Name: Antiviral Pattern Recognition reseptörler Rig-I Ve PKR By Limited Proteaz Sindirim ve Yerli PAGE izlenmesi aktivasyonu (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2014-07-29T14:00:00.000+00:00
Duration: 12 min 43 s
Description: Öğrenin, RIG-I ve PKR aktivasyonunu sınırlı tripsin sindirimi ve yerli PAGE ile nasıl izleyeceğinizi. Bu yöntem, viral enfeksiyonlarda konformasyonel değişiklikleri ve oligomerizasyonu analiz eder.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

Biz anti-Rift Vadisi Humması Virüs serumları sağlamak için CISA-INIA Alejandro Brun teşekkür ederim. Bizim laboratuarlarımızda çalışma Forschungsförderung taş tarafından desteklenmektedir. 2. Abs §. 3 Kooperationsvertrag Universitätsklinikum Giessen und Marburg, Gelişen viral hastalıklar için Leibniz Enstitüsü (EIDIS), DFG Sonderforschungsbereich (SFB) 1021 ve DFG Schwerpunktprogramm (SPP) 1596.

Enfeksiyon için A549 Hücrelerinin 1. Tohum <ol><li> 37 ° C&#39;de A549 hücrelerinin bir T75 şişesi yetiştirmek ve% 5 hücre kültür ortamı içinde 2, CO (DMEM,% 10 FCS, 526.6 mg / L L-glutamin, 50,000 U / L penisilin ve 50 mg / l streptomisin ile takviye edilmiştir). </li><li> Hücreleri toplamak için başlamadan önce, 37 ° C&#39;ye ısıtılmış bir su banyosu içinde, hücre kültür ortamı, PBS ve% 0.05 tripsin-EDTA ısıtmak </li><li> Ortamı çıkarın ve 10 ml PBS ile hücreleri yıkayın. Yeniden PBS çıkarın. </li><li> Tripsin-EDTA 3 ml eklenir ve şişeye eşit olarak dağıtır. 37 ° C bir inkübatörde şişeyi aktarın ve% 5 CO2. </li><li> Tüm hücreler müstakil zaman, hücre kültür ortamı 7 ml eklemek hücreleri tekrar süspansiyon ve bir 15 ml Falcon tüpü içine hücre süspansiyonu aktarın. </li><li> Oda sıcaklığında 5 dakika boyunca 800 x g&#39;de santrifüje hücreleri, süpernatant kaldırmak ve 10 ml taze kültür ortamı hücre pelet tekrar süspansiyon. </li><li> Bir sayım bölmesi ile hücre sayımı. </li><li> İki T25 şişelerinde her hücre kültür ortamı içinde 5 ml 2.5 x 10 6 hücreleri ekleyin. 37 ° C&#39;de 16 saat boyunca inkübe edin ve% 5 CO2. Bir şişe, yalancı kontrol ve Cı 13 bulaşmasına biri için karşılık vermektedir. </li></ol> Rift Vadisi Ateşi Virüsü Clone 13 2. Enfeksiyon (13 Cl) <ol><li> Not: Cl 13 Almanya&#39;da BSL2 koşullar altında işlenebilir zayıflatılmış bir virüs mutantıdır. Ilgili ulusal kılavuzlara bakın. Diğer tipik IFN indükleyicilerinin Sendai virüsü (suşu Cantell) veya Newcastle hastalığı virüsü olacaktır. </li><li> % 5 FCS ihtiva eden ön sıcak PBS, serum içermeyen ortam, ve hücre kültür ortamı. </li><li> 5 &#39;lik çoklu enfeksiyon (MOI) ile 2.5 x 10 6 A549 hücrelerini enfekte etmek için, serum barındırmayan ortam içinde 13 Cl, 1.25 x 10 7 PFU / ml hazırlayın. Hesaba katmak için gerekli olandan daha az (yaklaşık% 10) daha büyük bir miktarda hazırlanması pipet hataları. </li><li> 1.3 altında tarif edildiği gibi hücrelerin PBS ile yıkayın. </li><li> 1 Cl 13 ml seyreltme ya da eklemeserumsuz ortamın hücrelerine (enfekte edilmemiş kontrol, mock) ve 37 ° C&#39;de 1 saat ve% 5 CO2 inkübe edilir. Sırasıyla Cı 13 seyreltme ve serumsuz ortam içinde eşit dağılımını sağlamak için her 15 dakika dikkatlice şişeyi hareket ettirin. </li><li> Enfeksiyon 1 saat sonra, inokulum kaldırmak% 5 FCS ile önceden ısıtılmış hücre kültürü ortamı 5 ml eklemek ve 37 ° C&#39;de 5 saat ve% 5 CO2 inkübe edilir. </li></ol> Hücre lisatları 3. Hazırlanması <ol><li> 4 ° C&#39;de PBS /% 0.5 Triton X-100 hazırlanması Serin proteaz inhibitörleri katmayın. </li><li> Soğuk PBS ile yıkayın ve taze 10 ml PBS ilave edin. </li><li> Oda sıcaklığında 5 dakika boyunca 800 x g&#39;de hücre bir Falcon tüpüne süspansiyon ve santrifüj transfer hücreleri kazıyın. </li><li> Süpernatantı ve 30 ul PBS /% 0.5 Triton X-100 hücre pelletini. Yeni bir 1.5 ml tüp içine aktarın ve lisat, 4 ° C&#39;de en az 10 dakika boyunca inkübe </li><li> 10.00 