Name: Biyomarker Discovery için Mezogözenekli Silika İnce Filmler üzerine düşük molekül ağırlıklı Protein Zenginleştirme (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2012-04-17T13:00:00.000+00:00
Duration: 13 min
Description: Öğrenin, mezogözenekli silika ince filmler kullanarak insan serumundan düşük molekül ağırlıklı protein ve peptitleri seçici olarak kurtarma yöntemini. Bu teknoloji biyobelirteç keşfi için serum proteom profillemesini geliştirir.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Bu çalışma NanoHealth Öncesi merkezi Ödülü (W81XWH-11-2-0168) ve Kanser Nanotıp için Texas Merkezi (1U54CA151668-01) İttifakı tarafından finanse edildi.

1. Chip Fabrikasyon <ol><li> Hidrolize silikat çözeltilerden ile başlayan çip kaplama çözümü oluşturun. 17 ml etanol ile tetraethylorthosilicate (TEOS) ve 14 mL karıştırıp, kuvvetli karıştırma altında deiyonize su ve 6M HCI ve 0.5 ml 6.5 mL (1.200 rpm) bir sıcak plaka karıştırılır kullanılarak. Karıştırarak sabit tutularak, 2 saat boyunca 80 ° C&#39;de ısıtılır, bu çözüm. </li><li> Kuvvetli karıştırma ile oda sıcaklığında 10 ml etanol ile istenen tri-blok coploymer (Pluronic 127, L121 ve P123) ekleyerek polimer çözeltilerinin hazırlanması. Oda sıcaklığında, kuvvetli karıştırma 2 saat takiben tri-blok kopolimer çözeltisi içine silikat çözeltisi (1.1 adım gelen) ve 7.5 ml eklenerek karışım tamamlar. Bu, nihai kaplama solüsyonu temsil eder. </li><li> 20 saniye süreyle 1500 rpm hızında yan kaplama ile bir 4 inç silikon için kaplama çözeltisi ile 1 mL geçerlidir. 80 daha sonra sıcaklık 12 ° C saat boyunca. </li><li> Organik su çıkarmak için filmleri ısıtın425 ° C sıcaklıkta 1 dakika başına yükselterek rfactant ° C, ve daha sonra 5 saat süreyle fırında. </li><li> Oksijen plazma küllendirimi (- Mart Plazma Sistemi Plazma Asher) ile gözenekli silis (MPS) çip yüzey önceden işleme. (O 2 Akış hızı: 80 sccm, gücü: 300 W, süresi: 10 dakika). </li><li> Isteğe bağlı yüzey kimyasal modifikasyon: metanol içinde% 3 organosilane in silanate yongaları: DI su (19:01) bir N 2 torpido oda sıcaklığında 72 saat için çözelti. Metanol ve DI su ile sırayla durulayın. 110 ° C&#39;de bir fan ile çalışan fırında 15 dakika yongaları Cure. </li></ol> 2. Örnek Tedavi öncesi <ol><li> Nihai konsantrasyonu% 0.01 TFA,% 5 ACN olduğu gibi, her serum numunesi için TFA ve ACN ekleyin. Karıştırmak için Vortex. </li><li> 30 dakika için oda sıcaklığında bir tablo girdaplı karıştırma cihazı üzerinde, bu örneklerin çalkalanır. </li></ol> 3. Serum Fraksiyonasyon <ol><li> 160 fırında gece boyunca Pre-fırında yongaları ° C Alternatif olarak, store bir kurutucuda yongaları havada ortam su yüzeyinin hidratasyon önlemek için kullanılana kadar. </li><li> Çip yüzeyinde olabilecek herhangi bir parçacıklar tozunu için basınçlı hava kullanın. </li><li> Prefabrik Kes, kuyu istenilen sayıda dahil etmek CultureWell odacıklı coverglass satın aldı. MPS çip yüzeyinde% 100 etanol ve sonra yer ile Temiz coverglass. Çip ile tam bir sızdırmazlık sağlamak için forseps ile coverglass bastırın. </li><li> Ayrıca her 3 mm içine serum örneğinin pipetle 10 uL. Oda sıcaklığında nemlendirilmiş bir odacık içinde 30 dakika süreyle inkübe edilir. </li><li> Kuyulardan serum kadar Pipeti atın. Her bir kuyuya deiyonize su pipetle 10 uL büyük proteinler yıkayacak kadar. 4 kez tekrarlayın. </li><li> Ayrıca her bir örnek için pipetle 5 uL elüsyon tamponu (% 0.1 TFA +% 50 ACN). Elüsyon tampon karıştırmak için de etrafında pipet hareket ederken 30 kez aşağı yukarı Pipeti ve. (Sadece elüsyon tampon önlemek için bir seferde 1-2 örnekleri elüsyon tampon uygulanırbu kadar çabuk buharlaşan itibaren). </li><li> MALDI-TOF analiz için hazır olana kadar karıştırma sonrasında, bir mikrosantrifüj tüp içinde tüm işlem tampon maddesi ile yer Pipeti. </li><li> Bir numunenin biyolojik karmaşıklığı taklit etmek ve yonga fraksiyonasyon sistemi ile düşük molekül ağırlıklı türler hasat zenginleştirme etkisini değerlendirmek için, bu seçilir ve geniş olan yirmi altı farklı türler sayma proteinler ve peptitler, standart bir karışımı monte molekül ağırlıkları (900-66 500 Da) ve PI (4,0-10,2) ve konsantrasyonu (0.5-8 pmol / ml) aralığı (Tablo 1 protein listesine bakınız). </li></ol> 4. Peptidlerin MALDI-TOF Analizi <ol><li> Nokta 0.5 MALDI hedef plaka için numune uL ve kurumaya bırakın. </li><li> Nokta 0,5 uL matriks (α-siyano-4-hidroksisinnamik asit (CHCA), 5 g / L) ya da% 0.1 TFA ve içeren% 50 asetonitril içindeki trans-3 ,5-dimetoksi-4-hidroksisinnamik asit (SA) ve doymuş çözeltisi co-kristalleşmeye izin verir. &lt;/ Li&gt; <li> Nokta 0.5 her kalibrasyon noktaya kalibrasyon çözüm uL ve kurumaya bırakın. </li><li> MALDI-TOF kütle spektrometresi içine hedef plakası yerleştirin. Makine numune başına 4200 ve 3000 çekim bir lazer yoğunluğu ile pozitif reflektör moduna ayarlanması gerekir. Seçilen kütle aralığı 2000 Da bir hedef kitle ile 800 ila 5000 Da olmalıdır. </li><li> Lineer modda aynı MALDI-TOF analiz ancak 900 ila 10.000 Da veya 3000 için 70.000 ve 5000 Da Da bir hedef kitle için kitle aralığını değiştirebilirsiniz. </li></ol> 5.. Veri Analizi <ol><li> Ham spektrumları ConvertPeakList yazılımı ile işlendi ve veri ön işleme için yazılım SpecAlign ihraç edildi. Tüm spektrumları PAFFT korelasyon yöntemi ve şiddetleri her gelen spektrum içinde toplam iyon akımı (TIC) normalize edildi kullanarak hale getirilmiştir. Tüm spektrumları düzeltti ve sırasıyla 4 ve 0.5 faktörü ile kaldırdığımızda noised edildi. Peaks 0.5, kitle 21 pencere ve yüksekliği bir temel ile belirlendioranı 1.5, negatif değerler analizden önce çıkarıldı. </li><li> Hiyerarşik kümeleme Küme 3.0 kullanılarak yapılan ve MapleTree yazılımı ile görüntülendi. MALDI MS Data (m / z pik şiddetlerini) log-dönüştürülmüş, normalize, ve medyan merkezli oldu. Pearson korelasyon örnekleri arasındaki uzaklığı hesaplamak için kullanılan ve tam bağlantı kümeleme yapıldı. </li><li> Bağımsız Student t-testi öncesinde denetimsiz hiyerarşik kümeleme analizi için her bir tespit MS zirve için gruba (n = 2 grup) arasında karşılaştırma için kullanılmıştır. 0.02 veya daha düşük bir P-değeri farklı mezogözenekli proteomik yongaları (Geniş gözenekler vs Küçük gözenekler) arasında farklı şekilde hasat peptidler ve proteinler seçmek için anlamlı kabul edildi. </li></ol> 6. Temsilcisi Sonuçlar Şekil 1 &#39;de gösterildiği gibi, bu çalışmada, nanotextures çeşitli gözenekli silis ince film bir dizi üretilmiş ve kapsamlı bir şekilde araştırılmıştırseçici yakalama ve insan serum gelen LMW peptitler ve proteinler zenginleştirici. Şekil 2a ve b&#39;de ir kullanımı 900 ila 10,000 Da aralığında peptidler için ve 3000 aralığında proteinler için işlenmemiş serum örneğinin MS spektrumları göstermektedir ~ 70,000 Da sırasıyla . Bu spektrası gibi Albumin. Şekil 2C, d gibi (HMW) proteinleri MAS L121 tarafından fraksiyonasyon sonrasında serum örneğinin MS spektrumları tasvir nedeniyle ayrıca iyonize, yüksek miktarda, yüksek moleküler ağırlıktaki varlığı LMW bölgede sinyal bastırılması göstermek (gözenek boyutu, 6 nm). Büyük moleküllerin çoğunda LMW bileşenleri önemli bir zenginleşmesi ile sonuçlanır, seyreltilmiş edilmiştir. Kontrol olarak, aynı serum örneği LMWP kurtarma