Alkali Tek Hücreli Jel Elektroforezi: Kemoterapiyi Takiben Bireysel Kanser Hücrelerinde DNA Hasarının Kantitatif Tahmini için Hassas Bir Teknik

Kemoterapötik ajanlar, kanser hücrelerinde tek ve çift sarmallı DNA kırılmalarına neden olarak DNA hasarına ve hücre ölümüne neden olur.

DNA hasarını ölçmek için, kemoterapi ile tedavi edilen kanser hücrelerini erimiş, düşük erime noktalı agaroz ile karıştırın. Bu karışımı agaroz önceden kaplanmış cam slaytlara pipetleyin. Erimiş agarozun katılaşmasına izin verin, hücreleri gözenekli jel matrisinin içine gömün.

Yüksek konsantrasyonlarda deterjan ve tuz içeren bir lizis tamponu ile muamele edin. Deterjanlar hücresel ve nükleer zarları çözündürür. Ayrıca, yüksek tuz, histon proteinlerini DNA'dan sıyırır ve süper sarmal DNA'yı nükleer matrise bağlı bırakır.

Alkali elektroforez tamponunda inkübe edin. Alkali ortam, DNA süper bobinlerinin gevşemesine neden olarak tek sarmallı, çift sarmallı DNA kırılmalarını açığa çıkarır.

Slaytları elektroforez tamponu içeren jel tepsiye yerleştirin. Elektroforezi başlatın.

Negatif yüklü olan DNA, pozitif anoda doğru çekilir. Hasarlı DNA parçaları çekirdekten dışarı çıkar ve gözenekli jel matrisinden geçer, daha uzun uzunluktaki parçalar daha kısa parçalardan daha yavaş hareket eder. Aksine, hasar görmemiş DNA, çekirdeğin içinde kalarak kolayca göç etm