Name: Emerald Kül Freze Gen İfade Analizi ( Agrilus planipennis) Kullanarak Kantitatif Real Time PCR (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2010-05-04T17:00:00.000+00:00
Duration: 11 min 22 s
Description: Öğrenin, zümrüt kül frezesi (Agrilus planipennis) larva dokularında ve gelişim evrelerinde qRT-PCR ile gen ifade analizi yapmayı. Bu yöntem, zararlı böceğin biyolojisini anlamaya ve mücadele stratejileri geliştirmeye yardımcı olur.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

Biz deneylerin kurulum, Lourdes Delta Arrueta Antequera (Entomoloji Bölümü, Ohio State Üniversitesi / OARDC, Wooster, OH) tarafından sağlanan yardım kabul etmiş sayılırsınız. Dr Therese Polonya (USDA, Orman Hizmetleri, NRS) EAB larva örnekleri göndermek için teşekkür ederim. Yardım mikroskop kurulum takdir Dr. Luis Canas ve Nuriş M Acosta tarafından sağlanan. Ohio Tarımsal Araştırma ve Geliştirme Merkezi, Ohio State Üniversitesi tahsis Eyalet ve Federal fonları tarafından bu proje için finansman sağlanmıştır.

Farklı adımlar ile tam protokolü akış şeması Şekil 1'de gösterilmiştir. Diseksiyonu oluşturan bireysel adımlar, RNA ekstraksiyon, İlk Strand cDNA sentezi ve QRT-PCR aşağıda ayrıntılı olarak açıklanmıştır. I. Larvaların Diseksiyon <ol><li> Bu prosedürün başlaması, yer Emerald kül delici veya EAB, nemli kağıt mendil larvaları önce diseksiyonu kadar. Taze hazırlanan 1X fosfat diseksiyonu boyunca tampon soğuk tutmak için buz üzerinde, ya da PBS, tamponlu salin tutun. </li><li> Başlamak için, ince diseksiyon iğneli diseksiyon plaka üzerinde EAB larvaları düzeltin. Daha sonra, diseksiyon plaka soğuk 1X PBS ekleyin. </li><li> İlk olarak, iyi bir çift ile diseksiyon makas larvaları başını kesmek. Daha sonra larva son karın segment çıkarın. </li><li> Forseps bir saatçi çifti kullanarak, larva karkas manikür kaldırın. Sonra bir makas kullanarak karkas uzunluğu boyunca bir kesi yapmak. Kesi yapılır rüptürü bağırsak dikkat çekin. </li><li> Midgut dokusu, yağ organları ve bağ dokusu gibi diğer dokulardan dikkatle izole eder. Daha sonra, taze 1X PBS fatbody kirlenme var olduğundan emin olmak için doku durulayın. 1.5 ml Eppendorf tüp önceden soğutulmuş Trizol reaktifin 500 mcL izole midgut aktarın. </li><li> Sonra, forseps kullanarak yağ vücut doku izole etmek ve soğutulmuş Trizol reaktif 500 mcL içeren 1.5 ml Eppendorf tüp içine aktarın. </li><li> Son olarak, doku bütünlüğü zarar vermemeye özen kalarak, herhangi bir doku hurdaya larva karkas kütikula doku izole eder. Taze PBS izole manikür doku durulayın ve soğutulmuş Trizol reaktif 500 mcL ile 1.5 ml Eppendorf tüpüne aktarın. </li><li> Vücut, manikür ve midgut izole yağ dokuları -80 ° C kadar RNA ekstraksiyon saklanabilir. </li><li> RNA ekstraksiyonu için hazırlanmasında, çeşitli EAB örnekleri gelişim aşamalarına göre sıralayabilirsiniz. Bu aşamalar, 1.-2., 3., ve 4. instars prepupae ve yetişkinler içerir. </li></ol> II. RNA Ekstraksiyon (başına üretici s Trizol Reaktif kullanarak protokol olarak) Homojenizasyon <ol><li> RNA Ekstraksiyon başlamak için, ilk Trizol içeren 1.5 ml Eppendorf tüpleri dokular homojenize plastik havan kullanabilirsiniz. Homojenizasyon sonra, her örnek 1'e mL Trizol reaktifi ile toplam hacmi getirir. </li><li> Gelişimsel aşamaları için, bir havanda sıvı nitrojen içinde tüm hayvan homojenize. Sonra Homojenat bir kısım Trizol 1 mL (50 mg) ekleyin. </li></ol> Faz ayırma: <ol start="3"><li> Oda sıcaklığında 15 dakika için 1 ml Trizol numune tüpleri ile inkübe edin. </li><li> Inkübasyondan sonra, her tüpe kloroform 200μL ekleyin. Kloroform ekleyerek hemen sonra, tüpler yaklaşık 15 saniye boyunca kuvvetlice sallayın. Daha sonra, tüpler oda sıcaklığında 2-3 dakika inkübe edin. </li><li> Ardından, 2 ° C'de 15 dakika boyunca 12.000 XG örnekleri santrifüj Santrifüj sonra, RNA sulu faz olacaktır. Sulu fazın hacmi 600 ul, ya da toplam Trizol hacmi% 60 olmalıdır. </li></ol> RNA yağış <ol start="6"><li> Sadece sulu faz dikkatlice çıkarın. Sulu faz altındaki maddelerin varlığı çıkarılan RNA kontaminasyonu neden olacaktır. Sonra uygun bir şekilde etiketlenmiş 1.5 ml Eppendorf tüp içine sulu faz transfer. </li><li> RNA, sulu faz hızlandırabilir her tüpe 0,5 ml izopropil alkol karışımı için. Örnekleri oda sıcaklığında 10 dakika inkübe edin. Inkübasyondan sonra, 2 ° C'de 10 dakika 12.000 