için MPS ince filmlerin özgüllüğü değerlendirmek için bir gözeneksiz saf silika yüzey üzerine uygulanmıştır. Şekil 2E ve f de görülebileceği gibi, pep arasında anlamlı bir hasat yoktugözeneksiz silis gelgitler ya da proteinler. Böylece onu mezogözenekli mimarisi değil LMWP zenginleşmesine de baskın faktörü oluşturmaktadır silika yüzey yakınlığı olduğu söylenebilir. Gözenek büyüklüğü hassas bir şekilde kontrol varyasyonlar hidrofobik blok uzunlukları farklı olan kopolimerleri kullanımı ile elde edilebilir. Tasarlanan proteinler ve peptitler karışımı kullanılarak, LMW peptid ve protein geri kazanım etkinliği üzerindeki gözenek boyutu etkisini MPS farklı hacim oranları ile dört Pluronic sürfaktanlar (127, P123, L121 ve L121 artı şişme ajanı) hazırlanmıştır ince filmler kullanılarak araştırıldı hidrofilik ve hidrofobik bileşenlerin sırasıyla gözenek 3,7 nm boyutları, 5,2 nm, 7,4 nm, ve 9,0 nm oluşturur. Gözenek boyutları bu aralığı boyutu ve şekli dışlama (Şekil 3) ile peptitler ve aynı serum örneğinden protein farklı bir repertuar düzelmeye neden oldu. Yüksek moleküler ağırlıktaki d az protein spektrumlarıçipin her tür kesme moleküler emonstrate. HMW proteinlerin boyutuna bağlı tükenmesi ek olarak, standart çözeltisinin çip fraksiyonasyon bir diferansiyel ve gözenek boyutları ile ilgili LMW türlerinin selektif zenginleştirme gösterir. Şekil 3b, sunulan iki yönlü bir hiyerarşik kümeleme farklı MSC ile elde LMW standartları zenginleştirme modelini gösterir. Tüm peptidler fiş kesme moleküler altında olsa bile, gözenek boyutları ve sıkışmış türlerin moleküler ağırlığı arasında pozitif bir korelasyon vardır. Küçük peptitler küçük gözeneklere sahip yongalar daha verimli kurtarıldı ederken geniş gözenekler, en fazla 9 nm ile MSC tercihen, büyük peptidler hasat. Gözenekli düzenlemenin yapısal dönüşüm şablon polimer konsantrasyonuna ayarlayarak gerçekleştirildi. Şablon polimer konsantrasyonu artan fazlar arasında azaltılmış bir ara yüzey eğrilik sonuçlanmıştırsu, kopolimeri, ve silikat, dolayısıyla bir silindirik yapı için bir dairesel gelen birbiriyle ilerlemesini başlatılması. of Pluronic 127, yüksek moleküler ağırlığa sahip, yapısal periyodu, bu yüksek derecesine sahiptir. Çözüm başlayarak F 127 konsantrasyonunu artırarak, farklı MPS ince film periyodik nanoyapıların 2D nanoyapı 3D nanoyapı elde edilebilir. 3D küp ve altıgen petek Nano, daha fazla arzu edilen nano-gözeneklere birleştiricisi ve daha erişilebilir nano-gözeneklere morfolojisi sahip, benzer gözenek boyutu dağılımları ve serum için kesme aynı moleküler paylaşmak rağmen, seçici 2D altıgen yapıdan daha LMW peptitler zenginleştirerek üstün bir performans sergileyen fraksiyonlama (Şekil 4). Çip yüzeyine önceden işleme küllemeye oksijen plazma tanıtarak MPS yongaları üzerinde organo-silan biz de aerodinamik konjugasyon. Niteliksel seçin üzerine elektrostatik etkilerini incelemek amacıylaive çip üzerinde zenginleştirme, biz protein ve peptidlerin karışımı kullanabilirsiniz. L121 ile hazırlanan MAS yongaları fraksiyonlara ve kimyasal fonksiyonel gruplar ile konjuge proteomik standartları çözeltisi MS analizi, Şekil 5&#39;te gösterilmektedir. Pozitif yüklü ve negatif yüklü peptit ve LMW proteinler sırasıyla anyonik ve katyonik cips yakalanır. Net pozitif şarj ile peptitler kurtarma birden fazla MPS cips kantitatif karşılaştırılması Şekil 5a görüntülenir. Herhangi bir değişiklik (başlangıçta küçük bir negatif elektrik yüklü) olmadan negatif yükü ve cips ile cips APTES (-NH 2) ile modifiye yongaları daha bu peptidler için daha yüksek zenginleştirme sergilerler. Şekil 5b gösterildiği gibi tersine, pozitif yüklü MPS cips, negatif net ücret olan peptidler kurtarmak için olağanüstü yeteneği sahip. Α-Endorfin önemli bir değişiklik d göstermez iken6 etrafında PI için ue. <img alt="Şekil 1" src="/files/ftp_upload/3876/3876fig1.jpg" /> Şekil 1. MPS cips fraksiyon ve LMW zenginleşme ilkesi. Daha geniş gözeneklere türler dışında kalırken Örnek yüzey üzerinde tespit sonra, LMW proteinler ve peptitler gözenekler içine tutsak ve yıkama aşamasında çıkarılır. Zenginleştirilmiş fraksiyonlar elüt ve MALDI ile analiz edilir. <img alt="Şekil 2" src="/files/ftp_upload/3876/3876fig2.jpg" /> Şekil 2. Gözenekli silis ince film çip kullanan Peptit zenginleştirme. Düşük kütle aralığı (900 10 000 Da) ve daha önce yüksek kütle aralığı (3000 için 70 000 Da) (a, b) Her iki ve gözenekli silis ince filmler (c, d) serum işleme (sonra MALDI MS profilleri L121, 6 nm). Boş gözeneksiz silis yüzeyleri (e, f) kullanıldığında moleküler geri kazanım önemli ölçüde azalır. <img alt="Şekil 3" src=&quot;/ Files/ftp_upload/3876/3876fig3.jpg&quot; /&gt; Şekil 3. MPS fiş Moleküler kesme ve boyutunu bağımlı zenginleştirme. Gözenek büyüklüğüne ilişkilendirerek her MPS fiş kesme özelliği moleküler gösteren MALDI spektrumları (a) Büyütülmüş görünüm. Farklı çip arasında peptid mix özellikleri (b) İki yönlü hiyerarşik kümeleme. Kırmızı, sarı renkli bir yoğunlukta nispi peptid konsantrasyonunu göstermektedir. Küçük peptitler (900-3500 Da itibaren) tercihen küçük gözeneklere sahip yongalar çıkartılmıştır ise daha büyük gözenekler, büyük peptidler (3600 den 8500 Da için) hasat geliştirilmiştir. <img alt="Şekil 4" src="/files/ftp_upload/3876/3876fig4.jpg" /> Şekil 4. MPS ince film ve farklı nanoyapıların seçici kurtarma Fiziksel karakterizasyonları. XRD (a, b, c), TEM (ilave a, b, c), prekürsör çözelti içinde farklı konsantrasyonda Pluronic F 127: 4,0 ×10 -3 M (a), 6.0 x 10 -3 M (b), ve 8,0 x 10 -2 M (c). 3D küp ve 3D altıgen F 127 proteomik yongaları (sırasıyla Cub ve Hex) üzerinde seçici peptidler kurtarma gösteren algılama yoğunluğu (d) Çubuk grafik. Farklı yapısal modifikasyonlar seçici zenginleştirme sunuyoruz. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/3876/3876fig5_lg.jpg"><img alt="Şekil 5," src="/files/ftp_upload/3876/3876fig5.jpg" /></a> Şekil 5. Farklı yüzey fonksiyonları ile yongaları için Charge-özel kurtarma. Fonksiyonlandırılmış yongaları üzerinde seçici yakalanan peptidlerin algılama MS yoğunluğu çubuk grafik. Bunların izoelektrik noktaya göre, peptidler pozitif veya negatif pH 7.0 &#39;tahsil. (A) Pozitif peptidleri ((1) des-Arg1-Bradikinin, (2) Bradikinin, (3) bir madde P-amid, (4) nörotrofin, (5) ACTH (1-17), (6) ACTH (7 - 38)), özellikle negatif yüklü sur üzerinde zenginleştirilmişyüzler. (B) Negatif peptidleri ((7) Glu1-fibrinopeptide B, (8) α-endorfin, (9) ACTH (18-39), (10) insülin, (11) EGF, (12), insülin benzeri GFII) olan özellikle pozitif yüklü yüzeylere zenginleştirilmiştir. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/3876/3876fig6_lg.jpg"><img alt="Şekil 6" src="/files/ftp_upload/3876/3876fig6.jpg" /></a> Şekil 6. Fraksiyonlara serum On-chip istikrar. (A) LMW peptit ve proteinlerin Temsilcisi MALDI profilleri hemen serum fraksiyon (üst) sonra ya da oda sıcaklığında (altta) ve on-chip depolama 3 hafta sonra yıkandı. (B) yukarıdan aşağıya doğru: her tekrarında tespit MS zirveleri ortalama yoğunlukları lineer regresyon analizi oda sıcaklığında taze fraksiyone serum serum ve fraksiyonlara sonra 3wk MPS cips depolama için 1 çoğaltmak için karşılaştırıldı. Denklem, CV ve belirtme katsayısı (R 2) gösterilir.

