Name: Dinamik Etkileşimler 3D Yapısal Analiz için karşılıklı Mikroskopi (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2013-06-24T13:00:00.000+00:00
Duration: 13 min 43 s
Description: Öğrenin, HIV-1 virüs parçacıklarının HeLa hücreleriyle dinamik etkileşimlerini canlı hücre konfokal mikroskobu ve kriyoelektron tomografi kullanarak yüksek çözünürlüklü 3D yapısal analiz için nasıl görüntüleyeceğinizi.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Yazarlar teknik için cryo floresan örnek sahne, Çin Bilim ve Teknoloji Üniversitesi Changlu Tao ve Cheng Xu yapımı için Travis Wheeler ve Hücre Biyolojisi Bölümü&#39;nde makine atölyesi ve Fizyoloji, University of Pittsburgh teşekkür etmek istiyorum hizmetleri ve yazının eleştirel okuma Dr Teresa Brosenitsch. Bu çalışma Ulusal Sağlık Enstitüleri (GM082251 &amp; GM085043) tarafından desteklenmiştir.

1. Karbon kaplı üzerinde HeLa Hücre Kültürü, Altın EM Bulucu Izgaralar <ol><li> Glow deşarj 25 saniye için 25 mA altında 200-örgü R2 / 2 Quantifoil altın EM bulucu ızgara karbon tarafı. </li><li> Coat 50 mg / ml fibronektin çözümün bir 40 ul damlacık üzerine, aşağı, karbon-yan yüzen fibronektin ile EM ızgara, daha sonra bir doku kültürü kaputu 2 saat UV ışığı altında dezenfekte edin. </li><li> Plaka HeLa bir cam alt kültürü çanağı içinde 2 x 10 4 hücre / ml (toplam 2 ml kültür) bir yoğunlukta ızgara üzerine hücreleri ve DMEM içinde,% 5 CO2 ile 37 ° C &#39;de hücrelerin büyümesi 4.5 ile takviye edilmiş yaklaşık 18 saat boyunca g / L L-glutamin ve glikoz,% 10 ısı ile inaktive edilmiş fetal buzağı serumu, 100 birim / ml penisilin ve 100 ug / ml streptomisin,. HeLa hücreleri O / N kültürden sonra enfekte edilir. </li></ol> 2. HIV-1 enfeksiyonu ve Canlı hücre Görüntüleme <ol><li> Cam-alt kültür bir floresan hücre izci (Kırmızı CMTPX, 1 ul / 2 ml) EkleÇanak (adım 1.3) ve floresan boya kadar almak izin vermek için, 10 dakika boyunca 37 ° C&#39;de inkübe çanak. </li><li> Hücreler PBS ile yıkanır ve 50 ul önceden ısıtılmış taze ortam ilave edin. </li><li> 37 ° C, bir Tebeşir Alan Konfokal tarayıcı mikroskop de, canlı-hücre odası üzerine çanak yerleştirin. Onlar cryoEM yana en yayılma-out ve düz (Şekil 2c ve 2d bakınız), zaman nispeten ince bölgeleri gerektirir iki mitoz faz arasındaki hücreleri ile 1-3 hücre / kare içeren birden çok alan (10-15 pozisyonları), seçin örnek. Gelecekte görüntüleme (adım 2.5) için bu pozisyonları saklayın. </li><li> (Biz p24 40 ng / ml içeren bir numunenin 40 ul kullanın) GFP VPR içeren VSV-G sözde yazılmış HIV-1 parçacıkları ile hücreleri enfekte. Görüntüleme için pozisyon seçili ve saklanan beri çanak alt içine virüs parçacıkları eklerken, EM ızgara rahatsız değil dikkatli olun. </li><li> Hemen virionlar eklenmesinden sonra, Ti toplamak20-40 dakika önce seçilen pozisyonlarda yüksek hızlı 3D konfokal görüntüleri, (adım 2.3 &#39;e) me-sukut. </li><li> Konfokal görüntüleri MetaMorph kullanılarak elde ve Imaris yazılım (Bakınız Şekil 1) kullanarak tek parçacık dinamiği için otomatik 3D parçacık izleme ile analiz edildi. Biz kırınım-sınırlı dinamik davranışı arasında ilişki olduğu için HIV-1 hücresel ince yapı, zaman atlamalı canlı hücre görüntüleme ve 3D parçacık izleme ile parçacıklar sonuçları için önemlidir. Ancak, büyük ve statik yapısı için, basit bir floresan görüntü (canlı hücre olmadan) karşılıklı analiz için yeterli olacaktır. </li></ol> 3. Dondurulmuş-sulu EM Numune Hazırlama Son konfokal görüntü ve örnek cryo-fiksasyon toplanması arasındaki zaman gecikmesini en aza indirmek için, FEI Vitrobot (ya da diğer vitrifikasyon cihaz) floresan konfokal canlı hücre görüntüleri toplama sırasında başlatılan ve dalma-dondurma için hazırlanmalıdır.