xg'de tüpler santrifüj </li></ol> RNA yıkayın <ol start="8"><li> Santrifüj sonrasında tüplerin süpernatant atın. RNA tüpün alt kısmında oluşan jel gibi pelet mevcut. Trizol 1 ml başına% 75 etanol en az 1 ml ekleyerek, pelet% 75 etanol ile yıkayın. Vorteks ile karıştırın. Ardından, 2 ° C'de 5 dakika 7500Xg tüpler santrifüj </li></ol> RNA elüsyon <ol start="9"><li> Tüplerinden süpernatant atın. 1 dakika için küçük bir tablo santrifüj tüpleri tekrar santrifüjleyin. Dikkatli pipetleme tüpten herhangi bir aşırı süpernatantı. Tüpün açık bırakın ve pelet hava 5-10 dakika kurumasını bekleyin. Çözünürlüğünü önemli ölçüde azalacaktır üzerinde pelet kuruması için dikkatli olun. </li><li> Pelet hava Kuruduktan sonra tekrar süspansiyon <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Diethylpyrocarbonate">diethylpyrocarbonate</a> ya da DEPC, arıtılmış su. Pelet tekrar süspansiyon için kullanılan su miktarı, pelet boyutuna bağlı olacaktır. 50 mcL sm için DEPC arıtılmış su kullanınbüyük bir pelet için tüm pelet veya 100 mcL. Pelet tamamen birkaç kez pipet ucu aşağı yukarı hareket ve DEPC arıtılmış su içinde çözülür. </li><li> Pelet çözünmüş sonra, 55 ° C'de 10 dakika için örnek bir yer. </li><li> Sonra Nanodrop spektrofotometre (RNA örnek 2 mcL) kullanarak her bir RNA örnek konsantrasyonu ölçer. </li><li> , -80 RNA örnekleri Mağaza ° C daha sonra kullanmak kadar. </li></ol> III. İlk Strand cDNA sentezi (Invitrogen Üst Simge ilk iplikçik Sentez kiti kullanılarak başına üretici s protokolü gibi.) <ol><li> Her RNA örnek için PCR tüpü aşağıdaki ekleyin: <table border="0"><tbody><tr><td> RNA </td><td> x ul </td></tr><tr><td> 10mM dNTP mix M </td><td> 1μl </td></tr><tr><td> Oligo (dt) (0.5 mg / ml) </td><td> 1 ul </td></tr><tr><td> DEPC su tedavi </td><td> (8-x) ul </td></tr><tr><td> Toplam Hacim: </td><td> 10 ul </td></tr><tr><td colspan="2"> Not: x cDNA sentezi için kullanılan RNA hacmi. RNA RNA konsantrasyonuna bağlı olarak, 2-3 mg her reaksiyon için kullanılan ve her bir reaksiyon toplam hacmi 10 ul olmalıdır. </td></tr></tbody></table></li><li> 4 dakika 65 yaşında bir termalcycler Yukarıdaki reaksiyon karışımı ° C yerleştirin. </li><li> Theromocyler tüpleri çıkarın ve en az 2 dakika boyunca hemen buz koyun. </li><li> Aşağıdaki ekleyerek ilk iplikli master karışımı hazırlayın: <table border="0"><tbody><tr><td> 10X RT Tampon </td><td> 2μl </td></tr><tr><td> 25mm MgCl 2 </td><td> 4 ul </td></tr><tr><td> 0.1M DTT </td><td> 2 ul </td></tr><tr><td> RNaz çıkışı </td><td> 1 ul </td></tr></tbody></table></li><li> RNA örnek içeren her tüp, pipeting karışım 9 ul ana karışımı ekleyin ve karışımı kısaca santrifüj. </li><li> PCR tüpleri geri koyun ve 42 ° C'de 2 dakika boyunca inkübe </li><li> Pause termalcycler ve her tüpe 1 ul Üstsimge II ters transkriptaz enzim (Invitrogen) ekleyin. Bu adım, hızla yapılmalıdır. </li><li> Örnekleri, 1.5 saat boyunca 42 ° C'de inkübe edin. </li><li> 70 ° C'de 15 dakika için reaksiyon sonlandırın. </li><li> PCR tüpleri çıkarın ve buz üzerine koyun. </li><li> Her tüpe 1 RNaz H ul ekleyin ve 37 termalcycler yerine geri ° C 20 dakika. </li><li> PCR örnekleri alındıktan sonra, her bir tüp içinde 20 ul nükleaz içermeyen su ekleyin. Bu aşamada, her bir örnek hacmi iki katına çıkar. </li><li> Örnek 2 ul kullanarak her bir numune konsantrasyonu kontrol edin. QRT-PCR kullanımı için 20ng/μl konsantrasyonu yapmak için, her bir numune kısım alın. 20ng/μl bir konsantrasyon örnekleri makyaj su miktarı ilk sentezlenen cDNA konsantrasyonuna bağlı olacaktır. </li></ol> IV. Mah-PCR: Primer Tasarım ve referans gen belirlenmesi <ol><li> 60 ° C ve ~ 100bp bir ürün boyutu bir erime sıcaklığı (Tm) Tasarım primerler. </li><li> AP-PERI1 Bu deneyde ilgi gen olarak kullanılır. Daha sonra analiz ve veri normalleşmesi için bir referans gen ya da iç kontrol gereklidir. Ribozomal protein (AP-RP1) Bu deneme için referans gen olarak kullanılır. </li><li> Referans gen dahil olmak üzere kullanılacak astar, 5uM çalışma stokları hazırlayın. </li></ol> Standartların hazırlanması <ol start="4"><li> Standartları yapılabilir kullanılan primerler verimliliğini hesaplamak için. </li><li> Farklı örnekleri test edilecektir cDNA bir karışımını olun. </li><li> Grafikte istenen her nokta için 5X seri dilüsyonları olun. Dört dilüsyonları yeterli olacaktır, ancak beş son