<ol><li>Wulfkuhle, J. D., Liotta, L. A., Petricoin, E. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Proteomic+applications+for+the+early+detection+of+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Rev.+Cancer%22%5BJournal%5D)">Proteomic applications for the early detection of cancer.</a> Nat. Rev. Cancer. 3, 267-275 (2003).</li>
<li>Etzioni, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+case+for+early+detection%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Rev.+Cancer%22%5BJournal%5D)">The case for early detection.</a> Nat. Rev. Cancer. 3, 243-252 (2003).</li>
<li>Hanash, S. M., Pitteri, S. J., Faca, V. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mining+the+plasma+proteome+for+cancer+biomarkers%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Mining the plasma proteome for cancer biomarkers.</a> Nature. 452, 571-579 (2008).</li>
<li>Liotta, L. A., Ferrari, M., Petricoin, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Clinical+proteomics%3A+written+in+blood%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Clinical proteomics: written in blood.</a> Nature. 425, 905-905 (2003).</li>
<li>Petricoin, E. F., Belluco, C., Araujo, R. P., Liotta, L. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+blood+peptidome%3A+a+higher+dimension+of+information+content+for+cancer+biomarker+discovery%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Rev.+Cancer%22%5BJournal%5D)">The blood peptidome: a higher dimension of information content for cancer biomarker discovery.</a> Nat. Rev. Cancer. 6, 961-967 (2006).</li>
<li>Anderson, N. L., Anderson, N. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+human+plasma+proteome%3A+history%2C+character%2C+and+diagnostic+prospects%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Cell+Proteomics%22%5BJournal%5D)">The human plasma proteome: history, character, and diagnostic prospects.</a> Mol. Cell Proteomics. 1, 845-867 (2002).</li>
<li>Gorg, A., Weiss, W., Dunn, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Current+two-dimensional+electrophoresis+technology+for+proteomics%5BTitle%5D)+AND+%22Proteomics%22%5BJournal%5D)">Current two-dimensional electrophoresis technology for proteomics.</a> Proteomics. 4, 3665-3685 (2004).</li>
<li>Liu, H., Sadygov, R. G., Yates, J. R., 3rd, <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+model+for+random+sampling+and+estimation+of+relative+protein+abundance+in+shotgun+proteomics%5BTitle%5D)+AND+%22Anal.+Chem%22%5BJournal%5D)">A model for random sampling and estimation of relative protein abundance in shotgun proteomics.</a> Anal. Chem. 76, 4193-4201 (2004).</li>
<li>Rabilloud, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Two-dimensional+gel+electrophoresis+in+proteomics%3A+old%2C+old+fashioned%2C+but+it+still+climbs+up+the+mountains%5BTitle%5D)+AND+%22Proteomics%22%5BJournal%5D)">Two-dimensional gel electrophoresis in proteomics: old, old fashioned, but it still climbs up the mountains.</a> Proteomics. 2, 3-10 (2002).</li>
<li>Hu, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tailoring+of+the+nanotexture+of+mesoporous+silica+films+and+their+functionalized+derivatives+for+selectively+harvesting+low+molecular+weight+protein%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Nano%22%5BJournal%5D)">Tailoring of the nanotexture of mesoporous silica films and their functionalized derivatives for selectively harvesting low molecular weight protein.</a> ACS Nano. 4, 439-451 (2010).</li>
<li>Bouamrani, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mesoporous+silica+chips+for+selective+enrichment+and+stabilization+of+low+molecular+weight+proteome%5BTitle%5D)+AND+%22Proteomics%22%5BJournal%5D)">Mesoporous silica chips for selective enrichment and stabilization of low molecular weight proteome.</a> Proteomics. 10, 496-505 (2010).</li>
</ol>

