Name: Tomurcuklanma Maya Floresan Time-lapse Filmler Kazanılması ve GREFTLERİ kullanarak Tek hücreli Dynamics analiz (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2013-07-18T13:00:00.000+00:00
Duration: 17 min 1 s
Description: Öğrenin, maya hücrelerinde floresan time-lapse görüntüleme ve tek hücreli dinamik analizi için GREFT yazılımı kullanarak transkripsiyon değişikliklerini incelemeyi. Bu yöntem hücre döngüsü ve gen regülasyonu çalışmalarında kullanılır.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Biz yazılım yapılan yorumlar için Emily Jackson, Joshua Zeidman ve Nicholas Wren teşekkür ederim. Bu çalışma GM95733 (NM için), BBBE 103316 ve MIT başlangıç ​​fonları (NM için) tarafından finanse edildi.

<ol><li>Locke, J. C. W., Elowitz, M. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Using+movies+to+analyse+gene+circuit+dynamics+in+single+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews.+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Using movies to analyse gene circuit dynamics in single cells.</a> Nature Reviews. Microbiology. 7 (5), 383-392 (2009).</li>
<li>Rosenfeld, N., Young, J. W., Alon, U., Swain, P. S., Elowitz, M. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gene+Regulation+at+the+Single-Cell+Level%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Gene Regulation at the Single-Cell Level.</a> Science. 307 (5717), 1962-1965 (2005).</li>
<li>Colman-Lerner, A., Gordon, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulated+cell-to-cell+variation+in+a+cell-fate+decision+system%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Regulated cell-to-cell variation in a cell-fate decision system.</a> Nature. 437 (7059), 699-706 (2005).</li>
<li>Vega, N. M., Allison, K. R., Khalil, A. S., Collins, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Signaling-mediated+bacterial+persister+formation%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Chemical+Biology%22%5BJournal%5D)">Signaling-mediated bacterial persister formation.</a> Nature Chemical Biology. 8 (5), 431-433 (2012).</li>
<li>Larson, D. R., Zenklusen, D., Wu, B., Chao, J. A., Singer, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Real-Time+Observation+of+Transcription+Initiation+and+Elongation+on+an+Endogenous+Yeast+Gene%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Real-Time Observation of Transcription Initiation and Elongation on an Endogenous Yeast Gene.</a> Science. 332 (6028), 475-478 (2011).</li>
<li>Golding, I., Paulsson, J., Zawilski, S., Cox, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Real-time+kinetics+of+gene+activity+in+individual+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Real-time kinetics of gene activity in individual bacteria.</a> Cell. 123 (6), 1025-1061 (2005).</li>
<li>Suter, D. M., Molina, N., Gatfield, D., Schneider, K., Schibler, U., Naef, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mammalian+Genes+Are+Transcribed+with+Widely+Different+Bursting+Kinetics%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Mammalian Genes Are Transcribed with Widely Different Bursting Kinetics.</a> Science. 332 (6028), 472-474 (2011).</li>
<li>Cookson, N. A., Cookson, S. W., Tsimring, L. S., Hasty, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell+cycle-dependent+variations+in+protein+concentration%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">Cell cycle-dependent variations in protein concentration.</a> Nucleic Acids Research. 38 (8), 2676-2681 (2010).</li>
<li>Zopf, C. J., Quinn, K., Zeidman, J., Maheshri, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell-cycle+dependence+of+transcription+dominates+noise+in+gene+expression%5BTitle%5D)+AND+%22%22%5BJournal%5D)">Cell-cycle dependence of transcription dominates noise in gene expression.</a> , Submitted (2013).</li>
