Name: MR Genomik - Sıra Desenler Genomik DNA içinde incelenmesi için Kamu Kaynak (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2011-05-09T12:00:00.000+00:00
Duration: 12 min 36 s
Description: Keşfedin genomik dizilerdeki rastgele olmayan nükleotit kompozisyonlarını analiz etmek için biyoinformatik hesaplamalı yöntemleri. SRI ve MRI analiz programları kullanarak fonksiyonel DNA elemanlarını belirleyin.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Samuel Shepard, Peter Bazeley, John David Bell ve Genomik MR web sayfalarının yönetimi için müteşekkiriz. Bu çalışma, Ulusal Bilim Vakfı Kariyer ödülü &quot;intron hücresel rolleri İncelenmesi&quot; tarafından desteklenen hibe MCB-0643542].

Perl kullanarak kağıt kullanılan tüm programlar yazılmıştır, ve tüm web sayfaları PHP kullanılarak oluşturulan edilmiştir. 1. Başlangıç ​​Noktası: Http://mco321125.meduohio.edu/ ~ jbechtel / gmri / online Genomik MR paketinin ana sayfa açın. Web kaynakları da, "Yardım (How-to/README)" bağlantısını Genomik MR ve benzeri algoritmalar tüm malzemeleri "ilgili kaynaklara bağlantılar" bölümünde listelenen ise bağlantı, programları ile ilgili talimatlar / açıklamalar sağlar. 2. Hazırlık ve Giriş Sırası (ler) yükleniyor. GMRI analiz oturumu başlatmak için FASTA biçimlendirilmiş dizisi (ler) ile bir dosya oluşturun. Bu dizinin kısa bir açıklama ile aynı hat üzerinde bir tanımlayıcı temsil eden "&gt;" karakteri ile başlayan tek bir satır ile bu formatı her nükleotid dizisi öncesinde olmalıdır. GMRI analizi için DNA dizisi, R, Y, N, X, vb Hwever, non-A, T, C gibi karakterlere izin vermektedir, G karakterleri program tarafından işlenecek ve atlanır. Tekrarlayan elemanlarla ("K" lar yerine) "maskeli" hangi dizileri girdi olarak kullanılabilir. Dizisi karakterler büyük küçük harf duyarsız olduğunu unutmayın. <ol><li> Genomik MR ana sayfasında "Başlat veya Devam et" düğmesine tıklayarak bir GMRI oturumu başlayın. Bu nükleotid dizileri yüklenen bir sayfa için kullanıcı alır. </li><li> FASTA biçimlendirilmiş dizileri Kopyala-yapıştır veya "dosya seçin" düğmesini kullanarak yerel bilgisayar dizileri içeren bir dosya yükleyin. </li><li> "Bu dosya ile yeni bir oturum başlatın" düğmesine tıklayın. Bir onay mesajı girişi penceresinin üstündeki "dizisi başarıyla yüklendi" ve ayrıca bir alfanümerik "GMRI tanımlayıcı" sitesi bir "oturum etiketi" olarak adlandırdığı] oturumu için (örneğin b16yMj) almalısınız belirten görünmelidir İlk kullanımdan sonra iki hafta kadar bir oturum almak ve devam etmek için kullanılabilir. </li></ol> NOT: Bundan sonra giriş dizileri "dosya" olarak adlandırılır. 3. Giriş Diziler (isteğe bağlı) Oligonükleotid Frekans Dağılımı alın. "SRI Analyzer" sekmesine (üst satır) giriş dizilerinin tüm oligonükleotit frekansları bir dağıtım almak için tıklayın. İngilizce'deki SRI, kısa mesafeli homojen duruyor. Bu noktada, kullanıcı frekansları hesaplanmış olacak oligonükleotidler en yüksek uzunluğu (9 nükleotidler 2, varsayılan 6 NTS) belirtebilirsiniz. Bu seçim, "Maksimum oligomer boyutu" liste kutusunun içinde istediğiniz seçeneği tıklayarak yapılır . Sonra hesaplama başlatmak için "Dosya Analyze" butonuna basın. Kaba bir temsil giriş sırası kompozisyon hemen bu web sayfasının ortasında kısa bir tablo olarak görünür ve "userfile.comp.tbl" olarak indirilebilir. Bu tablo, sadece giriş dizileri içinde en çok ve en bol oligonükleotidler temsil eder. "Download kompozisyon dosyası" linki ile elde edilebilir "userfile.comp" adlı bir dosya olarak, tüm olası oligonükleotidler tüm frekans tablosu oluşturulur . NOT: SRI analizörü tüm örtüşen oligonükleotidler kümesinin tamamını sayar. 4. Rastgele Diziler Giriş Diziler (isteğe bağlı) olduğu gibi aynı Oligonükleotid kompozisyon oluşturun. (Bu görev için gerekli protokolün 3. adımı tamamlanması). <ol><li> "SRI Jeneratör" sekmesinde (üst satır) rastgele dizileri oluşturan yeni bir web sayfası açmak için tıklayın. Rastgele dizileri bu web sayfasında liste kutusunu kullanarak elde edilecek örneklerin sayısını seçin. Bu örnek dosyaların her biri, "dosya" giriş dizileri olarak aynı sayıda ve uzunluğu rastgele dizileri içerecektir. Ayrıca, bir giriş sırası içeriyorsa, non-A, T, C veya G karakterleri, rastgele bir dizi giriş sırası gibi tam olarak aynı pozisyonlarda "K" lar var. </li><li> Frekansları rastgele dizileri yaklaşık olacağı oligonükleotidler uzun süresini seçin. Bu ekranın merkezinde tabloda istenen oligomer düzeyi (örneğin dört-baz oligonükleotidler için "4-mers") için radyo düğmesini kontrol seçilebilir. Bu rastgele dizileri giriş dizileri olarak seçilen oligomer düzeyde yaklaşık frekansları, ama aynı zamanda kısa oligomer seviyelerine karşılık gelen frekansları değil, sadece