<ol><li> Vitrifikasyon cihazı açın ve 22 iklim sıcaklığını ayarlamak ° C,% 100 hedef nem, 7 saniye için kurutma süresi ve bekleme ve 1 sn zaman boşaltın. </li><li> Piston Dewar içinde ızgara saklama kutusu yerleştirin ve soğuk sıvı etan hazırlamak. Vitrifikasyon cihaz üzerine Dewar monte edin. </li><li> Hemen konfokal canlı hücre görüntüleme (bölüm 2) sonra, bir buz soğutmalı bakır blok üzerine kültür çanak yerleştirin ve cryoEM numune hazırlama odasına aktarın. Özel cımbız üzerine EM ızgara yüklemek ve hızlı bir şekilde ızgara üzerinde herhangi bir medya uzak kurulayın. Kurutma 0.2 mikron floresan mikroküreler hemen ızgara yerleştirilir ile 15 nm altın boncuk çözüm 4 ul karışık sonra, filtre kağıdı ile, elle yapılır. Altın boncuklar tomografi veri toplama ve hizalama yardım etmek için indirgeme marker olarak kullanılmaktadır. Floresan mikroküreler (Şekil 2c-2f bakınız) floresan ve cryoEM görüntüler arasında korelasyon yardım için kullanılır. </li><li> Vitrifikasyon cihaz üzerine cımbız yükleyin ve sıvı etan 16 dondurma leke ve atılmak için cihaz talimat. En iyi sonucu elde etmek için optimize kurutma parametreler şunlardır: leke zaman, 7 saniye, leke ofset, 0, drenaj süresi, 1 sn, sıcaklık, 22 ° C ve nem,% 100. </li><li> Daha sonra kullanmak için hemen cryoET görüntüleme için bir cryoEM tutucu, ya da bir sıvı azot depolama Dewar dondurulmuş sulu ızgara aktarın. </li></ol> 4. Cryo-floresan Işık Mikroskopi Bir ev yapımı, cryo-floresan örnek odası ve sahne sistemi (Şekil 3) adımları 4,1-4,10 yürütmek için gereklidir. Sahnenin ayrıntılı özellikleri ve açıklama Haziran ve ark. 15. bulunabilir. <ol><li> En az 2 saat cryo-floresan ışık mikroskobu (Şekil 3a bak) başlamadan önce sıvı azot ile kendinden basınçlı sıvı nitrojen Dewar doldurun. </li><li> Bir homebuilt cryo-f monteBöyle bir Olympus IX 71 olarak ters bir floresan ışık mikroskobu, üzerine luorescence örnek sahne 15 (Şekil 3). </li><li> Kendini basınçlı Dewar için cryo-örnek sahne sıvı azot girişi bağlayın ve uygun bir kabın içine sıvı azot taşma koruması çıkışı yerleştirin. Objektif sıcak ve don serbest tutmak için objektif lens üzerine yerleştirilen bir kol için kuru azot gazı hattı bağlayın. </li><li> Dondurulmuş sulu örnek ızgara yüklemek için cryo aşamalı odasına bir bakır blok platformu (Şekil 3b siyah ok) yerleştirin. Soğumasını ve öz-basınçlı dolum Dewar gelen giriş hattı üzerinden sıvı nitrojen ile cryo-sahne bakır odası doldurun. </li><li> Cryo aşamalı sıvı azot sıcaklığında (~ 4-6 dakika içinde) ulaştığında, cryo aşamalı için ızgara saklama kutusu (adım 3.5 dan itibaren) aktarın. </li><li> Bakır blok EM numune kartuş içine donmuş-sulu örnek ızgara yerleştirin ve g klibiC-ring kullanılarak yerinde kurtulmak, ya da üstüne bir önceden soğutulmuş bakır halka (Şekil 3d siyah ok) yerleştirin, ızgara kolay erişim için de bir yerde ızgara tutmak ve sonra (bir Polara mikroskop kartuş kullanıyorsanız) Cryo-floresan görüntüleme (olmayan bir Polara cryo-elektron mikroskobu için ise). </li><li> Kriyo-aşamada (Şekil 3b&#39;de beyaz ok başı) iç bölmesi içinde kartuşu (adım 4,6) yerleştirin. </li><li> Arama ve canlı hücre görüntüleme verilerden aynı virüs parçacıkları bulmak. EM ızgara bir dizin olduğundan, canlı hücre görüntüleri ve cryo-floresans görüntüler hem de ızgara üzerinde aynı parçacık tespit etmek için basittir. </li><li> Uzun çalışma (2,7-4 mm) objektif lens ile bir ışık mikroskobu kullanarak cryo-koşul altında belirlenen pozisyonlarda cryo-DIC ve GFP görüntüler elde. Cryo floresan görüntüleme sırasında, periyodik olarak, cryo aşamalı ve dolum içinde sıvı azot seviyesini kontrol gerektiği gibi, -170 aşağıdaki örnek sahne tutmak için° C </li><li> Kriyo-floresan görüntüleme tamamlanmasından sonra, dikkatli