<li>Kaufmann, B. B., Yang, Q., Mettetal, J. T., Van Oudenaarden, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Heritable+stochastic+switching+revealed+by+single-cell+genealogy%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Biology%22%5BJournal%5D)">Heritable stochastic switching revealed by single-cell genealogy.</a> PLoS Biology. 5 (9), e239(2007).</li>
<li>Cookson, S., Ostroff, N., Pang, W. L., Volfson, D., Hasty, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Monitoring+dynamics+of+single-cell+gene+expression+over+multiple+cell+cycles%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Systems+Biology%22%5BJournal%5D)">Monitoring dynamics of single-cell gene expression over multiple cell cycles.</a> Molecular Systems Biology. 1 (1), 2005.0024(2005).</li>
<li>Paliwal, S., Iglesias, P. A., Campbell, K., Hilioti, Z., Groisman, A., Levchenko, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MAPK-mediated+bimodal+gene+expression+and+adaptive+gradient+sensing+in+yeast%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">MAPK-mediated bimodal gene expression and adaptive gradient sensing in yeast.</a> Nature. 446 (7131), 46-51 (2007).</li>
<li>Charvin, G., Cross, F. R., Siggia, E. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+microfluidic+device+for+temporally+controlled+gene+expression+and+long-term+fluorescent+imaging+in+unperturbed+dividing+yeast+cells%5BTitle%5D)+AND+%22PloS+One%22%5BJournal%5D)">A microfluidic device for temporally controlled gene expression and long-term fluorescent imaging in unperturbed dividing yeast cells.</a> PloS One. 3 (1), e1468(2008).</li>
<li>Gordon, A., Colman-Lerner, A., Chin, T. E., Benjamin, K. R., Yu, R. C., Brent, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+quantification+of+molecules+and+rates+using+open-source+microscope-based+cytometry%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Meth%22%5BJournal%5D)">Single-cell quantification of molecules and rates using open-source microscope-based cytometry.</a> Nat. Meth. 4 (2), 175-181 (2007).</li>
<li>Otsu, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Threshold+Selection+Method+from+Gray-Level+Histograms%5BTitle%5D)+AND+%22IEEE+Trans.+Sys.+Man.+Cyber%22%5BJournal%5D)">A Threshold Selection Method from Gray-Level Histograms.</a> IEEE Trans. Sys. Man. Cyber. 9 (1), 62-66 (1979).</li>
<li>Goranov, A. I., Cook, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+rate+of+cell+growth+is+governed+by+cell+cycle+stage%5BTitle%5D)+AND+%22Genes+%26+Development%22%5BJournal%5D)">The rate of cell growth is governed by cell cycle stage.</a> Genes & Development. 23 (12), 1408-1422 (2009).</li>
<li>To, T. -L., Maheshri, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Noise+Can+Induce+Bimodality+in+Positive+Transcriptional+Feedback+Loops+Without+Bistability%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Noise Can Induce Bimodality in Positive Transcriptional Feedback Loops Without Bistability.</a> Science. 327 (5969), 1142-1145 (2010).</li>
<li>O'Neill, E. M., Kaffman, A., Jolly, E. R., O'Shea, E. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+of+PHO4+nuclear+localization+by+the+PHO80-PHO85+cyclin-CDK+complex%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Regulation of PHO4 nuclear localization by the PHO80-PHO85 cyclin-CDK complex.</a> Science. 271 (5246), 209-212 (1996).</li>
<li>Raser, J. M., O'Shea, E. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Control+of+stochasticity+in+eukaryotic+gene+expression%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Control of stochasticity in eukaryotic gene expression.</a> Science. 304 (5678), 1811-1814 (2004).</li>
</ol>