derece tavsiye edilir. </li><li> Hacmi kaç puan ve kaç teknik çoğaltır kullanılan bağlı olarak değişir. Yeterli referans gen dahil olmak üzere test edilen her bir gen için bir standart olmalı. </li></ol> Plaka Şablon <ol start="8"><li> QRT-PCR plaka, her bir kuyu için örnek adını gösteren bir şablon tasarlayın. Her bir gen için standartlar ve en az iki teknik örnek başına çoğaltır eklemeyi unutmayın. </li></ol> Bisiklet parametrelerini ayarlamak <ol start="9"><li> Mah-PCR Makineyi açın ve bisiklet parametreleri girin. Bu deneme için bisiklet parametreleri aşağıdaki gibi: Adım 1: <ul><li> 1 döngüsü: 95 ° C'de 3 dakika </li></ul> Adım 2: <ul><li> 40 döngü: 95 ° C 15 saniye 60 ° C'de 30 sn (Opsiyonel: erime eğrisi belirlemek için aşağıdaki adımları içerir) </li></ul>Adım 3: <ul><li> 1 periyot: 95 ° C 1 dakika </li></ul> Adım 4: <ul><li> 1cycle: 55 ° C 1 dakika </li></ul> Adım 5: <ul><li> 81 döngüleri: 55 ° C 'de 30 sn </li></ul></li></ol> Tabak CFX96 (BioRad) makine kurdu <ol start="11"><li> Ayrı bir tüp (referans gen dahil olmak üzere) her bir gen için master karışımı hazırlayın. Her bir kuyu için, ana karışımı oluşur. <table border="0"><tbody><tr><td> Nükleazlar ücretsiz su </td><td> 2μl </td></tr><tr><td> 2.5 X SYBR yeşil </td><td> 4 ul </td></tr><tr><td> Ileri Astar </td><td> 1 ul </td></tr><tr><td> Primer ters </td><td> 1 ul </td></tr><tr><td> Toplam hacim </td><td> Ul 8 </td></tr></tbody></table></li><li> Hazırlarken ana karışımı pipetleme hataları hesaba 1-2 ekstra reaksiyonları içerir. </li><li> Önceden tasarlanmış şablon göre, 2 mcL (20 ng / mcL) her iyi için cDNA ekleyin. Daha sonra, reaksiyon başına 10 mcL toplam hacmi, her bir kuyunun ana karışımı 8 mcL ekleyin. </li><li> Numune iyice karıştırılır emin olmak için yukarı ve aşağı Pipet (2-3X). Herhangi bir sıvı ucu açık kalır emin olun. Çapraz kontaminasyonu engellemek için, her bir örnek için yeni bir ucu kullanın. </li><li> Tüm plaka kurulum sonra, optik bant ile plaka kapsar. Gres varlığı okuma etkileyebilir bant dokunmaktan kaçının. Daha sonra plaka, plakanın altındaki kuyularda tüm ürünler olduğundan emin olmak için 1 dakika için 500 rpm'de santrifüj. </li><li> Santrifüj sonrasında, plakanın alt tarafında herhangi bir buz veya su olup olmadığını kontrol edin. Son olarak, Mah-PCR makine plaka ve PCR programı çalıştırın. </li></ol> V. Deney şematik Temsilciliği <img src="/files/ftp_upload/1974/1974fig1.jpg" alt="Şekil 1" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="Şekil 1"> Şekil 1: Akış şeması, gen ekspresyonu çalışma için adımları sırayla resmeden . <img src="/files/ftp_upload/1974/1974fig2.jpg" alt="Şekil 2" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="Şekil 2"> Şekil 2: ortasında midgut gösteren A) larva EAB diseksiyonu. B) larva EAB izole midgut <img src="/files/ftp_upload/1974/1974fig3.jpg" alt="Şekil 3" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="Şekil 3"> Şekil 3: A) Ortalama manikür (Cu), midgut (MG) ​​ve yağ organları (FB) dahil olmak üzere farklı larva dokularında peritrophin geni (AP-PERI1) göreceli ifade değerleri (devir). EAB özel bir ribozomal protein (burada adlı AP-RP1) ilgi gen, AP-PERI1 elde edilen veriler normalleştirilmesi için iç kontrol olarak kullanıldı . B) larva dokularında AP-PERI1 Göreli kat değişim. Manikür doku en az ifade gösterdi ve bu nedenle kalibratör (1X) örnek (Pfaffl 2001) olarak alınmıştır. <img src="/files/ftp_upload/1974/1974fig4.jpg" alt="Şekil 4" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="Şekil 4"> Şekil 4: A) Ortalama EAB larva instars (1., 2., 3. ve 4.), prepupae (PP) ve yetişkinler (A) dahil olmak üzere farklı gelişim evreleri peritrophin geni (AP-PERI1) göreceli ifade değerleri (devir). EAB özel bir ribozomal protein (AP-RP1) ilgi gen, AP-PERI1 elde edilen veriler normalleştirilmesi için iç kontrol olarak kullanıldı. B) AP-PERI1 çeşitli gelişim evreleri Göreli kat değişim. PP örnek mRNA düzeyleri en az düzeyde gösterdi ve bu nedenle kalibratör (1X örnek) olarak alınmıştır. VI. Sonuç Kantitatif gerçek zamanlı PCR (QRT PCR) mRNA düzeyleri farklı böcek doku ve gelişim evreleri teşhis etmek için etkili bir araçtır. Ayrıca, Mah-PCR çoğunlukla böyle mikroarray'ler ve yeni nesil RNA-Seq gibi yüksek kapasiteli gen ekspresyon analizleri elde edilen verileri doğrulamak için önemli bir araç olmuştur.