Lisatı santrifüj0, 4 ° C&#39;de 10 dakika boyunca x g ve yeni bir tüp içine berraklaştınlmış hücre lizatı (süpernatant) aktarın. </li><li> Başka bir yerde tarif edildiği gibi 33 Bradford tahliliyle protein konsantrasyonunu belirleyin. </li><li> -20 ° C&#39;de saklayın veya tripsin sindirim (4.1) veya doğal PAGE (5.1) geçin. </li></ol> Örüntü tanıma reseptörleri Konformasyonel Değişiklikler 4. Belirlenmesi <ol><li> Hücre lisatları içinde TPCK-tripsin tedavisi <ol><li> 2 mg / ml bir son konsantrasyona kadar çalışma PBS içinde L-1-tosilamido-2-feniletil klorometil keton ile muamele edilmiş (TPCK) tripsin seyreltin. </li><li> İki yeni tüplere PBS ile 9 ul&#39;lik bir nihai hacim içinde (mock veya Cı 13) her bir protein lizat 25 ug bir son protein konsantrasyonu olarak ayarlayın. Bu nedenle, bu iki kat sahte ve iki defa Cı 13 enfeksiyonu, 25 ug lizat her dört tüpler olmalıdır. Bir giriş kontrol (tedavi edilmemiş) ve TPCK-tripsin ile muamele etmek için, bir set olarak ayarlayın. </li><li> PBS 1 ul (işlenmemiş)1 ya da 2 ug / ml TPCK-Tripsin (son konsantrasyon: 0.2 ug / ml) içinde ul, hücre lizatlarına ve pipetleme reaksiyonları karıştırın. Bu sindirim etkinliğini tehlikeye çünkü, donma ve TPCK-tripsin bölüntülerin çözülme ETMEYİN. </li><li> 25 dakika boyunca 37 ° C&#39;de inkübe edin lizatları. 5x (250 mM Tris-HCl pH 6.8,% 10 SDS,% 50 gliserol,% 25 β-merkaptoetanol,% 0.5 bromfenol mavisi) bir numunesi, denatüre edici tampon ilave edilerek ve 95 ° C&#39;de 5 dakika boyunca kaynatılarak reaksiyonu durdurun Bu tripsin kuluçka süresini uzatmak değil önemlidir. No peptidaza dayanıklı fragmanları tespit edilebilir durumda, tripsin sindirim süresinin kısalması gerekir. </li><li> Kaynatıldıktan sonra numuneler -20 ° C&#39;de muhafaza edilebilir </li></ol></li><li> SDS poliakrilamid jel elektroforezi (PAGE) ve Western Blot <ol><li> Sodyum dodesil sülfat,% 12 çözme jeli üzerinde% 5 istif ihtiva eden (SDS)-poliakrilamid jel üzerinde örnekleri yerleştirin. Kadar, jel başına 25 mA&#39;da proteinleri Ayrıbromfenol mavi biterse. </li><li> , Metanol ile 30 saniye boyunca bir poliviniliden florür (PVDF) membran aktive ve transfer tampon maddesi (48 mM Tris, 39 mM glisin, 1.3 mM SDS,% 20 metanol) koydu. </li><li> Bir yan-kuru blot sistemi ile blotting hazırlayın ve 1 saat için 10 V de proteinlerin transferine izin verir. , Membran çıkarıp suyla kısaca durulayın ve kurumaya bırakın. </li><li> Kısa bir süre metanol içine aktararak zarını yeniden etkinleştirin. TBS ile 5 dakika süreyle yıkanır. Oda sıcaklığında ya da 4 ° CO / N. 1 saat için, TBS içinde% 10 yağsız süt ile bloke 5 dakika TBS ile her biri için zar 3 kez yıkayın. </li><li> Tablo 1 &#39;de tavsiye edildiği gibi antikor seyreltme hazırlayın ve oda sıcaklığında ya da 4 ° CO / N 1 saat boyunca membran inkübe </li><li> 10 dakika TBS-T ile her biri için zar 3 kez yıkayın. TBS içinde% 1 yağsız süt içinde bir 1:20,000 seyreltide yaban turpu peroksidazı ile birleştirilmiş uygun ikincil antikor ekleyin. Oda sıcaklığında 45 dakika inkübe edin. </li><li> 10 dakika TBS-T ile her biri için zar 3 kez yıkanır, ve oTBS ile ne ek süre. </li><li> Sinyal tespiti için ticari Kimyasal ışığın kiti ve dijital jel görüntüleme sistemi kullanın. </li></ol></li><li> Coomassie Parlak Mavi G-250 Boyama <ol><li> 4.2.1 &#39;de tarif edildiği gibi SDS-PAGE gerçekleştirin. Bromfenol mavi biterse kadar yük bir SDS poliakrilamid jel üzerinde örnekleri ve jel başına 25 mA jel çalıştırın. </li><li> Oda sıcaklığında Coomassie Parlak Mavi G-250 lekeleme gerçekleştirin. Sürekli sallayarak altındaki tüm inkubasyon yapmak. </li><li> % 40 metanol ve 30 dakika boyunca,% 10 asetik asit içeren sabitleme çözeltisine jel aktarın. </li><li> Destaining solüsyonu (% 25 etanol ve% 8 asetik asit) ile tampon değişimi ve 5 dakika boyunca inkübe edin. </li><li> % 40 metanol ve 1 saat% 