oluşacak burada not edilmelidir. Oligonükleotid küçük dalgalanmalargiriş ve rastgele dizileri frekansları Markov Model rastgele dizilerinin üretimi için uygulanan prosedür nedeniyle mümkündür. </li><li> "Dosya oluşturun" düğmesine tıklayarak programı başlatın. Giriş dizileri büyükse rasgele dizileri oluşturmak için bir kaç dakika sürebilir. Böylece, bu sayfanın en altındaki mavi "İndir" bağlantıları ortaya çıkıncaya kadar bir kullanıcı beklemeniz gerekir. Rastgele setleri gibi, "X rasgele set sayısı ve Y seçilen oligomer düzeyi (örneğin" userfile_rand2_4 ") userfile.randX_Y" gibi adlar ile dosya yerleştirilir . </li></ol> 5. Analizi (MRG), Giriş ve Rastgele Diziler Orta sınıf İnhomojenlik. <ol><li> Nükleotid dizilerinin kompozisyon orta menzilli homojen analiz eden yeni bir web sayfası açılır "MRI Analyzer" sekmesine (üst satır) üzerine tıklayın. </li><li> Analiz etmek liste kutusu (giriş sırası ve rastgele dizileri oluşturulan setleri arasında bir tercih yapılabilir) "Dosya", analiz edilmesi için bir dizi seçin. </li><li> MRG sağlanan liste kutusu üzerinden analiz edilmesi gereken içerik türünü seçin. (Yedi içerik seçenekler mevcuttur: G + C, G + A, G + T, A, G, C veya T.) </li><li> "Pencere boyutu" liste kutusunda (geçerli aralık 30 - 1000 varsayılan 50 nükleotidler) ile, içerik ve zengin içerik-fakir dizileri ele alınacak olan pencerenin uzunluğu seçin . </li><li> , Içerik ve zengin içerik-fakir bölgeler için üst eşik ve alt eşik, sırasıyla seçin . Bu eşikler penceresinde Geçerli pencereyi Özellikle nükleotidlerin tam sayısı (liste kutusunda numara seçeneği kullanarak) ya da bu nükleotidlerin yüzdesi ile tanımlanabilir (yüzde seçeneği kullanarak) </li><li> Beş seçenek (örneğin: İçerik = GC; Pencere boyutu = 50; Üst eşik = 35; Sıra = "dosya" Alt eşik = 15) yapıldıktan sonra, Dosya düğmesine analiz basarak programı başlatın. Program, seçilen giriş tüm dizileri art arda tarar. Her adımda belirtilen pencere boyutu eşit uzunlukta mevcut sıra bir segment alır ve seçilen içerik nükleotidlerin sayısı ya da yüzde, üst eşiğin üstünde veya alt eşik değerinin altında olup olmadığını hesaplar. Pencere ya kriterlere uygun değilse, bir sonraki üst üste pencere (nükleotid biri tarafından kaydırılır) aynı analizi için seçilir. Dizisi içerik açısından zengin veya fakir kompozisyon için eşik gereksinimleri bir birleştiği yerde bir pencere bulunduğunda, programın çıktı dosyasının sırası bu pencere kaydeder ve grafik çıkışında bir başak oluşturur. Bundan sonra, program bir sonraki örtüşmeyen bitişik pencerede atlar ve Dizinin sonuna ulaşana kadar tarama süreci devam eder. </li><li> Programın tamamlanmasından sonra, çıktı dosyasının bir bağlantı (isim "userfile_GC_50_35 .. 15" Yukarıdaki örnek için) görünür ve sonuçlarının grafiksel gösterimi (bkz. Şekil 1) web sayfasının ortasında görüntülenir. Aşağıda gösterildiği kilobases uzunluğu (kb), bu grafik ekran userfile tüm giriş dizileri tek bir dize halinde birleştirilmiş ve X ekseni üzerinde yatay bir siyah çizgi olarak sunulmuştur. Giriş dizileri boyunca tüm içerik bakımından zengin bölgeler mavi "yukarı" sivri ve kırmızı "aşağı" ani olarak içerik fakir bölgeler olarak işaretlenmiş. , Içerik ve zengin içerik-fakir pencereleri sayıların toplamı, bu rakamın altındaki efsanesi (sırasıyla 32 ve 19), parenthses gösterilmiştir. Bu rakam, göreceli bolluk ve MRI bölgelerin düzenleme göstermek için hizmet vermektedir. Bu arada, belirli ayrıntıları çıktı dosyası (bkz. Şekil 3) sunulmuştur. Bu dosyada, içerik bakımından zengin veya fakir kriterler ve koordinatları eşleşen tüm nükleotid dizisi bölümleri boyunca üst üste pozisyonlara girdi dosyası göre bir liste olarak bir kullanıcı için mevcuttur. </li><li> MR tetkikinde seçilen dizisi tamamlandıktan sonra aynı web sayfasında bir kullanıcı parametreleri ve / veya girdi dosyaları değişiklikler yaparak yeni bir süreç başlayabilir. Örneğin, aynı MR parametreleri ile daha önce oluşturulan rastgele örnekleme # 1 incelemek için kullanıcı sadece seçeneği analiz etmek ve "userfile_rand1_4" dosyasını seçmek için Dosya değişiklik ihtiyacı var, ve sonra tekrar analiz Dosya düğmesine basın. Yeni bir dosya ve grafik ekran, eskisinin yerini alacak. TÜM sınavların sonuçları ve rakamlar her "oturumunda etikel" (GMRI tanımlayıcı) altında kaydedilir ve son etkinlik iki hafta kullanılabilir olacaktır. Sonuçları / incir kaydetmek içinures kalıcı olarak kullanıcı "Dosyaları" sekmesinde (üst satır) seçin ve bütün oturum ya da gerektiği gibi dosyaları tek tek indirmek gerekir . </li><li> Bu MR Analyzer web sayfası ile bir kullanıcı çalışma <ul><li> (G + C), zengin ve (A + T) zengin bölgeler </li><li> Pürin (A + G) zengin ve pirimidin (C + T) zengin