Name: Büyük ölçekli SNP Genotiplendirme Uygulamaları için infinium Tahlili (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2013-11-19T14:10:00.000+00:00
Duration: 13 min 33 s
Description: Öğrenin, Infinium analizi ile büyük ölçekli SNP genotiplendirme protokolünü uygulayın. DNA amplifikasyonu, hibridizasyon ve tarama adımlarını görsel olarak keşfedin. Bu yöntem, hastalık ilişkilendirme çalışmalarında güvenilir sonuçlar sağlar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Bu iş için finansman NIH P20 GM103456, NIH RC2 AR058959 ve NIH R56 AI063274 tarafından sağlanmıştır

<ol><li>Shi, M. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enabling+large-scale+pharmacogenetic+studies+by+high-throughput+mutation+detection+and+genotyping+technologies%5BTitle%5D)+AND+%22Clin.+Chem%22%5BJournal%5D)">Enabling large-scale pharmacogenetic studies by high-throughput mutation detection and genotyping technologies.</a> Clin. Chem. 47 (2), 164-172 (2001).</li>
<li>Livak, K. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SNP+genotyping+by+the+5%27-nuclease+reaction%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">SNP genotyping by the 5'-nuclease reaction.</a> Methods Mol. Biol. 212, 129-148 (2003).</li>
<li>Seeb, J. E., Pascal, C. E., Ramakrishnan, R., Seeb, L. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SNP+genotyping+by+the+5%27-nuclease+reaction%3A+advances+in+high+throughput+genotyping+with+non-model+organisms%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">SNP genotyping by the 5'-nuclease reaction: advances in high throughput genotyping with non-model organisms.</a> Methods in Mol. Biol. 578, 277-292 (2009).</li>
<li>Bayés, M., Gut, I. G. Overview of Genotyping. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aBay%C3%A9s%2C+M+%22Molecular+Analysis+and+Genome+Discovery%22">Molecular Analysis and Genome Discovery</a>. ed, , 2nd, John Wiley & Sons, Ltd. Chichester, UK. 1-23 (2011).</li>
<li>Lee, Y., Seifert, S. N., Fornadel, C. M., Norris, D. E., Lanzaro, G. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-Nucleotide+Polymorphisms+for+High-Throughput+Genotyping+of+Anopheles+arabiensis+in+East+and+Southern+Africa%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Med.+Entomol%22%5BJournal%5D)">Single-Nucleotide Polymorphisms for High-Throughput Genotyping of Anopheles arabiensis in East and Southern Africa.</a> J. Med. Entomol. 49 (2), 307-315 (2012).</li>
<li>Liu, Z. SNP Genotyping Platforms. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aLiu%2C+Z+%22Next+generation+sequencing+and+whole+genome+selection+in+aquaculture%22">Next generation sequencing and whole genome selection in aquaculture</a>. , Wiley-Blackwell. 123-132 (2011).</li>
<li>Shen, R., Fan, J. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-throughput+SNP+genotyping+on+universal+bead+arrays%5BTitle%5D)+AND+%22Mutat.+Res.%2FFundam+and+Mol.+Mech.+of+Mutagenesis%22%5BJournal%5D)">High-throughput SNP genotyping on universal bead arrays.</a> Mutat. Res./Fundam and Mol. Mech. of Mutagenesis. 573 (1), 70-82 (2005).</li>
<li>Ragoussis, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genotyping+technologies+for+all%5BTitle%5D)+AND+%22Drug+Discov.+Today%3A+Technol%22%5BJournal%5D)">Genotyping technologies for all.</a> Drug Discov. Today: Technol. 3 (2), 115-122 (2006).</li>
<li>Wu, C. C., Shete, S., Jo, E. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Whole-Genome+Detection+of+Disease-Associated+Deletions+or+Excess+Homozygosity+in+a+Case-Control+Study+of+Rheumatoid+Arthritis%5BTitle%5D)+AND+%22Hum.+Mol.+Genet%22%5BJournal%5D)">Whole-Genome Detection of Disease-Associated Deletions or Excess Homozygosity in a Case-Control Study of Rheumatoid Arthritis.</a> Hum. Mol. Genet. , (2012).</li>
<li>Green, E. K., Hamshere, M., Forty, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Replication+of+bipolar+disorder+susceptibility+alleles+and+identification+of+two+novel+genome-wide+significant+associations+in+a+new+bipolar+disorder+case-control+sample%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Psychiatry%22%5BJournal%5D)">Replication of bipolar disorder susceptibility alleles and identification of two novel genome-wide significant associations in a new bipolar disorder case-control sample.</a> Mol. Psychiatry. , (2012).</li>
<li>Shete, S., Hosking, F. J., Robertson, L. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+association+study+identifies+five+susceptibility+loci+for+glioma%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Genet%22%5BJournal%5D)">Genome-wide association study identifies five susceptibility loci for glioma.</a> Nat. Genet. 41 (8), 899-904 (2009).</li>
<li>Inc Illumina. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22Infinium+HD+Ultra+User+Guide+11328087+RevB-1%22">Infinium HD Ultra User Guide 11328087 RevB-1</a>. , 15-101 (2009).</li>
<li>Turner, S., Armstrong, L. orenL., Yuki Bradford,, et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quality+Control+Procedures+for+Genome+Wide+Association+Studies%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Protoc+Hum+Genet%22%5BJournal%5D)">Quality Control Procedures for Genome Wide Association Studies.</a> Curr Protoc Hum Genet. , 1-19 (2011).</li>
</ol>

Bu makalenin yazarları ifşa etmek hiçbir rakip mali çıkarları var.