<ol><li>Lehane, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peritrophic+matrix+structure+and+function%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Entomol%22%5BJournal%5D)">Peritrophic matrix structure and function.</a> Annu Rev Entomol. 42, 525-550 (1997).</li>
<li>Mittapalli, O., Sardesai, N., Shukle, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((cDNA+cloning+and+transcriptional+expression+of+a+peritrophin-like+gene+in+the+Hessian+fly%2C+Mayetiola+destructor+%5BSay%5D%5BTitle%5D)+AND+%22Arc+of+Insect+Bio%22%5BJournal%5D)">cDNA cloning and transcriptional expression of a peritrophin-like gene in the Hessian fly, Mayetiola destructor [Say].</a> Arc of Insect Bio. 64, 19-29 (2007).</li>
<li>Pauchet, Y., Wilkinson, P., van Munster, M., Augustin, S., Pauron, D., ffrench-Constant, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pyrosequencing+of+the+midgut+transcriptome+of+the+poplar+leaf+beetle+Chrysomela+tremulae+reveals+new+gene+families+in+Coleoptera.+Ins+Bio+and+Mol%5BTitle%5D)+AND+%22%22%5BJournal%5D)">Pyrosequencing of the midgut transcriptome of the poplar leaf beetle Chrysomela tremulae reveals new gene families in Coleoptera. Ins Bio and Mol.</a> 39, 403-413 (2009).</li>
<li>Pfaffl, W. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+new+mathematical+model+for+relative+quantification+in+real-time+RT-PCR%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">A new mathematical model for relative quantification in real-time RT-PCR.</a> Nucleic Acids Res. 29, 2002-2007 (2001).</li>
<li>Tellam, R. L. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aTellam%2C+RL+%22Biology+of+the+Insect+Midgut%22">Biology of the Insect Midgut</a>. Lehane, M. J., Billingsley, P. F. , Chapman and Hall. London. 86-114 (1996).</li>
</ol>

