Protein Ekstraksiyonu ve Proteoliz: Prostat Tümör Dokusu Örneklerinden Protein Elde Etme ve Bunların Peptitlere Enzimatik Sindirimi İçin Bir Yöntem

Bir prostat tümör dokusu örneği ile başlayın. Hücre lizizini başlatmak için soğutulmuş bir lizis tamponunda yeniden süspanse edin. Doku yapılarını daha fazla parçalamak ve hücre içi bileşenlerini serbest bırakmak için bir homojenizatör kullanın. Tam hücre lizizini sağlamak için numuneyi buz üzerinde sonikasyon yapın ve peptit işleme sırasında paraziti önlemek için DNA'yı kesin. Proteinlerin üçüncül yapısını bozmak ve açmak için lizatı ısıtın.

Tampondaki indirgeyici maddeler, sistein kalıntıları arasındaki disülfid bağlarını parçalar. Daha sonra, tampon alkilat içindeki alkilleyici ajanlar, disülfid bağı yeniden oluşumunu önlemek için indirgenmiş sisteinlerin tiyol gruplarını serbest bırakır. Tampondaki ek denatüre edici ajanlar, kontrollü denatürasyonu ve proteinlerin daha fazla açılmasını kolaylaştırır.

Doku kalıntılarını ve herhangi bir kirletici maddeyi peletlemek için santrifüjleyin. Protein karışımını içeren süpernatanı taze bir tüpte toplayın. Lizin kalıntılarının C terminalindeki proteinlerdeki peptit bağlarını parçalamak ve büyük peptitler oluşturmak için lizil endopeptidaz enzimi ekleyin. Ayrıca, lizin ve arginin kalıntılarının C terminalinde peptit bağlarını parçalamak ve