bir şekilde, bakır blok platformuna örnek kartuşu dönmek ve Polara sistemi ile gelecekteki cryoET analizi için bir sıvı azot Dewar kartuşunu. Olmayan bir Polara cryo-elektron mikroskobu kullanıyorsanız, bakır halka kaldırmak için örnek ızgara almak, bir ızgara saklama kutusu yerleştirin ve numune cryoET tarafından incelenir kadar sıvı azot Dewar içinde numune saklayın. </li><li> Veri analizi için, satın cryo-DIC ve GFP görüntüleri üst üste (adım 4,9, Şekil 4b) ve canlı hücre görüntüleme serisi elde edilen ile cryo floresan görüntü GFP sinyallerin pozisyonları ilişkilidir. </li></ol> 5. Cryo-elektron Tomografi <ol><li> Bu Polara G2 mikroskop gibi bir alan emisyon silah ile donatılmış bir elektron mikroskop cryo-aktarma istasyonuna örnek kartuşu yükleyin. </li><li> 140X, ide bir büyütme altında düşük doz-arama moduntify ve bir sahne dosyasına ilgili ızgara kareler (adım 4.11 &#39;dan itibaren) kaydedin. </li><li> 3.500 X bir büyütmede düşük doz-arama modu altında, bir 100 mikron objektif diyafram, arama eklemek ve bir ikinci aşama dosyaya GFP sinyalleri ile ilişkili tüm pozisyonları kaydedin. </li><li> Önemsiz bir karbon bölgedeki buz uzak yakarak, sahne y işlevini kullanarak, / Å 2 ve eğim ekseni rafine - düşük doz-pozlama modu altında, 1 veya 2 e bir doz ışın yoğunluğunu ayarlamak için boş bir alan bulmak birkaç altın boncuk ile. </li><li> Düşük doz-odak modu altında, ~ 3 mikron olarak odak mesafesini ayarlamak ve eğim eksenine paralel olarak odak yönünü hizalamak için açısını ayarlayın. </li><li> Düşük doz-arama modu altında, (adım 5.3) kayıtlı pozisyonları hatırlamak, örnek eucentric yüksekliğini ayarlayın ve ilgi alanı için eğim aralığı kontrol edin. Expos de, 8 ile 10 mikron bulanıklaştırma az - çok düşük elektron doz (/ Å 2 ~ 1 e) ile bir projeksiyon görüntü eldekriyo-elektron tomografi için ilişkili virüs parçacıkları onaylamak için ure modu,. </li><li> Düşük doz odak moduna geçin. TEM otomatik fonksiyonları menüsünde, otomatik eucentric yüksekliği öncesinde ve odak alanı fonksiyonları odaklanmak. </li><li> Bir eğim serisi elde etmek için parametreleri ayarlayın. / Å 2 toplam doz - Bu yazıda Şekil 4 için, eğim açıları, sırasıyla, 3 ° ve 2 ° eğim artışlarla, °, altında ve üstünde 45 ° ± 70 arasında değişen 6 mikron bulanıklaştırma ve yaklaşık 70 e, kullanılmıştır. </li><li> Tüm kayıtlı pozisyonlar için adımları 5.7 ve 5.8 tekrarlayın. Toplu tomografi yazılım iş verimini arttırmak için çoklu pozisyonlarda otomatik veri toplama için kullanılabilir. </li></ol> 6. IMOD 17 kullanarak üç boyutlu İmar <ol><li> Minimum ve maksimum yoğunluk değerleri ayarlayın ve büyük görüntü değişimine bağlı olarak dışlanacak herhangi bir görünümü var olup olmadığını belirlemek için ham tilt serisi kontrol edin. </li><li> ETomo ve Eksen tipi, piksel boyutu, konvansiyonel indirgeme çapı, vb kullanarak kurulum tomografisinde paneli başlatın. Sonra com komut dosyaları oluşturabilirsiniz. </li><li> Tomografisinde hesaplama birkaç aşamada ayarlanabilir / eş zamanlı olarak takip edilebilir şekilde ana pencere yapılandırın. Gerekli parametreleri değiştirin ve her işlem adım (eTomo öğretici bak, gerekli olan özel programlar yürütmek <a href="http://bio3d.colorado.edu/imod/doc/etomoTutorial.html" target="_blank">http://bio3d.colorado.edu/imod/doc/etomoTutorial.html</a> ). </li><li> Son aşamada, tam uyumlu yığını oluşturmak (0.6 daha az bir ortalama kalıntı hata ile) ve IMOD bir ağırlıklı arka projeksiyon algoritması kullanılarak tomografi yeniden. </li><li> Kontrast ve netlik geliştirmek için uygun parametrelerle IMOD uygulanan bir 3D doğrusal olmayan anizotropik difüzyon kenar geliştirme programını kullanarak ilgi potansiyel alanları Denoise. </li></ol>