bölgelerinden </li><li> Keto (G + T) ve amino zengin (A + C) zengin bölgelerinden </li><li> A ve A-fakir, zengin bölgelerde </li><li> G-zengin ve G-fakir bölgelerde </li><li> T-zengin ve T-fakir bölgelerde </li><li> C-zengin ve C-fakir bölgelerinden </li></ul></li><li> Genomik MR son sürümü Pürin (R) / Pirimidin zengin bölgelerinden çalışmak için yeni bir seçenek (Y) Z-DNA konformasyonlar oluşturabilecek arda desenler. Şu anda, bu seçenek "Z-DNA" linki mevcuttur ve diğer söz konusu MRG bölge olarak aynı temel üzerinde çalışır. Bir kullanıcı (RY + YR) sayısı için alt ve üst eşikleri seçmelisiniz tarama penceresinde üst üste dinükleotidleri. Program benzer bir grafik çıktı ve pürin ve pirimidin alternatif ile zenginleştirilmiş ve tüketilmiş DNA segmentlerinin bir dosya üretir. Varsayılan Z-DNA bölgeleri yüksek (inceleme F &amp; F 2011), R / Y üsleri alternatif ile zenginleştirilmiş olmalıdır. </li></ol> 6. Genomik MR Paketi (isteğe bağlı) içinde Ek Programlar. Genomik MR kaynak, aynı zamanda çok özel bir rastgele dizileri nesil için iki gelişmiş seçenekler vardır. Onlar, "MR Jeneratör" ve en üst satırındaki "CDS Jeneratör" sekme mevcuttur . <ol><li> MRG jeneratör girdi dosyası aynı oligonükleotid bileşimi (SRI jeneratör benzer) ile randomize dizileri oluşturur. Ancak, ek olarak, randomize dizileri, kullanıcı tarafından belirlenen belirli bir MR desen taklit eder. Bu web sayfası içinde bir kullanıcı bir liste kutusunda, belirli bir taklit eden bir MR desen belirtmelisiniz. Liste kutusunda Bu oturumda MRG analizörü (örn. "userfile_GC_50_35 .. 15") tarafından incelenmiş olan tüm desenleri içerir. Bu seçenek ile oluşturulan rasgele bir sıra seçilen giriş dosyası olarak aynı oligonükleotid kompozisyon ve "userfile_GC_50_35 .. 15" de görüldüğü gibi ve kötü desen de aynı GC-zengin olacaktır. </li><li> CDS jeneratör protein kodlayan dizileri randomizasyon için kullanılır. Bu, kullanıcı tarafından belirlenen giriş kodlu biri olarak aynı amino asit dizilimine korur. Buna ek olarak, program, kullanıcı tarafından seçilen giriş tabloda belirtildiği gibi aynı kodon ve di-kodon önyargıları korur. CDS jeneratör online versiyonu, bir protein dizisi de girdi olarak kabul eder . Program için sadece ana Genomik MR web sayfasından indirmek için mevcut stand-alone Perl scriptleri ile diğer tüm seçenekler sunulmaktadır. </li></ol> 7. Temsilcisi Sonuçlar Bu protokol, bir kullanıcı, kompozisyon nükleotid dizilerinin homojen dersleri veriyor. Daha da önemlisi, aynı zamanda giriş dizilerinin yaklaşık bir oligonükleotid bileşimi ile çeşitli randomize dizilerinin üretimi destekler. Genellikle karmaşık ökaryotlar genomik sekansları kompozisyon homojen değildir, daha ziyade, özellikle nükleotidler ile zenginleştirilmiş dizisi segmentleri karmaşık bir mozaik (örneğin, pürin açısından zengin (G + T)-zengin, (A + T) zengin temsil vb.) Bu orta sınıf ölçekli (3-10 bp) desen üst mavi kramponları ve düşük kırmızı sivri gibi içerik yoksul kesimlerin (bkz. Şekil 1 ve 2) gibi zengin içerikli segmentleri seçilen gösterir MRI analizörü grafik çıkışı görüntülendi. Tipik olarak, doğal bir sıra (Şekil 1) herhangi bir içerik açısından zengin ve içerik fakir bölgelerin sayısı aynı oligonükleotid ilgili randomize dizileri bölgeler aynı tip (Şekil 2) sayısından daha yüksek kez sipariş. bileşimi. Nükleotid kompozisyonu orta sınıf homojen olan bu dizi bölümleri kullanıcı için ilgi olabilir. Bunlar, daha fazla araştırma için Genomik MR çıktı dosyalarını mevcuttur . <img src="/files/ftp_upload/2663/2663fig1.jpg" alt="Şekil 1" data-altupdatedat="1788238805000" data-alt="Şekil 1"> Şekil 1 adım 5.7 MRG analizörü grafik çıktı bir örnek. 44 insan intronların bir örnek üzerinde sonuçlar elde edilmiştir. Mavi çubuklar bu intronlar boyunca GC-zengin bölgelerde pozisyonları temsil eder. Kırmızı çubuklar GC-kötü (ya da AT-zengin) MRI bölgeleri temsil eder. Y-ekseni, belirli bir içerik türü için alt ve üst eşikleri içermektedir. <img src="/files/ftp_upload/2663/2663fig2.jpg" alt="Şekil 2" data-altupdatedat="1788238805000" data-alt="Şekil 2"> Rasgele dizisi "userfile.rand1_4" Şekil 2. MR analizörü çıktı. GraphiSRI jeneratör programı kullanarak rasgele oluşturulmuş bir dizisi içinde MRI cal temsili. <img src="/files/ftp_upload/2663/2663fig3.jpg" alt="Şekil 3" data-altupdatedat="1788238805000" data-alt="Şekil 3"> Şekil 3. MR analizörü bir metin çıktı dosyasının başında bir örnek. Programı tarafından tespit edilen tüm içerik ve zengin-fakir içerikli dizileri, en son (dördüncü) sütununda sunulmaktadır. Pencere sayısı olarak ölçülür Onların göreli konumları, ilk sütunda gösterilmiştir. Ikinci ve üçüncü sütunlarında sırasıyla, içerik ve zengin içerik-fakir bölgeler, göstergeleri.

