HCR-DNA FISH: Enfekte Hücrelerde Viral DNA'yı Tespit Etmek için Bir Floresan In Situ Hibridizasyon Tekniği

- HCR-FISH veya hibridizasyon zincir reaksiyonu-floresan in situ hibridizasyon, virüsle enfekte olmuş hücrelerin genomundaki viral nükleik asit dizilerini tespit eder. Başlamak için, virüsle enfekte olmuş hücrelerin yapışık bir kültürünü düzeltin ve hücre zarlarını geçirgen hale getirin. Herhangi bir arka plan sinyalini azaltmak için hücreleri bir hibridizasyon tamponu ile inkübe edin. Hücreleri, bir HCR başlatıcı dizisi ve viral DNA'yı hedefleyen tamamlayıcı bir dizi taşıyan başlatıcı problarla tedavi edin. Ev sahibi çift sarmallı DNA'yı tek sarmallı DNA'ya denatüre etmek için numuneyi ısıtın. Probun ücretsiz hedef viral DNA dizisine bağlanmasına izin vermek için numuneyi inkübe edin.

Daha sonra, H1 ve H2 olmak üzere iki set floresan etiketli oligonükleotid firkete probu içeren bir amplifikasyon tamponu ile muamele edin. Hibridizasyon zincir reaksiyonunu kolaylaştırmak için inkübe edin. Eşleşmemiş başlatıcı dizisi, tamamlayıcı H1 kuyruğuna bağlanarak saç tokası yapısını doğrusallaştırır. Açıkta kalan H1 dizisi benzer şekilde tamamlayıcı H2 kuyruğuna bağlanır. Takip eden H2, bir H1 kuyruğuna bağlanmaya devam eder. Bu şekilde, floresan etiketli problar hedef bölgenin etrafında geniş