<ol><li>Leis, A., Rockel, B., Andrees, L., Baumeister, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Visualizing+cells+at+the+nanoscale%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+in+Biochemical+Sciences%22%5BJournal%5D)">Visualizing cells at the nanoscale.</a> Trends in Biochemical Sciences. 34, 60-70 (2009).</li>
<li>Maurer, U. E., Sodeik, B., Grunewald, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Native+3D+intermediates+of+membrane+fusion+in+herpes+simplex+virus+1+entry%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Native 3D intermediates of membrane fusion in herpes simplex virus 1 entry.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 105, 10559-10564 (2008).</li>
<li>McDonald, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Visualization+of+the+intracellular+behavior+of+HIV+in+living+cells%5BTitle%5D)+AND+%22The+Journal+of+Cell+Biology%22%5BJournal%5D)">Visualization of the intracellular behavior of HIV in living cells.</a> The Journal of Cell Biology. 159, 441-452 (2002).</li>
<li>Arhel, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitative+four-dimensional+tracking+of+cytoplasmic+and+nuclear+HIV-1+complexes%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">Quantitative four-dimensional tracking of cytoplasmic and nuclear HIV-1 complexes.</a> Nature Methods. 3, 817-824 (2006).</li>
<li>Gousset, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Real-time+visualization+of+HIV-1+GAG+trafficking+in+infected+macrophages%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Pathogens%22%5BJournal%5D)">Real-time visualization of HIV-1 GAG trafficking in infected macrophages.</a> PLoS Pathogens. 4, e1000015(2008).</li>
<li>Jouvenet, N., Bieniasz, P. D., Simon, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Imaging+the+biogenesis+of+individual+HIV-1+virions+in+live+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Imaging the biogenesis of individual HIV-1 virions in live cells.</a> Nature. 454, 236-240 (2008).</li>
<li>Koch, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Visualizing+fusion+of+pseudotyped+HIV-1+particles+in+real+time+by+live+cell+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Retrovirology%22%5BJournal%5D)">Visualizing fusion of pseudotyped HIV-1 particles in real time by live cell microscopy.</a> Retrovirology. 6, 84(2009).</li>
<li>Zhang, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Direct+visualization+of+receptor+arrays+in+frozen-hydrated+sections+and+plunge-frozen+specimens+of+E.+coli+engineered+to+overproduce+the+chemotaxis+receptor+Tsr%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Microscopy%22%5BJournal%5D)">Direct visualization of receptor arrays in frozen-hydrated sections and plunge-frozen specimens of E. coli engineered to overproduce the chemotaxis receptor Tsr.</a> Journal of Microscopy. 216, 76-83 (2004).</li>
<li>Wang, K., Strunk, K., Zhao, G., Gray, J. L., Zhang, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((3D+structure+determination+of+native+mammalian+cells+using+cryo-FIB+and+cryo-electron+tomography%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Structural+Biology%22%5BJournal%5D)">3D structure determination of native mammalian cells using cryo-FIB and cryo-electron tomography.</a> Journal of Structural Biology. 180, 318-326 (2012).</li>
<li>Sartori, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Correlative+microscopy%3A+bridging+the+gap+between+fluorescence+light+microscopy+and+cryo-electron+tomography%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Structural+Biology%22%5BJournal%5D)">Correlative microscopy: bridging the gap between fluorescence light microscopy and cryo-electron tomography.</a> Journal of Structural Biology. 160, 135-145 (2007).</li>
<li>Schwartz, C. L., Sarbash, V. I., Ataullakhanov, F. I., McIntosh, J. R., Nicastro, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cryo-fluorescence+microscopy+facilitates+correlations+between+light+and+cryo-electron+microscopy+and+reduces+the+rate+of+photobleaching%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Microscopy%22%5BJournal%5D)">Cryo-fluorescence microscopy facilitates correlations between light and cryo-electron microscopy and reduces the rate of photobleaching.</a> Journal of Microscopy. 227, 98-109 (2007).</li>
<li>van Driel, L. F., Valentijn, J. A., Valentijn, K. M., Koning, R. I., Koster, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tools+for+correlative+cryo-fluorescence+microscopy+and+cryo-electron+tomography+applied+to+whole+mitochondria+in+human+endothelial+cells%5BTitle%5D)+AND+%22European+Journal+of+Cell+Biology%22%5BJournal%5D)">Tools for correlative cryo-fluorescence microscopy and cryo-electron tomography applied to whole mitochondria in human endothelial cells.</a> European Journal of Cell Biology. 88, 669-684 (2009).</li>
<li>Rigort, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Micromachining+tools+and+correlative+approaches+for+cellular+cryo-electron+tomography%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Structural+Biology%22%5BJournal%5D)">Micromachining tools and correlative approaches for cellular cryo-electron tomography.</a> Journal of Structural Biology. 172, 169-179 (2010).</li>
<li>Gruska, M., Medalia, O., Baumeister, W., Leis, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Electron+tomography+of+vitreous+sections+from+cultured+mammalian+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Structural+Biology%22%5BJournal%5D)">Electron tomography of vitreous sections from cultured mammalian cells.</a> Journal of Structural Biology. 161, 384-392 (2008).</li>
<li>Jun, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Direct+visualization+of+HIV-1+with+correlative+live-cell+microscopy+and+cryo-electron+tomography%5BTitle%5D)+AND+%22Structure%22%5BJournal%5D)">Direct visualization of HIV-1 with correlative live-cell microscopy and cryo-electron tomography.</a> Structure. 19, 1573-1581 (2011).</li>
<li>Dubochet, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cryo-electron+microscopy+of+vitrified+specimens%5BTitle%5D)+AND+%22Quarterly+Reviews+of+Biophysics%22%5BJournal%5D)">Cryo-electron microscopy of vitrified specimens.</a> Quarterly Reviews of Biophysics. 21, 129-228 (1988).</li>
<li>Kremer, J. R., Mastronarde, D. N., McIntosh, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Computer+visualization+of+three-dimensional+image+data+using+IMOD%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Structural+Biology%22%5BJournal%5D)">Computer visualization of three-dimensional image data using IMOD.</a> Journal of Structural Biology. 116, 71-76 (1996).</li>
<li>Whitfield, M. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+genes+periodically+expressed+in+the+human+cell+cycle+and+their+expression+in+tumors%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Biology+of+the+Cell%22%5BJournal%5D)">Identification of genes periodically expressed in the human cell cycle and their expression in tumors.</a> Molecular Biology of the Cell. 13, 1977-2000 (2002).</li>
<li>Agronskaia, A. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrated+fluorescence+and+transmission+electron+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Structural+Biology%22%5BJournal%5D)">Integrated fluorescence and transmission electron microscopy.</a> Journal of Structural Biology. 164, 183-189 (2008).</li>
<li>Marko, M., Hsieh, C., Schalek, R., Frank, J., Mannella, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Focused-ion-beam+thinning+of+frozen-hydrated+biological+specimens+for+cryo-electron+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">Focused-ion-beam thinning of frozen-hydrated biological specimens for cryo-electron microscopy.</a> Nature Methods. 4, 215-217 (2007).</li>
</ol>

