Name: ITS2 Veritabanı (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2012-03-12T13:00:00.000+00:00
Duration: 16 min 17 s
Description: Keşfedin ITS2 veritabanını filogenetik analiz için. HMM tabanlı anotasyon, yapı tahmini ve hizalama araçları ile sekans ve ikincil yapı verilerini entegre ederek moleküler sistematik çalışmalarınızı kolaylaştırın.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

Biz candan zengin ve değerli geribildirim için ITS2 grubu, Biocenter, Würzburg Üniversitesi, teşekkür ederim. Finansman için; Ayrıca Deutsche Forschungsgemeinschaft (hibe Mu-2831/1-1 DFG) teşekkür ederim.

1. ITS2 Dizi Doğru Ek Açıklama <ol><li> : Burada ITS2 Veritabanı filogeni tezgah Erişim <a href="http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de" target="_blank">http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de</a> </li><li> Bölümünde &quot;Annotate&quot; simgesini tıklayarak analizi başlayın &quot;Araçlar.&quot; Daha sonra, web sitesinin üst kısmında dizisi editörü içine dizisini yazın veya yapıştırın. Dizisi editörü otomatik olarak ITS2 dizileri geçerli olup olmadığını kontrol eder. </li><li> (Bitkiler için örneğin Viridiplantae) sekanslarınıza için uygun bir SMM seçin. </li><li> Tıklayarak işlemi başlatın &quot;Annotate.&quot; </li><li> &quot;Melezleşme&quot; simgesinin üzerine gelerek size SMM açıklama Kullanıcı bir doğruluk teyidi olarak 5.8S ve 28S rRNA melez bir görüntü elde edebilirsiniz. </li><li> Ikincil yapı tahmini yolunuzu seçmek için çıkan ITS2 dizisi yeşil artı işaretine tıklayın: bilinen bir templat olmadan yapısını tahmin etmeke tıklayın &quot;yapısını tahmin edin.&quot; Eğer Homoloji Modelleme için kendi şablonu kullanmak istiyorsanız, &quot;Model yapısı&quot; seçeneğine tıklayın. </li></ol> 2. İkincil Yapı Tahmin <ol><li> Tahmin <ol><li> Açıklamalı ITS2 dizisi otomatik dizisi editörü yapıştırılır. </li><li> Varsayılan ayarları ile ikincil yapısı tahmini başlatmak için, &quot;yapılar tahmin&quot; düğmesine tıklayın. </li><li> Yeşil artı işaretini tıklayarak veri havuza modellenmiş ikincil yapı dahil sonuçlanan ITS2 dizisi kaydedip, &quot;havuz ekle.&quot; Alternatif olarak, sürükle ve bırak (Şekil 1) üzerinden veri havuzu ekleyebilirsiniz. </li><li> Sekansı doğrudan katlamak edemeseydik, homoloji modelleme iyi sonuçlar gösterilmiştir. Sürükle üzerinden dizisi yapısı en uygun kaydedin ve veri havuzu bırakın. Alternatif olarak, sonra sağ tıklayın ve bir tıklama ile veri havuzu içine dizisi-yapı kaydetmek &quot;havuz ekle.&quot; </li></ol></li><li> Özel Modelleme <ol><li> Yazın veya yapıştırın bir veya birden çok şablon (bilinen yapı ile) üst dizisi editörü içine. </li><li> Yazın veya yapıştırın bir veya birden çok hedef dizileri (yapı olmadan) alt dizisi editörü içine. </li><li> Varsayılan ayarları ile Homoloji Modelleme başlatmak için &quot;en iyi şablon (ler) Tahmin&quot; e tıklayın. </li><li> En iyi şablon-hedef bileşimleri elde listesini de gösterilmiştir. </li><li> Sürükle ve veri havuzu bırak yöntemiyle veya bir sağ tıklama ve üstüne tıklayarak ya seçtiğiniz dizisi-yapı (lar) modellenen Kaydet &quot;havuz ekle.&quot; </li></ol></li></ol> 3. Motif Arama <ol><li> Web sitesinin üst kısmında dizisi editörü içine sorgu sırası (ler) yazın ya da yapıştırın. </li><li> Doğru SMM (bitkiler için örneğin Viridiplantae) seçin. 3.3. Işlemini başlatmak için &quot;Motif arama&quot; seçeneğini tıklayın. </li><li> Vurgulanan motiflerle ITS2 dizileri misal vardırWeb sitesinin altındaki ted. </li><li> Ikincil yapı vurgulanan motifleri gösterilecek dizisi başlığı yanındaki simgesine tıklayın. </li></ol> 4. Ara ve Tara <ol><li> Ara <ol><li> Türü Bir takson adı veya web sitesinin en üstündeki arama alanına bir GenBank tanıtıcı (GI) ya. </li><li> Takson adını tarafından arama bir görünmesini canlı-arama kutusuna tarafından desteklenmektedir. </li><li> Kendi sorgu virgülle ayırarak birden fazla arama yapabilirsiniz. </li><li> Arama yürütmek için &quot;Ara&quot; düğmesini tıklayın. </li><li> Sonuçlarınız yeni bir sekmede listelenen görünür. </li><li> Özellikle kolon sistemine göre sonuçları sıralamak için bir sütun adına tıklayın. Ayrıca sütun menüsü ile seçtiğiniz sütun ekleyebilir veya kaldırabilirsiniz. Sütun menüsü bir sütun adı içinde görünen ok simgesine bir tıklama ile girilebilir. </li><li> Bir dizi-yapı ayrıntılarını görmek için &quot;Ayrıntıları göster&quot; linkine tıklayın. &lt;/ Li&gt; <li> Sürükle ve veri havuzu bırak yöntemiyle veya bir sağ tıklama ve üstüne tıklayarak ya seçtiğiniz dizisi-yapı (lar) Kaydet &quot;havuz ekle.&quot; </li><li> Harici bir dosyaya sonuçlarınızı kaydetmek için, &quot;Seçimi kaydet&quot; veya &quot;e tıklayıp tüm kaydet.&quot; </li></ol></li><li> Gözat <ol><li> Web sitesinin sol tarafındaki ağaç benzeri bir yapıda gezinme tarafından ITS2 Veritabanı göz atın. </li><li> Bir düzey altına taksa görüntülemek için artı işaretini tıklatın. </li><li> Takson her dizi-yapı içeren yeni bir sekme açmak için bir takson adına tıklayın. </li><li> Bir dizi-yapı çiftinin ayrıntılarını görmek için &quot;Ayrıntıları göster&quot; linkine tıklayın. </li><li> Sürükle ve veri havuzu bırak yöntemiyle veya bir sağ tıklama ve üstüne tıklayarak ya seçtiğiniz dizisi-yapı (lar) Kaydet &quot;havuz ekle.&quot; </li><li> Harici bir dosyaya sonuçlarınızı kaydetmek için, &quot;Seçimi kaydet&quot; veya &quot;e tıklayıp tüm kaydet.