Yazarlar hiçbir rakip mali çıkarlarının olmadığını beyan ederim.

Yukarıdaki protokol Mikroakiskan veya yazılım geliştirme sınırlı deneyimi olan floresan zaman serisi verileri elde etmek ve analiz etmek için basit bir yöntem açıklanır. Bu tek bir maya hücrelerinin zaman sukut floresan film elde etmesini sağlar, papaz izleme ve soy atamaları,, ilgili hücre boyutu ve ifade ölçümleri ayıklamak ve bir ticari mikroakışkan kültür cihaz kullanarak zaman ve çok yönlü bir grafik kullanıcı üzerinde bütün hücrelerin davranışını analiz arayüzü (GUI). Deneysel, segmentasyon ve izleme adımları çeşi...

Gen Tek hücre analizi gen regülasyonu birçok açıdan bizim anlaşılmasını kolaylaştırdı. Akım sitometri veya mikroskopi kullanılarak floresan muhabiri ifade statik anlık tek hücreli ifade dağılımı hakkında yararlı bilgiler sağlar, ancak tarih ve doğrudan gen dinamikleri bilgilendirmek için gerekli zaman serisi verileri evrimi eksikliği. Floresan zaman atlamalı mikroskopi tek hücreli ölçümleri ve tarih hem de elde etmek için bir araç sunar. Çeşitli deneysel ve analitik teknikler böylece, hücre-hücre varyasyon 2,3, bakteriyel persister oluşumu 4, transkripsiyon gibi gen regülasyonu özellikleri içine anlayışlar (bir yorum için 1) aktarmanın, floresan muhabiri ifade film elde etmek ve ölçmek için geliştirilmiştir başlatılması ve uzama 5, 6,7 patlama transkripsiyonel, hücre döngüsü bağımlılık 8,9, ve kalıtım 10. Bununla birlikte, OBT&#39;ninAining kaliteli tek hücreli floresan zaman serisi kültür önemli teknik sorunlar kontrol edilebilir bir ortam ve elde edilen floresan filmleri yüksek verimli miktarının bir hücre tek tabaka içerir. Burada, S. floresan film elde etmek ve analiz etmek için bir prosedür tarif hücre kültürü cihaz üretiminde veya yazılım geliştirme hiç gerekli deneyimi (Şekil 1) ile cerevisiae. İlk olarak, ayrıntılı bir örnek protokolü bir veya daha fazla floresan gazetecilere ifade tomurcuklanan maya için floresan zaman serisi film oluşturmak için. Özel mikroakışkan kültür odaları inşa edilmiş ve başarılı bir şekilde daha önce 11-13 istihdam edilmiştir rağmen, biz CellAsic (Hayward, CA) bir ticari mikroakışkan cihazı kullanın. Sistem, tek tabaka sınırları büyüme hücreleri ve perfüzyon ortamının sürekli olarak kontrol edilmesini sağlar. Biz mevcut mikroskopi protokolü fluoresc elde etmek için basit bir araçtırence tomurcuklanan maya film, ancak herhangi bir değişiklik deney protokolünde (özelleştirilmiş bir kültür cihaz, alternatif medya koşulları, vb.) tek maya hücrelerinin benzer floresan film veri verimli ikame edilebilir. Sonra, zaman serisi veri ayıklamak için bir grafik kullanıcı arayüzü (GUI) tabanlı MATLAB yazılım paketi (Mathworks, Natick, MA), Floresans Zaman Serisi Hızlı Analizi (GREFTLERİ) için GUI adlandırılan, kullanarak filmlerin analizi anahat tek hücreler için. GREFTLERİ hücreleri segmentlere ve izleme ve floresan ve geometrik bilgileri ayıklamak en çok yönlü, açık kaynak yazılım paketi Hücre-ID 14 benzer özelliklere sahiptir. Ancak, GREFTLERİ önemli ek özellikler sağlar. İlk olarak, segmentasyon ve veri doğruluğunu, yerine analizden sonra aykırı bölge izleri sadece istatistiksel yolluk doğrulamak için izleme sonuçlarının kolay interaktif düzenleme sunmaktadır. Ayrıca, automaticall için analizi uzanıry adayı soy ve tomurcuklanan maya ilgi hücre döngüsü noktaları. Anne ve kızı iki bağımsız hücre bölge oluşturmak için bölmek zamanını belirleme tüm hücre (herhangi bir bağlı tomurcuk gibi anne) hücre döngüsü 8 boyunca ölçümleri belirlemek için çok önemlidir. Suite bu görevleri yerine getirmek için üç modülden oluşmaktadır. Odaklı ve odaklanmamış parlak bir alan görüntüler arasında kontrast dayanan ve ilk bölümleri hücre bölgeleri kullanıcı segmentasyonu parametrelerini tanımlamak ve görsel olarak test etmenizi sağlar. İkinci (. Mevcut Blair ve Crocker ve ark IDL rutin Dufresne&#39;nin MATLAB uygulaması kullanarak,: parça <a href="http://physics.georgetown.edu/matlab/" target="_blank">http://physics.georgetown.edu/MATLAB/</a> ) ve zaman içinde hücre bölgelerde önlemler; otomatik soy atar ve görsel denetim sağlar ve hata düzeltme. Basit bir komplo GUI sorgu tek hücreli özelliklerine dahildir. Üçüncü modül tomurcuk ortaya çıkması ve bölme ti bağlıyormes, ve tüm hücre zaman serisi verilerin yanı sıra ilk ve ikinci kez türevleri (as 9 ele) verir. Analiz modülü tercih istatistiksel yazılım sonraki çalışma için bir boşluk ayrılmış metin dosyası olarak veri verir. Böylece paketi kullanıcı bir grafik arayüz üzerinden yüksek kaliteli zaman serisi veri ayıklamak sağlar. Biz hücre döngüsü 9 bir fonksiyonu olarak tek tomurcuklanan maya hücreleri gerçek zamanlı transkripsiyon oranları tahmin etmek için bu yöntemi kullandık. Modüllerin tomurcuklanma maya, parametreleri veya için optimize edilmiş olsa da, gerekirse, serbestçe kullanılabilir kod diğer organizmalar ve resim tipleri için adapte edilebilir. Segmentasyon, izleme, ve soy atama algoritmaları atanan görüntüleme ve söz konusu organizmanın türlerine özgü olabilir. Mevcut algoritmaları yerine, ama yine de kullanıcı dostu görsel denetim ve segmentasyon düzeltme ve her zaman istediğimiz an izleme hataları sağlar GUI arayüzü korumak olabilirherhangi bir algoritma ile r.