Yazarlar herhangi bir mali çıkarlarının beyan ederim.

Biz cryoET takip zaman atlamalı konfokal, canlı hücre floresan görüntüleme kullanarak dinamik hücresel olayları analiz etmek için gelişmiş bir karşılıklı bir yaklaşım sağlamak için protokoller basit bir dizi sundu. Yüksek çözünürlüklü cryoET ile 3D canlı hücre görüntüleme ilişkilendirmek için metodolojik geliştirme gibi ana hücreleri ile nadir, dinamik (, ​​daha önce statik rapor değil), ve kırınım sınırlı viral parçacıklar ve etkileşimleri görselleştirme gibi birçok zorlu biyolojik sorunları, araştırmak için önemlidir ...

Cryo-elektron tomografi (cryoET) hücre ve dokuların üç boyutlu (3D) görselleştirme izin verir ve bir yakın-fizyolojik durum 1 moleküler çözünürlükte yerli organeller ve hücresel yapıların örgüt haline anlayışlar sağlayan güçlü bir görüntüleme tekniğidir. Ancak, radyasyon duyarlılığı ile birlikte lekesiz dondurulmuş sulu numune, en doğal düşük kontrast zor bir hücre içinde ilgi alanları bulmak ve daha sonra hedef alan zarar vermeden başarıyla eğim dizi performans için yapar. Bu sorunların üstesinden gelmek için, ışık ve elektron mikroskopi birleştiren bir bağlaşık bir yaklaşım gereklidir. Floresan etiketleme tarafından vurgulanan özgü özellikleri tespit ve floresan ışık mikroskobu ile bulunan ve daha sonra koordinatları yüksek çözünürlüklü 3 boyutlu yapısal veri toplama için elektron mikroskobu aktarılır edilir. Bu yöntem, bir korelâsyon hedef bulma yardımcıilgi Arıkan ele alınması. CryoEM (&lt;300 nm) numune kalınlığına sınırlama nedeniyle, şu anda, hücrenin, sadece çevre bölgelerinde CryoET ile 3 boyutlu yapısal analizi için uygundur. Ayrıca freze 9 vitreus 8 kesit veya kriyo-odaklı iyon demeti (FIB) tarafından dondurulmuş sulu örneklerin kalınlığı azaltmak bağıntılı görüntüleme yeteneği genişletmek olacaktır. Daha önce, bağıntılı yöntemler öncelikli olarak büyük statik ve yapıları için 10-13 cryoET veri toplama kolaylaştırmak için kullanılmıştır. Bu çalışmalarda, cryo-aşamaları cryoEM ızgaraları kabul ve dik bir mikroskop ya da ters bir mikroskop 10,11,14 ya sığacak şekilde uygulanmıştır. Izgaraları geçiş kendi tasarımları oldukça basit görünse de, EM ızgara için ilgili adımları transfer ızgara, deforme hasar ve kontamine olabilir şansı artan ek vardır. Biz son zamanlarda bir teknik ilerleme gösterdibize doğrudan enfeksiyon 15 erken aşamalarında, HIV-1 ve konak hücre etkileşimleri olarak yakalamak için doğası gereği zordur dinamik olaylar, görüntülemenizi sağlar bağıntılı mikroskobu. Böylece korelasyon kolaylaştırmak, ızgara kullanım nedeniyle örnek hasarı en aza indirmek için bir kartuş sistemi adapte bir cryo-ışık mikroskobu örnek sahne tasarımı ve uygulayarak bu başarılı. Tasarım her iki kriyo-ışık ve cryo-elektron mikroskobu böylece karşılıklı süreç düzene, örnek transferi olmadan, aynı numune tutucu üzerine, sırayla, yapılacak sağlayan, entegre örnek kartuş tutucu içerir. Buna ek olarak, aynı zamanda indirgeme belirteçleri olarak floresan lateks boncukları kullanılarak doğru ve güvenilir bir korelasyon işlemi uygulanmıştır.

