Name: Karbon Fiksasyon Potansiyel bir Kimyasal Tabakalı Antarktika Gölü ve Ölçme Mikrobiyal Ökaryotik Zenginleştirme Kültürlerinin Kurulması (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2012-04-20T13:00:00.000+00:00
Duration: 14 min 38 s
Description: Öğrenin, Antarktika'nın Lake Bonney gölünden mikrobiyal ökaryot zenginleştirme kültürleri oluşturmayı ve RubisCO aktivitesiyle karbon fiksasyon potansiyelini ölçmeyi. Bu yöntem, ekstrem ortamlarda metabolik çeşitliliği araştırmak için kullanılır.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

Yazarlar J. Priscu, A. Chiuchiolo toplanması ve Antarktika&#39;daki örneklerinin korunması konusunda yardım almak için McMurdo tlar limnoloji ekibinize teşekkür. Biz lojistik destek Ratheon Polar Hizmetler ve PHI helikopterler teşekkür ederiz. Işık mikrograflar Gelişmiş Mikroskopi ve Görüntüleme Merkezi için Miami&#39;nin Merkezi oluşturulmuştur. Bu çalışma Polar Programları Hibe 0631659 ve 1056396 ile NSF Ofisi tarafından desteklenmiştir.

1. Numune Alma <ol><li> Seçin ve su kolonu örnekleme önce bir gün örnekleme sitesini hazırlamak. Bu su kolonunun tabakalı katmanları sondaj ve buz delik erime nedeniyle rahatsızlıklardan sonra reform sağlayacaktır. GPS ile matkap sitenin konumunu tanımlayın. </li><li> Su sütunu erişmek için, bir 4-inç Jiffy uçuş uzatma ve kesme bit bağlı bir Jiffy buz burgusu ile buz bir delik delerek başlar. Delik delme donmasını önlemek için, su kolonunun üst seviyesinde sondaj yaklaşık 4-6 santim durdurarak sıvı suya sondaj kaçınıyorum. </li><li> Delik önce örnekleme için 15 ile 60 cm çapı genişlemiş gerekecektir. Bu, bir bakır boru yoluyla ısıtılmış polietilen glikol sirküle bir delik eritici (Hotsy Model) kullanılması ile gerçekleştirilir. Delik erime genellikle 18 saat kadar sürer. </li><li> Önce su kolonu örnekleme, emin olun gerekli tüm ekipman ve örnek stOraj damarları örnekleme yerinde monte edilir. Örnekleme malzemeleri: Niskin şişe (5-10 lt kapasiteli), derinlik-kalibre kablo ile Vinç, Messenger, her örnekleme derinlik için yeterli numune şişeleri ve numune taşıma için soğutucular. </li><li> Gölün su filtreleme örnekleme gününde tamamlanması gerektiği gibi, günün erken saatlerinde (~ 5 am) örnekleme başlayın. Kalibre edilmiş bir bağlanmış bir Niskin örnekleyici kullanılarak: (6-m, 15 m-ve buz deliğe piyezometrik su seviyesi ile ölçülen 18-m örnekleme derinlikleri, bu çalışma için) istenen derinlikleri su numuneleri (1-5 L) toplamak el vinci. Su sütunu olumsuz yönde etkilenmemesi için daha derin olanlar önce sığ derinliklerde toplamak. </li><li> Mağaza göl örnekleri soğutucular ve örnek sitesinden bir ATV (tüm arazi aracı) bağlı bir kızak kullanılarak alanına laboratuara taşımacılığında. Alan laboratuar hemen aşağıdaki Örnekleme: Numuneler işlenmiş veya (sıvı azot flaş dondurma örn) stabilize edilmelidir. </li></ol> 2. DevelopmeZenginleştirme Kültürlerin nt <ol><li> Zenginleştirme kültürlerin ekimi için, nazik filtrasyon (&lt;0.3 atm) kullanılarak 47 mm 0.45 mikron gözenek büyüklüğüne polyethersulfone filtreleri üzerine göl suyunun 0.5-1 L Konsantre. Doğal toplumun çeşitliliğinin istenirse, 47 mm 0.45 mikron gözenek büyüklüğüne polyethersulfone filtreler üzerine ikinci bir numune filtre ve. 4 ökaryot filogenetik çeşitliliği Bielewicz ark göre protokolleri uygulayın. </li><li> Filtre olarak aynı örnekleme derinlik toplanan filtre göl suyunun ~ 20 mL içeren 50 ml steril falcon tüp filtre aktarın. Yavaşça steril bir pipet kullanarak filtre hücreleri yıkayın. </li><li> 25 cm 2 steril hücre kültürü şişesi için hücre süspansiyonu aktarın. 