Eşik döngüleri (Ct) değeri, QRT-PCR plaka her bir numune için elde edilir. Standart eğri yapmak için, her bir dilüsyon için elde Ct değeri, onun konsantrasyonu günlük karşı çizildi. Deney numuneleri için Ct değerlerini daha sonra bu seyreltme serisi standart eğrisi üzerine çizilen. Hedef miktarları, her deney yani doku ve gelişim ifade için ayrı bir standart eğrileri hesaplandı. Göreceli ifade değerleri (devir), daha sonra iç kontrol için elde edilen miktar (AP-RP1) ile ilgi hedef dizisi miktarları (Bu duru...

emerald kül freze gen İfade analizi ( agrilus planipennis) kullanarak kantitatif real time pcr

Analysis of Gene Expression in Emerald Ash Borer (Agrilus planipennis) Using Quantitative Real Time-PCR

Emerald kül delici (EAB,<em&gt; Agrilus planipennis</em&gt;), Dişbudak ağaçları, milyonlarca öldürdü egzotik bir invaziv haşere, (<em&gt; Fraxinus</em&gt; Spp.) Kuzey Amerika.<strong&gt;</strong&gt; EAB hızla yayılmaya devam ediyor ve saldırılar olgun ağaçların fidan, farklı yaşlardaki ağaçların dişbudak. Ancak, çok az bir tarih ya da herhangi bir moleküler bilgi EAB var. Biz doku düzeyinde moleküler tabanlı fizyolojik süreçleri deşifre ilgilenen dişbudak ağaçları başarılı kolonizasyon yardım EAB. Bu yazıda tespit mRNA düzeyleri farklı larva dokular (midgut, yağ organları ve manikür de dahil olmak üzere) ve farklı gelişim evreleri (1 de dahil olmak üzere etkin kullanımı kantitatif gerçek zamanlı PCR (QRT PCR)<sup&gt; St</sup&gt; - 2<sup&gt; Nd</sup&gt; - 3<sup&gt; Rd</sup&gt; - 4<sup&gt; Th</supEAB&gt; instars, prepupae ve yetişkinler). Bir örnek olarak, bir peritrophin geni (burada adında,<em&gt; AP-PERI1</em&gt;), Ilgi gen ve ribozomal protein (örneğinde<em&gt; AP-RP1</em&gt;), Iç kontrol olarak. Peritrophins böcek bağırsak astar peritrophic membran / matris (PM), önemli bileşenleridir. PM midgut epitel sindirim ve mekanik koruma da dahil olmak üzere çeşitli fonksiyonları vardır.