&quot; </li></ol></li></ol> 5.. ITS2 Blast<ol><li> Tip veya dizi editörü içine bir veya birden fazla sorgu dizileri yapıştırın. Sizin sekanslar ya düz nükleotid dizileri ya da sıra yapı çiftleri olabilir. Ayrıca bir sıra aşağıya birkaç ikincil yapılar yazabilirsiniz. Kutuyu işaretleyerek bu yapılar daha sonra bireysel sorgular olarak kullanılan &quot;XXFASTA dizileri Serialize&quot;. </li><li> Varsayılan ayarları ile BLAST başlatmak için tıklayın &quot;Blast.&quot; Ortak bir BLASTN veya ITS2 dizisi-yapı BLAST ya sorgunuzun niteliğine bağlı olarak yapılır. </li><li> Bir alt-tab yanı idam aramaların bir bakış olarak, &quot;ŞOK Sonuçlar&quot; görünen sekme içinde her sorgu sırası için açılır. </li><li> Hesaplanan BLAST saflaşma görmek için &quot;Show Hizalanmalar&quot; tıklayın. </li><li> Sürükle ve veri havuzu bırak yöntemiyle veya bir sağ tıklama ve üstüne tıklayarak ya seçtiğiniz ŞOK hit Kaydet &quot;havuz ekle.&quot; </li><li> Harici bir dosyaya sonuçlarınızı kaydetmek için &quot;Kaydet seçime tıklayın&quot;Veya&quot; tüm kaydet. &quot; </li></ol> 6. Çoklu dizi-yapı Hizalama <ol><li> Havuzun içerisine dizilerinin sayısı büyüteç sembolü sağ yanındaki &quot;veri kümesi yönet&quot; ve ardından tıklayarak veri havuzu bir göz atın. Alternatif olarak, web sitesinin sol alt veri havuzu işaretini tıklayabilirsiniz. </li><li> Ayrıntılarını görüntülemek için veri havuzunda bir dizi-yapı çift tıklayın. </li><li> Eğer havuzunuz tüm dizi-yapı çiftleri bir çoklu dizi-yapı hizalama oluşturmak için, &quot;Dizi ve Yapısı.&quot; Sonra &quot;Analiz veri kümesi&quot; linkine tıklayın ve </li><li> Artık uyum grafik modunu seçmek için istenir. Sizin hizalama sadece birkaç dizileri içeriyorsa, &quot;Hayır&quot; linkine tıklayarak ince modu reddetme Aksi tıklayarak ince grafik modunu seçin &quot;Evet.&quot; </li><li> Birkaç dakika sonra, sizin uyum yeni bir sekme (Şekil 2) de gösterilmiştir. Ayrıca, otomatik veri havuzu olarak kaydedilir. </li><li> Lütfen kaydetmek içinharici bir dosyaya uyum, tıklayın &quot;Kaydet hizalama.&quot; </li></ol> 7. Filogenetik Ağaç <ol><li> Birden çok uyum ağacı Katılma bir dizi-yapı tabanlı Komşu hesaplamak için, &quot;Analiz Dataset&quot; linkine tıklayın ve ardından &quot;Komşu katılma.&quot; </li><li> Sonuçta elde edilen ağaç yeni bir sekme (Şekil 3) &#39;de gösterilmiştir. </li><li> Kaydırma çubuğu ile özgürce ağaç ölçeklendirin &quot;Zoom ağacı.&quot; </li><li> Reroot bir düğümü veya ağacın yaprak tıklayarak ve sonra tarafından ağacı &quot;Bu düğümde Reroot.&quot; </li><li> Eğer veri havuzundaki bir takson kaldırmak istiyorsanız, yaprak üzerine tıklayın ve &quot;havuz bu düğüm çıkarın.&quot; Şimdi yeniden hesaplamak azaltılmış takson örnekleme ile uyumu ve ağaç yapabilirsiniz. </li><li> Harici Newick dosyasına analiz nihai bir sonucu olarak filogenetik ağaç kaydetmek için &quot;Kaydet ağaç&quot; a tıklayın. </li></ol> 8. Ek Yazılım <ol><li> &quot;Hakkında Bu web sitesi&quot; tıklayın - Ek bilgi bulmak için &quot;Araçlar&quot;tek başına araçların 4SALE ve ProfDistS hakkında ation. </li><li> Hizalama ve ITS2 Veritabanı web arabirimi tarafından sağlanan Komşu Birleştirme fonksiyonu yanında, şimdi birçok yeni fonksiyonları, telafi edici baz değişiklikleri (CBCs) dayalı örneğin türlerin sınır erişebilirsiniz. </li></ol> 9. Temsilcisi Sonuçlar Yukarıda tarif edildiği gibi akışı başarılı bir şekilde çeşitli açık erişim araştırmalar 3,4 içinde tatbik edilmiştir. Örnekler aşağıdaki linklerden izlenebilir: <ul><li> <a href="http://www.plosone.org/article/info%3Adoi/10.1371/journal.pone.0016931" target="_blank">http://www.plosone.org/article/info% 3Adoi% 2F10.1371% 2Fjournal.pone.0016931</a> </li><li> <a href="http://www.biomedcentral.com/1756-0500/3/320" target="_blank">http://www.biomedcentral.com/1756-0500/3/320</a> </li></ul> Bu büyük ölçekli çalışmalarda, biz Chlorophyta filogeni yanı sıra Hypnales (Bryophyta) w çözmek başardıkITH yüksek çözünürlük. Her iki durumda da, ayrıntılı bir takson örnekleme otomatik 4SALE 15,16 ile uyumlu ITS2 Veritabanı 9, toplanmıştır ve son olarak bir filogenetik ağaç içine ProfDistS 17 tarafından işlenir. Tüm bu adımlarda, sırası ve yapı bilgileri eş zamanlı kullanıldı. Filogenetik omurga için Bootstrap destek ProfDistS arasında tek başına sürümü mevcuttur Profil Komşu Montaj (PNJ) 19 kullanılarak elde edildi. Takson örnekleme, çoklu dizi-yapı uyum ve sonunda filogenetik ağaç hesaplama: dizi-yapı çiftleri daha küçük bir kümesi için, şekil 1 ile 3 doğrudan yeni ITS2 Veritabanı tezgah bu otomatik iş akışı 5 temel adımları açıklar. <img src="/files/ftp_upload/3806/3806fig1.jpg" alt="Şekil 1" /> Şekil 1. Sürükle ve bırak başına Takson örnekleme. Herhangi bir zaman dizileri ya da sıra-structur At<html> e çiftleri sürükle ve bırak yoluyla, örneğin veri havuz için eklenebilir. Burada bir dizi yapı sürükle ve ikincil yapı tahmini sonra bırak kullanarak eklenir. Mavi elips dizisi yapısı veri havuza düştü alanı işaretler. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/3806/3806fig1large.jpg" target="_blank">bu görüntünün tam boyutlu sürümünü görmek için buraya tıklayın.</a> <img src="/files/ftp_upload/3806/3806fig2.jpg" alt="Şekil 2" /> Şekil 2. Tam grafik modunda Çoklu dizi-yapı hizalama. Veri havuzda birkaç dizileri için, tam grafik modu tercih edilmiştir. Bazlar renklidir; baz çifti bir baz veya bir baz çifti dirseği üzerine tıklayarak kırmızı daireler vurgulanmış olabilir. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/3806/3806fig2large.jpg" target="_blank">bu görüntünün tam boyutlu sürümünü görmek için buraya tıklayın.</a> 3.jpg &quot;alt =&quot; Şekil 3 &quot;/&gt; Şekil 3. Dizi-yapı Komşu ağaç katılma. Yedi takson çoklu dizi-yapı uyum hesaplanan serbestçe ölçeklenebilir ağacı Newick formatında kaydedilebilir.

