ITS2 Veritabanı

İnternal transkribe edilmiş aralayıcı iki ribozomal gen veya I TS iki, moleküler sistematikteki en önemli belirteçlerden biridir. Son 20 yılda yapılan araştırmalar, esas olarak filogenetik rekonstrüksiyon için I Ts iki dizisinden yararlanmaya odaklanmıştır. Bununla birlikte, I TS iki'nin ikincil yapısı, çeşitli nedenlerden dolayı filogenetik çıkarım alanında giderek daha fazla kullanılmaktadır.

İkincil yapı analizi, bu markörün taksonomik uygulanabilirliğini genişletirken, hızla gelişen ve bu nedenle çok değişken I TS iki dizisi, esas olarak tür düzeyinde veya daha düşük filogenetik analiz için uygundur. Yapısal bilginin eklenmesi, dört karakteristik ess'den oluşan güçlü bir şekilde korunmuş iki ikincil yapı nedeniyle aynı anda daha yüksek taksonomik sıralamada analize izin verir. Bu nedenle, ikincil yapı analizinden elde edilen sonuçlar, birincil diziden elde edilen filogenetik çözünürlüğü iyileştirebilir.

Hoş geldiniz sevgili meslektaşlarım, benim adım Matthias Wolf. Yaklaşık sekiz yıldır I ts iki kanıtta çalışıyorum. Burada, Almanya'daki Würzburg Üniversitesi'ndeki biyo merkezinde Biyoinformatik Bölümü'nde çalışıyorum.

Bugün size I ts two veritabanının nasıl kullanılacağına dair küçük bir film sunmak istiyoruz. Merhaba, ben Chu. Bu filmin nedeni, I Ts two veritabanının aslında sadece depolama için bir veritabanı olmaması, aynı zamanda filogenetik analizinizi geliştirmenize olanak tanıyan birçok araç sağlamamızdır.

Bu filmde size bu araçlarla nasıl çalışacağınızı ve tüm bu araçları nasıl birbirine bağlayacağınızı göstermek istiyoruz. Doğru. I Ts iki dizisinin tanımlanması, yapı tahmini için çok önemli olabilir. Bu nedenle, gizli işaretleme modeli tabanlı ek açıklama için web tabanlı bir arayüz uygulanmıştır.

I Ts iki dizinizin doğru bir açıklamasını elde etmek için, bunları web sitesinin üst kısmındaki dizi düzenleyiciye yapıştırabilirsiniz. Bu, örnek plan dizilerinin yüklenmesiyle gösterilir. Dizi düzenleyicisi, I TS iki dizinizin geçerli olup olmadığını kontrol eder ve hata mesajları verir.

Örneğin, PAC olmayan karakterler kullandığınızda Doğru HMM'yi seçtikten sonra, her birine açıklama ekle seçeneğine tıklayarak işlemi başlatabilirsiniz 5.8 s ve 28 SRNA Program tarafından tanımlanabilen bu kaldırılır ve aralarında bulunan doğru açıklamalı I ts iki dizi kalır. Sonuç olarak, sınırlandırılmış I TS iki dizinin yanı sıra 5.8 s ve 28 S-R-R-N-A'nın tahmin edilen melezi gösterilir. Yeni tutulan iki dizinin açıklamasından sonra HMM ek açıklamalarının doğruluğunun bir teyidi olarak, ikincil yapılar iki yolla belirlenebilir.

İlk tahmin, şablon görevi gören veritabanının tüm dizileri ve yapıları ile homoloji modellemesi ile gerçekleştirilebilir. Açıklamanızın yapısını tahmin etmek için, iki dizi tıklama yapısını tahmin et. Sağ iki diziniz doğrudan tipik iki ikincil yapısına katlanabilirse, sonuç hemen gösterilir.

Artık dizi yapınızı daha fazla işlemek için veri havuzunuza eklemek de dahil olmak üzere çeşitli seçenekler arasından seçim yapabilirsiniz. Eğer buradaysanız, iki dizi doğrudan katlanamaz, veritabanına karşı bir patlama araması yapılır. Ortaya çıkan sayfa, şablon olarak her plastik için homoloji modellemesi de dahil olmak üzere en iyi patlama vuruşlarını gösterir.