<table><tbody><tr><td>Y04C Maya Perfüzyon Plakası</td><td>CellAsic</td><td>Y04C-02</td><td></td></tr><tr><td>ONIX Mikroakışkan Perfüzyon Platformu</td><td>CellAsic</td><td>EV-262</td><td></td></tr><tr><td>Axio Observer.Z1 Mikroskop</td><td>Zeiss</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Plan-Apochromat 63x/1.40 Yağ DIC objektifi</td><td>Zeiss</td><td>440762-9904-000</td><td></td></tr><tr><td>Cascade II EMCCD kamera</td><td>Fotometri</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Lümen 200 metal halojenür ark lambası</td><td>ÖNCEKİ Bilimsel Üçlü</td><td></td><td></td></tr><tr><td>bant geçişli dikroik filtre küpü ve uyarma ve emisyon filtre seti</td><td>Chroma Technology Corp</td><td>seti #89006</td><td>YFP (Venüs / Sitrin), CFP (Gök Mavisi), RFP (mCherry / tdTomato)</td></tr> <tr><td>MAC 5000 denetleyici ve filtre tekerlekleri</td> için kullanılır <td>Ludl Elektronik Ürünler</td><td></td><td></td></tr><tr><td>MATLAB R2011a</td><td>Matematik İşleri</td><td></td><td>64 bit sürüm, büyük veri dosyalarını 32 bit'ten daha iyi işler</td></tr></tbody></table>

tomurcuklanma maya floresan time-lapse filmler kazanılması ve greftlerİ kullanarak tek hücreli dynamics analiz

Acquiring Fluorescence Time-lapse Movies of Budding Yeast and Analyzing Single-cell Dynamics using GRAFTS

Floresan zaman atlamalı mikroskopi tek hücre düzeyinde birçok biyolojik süreçlerin çalışmada güçlü bir araç haline gelmiştir. Özellikle, gen ifadesinin zamansal bağımlılığı gösteren film kendi düzenleme dinamikleri ilişkin bilgi sağlar, ancak tek hücre floresan film elde ve analiz için birçok teknik zorluklar vardır. Biz burada bu tür veri oluşturmak için ticari olarak satılan mikroakışkan kültür cihaz kullanarak basit bir protokol ve bir MATLAB tabanlı, grafik kullanıcı arayüzü (GUI) tabanlı yazılım paketi floresan görüntüleri ölçmek için açıklar. Yazılım bölümleri ve parça hücreleri kullanıcı görsel veri hataları barındırmalarına sağlar, ve otomatik olarak soy ve bölme kez atar. GUI daha bütün bir hücre izleri yanı sıra birinci ve ikinci zaman türevleri üretmek için zaman serisi analiz eder. Yazılım S. tasarlanmış iken cerevisiae, modülerlik ve çok yönlü t izin vermelidirbirkaç değişiklik ile diğer hücre tipleri eğitim için bir platform olarak hizmet o.