45 mL kültür hacmini artırmak için her bir örnek derinliği toplanan filtre göl suyu ekleyin. Farklı kültür ortamı üzerinde zenginleşme istendiğinde birden her örnekleme derinlik çoğaltır ayarlayın. </li><li> 50X s ile kültür şişeleri SupplementKalın en Bazal Orta, BG11 ve F / 2: şu kültür ortamının 1X bir son konsantrasyon elde etmek terile çözümler. Mixotrophic organizmaların ekimi, set-up iki F/2-supplemented gemi gereklidir ve matara birine steril pirinç 2-3 tane eklemek durumunda. </li><li> Lütfen ABD laboratuvara Sevkiyat öncesi Antarktika&#39;daki en az 4 hafta boyunca sıcaklık kontrollü bir büyüme inkübatör düşük sıcaklıkta (4 ° C) ve düşük ışınım (20 ľmol fotonlar m -2 s -1) de kültür şişeleri inkübe edin. 2 hafta inkübasyondan sonra uygun büyüme ortamı içeren agar üzerinde zenginleştirme kültür izolatları arzu ediyorsanız, plaka 250 uL. </li><li> ABD, steril 50 ml falcon tüpleri transfer zenginleştirme kültürleri gönderilecek. Talebi sevk gereksinimi &quot;dondurmak değil&quot; ve istek nakliye üzerine &quot;soğuk tutmak&quot;. Antarktika&#39;dan nakliye işlemi nispeten hızlı (2 hafta ticari hava) ve oldukça güvenilir olmasına rağmen, titiz organ kaybı olasılığı vardırtaşıma işlemi sırasında izm. Böylece, araştırmacılar nakliye işlemi sırasında bazı türlerin kaybının değerlendirilmesi, böylece nakliye öncesinde bir alt örnek korumak isteyebilirsiniz. </li><li> ABD&#39;de geldikten sonra, bir 125 ml steril Erlenmeyer şişesinde uygun büyüme ortamı 45 mL içine zenginleştirme kültür transferi 5 mL steril bir sünger ile kaplandı. Zenginleştirme kültürleri 4 de kontrollü çevre büyüme odası (sadece gündüz Büyüme Odası, VWR) ° C/20 ľmol fotonlar m -2 s -1 bir sıcaklık kültürler ayakta olarak muhafaza edilmelidir. Kültürler taze medya her 30 günde bir transfer edilmelidir. </li></ol> 3. Filtreli zenginleşme gelen Hücre Lysate Ekstraksiyon <ol><li> Hafif vakumlu (&lt;10 psi) ile bir 25 mm Whatman GF / F filtresi üzerine zenginleştirme kültür filtrenin 5 mL. Filtre -80 birkaç hafta saklanabilir ° C önceden RUBISCO&#39;nun aktivite içlin için. </li><li> Steril çelik makas ile 4-5 bölüme filtre kesin veaktarmak 2 ml vidalı kapaklı tüpe steril forseps adet 0.1 mm çapında zirkonyum / silika boncuklar ile tam yolu beşte birini doldurdu. </li><li> 10 mM NaHCO 3, 10 mM DTT, 3.3 mM aminokaproik: taze eklemek; filtre ekstraksiyon tamponu 1.25 ml (50 mM bicine, 10 mM MgCl2, 1 mM EDTA, 5 mg / ml BSA,% 0.1 Triton X-100 ekleme asit, 0.7 mM benzamidin, pH 7.8) 13 ve hız ayarı 48. 30&#39;lu için Minibead çırpıcı üç kez kullanarak hücrelerin bozabilir. 1 dakika buz inkübasyon ile örnek ısıtma, alternatif beadbeating önlemek için. </li><li> GF / F filtresi elyaflar ve hücre duvarı kalıntı gevşek bir pelet oluşturmak için 4 ° C&#39;de 3.000 x g&#39;de 2 dakika süre ile santrifüje bulamaç filtre. </li><li> Buz% 90 aseton 800 uL bir 200 ul tablet ve suya batırın çıkarın. Ekstrakte klorofil ölçün (chl) 664 nm ve 647 nm dalga boyunda 14 değerlerinde bir spektrofotometre bir. 1.5 ml mikrosantrifüj tüpüne süpernatant aktarın. </li><li> Remaini Santrifüj4 at ng süpernatant ° 2 15.000 xg&#39;de dk ve temiz bir 1.5 mL mikrosantrifüj tüpe (çözünmez hücre zarının pelet ve kalan GF / F filtre lifleri kaçının) Süpernatant aktarmak için C. Bu çözünür hücre lizatı artık RUBISCO&#39;nun karboksilaz aktivite tayini için kullanılabilir. </li><li> Lizat -80 ° C&#39;de sıvı azot içinde% 12.5 gliserol ve flaş donma eklenmesinden sonra saklanabilir. Aktivite kaybı lizatı enzimlerin hassasiyetine bağlı olarak birden fazla donma / çözülme döngüsünden sonra oluşabilir. Bu nedenle, taze donmuş lizatı karşı aktivitesi büyük ölçekli hücre lizatı çekimlerinden önce test edilmelidir. </li></ol> 4. RUBISCO&#39;nun karboksilaz Aktivitesi Filtre Testi <ol><li> Buz üzerinde soğutulmuş olan bir 15 ml vidalı kapaklı mikrosantrifüj tüpü (gerekli değildir kap) çözünür lizat 125 uL aktarın. Negatif kontrol örnekleri için, 15 ml vidalı kapaklı mikrosantrifüj tüpüne 125 uL çözünür lizat ekleyebilirsiniz, ancak (Adım 4.7) substrat ilave etmeyiniz. Çalıştırmaktüm örnekler ve negatif kontroller için reaksiyonlar çoğaltın. </li><li> 10 taze tahlil tamponu mL (50 mM Bicine-NaOH, pH 8,0, 50 mM NaHCO 3, 25 mM MgCl2) ve buz üzerinde soğutucu hazırlayın. Yeterli bir 5 ml tüp örnekleri ve negatif kontroller (örnek / kontrol artı 100 uL ekstra başına 100 uL) tümü için tahlil tampon kısım. Bir çeker ocak altında sonraki tüm adımları uygulayın. </li><li> 