10 asetik asit içinde% 0.2 Coomassie Brillant Blue G-250 ile jel leke. </li><li> Destaining solüsyonu ile jel destain ve 10 dakika, 30 dakika ve 60 dakika sonra tampon değişimi. </li><li> 4 ° C&#39;de% 25 etanol,% 8, asetik asit ve% 4 gliserol içinde jel saklayın </li&gt; <li> 4.2.8 altında açıklandığı gibi görüntüleme ve analizi yapın. </li></ol></li></ol> Örüntü tanıma reseptörleri Oligomerik Devletleri&#39;nin 5. Analizi <ol><li> Yerel PAGE <ol><li> PBS ile 10 ul&#39;lik bir nihai hacim içinde, hücre lizatı, 50 ug hazırlanması ve bir nihai konsantrasyona kadar 5 x yerel numune tamponu (250 mM Tris-HCl pH 6.8,% 1 sodyum deoksikolat,% 50 gliserol,% 0.5 bromfenol mavisi) ekleyin 1x. </li><li> Istifleme olarak% 5 ve çözücü jel gibi% 8 ile yerli poliakrilamid jel üzerinde HEMEN örnekleri yükleyin. Herhangi bir gecikme yerli kompleksleri 34 kaybına neden olur. </li><li> Anot ve 50 mM Tris, pH 8.3, 384 mM Glycin, katot tampon madde olarak,% 1 sodyum deoksikolat gibi 50 mM Tris-NaOH, pH 9.0, 384 mM glisin ile 4 ° C&#39;de jel başına 20 mA&#39;da jel çalıştırın. 1.5-2 saat sonra elektroforez bittiğinde (bromfenol mavi bant yaklaşık 45 dk önce jel bıraktı). </li></ol></li><li> Western Blotting <ol><li> Bir polyv etkinleştirin, metanol ile 30 saniye için florür (PVDF) membran inylidene ve Towbin tamponu (25 mM Tris, 192 mM glisin,% 0.1 SDS,% 20 metanol) koydu. </li><li> Üreticinin talimatlarına göre, ıslak leke haznesi monte ve Towin tamponu ile doldurun. </li><li> 4 ° C &#39;de 1.5 saat boyunca 250 mA olan blotting işleminin gerçekleştirilmesi </li><li> Blot ne zaman 4.2.3 dan açıklandığı gibi devam bitti. </li></ol></li></ol>

<ol><li>Gurtler, C., Bowie, A. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Innate+immune+detection+of+microbial+nucleic+acids%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+in+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Innate immune detection of microbial nucleic acids.</a> Trends in Microbiology. 21, 413-420 (2013).</li>
<li>Jensen, S., Thomsen, A. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sensing+of+RNA+viruses%3A+a+review+of+innate+immune+receptors+involved+in+recognizing+RNA+virus+invasion%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Virology%22%5BJournal%5D)">Sensing of RNA viruses: a review of innate immune receptors involved in recognizing RNA virus invasion.</a> Journal of Virology. 86, 2900-2910 (2012).</li>
<li>Kato, H., Takahasi, K., Fujita, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RIG-I-like+receptors%3A+cytoplasmic+sensors+for+non-self+RNA%5BTitle%5D)+AND+%22Immunological+Reviews%22%5BJournal%5D)">RIG-I-like receptors: cytoplasmic sensors for non-self RNA.</a> Immunological Reviews. 243, 91-98 (2011).</li>
<li>Yoneyama, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+RNA+helicase+RIG-I+has+an+essential+function+in+double-stranded+RNA-induced+innate+antiviral+responses%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Immunology%22%5BJournal%5D)">The RNA helicase RIG-I has an essential function in double-stranded RNA-induced innate antiviral responses.</a> Nature Immunology. 5, 730-737 (2004).</li>
<li>Andrejeva, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+V+proteins+of+paramyxoviruses+bind+the+IFN-inducible+RNA+helicase%2C+mda-5%2C+and+inhibit+its+activation+of+the+IFN-beta+promoter%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">The V proteins of paramyxoviruses bind the IFN-inducible RNA helicase, mda-5, and inhibit its activation of the IFN-beta promoter.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 101, 17264-17269 (2004).</li>
<li>Saito, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+of+innate+antiviral+defenses+through+a+shared+repressor+domain%5BTitle%5D)+AND+%22in+RIG-I+and+LGP2+Proc+Natl+Acad+Sci+USA%22%5BJournal%5D)">Regulation of innate antiviral defenses through a shared repressor domain.</a> in RIG-I and LGP2 Proc Natl Acad Sci USA. 104, 582-587 (2007).</li>