Bir başarılı bir performans ve analiz deney gerçekçi atanan tomurcuk ortaya çıkması ve bölme kez tek bir bütün hücreler için daha çok sürekli zaman serisi verecektir. Örnek olarak, büyüme ve genel ifadesi tek bir hücre içinde süresi (Tablo 4, Y47 içinde değişebilir nasıl gözlemlemek için yapısal ADH1 promoteri tarafından tahrik Shibuya floresan protein bütünleşmiş bir kopyası (CFP) ifade eden bir maya suşu ile haploid Yukarıdaki protokol gerçekleştirilir .) Biz zaman içinde (Şe...

Biz floresan büyüyen maya hücreleri mikroskop film ve tek hücreli zaman serisi veri ayıklamak için bir GUI tabanlı yazılım paketi elde etmek için basit protokol mevcut. Analizi otomatik soy ve görsel denetim ve izlenen verileri manuel küratörlüğü ile entegre bölümü zaman atama içerir.

Tomurcuklanma Maya Floresan Time-lapse Filmler Kazanılması ve GREFTLERİ kullanarak Tek hücreli Dynamics analiz

Fluorescence time-lapse microscopy has become a powerful tool in the study of many biological processes at the single-cell level. In particular, movies ...

Bu prosedürün genel amacı, büyüyen tekil maya hücrelerinin floresan videolarını elde etmek ve her bir hücre için raporlayıcı ekspresyon zaman serilerini çıkarmaktır. Bu işlem, öncelikle mikroakışkan bir bölmede hücrelerin tek tabaka halinde kültüre edilmesiyle gerçekleştirilir. İkinci adım ise bir veya daha fazla raporlayıcı için zaman ayarlı floresan mikroskopisi yapmaktır.Ardından, hücrelerin zaman içindeki takibini yapmak ve ölçümlerini gerçekleştirmek için filmler graft yazılım paketi kullanılarak işlenir. Son adım, hücre ölçümlerinin ve soy ağacı atamalarının analiz edilmesi ve her bir tam hücre için raporlayıcı ekspresyon zaman serilerinin dışa aktarılmasıdır. Nihayetinde, ekspresyon zaman serilerinden çıkarılan anlık transkripsiyon hızı, hem hücre döngüsü boyunca hem de değişen transkripsiyon faktörü seviyelerine yanıt olarak transkripsiyondaki değişimleri göstermek için kullanılır.Bu yöntem, aktif bir transkripsiyon faktörünün ani eklenmesine veya eksiltilmesine farklı promotörlerin ne kadar hızlı yanıt verdiği gibi, gen regülasyonu alanındaki temel soruların yanıtlanmasına yardımcı olabilir. Bu yanıt bir hücre popülasyonu genelinde ne kadar değişkendir ve morfoloji ile hüc

acquiring-fluorescence-time-lapse-movies-budding-yeast-analyzing

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Gen silme ve protein aşırı ekspresyonu proteinlerin işlevleri çalışmak için sık kullanılan yöntemlerdir. Bu makalede, bir nüfus protein konsantrasyonu fonksiyonu ve tek hücreli düzeylerde fenotip gelişimi analiz için bir...

Geliştirici Maya Protein Konsantrasyonu bir işlev olarak Morfolojik Fenotip Kalkınma Analizi

Fisyon Maya Kantitatif Canlı Hücre Floresan mikroskopi Analizi

Fisyon mayası cinsel yaşam döngüsünün uzun süreli mikroskobu için tekrarlanabilir bir temel yöntem sunuyoruz. Açıklanan küçük ayarlamalarla, sunulan protokol, araştırmanın üreme sürecinin farklı adımlarına odaklanmasına izin verir.