14 CO 3 (500 μCi / ml) mL başına bölünüp tampon tahlil tamponu NaH 40 uL ekleyin ve buz üzerinde tampon tutun. </li><li> 14 C içeren tahlil tampon 10 uL kaldırmak ve deney tamponu 1 mL içinde tamamlanır. Karıştırmak için ters sonra, bir sintilasyon flakonda kokteyl sayma Bio-Safe II sintilasyon 3 mL 1:100 sulandırılmış karışımı 100 mcL ekleyin. Karıştırmak için ters çevirin. Sintilasyon sayımı (Beckman LS6500) yöntemi ile devam etmeden önce 18.000 kopya üzerinde olmalıdır. </li><li> Yeterince NaH 14 CO 3 deney tamponu ilave edildiğinde,3-5 dakika için 25 ° C ile inkübe için önceden belirlenmiş bir kuru banyosuna reaksiyon tüpleri hareket eder. </li><li> Lizatları ila 100 uL deney tamponu ekleyin ve 25 de 5 dakika inkübe ° C. </li><li> Numuneler için, 15 mM Ribuloz bisfosfatın 20 uL ekleyin ve reaksiyon 25 dakika için 5-10 ilerlemesine izin ° C. </li><li> Reaksiyonu durdurmak için 100 uL propionik asit (100%) (Fischer) eklenir. Tüzel kişiliği olmayan 14 C tüketmeye 2.000 xg az 1 saat santrifüjleyin </li><li> 3 ml Bio-Safe II sintilasyon sayma kokteyl içeren sintilasyon şişelerine, numunelerin toplam hacmi aktarın. Kıvılcım sayımı (B. Witte, R. Tabita kişisel iletişim) tarafından asit stabil son ürünleri kopya belirleyin. </li><li> Bir chl temeli 14 RUBISCO&#39;nun etkinlik oranları hesaplayın. </li></ol> 5.. Temsilcisi Sonuçlar Biz soğuk adapte fototrofik ve Antarktika L ikamet eden mixotrophic protistler yalıtmak için zenginleştirme kültürü kullanılmıştırAKE Bonney. Kalın Kullanıcı Bazal Orta (BBM) 15, F/2-Si Deniz Orta 16, 17 ve BG11 Orta 18: organizmaların büyük bir çeşitlilik yakalamak için, biz üç büyüme medya türleri test. Işık mikroskobu ile zenginleştirme kültürlerin görsel denetim kültürleri fototrofik protistler (en hücrelerinde klorofil pigmentinin varlığı ile gösterilir) hâkim olduğunu göstermiştir ve bir inokulum alındığı örnekleme derinliğine bağlı olarak hücre morfolojileri çeşitliliği ve barındırmaktaydı kültürü kullanılan ortam tipi (Şekil 1). Biz karbon fiksasyonu potansiyeli için bir vekil olarak RUBISCO&#39;nun enzim tarafından katalize karboksilaz aktivitesi maksimum hızları ölçüldü. Chl bir bolluk da fototrofik protist biyokütle tahmini (Şekil 2) olarak izlendi. Aynı sıcaklık / ışık rejimi (yani 4 ° C/20 mol m -2 s -1), karbon fiksasyonu potansiyeli altındaki tüm kültürlerin ekimi rağmenve fototrofik biyokütle zenginleştirme kültürleri farklı biçimde hissedildi. Kültürler, bir 4 sergilenen F / 2 büyüme medyumu (zenginleşmesi 19, 21, 23) üzerindeki zenginleştirilmiş iken maksimum RUBISCO&#39;nun aktivitesi, BBM (zenginleşmesi 4 ve 6) ya da BG11 (zenginleşmesi 13 ve 14) büyüme ortamında ya da büyüyen bir zenginleşmesi kültürler gözlendi - 34 kat daha düşük maksimum karboksilaz faaliyetleri. Karboksilaz aktivitesi Chl bir bazında olduğu gibi bu farklılıklar, F / 2 kültürde düşük biyokütle düzeyleri nedeniyle değildi. Ayrıca, RUBISCO&#39;nun aktivite chl bir konsantrasyon (.; Şekil 2, inset r = -0,023, p&gt; 0.1) ile ilişkili değildir. Diğer tüm kültürler, bir, bağımsız olarak RUBISCO&#39;nun enzim aktivitesinin (Şekil 2) nispeten düşük Chl teşhir ederken 6 m ve m 15 (zenginleşmesi 4 ve 5) den göl suyu ile inoküle BBM kültürler, yüksek Chl, bir seviyesine sahipti. <img alt="Şekil 1" src="/files/ftp_upload/3992/3992fig1.jpg" /> Şekil 1..Temsilcisi mikrobiyal ökaryot zenginleştirme farklı organizmaların büyümesi için seçtik kültürler. Kültür Kimlik panelleri sol alt verilmiştir. Tüm görüntüler 1000X büyütmede immersiyon yağı kullanılarak oluşturulan ışık mikrografikleri temsil eder. <img alt="Şekil 2" src="/files/ftp_upload/3992/3992fig2.jpg" /> Şekil 2. Potansiyel karbon fiksasyon kapasitesi ve ekstrakte klorofil Gölü Bonney izole ve çeşitli kültür ortamında yetişen Antarktika mikrobiyal ökaryot zenginleştirme kültürleri bir düzeyde. Kültürü için Tablo 1&#39;e bakınız Ankastre:. Klorofil arasındaki Pearson korelasyon Antarktika mikrobiyal ökaryot zenginleştirme kültürleri bir bolluk ve karbon fiksasyonu potansiyeli.