Biz ifşa hiçbir şey yok.

Kanıt dolaşım proteom düşük molekül ağırlıklı bölge hastalığın erken tespiti için tanı biyobelirteçlerin zengin bir kaynak olduğunu monte edilir. Bu teknolojide, farklı gözenek boyutları, gözenek yapıları ve seçici peptitler ve düşük molekül ağırlıklı proteinlerin zenginleştirmek için değişiklik ile gözenekli silis cips bir dizi sundu. Protein stabilite değerlendirmek için, MAS yongaları yıkandıktan sonra kurutulur insan serumu, ile birlikte inkübe edildi ve oda sıcaklığında 3wk için muhafaza edilmiştir. Elde edilen protein / peptid desenler gibi Şekil 6b gösterdi istatistiksel analiz sonuçları ile teyit taze fraksiyone serum olanlar (Şekil 6a) ile karşılaştırılabilir. Ortalama CV ile ölçülen pik sinyallerinin değişkenliği ham serum için% 12.7 olarak ve fraksiyonlara numuneler için% 14.2 olarak tahmin edilmiştir. Marjinal bir varyasyon MALDI enstrümanın dahili değişkenliği nedeniyle olabilir ve önerilen olabileceğini on-çip ön arıtma ve depolama MS protein profilleri herhangi bir önemli değişikliğe neden olmadı. Aynı deney geçirgen olmayan silikon üzerinde gerçekleştirilen edilmiştir. Silikon yüzey üzerinde depolama sonra iyileşti kuru serum MALDI analizden önce MPS fiş fraksiyonlara oldu. Yoksul MS profili mezogözenekli yüzeyinin istikrar avantajı sağladığını göstermiştir elde edilen. Daha önce öne mekanizmaları ile benzerliği, biz nanopores içinde sıkışıp LMW türlerin proteazların boyutunu dışlaması yoluyla bozulmadan korunduğu varsayımında veya nanopores ve kapalı alanlarda kendi proteolitik aktivite sterik inhibisyonu. MPS çip tabanlı yöntem kompleks biyolojik sıvılar çalışmanın peptid ve LMW protein profili güçlü bir araç olabilir. MAS yongaları keşif tarama ve biyo için avantajlı özellikleri sağlayan, örneklerin çok sayıda eş zamanlı olarak işleme elde kadar ölçekli üretime üretimi ve izin vermek daha ucuzdurişaretleyici keşif.