<ol><li>Bechtel, J. M., Wittenschlaeger, T., Dwyer, T., Song, J., Arunachalam, S., Ramakrishnan, S. K., Shepard, S., Fedorov, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genomic+mid-range+inhomogeneity+correlates+with+an+abundance+of+RNA+secondary+structures%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Genomic mid-range inhomogeneity correlates with an abundance of RNA secondary structures.</a> BMC Genomics. 9, 284-284 (2008).</li>
<li>Prakash, A., Shepard, S., Mileyeva-Biebesheimer, O., He, J., Hart, B., Chen, M., Amarachiniha, S., Bechtel, J., Fedorov, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+forces+shaping+human+genomic+sequence+at+mid-range+scales%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Molecular forces shaping human genomic sequence at mid-range scales.</a> BMC Genomics. 10, 513-513 (2009).</li>
<li>Fedorov, A., Fedorova, L. Chapter 3: An Intricate Mosaic of Genomic Patterns at Mid-range Scale. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aFedorov%2C+A+%22Advances+in+Genomic+Sequence+Analysis+and+Pattern+Discovery%22">Advances in Genomic Sequence Analysis and Pattern Discovery</a>. , 65-91 (2010).</li>
<li>Shepard, S. S. Chapter 4: Binary-abstracted Markov models and their application to sequence classificatio. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22The+characterization+and+utilization+of+middle-range+sequence+patterns+within+human+genome+%5B%5D%22">The characterization and utilization of middle-range sequence patterns within human genome [dissertation]</a>. , The University of Toledo. 57-157 (2010).</li>
</ol>