Bölünme Maya Cinsel Yaşam Döngüsü Mikroskopi

Veziküler kaçakçılık olaylarının doğru bir şekilde ölçülmesi, genellikle belirli proteinlerin rolleri ve mutasyonların etkileri hakkında önemli bilgiler sağlar. Bu makale, kantitatif floresan mikroskobu ve akış sitometrisi kullanılarak canlı hücrelerde endositik olayların nicelleştirilmesi için bir araç olarak pH'a duyarlı bir GFP varyantı olan süperekliptik pHluorin'i kullanma yöntemlerini sunmaktadır.

Budding Maya endositozun kantitatif, kinetik ve Yüksek verim Analizi pHluorin Uygulamaları

Bu makalede, mikro akışkan cips üretim ve kullanım ömrü ve tek bir maya hücrelerinin hücresel fenotipleri ölçmek için mikro-akışkan deney kurulumu için optimize edilmiş bir protokol sunulur.

Mikroakışkan Aygıtlar Kullanma Tek Budding Maya Hücreleri ömrü ve Hücresel fenotipleri Ölçmek için

Maya tomurcuklanan nedeniyle güçlü genetik ve mikrotübül hücre iskeletinin basitliği için in vivo olarak mikrotübül dinamiklerinin çalışmak için avantajlı bir modeldir. Aşağıdaki protokol dönüşümü ve kültür maya hücreleri eş odaklı mikroskopi görüntü elde ve kantitatif maya hücrelerini canlı mikrotübül dinamiklerini analiz etmek açıklamaktadır.

Yüksek çözünürlüklü görüntüleme ve Bireysel Astral Mikrotubul Dynamics Analizi Budding Maya

Bu protokol, çok renkli 4d (zaman atlama 3D) Konfokal mikroskobu kullanarak mantar tomurcuklanan içinde floresan etiketli hücre içi bölmeler Analizi açıklanmaktadır. Görüntüleme parametreleri, fotodamat kısıtlarken yeterli sinyalleri yakalamak için seçilir. Özel ımagej eklentileri etiketlenmiş yapıların izlenmesini ve niceli olarak analiz edilmesini sağlar.

Maya 4D mikroskopisi

Burada, araştırmacıların mitoz ve Meiosis sırasında yaşayan fisyon Maya hücrelerinde protein davranışları ve nükleer dinamikleri incelemesini sağlayan toksik olmayan bir mikroskopi yöntemi olan canlı hücreli görüntüleme sunuyoruz.

Floresans canlı hücre mikroskobu ile mitotik ve meiotic Fission Maya nükleer dinamiklerinin incelenmesi

Fisyon mayası burada, polimerizasyonlarını görselleştirmek için GFP ile translasyonel füzyon proteinleri olarak FtsZ ve MreB gibi bakteriyel hücre iskeleti proteinlerini eksprese etmek için heterolog bir konakçı olarak kullanılır. Ayrıca, polimerizasyonu etkileyen bileşikler, bir floresan mikroskobu kullanılarak görüntüleme ile tanımlanır.

Bakteriyel hücre iskeleti proteinlerini hedef alan antibakteriyel ilaç taramaları için bir platform olarak fisyon mayası

Bu protokol, maya hücresi döngüsü durdurma ve isteğe bağlı salım için iki yöntemi detaylandırır ve hücre döngüsüne bağlı süreçleri incelemek için floresan mikroskobunun kullanımını detaylandırır.

Tomurcuklanan mayada hücre döngüsüne bağlı süreçlerin manipülasyonu ve analizi

Öğrenin, maya hücrelerinde floresan time-lapse görüntüleme ve tek hücreli dinamik analizi için GREFT yazılımı kullanarak transkripsiyon değişikliklerini incelemeyi. Bu yöntem hücre döngüsü ve gen regülasyonu çalışmalarında kullanılır.

Tomurcuklanma Maya Floresan Time-lapse Filmler Kazanılması ve GREFTLERİ kullanarak Tek hücreli Dynamics analiz

Daha fazla video keşfet