ile ilgili karmaşık ve iyi 6 anlaşılmış değildir. Spesifik moleküler tanıma araçları Aβ meclisleri arasındaki ilişkiler çözülmeye ve belirtiler ortaya çıkmadan önce erken hastalık seyri bu meclislerin tespiti ve karakterizasyonu kolaylaştırmak. Moleküler tanıma antikorlar genellikle dayanır. Ancak, moleküler tanıma araçları, aptamers, alternatif bir sınıfı antikorların 7,8 göre önemli avantajlar sunuyor. Üstel zenginleştirme (SELEX) 9,10 ligandların sistematik evrim: Aptamers in-vitro seçim tarafından oluşturulan oligonükleotidler. SELEX Darwinci evrim benzer sağlar, iteratif bir süreç seçimi, amplifikasyon, zenginleştirme, ve devamına bir özellik, örneğin, arzulu, özel, ligand bağlanması (aptamers) veya katalitik aktivitesi (ribozimlerle rekabet ederek geçmişlerdir ve DNAzymes). Modern biyoteknoloji ve tıp 11 aptamers araçları olarak ortaya çıkması rağmen, amiloid alanında atıl olmuştur. Birkaç RNA veya ssDNA aptamers prion proteinlerin (PrP) 12-16 çeşitli biçimlerine karşı seçilmiştir. Rekombinant sığır PrP karşı oluşturulan bir RNA aptamer amiloid fibrillerinin 18 formları tam uzunlukta PrP çözünür, polimerik, β-tabaka zengin konformasyonel varyant, sığır PrP-β 17 tanımayı gösterildi. Aptamers fibriler β 2-mikroglobulin (β 2 m) yanı sıra, diğer bazı amiloidojenik proteinlerin β 2 m fibrillerin 19 fibriller bağlamak bulundu monomerik ve çeşitli formları kullanılarak oluşturulur. Ylera et al. immobilize monomerik Aβ40 20 karşı seçilen RNA aptamers nitelendirdi. Beklenmedik bir şekilde, bu aptamers fibriler Aβ40 bağlı. Toplamda, bu veriler, birçok önemli soruları gündeme. Neden monomerik proteinlere karşı seçilen aptamers polimerik biçimlerini biliyoruz? Amiloidojenik proteinler monomerik ve / veya oligomerik formları karşı aptamers elde edilebilir? Bu sorulara yanıt için, biz, fotoğraf kaynaklı çapraz bağlama (PICUP) 22,23 değiştirilmemiş proteinleri kullanılarak oluşturulan kovalent stabilize oligomerik Aβ40 21 aptamers seçmek için çalıştı . Önceki bulgularla 17,19,20 benzer şekilde, bu aptamers muhtemelen yapısal bir aptatope 21 potansiyel ortak amiloid tanıma Aβ ve diğer bazı amiloidojenik proteinler liflerinde tepki gösterdi. Burada, biz, bu aptamers 21 üretiminde kullanılan SELEX metodoloji mevcut .

Aptamers tarafından seçilen kısa ribo-/deoxyribo-oligonucleotides<em&gt; In-vitro</em&gt; Belirli bir hedef için yakınlığına göre evrim yöntemleri. Aptamers, tedavi, tanı ve araştırma çok yönlü uygulamaları ile moleküler tanıma araçları. Biz amiloid beta protein, Alzheimer hastalığının etkeni aptamers seçimi için yöntemler göstermektedir.

Amiloid beta-Protein, Alzheimer hastalığının etkeni Aptamers Seçimi

Alzheimer hastalığı (AH); sinsi seyri nedeniyle semptom öncesi teşhisini ... hale getiren, progresif, yaşa bağımlı, nörodejeneratif bir bozukluktur.