Orta menzilli ölçeklerde homojen nükleotid bileşimi (30-1000 nükleotidler) Bölgeler karmaşık ökaryotlarda genomlarındaki haddinden ve (intergenic bölgeler, intronlar, ekzonlarının çevrilmemiş bölgelerde, tekrarlayan elemanlar) her yerde bulunabilir. Bu bölgelerde sık sık değişik DNA konformasyonlar ilişkilidir. Örneğin, purine-/pyrimidine-rich dizileri DNA triplexes (Y-DNA) oluşturmak için eğilimindedir; pürin / pirimidin bazlar alternatif dizileri Z-DNA konformasyonlar ile ilişkilidir; (G + C) zengin bölgelerde yapısal anormallikler de sergileyebilirler B- (2010 Fedorov &amp; Fedorova tarafından gözden) - DNA ve omurga bölünme eğilimli olabilir elemanı gevşemek DNA (A + T) zengin bölgelerde olağandışı bir yapı oluşturmak olabilir. Bu orta sınıf desen bazıları (örneğin, (G + T) zengin bölgeleri) pek araştırılmış ve hala kapsamlı arama ve tanıma bekliyor. Genomik MR web kaynağın temel amacı, kullanıcılara daha fazla deneysel analizi ve olası fonksiyonları araştırılması için MRG bu bölgelerin belirlenmesi yardımcı olmaktır . Bilgi MRI bölgelerin içine ve gen tahmini programlarının yeni nesil (Shepard 2010) genom fonksiyonları ve özellikleri anlayışımızı geliştirmek ve ilerletmek olabilir.