<table border="1"><tbody><tr><td> Reaktif Adı </td><td> Şirket </td><td> Katalog numarası </td><td> Yorumlar </td></tr><tr><td> Tetraethoxysilane </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> 131903 </td><td> % 98 </td></tr><tr><td> Spin coater </td><td> Brewer Bilim </td><td> Cee 200X </td><td></td></tr><tr><td> Plazma Asher </td><td> Nordson Mart </td><td> AP-600 </td><td></td></tr><tr><td> Spektroskopik Ellipsometre </td><td> JA Woollam A.Ş. </td><td> M-2000DI </td><td></td></tr><tr><td> MALDI-TOF </td><td> Applied Biosystems </td><td> Voyager-DE-STR </td><td></td></tr><tr><td> α-siyano-4-hidroksisinnamik asit </td><td> Sigma-Aldrich Co </td><td> C8982 </td><td> MALDI-TOF için matris </td></tr><tr><td> trans-3 ,5-dimetoksi-4-hidroksisinnamik asit </td><td> Sigma-Aldrich Co </td><td> 85429 </td><td> MALDI-TOF için matris </td></tr><tr><td> Sıcak levha Stir </td><td> Thermo Scientific </td><td> 11-475-30Q </td><td></td></tr><tr><td> CultureWell odacıklı coverglass </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> GBL103350 </td><td> 3 mm çap. × 1 mm derinlik, 3-10 uL, steril </td></tr><tr><td> Pluronic F 127 </td><td> BASF </td><td></td><td> PEO 106-PPO 70-PEO 106 </td></tr><tr><td> Pluronic L121 </td><td> BASF </td><td></td><td> PEO 5-PPO 70-PEO 5 </td></tr><tr><td> Pluronic P123 </td><td> BASF </td><td></td><td> PEO 20-70-PPO PEO 20 </td></tr></tbody></table> Tablo 1. Fiziko-kimyasal özellikleri ve dizayn konsantrasyonu (Molekül ağırlığı ve IsoSeçilen peptid ve protein standartların-elektrik noktası).

biyomarker discovery için mezogözenekli silika İnce filmler üzerine düşük molekül ağırlıklı protein zenginleştirme

Low Molecular Weight Protein Enrichment on Mesoporous Silica Thin Films for Biomarker Discovery

Dolaşımdaki biyobelirteçlerin belirlenmesi non invaziv erken tanısı ve prognozu yaklaşımlar, yanı sıra tedavi etkinliğinin izlenmesi için büyük bir potansiyele sahip. 1-3 veya dokuların ve hücrelerin dökülen küçük proteinlerden oluşan dolaşımdaki düşük molekül ağırlıklı proteom (LMWP) Daha büyük proteinlerin proteolitik degradasyona türetilmiş peptit parçaları, hastaların in patolojik durum ile ilişkilidir ve muhtemelen hastalığın durumu göstermektedir. bu potansiyel klinik uygulamalarda rağmen 4,5 edilmiş, kütle spektrometre (MS) kullanılması LMWP gelen profil biyolojik sıvılarda çok nedeniyle serum protein ve peptid konsantrasyonları geniş dinamik aralık için zor olduğu kanıtlanmıştır. 6 örnek ön arıtma olmadan, daha yüksek miktarda protein, bazı serum / plazma düşük bolluk türlerinin tespitini zorlaştırdığı. Böyle iki boyutlu poliakrilamid jel-el gibi Şu proteomik-temelli yaklaşımlar,ectrophoresis (2D-PAGE) ve av tüfeği proteomik yöntemleri klinik uygulamalar için emek-yoğun, düşük verimlilik ve teklif sınırlı uygunluk. Bu nedenle 7-9 olup, daha etkili bir strateji kandan LMWP izole ve klinik örneklerin yüksek verimli görüntüleme sağlamak için gerekli . Burada, özellikle hedef ve LMWP zenginleştirmek için gözenekli silis fiş dayalı, hızlı, verimli ve güvenilir bir çoklu-fraksiyon sistemi sunuyoruz. Nano ölçülerde ayarlanabilir özellikleri ile 10,11 Mezogözenekli silika (MPS) ince filmler triblok kopolimer şablonu yolu kullanan uyduruldu . Çözeltilerden farklı şablonlar polimer ve polimer konsantrasyonu kullanarak, çeşitli gözenek boyut dağılımı, gözenek yapıları, bağlantı ve yüzey özellikleri belirlenir ve düşük kütleli proteinler seçici kurtarma için uygulanmıştır. Farklı alt sınıflarından içine zenginleştirilmiş peptidlerin seçici bir ayrıştırma bunların fizikokimyasal özelliklere uygun olacak trtoparlanma ve düşük bolluğu türlerinin algılama verim Hance. Kütle spektrometresi ve istatistik analizi ile birlikte, biz gözenekli silis ince filmlerin nanophase özellikleri ve düşük kütleli proteom hasat spesifite ve etkinliği arasındaki korelasyon gösterdi. Sonuçları burada kompleks biyolojik sıvılardan LMWP hasat için geleneksel yöntemlere güçlü bir alternatif sağlamak için nanoteknoloji tabanlı teknoloji potansiyelini açığa sundu. Malzeme özellikleri ayarlamak için yeteneği, düşük maliyetli üretim kapasitesi nedeniyle, numune toplama ve analiz için büyük ölçüde azaltılmış örnek gereksinimleri sadeliği ve hızı, bu romanı nanoteknoloji ölçüde proteomik biyomarker araştırma ve klinik proteomik alanında etkileyecektir değerlendirmesi.

Bu, insan serumu ile düşük molekül ağırlıklı proteinler ve peptitler selektif geri kazanımı için gözenekli silis ince film dayanan bir teknoloji geliştirilmiştir. Bizim gözenekli cips fiziko-kimyasal özellikleri ince peptid zenginleştirme önemli kontrolü sağlamak ve sonuçta tanısal amaçlı serum proteom profil ayarlı edildi.

Biyomarker Discovery için Mezogözenekli Silika İnce Filmler üzerine düşük molekül ağırlıklı Protein Zenginleştirme

Dolaşım yapan biyobelirteçlerin tanımlanması, erken tanı ve prognozda non-invaziv yaklaşımların yanı sıra ... için de büyük potansiyel taşımaktadır.