Kantitatif gerçek zamanlı PCR (QRT PCR) mRNA düzeyleri farklı böcek doku ve gelişim evreleri teşhis etmek için etkili bir araçtır. Bu yazıda farklı larva dokularında tespit mRNA düzeyleri ve istilacı böcek türlerinin, zümrüt kül delici gelişim evreleri QRT-PCR kullanımı göstermektedir.

Emerald Kül Freze Gen İfade Analizi ( Agrilus planipennis) Kullanarak Kantitatif Real Time PCR

Zümrüt dişbudak böceği (EAB, Agrilus planipennis), Kuzey Amerika'da milyonlarca dişbudak ağacını (Fraxinus spp) öldürmüş egzotik istilacı bir zararlıdır. EAB ...

Aşağıdaki deneyin genel amacı, kantitatif PCR kullanarak zümrüt dişbudak böceğinin dokularındaki ve gelişim evrelerindeki gen ekspresyonunu analiz etmektir. Bu işlem, larval dokuların diseksiyonu ve gelişim evrelerinin kategorizasyonu ile gerçekleştirilir. İkinci adım olarak, dokulardan ve gelişim evrelerinden triol reajeni kullanılarak RNA ekstrakte edilir ve bu RNA, birinci zincir cDNA üretimi için kalıp olarak kullanılır; birinci zincir cDNA sentezinin ardından kantitatif RT-PCR uygulanır.Döngü eşik değerlerinden elde edilen toplam değişim verilerine dayanarak, hedef genin çeşitli larva dokularında ve gelişim aşamalarında farklılaşan ekspresyonunu gösteren sonuçlar elde edilir. Kantitatif R-T-P-C-R amplifikasyonları sonrası. Merhaba, ben Prakash Mi, Ohio State Üniversitesi Entomoloji Bölümü'ndeki bu laboratuvarın yürütücüsüyüm.Laboratuvarım temel olarak emal, lash, burer ve ash etkileşimlerinin genomik veya moleküler yönlerine odaklanmaktadır. Emal, lash Burer veya EAB, Çin kökenli egzotik istilacı bir zararlıdır ve Kuzey Amerika genelindeki ash popülasyonlarının varlığını tehdit etmektedir. Bugün size, QPCR veya kantitatif gerçek zamanlı PCR kullanarak EAP re'de gen ekspresyon

analysis-gene-expression-emerald-ash-borer-agrilus-planipennis-using

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Mikroarray analizi genetik ekspresyon profillerini belirlemek için...

Genetik İfade Profilleri Belirlenmesi C. elegans Mikroarray ve Real-time PCR

Nicel ve Otomatik Yüksek throughput Genom çapında RNAi Ekranlar C. elegans</em

Tek hücre gen sentezleme tahlili kök hücre heterojeniteler anlamak için gereklidir.

Kantitatif RT-PCR ile Bireysel İnsan Embriyonik Kök Hücreleri profilleme

RNA-Seq analizleri, model olmayan organizmalarda adaptif özelliklerin moleküler temellerini belirlemek için giderek daha önemli hale geliyor. Burada, diyapoz ve diyapoz olmayan Aedes albopictus sivrisinekleri arasında diferansiyel olarak ifade edilen genleri tanımlamak için bir protokol, sivrisinek yetiştiriciliğinden RNA dizilimine ve RNA-Seq verilerinin biyoinformatik analizlerine kadar açıklanmaktadır.