<ul><li> İnternet Bilgisayar </li><li> Inceleme için nükleotid dizilerini içeren dosyalar. </li></ul>

mr genomik - sıra desenler genomik dna içinde incelenmesi için kamu kaynak

Genomic MRI - a Public Resource for Studying Sequence Patterns within Genomic DNA

Sigara kodlama intergenic alanları intronlar ve ekzonlarının çevrilmemiş kesimleri de dahil olmak üzere karmaşık ökaryotlar, genomik bölgelerde kendi nükleotid kompozisyon derinden tesadüfi olmayan ve karmaşık bir dizi paternleri mozaik oluşur. Dizileri (örneğin, (G + T) açısından zengin, pürin açısından zengin, vb üsleri belirli bir taban veya kombinasyonu ile zenginleştirilmiştir uzunluğu 3-10 nükleotidler - Bu desen olarak adlandırılan Orta sınıf İnhomojenlik (MRG) bölgelerinde .) MR bölgeler genellikle gen ekspresyonu, rekombinasyon ve diğer genetik süreçler (2010 Fedorova &amp; Fedorov) yönetmelikte yer alışılmadık (non-B formu) DNA yapılarıyla ilişkilidir. Sırasına homojen ek azaltmak için bu genom dizilerinin işlevsellik ve önemi (Prakash ve ark 2009) destekler eğilimindedir mutasyonlar karşı MRI bölgeler içinde güçlü bir fiksasyon önyargı varlığı. Burada özgürce kullanılabilir internet kaynak göstermek - Genomik MR program paketi (. Bechtel ve ark 2008), içinde çeşitli MRG desenleri bulmak ve karakterize etmek amacıyla genom dizilerinin hesaplama analizi için tasarlanmış . Bu paket, aynı zamanda doğal giriş DNA dizilimleri için çeşitli özellikleri ve yazışma düzeyi ile randomize dizileri üretimi sağlar. Bu kaynak ana hedefi hala pek araştırılmalı ve kapsamlı arama ve tanıma bekliyor kodlamayan DNA büyük bölgelerin incelenmesi kolaylaştırmaktır.

Biz genom dizilerinin analizi için genel bir hesaplama web sitesi mevcut. DNA dizisi modelleri, çeşitli tesadüfi olmayan bir nükleotid kompozisyonlar ile algılar. Bu kaynak da, farklı karmaşıklık düzeylerine sahip randomize dizileri üretir.

MR Genomik - Sıra Desenler Genomik DNA içinde incelenmesi için Kamu Kaynak

İntergenik bölgeler, intronlar ve ekzonların translasyona uğramayan segmentleri dahil olmak üzere, kompleks ökaryotlardaki kodlamayan genomik bölgeler, ... bakımından derinlemesine rastlantısal değildir.