Bu prosedürün genel amacı, insan serumundan düşük moleküler ağırlıklı proteinlerin ve peptitlerin seçici geri kazanımı için mezogözenekli silika ince film tabanlı bir teknoloji geliştirmektir. Bu işlem, öncelikle mezogözenekli silika ince film çiplerinin üretilmesi ve oksijen plazma külleme ile ön işlemden geçirilmesiyle gerçekleştirilir. İkinci adım, seruma basit bir ön işlem uygulamak ve ardından çip üzerinde fraksiyonlama yoluyla serumdaki düşük moleküler ağırlıklı proteinleri ve peptitleri zenginleştirmektir.Çipten düşük moleküler ağırlıklı proteinlerin ve peptidlerin elüasyonunun ardından, moleküller matris destekli lazer desorpsiyon iyonizasyon uçuş süreli kütle spektrometrisi kullanılarak profillendirilir. Son adım, veri analizini gerçekleştirmek için profesyonel yazılımların kullanılmasıdır. Nihayetinde, kütle spektrumları ve istatistiksel analiz sonuçları, düşük moleküler ağırlıklı proteom hasadının özgüllüğünü ve etkinliğini ortaya koyar.Bu tekniğin veya 2D sayfa Western blot gibi mevcut teknolojilerin temel avantajları arasında; serumdaki düşük bolluktaki düşük moleküler ağırlıklı protein ve peptidleri zenginleştirme konusundaki güçlü kapasite, yüksek verimlilik ve zaman tasarrufu, serum örneği gereksinimlerinin azalması ve düşük maliyet yer almaktadır. Bu prosedürün en zorlayıcı yönlerinden biri, gözenek boyutu dağılımı, gözenek şekli ve gözenekler arası bağlantısallık gibi nanopor ağ morfolojisini kontrol etmektir. Çünkü bu özellikler, hedef kan imzasının profillenmesindeki hassasiyeti ve özgüllüğü belirlemektedir.Egzersizi sağlamak için, başlangıç materyalinin model oranını dikkatle kontrol etmeyi ve çip için kaplama çözeltisini hazırlarken talimatları kesin olarak takip etmeyi amaçlıyoruz. Hidrolize silikat öncül çözeltisini hazırlayarak başlayın. Güçlü karıştırma altında 14 mililitre TEOS'u, 17 mililitre %100'lük etanol, 6.5 mililitre deiyonize su ve 0.5 mililitre altı molar hidroklorik asit ile karıştırın.Güçlü karıştırma işlemine devam edin ve elde edilen çözeltiyi 80 °C'de iki saat boyunca ısıtın. Ardından, seçilen polimer çözeltisinin 10 mL etanol içine oda sıcaklığında şiddetli karıştırma ile eklenmesiyle tri blok kopolimer çözeltisini hazırlayın. Bu gösterimde Pluronic F127 kullanılmıştır.Silikat çözeltisinin bu tri blok kopolimere eklenmesiyle karışımı tamamlayın ve ardından oda sıcaklığında iki saat boyunca güçlü şekilde karıştırın. Elde edilen kaplama çözeltisinin bir mililitresini, dört inçlik bir silikon gofret üzerine 1, 500 RPM hızda 20 saniye boyunca spin kaplama yöntemiyle uygulayın. Ardından, gofreti 80 °C'de 12 saat boyunca ısıtın.Ardından, sıcaklığı dakikada bir derece Celsius artırarak 425 °C'ye ulaşın ve bu sıcaklıkta beş saat boyunca pişirin. Sonrasında, elde edilen mezogözenekli silika veya MPS çip yüzeyini oksijen plazma küllendirme ile ön işlemden geçirin. Ardından, bir oksimetre kullanarak film kalınlığını ve gözenekliliği ölçün.Bu sırada, her bir serum örneğine nihai konsantrasyonu 0.01% olacak şekilde trifloroasetik asit ve nihai konsantrasyonu 5% olacak şekilde asetonitril ekleyin. Ardından, çiplerin bir fırında gece boyunca 160 °C'de ön pişirme işleminden geçirilmesinin ardından, bu örnekleri oda sıcaklığında bir tabla vorteks çalkalayıcıda 30 dakika boyunca çalkalayın. Çip yüzeyinde bulunabilecek partikülleri temizlemek için basınçlı hava kullanın. Lamelini %100 etanol ile temizleyin ve örnek kuyucuklarını oluşturacak şekilde NPS çip yüzeyine yerleştirin.Kapak camının çip ile tam olarak mühürlendiğinden emin olmak için pens yardımıyla aşağıya doğru bastırın. Ardından, her bir kuyucuğa 10 µL serum örneği pipetleyin. Düşük moleküler ağırlıklı proteinlerin gözeneklere girmesine izin vermek için oda sıcaklığındaki nemlendirilmiş bir bölmede 30 dakika boyunca inkübe edin; inkübasyonun ardından kuyucuklardaki serumu aspire ederek atın.Ardından, daha büyük proteinleri uzaklaştırmak için her kuyucuğa 10 µL deiyonize su pipetleyin. Bu yıkama işlemini, her seferinde yalnızca bir veya iki kuyucukla çalışarak dört kez tekrarlayın. Buharlaşmayı önlemek için her örneğe hızla 5 µL elüsyon tamponu ekleyin.Karıştırmak için pipet ucunu kuyucuk içinde hareket ettirerek 30 kez aşağı yukarı pipetleme yapın. Karıştırma işleminden sonra, tüm elüsyon tamponunu aspire edin ve matriks destekli lazer desorpsiyon iyonizasyon uçuş süresi analizi (MALDI-TOF) gerçekleştirilmeye hazır olana kadar bir mikro santrifüj tüpüne aktarın. MALDI-TOF yapmak için numuneden 0,5 µL'yi MALDI hedef plakasına damlatın ve kurumaya bırakın; ardından %0,1 TFA içeren %50 asetonitril içindeki matriksten 0,5 µL damlatın ve birlikte kristalleşmesini bekleyin. Sonraki adımda, kalibrasyon noktasına 0,5 µL kalibrasyon çözeltisi damlatın. Kuruduktan sonra, hedef plakayı MALDI-TOF kütle spektrometresine yerleştirin.Cihaz; 4 lazer yoğunluğu ve örnek başına 203.000 atış ile pozitif reflektör moduna getirilmelidir. İlk olarak, 2000 Dalton hedef kütle ile 800 ile 5.000 Dalton arasında seçili bir kütle aralığında analiz gerçekleştirin. Ardından aynı MALDI toff analizini lineer modda gerçekleştirin, ancak kütle aralığını 900 ile 10.000 Dalton veya 5.000 Dalton hedef kütle ile 3000 ile 70.000 Dalton olarak değiştirin.