Dışkı Mikrobiyal DNA İzolasyonu: Murin Tümör Modelinde Çevresel Zenginleştirmenin Mikrobiyom Çeşitliliği Üzerine Etkisinin İncelenmesi

- Çevresel zenginleştirme veya EE, kanser gibi çeşitli hastalıklar üzerinde faydalı etkiler elde etmek için konut parametrelerindeki değişiklikleri ifade eder. Tümör taşıyan bir farede, EE bağışıklık sistemini aktive eder ve iltihabı azaltır, bu da sonuçta bağırsak mikrobiyotasını iyileştirir ve hayatta kalma oranını artırır. Bağırsak mikrobiyotasındaki değişiklikleri incelemek için, fare dışkısını içeren bir tüpe istenen miktarda dışkı lizis tamponu ekleyin.

Numuneyi santrifüjleyin ve süpernatanı yeni bir mikrosantrifüj tüpüne aktarın. DNaz ve RNazı denatüre eden guanidinyum klorür lizis tamponu ekleyin. Daha sonra, etanol ekleyin ve numuneyi bir silika döndürme kolonuna aktarın.

Etanol, DNA'nın silikaya bağlanmasına yardımcı olur. Numuneyi santrifüjleyin. Şimdi, sütunu yeni bir mikrosantrifüj tüpüne aktarın ve DNA'yı elüte etmek için sütuna bir elüsyon tamponu ekleyin.

Numuneyi santrifüjleyin ve sütunu atın. Numuneyi bir PCR tüpüne aktarın ve DNA'yı çoğaltmak için PCR çalıştırın. DNA'yı agaroz jel üzerine yükleyin ve mikrobiyal DNA'nın boyutunu ölçmek için elektroforez gerçekleştirin. Aşağıdaki protokolde, tümörijenik farede EE'nin kolon mikrobiyotası üzerindeki etkisini analiz e