<ol><li>Keller, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Including+RNA+secondary+structures+improves+accuracy+and+robustness+in+reconstruction+of+phylogenetic+trees%5BTitle%5D)+AND+%22Biology+Direct%22%5BJournal%5D)">Including RNA secondary structures improves accuracy and robustness in reconstruction of phylogenetic trees.</a> Biology Direct. 5, 4-4 (2010).</li>
<li>Schultz, J., Maisel, S., Gerlach, D., Müller, T., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+common+core+of+secondary+structure+of+the+internal+transcribed+spacer+2+%28ITS2%29+throughout+the+Eukaryota%5BTitle%5D)+AND+%22RNA%22%5BJournal%5D)">A common core of secondary structure of the internal transcribed spacer 2 (ITS2) throughout the Eukaryota.</a> RNA. 11, 361-364 (2005).</li>
<li>Buchheim, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Internal+Transcribed+Spacer+2+%28nu+ITS2+rRNA%29+Sequence-Structure+Phylogenetics%3A+Towards+an+Automated+Reconstruction+of+the+Green+Algal+Tree+of+Life%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">Internal Transcribed Spacer 2 (nu ITS2 rRNA) Sequence-Structure Phylogenetics: Towards an Automated Reconstruction of the Green Algal Tree of Life.</a> PLoS ONE. 6, 16931-16931 (2011).</li>
<li>Merget, B., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+molecular+phylogeny+of+Hypnales+%28Bryophyta%29+inferred+from+ITS2+sequence-structure+data%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Research+Notes%22%5BJournal%5D)">A molecular phylogeny of Hypnales (Bryophyta) inferred from ITS2 sequence-structure data.</a> BMC Research Notes. 3, (2010).</li>
<li>Schultz, J., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ITS2+sequence-structure+analysis+in+phylogenetics%3A+a+how-to+manual+for+molecular+systematics%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Phylogenetics+and+Evolution%22%5BJournal%5D)">ITS2 sequence-structure analysis in phylogenetics: a how-to manual for molecular systematics.</a> Molecular Phylogenetics and Evolution. 52, 520-523 (2009).</li>
<li>Coleman, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ITS2+is+a+double-edged+tool+for+eukaryote+evolutionary+comparisons%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+in+Genetics%22%5BJournal%5D)">ITS2 is a double-edged tool for eukaryote evolutionary comparisons.</a> Trends in Genetics. 19, 370-375 (2003).</li>
<li>Coleman, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+significance+of+a+coincidence+between+evolutionary+landmarks+found+in+mating+affinity+and+a+DNA+sequence%5BTitle%5D)+AND+%22Protist%22%5BJournal%5D)">The significance of a coincidence between evolutionary landmarks found in mating affinity and a DNA sequence.</a> Protist. 151, 1-9 (2000).</li>
<li>Müller, T., Philippi, N., Dandekar, T., Schultz, J., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Distinguishing+species%5BTitle%5D)+AND+%22RNA%22%5BJournal%5D)">Distinguishing species.</a> RNA. 13, 1469-1472 (2007).</li>
<li>Koetschan, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+ITS2+Database+III-sequences+and+structures+for+phylogeny%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">The ITS2 Database III-sequences and structures for phylogeny.</a> Nucleic Acids Research. 38, 275-279 (2010).</li>
<li>Keller, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((5.8+S-28S+rRNA+interaction+and+HMM-based+ITS2+annotation%5BTitle%5D)+AND+%22Gene%22%5BJournal%5D)">5.8 S-28S rRNA interaction and HMM-based ITS2 annotation.</a> Gene. 430, 50-57 (2009).</li>
<li>Benson, D., Karsch-Mizrachi, I., Lipman, D., Ostell, J., Sayers, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((GenBank%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">GenBank.</a> Nucleic Acids Research. 39, 32-37 (2011).</li>
<li>Markham, N., Zuker, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Software+for+nucleic+acid+folding+and+hybridization%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">Software for nucleic acid folding and hybridization.</a> Methods in Molecular Biology. , 453-453 (2008).</li>
<li>Wolf, M., Achtziger, M., Schultz, J., Dandekar, T., Müller, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Homology+modeling+revealed+more+than+20%2C000+rRNA+internal+transcribed+spacer+2+%28ITS2%29+secondary+structures%5BTitle%5D)+AND+%22RNA%22%5BJournal%5D)">Homology modeling revealed more than 20,000 rRNA internal transcribed spacer 2 (ITS2) secondary structures.</a> RNA. 11, 1616-1623 (2005).</li>
<li>Altschul, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gapped+BLAST+and+PSI-BLAST%3A+a+new+generation+of+protein+database+search+programs%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs.</a> Nucleic Acids Research. 25, 3389-3402 (1997).</li>
<li>Seibel, P., Müller, T., Dandekar, T., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Synchronous+visual+analysis+and+editing+of+RNA+sequence+and+secondary+structure+alignments+using+4+SALE%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Research+Notes%22%5BJournal%5D)">Synchronous visual analysis and editing of RNA sequence and secondary structure alignments using 4 SALE.</a> BMC Research Notes. 1, (2008).</li>
<li>Seibel, P., Müller, T., Dandekar, T., Schultz, J., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((4+SALE+-+A+tool+for+synchronous+RNA+sequence+and+secondary+structure+alignment+and+editing%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">4 SALE - A tool for synchronous RNA sequence and secondary structure alignment and editing.</a> BMC Bioinformatics. 7, (2006).</li>
<li>Wolf, M., Ruderisch, B., Dandekar, T., Schultz, J., Müller, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ProfDistS%3A%28profile-%29+distance+based+phylogeny+on+sequence-structure+alignments%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">ProfDistS:(profile-) distance based phylogeny on sequence-structure alignments.</a> Bioinformatics. 24, 2401-2402 (2008).</li>
<li>Saitou, N., Nei, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+neighbor-joining+method%3A+a+new+method+for+reconstructing+phylogenetic+trees%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Biology+and+Evolution%22%5BJournal%5D)">The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees.</a> Molecular Biology and Evolution. 4, 406-425 (1987).</li>
<li>Müller, T., Rahmann, S., Dandekar, T., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Accurate+and+robust+phylogeny+estimation+based+on+profile+distances%3A+a+study+of+the+Chlorophyceae+%28Chlorophyta%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Evolutionary+Biology%22%5BJournal%5D)">Accurate and robust phylogeny estimation based on profile distances: a study of the Chlorophyceae (Chlorophyta.</a> BMC Evolutionary Biology. 4, (2004).</li>
<li>Ludwig, W. olfgang <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ARB%3A+a+software+environment+for+sequence+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">ARB: a software environment for sequence data.</a> Nucleic Acids Research. 32, 1363-1371 (2004).</li>
<li>Néron, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mobyle%3A+a+new+full+web+bioinformatics+framework%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Mobyle: a new full web bioinformatics framework.</a> Bioinformatics. 25, 3005-3011 (2009).</li>
<li>Camin, J. H., Sokal, R. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+method+for+deducing+branching+sequences+in+phylogeny%5BTitle%5D)+AND+%22Evolution%22%5BJournal%5D)">A method for deducing branching sequences in phylogeny.</a> Evolution. 19, 311-326 (1965).</li>
<li>Felsenstein, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evolutionary+trees+from+DNA+sequences%3A+a+maximum+likelihood+approach%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Molecular+Evolution%22%5BJournal%5D)">Evolutionary trees from DNA sequences: a maximum likelihood approach.</a> Journal of Molecular Evolution. 17, 368-376 (1981).</li>
</ol>