Gösterilen artı işaretine bir tıklama ile ayrıntılar, istediğiniz dizi yapısı çiftlerini seçebilir ve bunları takip ve bırak yöntemiyle veya sağ tıklama ile bağlam menüsünü kullanarak veri havuzuna ekleyebilirsiniz. İkinci bir yaklaşım, en uygun ikincil yapıları sorgu dizilerinize aktarmak için ikincil yapıları da dahil olmak üzere bir veya birden çok diziyi şablon olarak el ile girmektir. Bu, birden çok şablon için örnek dosya yüklenerek gösterilir.

En iyi şablonları tahmin et'e tıklayarak, homoloji modellemesini varsayılan ayarlarla gerçekleştirirsiniz. Homology modelleme programı, tüm yapılara karşı tümünü hesaplayacak ve en iyi sorgu şablonu kombinasyonlarını görüntüleyecektir. Sonuçta elde edilen tabloda, hangi şablonların bir veya birkaç sorgu dizisini modellemek için ikincil yapısını başarıyla kullanabileceğini görebilirsiniz.

Yine, sonuçların detayları artı işaretine tıklanarak açılabilir, çünkü tam homoloji modelleme yaklaşımı I TS iki'den bağımsızdır. Bilinen bir yapıya sahip homolog bir molekül verilen herhangi bir RNA'nın ikincil yapısını tahmin etmek için kullanılabilir. Ayrıca, elde edilen dizi yapısı çiftleri, sürükleme ve tr başına veya sağ tıklama ile açılan bağlam menüsü aracılığıyla veri havuzuna eklenebilir.

Genel yapıya ek olarak, üçüncü sarmalın tepesinden önce gelen A-U-G-G-U dizisi ve ikinci sarmalda uyumsuz bir perin piramidi gibi korunmuş motifler I TS iki için tanımlanmıştır. Bu UU uyumsuzluğu, biri sarmal iki'nin solunda ve diğeri sağa, sarmal iki ve üç arasında ek bir üçlü A nükleotidi olmak üzere iki motifle çevrilidir. Bu dizi motiflerini hms'ye dönüştürdükten sonra, şimdi bu motiflerin ilgilenilen dizilerde tanımlanmasını sağlıyoruz.

Bu motifleri aramak için, arama alanına sorgu sıranızı girin ve doğru modeli seçin. Yine bu, planlar için örnek dosya yüklenerek gösterilir. Hesaplamaları başlatmak için sebep aramasına tıklayın.

Bulundu, iki motif sorgu dizilerinizde açıklanır ve vurgulanır. I Ts iki veritabanından I ts iki dizi yapı çiftini almanın bir olasılığı, arama fonksiyonudur. Kullanıcının dizi yapılarını takson adına veya gen bankası tanımlayıcısına göre aramasına olanak tanır.

GenBank tanımlayıcısına göre bir dizi yapısı aramak için, arama alanına GI'yi yazın ve ara'yı tıklayın. İsabetlerin listesi yeni bir sekmede görünür. Ayrıntıları göster'e tıklayarak bir dizi yapısının ayrıntılarını görüntüleyebilirsiniz.

Ayrıca, sürükle ve bırak başına dizi yapısını göster'e tıklayarak sekme içindeki tüm isabetlerin dizi S yönlendirmelerini gösterebilir veya sağ tıklama ile bağlam menüsü aracılığıyla tercih edilen dizi yapıları veri havuzuna eklenebilir. Gi'ye göre dizi yapısı çiftleri aramanın yanı sıra, görünen bir canlı arama kutusu tarafından desteklenen arama alanına bir takson adı yazabilirsiniz. Tüm isabetleri listeleyen yeni sekme göründükten sonra, daha önce olduğu gibi aynı işlevlere erişebilirsiniz.

Örneğin, sürükle ve bırak başına veri havuzuna seçim ekleme. Veritabanından dizi yapısı çiftlerini almak için ikinci olasılık, göz atma işlevidir. Burada, metin çeşitlidir.

NCBI taksonomi veritabanına göre, verilere ağaç benzeri yapı aracılığıyla erişilebilir. Web sitesinin sol tarafında. Artı işaretine tıkladığınızda bir seviye altındaki metni gösterebilirsiniz.

Bir takson adına tıkladığınızda, taksonun her dizi yapısını, çiftini içeren yeni bir sekme açarsınız. CEM bankası tanımlayıcıları veya tür bilgileri ile diziler ve yapılar için bir aramaya ek olarak, I Ts iki veritabanı ayrıca patlama tabanlı bir arama sağlar. Bununla birlikte, göze çarpan patlatma prosedürleri genellikle uzaktan ilişkili olarak tanımlanamaz.