<ol><li>Morgan-Kiss, R. M., Priscu, J. P., Pocock, T., Gudynaite-Savitch, L., Hüner, N. P. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Adaptation+and+acclimation+of+photosynthetic+microorganisms+to+permanently+cold+environments%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiol+Mol.+Biol.+Rev%22%5BJournal%5D)">Adaptation and acclimation of photosynthetic microorganisms to permanently cold environments.</a> Microbiol Mol. Biol. Rev. 70, 222-252 (2006).</li>
<li>Priscu, J. C., Wolf, C. F., Takacs, C. D., Fritsen, C. H., Laybourn-Parry, J., Roberts, J. K. M., Berry-Lyons, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Carbon+transformations+in+the+water+column+of+a+perennially+ice-covered+Antarctic+Lake%5BTitle%5D)+AND+%22Biosci%22%5BJournal%5D)">Carbon transformations in the water column of a perennially ice-covered Antarctic Lake.</a> Biosci. 49, 997-1008 (1999).</li>
<li>Caron, D. A., Worden, A. Z., Countway, P. D., Demir, E., Heidelberg, K. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protists+are+microbes+too%3A+a+perspective%5BTitle%5D)+AND+%22ISME+J%22%5BJournal%5D)">Protists are microbes too: a perspective.</a> ISME J. 3, 4-12 (2009).</li>
<li>Bielewicz, S., Bell, E. M., Kong, W., Friedberg, I., Priscu, J. C., Morgan-Kiss, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protist+diversity+in+a+permanently+ice-covered+Antarctic+lake+during+the+polar+night+transition%5BTitle%5D)+AND+%22ISME+J%22%5BJournal%5D)">Protist diversity in a permanently ice-covered Antarctic lake during the polar night transition.</a> ISME J. 5, 1559-1564 (2011).</li>
<li>Laybourn-Parry, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((No+place+too+cold%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">No place too cold.</a> Science. 324, 1521-1522 (2009).</li>
<li>Roberts, E. C., Laybourn-Parry, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mixotrophic+cryptophytes+and+their+predators+in+the+Dry+Valley+lakes+of+Antarctica%5BTitle%5D)+AND+%22Freshwat.+Biol%22%5BJournal%5D)">Mixotrophic cryptophytes and their predators in the Dry Valley lakes of Antarctica.</a> Freshwat. Biol. 41, 737-746 (1999).</li>
<li>Roberts, E. C., Priscu, J. C., Laybourn-Parry, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microplankton+dynamics+in+a+perennially+ice-covered+Antarctic+lake-Lake+Hoare%5BTitle%5D)+AND+%22Freshwat+Biol%22%5BJournal%5D)">Microplankton dynamics in a perennially ice-covered Antarctic lake-Lake Hoare.</a> Freshwat Biol. 27, 238-249 (2004).</li>
<li>Bell, E. M., Laybourn-Parry, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mixotrophy+in+the+Antarctic+phytoflagellate+Pyramimonas+gelidicola%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Phycol%22%5BJournal%5D)">Mixotrophy in the Antarctic phytoflagellate Pyramimonas gelidicola.</a> J. Phycol. 39, 644-649 (2003).</li>
<li>De Wever, A., Leliaert, F., Verleyen, E., Vanormelingen, P., Van der Gucht, K., Hodgson, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Hidden+levels+of+phylodiversity+in+Antarctic+green+algae%3A+further+evidence+for+the+existence+of+glacial+refugia%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Biol.+Sci%22%5BJournal%5D)">Hidden levels of phylodiversity in Antarctic green algae: further evidence for the existence of glacial refugia.</a> Proc. Biol. Sci. , 276-3591 (2009).</li>
<li>Laybourn-Parry, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Survival+mechanisms+in+Antarctic+lakes%5BTitle%5D)+AND+%22Philos.+Trans.+R.+Soc.+Lond.+B.+Biol.+Sci%22%5BJournal%5D)">Survival mechanisms in Antarctic lakes.</a> Philos. Trans. R. Soc. Lond. B. Biol. Sci. 357, 863-869 (2002).</li>
<li>Lizotte, M. P., Priscu, J. C. Distribution, succession and fate of phytoplankton in the dry valley lakes of Antarctica, based on pigment analysis. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aLizotte%2C+MP+%22Ecosystem+Dynamics+in+a+Polar+Desert%3A+The+McMurdo+Dry+Valleys%22">Ecosystem Dynamics in a Polar Desert: The McMurdo Dry Valleys</a>. Priscu, J. C. , 229-240 (1998).</li>
<li>Ellis, R. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Most+abundance+protein+in+the+world%5BTitle%5D)+AND+%22Tren.+Biochem.+Sci%22%5BJournal%5D)">Most abundance protein in the world.</a> Tren. Biochem. Sci. 4, 241-244 (1979).</li>
<li>Tortell, P. D., Martin, C. L., Corkum, M. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inorganic+carbon+uptake+and+intracellular+assimilation+by+subarctic+Pacific+phytoplankton+assemblages%5BTitle%5D)+AND+%22Limnol.+Oceanogr%22%5BJournal%5D)">Inorganic carbon uptake and intracellular assimilation by subarctic Pacific phytoplankton assemblages.</a> Limnol. Oceanogr. 51, 2102-2110 (2006).</li>
<li>Jeffrey, S. W., Humphrey, G. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((New+spectrophotometric+equations+for+determining+chlorophyll+a%2C+b%2C+c1%2C+c2+in+higher+plants%2C+algae+and+natural+phytoplankton%5BTitle%5D)+AND+%22Biochem.+Physiol.+Pflanz%22%5BJournal%5D)">New spectrophotometric equations for determining chlorophyll a, b, c1, c2 in higher plants, algae and natural phytoplankton.</a> Biochem. Physiol. Pflanz. 167, 191-194 (1975).</li>