Bu prosedürün genel amacı, kullanıcı tarafından belirlenen bir genomik dizinin, homojenlik dışılık (inhomogeneity) olarak da adlandırılan orta menzilli, rastgele olmayan yapısını incelemektir. Bu işlem, öncelikle bir giriş dizisinin oligonükleotid kompozisyonunun incelenmesi ve diziyi oluşturan oligonükleotidlerin bir frekans tablosunun oluşturulmasıyla gerçekleştirilir. Bu hedefe, SRI Analyzer programı çağrılarak ulaşılır.İkinci adım, giriş dizisiyle tamamen aynı oligonükleotid kompozisyonuna sahip rastgele diziler üretmektir. Bu işlem, SRI oluşturucu program çağrılarak gerçekleştirilir. Prosedürün üçüncü adımı, giriş ve rastgeleştirilmiş diziler içinde belirli bir nükleotid veya nükleotid kombinasyonu (örneğin, GC veya ag) ile önemli ölçüde zenginleşmiş segmentleri bulmaktır.Bu hedefe MRI Analyzer programı ile ulaşılmaktadır. Prosedürün son adımı, program tarafından tespit edilen tüm MRI bölgelerinin dizilerini içeren dosyaların indirilmesidir. Nihayetinde, çok hücreli bölgelerin genomik bölgelerinin çoğunluğunun, dört nükleotidin her biri veya bunların herhangi bir kombinasyonu için tespit edilen baz kompozisyon uçlarını içeren segmentlerle anlamlı şekilde zenginleştiğini gösteren sonuçlar elde edilebilir.Homojen bölgelerdeki bu yapılar, alışılmadık DNA konformasyonları ve/veya belirli DNA özellikleriyle ilişkilidir. Bu yöntem, intergenik bölgeler veya intronlar da dahil olmak üzere, kodlanmayan dizilerin geniş alanları içindeki potansiyel olarak fonksiyonel DNA elementlerini bulmak gibi genomik alanındaki temel soruların yanıtlanmasına yardımcı olabilir. Bu yöntem memeli genomları hakkında bilgiler sağlayabildiği gibi, omurgasızlar, bitkiler, mantarlar ve bakteriler gibi diğer organizmalara da uygulanabilir.www.bioinfo.utoledo.edu/gri/ adresindeki çevrimiçi genomik orta ölçekli homojenlik (G GM I) paketinin ana sayfasını açın. Web kaynağı, "help how to Readme" bağlantısındaki yardım dosyasında programlar hakkında ayrıntılı bilgiler de sunmaktadır.Genomik MRI ve benzeri algoritmalar hakkındaki tüm yayınlanmış materyaller ilgili kaynaklar bağlantısında listelenmiş olsa da, A-G-M-R-I analiz oturumunu başlatmak için hızlı biçimlendirilmiş diziye sahip bir dosya oluşturun. Hızlı biçimlendirilmiş bir dizi, bir şevron veya büyüktür sembolü ile başlar, ardından benzersiz bir tanımlayıcı veya isim gelir ve sonraki satırlarda bir dizi yer alır. Diğer karakter girişlerine izin verilse de, genomik MRI tarafından yalnızca T, G ve C nükleotidleri işlenecektir.PKD1 geni için sekans dosyası kullanılır. Oturumu başlatmak için başlat butonuna basın. Bu işlem, giriş sekansını belirtilen pencereye kopyalayıp yapıştırma veya dosya büyükse yükleme seçeneği sunan yeni bir web sayfası açar.Yüklemek için, dosya yükleme düğmesine tıklayın. İstediğiniz dosyaya gidin. Ardından, bu dosya ile oturumu başlat düğmesine tıklayın. Dosyanın başarıyla yüklendiğine dair onay mesajı sayfanın üst kısmında görüntülenecektir.Aşağıda.Bu mesaj, bu durumda C eight EP oh six olan mevcut oturumun bir tanımlayıcısıdır. Giriş dizisinin kısa menzilli homojenliksizliğini analiz etmek için analyze short range in homogeneity düğmesine tıklayın. Program, özellikle SRI Analyzer programının yürütülmesi için tasarlanmış yeni bir sayfa açar.Burada, incelenecek olan oligo nükleotitlerin maksimum uzunluğunu seçmemiz gerekir. Giriş dizilerimiz orta büyüklükte, yaklaşık 50.000 nükleotid olduğu için, frekanslarının hesaplanacağı oligonükleotitlerin en yüksek uzunluğu olarak formerler seçilir. Son olarak, hemen dosya analiz butonuna basmamız gerekir.Program, girdi dizisindeki seçilen uzunluktaki ve daha kısa uzunluktaki tüm oligonükleotidlerin frekanslarını hesaplar. Tüm oligonükleotidlerin frekanslarını görmek için kompozisyon dosyasını indir bağlantısına tıklayın. Bu dosya kullanıcı dosyası olarak adlandırılmıştır.com, üç sütunlu bir tabloyu temsil eder. Birinci sütun oligonükleotidleri belirtir. İkinci sütun bunların göreceli frekanslarını, üçüncü sütun ise girdi dizisindeki oligonükleotid oluşum sayısını temsil eder.Girdi dosyasıyla aynı oligonükleotid bileşimine sahip randomize diziler oluşturmak için SRI oluşturucu sekmesine tıklayın. Yeni sayfada, oluşturulacak rastgele dizi örnek sayısını seçin. Bu örneklerin her biri, kullanıcı dosyasındaki girdi dizileriyle aynı sayıda ve uzunlukta rastgele diziler içerecektir.Bu örnekte, kullanıcı dosyası PKD1 geni sekansıdır. Ardından, dört bazlı oligonükleotitleri temsil eden "formers" seçeneğinin radyo butonunu seçerek, randomize edilmiş sekanslarda frekansları yaklaşık olarak hesaplanacak olan en uzun oligonükleotit uzunluğunu belirleyin. Sonraki adımda, oluşturulacak randomize sekans örneklem sayısı için iki değerini seçin.Son olarak, yüz binlerce nükleotid içeren girdi dizileri için dosya oluşturma düğmesine tıklayarak programı başlatın. Rastgele dizilerin oluşturulması birkaç dakika sürebilir. Bu nedenle, bu sayfanın alt kısmında mavi indirme bağlantıları görünene kadar bekleyin.Giriş ve rastgele dizilerin homojenliğindeki orta menzilli varyasyonu analiz etmek için MRI analizleyici sekmesine tıklayın. Yeni sayfada, analiz edilecek diziyi analiz edilecek dosyalar liste kutusundan seçin. Ardından, yedi içerik türü listesinden GC içeriğini seçin.GC içeriği, G artı C kompozisyonunu ifade eder. Pencere boyutu alanı, içeriği zengin ve fakir dizilerin inceleneceği pencere uzunluğunun seçilmesine olanak tanır. Varsayılan 50 nükleotidlik pencere boyutunu koruyun.Son olarak, içerik bakımından zengin ve içerik bakımından fakir bölgeler için sırasıyla üst ve alt eşikleri belirleyin. Bu eşikler, mevcut penceredeki belirli nükleotidlerin sayısıyla veya bu nükleotidlerin penceredeki yüzdesiyle tanımlanabilir. Bu durumda, başlangıçta üst eşik için %60 ve alt eşik için %30 şeklinde rastgele değerler seçelim.Ardından, dosyayı analiz et (analyze file) düğmesine basın. Bunun ardından, çıktı dosyasına giden bir bağlantı görünür ve sonuçların grafiksel bir temsili görüntülenir. Giriş dizilimi boyunca tüm içerik açısından zengin bölgeler mavi yukarı yönlü çıkıntılarla, içerik açısından fakir bölgeler ise kırmızı aşağı yönlü çıkıntılarla işaretlenmiştir. Grafik, GC açısından zengin bölgeleri gösteren çok sayıda mavi çıkıntı ve GC açısından fakir bölgeleri gösteren çok daha az sayıda kırmızı çıkıntı olduğunu göstermektedir.Bu durum, seçilen parametrelerin optimal olmadığını gösterir. Bir sonraki yineleme için %75 üst eşik ve %32 alt eşik değerlerini kullanın. Tekrar, "analyze file" düğmesine tıklayarak MRI analizörünü başlatın.Yeni grafik, çok daha katı olan yeni parametreler için bile yüzlerce mavi sıçramanın olduğunu göstermektedir. Bu nedenle, üst eşiği %80'e yükseltin ve hesaplamaları tekrarlayın. Yeni grafik, 62 GC zengin bölgesinin GC içeriğinin %80 veya daha fazla olduğunu ve 28 GC fakir bölgesinin GC içeriğinin %32'nin altında olduğunu göstermektedir. Ardından, giriş dosyasının sonuçlarını, PKD1 geni ile aynı oligonükleotid kompozisyonuna sahip iki rastgele dizilimle karşılaştırın.Bunu yapmak için, GC zengin ve GC fakir bölgeler için aynı parametreleri koruyarak, analiz edilecek dosya listesi kutusunu kullanarak diziyi PKD bir geninden rastgele bir diziye değiştirin. Rastgeleştirilmiş bir numaralı dizi için yeni oluşturulan grafiksel gösterim, bu rastgele dizinin yalnızca bir GC fakir bölgeye ve 31 GC zengin bölgeye sahip olduğunu göstermektedir. Başka bir rastgeleştirilmiş dizi, içerik zengini ve içerik fakiri bölgelerin sayısında bazı dalgalanmalar gösterebilir, ancak eğilim aynı olmalıdır.PKD one geni için randomize edilmiş dizilimler birkaç kat daha azdır. GC zengin bölgeler, GC fakir bölgelerden 10 kattan daha azdır. Bir sonraki gösterimde başka bir MRI içeriği türü kullanılmaktadır.Aynı paketteki bir insan geninde, bu genin intronları DNA ex yapıları ile ilişkili birçok purin açısından zengin bölge içerir. MRI analizör web sayfasında, DNA içeriğini purinleri temsil eden ag nükleotidlerine getirin. Pencere boyutunu 50 bazda tutun; üst eşiği %80 ve alt eşiği %10 olarak değiştirin. Ardından, programı çalıştırmak için dosyayı analiz et düğmesine basın.Görüntülenen grafik, bu genin mavi dikey çıkıntılarla gösterilen altı adet AG zengini bölgeye ve kırmızı çıkıntılarla gösterilen 14 adet AG fakiri bölgeye sahip olduğunu göstermektedir. Ardından, PKD1 geni için elde edilen bu sonuçları, incelenen genle aynı oligonükleotid kompozisyonuna sahip randomize dizilerden gelen verilerle karşılaştırın; örneğin, önce ikinci numaralı randomize diziye geçin ve önceki testle aynı parametreleri koruyun. Bu rastgele diziye ait grafik, dizinin yalnızca bir adet AG zengini bölge içerdiğini ve hiç AG fakiri bölge içermediğini göstermektedir.Oturum sırasında oluşturulan tüm veriler, her web sayfasının sağ üst köşesindeki dosyaları indir sekmesi üzerinden erişilebilen özel dosyalara kaydedilir. Bu bağlantıyı açtıktan sonra, giriş sekansının yanı sıra oluşturulan tüm randomize sekansları indirin. Bu dosya listesinin altında, SRI analizör programı tarafından oluşturulan oligonükleotid frekans tablosuna yönlendiren bir bağlantı bulunmaktadır.Ardından, oturum sırasında MRI analiz programı tarafından oluşturulan tüm sonuçlara bağlantılar yer alır. Örneğin, rastgele seçilmiş birinci dizi için elde edilen sonuçları temsil eden RAND one four AGCO 50 32 14 isimli dosyaya tıklayın; bu sonuçlar ag içeriği %50, nükleotid uzunluğunda pencere, üst eşik 32 nükleotid ve alt eşik 14 nükleotid parametreleri ile elde edilmiştir.Bu dosyada, içerik bakımından zengin veya fakir kriterlerine uyan tüm nükleotid dizisi segmentleri ve koordinatları, giriş dizisi boyunca ardışık konumlarına göre bir liste halinde sunulmaktadır. Bu videoyu izledikten sonra, hesaplamalı bir kaynak olan genomik MRI içerisinde nasıl gezineceğiniz konusunda iyi bir anlayışa sahip olmalısınız.