Büyük ölçekli genotiplendirme uygulamaların daha çok insan hastalıklarının altında yatan genetik mekanizmasını anlamak için kullanılmıştır. Bir genom ilişki analizi yoluyla önemli bir varyantı keşif daha fazla çalışma için bir aday bölgeyi bayrak olabilir. Buna ek olarak, genotip veri dizileme projeleri üzerinde kalite kontrol için iyi bir araçtır. Numune hacmini en üst düzeye çıkarmak için, birden çok numune levhalar büyütülmüş ve parçalanmış, yeniden süspansiyon haline getirilmiş eyalette saklanabilir. Sekiz plakalar birden çok toplu için protokolün ilk 24 saat birleştirerek ve chip-işleme ~ 2-8 gün için yeterince malzeme sağlayan, tek bir gün içinde güçlendirilebilir. Güçlendirilmiş plakaları önceden stoklanmış, ve yeni örnekleri taramalı önceki çalışması başlar hemen sonra cips melezleşmiştir ise, işleme ek numune hazırlama için duraklama gerek olmadan sürekli çalıştırabilirsiniz. Bu nedenle olsa örnekler tam geçmesi için üç gün sürertahlil, veriler günlük oluşturulabilir. Assuming24 cips her gün işlenen, 5 günlük bir çalışma haftası 12 numune boncuk çip üzerinde çalıştırmak üzere 1000 yılı aşkın bir DNA örneklerinin sağlar. Herhangi bir adım veya reaktif başarısız olursa herhangi bir düzeltme uygulanabilir önce, ancak, birden fazla toplu kötü performans için risk altında olabilir. Diziler taranmış veya analiz edilinceye kadar hataları fark kaçış olabilir; verim maksimize bu nedenle, protokol çeşitli aşamalarında numunelerin şimdiden yüzlerce keşif üzerine aynı kusurlu tedavi almış olabilir. Kayıp reaktifler ve veri geri alınamaz gibi, kullanıcı hızlandırılmış bir iş akışı için ihtiyaç karşı bu riskleri tartmak gerekir. GenomeStudio analiz yazılımı gerçekten genotiplendirme sürecinin başarısını ölçmek için ilk fırsattır. Norm-Teta yoğunluk araziler vs Norm-R düzgün kümelenmiş ise bu değer sli göstermekle beraber, numunelerin ortalama çağrı sayısı (toplam SNP yüzde başarıyla yazdığınız),% 99 yaklaşım gerekirghtly dizi türüne bağlı. % 85-90 daha düşük bir çağrı oranı ile herhangi bir örnek veriler güvenilir değildir ve atılmalıdır. Kalite kontrolü amacıyla, sonuçlar, daha önce mümkün olan her zaman bilinen bir genotip ile karşılaştırılmalıdır. Böyle bir veri varsa, kasıtlı örnek çoğaltılması plaka ya da dizi yerleşimleri doğrulayarak bir araçtır. Bu yinelenen çiftleri ayrı cips, levhalar, gruplar, ya da projeler üzerinde konulmalıdır; onların genotipleri üretimi üzerine kontrol etti. Belirli QC kısıtlamaları araştırmacının tercihine göre değişmekle birlikte, ortak SNP kısıtlamalar örnek çağrı başarı, Hardy-Weinberg denge, ya da vakalar ve kontroller arasındaki missingness, dayalı ortak örnek kısıtlamaları arama oranları, Mendel tutarsızlıklar veya çapraz referanslara dayalı iken Klinik cinsiyet verilerine X-kromozom heterozigosite [13]. Herhangi bir sorun ortaya çıkarsa, analiz takımında bulunan Denetimler Dashboard, teslim edilebilirnedenini belirlemek amacıyla şirket. Bu kontroller genellikle muhtemel adıma veya reaktif başarısızlık sorunu daraltmak. Ilgi herhangi bir SNP Infinium genotiplendirme deney yoluyla bulunursa, bunların yoğunluk araziler çift kontrol daha fazla araştırma yapılır önce kümeleme hataları GenomeStudio olmalıdır. Başarısız Infinium genotiplendirme deney nedeniyle insan işleme hatası veya düşük kaliteli giriş DNA muhtemeldir. Örnek ölçümü doğru ve kesin olmalıdır. En iyi sonuçları elde etmek için, herhangi bir reaktif bir örneğe ilave veya yonga protokolü tarafından belirlenen ses seviyesinde tevzi gerekir. Pipetler düzgün kalibre edilmelidir. Reaktifler bitiminden sonra koşmak olmamalı ve bir kez eritilip tekrar dondurulmamalıdır, RA1 reaktif için kaydedin. Mümkün boyama ve uzatma hataları en aza indirmek amacıyla, formamid / EDTA kanşımı her ay yeni hazırlanmalıdır. Tüm reaktifler, -20 ° C, sadece el ile defrost dondurucu saklanmalıdır. St kullanılan tüm laboratuvarAining, protokol uzantısı ve yıkama bölümleri hemen terketmek üzerine su ve yumuşak bir deterjan ile iyice durulanmalıdır. HYB odasında nemlendirme rezervuarlar bir test tüpü fırça ve hafif bir deterjanla temizlendi olmalıdır. Haftada bir kez, kendi kullanıcı kılavuzları tarafından talimat olarak cam slaytlar,% 10 çamaşır suyu ile yıkanmalıdır.