<li>Morgan, R. M., Ivanov, A. G., Priscu, J. C., Maxwell, D. P., Hüner, N. P. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structure+and+composition+of+the+photochemical+apparatus+of+the+Antarctic+green+alga%2C+Chlamydomonas+subcaudata%5BTitle%5D)+AND+%22Photosyn.+Res%22%5BJournal%5D)">Structure and composition of the photochemical apparatus of the Antarctic green alga, Chlamydomonas subcaudata.</a> Photosyn. Res. 56, 303-314 (1998).</li>
<li>Guillard, R. R. L. Culture of phytoplankton for feeding marine invertebrates. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aGuillard%2C+RRL+%22Culture+of+Marine+Invertebrate+Animals%22">Culture of Marine Invertebrate Animals</a>. Smith, W. L., Chanley, M. H. , Plenum Publishing. New York. 29-60 (1975).</li>
<li>Johnson, M. D., Tengs, T., Oldach, D., Stoecker, D. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sequestration%2C+performance%2C+and+functional+control+of+cryptophyte+plastids+in+the+ciliate+Myrionecta+rubra+%28Ciliophora%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Phycol%22%5BJournal%5D)">Sequestration, performance, and functional control of cryptophyte plastids in the ciliate Myrionecta rubra (Ciliophora.</a> J. Phycol. 42, 1235-1246 (2006).</li>
<li>Rippka, R., Deruelles, J., Waterbury, J., Herdman, M., Stanier, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Generic+assignments%2C+strain+histories+and+properties+of+pure+cultures+of+cyanobacteria%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Gen.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Generic assignments, strain histories and properties of pure cultures of cyanobacteria.</a> J. Gen. Microbiol. 111, 1-61 (1979).</li>
<li>Not, F., del Campo, J., Balague, V., De Vargas, C., Massana, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((New+insights+into+the+diversity+of+marine+picoeukaryotes%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">New insights into the diversity of marine picoeukaryotes.</a> PLoS ONE. 4, e7143(2009).</li>
<li>Sherr, B. F., Sherr, E. B., Caron, D. A., Vaulot, D., Worden, A. Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Oceanic+Protists%5BTitle%5D)+AND+%22Oceanography%22%5BJournal%5D)">Oceanic Protists.</a> Oceanography. 20, 130-135 (2007).</li>
<li>Finlay, B. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protist+taxonomy%3A+an+ecological+perspective%5BTitle%5D)+AND+%22Philos.+Trans.+R.+Soc.+Lond.+B.+Biol.+Sci%22%5BJournal%5D)">Protist taxonomy: an ecological perspective.</a> Philos. Trans. R. Soc. Lond. B. Biol. Sci. 359, 599-610 (2004).</li>
<li>Foissner, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protist+diversity%3A+estimates+of+the+near-imponderable%5BTitle%5D)+AND+%22Protist%22%5BJournal%5D)">Protist diversity: estimates of the near-imponderable.</a> Protist. 150, 363-368 (1999).</li>
<li>Gast, R. J., Moran, D. M., Dennett, M. R., Caron, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Kleptoplasty+in+an+Antarctic+dinoflagellate%3A+caught+in+evolutionary+transition%5BTitle%5D)+AND+%22Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Kleptoplasty in an Antarctic dinoflagellate: caught in evolutionary transition.</a> Environmental Microbiology. 9, 39-45 (2007).</li>
<li>Gast, R. J., Moran, M. A., Beaudoin, D. J., Blythe, J. N., Dennett, M. R., Caron, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High+abundance+of+a+novel+dinoflagellate+phylotype+in+the+Ross+Sea%5BTitle%5D)+AND+%22Antarctica.+J.+Phycol%22%5BJournal%5D)">High abundance of a novel dinoflagellate phylotype in the Ross Sea.</a> Antarctica. J. Phycol. 42, 233-242 (2006).</li>
<li>Moran, D. M., Anderson, O. R., Dennett, M. R., Caron, D. A., Gast, R. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Description+of+Seven+Antarctic+Marine+Gymnamoebae+Including+a+New+Subspecies%2C+Two+New+Species+and+a+New+Genus%3A+Neoparamoeba+aestuarina+antarctica+n.+subsp.%2C+Platyamoeba+oblongata+n.+sp.%2C+Platyamoeba+contorta+n.+sp.+and+Vermistella+antarctica+n.+gen.+n.+sp%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Eukaryotic+Microbiology%22%5BJournal%5D)">A Description of Seven Antarctic Marine Gymnamoebae Including a New Subspecies, Two New Species and a New Genus: Neoparamoeba aestuarina antarctica n. subsp., Platyamoeba oblongata n. sp., Platyamoeba contorta n. sp. and Vermistella antarctica n. gen. n. sp.</a> Journal of Eukaryotic Microbiology. 54, 169-183 (2007).</li>
<li>Rose, J. M., Vora, N. M., Countway, P. D., Gast, R. J., Caron, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effects+of+temperature+on+growth+rate+and+gross+growth+efficiency+of+an+Antarctic+bacterivorous+protist%5BTitle%5D)+AND+%22The+ISME+journal%22%5BJournal%5D)">Effects of temperature on growth rate and gross growth efficiency of an Antarctic bacterivorous protist.</a> The ISME journal. 3, 252-260 (2009).</li>
</ol>

