Polimeraz zincir reaksiyonu kullanılarak ikili kültürde sakkaribakterilerin tespiti

Saccharibacteria enfekte Actinomyces kültürü ile başlayın.

Ultra küçük parazitik bakteri olan Sakkaribakteri ve konakçısı ikili bir kültür oluşturur.

Enfekte kültürün, elektroforez takip boyası ve Saccharibacteria'ya özgü primerlerle amplifikasyon reaktifleri içeren PCR tüpüne bir aliquot ekleyin.

Tüpü belirli PCR koşullarıyla bir termosiklere yerleştirin.

İlk denatürasyon sırasında, ısı Saccharibacteria'ı lizeder ve genomik DNA salgılar. Aktinomyces, sert hücre duvarları sayesinde sağlam kalır, bu da konak DNA salınımını sınırlar.

Isı daha sonra Saccharibacteria DNA zincirlerini denatüre eder ve Taq polimerazı aktive eder.

Tavlama sırasında, primerler Saccharibacteria genomundaki tamamlayıcı dizilere bağlanır.

Bunun üzerine, Taq polimeraz primerlere dNTP ekler ve yeni DNA zincirleri sentezler.

Amplifikasyonlu PCR ürünü, DNA parçalarına bağlanan bir boya ile önceden boyanmış bir agaroz jeline yükleyin.

Elektroforez yapın ve jeli UV ışığı altında görselleştirin.

Saccharibacteria-spesifik amplikon bandı, ikili kültürde konak-parazit etkileşimini doğrular.

Aliquot 24 mikrolitre PCR master karışımını 0.2 mililitrelik PCR tüpüne karıştırın. Bir mikrolitre sakkaribakteri enfekte kültürü ile infekteye alın ve tüpü bir termosiklere yerleştirin.

PCR programını metin el yazmasında tarif edildiği gibi ayarlayın. PCR ürünlerini %1 Agros jel ile yükleyip çalıştırın. Yaklaşık 600 bazdan oluşan bir bant, sakkaribakterilerin varlığını doğrular.