Tek nükleotid polimorfizm (SNP) yazma hastalığı ile bağlantılı risk varyantlarını tanımlayan önemli bir yöntemdir. Tarihsel olarak, genotipleme deneyler kapsamı mevcut teknoloji ile sınırlı kalmıştır. Jel elektroforez tabanlı genotiplendirme yöntemleri örnek ve SNP-throughput sınırlıdır [1]. Bu tahliller geliştirmek genellikle optimizasyonu için varyant çevreleyen bölgenin makyaj ve yapısına dayanarak, emek-yoğun olabilir [1]. Life Technologies tarafından geliştirilen TaqMan genotipleme deneyler, hızlı bir şekilde ve en az teknisyen tutulumu olan örnekler çok sayıda çalışabilir [2], fakat SNP-çoklama sınırlamaları günde de altında bir milyon [3,4 genotip için toplam sayısını sınırlamak için devam ]. Az yüz SNP birlikte çoğaltılmış olabilir gibi Sequenom en iPlex platformu ayrıca, aynı anda birçok örnekleri çalıştırmak, ancak, verimlilik genel olarak nispeten düşüktür [5]. Beckman Coulter SNP stream teknolojisiteorik olarak günde üç milyon genotipleri üretmek, ama olabilir reaksiyon başına sadece kırk sekiz SNP maksimum bu teknolojinin sınırları proje aralığı [4,6]. GoldenGate deney numune başına SNP yüzlerce veya binlerce her gün yaklaşık iki yüz DNA örnekleri işleyebilir iken bir kez [4,7 anda üç bin SNP yazarken, genotip başına fiyat gelişmiş, ultra-yüksek verimli teknikleri ile rekabet değil ]. Günde birkaç milyon genotipleri işlemek için büyük genom dernek çalışmaları için gerekli ölçek, dizi-hibridizasyon deneyleri piyasadaki en uygun maliyetli bir seçenek haline gelmiştir. Melezleme dizilerin affymetrix hattı ve Infinium tabanlı dizileri Illumina&#39;nın hat örneklerinin potansiyel yüzlerce paralel [4,8] içinde SNP binlerce veya milyonlarca yüzlerce yazılmasına izin. Bu SNP gibi eski gibi ilgi bölgelerde, lokalize, tüm genom çapında dağınık olabiliromes, ya da kullanıcının tercihlerine göre kişiselleştirilebiliyor. Bu diziler doğru seferde numune başına bir milyon SNP genotiplemesi için değil, aynı zamanda, potansiyel olarak açıklanması kromozom anormallikleri kopya sayısı varyasyonu ölçmek mümkün değil, sadece yarar var. Infinium hizalanmış OMNI BeadChip dizileri şu anda her gün yaklaşık yüz kadar örnek üzerinde, yarım milyon özel loci dahil numune başına yaklaşık beş milyon belirteçleri, kadar genotiplemesi için yeteneği var. Çoğu hastalıklar genetik bir bileşeni var gibi, bu büyük ölçekli deneyler hastalığı ile ilişkili genleri bulmakta önemli olabilir. Yüksek verim genotipleme örneğinde etkili genotip üretimine olanak ikna edici bir alt ufak alel frekanslarda genetik ilişkiyi tespit etmek için yeterince büyük ayarlar. Tüm genom genotip projeler istatistiksel olarak anlamlı bir vaka-kontrol alel frekansı veya kopya sayısı farklılıkları bölgeleri bulmak için kullanılabilmektedir [9,10,11]. Ulusal İnsan Ge görenome Araştırma Enstitüsü, genom-geniş dernek çalışmaları bir p-değeri en az 1 x 10 -5 ile 8283 SNP keşfinden kaynaklanan, 25 Kasım 2008 ve 25 Ocak 2013 tarihleri ​​arasında 1.490 ayrı yayın yol açtı (http:// bakın yükseklikten bir genom analizi ile sağladığı geniş yaklaşımdan yararlanmıştır testis kanseri kadar değişen koşulları araştırılmış www.genome.gov/gwastudies/). Bu çalışmalar,. Yazarak kapsamı çok kısıtlayıcı olmuştu bu gibi durumlarda, ilgilenilen tüm bölgeleri fark kaçmış olabilir. Büyük ölçekli dernek analizleri için Böylece, bir genom genotiplemesi tekniği tercih tekniktir. Infinium deneyi farklı versiyonları her dizilerin belirli türleri ile kullanılmak üzere tasarlanmıştır, var. Veya 24 örnek dizisi chips - Aşağıdaki ayrıntılı olarak tartışılan InfiniumUltra deneyi, bir çok 12 için uygundur. Bunlar genellikle DNA numune başına yüz bin yılı aşkın bir SNP genotip ve t odaklanmakBöyle exome veya özel paneller gibi argeted bölgeler. Diğer deney versiyonları gibi bütün genom genotipleme dizileri gibi diğer çip türleri için gerekli olabilir. Tüm deneyler, Infinium ortak bir temeli vardır ve ağırlıklı olarak sadece reaktif isimler, ayıraç hacimli ya da tam reaktif boyama işlemi ile farklılık olarak, ancak, bir deney versiyonuna mükemmel teknikleri genellikle evrensel olarak uygulanabilir. Gibi metilasyon diziler gibi diğer diziler, yanı, neredeyse özdeş protokolünü kullanabilirsiniz. Bakım çip tipi kullanım için gerekli testin sürümünü kullanmak sadece alınmalıdır. Bu tür gen ekspresyonu seviyesini ölçmek için olanlar gibi bazı türleri, bir nonInfinium protokolünün kullanılmasını gerektirebilir. Örnekler toplu olarak işlenmelidir. Örneğin, InfiniumUltra yöntemi ile, reaktif melezleştirme borular 96 örnekleri çalıştırmak için yeterli hacim içeren ve tüpler refrozen edilemez. Bu nedenle, örnek bir seferde 96 örneklerinin gruplar halinde çalıştırılmalıdır. Numuneler köknar üzerinde amplifiye edilecektirt gün. Benchwork Yaklaşık 1 saat sonra, numuneler, 20-24 saat boyunca bir konveksiyon fırınında ısıtılmalıdır. Ertesi gün, yaklaşık 4 saat çökeltilmesi ve örnekler ileride kullanılmak üzere dondurulabilir ya da çip hibridize olabilir ya da bu noktada numune, tekrar askıda bırakılması, parçalanan harcanacak. Fiş yükleme numuneler, 16-24 saat boyunca bir gece boyunca hibridize olacak sonra, yaklaşık 2 saat sürer. Üçüncü gün, boyama ve uzatma adım ~ 4 saat sürer. Bir başka saat yıkama, kaplama ve cips kurutulması harcanacak. Son olarak, diziler kullanılan türüne bağlı olarak, 15-60 dakika / çipinden sürebilir, taranır. Standart laboratuvar güvenliği ve temizlik önlemleri uygulayın. Amplifikasyon PCR bazlı olmasa da, ön ve postamplification işlemleri için ayrı iş istasyonları kontaminasyon olasılığını en aza indirmek için gereklidir. Kullanılan her kit sağlanan ayıracı kimlik numarası izleme kağıda giriş yapmalısınız. ReageNTS dağıtma önce birkaç kez kullanımdan hemen önce çözülmüş ve ters olmalıdır. Yazılmaları için DNA, standart yöntemlerle izole edilir ve bir florometre ile nicelleştirilmiştir yüksek kaliteli bir genomik DNA (260/280 1,6-2,0 arasında emme oranı, 3.0 &#39;ın altına ve 260/230 emme oranı) olması gerekir. DNA bozulması genellikle düşük kaliteli deney sonuçlarında katkıda bulunan bir faktördür. Bu miktar bir yonga tipleri için değişebilir ama tipik olarak, 200 ng of DNA gereklidir. A Tecan sıvı-yü protokolün birçok adımları otomatik ve bir faktör olarak insan hatası en aza indirebilirsiniz.