Çıkar çatışması ilan etti.

ITS2 Veritabanı iç kopyalanamaz boşluk 2 dizisi-yapı tabanlı Soyoluşun için tam ve tamamen fonksiyonel tezgah olduğunu. Web sitesi çok hızlı ve sezgisel olarak çalıştırılabilir. ARB 20 veya Mobyle 21 gibi diğer web tabanlı filogeni tezgahları sadece sırası ve / veya uzlaşma yapısı bilgi çalışmak mümkün iken, ITS2 Veritabanı 9 aynı anda her takson için sıralarını ve bireysel ikincil yapılar düşünmektedir. Ancak, web sunucusunun hesaplama kapasitesi sınırlamaları nedeniyle, son derece büyük veri kümeleri için, sırasıyla, 4SALE 15,16 ve ProfDistS 17, 18 hesaplama katılmak birden uyum ve Komşu için tek başına araçların kullanılması tavsiye edilir. Bootstrap hesaplanırken çoğaltır gibi temel ITS2 dizisi-yapı filogeni iş akışı 5 yanı sıra, bu araçları Profili Komşu (PNJ) 19 veya nakit katılan, çeşitli ek fonksiyonları özelliğis sınır telafi baz değişiklikleri (CBCs) 8 dayanmaktadır. Indirme ve detaylı bilgi için &quot;Araçlar&quot; bölümünde - Onlar &quot;bu web sitesi hakkında&quot; aracılığıyla erişilebilir. 4SALE ve ProfDistS kullanmak için, her zaman dosyaları doğru biçime getirmek için gerekli edilir. 4SALE tarafından işlenecek örnekleme bir takson sonu olması gerekir. Fasta veya. Txt, ProfDistS için bir giriş olarak dizi-yapı hizalama oysa. Xfasta ile bitmelidir. Şu anda ITS2 veritabanında yanı sıra ilgili araçları filogenetik ağaç yeniden yapılanma için alternatif yöntemler uygulamaktadır. Böylece, dizi-yapı-tabanlı Maksimum Parsimony 22 ve / veya Maksimum Olabilirlik 23 gibi yöntemler gelecekte erişilebilir olacaktır.