Çoklu tepe analizi sürecini takiben, ham spektrumları convert peak list yazılımı ile işleyin ve ardından specal'e aktarın. Ön işleme için Align yazılımını kullanarak, tüm spektrumları hızlı Fourier dönüşümü ile tepe hizalama veya P-A-F-F-T korelasyon yöntemiyle hizalayın ve yoğunlukları toplam iyon akımına göre normalize edin. İki yükseklik oranı ve kütle penceresinin %0,3'ü ile tepe tespitini gerçekleştirin.Analizden önce temel çizgiyi düzeltin ve negatif değerleri kaldırın. T 2D dosyalarının marker view'a aktarılması, farklı grupların maldi verilerinin denetimli işlemesi için ilk adımdır. Marker view yazılımını açarak başlayın, ardından T 2D dosyalarını içe aktarın.T 2D dosyalarını içeren klasörü seçin ve spektrum işleme parametrelerini ayarlayın. Ardından, örnek tablosunu açın. Aynı gruptaki örnekleri vurgulayın ve bir grup etiketi oluşturun.Numuneleri toplam alan toplamlarını kullanarak normalize edin. Ardından seçenekler penceresini açın. Her grup için benzersiz bir renk ve sembol belirleyin.Ardından, aktif veri örneklerinin PC bir ve PC iki skorları tarafından farklı gruplara ayrılması için temel bileşenler analizi ve T-testi gerçekleştirin. Seçili pikler için profil grafiklerine tıklanarak seçilen biyobelirtecin yoğunluk profilinin özetini gösteren PC yükleme grafikleri uyarınca biyobelirteç adayları belirlenecektir. Daha büyük değerlere sahip noktalar farklı grupları ayırt edebilir.Gruplar T-testi ile karşılaştırıldıktan sonra, çeşitli grupları ayırt edebilen pikleri belirlemek için tabloyu artan P değerlerine göre sıralayın; burada 900 ila 10.000 Dalton aralığındaki peptitler ve 3000 ila 70.000 Dalton aralığındaki proteinler için serum örneğinin MS spektrumları gösterilmektedir. İşlenmemiş örneklerin spektrumları, albümin gibi iyi iyonize olan ve yüksek bolluğa sahip yüksek moleküler ağırlıklı proteinlerin varlığı nedeniyle düşük moleküler ağırlıklı bölgedeki sinyal baskılanmasını örneklendirmektedir; MPS ince filmlerle fraksiyonasyondan sonra, büyük moleküllerin çoğu tükenmiş olup, bu durum düşük moleküler ağırlıklı bileşenlerin önemli ölçüde zenginleşmesiyle sonuçlanmıştır. Kontrol olarak, aynı serum örneği gözeneksiz saf silika yüzeyine uygulanmıştır.MPS ince filmlerinin düşük moleküler ağırlıklı proteom geri kazanımı için özgünlüğünü değerlendirmek amacıyla yapılan çalışmada, gözeneksiz silikadan anlamlı bir peptit veya protein toplama gerçekleşmemiştir. Bu nedenle, LMWP zenginleştirmesinde baskın faktörün silika yüzey afinitesi değil, mezogözenekli mimari olduğu sonucuna varılabilir. Farklı hidrofobik blok uzunluklarına sahip kopolimerlerin kullanımı sayesinde, gözenek boyutunda hassas şekilde kontrol edilen varyasyonlar elde edilebilir.Gözenek boyutunun LMW peptid ve protein geri kazanım etkinliği üzerindeki etkisi, hidrofobik ve hidrofilik bileşenlerin farklı hacim oranlarına sahip dört iyonik sürfaktan ile hazırlanan MPS ince filmler kullanılarak incelenmiştir. Burada, her bir MPS çipinin gözenek boyutuyla ilişkili karakteristik moleküler kesme sınırını gösteren MALDI spektrumlarının büyütülmüş bir görünümü sunulmuştur. Gözenek boyutlarının oluşturduğu bu aralık, boyut ve şekil dışlama yoluyla aynı serum örneğinden farklı bir peptid ve protein repertuarının geri kazanılmasını sağlamıştır.Bu durum, farklı çipler arasındaki peptit karışımı özelliklerinin iki yönlü hiyerarşik kümelemesinde de gözlemlenebilir. Kırmızı veya sarı rengin yoğunluğu, bağıl peptit konsantrasyonunu göstermektedir. Daha büyük gözenekler, daha büyük peptitlerin toplanmasını artırırken; küçük peptitler, daha küçük gözenekli çiplerden öncelikli olarak geri kazanılmıştır.Benzer gözenek boyutu dağılımlarına sahip olan onic F1 27 gibi yüksek moleküler ağırlıklı triblok kopolimerler kullanılarak oluşturulan farklı MPS ince film periyodik nanoyapılar, öncül çözeltideki polimer kompozisyonu ayarlanarak elde edilebilir. 3D kübik ve bal peteği hekzagonal nanoyapılar, daha istenebilir nanopore birbirine bağlılığına ve daha erişilebilir nanopore morfolojisine sahiptir. Sonuç olarak, bu yapılar LMW peptitlerin seçici olarak zenginleştirilmesinde, 2D hekzagonal yapıya göre üstün performans sergilerler.Benzer gözenek boyutu dağılımlarına ve serum fraksiyonasyonu için aynı moleküler kesme sınırına sahip olmalarına rağmen durum böyledir. MPS çiplerine Organy lane konjugasyonu, çip yüzeyini ön işlemden geçirmek için oksijen plazma külleme yönteminin uygulanmasıyla optimize edilmiştir. Bu şekil, fonksiyonelleştirilmiş çipler üzerinde seçici olarak yakalanan peptidlerin tespitine yönelik MS yoğunluğunun bir sütun grafiği aracılığıyla, farklı yüzey fonksiyonlarına sahip çipler için yüke özgü geri kazanımı göstermektedir.İzoelektrik noktalarına göre peptidlerin, yüksek moleküler ağırlıklı proteinlerin tükenmesine ek olarak, pH 7.0'da pozitif veya negatif yüklü oldukları görülmektedir. Sonuçlar, NPS'nin yapısal tasarımının ve kimyasal fonksiyonelleştirmesinin peptid zenginleştirmesinin özgünlüğünü daha da artırdığını göstermektedir. Bu gelişme ile birlikte.Bu tekniğin, proteomik alanındaki araştırmacıların insan ve hayvan modellerindeki vücut sıvılarında erken teşhis veya terapötik değerlendirme için yeni biyobelirteçler keşfetmelerinin önünü açmasını bekliyoruz. Sonuç olarak bu, majör hastalıkların kişiselleştirilmiş tedavisini geliştirecektir.