<table><tbody><tr><td><güçlü>Sarf Malzemesi veya Ekipman</güçlü></td><td>güçlü<güçlü>Üretici</güçlü></td><td>güçlü<güçlü>Parça Numarası</güçlü</td><td>><güçlü>96 Numune İçin Minimum Gerekli</güçlü</td></tr><tr><td>>0,8 ml Derin Kuyu</td><td>Plakası Thermo Scientific</td><td>AB-0765</td><td>1</td></tr><tr><td>Plaka Paspaslar</td><td>Thermo Scientific</td><td>AB-0674</td><td>2</td></tr><tr><td>Reaktif Havzası</td><td>Fisher Scientific</td><td>13-681-502</td><td>9</td></tr><tr><td>Isı Yalıtımlı Levhalar</td><td>Thermo Scientific</td><td>AB-0559</td><td>1</td></tr><tr><td>Akış Aralıklı Fisher</td><td>Scientific</td><td>NC9563984</td><td>6</td></tr><tr><td>Pipet ucu - 200 &mu; l</td><td>Rainin</td><td>GP-L200F</td><td>192</td></tr><tr><td>Pipet uçları - 10 &mu; l</td><td>Rainin</td><td>GP-L10F</td><td>16</td></tr><tr><td>Pipet ucu - 1.000 &mu; l</td><td>Rainin</td><td>GP-L1000F</td><td>16</td></tr><tr><td>DNA Süspansiyon Tamponu</td><td>Teknova</td><td>T0220</td><td>0,5 ml</td></tr><tr><td>0,1 N NaOH</td><td>Fisher Scientific</td><td>AC12419-0010</td><td>0,5 ml</td></tr><tr><td>İzopropanol (HPLC sınıfı)</td><td>Fisher Scientific</td><td>A451</td><td>15 ml</td></tr><tr><td>Etanol (200 geçirmez)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>459836</td><td>330 ml</td></tr><tr><td>Formamid (%100)</td><td>Thomas Scientific</td><td>C001K38</td><td>15 ml</td></tr><tr><td>EDTA (0,5 M)</td><td>Amresco</td><td>E177</td><td>0,2 ml</td></tr><tr><td>10 &mu; l 8 kanallı Pipet</td><td>Rainin</td><td>L8-10XLS</td><td>1</td></tr><tr><td>200 & l 8 kanallı Pipet</td><td>Rainin</td><td>L8-200XLS</td><td>2</td></tr><tr><td>1.000 &mu; l Tek Kanallı Pipet</td><td>Rainin</td><td>L-1000XLS</td><td>1</td></tr><tr><td>Mikroplaka Çalkalayıcı</td><td>VWR</td><td>13500-890</td><td>1</td></tr><tr><td>Soğutmalı Mikroplaka Santrifüj</td><td>VWR</td><td>BK369434</td><td>1</td></tr><tr><td>Hibridizasyon Fırını</td><td>Illumina</td><td>SE-901-1001</td><td>1</td></tr><tr><td>Hybex Microsample İnkübatör</td><td>SciGene</td><td>1057-30-0</td><td>1</td></tr><tr><td>Hybex MIDI Isı Bloğu Eki</td><td>Illumina</td><td>BD-60-601</td><td>1</td></tr><tr><td>Isı Mühürleyen</td><td>Thermo Scientific</td><td>AB-0384</td><td>1</td></tr><tr><td>Hyb Haznesi, Insert ve Mat</td><td>Illumina</td><td>BD-60-402</td><td>2</td></tr><tr><td>Cerrahi Makas</td><td>Fisher Scientific</td><td>13-804-20</td><td>1</td></tr><tr><td>Montaj Parçalarından Akış</td><td>Illumina</td><td>WG-10-202</td><td>8</td></tr><tr><td>Yıkama Rafı ve Bulaşık</td><td>Illumina</td><td>BD-60-450</td><td>1</td></tr><tr><td>Genepaint Hazne Rafı</td><td>Tecan</td><td>760-800</td><td>1</td></tr><tr><td>Sıcaklık Probu</td><td>Illumina</td><td>A1-99-109</td><td>1</td></tr><tr><td>Boyama Rafı ve Çanak</td><td>Illumina</td><td>WG-10-207</td><td>1</td></tr><tr><td>Kendiliğinden Kapanan Cımbız</td><td>Ted Pella, Inc</td><td>5374-NM</td><td>1</td></tr><tr><td>Vakum Manifoldu</td><td>Ted Pella, Inc</td><td>2240</td><td>1</td></tr><tr><td>iScan veya HiScan</td><td>Illumina</td><td>- </td><td>1</td></tr></tbody></table>

büyük ölçekli snp genotiplendirme uygulamaları için infinium tahlili

Infinium Assay for Large-scale SNP Genotyping Applications

Insan genomundaki genotipleme varyantları fenotipleri ile genetik ilişkileri belirlemek için etkin bir yöntem olduğu kanıtlanmıştır. Ailelerin veya nüfus içindeki varyantın dağılımı hastalığın genetik faktörlerin belirlenmesini kolaylaştırabilir. Genotiplemesi BeadChips bir Illumina&#39;nın paneli araştırmacılar binlerce veya tek nükleotid polimorfizmlerinin milyonlarca (SNP) genotip veya DNA örneklerinin çok sayıda genelinde bu tür kopya sayısı gibi diğer genomik varyantlar, analiz etmeyi sağlar. Bu SNP genom boyunca yayılmış veya potansiyel keşif maksimize etmek için belirli bölgelerde hedeflenebilir. Infinium deneyi hızlı, yüksek kaliteli, doğru sonuçlar elde etmek için optimize edilmiştir. Doğru kurulum ile, tek bir teknisyen dizinin tipine bağlı olarak, haftada binden fazla DNA örnekleri için birkaç yüz işleyebilir. Bu deney, genomik DNA ile başlayan ve dizinin tarama ile biten her adımda kullanıcılara yol gösterir. Yerindelik Reage kullanmaNTS, örnekler güçlendirilir, parçalanmış, çöktürülmüş yeniden süspanse, lekeli tek bir baz tarafından genişletilmiş çip, hibritlenmiş ve bir iScan veya Hi Tarama, yüksek çözünürlüklü optik görüntüleme sistemi ya taranır. Bir gece boyunca adım DNA&#39;yı yükseltmek için gereklidir. DNA denatüre ve izotermal olarak bütün genom amplifikasyonu ile büyütülmüş, bu nedenle, hiçbir PCR gereklidir. Numuneler, bir gece boyunca, ikinci aşama sırasında diziler hibridize edilir. Üçüncü gün, numuneler taranmış ve incelenmiştir hazırdır. Çoğaltılan DNA, boncuk dizileri, böylece verim maksimize, haftanın her günü işlenecek sağlayan, büyük miktarlarda depolanmış olabilir.