Biz ifşa hiçbir şey yok.

Son yıllarda yapılan moleküler çalışmalar ortamlarda 3, 19, 20 bir dizi genelinde tek hücreli ökaryotlarda yüksek çeşitlilik bildirdin, ancak protist habitatların tam aralığında izolatların eksikliği nedeniyle bu türlerin tek tek fonksiyonel rolleri besin ağları büyük ölçüde uyumludur bilinmiyor. Bu çalışmada, nispeten undersampled ortamında, kalıcı buz kaplı Antarktika gölden metabolik yönlülük sergileyen mikrobiyal ökaryot türler için zenginleştirmek için yöntemler tanımlamışlardır. Göl Bonney farklı örnekl...

<table border="1"><tbody><tr><td> Reaktif Adı </td><td> Şirket </td><td> Katalog numarası </td><td> Yorumlar </td></tr><tr><td> BBM </td><td> Sigma </td><td> B5282 </td><td></td></tr><tr><td> BG11 </td><td> Sigma </td><td> C3061 </td><td></td></tr><tr><td> F / 2 </td><td> Sigma </td><td> G9903 </td><td></td></tr><tr><td> GF / F filtresi, 25 mm </td><td> Fisher Scientific </td><td> 09-874-64 </td><td></td></tr><tr><td> GF / F filtresi, 47 mm </td><td> Fisher Scientific </td><td> 09-874-71 </td><td></td></tr><tr><td> Polyethersulfone filtresi, 0.45 mikron gözenek, 47 mm </td><td> Pall Yaşam Bilimleri </td><td> 61854 </td><td></td></tr><tr><td> Steril hücre kültürü şişesi, 25 cm 2 </td><td> Corning </td><td> 430639 </td><td></td></tr><tr><td> Diurnal büyüme odası </td><td> VWR </td><td> 35960-076 </td><td></td></tr><tr><td> Zirkonya / silika boncuk, 0,1 mm Çap </td><td> BioSpec Ürünler </td><td> 11079101z </td><td></td></tr><tr><td> Mini-Boncuk çırpıcı </td><td> BioSpec Ürünler </td><td> 3110BX </td><td></td></tr><tr><td> Vida-cap mikrosantrifüj tüpü (1.5 uL) </td><td> ABD Bilimsel </td><td> 1415-8700 </td><td></td></tr><tr><td> CO 3 14 NaH </td><td> ViTrax </td><td> VC 194 </td><td> -20 ° C&#39;de 400 uL hacimde tutun </td></tr><tr><td> RuBP </td><td> Sigma </td><td> R0878-100mg </td><td> 10 mM Tris-propionik asit (pH 6.5) içinde çözünmesi </td></tr></tbody></table>

karbon fiksasyon potansiyel bir kimyasal tabakalı antarktika gölü ve Ölçme mikrobiyal Ökaryotik zenginleştirme kültürlerinin kurulması

Establishment of Microbial Eukaryotic Enrichment Cultures from a Chemically Stratified Antarctic Lake and Assessment of Carbon Fixation Potential

Göl Bonney Antarktika, McMurdo Kuru Vadiler bulunan çok sayıda kalıcı buz kaplı göllerinden biridir. Çok yıllık buz örtüsü bir kimyasal tabakalı su kolonu tutar ve suyun diğer iç organları aksine, büyük ölçüde karbon ve derelerden dış kaynaklı besin girdisini önler. Biota kış döneminde 1 yıl boyunca ciddi besin yetersizliği, düşük sıcaklık, aşırı gölge, aşırı tuzlu ve 24 saat karanlık gibi birçok çevresel streslere, maruz kalmaktadır. Bu zorlu çevre koşullarında mikroorganizmaların 2 neredeyse sadece Gölü Bonney yılında biyotası sınırlar. Tek hücreli mikrobiyal ökaryotlar (&quot;protistler&quot; olarak adlandırılır) küresel biyojeokimyasal bisiklet 3 önemli oyuncu var ve sucul besin ağı birincil ve üçüncül rollerin hem işgal, kuru vadi göllerde karbon bisiklet önemli ekolojik roller oynamaktadır. I düzeltmek kuru vadi sucul besin ağı, protistler olaraknorganic karbon (autotrophy) organotrofik organizmalar için organik karbon 4, 2 büyük üreticiler. Phagotrophic veya bakteri ve küçük protistler ingesting yeteneğine sahip heterotrofik protistler besin ağı 5 en iyi avcılar olarak hareket ederler. Son, protist nüfusun bilinmeyen bir oranda kombine mixotrophic metabolizması 6, 7 yeteneğine sahiptir. Protistler içinde Mixotrophy av mikroorganizmaların phagotrophic yenmesi ile fotosentez yeteneği birleştirmek yeteneği gerektirir. Mixotrophy bu biçimi genellikle alımı çözünmüş karbon molekülleri içerir bakteri türlerinde mixotrophic metabolizması farklıdır. Orada çok az protist izolatlarının kalıcı buz kaplı kutup göllerden şu anda ve bu aşırı ortamda protist çeşitlilik ve ekoloji çalışmaları da sınırlı 8, 4, 9, 10, 5 olmuştur. Basit bir kuru vadi göl gıda web protist metabolik yönlülük daha iyi anlaşılması r için modellerin geliştirilmesinde yardımcı olacakKüresel karbon döngüsünün protistler arasında ole. Biz Gölü Bonney potansiyel olarak fototrofik ve mixotrophic protistler izole etmek için bir zenginlik kültürü yöntemi benimsenmiştir. Su sütununda Örnekleme derinliklerinde birincil üretim maksimum ve protist filogenetik çeşitliliği 4, 11 yeri gibi protist trofik modları etkileyen önemli abiyotik faktörler değişkenlik göre seçilmiştir: sığ, örnekleme derinlikleri Majör besinler için sınırlı iken derin örnekleme derinlikleri Işık durumu ile sınırlıdır. Ayrıca, göl su örneklerinin fototrofik organizmaların çeşitli büyümesini teşvik büyüme ortamı çok tip ile takviye edildi. RUBISCO&#39;nun Calvin Benson Bassham (CBB) döngüsü, ototroflarda inorganik karbon düzeltmek ve sucul ve karasal besin ağları 12 trofik seviyeleri için organik karbon sağlayacak hangi ana yolda hız sınırlama basamağı katalizler. Bu çalışmada, we Gölü Bonney zenginleştirme kültürlerde karbon fiksasyonu potansiyeli ve metabolik çok yönlülük için bir vekil olarak maksimum karboksilaz aktivitesini izlemek için filtrelenmiş örnekleri 13 için modifiye bir radyoizotop testi uygulanır.