genomic-mri-public-resource-for-studying-sequence-patterns-within

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Bu video için hibridizasyon protokol arşiv formalin sabit malzeme de dahil olmak üzere çeşitli kaynaklardan izole edilebilen DNA sadece 25-100 ng kullanarak tüm insan genom taramaları tüm genom döşeme yol Array CGH, teknik bir gösteri.

Tüm Genom Dizisi Karşılaştırmalı Genomik Hibridizasyon Teknik gösteri

Bu videoda, erime sıcaklığı analizine dayalı olarak farklı dizi uzunluklarına sahip DNA fragmanlarının uzunluk polimorfizmini belirlemek için yüksek çözünürlüklü bir erime PCR tekniğini açıklıyoruz.

Mutant DNA Dizilerindeki Dizi Varyasyonlarını Belirlemek için Yüksek Çözünürlüklü Eritme PCR

NGS dizilimi için gDNA zenginleştirme, yapısal mutasyonların incelenmesi için kolay ve güçlü bir araçtır. Bu makalede, DNA hasarının onarımında yer alan 11 genin tam dizisini basitçe analiz etme prosedürünü sunuyoruz.

Whole Sırasının NGS Analiz için bir transpozaz tabanlı Technology tarafından gDNA Zenginleştirme BRCA1 BRCA2 ve 9 Genler

Transkripsiyon faktörü (TF) DNA bağlanmasını etkileyen kodlamayan genetik varyantları tanımlamak için stratejik bir plan ve protokol sunuyoruz. Genotipe bağlı TF DNA bağlanmasının elektroforetik hareketlilik kayma testi (EMSA) ve DNA afinite çökeltme testi (DAPA) analizi için ayrıntılı bir deneysel protokol sağlanmıştır.

Elektroforetik Hareketlilik Assay (EMSA) ve Shift kullanarak Fonksiyonel Olmayan kodlama Genetik Türevleri için tarama DNA afinite Yağış Deneyi (DAPA)

DNA dizisi verileri farklı olarak, epigenomic verileri kolayca metin tabanlı aramaları için tabi değil. Burada sunan GeNemo, bir web tabanlı Biyoinformatik aracı, yükseltilmiş sürüm desen tabanlı aramalar için benzerlikler epigenomic veri ansiklopedi DNA ile öğeler dahil olmak üzere kullanılabilir çevrimiçi veritabanları karşılaştırma yapmak için kullanılabilecek yordamları vardır kullanıcının veri.

Desen tabanlı arama Epigenomic verileri GeNemo kullanarak

Akış Sitometresi ve yüksek işlem hacmi sıralama genom kopyası geç kopyalayan bölgeleri tanımlamak için birleştirme tekniği tarif.

G2-seq: geç genom bölgelerinde çoğaltma tanımlamak için bir yüksek işlem hacmi-dayandırılmış tekniği

Hedeflenen yeni nesil sıralama Hastalıkları Araştırma ve Klinik teşhis giderek daha popüler hale geliyor zaman ve maliyet-etkin bir yaklaşımdır. Burada açıklanan protokol sıralaması için gerekli karmaşık iş akışı ve hastalık katkıda genetik varyantların tanımlamak için kullanılan Biyoinformatik işlem sunar.

Hedef yeni nesil sıralama ve Biyoinformatik boru hattı anayasal hastalığı genetik belirleyicileri değerlendirmek için

Bu iletişim kuralının amacı bilinen yalnızca kısmen bir ortak arındırıcı serisinden kolayca ayrılamayan roman dizileri bulamadı bir arada hesaplamalı ve tezgah araştırma kullanmaktır.

Eksiltici genomik tarafından roman sıra bulma

Uzun okunur dizileri büyük ölçüde karmaşık genleri ve yapısal değişim karakterizasyonu montajı kolaylaştırmak. Biz sıralama nanopore tabanlı platformlar tarafından olağanüstü uzun dizileri oluşturmak için bir yöntem açıklanmaktadır. Yaklaşım kilobaz okuma orta kapsama ile yüzlerce insan hücreleri oluşturmak için değiştirilen kitaplığı hazırlıklar ardından en iyi duruma getirilmiş bir DNA ekstraksiyon benimser.

Bütün genomik DNA analizi için olağanüstü uzun okunur sıralama

Burada, birçok insan ve model organizma veritabanlarına verimli bir şekilde erişmek ve analiz etmek için bir protokol salıyoruz. Bu protokol, yeni nesil sıralama çalışmalarından tanımlanan hastalığa neden olan aday varyantları analiz etmek için MARRVEL kullanımını göstermektedir.

İnsan Genomik ve Model Organizma Genetiği Bilgilerini Entegre Eden Web Tabanlı Bir Araç olan MARRVEL'de Gezinme

Keşfedin genomik dizilerdeki rastgele olmayan nükleotit kompozisyonlarını analiz etmek için biyoinformatik hesaplamalı yöntemleri. SRI ve MRI analiz programları kullanarak fonksiyonel DNA elemanlarını belirleyin.

MR Genomik - Sıra Desenler Genomik DNA içinde incelenmesi için Kamu Kaynak

Daha fazla video keşfet