Tararken A düzgün işlenmiş boncuk çip parlak ve belirgin kırmızı ve yeşil lazer ışık şiddetleri göstermesi gerekir. Şekil 6&#39;da, iScan tarama yazılım başarılı bir şekilde özel bir panel SNP genotipleme dizisine hibridize standart bir genomik DNA örneği gösterir. Uzantı ve boyama aşamaları esnasında bağlanmıştır etiketli nükleotidler, iki lazer ışıkları altında floresan. Bu nükleotidler, seçici olarak parçalanmış DNA sarmalına hibridize boncuk oligonükleotid zinciri uzanır ve oligonükleotid zinciri varyantın yerinde sona erdirmek için tasarlanmış olarak, elde edilen sinyalin renk ve yoğunluğu mevcut allel belirlemek için kullanılabilir gibi SNP sitesi. Şirketin doğrudan elde chipID ve pozisyona örnek kimlikleri ve klinik bilgilerini eşleşen bir kullanıcı tarafından oluşturulan örnek levha, ve bir dizi özel SNP tezahür, SCA ithal etmek için her ikisi de gereklidirnner çıktı dosyaları GenomeStudio analiz yazılımı. Örnek örnek sayfaları şirketin web sitesinde bulunabilir. GenomeStudio Proje oluşturulduktan sonra, genotip otomatik yazılım tarafından oluşturulan sonuçtaki yoğunluğu kümelerden elde edilebilir. Birden fazla ekran seçenekleri mevcut olmasına rağmen, varsayılan görünüm, Norm-Teta (bir alel yoğunluğu oranı) vs Norm-R (bir normalize yoğunluk değeri), genellikle üç ayrı kümeleri ayırt etmek kolay komplo olduğunu. En küçük SNP aleli frekansına bağlı olarak, bir, iki ya da üç kümeleri göstermelidir. Üç küme AA, AB, BB veya alellerini (bkz. Şekil 7) gösteren örnekleri temsil eder. Bu kümeler, yazılım analizi araç çubuğundan &quot;Tüm SNP Küme&quot; seçerek, şirketin doğrudan bir standart kümeleme pozisyon şablon alarak, ya da tıklayarak ve elle edi yoğunluğu araziler üzerinde renkli daireler sürükleyerek ya genotipleri atanabilir<html> t çağırır. (Kırmızı, mor veya mavi) yoğunluğu arsa üzerinde numunenin rengi çağrısı (AA, AB, BB veya sırasıyla) belirtir; siyah hiçbir çağrıyı gösterir. Yazılımın Tam Veri bölmesinde listelenen SNP gezinerek, her SNP için kümeleme görüntülenebilir veya geri çağırılabilir. Kümeler tatmin edici aramaları atanır sonra, yazılımın Tam Veri bölmesi her özel SNP&#39;de her numune için genotipleri listeler. Yukarıdaki tabloda Sütun Seçici seçenek veri formatları arasında geçiş yapabilirsiniz. Veri derinlemesine analizi için analiz araç çubuğu üzerinden veya doğrudan Tam Veri tablosundan ya ihraç edilebilir. <img alt="Şekil 1" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig1highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig1.jpg" width="600px" /> Şekil 1. Genel Bakış - Infinium Deney Protokolü.683/50683fig1highres.jpg &quot;target =&quot; _blank &quot;&gt; büyük resmi görebilmek için buraya tıklayın. <img alt="Şekil 2," fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig2highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig2.jpg" width="600px" /> Şekil 2. Komple HYB Odası tabanı ve mat, artı kapak. [12] <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/50683/50683fig2highres.jpg" target="_blank">Daha büyük resmi görmek için buraya tıklayın</a> . <img alt="Şekil 3," fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig3highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig3.jpg" width="600px" /> Şekil 3 Beadchip Yükleme -.. Giriş portları üzerindeki örnek dağıtın [12] <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/50683/50683fig3highres.jpg" target="_blank">büyük görmek için buraya tıklayın</a><html> görüntü. <img alt="Şekil 4," fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig4highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig4.jpg" width="600px" /> Şekil 4 Beadchip Coverseal Çıkarma -.. Köşesinde mühür tutun ve yavaşça çapraz soyup [12] <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/50683/50683fig4highres.jpg" target="_blank">Daha büyük resmi görmek için buraya tıklayın</a> . <img alt="Şekil 5," fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig5highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig5.jpg" width="600px" /> Şekil 5,. Komple Beadchip Flow-through Meclisi - BeadChip bir ayırıcı ile bir cam slayt ayrılır ve tokalar ile bağlıdır.&gt; Daha büyük resmi görmek için buraya tıklayın. <img alt="Şekil 6," fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig6highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig6.jpg" width="600px" /> Şekil 6,. Başarılı BeadChip Tarama - A) BeadChip hem kırmızı ve yeşil lazer ile taranır; tarama yazılımı görüntüler hem de aynı anda. Yoğunluk QC geçen Bölümler sola BeadChip ekranda yeşil vurgular. Yoğunluk QC başarısız Bölümler BeadChip ekranda kırmızı vurgulamak olacaktır. B) tarama tamamlandıktan sonra, yazılım, kırmızı ve yeşil görüntüler kaplayacaktır. A büyütüldüğünde görüntü gösterilir. Her boncuğun rengi ve yoğunluğu alel mevcut gösterir. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/50683/50683fig6highres.jpg" target="_blank">resmi büyütmek için buraya tıklayın</a> . <p class="jove_content" fo:keep-together.wiince-page = &quot;Her zaman&quot;&gt; <img alt="Şekil 7" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig7highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig7.jpg" width="500px" /> Şekil 7. NORM-THETA Küme Profiller vs SNP NORM-R -. AA, AB ve BB genotipleri, kırmızı, mor ve mavi renkli B) A SNP gerektiren düzenlemeyi temsil eden üç ayrı kümeler A) geçerli bir SNP. Homozigot AB olmalı orta küme, un-denir bırakılır. BB küme yanlışlıkla AB. C) Bir kötü performans SNP denir. Hiçbir farklı kümeleri var gibi hiçbir genotipleri, bu yoğunluk arsa elde edilebilir. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/50683/50683fig7highres.jpg" target="_blank">resmi büyütmek için buraya tıklayın</a> .

Bir protokol büyük ölçekli genotipleme gerçekleştirmek için Illumina&#39;nın Infinium tahlilleri kullandığı açıklanmaktadır. Bu deneyler, güvenilir bir şekilde üç gün sonra tek tek DNA numunelerinin yüz üzerinde SNP milyonlarca genotip olabilir. Bir kere üretilen, bu genotipleri farklı hastalıklar veya fenotipleri çeşitli dernekler kontrol etmek için kullanılabilir.