<html><table border="1"><tbody><tr><td> Reaktif Adı </td><td> Şirket </td><td> Yorumlar </td></tr><tr><td> Internet erişimi </td><td></td><td> Tercihen, yüksek-hızlı </td></tr><tr><td> ITS2 Veritabanı 9 </td><td> Biyoinformatik Bölümü, Würzburg Üniversitesi </td><td> Web sitesi: <a href="http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de" target="_blank">http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de</a> </td></tr><tr><td> Yazılım: 4SALE 15,16 </td><td> Biyoinformatik Bölümü, Würzburg Üniversitesi </td><td> Download: <a href="http://4sale.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/" target="_blank">http://4sale.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/</a> </td></tr><tr><td> Yazılım: ProfDistS 17 </td><td> Biyoinformatik Bölümü, Würzburg Üniversitesi </td><td> Download:ni-wuerzburg.de / &quot;target =&quot; _blank &quot;&gt; http://profdist.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/ </td></tr></tbody></table>

its2 veritabanı

The ITS2 Database

İç kopyalanamaz boşluk 2 (ITS2) fazla iki yıl için bir filogenetik belirteç olarak kullanılmıştır. ITS2 Araştırma esas olarak çok değişken ITS2 dizisi odaklanmış olarak, sadece düşük seviyeli Soyoluşun bu işaretleyici sınırlı. Ancak, ITS2 dizisini ve ölçüde korunmuş ikincil yapının birleşimi filogenetik çözünürlüğü 1 artırır ve türlerin sınırlandırılması 2-8 da dahil olmak üzere birden fazla taksonomik rütbeleri, az filogenetik çıkarım sağlar. ITS2 Veritabanı 9 doğru reannotated NCBI GenBank 11 10 den dahili kopyalanamaz boşluk 2 dizilerinin kapsamlı bir veri kümesi sunar. Profili saklı Markov modelleri (kameradan gelen görüntüler) tarafından bir açıklama takiben, her bir sırası ikincil yapı tahmin edilmektedir. Birincisi, kat 12 (direkt kat) dayalı bir minimum enerji sonuç olmadığını doğru, dört sarmal yapısındaki test edilir. Bu durumda değilse, yapıdırhomoloji modelleme 13 öngördü. Homoloji modellemesi, bir zaten bilinen ikincil yapı başka bir ITS2 dizisi aktarılır, olan ikincil yapı doğrudan kat doğru katlamak mümkün değildi. ITS2 Veritabanı depolama için veritabanı ve ITS2 dizisi-yapıların alımı değil sadece. Ayrıca açıklama, yapısal tahmini, motif algılama ve kombine dizi-yapı bilgileri BLAST 14 arama dahil olmak üzere kendi ITS2 dizileri işlemek için çeşitli araçlar sunar. Ayrıca, 4SALE 15,16 ile kesilmiş sürümleri entegre ve 18 ağaç yeniden katılmak çoklu dizi-yapı hizalama hesaplama ve Komşu için 17 ProfDistS. Beraber sekansı ve ikincil yapısı üzerine dayanan bir filogeni için dizilerinin bir ilk dizi analizi ile tutarlı bir boru hattı oluştururlar. Özetle, bu tezgah sadece ilk filogenetik analizler kolaylaştırırBirkaç fare tıklama, ek araçları ve kapsamlı büyük ölçekli analizler için veri sağlarken.

ITS2 Veritabanı filogenetik çıkarım aynı anda dikkate sırası ve iç kopyalanamaz boşluk 2 ikincil yapısı için bir tezgah olduğunu. Bu doğru bir açıklama, yapı tahmini, çoklu dizi-yapı uyum ve hızlı ağaç hesaplama ile veri toplama içerir. Özetle, bu tezgah birkaç tıklama ilk filogenetik analizler kolaylaştırır.

ITS2 Veritabanı

İç transkribe edilmiş ara bölge 2 (ITS2), yirmi yılı aşkın süredir filogenetik bir marker olarak kullanılmaktadır. ITS2 araştırmaları temel olarak oldukça...