<li>Ferrage, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structure+and+dynamics+of+the+second+CARD+of+human+RIG-I+provide+mechanistic+insights+into+regulation+of+RIG-I+activation%5BTitle%5D)+AND+%22Structure+%28London%2C+England+%3A+1993%29%22%5BJournal%5D)">Structure and dynamics of the second CARD of human RIG-I provide mechanistic insights into regulation of RIG-I activation.</a> Structure (London, England : 1993). 20, 2048-2061 (2012).</li>
<li>Kolakofsky, D., Kowalinski, E., Cusack, S. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aKolakofsky%2C+D+%22A+structure-based+model+of+RIG-I+activation%22">A structure-based model of RIG-I activation</a>. 18, RNA. New York, NY. 2118-2127 (2012).</li>
<li>Luo, D., Kohlway, A., Vela, A., Pyle, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Visualizing+the+determinants+of+viral+RNA+recognition+by+innate+immune+sensor+RIG-I%5BTitle%5D)+AND+%22Structure+%28London%2C+England+%3A+1993%29%22%5BJournal%5D)">Visualizing the determinants of viral RNA recognition by innate immune sensor RIG-I.</a> Structure (London, England : 1993). 20, 1983-1988 (2012).</li>
<li>Kowalinski, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structural+basis+for+the+activation+of+innate+immune+pattern-recognition+receptor+RIG-I+by+viral+RNA%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Structural basis for the activation of innate immune pattern-recognition receptor RIG-I by viral RNA.</a> Cell. 147, 423-435 (2011).</li>
<li>Luo, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structural+insights+into+RNA+recognition+by+RIG-I%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Structural insights into RNA recognition by RIG-I.</a> Cell. 147, 409-422 (2011).</li>
<li>Habjan, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Processing+of+genome+5%26%2334%3B+termini+as+a+strategy+of+negative-strand+RNA+viruses+to+avoid+RIG-I-dependent+interferon+induction%5BTitle%5D)+AND+%22PloS+One%22%5BJournal%5D)">Processing of genome 5&#34; termini as a strategy of negative-strand RNA viruses to avoid RIG-I-dependent interferon induction.</a> PloS One. 3, e2032(2008).</li>
<li>Rehwinkel, J., Reis, E. S. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Targeting+the+viral+Achilles%27+recognition+of+5%27-triphosphate+RNA+in+innate+anti-viral+defence%5BTitle%5D)+AND+%22Current+Opinion+in+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Targeting the viral Achilles' recognition of 5'-triphosphate RNA in innate anti-viral defence.</a> Current Opinion in Microbiology. 16, 485-492 (2013).</li>
<li>Pichlmair, A., et al. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aPichlmair%2C+A+%22RIG-I-mediated+antiviral+responses+to+single-stranded+RNA+bearing+5%27-phosphates%22">RIG-I-mediated antiviral responses to single-stranded RNA bearing 5'-phosphates</a>. , Science. New York, NY. 314-997 (2006).</li>
<li>Hornung, V., et al. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aHornung%2C+V+%225%27-Triphosphate+RNA+is+the+ligand+for+RIG-I%22">5'-Triphosphate RNA is the ligand for RIG-I</a>. , Science. New York, N.Y. 314-994 (2006).</li>
<li>Saito, T., Gale, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Differential+recognition+of+double-stranded+RNA+by+RIG-I-like+receptors+in+antiviral+immunity%5BTitle%5D)+AND+%22The+Journal+of+Experimental+Medicine%22%5BJournal%5D)">Differential recognition of double-stranded RNA by RIG-I-like receptors in antiviral immunity.</a> The Journal of Experimental Medicine. 205, 1523-1527 (2008).</li>