Büyük ölçekli SNP Genotiplendirme Uygulamaları için infinium Tahlili

Genotyping variants in the human genome has proven to be an efficient method to identify genetic associations with phenotypes. The distribution of ...

Bu prosedürün genel amacı, bir genotipleme boncuk çipini işlemek için Infinium analizini başarıyla kullanmaktır. Bu işlem, öncelikle DNA'nın amplifikasyonu, fragmentasyonu ve izolasyonu ile gerçekleştirilir. İkinci adım ise denatüre edilmiş DNA zincirinin, dizideki boncuklara tutunmuş oligonükleotidler ile hibridize edilmesidir.Ardından, boncuğa bağlı olan oligonükleotid boyanır ve seçici olarak tek bir bazla uzatılır. Son adım, işaretli nükleotidi tespit etmek için boncuk çiplerinin taranmasıdır. Nihayetinde, genotip sonuçları, ilgilenilen bölgede bulunan alelleri belirlemek için kullanılır.Boyama ve arı çiplerinin yüklenmesine yönelik birçok adımın öğrenilmesinin zor olması nedeniyle, bu yöntemin görsel gösterimi kritik öneme sahiptir. Birçok işlem diğer genotipleme yöntemlerinde bulunmamaktadır ve kullanılan ekipmanların birçoğunun isimleri birbirine çok benzerdir. Amplifikasyondan bir gün önce DNA'yı hazırlayın ve derin kuyucuklu 96 örneklik numune plakasına kuyucuk başına 200 nanogram DNA dağıtın.Herhangi bir reaktifin israf edilmemesini sağlamak için plakaya en az 96 örnek ekilmelidir. Plakayı kit tarafından sağlanan bir barkod etiketi ile etiketleyin ve hacimleri normalize etmek için santrifüjleyin. Sıvının buharlaşması için örnekleri bir çekmecede veya çeker ocakta gece boyunca bekletin.Ertesi sabah toz girmesini önlemek için plakayı bir kapak veya kağıt havlu ile gevşekçe örtün. Kuyucukların kuru olduğunu kontrol edin; ardından reaktif haznesini ve 10 µL sekiz kanallı bir pipeti kullanarak, örnekleri yeniden hidrate etmek için her kuyucuğa 4 µL DNA Resus tamponu ekleyin. Sıvıya temas etmemeye özen gösterilirse, her sütun arasında pipet uçlarını değiştirmeye gerek yoktur.Ardından, sekiz kanallı bir pipet ve yeni bir reaktif haznesi kullanarak plakanın her kuyucuğuna 20 µL MA one reaktifi ekleyin. Plakayı yeniden kullanılabilir bir sızdırmazlık örtüsüyle kapatın, kısa süreli santrifüjleyin ve bir mikroplaka çalkalayıcıda 1600 RPM hızında bir dakika boyunca vorteksleyin, ardından oda sıcaklığında en az 30 dakika inkübe edin. Amplifikasyon için kalan adımlar bu videoda gösterilmeyecektir, ancak protokole ekteki makaleden ulaşılabilir.Tüm reaktifler eklendikten sonra, plakayı 37 °C'ye ayarlanmış, uygun şekilde kalibre edilmiş bir inkübatöre 20 ila 24 saat boyunca yerleştirin. Amplifikasyonun ardından, DNA örnekleri yüksek hızlı bir santrifüjde çöktürme işleminin ardından, makalede açıklandığı şekilde fragmente edilir ve çöktürülür. Plakayı ters çevirmeden alt kısmını kontrol edin.Numunelerin mavi bir pelet halinde çöktüğünü doğrulamak için kapağı atın ve plakayı ters çevirip kağıt havluyla kaplanmış tezgah üstüne sertçe vurarak sıvıyı hızlıca uzaklaştırın. Plaka ters çevrildikten sonra, tekrar düz konuma getirmemeye özen gösterin. Sıvı kalmaya devam ettiği sürece, tüm sıvı uzaklaşana kadar plakayı defalarca tezgah üstüne vurun.Plakayı, oda sıcaklığında bir saat boyunca kuru inkübasyon için baş aşağı şekilde bir deney tüpü rafına yerleştirin. Ardından, hibridizasyon prosedürüne başlamak için DNA yeniden süspanse edilir. Yeniden süspanse edilmiş DNA içeren 96 kuyucuklu plağı, 95 °C sıcaklıktaki bir ısıtıcı bloğa 20 dakika boyunca yerleştirin.20 dakika sonra DNA'yı denatüre etmek için numune plakasını ısıtma bloğundan çıkarın ve oda sıcaklığında 30 dakika inkübe edin; numune plakası soğurken kovan odasını hazırlayın. İşlenen her dört arı çipi için bir odaya ihtiyaç duyulacaktır. Kovan odası tabanının üstüne, daha kalın olan delik tabanın ön kısmıyla hizalanacak şekilde bir kauçuk mat yerleştirin.Tabana kazınmış olan barkod sembolü hala görünür olmalıdır. 1000 µL'lik bir pipet kullanarak, tabana oyulmuş sekiz nemlendirme rezervuarının her birine 400 µL PB two reaktifi ekleyin. hi hazne kapağını tabana yerleştirin ve çapraz olarak karşıt taraflara iki klips takarak her iki ucu sabitleyin.Öncelikle, 30 dakikalık soğutma süresi tamamlanmadan hemen önce, kullanılan her bir hi chamber için tezgaha dört Hi chamber inserti yerleştirin. Gümüş boncuk çip paketlerini açın.Boncuklara dokunmadan chipleri şeffaf plastik kılıflarından çıkarın. Her bir bee chip'i bir hi chamber insert'ine yerleştirin. Chip barkodunu, insert'in üst yüzeyine işlenmiş barkod sembolüyle hizalayın.Bir sonraki adım olan bee chiplerinin yüklenmesi, protokolün en kritik adımı olabilir. Bu işlemin doğru şekilde gerçekleştirilmesi, DNA plakasından bee chip'e yapılacak örnek transferinin önceden görselleştirilmesini gerektirir. Örnek plakasının kapağını soyun ve atın. Chipler üzerine sıvı dağıtmak için çok kanallı bir pipet kullanılabilir, ancak plakadaki satır sayısı her zaman chip üzerindeki satır sayısıyla eşleşmediğinden, sadece bee chip'e güvenli bir şekilde yerleştirilebilecek miktardaki örneğin aspire edilmesi için önceden planlama yapılmalıdır.Örnek plakadan 15 µL örnek alın ve dizinin girişine yavaşça dağıtın. Doğru örneğin, boncuk çipiyle eşleşen doğru boncuk çipindeki doğru konuma yerleştirilmesi için olağanüstü özen gösterilmelidir. Sıralama daha önce kaydedilmiştir.Hive odasını açın ve insertleri nemlendirme rezervuarlarının üzerine yerleştirin. Çipin barkodu, hive odası tabanındaki barkod oyuğunun üzerine gelecek şekilde yerleştirilmelidir. Hive odası kapağını geri takın ve çapraz kenarlardaki klipsleri kapatarak her dört klipsi de sabitleyin.