Mikrobiyal ökaryotlarda hem kalıcı buz kaplı Antarktika göllerde fotosentetik kaynaklı karbon ve en yırtıcı türlerinin bir kaynağıdır. Bu rapor, Antarktika gölü Bonney gelen metabolik olarak çok yönlü mikrobiyal ökaryotlar izole etmek için bir zenginleşme kültür yaklaşımı açıklar ve Ribuloz-1 ,5-bisphophate karboksilaz oksijenaz (RUBISCO&#39;nun) faaliyeti için bir radyoizotop testi kullanılarak inorganik karbon fiksasyonu potansiyeli değerlendiriyor.

Karbon Fiksasyon Potansiyel bir Kimyasal Tabakalı Antarktika Gölü ve Ölçme Mikrobiyal Ökaryotik Zenginleştirme Kültürlerinin Kurulması

Bonney Gölü, Antarktika'daki McMurdo Kuru Vadileri'nde yer alan çok sayıdaki kalıcı buzla kaplı gölden biridir. Sürekli buz örtüsü, ...

Bu prosedürün genel amacı, Antarktika'daki Bonnie Gölü'nden protist zenginleştirme kültürleri üretmek ve metabolik çeşitlilik için başlangıç bir gösterge olarak karbon fiksasyonunu ölçmektir. Bu işlem, öncelikle Bonnie Gölü'nde protist ve fitoplanktonların bilinen pik noktalarına karşılık gelen göl suyu derinliklerinden örnekleme yapılarak gerçekleştirilir. Göl suyu örnekleri daha sonra çeşitli büyüme ortamlarına inoküle edilir ve sıcaklık regülatörü ile ışıklarla donatılmış bir büyüme kabininde dört ila altı hafta boyunca inkübe edilir.Kültürler, gerektiğinde 4 °C'de taşınabilir. Bir sonraki adım, zenginleştirme kültürlerinden ham hücre lizatlarının özütlenmesidir. Bu prosedürün son adımı, ribuloz 1,5 bisfosfat karboksilaz oksijenaz veya Rubisco aktivitesi için bir radyoizotop analizi kullanarak hücre lizatındaki karbon fiksasyon potansiyelini değerlendirmektir.Nihayetinde, pro zenginleştirme kültürleri, doğal protist topluluğundaki karbon fiksasyonu potansiyelinin değişkenliğini göstermektedir. Bu yöntem, göl mikrobiyal ekolojisine ilişkin temel soruları yanıtlamamıza yardımcı olabilir. Örneğin, tabakalı Antarktika göllerindeki karbon döngüsünün çeşitli aşamalarında mikrobiyal ök

establishment-microbial-eukaryotic-enrichment-cultures-from

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Kaynak: Villela, H. D. M . ve diğerleri. Metaorganizma Araştırması ve Koruma için Biyoremediasyon ve Probiyotik Geliştirme için Mikrobiyal Suşların Araştırılması. J. Vis. Exp. (2019)Bu video, petrol bazlı ortamda deniz suyu örneklerinin zenginleştirilmesiyle petrol bozucu deniz bakterilerinin seçici izolasyonunu gösteriyor; bu da ham petrol biyoremediasyonu ve çevresel temizlikte potansiyel uygulamalara sahip saf suşların geri kazanılmasını sağlıyor.

Deniz Suyu Örneklerinden Petrol Bozucu Deniz Bakterilerinin Seçici Zenginleştirmesi ve İzolasyonu

Bu doğal sularda da uygulanabilir magnetotactic bakteriler (MTB) toplamak için bir yöntem göstermektedir. MTB izole ve bakteri doğal manyetizma yararlanır nispeten basit bir kurulumu kullanarak sediment örneklerinin zenginleştirilebilir. İzole MTB sonra ışık ve elektron mikroskobu kullanarak hem ayrıntılı olarak incelenebilir.

Doğal Çevre gelen Magnetotactic Bakteri meydana gelen toplanması, İzolasyon ve Zenginleştirme

Burada, uzak deniz ortamlarında organik ve inorganik besin mevcudiyetini ve mikrobiyal ve viral toplulukların bolluğunu ve yapısını değerlendirmek için kapsamlı bir protokol sunuyoruz.