<table><tbody><tr><td colspan="4">Reagents</td></tr><tr><td>DMEM 4.5 g/L Glukoz, L-Glutamin</td><td>ile Atlanta Biologicals, Inc. Lawrenceville, GA</td><td>12-604F</td><td></td></tr><tr><td>Fibronektin</td><td>Sigma, St. Louis, MO</td><td>F1141-1MG</td><td>EM ızgaralarında HeLa hücre kültürü</td></tr><tr><td>Hücre izleyici</td><td>Invitrogen Corporation, Carlsbad, CA</td><td>C34552</td><td>Kırmızı CMTPX</td></tr><tr><td>Protein A altın konjugatları</td><td>Ted Pella, Inc., Redding, CA</td><td>15822-1</td><td>15 nm çap</td></tr><tr><td>0.2 &mu; m floresan mikroküreler</td><td>Invitrogen Corporation, Carlsbad, CA</td><td>F8811</td><td>Sarı-yeşil floresan</td></tr><tr><td>Isı ile inaktive edilmiş fetal buzağı sığır serumu</td><td>Invitrogen Corporation, Carlsbad, CA</td><td>10082-139</td><td></td></tr><tr><td>Penisilin-Streptomisin</td><td>Invitrogen Corporation, Carlsbad, CA</td><td>15140-122</td><td></td></tr><tr><td>Cam tabanlı kültür tabağı</td><td>MatTek Corporation</td><td>P35G-1.5-14-C</td><td></td></tr><tr><td>Altın kuantifoil bulucu EM ızgaraları</td><td>Quantifoil Micro Tools, Jena, Almanya</td><td>R2/2 Au NH2 200 mesh</td><td></td></tr><tr><td>PBS</td><td>Invitrogen Corporation, Carlsbad, CA</td><td>70011-044</td><td></td></tr><tr><td colspan="4">Equipment</td></tr><tr><td>Kızdırma deşarj cihazı 100X</td><td>EMS, Hatfield, PA</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Tecnai Polara G2 elektron mikroskobu, Alan Emisyon Tabancası</td><td>FEI ile, Hillsboro, OR</td><td></td><td>300 keV</td></tr><tr><td>Vitrobot Mark III</td><td>FEI, Hillsboro, OR</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Olympus IX 71 mikroskop</td><td>Olympus America Inc., Center Valley, PA</td><td></td><td>LUCPlanFLN 40X/0.6 NA (2.7-4 mm çalışma mesafesi) objektif lens</td></tr><tr><td>Nikon TiE mikroskobu</td><td>Nikon Instruments, Melville, NY</td><td></td><td>60X/1.35 NA yağa daldırma objektif lensi</td></tr><tr><td>Sweptfield konfokal mikroskop kullanarak</td><td>Prairie Technologies, Middleton, WI</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Tokai Hit canlı hücre odası</td><td>Tokyo, Japonya</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Kriyo-floresan örnek aşaması</td><td>Ev yapımı</td><td>Ev yapımı Makine atölyesi tarafından inşa edilmiştir, tasarım için referans 15'e bakın.</td><td></td></tr></tbody></table>