Seçim deneylerinin genel amacı, RNA Selects kapsamında bir hedef proteine spesifik ve güçlü bir şekilde bağlanan RNA moleküllerini seçmektir. Bu işlem, rastgele DNA oligonükleotidlerinden oluşan bir kütüphaneden in vitro RNA transkripsiyonu yapılması ve ardından transkribe edilen RNA havuzunun hedef protein ile inkübe edilmesiyle gerçekleştirilir. İkinci bir adım olarak filtre bağlanması kullanılır.Bu işlem, hedef bağlayıcı RNA moleküllerini, bağlanmamış RNA havuzundan ayırır. Ardından, hedef bağlayıcı RNA molekülleri belirlenir. Ters transkripsiyon ile D-N-A-P-C-R ile amplifiye edilir ve tekrar RNA'ya transkribe edilir.Şu anda bazı bağlayıcı aptamerler açısından zenginleşmiş olan bu RNA havuzu, bir sonraki seçim döngüsünde hedefe bağlanmak için kullanılır. Genellikle sekiz ila 20 döngüden sonra, yüksek aviditeye sahip hedefe özgü aptamerler seçilir ve karakterize edilir. Merhaba, ben UCLA Nöroloji Bölümü'nden Gal Bean, bugün Far Rahimi.Laboratuvarımdaki kıdemli bir doktora sonrası araştırmacı, cellex adı verilen bir işlemi uygulamalı olarak gösterecek. Laboratuvarımızda bu işlemi, amiloid beta oligomerleri için ab'leri seçmek amacıyla kullandık. Öyleyse başlayalım.Okuma kısmı tama

selection-aptamers-for-amyloid-protein-causative-agent-alzheimer-s

Research

JoVE Journal

Neuroscience

Sinirbilim

Biz insan kortikal homojenatlarında açıklık, SDS-PAGE ile protein ayırma, antijen alımı ve Aβ peptid antikor immunoblotting hazırlanması için kullanılan bir tekniktir açıklar. Bu protokolü kullanarak, biz sürekli olarak insanlarda Alzheimer patolojisi olan kortikal doku monomerik ve multimer Aβ algılar.

İnsan Kortikal Doku Aβ multimerlerin SDS-PAGE/Immunoblot Algılama Antijen-epitop Alma kullanarak homojenatlarında

Atomik kuvvet mikroskobunu biyopanlama teknolojisi ile birlikte kullanarak, düşük konsantrasyonlarda bile herhangi bir biyolojik materyalde bulunan hastalığa özgü protein varyantlarına karşı antikorlar elde etmek için negatif ve pozitif bir biyopanlama sistemi oluşturduk.  Amyotrofik Lateral Sklerozda rol oynayan TDP-43 protein varyantlarına karşı antikor elde etmede başarılı olduk.

Amyotrofik Lateral Skleroz TDP-43 Türevleri karşı Morfoloji Özel Reaktifler İzolasyonunda Roman Atomik Kuvvet Mikroskobu Tabanlı biopanning

Hücre yüzey proteinlerinin nakil nispeten kolay çalışılan birlikte, hücre içi proteinlerin kaçakçılığı görselleştirme çok daha zordur. Burada, biz fotoaktıfleştırılebılır GFP içeren yapıları kullanmak ve doğru aşağı akım bölmelerine Golgi aygıtı gelen amiloid öncü proteinin izleyin ve açıklığını takip etmek bir yöntem ortaya koymaktadır.

Photoactivatable GFP ile APP Hücre içi Ticareti Görüntüleme

Aβo'nun etkilerini in vivo olarak incelemek için, Aβo'nun nörotoksik etkisine karşı koymak için ozmotik pompalar kullanarak hipokampusta sürekli Aβo antikoru (6E10) infüzyonu ile birlikte çözünür Aβo'nun tekrarlanan hipokampal infüzyonlarına dayanan bir model geliştirdik.