İç transkripsiyonel ara bölge iki ribozomal geni veya ITS2, moleküler sistematiğin en önemli markörlerinden biridir. Son 20 yılın araştırmaları temel olarak filogenetik yeniden yapılandırma için ITS2 dizilerinin kullanımına odaklanmıştır. Bununla birlikte, çeşitli nedenlerle ITS2'nin sekonder yapısı filogenetik çıkarım alanında giderek daha fazla kullanılmaktadır.İkincil yapı analizi, bu markerın taksonomik uygulanabilirliğini genişletirken; hızla evrimleşen ve bu nedenle oldukça değişken olan ITS2 dizisi esas olarak tür seviyesinde veya daha alt seviyelerdeki filogenetik analizler için uygundur. Yapısal bilgilerin eklenmesi, dört karakteristik sarmalından oluşan ve güçlü şekilde korunmuş olan ITS2 ikincil yapısı sayesinde, aynı anda daha yüksek taksonomik seviyelerde analiz yapılmasına olanak tanır. Böylece, ikincil yapı analizinden elde edilen sonuçlar, primer diziden elde edilen filogenetik çözünürlüğü iyileştirebilir.Hoş geldiniz değerli meslektaşlarım, adım Matthias Wolf. Yaklaşık sekiz yıldır I ts two proof bünyesinde çalışmaktayım. Almanya'daki Würzburg Üniversitesi Biyomerkez'in Biyoenformatik Bölümü'nde görev yapıyorum.Bugün sizlere ITS2 veri tabanının nasıl kullanılacağına dair kısa bir video sunmak istiyoruz. Merhaba, ben y Chu. Bu videonun amacı, ITS2 veri tabanının aslında sadece bir depolama veri tabanı değil, aynı zamanda filogenetik analizlerinizi geliştirmenize olanak tanıyan birçok araç sunduğunu göstermektir.Bu videoda, bu araçlarla nasıl çalışacağınızı ve tüm bu araçları birbirine nasıl bağlayacağınızı göstermek istiyoruz. Doğru. ITS2 dizisinin sınırlarının belirlenmesi, yapı tahmini için kritik olabilir. Bu nedenle, gizli markov modeline dayalı anotasyon için web tabanlı bir arayüz uygulanmıştır.ITS2 dizilerinizin doğru şekilde açıklanmasını sağlamak için, bu dizileri web sitesinin üst kısmında yer alan dizi düzenleyiciye yapıştırabilirsiniz. Bu işlem, örnek plan dizilerinin yüklenmesiyle gösterilmektedir. Dizi düzenleyicinin kendisi, ITS2 dizilerinizin geçerli olup olmadığını kontrol eder ve hata mesajları verir.Örneğin, PAC dışı karakterler kullandığınızda, doğru HMM'yi seçtikten sonra "annotate" butonuna tıklayarak işlemi başlatabilirsiniz. Program tarafından tanımlanabilen her 5.8 s ve 28 SRNA kaldırılır ve arada yer alan doğru şekilde açıklanmış I ts iki dizileri bırakılır. Sonuç olarak, sınırlandırılmış I TS iki dizilerinin yanı sıra 5.8 s ve 28 S-R-R-N-A'nın öngörülen hibriti de gösterilir. Yeni elde edilen I ts iki dizilerinin açıklanmasından sonra, HMM açıklamalarının doğruluğunu onaylamak için sekonder yapılar iki yöntemle belirlenebilir.İlk tahmin, veri tabanındaki dizi ve yapıların tamamının şablon olarak kullanıldığı homoloji modellemesi ile gerçekleştirilebilir. Açıklamalı dizinizin yapısını tahmin etmek için, iki dizinizin yanındaki yapı tahmin et butonuna tıklayın. Eğer sağdaki iki diziniz doğrudan tipik iki sekonder yapısına katlanabiliyorsa, sonuç hemen görüntülenir.Sıra yapınızı daha fazla işlemek için, veri havuzunuza eklemek de dahil olmak üzere çeşitli seçenekler arasından seçim yapabilirsiniz. Eğer buradaysanız, iki dizi doğrudan katlanamaz; bunun yerine veritabanına karşı bir blast araması gerçekleştirilir. Sonuç sayfası, her bir plastiği şablon olarak alan homoloji modellemesini de içeren en iyi blast sonuçlarını gösterir.Artı işaretine tıklandığında ayrıntılar görüntülenir; sürükle ve bırak yöntemini kullanarak veya sağ tıklama ile açılan bağlam menüsünü kullanarak istediğiniz dizi-yapı çiftlerini seçebilir ve bunları veri havuzuna ekleyebilirsiniz. İkinci bir yaklaşım ise, sorgu dizilerinize en uygun ikincil yapıları aktarmak için şablon olarak, ikincil yapıları da dahil olmak üzere bir veya birden fazla diziyi manuel olarak girmektir. Bu işlem, çoklu şablonlar için hazırlanan örnek dosya yüklenerek gösterilmiştir.Predict best templates butonuna tıklayarak, varsayılan ayarlar ile homoloji modellemesini gerçekleştirirsiniz. Homoloji modelleme programı, tüm yapıları birbirine karşı hesaplayacak ve en iyi sorgu şablon kombinasyonlarını görüntüleyecektir. Sonuç tablosunda, hangi şablonların bir veya birkaç sorgu dizisini modellemek için ikincil yapılarını başarıyla kullanabildiğini görebilirsiniz.Yine, sonuçların ayrıntıları artı işaretine tıklanarak açılabilir; çünkü eksiksiz homoloji modelleme yaklaşımı ITS two'dan bağımsızdır. Bilinen yapısı olan homolog bir molekül verildiğinde, herhangi bir RNA'nın sekonder yapısını tahmin etmek için kullanılabilir. Ayrıca, elde edilen sekans-yapı çiftleri sürükle-bırak yöntemiyle veya sağ tıklama ile açılan bağlam menüsü aracılığıyla veri havuzuna eklenebilir.Genel yapıya ek olarak, üçüncü heliksin tepe noktasından önce gelen A-U-G-G-U sekansı ve ikinci helikste yer alan bir eşleşmeme piramidi gibi korunmuş motifler ITS two için tanımlanmıştır. Bu UU eşleşmeme durumu, biri heliks ikinin solunda, diğeri ise heliks iki ve üç arasında ek bir üçlü A nükleotidi ile birlikte yer alan iki motifle çevrilidir. Bu sekans motiflerini hms'lere dönüştürerek, şimdi ilgilenilen sekanslardaki bu motiflerin tanımlamasını sağlıyoruz.Bu motifleri aramak için sorgu dizinizi arama alanına girin ve doğru modeli seçin. Bu işlem, planlar için örnek dosyanın yüklenmesiyle tekrar gösterilmiştir. Hesaplamaları başlatmak için motif aramasına tıklayın.Sorgu dizilerinizde I Ts two motifleri açıklanmış