dinamik etkileşimler 3d yapısal analiz için karşılıklı mikroskopi

Correlative Microscopy for 3D Structural Analysis of Dynamic Interactions

Cryo-elektron tomografi (cryoET) yakın-to-fizyolojik durumu 1 moleküler çözünürlükte hücresel yapıların 3 boyutlu görselleştirme sağlar. Bununla birlikte, cryoET ile ev sahibi hücresel ortamda ayrı ayrı virütik kompleksleri, doğrudan görselleştirme özellikle HIV-1 durumunda, viral giriş seyrek ve dinamik yapısı nedeniyle, 2 zordur. Zaman atlamalı canlı hücre görüntüleme HIV-1 3-7 yaşam döngüsü birçok yönleri hakkında bilgi büyük bir vermiştir ise, çözünürlük canlı hücre mikroskobu sağladığı (~ 200 nm) sınırlıdır. Çalışmalarımız, canlı hücre floresan ışık mikroskobu birleştirerek cryo-floresan mikroskop ve cryoET tarafından HIV-1 enfeksiyonu erken olayların doğrudan görselleştirme izin veren bir korelasyon yöntemi geliştirmeyi amaçlıyordu. Bu şekilde, canlı hücre ve kriyo-floresan sinyalleri doğru cryoET içinde numuneleme yönlendirmek için kullanılabilir. Ayrıca, yapısal bilgi cryoET olabilir b eldedinamik fonksiyonel verileri ile tamamlanmaktadır E floresan etiketli hedef canlı-hücre görüntüleme ile kazandı. Bu video makalede, biz yapısal HIV-1 araştırılması ve 3D karşılıklı yüksek hızlı canlı hücre görüntüleme ve yüksek çözünürlüklü cryoET yapısal analizi ile konak-hücre etkileşimleri için detaylı yöntem ve protokolleri sağlar. HIV-1 ile enfekte olmuş partiküller HeLa hücreleri canlı hücre konfokal mikroskopi ile ilk olarak karakterize edilmiştir, ve aynı viral partikül içeren bölgesi, daha sonra 3 boyutlu yapısal detayları için kriyo-elektron tomografi ile analiz edilmiştir. Görüntüleme verileri, optik görüntüleme ve elektron görüntüleme, iki takım arasındaki ilişki bir ev yapımı cryo-floresan ışık mikroskobu sahne kullanılarak elde edilmiştir. Burada ayrıntılı yaklaşım virüs-konak hücre etkileşimleri çalışma için değil, aynı zamanda hücre sinyal, membran reseptör ticareti gibi hücre biyolojisi daha geniş uygulamaları, ve diğer birçok dinamik hücresel süreçleri için değil sadece, değerli olacaktır. &lt;/ P&gt;

Virüs partiküllerinin dinamik davranışını karakterize etmek için, HIV-1 ile enfekte olmuş HeLa hücrelerinde yüksek hızlı canlı hücre konfokal mikroskopi ile görüntülenmiştir ve partikül hareketleri (Şekil 1) otomatik 3 parçacık izleme ile analiz edilmiştir. Son konfokal canlı hücre görüntü toplama ve dalma-dondurma (ki yeterince ilişkili HIV-1 parçacıkların kaybetmek olabilir), bir cryo-floresan ışık mikroskobu aşamada (Şekil 3 arasında oluşabilir birkaç dakika zaman atlamalı önlemek iç...

Biz yüksek hızlı 3D canlı hücre floresan ışık mikroskobu ve yüksek çözünürlüklü kriyo-elektron tomografi birleştiren bir karşılıklı mikroskopi yöntemi açıklanmaktadır. Biz burada görüntüleme, dinamik ana HeLa hücreleri ile etkileşime küçük bir HIV-1 parçacıkların bağıntılı yöntemin özelliği göstermektedir.

Dinamik Etkileşimler 3D Yapısal Analiz için karşılıklı Mikroskopi

Cryo-electron tomography (cryoET) allows 3D visualization of cellular structures at molecular resolution in a close-to-physiological state1. However, ...

Bu prosedürün genel amacı, konak HeLa hücreleri ile etkileşime giren dinamik küçük HIV-1 partiküllerini görüntüleyerek korelatif floresan ışık ve kriyoelektron mikroskopi yönteminin kullanımını göstermektir. Bu işlem, öncelikle cam tabanlı bir kültür kabındaki altın finder EM ızgarası üzerine HeLa hücrelerinin ekilip büyütülmesi ve HeLa hücrelerinin GFP etiketli HIV-1 partikülleri ile enfekte edilmesiyle gerçekleştirilir. İkinci adım, HIV-1 enfekte hücrelerin zaman ayarlı yüksek hızlı 3D canlı hücre konfokal görüntülerinin toplanması ve vitrifikasyon sonrası tek partikül dinamikleri için görüntülerin otomatik 3D partikül takibi ile analiz edilmesidir.Canlı hücre görüntüleme verilerindeki aynı viral parçacıklardan oluşan örnek, daha ileri yüksek çözünürlüklü 3D kriyo-elektron tomografi analizi için kriyo floresan görüntülerde konumlandırılmıştır. Son adım, HIV-1 parçacıkları içeren tanımlanmış tüm konumlar için eğimli kriyo EM projeksiyon serilerini toplamak ve imad yazılımını kullanarak ağırlıklı geri projeksiyon algoritması ile 3D tomogramları yeniden oluşturmaktır. Sonuç olarak, dinamik difraksiyon sınırlı viral parçacıkları ve bunların konak hücrelerle olan etkileşimlerini doğru

correlative-microscopy-for-3d-structural-analysis-dynamic

Research

JoVE Journal

Bioengineering

Biyomühendislik

Dört boyutlu (4D) görüntüleme omurgalı sinir terminalleri canlı endozomlar iki tip arasındaki davranış ve etkileşimleri incelemek için kullanılmaktadır. Bu küçük yapıların hareketi gibi endozom füzyon ve ekzositoz gibi olayların onay izin, üç boyutlu olarak karakterize edilir.

Dört boyutlu Floresans Görüntüleme ile Sinir Terminalleri Yaşayan endozom Dinamiği Görselleştirme

Burada, konfokal ve seri blok yüz taramalı elektron mikroskobu arasında köprü kurarak belirli bir hücrenin doğal dokusundaki üst yapısını ortaya çıkarmak için bir yöntem olan cocem3D'yi tanıtıyoruz.