Su Kimya ve Deniz Mikrobiyoloji A Field Guide - Okyanusu&#39;nda gaybı Oyuncular çözülüyor

Kriosfer geçmiş çevre koşullarında kalıcı korunmuş organizmalar erişim imkanı sunmaktadır. Bir protokol toplamak ve toprak ve buz permafrost çekirdeklerini dekontaminasyonunda sunulmuştur. Eksojen kolonilerin ve DNA yokluğu tespit mikroorganizmalar sondaj veya işleme malzeme yerine, kontaminasyonu temsil ettiğini göstermektedir.

Antik Biyolojik Topluluklar barındırmıştır İç Araştırma Dondurulmuş Çekirdek dış bölümünden Eksojen Malzeme Kaldırma

Bir laboratuvar ölçekli dikey akış yoluyla sütununda bir Prekambriyen demirli deniz upwelling sistemini simüle. Amaç O 2 ve Fe (II) ve nasıl jeokimyasal profillerini anlamaya siyanobakteriler üretmek O 2 olarak gelişmeye oldu. Sonuçlar, fotosentetik üretilen O 2, Fe (II) oksitlenmeye karşı Kemoklin kurulmasını göstermektedir.

Prekambriyen Deniz upwelling Sistemi Fotosentetik Bakteri Büyüme Keşfet bakımından zengin bir Demir (II) Laboratuar Simülasyonu

Otel bünyesindeki mikrobiyal zenginleştirme veya in situ yetiştirme teknikleri kültür zor mikrobiyal özellikleri, özellikle düşük-biyokütle veya geochemically aşırı ortamlar üzerinden Yalıtım kolaylaştırabilir. Burada, biz yeteneğine sahip hücre dışı elektron taşıma (EET) mikrobiyal suşları zenginleştirmek için bir harici güç kaynağı'nı kullanmadan bir elektrokimyasal set-up tanımlamak.

Anot respiring bakteri yerinde zenginleştirmek için kendini ayakta elektrokimyasal Set-up

Kriyosferdeki karbon akıları henüz pek değerlendirilmese de iklim değişikliği açısından çok önemlidir. Burada, yüksek spektral ve mekansal çözünürlük verileri sunan lazer kaynaklı floresan emisyon (L.I.F.E.) teknolojisine dayalı supraglacial ortamlarda fototrofik potansiyeli yakalayan yeni bir prototip cihaz gösteriyoruz.

Kriosferik Habitatlarda Biyobelirteçlerin Yerinde Ölçümleri için Yeni Non-Invaziv Araç Olarak Lazer Kaynaklı Floresan Emisyon (L.I.F.E.)

Hidrokarbon bozunan bakterileri sucul habitatlardan izole etme, çoğaltma ve karakterize etme sürecini sunuyoruz. Protokol, bakteri izolasyonunu, 16S rRNA yöntemiyle tanımlamayı ve hidrokarbon bozunma potansiyellerinin test edilmesini ana hatlarıyla belirtir. Bu makale, araştırmacıların çevresel örneklerde mikrobiyal biyoçeşitliliği karakterize etmelerine ve özellikle biyoremediasyon potansiyeli olan mikropları taramalarına yardımcı olacaktır.

Sucul Habitatlardan Hidrokarbon Metabolize Edici Özelliğe Sahip Bakteri Türlerinin İzolasyonu, Çoğaltılması ve Tanımlanması

Bu makalenin odak noktası, bir ortamdan elde edilen titiz anaerobik mikroorganizmalar için ortam yapmak için en iyi uygulamaları detaylandırmaktır. Bu yöntemler anaerobik kültürlerin yönetilmesine yardımcı olur ve "mikrobiyal karanlık madde" olarak adlandırılan, kültürlenmemiş mikroorganizmaların büyümesini desteklemek için uygulanabilir.

Çevresel Olarak Edinilmiş Anaerobik Mikroorganizmaların Kültürlenmesi için Bir Dizi Yerinde Bilgilendirilmiş Simüle Edilmiş Ortam Formatı

Aerobik metan oksitleyici bakterilerin doğal ortamlarında bulunan metan-oksijen karşı gradyanını yeniden oluşturan ve fizyolojilerinin mekansal olarak çözülmüş bir bağlamda incelenmesini sağlayan basit bir model ekosistem hazırlamak için bir protokol açıklanmaktadır. Agaroz bazlı model ekosistemi ile kullanım için yaygın biyokimyasal tahlillerde yapılan değişiklikler de açıklanmaktadır.

Metan-oksijen karşı gradyanında metanotrof yetiştirmek için agaroz tabanlı model ekosistem

Öğrenin, Antarktika'nın Lake Bonney gölünden mikrobiyal ökaryot zenginleştirme kültürleri oluşturmayı ve RubisCO aktivitesiyle karbon fiksasyon potansiyelini ölçmeyi. Bu yöntem, ekstrem ortamlarda metabolik çeşitliliği araştırmak için kullanılır.

Karbon Fiksasyon Potansiyel bir Kimyasal Tabakalı Antarktika Gölü ve Ölçme Mikrobiyal Ökaryotik Zenginleştirme Kültürlerinin Kurulması (Video) | JoVE Journal

Karbon Fiksasyon Potansiyel bir Kimyasal Tabakalı Antarktika Gölü ve Ölçme Mikrobiyal Ökaryotik Zenginleştirme Kültürlerinin Kurulması

Daha fazla video keşfet