ve vurgulanmıştır. I Ts two veritabanından I Ts two dizi yapı çiftlerini geri getirmenin bir yolu arama fonksiyonudur. Bu fonksiyon, kullanıcının dizi yapılarını takson adına veya GenBank tanımlayıcısına göre aramasına olanak tanır.Bir dizi yapısını GenBank tanımlayıcısı ile aramak için, GI numarasını arama alanına yazın ve arama butonuna tıklayın. Eşleşen sonuçların bir listesi yeni bir sekmede görünür. "Ayrıntıları göster" seçeneğine tıklayarak bir dizi yapısının detaylarını görüntüleyebilirsiniz.Ayrıca, sürükle ve bırak yoluyla "sekans yapısını göster" seçeneğine tıklayarak veya sağ tıklama ile açılan bağlam menüsü üzerinden, sekme içindeki tüm eşleşmelerin S yönündeki sekans dizilimlerini görüntüleyebilirsiniz; seçilen sekans yapıları veri havuzuna eklenebilir. gi numaralarıyla sekans yapısı çiftlerini aramanın yanı sıra, arama alanına bir takson adı yazabilirsiniz; bu işlem, beliren canlı bir arama kutusu ile desteklenmektedir. Tüm eşleşmeleri listeleyen yeni sekme açıldıktan sonra, öncekiyle aynı işlevlere erişebilirsiniz.Örneğin, sürükle ve bırak yöntemiyle veri havuzuna seçim ekleme işlemi yapılabilir. Veritabanından sekans-yapı çiftlerini geri çağırmanın ikinci yolu ise gözatma işlevidir. Burada metinler sınıflandırılmıştır.NCBI taksonomi veri tabanına göre, verilere ağaç benzeri bir yapı üzerinden erişilebilmektedir. Web sitesinin sol tarafında, artı işaretine tıklayarak bir alt seviyedeki metinleri görüntüleyebilirsiniz.Bir takson adına tıkladığınızda, o taksonun her bir sekans yapısını ve çiftini içeren yeni bir sekme açılır. I Ts two veritabanı, CEM bank tanımlayıcıları veya tür bilgileriyle yapılan sekans ve yapı aramalarının yanı sıra blast tabanlı bir arama da sunar. Ancak, standart blast prosedürleri genellikle uzak akraba olanları tanımlamakta yetersiz kalmaktadır.Yüksek dizilim farklılığı nedeniyle iki farklı dizilim bulunmaktadır. Bu engeli aşmak için, homoloji araması için yüksek düzeyde korunmuş yapı hakkında bilgiler içeren, dizilim ve yapı tabanlı bir blast araması uygulamış bulunmaktayız. Bu işlem, dizilim yapısının 12 harfli bir psödo protein dizilimine dönüştürülmesiyle gerçekleştirilir.Böylece, ilgilenilen herhangi bir diziyle başlayan ve geniş taksonomik aralıkları kapsayan tür örneklemesi, bir BLAST araması kadar basit hale gelmiştir. BLAST araması yapmak için sorgu dizilerinizi dizi düzenleyiciye yazabilirsiniz.Sorgu diziniz yapı içermeyen düz bir nükleotid dizisi ise, ikincil yapıları da içeren diziler için yaygın bir blast n algoritması kullanılır. Web arayüzü, I Ts two blast algoritmasını kullanır. Blast'a tıklayarak işlemi başlatın.Birkaç an sonra, BLAST sonuçlarınız yeni bir sekmede listelenir. Burada her bir sorgu dizisi için bir sekme görürsünüz. "Hizalamaları göster" seçeneğine tıklayarak BLAST hizalamaları arasında gezinebilirsiniz. Daha önce olduğu gibi, seçtiğiniz dizi-yapı çiftlerini belirleyebilir ve bunları veri havuzuna ekleyebilirsiniz.ITS iki veritabanı üzerindeki çalışmalarınız sırasında, veri havuzunuz çeşitli sekans yapılarıyla dolmuş olabilir. Veri havuzunuza her zaman erişebilir ve içeriğini görüntüleyebilirsiniz. Analizinizin bir sonraki adımı, çoklu sekans yapısı hizalamasıdır.Veri setini analiz et'e, ardından dizilimi hizalamayı gerçekleştirmek için dizi ve yapı'ya tıklayın. Şimdi, hizalamanız için grafik modunu seçmeniz istenecektir. Geniş dizi setleri için ince versiyonun seçilmesi önerilir.Veri havuzumuz sadece birkaç sekans yapısı içerdiğinden, tam grafik modunu seçiyoruz. Hesaplama tamamlandıktan sonra, hizalama veri havuzunuza eklenir. Bir baz çiftinin bir tarafını vurguladığınızda, karşılığı otomatik olarak vurgulanır.Son olarak, "safe alignment" seçeneğine tıklayarak hizalama güvenli hale getirilebilir. Dizilim yapısı hizalamasının kalitesinden memnun kaldığınızda, "analyze data set" ve ardından "neighbor joining" seçeneklerine tıklayarak filogenetik bir komşu birleştirme ağacı hesaplayabilirsiniz. Ortaya çıkan ağaç yeni bir sekmede görünür.Kaydırma çubuğunu kullanarak ağacınızı serbestçe ölçekleyebilir, ağacın herhangi bir düğümüne veya yaprağına tıklayıp ardından "reroute at this node" (bu düğümde yeniden yönlendir) seçeneğini belirleyerek ağacınızı yeniden yönlendirebilirsiniz. Veri havuzunuzdan bir taksonu kaldırmak istiyorsanız, yaprağa tıklayıp "Remove this node from pool" (bu düğümü havuzdan kaldır) seçeneğini belirleyin.Şimdi, "safe tree" seçeneğine tıklayarak azaltılmış takson örneklemesi ile hizalamanızı ve ağacınızı yeniden hesaplayabilirsiniz. Filogenetik ağacınızı NU formatında kaydedebilirsiniz. Satışa sunulan bağımsız araçlar ve pro s hakkında ek bilgi edinmek için "about this website" ve ardından "tools" kısmına tıklayın.ITS2 veritabanı web arayüzü tarafından sunulan Neighbor joining hizalamasının yanı sıra, artık örneğin kompanzatör değişikliklere dayalı tür sınırlaması gibi birkaç yeni işleve erişebilirsiniz. Son dakikalarda, filogenetik analizinizi nasıl geliştirebileceğinize dair size birkaç ipucu göstermek istedik. Verilerinizi ITS2 veritabanından nasıl toplayacağınızı, bunları four cell ile nasıl hizalayacağınızı ve son olarak ağaçlarınızı Pro S ile nasıl hesaplayacağınızı gösterdik. Tüm bu adımlarda sadece diziyi değil, hem diziyi hem de yapıyı dikkate aldık. Tabii ki.Umarız küçük filmimizden ve yoğun ağaç oluşturma sürecimizden keyif almışsınızdır. İyi geceler.