Kronik Amiloid beta Oligomer İnfüzyon bir hayvan Modelinde Nörodejenerasyon Osmotik Pompalar ile Antikor Tedavisi infüzyon ile giderilir

Bu yazıda oligomer oluşturabilen yüksek saflıkta amiloid beta 42 (Aβ42) ve amiloid beta 40 (Aβ40) peptidler, veren bir özel HPLC arıtma protokolü sunduk. Amiloid P Alzheimer hastalığında rol yüksek çekiş eğilimli hidrofobik peptittir. peptid amiloidojenik doğası onun saflaştırma bir meydan okuma yapar.

Bir Ismarlama HPLC Arıtma Protokolü That Oligomer Formasyonu Yetenekli Verim Yüksek saflıkta Amiloid Beta 42 ve Amiloid Beta 40 peptidler,

Deterjan çözünmez protein toplamları--dan insan öldükten sonra beyin zenginleştirme için bir kısaltılmış Ayırma Protokolü tanımlanır.

Deterjan çözünmez Protein toplamları--dan insan öldükten sonra beyin zenginleştirme

Bu iletişim kuralı bir sentetik peptid vitro üzerinden Aβ reaksiyonlar hazırlamak için ve göreli Aβ oligomer miktarda analiz kurutma bir nokta tarafından değerlendirmek için açıklar.

A11-pozitif β-amiloid Oligomer hazırlama ve değerlendirme sistemini kullanarak Dot Blot Analizi

Moleküler görüntüleme matris yardımlı lazer desorpsiyon/iyonlaşma tabanlı görüntüleme kütle spektrometresi (maldı-IMS) ile birden çok analitler eş zamanlı haritalama biyolojik örnekleri sağlar. Burada, Alzheimer hastalığı ve serebral amiloid angiopathy örnekleri maldı-IMS kullanarak beyin dokuları algılama ve görselleştirme amiloid β protein için bir iletişim kuralı mevcut.

Amiloid β mevduat matris yardımlı lazer desorpsiyon/iyonlaşma kütle spektrometresi Imaging ile insan beynindeki görselleştirme

Mevcut protokol, Alzheimer hastalığının APP / PS1 transgenik fare modelinde amiloid-beta yükünü ölçmek için sagital fare beyin bölümlerinin tam bölge veya alt bölge analizini gerçekleştirme prosedürünü açıklar ve karşılaştırır.

Fare Beyin Bölümlerinde Amiloid-Beta Yükünün Tam ve Alt Bölgesel Nicelleştirilmesi

Kütle spektrometrisine dayalı proteomik analiz ile bu biyokimyasal saflaştırma yöntemi, Alzheimer hastalığını önleme hedeflerinin belirlenmesini hızlandırabilecek amiloid fibril çekirdeklerinin sağlam karakterizasyonunu kolaylaştırır.

Beyinden Amiloid Fibril Çekirdeklerinin Biyokimyasal Saflaştırılması ve Proteomik Karakterizasyonu

Burada, insan γ-sekretazı yeniden yapılandıran bir maya sistemini tarif ediyoruz. Bu sistem, aktiviteyi etkileyen mutasyonların tanımlanmasına ve incelenmesine ve γ-sekretaz inhibitörlerinin (GSI'ler) taranmasına izin verir. Ailesel Alzheimer hastalığı mutantlarının fonksiyon kaybı özelliklerini kullanarak, γ-sekretaz modülatörlerini (GSM'ler) taramak mümkündür.

Saccharomyces cerevisiae Amiloid Beta Üretimini Etkileyen Genleri, Mutasyonları ve Kimyasalları γ-Sekretaz ile Taramak için Alzheimer Hastalığı Modelleri

Keşfedin, amiloid beta-protein için RNA aptamer seçimi yöntemini in vitro evrim süreçleri kullanarak. Bu teknik, Alzheimer hastalığı araştırmalarında tanı ve tedavi uygulamaları için potansiyel sunar.

Amiloid beta-Protein, Alzheimer hastalığının etkeni Aptamers Seçimi

Daha fazla video keşfet