Asya Tiger Sivrisinek içinde Photoperiodic Diapause RNA-seq Analizler Deneysel ve Biyoinformatik Protokolü, Aedes albopictus

Bu protokol, etkili jeomanyetik alanın (GMF) tersine çevrilmesinin diferansiyel gen ekspresyonunu indüklediği ve Arabidopsis thaliana'nın morfolojisini değiştirdiği hipotezini test etmek için bir yöntemi açıklar. Bitki büyüme odasında yapay olarak ters GMF koşulları oluşturmak için üç eksenli sekizgen bir Helmholtz bobin çifti sistemi kullanıldı.

Manyetik Alan (GMF) ve Bitki Gelişimi: GMF İptalleri Etkileri üzerine Araştırılması<em&gt; Arabidopsis thaliana</em&gt; Geliştirme ve Gen İfadesi

Çekmek ve Zümrüt kül matkap (EAB) yakalamak için etkili tuzaklar saptama ve invaziv bu haşere yönetme önemli bir unsurudur. Çift katlı tuzakları, tam güneş kül ağaçlar, yakın yerleştirilen görsel ve koku yardımlar dahil ve saha denemeleri diğer tuzak tasarımları daha EAB yakalamak daha büyük olasılıkla.

Çift katlı tuzakları zümrüt kül matkap erken teşhis için bina

Bu iletişim kuralı Zebra balığı embriyolar, larva, Bütün transcriptome analiz için bir yaklaşım sunar veya hücre sıralanır. RNA izolasyonu, RNASeq veri yolu çözümlemesi ve qRT PCR dayalı doğrulama gen ifade değişiklikleri içerir.

Numune hazırlama ve analiz RNASeq tabanlı gen ifadesi verileri Zebra balığı

Gelişmiş bir iletişim kuralı muhabir yapıları arpa aleurone hücrelerdeki geçici gen ifadeden sonra partikül bombardımanı ölçümü için sunulmaktadır. Otomatik tahıl 96-şey plaka enzim deneyleri ile bileme yordamı için yüksek üretilen iş sağlar.

Gen ifadesinin artan işlem hacmi ile alı arpa Aleurone katmanlarında ölçme

Yaprak biti Aphis nerii son derece savundu bitkilerde dogbane aile (Apocyanaceae) üzerinde colonizes ve bitki böcek etkileşimleri eğitim için sayısız fırsat sağlar. Burada, kültür ve üretimi ve moleküler Analizi bir dizi protokol bitki ve yaprak biti bakımı için mevcut ve A. neriiiçin - omic veri.

Biyolojik kültür ve gen ifadesinde ölçme Aphis neriiBakımı: bitki böcek etkileşimleri için bir sigara-model sistemi

Böcek dokularında begomovirüslerin lokalizasyonu ve nicelemesi için immünoresans ve nicel PCR yöntemini tanımladık. İmmünofloresan protokolü viral ve vektör proteinleri kolokalize etmek için kullanılabilir. Kantitatif PCR protokolü tüm whitefly organları ve virüs bulaşmış bitkilerde virüsleri ölçmek için uzatılabilir.

Whitefly Dokularında Begomovirüslerin İmmünfloresan ve Kantitatif PCR ile Lokalizasyonu ve Nicel Olarak Ölçülmesi

Bu makalede, tek veya toplu C. elegans örneklerinde gen ekspresyon seviyelerinin hızlı ve güvenilir bir şekilde belirlenmesi için yüksek aktarım hızı protokolü açıklanmıştır. Bu protokol RNA yalıtımı gerektirmez ve doğrudan örneklerden cDNA üretir. Yüksek verimli çok katlı nanoakışkan gerçek zamanlı qPCR platformları ile birlikte kullanılabilir.

Nanoakışkan Teknoloji Kullanarak Tek ve Toplu C. elegans Örneklerinde Yüksek Verimli Nicel RT-PCR

Öğrenin, zümrüt kül frezesi (Agrilus planipennis) larva dokularında ve gelişim evrelerinde qRT-PCR ile gen ifade analizi yapmayı. Bu yöntem, zararlı böceğin biyolojisini anlamaya ve mücadele stratejileri geliştirmeye yardımcı olur.

Emerald Kül Freze Gen İfade Analizi ( Agrilus planipennis) Kullanarak Kantitatif Real Time PCR

Daha fazla video keşfet