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Torasik onkoloji veritabanı translasyonel araştırma amaçlı klinik ve laboratuvar veriler için kapsamlı bir veri havuzu olarak hizmet etmek için geliştirilmiştir. Veritabanı Göğüs Onkoloji Araştırma Programı çerçevesinde translasyonel kanser araştırmacıları hizmet edecektir. Bu veritabanı, diğer kanser modellerinin yanı sıra diğer insan hastalıkları için uyarlanabilir.

Kapsamlı Göğüs Onkoloji Veritabanı Üretimi - Translasyonel Araştırma Aracı

I-TASSER boru hattı kullanarak protein yapısal ve fonksiyonel karakterizasyonu tabanlı bir bilgisayar için yönergeler açıklanmıştır. 3D modelleri sorgu protein dizisi başlayarak, birden fazla iş parçacığı hizalanmalar kullanılarak oluşturulan yapısal montaj simülasyonları yinelemeli. Fonksiyonel çıkarımlar sonra bilinen yapı ve fonksiyonlara sahip proteinlere maçlarına göre çizilir.

Bilgisayar Tabanlı Protein Yapısı ve İşlevi Tahmin Protokolü

Genetik ve farmakolojik manipülasyonlar etkilerini değerlendirmek amacıyla, mekansal yerelleştirme, zamansal lokalizasyonu, süresi, hızı ve olasılık tahmini, risk değerlendirmesi, dürtüsellik ve doğruluğunu ve hafıza hassasiyet arabuluculuk mekanizmalarının fizyolojik anlamlı özelliklerini ölçmek için tam otomatik sistem Farelerde biliş temel mekanizmaları.

Farelerin Otomatik, Kantitatif / Bilişsel Davranışçı Tarama: Genetik, Farmakoloji, Hayvan Biliş ve Lisans Öğretim İçin

Birçok araştırmacı, elektronik tablolar yerine veritabanları ile daha verimli bir şekilde yönetilebilen "orta ölçekli", düşük hız ve çok boyutlu veriler oluşturur. Burada, çok boyutlu verileri görselleştirme, ilişkisel veritabanı yapılarındaki tabloları bağlama, yarı otomatik veri ardışık lıklarının eşlemi nin eşleştirilmesi ve veri anlamlarının açıklığa kavuşturulması için veritabanını kullanma gibi veritabanlarının kavramsal bir genel görünümünü salıyoruz.

Doku Mühendisliğinde Orta Ölçekli, Düşük Hız, Çok Boyutlu Verileri Verimli Bir Şekilde Yönetecek Veritabanları

TBase, elektronik sağlık kaydını böbrek nakli alıcıları için yenilikçi bir araştırma veritabanıyla birleştirir. TBase, farklı hastane sistemlerine bağlı ve düzenli ayakta bakım için kullanılan bir bellek içi veritabanı platformu üzerine inşa edilir. Transplantasyona özgü veriler de dahil olmak üzere ilgili tüm klinik verileri otomatik olarak entegre ederek benzersiz bir araştırma veritabanı oluşturur.

TBase - Böbrek Nakli Alıcıları için Entegre Elektronik Sağlık Kaydı ve Araştırma Veritabanı

gP2S, cryoEM deneylerinin izlenmesi için bir web uygulamasıdır. Ana özellikleri, uygulamayı yüklemek ve yapılandırmak için gereken adımlar gibi açıklanmıştır. Yapılandırıldıktan sonra, uygulama negatif leke ve cryoEM denemeleriyle ilişkili meta verileri doğru bir şekilde kaydetmeye izin verir.

gP2S, CryoEM Deneyleri için Bir Bilgi Yönetim Sistemi

Biyobankalar biyomedikal araştırmalar için çok önemli kaynaklardır ve Avrupa Onkoloji Enstitüsü'ndeki Translasyonel ve Dijital Tıp Birimi için Biyobanka bu alanda bir modeldir. Burada, biyobankaların farklı insan biyolojik numunelerinin yönetimi için standart çalışma prosedürlerinin ayrıntılı bir açıklamasını sunuyoruz.

Translasyonel Tıp için Biyobanka: Optimal Numune Yönetimi için Standart Çalışma Prosedürleri

Çoğullanmış iyon demeti görüntüleme (MIBI) genellikle doku mikrodizilerini ve döşenmiş, bitişik doku alanlarını görüntülemek için kullanılır, ancak bu deneyleri kurmak için mevcut yazılım hantaldır. Döşeme/SED/dizi arayüzü, MIBI çalıştırma kurulumunu önemli ölçüde basitleştirmek ve hızlandırmak için geliştirilmiş sezgisel, etkileşimli bir grafik aracıdır.

Karo/SED/Array arayüzü kullanılarak çoğullanmış iyon ışını görüntüleme mikroskobu üzerinde doku mikrodizisi ve döşenmiş alan görüntülemesinin hızlı kurulumu 

Bu çalışma, Alzheimer hastalığı (AD) olan otuz üç bireyin tek çekirdekli transkriptomlarını analiz etti ve glial hücrelerde cinsiyete özgü DEG'leri ortaya çıkardı. Fonksiyonel zenginleştirme analizi sinaptik, nöral ve hormonla ilişkili yolakları vurguladı. Anahtar genler, yani NLGN4Y ve düzenleyicileri tanımlandı ve cinsiyete özgü AD için potansiyel terapötik adaylar önerildi.

Alzheimer Hastalığının Cinsiyet Özgüllüğü için Glial Transkriptom Profillerine Dayalı Biyobelirteç Tanımlaması

Biz yetişkin zebrafish intraperitoneal göstermektedir. Biz bir Micro4 denetleyicisi ve UltraMicroPump III tarafından kontrol edilen bir 10 ul NanoFil mikroenjektör kullanın. Bu gösteri, bir anestezik olarak soğuk su kullanımını içerir.

Yetişkin Zebra balığı içine intraperitoneal enjeksiyon

Keşfedin ITS2 veritabanını filogenetik analiz için. HMM tabanlı anotasyon, yapı tahmini ve hizalama araçları ile sekans ve ikincil yapı verilerini entegre ederek moleküler sistematik çalışmalarınızı kolaylaştırın.

ITS2 Veritabanı

Daha fazla video keşfet