Belirli Duyu Hücre bağıntılı Konfokal ve 3D Elektron Mikroskobu

T hücresi immünolojik sinapsında filamentli aktinin akış hızlarını ve yönlülüğünü araştırmak için, canlı hücre süper çözünürlüklü görüntüleme, toplam iç yansıma floresansı ile birleştirilir ve uzaysal-zamansal görüntü korelasyon spektroskopisi ile ölçülür.

Yapılandırılmış Aydınlatma Mikroskopi Verilerinin uzay-zamansal Görüntü Korelasyon Spektroskopisi nicel T Hücreleri kortikal Aktin Akışı

Burada, üç renkli smFRET veri ve onun analizi ile 3D ensemble gizli Markov modeli elde etmek için bir iletişim kuralı mevcut. Bu yaklaşım ile bilim adamları Kinetik bilgi cooperativity veya ilişkili etkileşimler de dahil olmak üzere karmaşık protein sistemlerden ayıklayabilirsiniz.

Üç renkli tek molekül FRET Protein etkileşimleri korelasyon çalışma için kullanma

Bu protokol, canlı üç boyutlu görüntüleme için bakteri örneklerinin nasıl hazırlanacağını ve monte edilebildiğini ve bu görüntülerden E. coli'nin üç boyutlu şeklinin nasıl yeniden yapılandırılabildiğini açıklar.

Doğru Hücresel Temsiller ve Hassas Protein Lokalizasyonu için Bakteri Hücrelerinin Üç Boyutlu Görüntülemesi

Bu protokol, kültürlü sıçan hipokampal nöronları ve 3D yapılandırılmış aydınlatma mikroskobu (3D-SIM) kullanarak aktin halkalarını ve akson başlangıç segmentinin membran periyodik iskeletinin diğer bileşenlerini görselleştirmek ve ölçmek için bir yöntem açıklamaktadır.

Akson Başlangıç Segmentinin Membran Periyodik İskeletinin 3D Yapılı Aydınlatma Mikroskobu (3D-SIM) Kullanılarak Ölçüm Özellikleri

Burada, iki mikrotübül popülasyonunun dinamiklerini aynı anda ölçmek ve karşılaştırmak için TIRF mikroskopi tabanlı in vitro resusyon testi sunulmaktadır. Çapraz bağlı mikrotübül demetleri ve tek mikrotübüller üzerindeki çoklu mikrotübül ile ilişkili proteinlerin kolektif aktivitesini eşzamanlı olarak görüntülemek için bir yöntem açıklanmaktadır.

Çapraz Bağlı ve Tek Mikrotübüllerin Dinamiğinin In Vitro TIRF Mikroskobu ile Eşzamanlı Görselleştirilmesi

Dinamik mikrotübüllerin ve floresan olarak etiketlenmiş mikrotübülle ilişkili proteinlerin eşzamanlı görüntülenmesi için girişim-yansıma mikroskobu ve toplam-iç-yansıma-floresan mikroskobu uygulamak için bir protokol sunuyoruz.

Dinamik Mikrotübülleri ve İlişkili Proteinleri Görüntülemek için Eşzamanlı Girişim Yansıması ve Toplam İç Yansıma Floresan Mikroskobu

Diferansiyel dinamik mikroskopi (DDM), dinamik ışık saçılması ve mikroskopi özelliklerini birleştirir. Burada, vimentin ağlarındaki parçacıkların subdifüzyon ve kafesli dinamiklerini ve aktif miyozin güdümlü aktin-mikrotübül kompozitlerinin balistik hareketini ölçerek yeniden yapılandırılmış sitoiskelet ağlarını karakterize etmek için DDM'yi kullanma süreci sunulmaktadır.

Diferansiyel Dinamik Mikroskopi Kullanarak Sitoiskelet Dinamiğinin Ölçülmesi

Bu protokol, in vitro toplam iç floresan (TIRF) mikroskopi testi kullanarak dinamik aktin ve mikrotübülleri görselleştirmek için bir kılavuzdur.

Aktin ve Mikrotübül Eşleşme Dinamiğinin In Vitro Total İç Yansıma Floresan (TIRF) Mikroskobu ile Görselleştirilmesi

Bu protokol, tek objektifli, hafif tabakalı bir floresan mikroskobunun nasıl oluşturulacağını ve hücre iskeleti ağlarını görselleştirmek için kullanımını ayrıntılı olarak açıklar.

Hücre iskeleti ağlarının görselleştirilmesi için özelleştirilebilir, tek objektifli, ışık tabakalı floresan mikroskobunun tasarımı ve inşası

Öğrenin, HIV-1 virüs parçacıklarının HeLa hücreleriyle dinamik etkileşimlerini canlı hücre konfokal mikroskobu ve kriyoelektron tomografi kullanarak yüksek çözünürlüklü 3D yapısal analiz için nasıl görüntüleyeceğinizi.

Dinamik Etkileşimler 3D Yapısal Analiz için karşılıklı Mikroskopi

Daha fazla video keşfet