Genomik DNA'nın Bisülfit Dönüşümü: Gastrointestinal Kanser Dokusundan Alınan Genomik DNA Örneklerinde DNA Metilasyonunu İncelemek İçin Bir Yöntem

DNA metilasyonu, metil-sitozin oluşturmak için DNA'nın sitozin kalıntılarına metil grubu eklenmesini içerir, bu da DNA değişikliğine ve gen ekspresyonunun düzenlenmesine neden olur.

DNA metilasyonunu incelemek için, kanserli hücrelerden ham DNA özü alarak başlayın. Bir seyreltme tamponu ekleyin ve oda sıcaklığında inkübe edin. Tampon, karışımı seyreltir ve çift sarmallı DNA'yı tek sarmallı DNA'ya denatüre eder, bu da sonraki reaksiyonlar için bazların erişilebilirliğini destekler.

Bir dönüşüm reaktifi ekleyin ve karanlıkta inkübe edin. Reaktifteki sodyum bisülfit, metillenmemiş sitozin kalıntılarının sülfonasyonunu ve ardından deaminasyonunu tetikleyerek urasil-sülfonat oluşumuna neden olur. Bununla birlikte, metillenmiş sitozin kalıntıları değişmeden kalır.

Daha sonra, DNA'yı bir bağlayıcı tampon ile destekleyin ve önceden monte edilmiş bir spin filtre kolonuna aktarın. Tampon, DNA'nın filtreye bağlanmasına yardımcı olur.

Tampon ve bisülfit reaktif karışımını kolonda sıkışmış DNA'dan çıkarmak için santrifüjleyin. Akışı atın. DNA'ya bir alkalin desülfonasyon tamponu ekleyin. Tampon, urasil oluşturmak için urasil-sülfonattan sülfit grubunun uzaklaştırılmasına yardımcı olur.

Kullanıl