low-molecular-weight-protein-enrichment-on-mesoporous-silica-thin

Research

JoVE Journal

Bioengineering

Biyomühendislik

Bu videoda, boyut dışlama kromatografisi (SEC) ve çok açılı ışık saçılımı (MALS) yeteneklerinden yararlanan SEC-MALS açıklanmaktadır. SEC-MALS'de SEC, proteinleri veya protein komplekslerini boyutlarına göre ayırır ve MALS dedektörü, molekül tarafından farklı açılarda saçılan ışığın yoğunluğunu ölçerek ortalama moleküler ağırlığı belirler.

Protein Oligomerleri için Çok Açılı Işık Saçılımlı Boyut Dışlama Kromatografisi

Üretim gelişmekte olan bir pin-baskı yöntemi kullanılarak sol-jel türevli protein katkılı mikroarrayler geliştirmek için bir güdümlü malzeme tarama yaklaşımı açıklanmıştır. Bu metodoloji maliyet-etkin küçük moleküllü tarama için kullanılan asetilkolinesteraz ve multikinaz microarrays, geliştirilmesi yoluyla gösterilmiştir.

Kantitatif Sol-jel Türetilmiş Protein Mikroarray&#39;ler geliştirilmesi için Rehberli Malzeme Tarama Yaklaşım

Bazı patolojik biyobelirteçler, biyolojik sıvılardaki düşük konsantrasyonları, parçalayıcı enzimlerin varlığı ve büyük miktarlarda yüksek moleküler ağırlıklı proteinler nedeniyle mevcut tekniklerle kolayca tespit edilememektedir. Kimyasal olarak işlevselleştirilmiş hidrojel nanopartiküller, daha önce tespit edilemeyen biyobelirteçlerin tespit edilmesini sağlayan düşük bolluktaki proteinleri toplayabilir, koruyabilir ve konsantre edebilir.

Düşük Bolluk Proteinler saptamak için plazma veya idrar hidrojel Nanoparçacık Hasat

Yüksek yüzey alanlı mikro gözenekli koordinasyon polimeri ile içten kaplanmış makro gözenekli bir polimer monolitten oluşan gözenekli hibrit ayırma ortamının hazırlanması için bir prosedür sunulmaktadır.

Phosphopeptides Gelişmiş Zenginleştirme için Makrogözenekli Polimer Monoliths üzerinde yüksek Gözenekli Koordinasyon Polymer Coatings Hazırlanması

Bu protokol, ECM proteinlerini dokulardan veya tümörlerden zenginleştirmek ve ECM ile zenginleştirilmiş preparatları protein bileşimlerini kütle spektrometresi ile analiz etmek için peptitlere deglikosile etmek ve sindirmek için bir prosedürü açıklar.

Kütle Spektrometresi Analizi için Peptitler içine Dokular ve Sindirim gelen Ekstrasellüler Matriks Proteinleri zenginleştirilmesi

Karbonhidrat substrat bağlayıcı protein geniş bir biyokimyasal ve yapısal karakterizasyon Streptococcus pneumoniae gerçekleştirmek için akıcı bir protokol sunulmuştur.

Karbonhidrat taşıma substrat-bağlayıcı-protein SP0092 biyokimyasal ve yapısal karakterizasyonu

Burada, bioinspired silis malzeme sentez ve enzimler orada hareketsiz için bir protokol mevcut. Silis sodyum silikat ve bir amin 'katkı', kontrollü bir hızda nötralize birleştirerek sentezlenir. Malzeme özellikleri ve işlev in situ enzim tutuklaması veya sonrası sentetik asit elüsyon kapsüllenmiş katkı tarafından değiştirilebilir.

Fonksiyonel silis Bioinspired yöntemiyle hazırlanması

Burada, içinde yüksek üretilen iş ekran ekstraselüler protein microarrays kimliği roman reseptör-ligand etkileşimleri için bir iletişim kuralına mevcut. Ayrıca protein-microbead kompleksleri kullanarak geçici protein-protein etkileşimlerinin algılama geliştirmek için bir yöntem açıklar.

Hücre dışı Protein Mikroarray teknoloji yüksek işlem hacmi düşük benzeşme reseptör-Ligand etkileşimleri algılanması için

Bu protokol, proteinleri ve kompleksleri çözelti mutlak karakterize etmek için çok açılı ışık saçılma (SEC-,) ile boyut dışlama Kromatografi kombinasyonu açıklar. SEC-, saf proteinler, yerli oligomerler, heterokompleksleri ve glikoproteinler gibi değiştirilmiş proteinlerin molekül ağırlığını ve boyutunu belirler.

Boyutlar-dışlama kromatografi ile çok açılı ışık saçılmasına bağlı proteinlerin karakterizasyonu (SEC-,)

Bu protokol, insan göbek kordonu kaynaklı mezenkimal kök hücrelerin küçük hücre dışı veziküllerinin (hUC-MSC-sEV'ler) basit bir laboratuvar ölçeğinde tezgah üstü ayar ile nasıl izole edileceğini göstermektedir. İzole hUC-MSC-sEV'lerin boyut dağılımı, protein konsantrasyonu, sEVs belirteçleri ve morfolojisi, sırasıyla nanopartikül izleme analizi, BCA protein testi, batı lekesi ve iletim elektron mikroskobu ile karakterize edilir.

Küçük Hücre Dışı Vezikülleri İnsan Mezenkimal Kök Hücrelerinden İzole Etmek için Basit Bir Tezgah Üstü Filtrasyon Yöntemi

Burada, içme suyundaki kirletici partiküllerin düzenli bir şekilde yakalanması ve analizi için optik olarak şeffaf ve düz bir alt tabakayı sergileyen bir protokol sunuyoruz. Burada sunulan Silikon Nanomembran Analiz Boru Hattı (SNAP): sıvı ortamdaki partiküllerin yakalanması, miktarının belirlenmesi ve tanımlanması için esnek bir boru hattıdır.

Silikon Nanomembran Analiz Boru Hattı Kullanılarak İçme Suyundaki Mikroplastiklerin Multimodal Analizi

Öğrenin, mezogözenekli silika ince filmler kullanarak insan serumundan düşük molekül ağırlıklı protein ve peptitleri seçici olarak kurtarma yöntemini. Bu teknoloji biyobelirteç keşfi için serum proteom profillemesini geliştirir.

Biyomarker Discovery için Mezogözenekli Silika İnce Filmler üzerine düşük molekül ağırlıklı Protein Zenginleştirme

Daha fazla video keşfet