Öncelikle, hibridizasyon tamamlandığında hi odasını 48 °C'lik bir fırında 16 ila 24 saat boyunca inkübe edin; ardından hi odaları fırından çıkarılır ve soğumaları için oda sıcaklığında 25 dakika bekletilir. Hi odaları soğuduğunda, bir hi odasını açın. Bir bee çipinin kapak contasını, contanın bir köşesinden tutup nazikçe çaprazlama soyarak çıkarın.Mühür kaldırılır kaldırılmaz, çipi hemen bir boncuk çipi tepsisine yerleştirin ve boncuklara dokunmadan PB one içine daldırın. Tepsi boncuk çipleriyle dolana kadar işlemi tekrarlayın. Bu sırada hiçbir çipin kurumamasına dikkat edin.Kabarcıkları gidermek için tepsiyi hafifçe çalkalayın ve çipleri bir dakika boyunca daldırılmış halde bırakın. Tepsiyi tekrar çalkalayın. Arı çiplerinin bulunduğu tepsiyi, PB ile doldurulmuş ikinci bir yıkama kabına aktarın; hafifçe çalkalayarak bir dakika boyunca sabunlanmasını sağlayın.Ardından, sıvı akışlı montaj istasyonunda tekrar karıştırın. Oluklara dört adet siyah plastik akış destek parçası yerleştirin. Sıvı, sekiz montaj braketinin yüksekliğine neredeyse ulaşana kadar istasyonu teker teker PB ile doldurun.Boncuk çiplerini tepsiden çıkarın ve plastik bir akış destek aparatının üzerine, montaj istasyonuna yerleştirin; çip barkodu, montaj istasyonuna kazınmış olan barkod sembolünün üzerine hizalanmalıdır. Montaj istasyonuna dört çip yerleştirildiğinde, her boncuk çipin üzerine şeffaf plastik bir ara parçası yerleştirin. Ara parçanın dış kenarları, montaj istasyonundaki braketleri çevrelemelidir.Plastik montaj çubuğunu, kanalların üzerine oturtarak montaj istasyonuna yerleştirin. Lamın arka ucunu montaj çubuğuna doğru itip ön kısmını yavaşça sıvının içine indirerek, cam lamı plastik ara parçanın üzerine nazikçe yerleştirin. Lamın üst kısmındaki kanal, çipin barkodunun tam üzerinde ve aşağı bakacak şekilde olmalı; böylece barkod ucunda bee chip ile lam arasında bir boşluk kalmalıdır.Çip ile lam arasında hava kabarcığı olmadığından emin olduktan sonra, camın etrafına iki metal klips takın. Birini barkodun olduğu uca, diğerini ise arka tarafa doğru kaydırın. Plastik klipslerin kenarları, çipin altındaki plastik akış destek aparatını kavramalıdır.Bu şekil, tamamlanmış bir akış düzenek diyagramını göstermektedir. Tüm boncuklar akış düzeneklerine yerleştirildikten sonra, bir cerrahi makas alarak ara parçanın her iki ucunu cam slayta mümkün olduğunca yakın yerden kesin. Oda rafı 44 dereceye ulaştığında, bir bee chip akış düzeneğini raf boyunca aşağı kaydırıp üstteki desteğe takarak yerleştirin ve bu prosedüre başlayın. bee chip'in arka yüzü oda rafına temas etmelidir.Cam lam, üst kısımdaki oluk bir reaktif rezervuarı oluşturacak şekilde dışa bakmalıdır. Tüm arı çip düzenekleri hazne rafına yerleştirildikten sonra, akış düzeneklerine 150 µL RA bir reaktifi eklemek için 200 µL'lik bir pipet kullanın. Sıvının cam rezervuara boşaltılmasıyla reaktif, lam boyunca doğal olarak aşağı akacak ve düzeneğin tabanından çıkacaktır; bu durum, sonraki reaktiflerin doğrudan rezervuara yerleştirilmesine olanak tanır.Bir uzantının boyanmasına yönelik geri kalan adımlar gösterilmeyecektir. Lütfen boyama ve uzatma işleminin tamamlanması için ekteki makalede yer alan protokole bakınız. Klipsler ile destek parçası arasına ince bir metal çubuk yerleştirerek akış tertibatını sökün.Ardından pivotlama işlemi yapılır. Lam bir kenara ayrılır ve bee chip hemen çıkarılarak dikey bir bee chip tepsisine yerleştirilir ve PB1 içine daldırılır; bu işlem her bir akış düzeneği için tekrarlanır. Her bir bee chip'in aynı yöne bakmasına dikkat edilmeli ve havaya maruz kalma süreleri en aza indirilmelidir.Ardından bu prosedürü tamamlayın. Eşlik eden metindeki protokole göre, düzgün şekilde işlenmiş bir bee çipi tarandığında parlak ve belirgin kırmızı ve yeşil lazer ışığı yoğunlukları göstermelidir; çünkü uzama ve boyama basamakları sırasında eklenen işaretli nükleotitler, iki lazerin ışıkları altında floresan yayacaktır. Burada, özel bir panel SNP genotipleme dizisindeki yoğunluk eşiklerini başarıyla geçen standart bir genomik DNA örneği gösterilmektedir.Sol bölümlerdeki bee chip ekranında QC yeşil renkte yanacaktır. Yoğunluk yetersiz olduğunda QC bee chip ekranında kırmızı renkte yanacaktır.Tarama tamamlandığında, kırmızı ve yeşil görüntüler üst üste bindirilecektir. Bu nükleotidlerin, fragmante DNA zincirine hibridize olmuş boncuk oligo nükleotid zincirini seçici olarak uzatmasıyla oluşan yakınlaştırılmış bir görüntü burada gösterilmiştir. Nükleotid zincirleri varyant bölgesinde sonlanacak şekilde tasarlandığından, sonuçlanan sinyalin rengi ve yoğunluğu, SNP bölgesinde bulunan alelleri belirlemek için kullanılabilir.Tarayıcı çıktı dosyaları, küme profilleri oluşturan Genome Studio Analysis yazılımına aktarılır. Bu, sırasıyla kırmızı, mor ve mavi ile renklendirilmiş aa, AB ve BB genotiplerini temsil eden üç belirgin kümeye sahip geçerli bir SNP örneğidir. Bu yoğunluk grafiği, homozigot olması gereken siyah orta kümenin düzenlenmesini gerektiren SNP'yi göstermektedir.AB çağrılmamış bırakılmıştır. BB kümesi yanlışlıkla ab olarak çağrılmıştır. Son yoğunluk grafiği, düşük performanslı bir SNP'yi göstermektedir.Belirgin kümeler oluşmadığı için bu yoğunluk grafiğinden hiçbir genotip elde edilemez. Bu prosedür uygulanırken, arı çiplerinin hızlıca işlenmesinin önemli olduğu unutulmamalıdır. Çipler uzun süre havaya maruz bırakılmamalıdır.