Yüksek dizi sapması nedeniyle iki dizi var. Bu engelin üstesinden gelmek için, homoloji araması için yüksek oranda korunmuş yapı hakkında bilgi içeren dizi ve yapı tabanlı bir patlama araması uyguladık. Bu, dizi yapısını 12 harfli bir sözde protein dizisine çevirerek yapılır.

Böylece, herhangi bir ilgi dizisi ile başlayan ve kapsayan tür örneklemesi. Geniş taksonomik aralıklar, bir patlama araması kadar basit hale geldi. Hızlı arama yapmak için, sorgu dizilerinizi dizi düzenleyicisine yazabilirsiniz.

Sorgu diziniz yapısı olmayan düz bir nükleotid dizisiyse, ikincil yapılarını içeren diziler için ortak bir blast n algoritması kullanılır. Web arayüzü, I Ts iki patlama algoritmasını kullanır. Patlat'a tıklayarak işlemi başlatın.

Birkaç dakika sonra, patlama vuruşlarınız yeni bir dokunuşta listelenir. Burada her sorgu dizisi için bir dokunuş görürsünüz. Hizalamaları göster'e tıklayarak, alçı hizalamalar arasında gezinebilirsiniz Daha önce olduğu gibi, istediğiniz dizi yapısı çiftlerini seçebilir ve bunları veri havuzuna koyabilirsiniz.

ITS two veritabanı üzerindeki çalışmanız sırasında, veri havuzunuz birkaç dizi yapısı ile dolmuş olabilir. Veri havuzunuza istediğiniz zaman erişebilir ve içeriğini gösterebilirsiniz. Analizinizin bir sonraki adımı, çoklu dizi yapısı hizalamasıdır.

Veri kümesini analiz et'e tıklayın ve ardından dizi yapısı hizalamasını gerçekleştirmek için dizi ve yapı'ya tıklayın. Şimdi, hizalamanızın grafik modunu seçmeniz isteniyor. Geniş bir dizi dizi için ince versiyonun seçilmesi önerilir.

Veri havuzumuz sadece birkaç dizi yapısı içerdiğinden, tam grafik modunu seçiyoruz. Hesaplama tamamlandıktan sonra, hizalama veri havuzunuza eklenir. Bir baz çiftinin bir tarafını vurgulayarak, karşılığını otomatik olarak vurgularsınız.

Son olarak, güvenli hizalamaya bir tıklama ile hizalama güvenli olabilir. Dizi yapısı hizalamanızın kalitesinden memnun kaldığınızda, veri setini analiz et'e ve ardından komşuya tıklayarak filogenetik bir komşu birleştirme ağacını hesaplayabilirsiniz. Elde edilen ağacın birleştirilmesi yeni bir sekmede görünür.

Kaydırma çubuğunu kullanarak ağacınızı serbestçe ölçeklendirebilir, ağacın rastgele bir düğümüne veya yaprağına tıklayarak ağacınızı yeniden yönlendirebilir ve ardından bu düğümde yeniden yönlendirebilirsiniz. Veri havuzunuzdan bir taksonu kaldırmak istiyorsanız, yaprağa tıklayın ve seçin. Bu düğümü havuzdan kaldırın.

Artık güvenli ağaca tıklayarak azaltılmış bir takson örneklemesi ile hizalamanızı ve ağacınızı yeniden hesaplayabilirsiniz. Filogenetik ağacınızı NU formatında kaydedebilirsiniz. Satılık bağımsız araçlar ve profesyoneller hakkında ek bilgi bulmak için bu web sitesi hakkında ve ardından araçlar'a tıklayın.

I Ts iki veritabanı web arayüzü tarafından da sağlanan Komşu birleştirme işlevindeki hizalamanın yanı sıra, artık telafi edici tabanlı değişikliklere dayalı Del Sınırlaması türü gibi birkaç yeni işleve erişebilirsiniz. Son dakikalarda, filogenetik analizinizi nasıl geliştirebileceğinize dair birkaç püf noktası göstermek istedik. I Ts two veritabanından verilerinizi nasıl toplayacağınızı, bunları dört hücreyle nasıl hizalayacağınızı ve son olarak Pro ile ağaçlarınızı nasıl hesaplayacağınızı gösterdik S.In tüm bu adımlarda sadece sırayı değil, dizi ve yapıyı da dikkate aldık. Emin.

Umarız küçük filmimizi ve ağır ağaç yapımımızı beğenmişsinizdir. İyi geceler.