infinium-assay-for-large-scale-snp-genotyping-applications

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Pooled DNA dizi büyük kohortlarında karmaşık fenotipleri ile ilişkili nadir türevlerini algılamak için hızlı ve maliyet-etkin bir stratejidir. Burada SPLINTER'da yazılım paketi kullanarak 32 kanser ilişkili genlerin havuzlu, yeni nesil dizileme sayısal analiz açıklanmaktadır. Bu yöntem, ölçeklenebilir ve menfaat fenotipi için geçerlidir.

SPLINTER kullanarak Pooled Sıralama gelen Nadir Genomik Variantların Algılama

Bu plazma / seroloji alınan tam kandan genomik DNA'nın izole edilmesi için yeni bir yöntem tarif edilmektedir. Plazma toplama sonra, sıkıştırılmış kan genellikle atılır. Bizim yeni bir yöntem mevcut yöntemlere göre önemli bir gelişme gösteren ve ek kan almadan, DNA ve tek bir koleksiyon edinilebilir plazma yapar.

Plazma Protein Koruma Kan Alma Kitleri Genomik DNA Ayıklama Pratik ve Yeni Bir Yöntem

Periventriküler Nodüler Heterotopya (PNH) malformasyonu kortikal gelişim (MCD) en sık görülen yetişkinlikte ama genetik temeli en dağınık durumda bilinmeyen kalır. Biz son zamanlarda roman aday genler MCD'ler için tanımlamak için ve doğrudan kendi etken rol içinde vivoonaylamak için bir strateji geliştirdik.

Dizi-CGH, Bütün exome sıralama ve rahim içinde elektroporasyon Rodents beyin malformasyonlar için sorumlu genlerin tanımlamak için birleştirerek yeni bir strateji

Onkoloji örneklerinin hedeflenen yeni nesil dizilimi için entegre bir sistem tanımlanmıştır. Bu çapraz platform sistemi, düşük kaliteli ve düşük miktarlı tümör biyopsileri için optimize edilmiştir, düşük DNA girdilerini barındırır, iyi karakterize edilmiş çok varyantlı kontroller içerir ve kantitatif pre-analitik kalite kontrol önlemleriyle bilgilendirilen yeni bir varyant arayan içerir.

Düşük kaliteli ve düşük miktar Tümör Biyopsilerinde ve Islak ve kuru Bench Süreçleri Entegrasyonu Hedefli optimize eder nesil Sıralama

Hedeflenen yeni nesil sıralama Hastalıkları Araştırma ve Klinik teşhis giderek daha popüler hale geliyor zaman ve maliyet-etkin bir yaklaşımdır. Burada açıklanan protokol sıralaması için gerekli karmaşık iş akışı ve hastalık katkıda genetik varyantların tanımlamak için kullanılan Biyoinformatik işlem sunar.

Hedef yeni nesil sıralama ve Biyoinformatik boru hattı anayasal hastalığı genetik belirleyicileri değerlendirmek için

Genetik varyantların karmaşık insan hastalığa katkıda kimliği roman mekanizmalar belirlemek için bize izin verir. Burada, biz aday genler veya kapsamı düşük maliyetle en üst düzeye çıkarır ve kohort-esaslı çalışmalar için mükellef gen yolu çözümlemesi için bir multiplex Genotipleme yaklaşım göstermektedir.

Klinik kohort çalışmaları çoğaltılmış Genotipleme ve kütle spektrometresi ile test aday gen

Protokol, yarı iletken tabanlı yeni nesil dizileme platformunda anöploidi için implantasyon öncesi genetik testlerde gerekli olan genel laboratuvar içi prosedürleri sunar. Burada tüm genom amplifikasyonunun, DNA fragmanı seçiminin, kütüphane yapımının, şablon hazırlamanın ve dizileme çalışma akışının ayrıntılı adımlarını temsili sonuçlarla sunuyoruz.

Yarı İletken Tabanlı Yeni Nesil Dizileme Platformunda Anöploidi için İmplantasyon Öncesi Genetik Test

Genetiği değiştirilmiş fare modellerinde ortaya çıkan tümörlerde terapötik hedefleri ve karşılık gelen insan tümör tipini belirlemek ve karşılaştırmak için genomik analizler ve fonksiyonel genomik ekranlar kullanan türler arası karşılaştırmalı bir onkogenomik yaklaşım geliştirdik.

Malign Periferik Sinir Kılıfı Tümörünün Fare Modellerinde Terapötik Hedefleri Belirlemek için Genetik Profilleme ve Genom Ölçeğinde Bırakma Taraması

Metagenomic Kütüphaneler Büyük Ölçekli Ekranlar

Pyrosequencing (R) polimorfizmleri analiz için kullanılan, bugüne kadarki en kapsamlı ama basit yöntemlerle biridir. Bu yöntem, birçok klinik olarak ilgili polimorfizmleri dahil olmak üzere, hızlı ve verimli bir tek nükleotid polimorfizmi değerlendirme yol açmıştır. Pyrosequencing tekniği ve metodoloji açıklanmıştır.

Pyrosequencing: Doğru Genotiplendirme için Basit Bir Yöntem

Öğrenin, Infinium analizi ile büyük ölçekli SNP genotiplendirme protokolünü uygulayın. DNA amplifikasyonu, hibridizasyon ve tarama adımlarını görsel olarak keşfedin. Bu yöntem, hastalık ilişkilendirme çalışmalarında güvenilir sonuçlar sağlar.

Büyük ölçekli SNP Genotiplendirme Uygulamaları için infinium Tahlili

Daha fazla video keşfet