<li>Takahasi, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nonself+RNA-sensing+mechanism+of+RIG-I+helicase+and+activation+of+antiviral+immune+responses%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Nonself RNA-sensing mechanism of RIG-I helicase and activation of antiviral immune responses.</a> Mol Cell. 29, 428-440 (2008).</li>
<li>Binder, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+mechanism+of+signal+perception+and+integration+by+the+innate+immune+sensor+retinoic+acid-inducible+gene-I+%28RIG-I%29%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Chem%22%5BJournal%5D)">Molecular mechanism of signal perception and integration by the innate immune sensor retinoic acid-inducible gene-I (RIG-I).</a> J Biol Chem. 286, 27278-27287 (2011).</li>
<li>Jiang, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ubiquitin-induced+oligomerization+of+the+RNA+sensors+RIG-I+and+MDA5+activates+antiviral+innate+immune+response%5BTitle%5D)+AND+%22Immunity%22%5BJournal%5D)">Ubiquitin-induced oligomerization of the RNA sensors RIG-I and MDA5 activates antiviral innate immune response.</a> Immunity. 36, 959-973 (2012).</li>
<li>Civril, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+RIG-I+ATPase+domain+structure+reveals+insights+into+ATP-dependent+antiviral+signalling%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+reports%22%5BJournal%5D)">The RIG-I ATPase domain structure reveals insights into ATP-dependent antiviral signalling.</a> EMBO reports. 12, 1127-1134 (2011).</li>
<li>Hiscott, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Triggering+the+innate+antiviral+response+through+IRF-3+activation%5BTitle%5D)+AND+%22The+Journal+of+Biological+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Triggering the innate antiviral response through IRF-3 activation.</a> The Journal of Biological Chemistry. 282, 15325-15329 (2007).</li>
<li>Hertzog, P. J., Williams, B. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fine+tuning+type+I+interferon+responses%5BTitle%5D)+AND+%22Cytokin.%2C+%26+Growth+Factor+Reviews%22%5BJournal%5D)">Fine tuning type I interferon responses.</a> Cytokin., & Growth Factor Reviews. 24, 217-225 (2013).</li>
<li>Pindel, A., Sadler, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+role+of+protein+kinase+R+in+the+interferon+response%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Interfero.%2C+%26+Cytokine+Research+%3A+the+Official+Journal+of+the+International+Society+for+Interferon+and+Cytokine+Research%22%5BJournal%5D)">The role of protein kinase R in the interferon response.</a> Journal of Interfero., & Cytokine Research : the Official Journal of the International Society for Interferon and Cytokine Research. 31, 59-70 (2011).</li>
<li>Donnelly, N., Gorman, A. M., Gupta, S., Samali, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+eIF2alpha+kinases%3A+their+structures+and+functions%5BTitle%5D)+AND+%22Cellular+and+Molecular+Life+Sciences+CMLS%22%5BJournal%5D)">The eIF2alpha kinases: their structures and functions.</a> Cellular and Molecular Life Sciences CMLS. 70, 3493-3511 (2013).</li>
<li>Cole, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Activation+of+PKR+an+open+and+shut+case%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+in+Biochemical+Sciences%22%5BJournal%5D)">Activation of PKR an open and shut case.</a> Trends in Biochemical Sciences. 32, 57-62 (2007).</li>
<li>Dauber, B., Wolff, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Activation+of+the+Antiviral+Kinase+PKR+and+Viral+Countermeasures%5BTitle%5D)+AND+%22Viruses%22%5BJournal%5D)">Activation of the Antiviral Kinase PKR and Viral Countermeasures.</a> Viruses. 1, 523-544 (2009).</li>
<li>Dey, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mechanistic+link+between+PKR+dimerization%2C+autophosphorylation%2C+and+eIF2alpha+substrate+recognition%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Mechanistic link between PKR dimerization, autophosphorylation, and eIF2alpha substrate recognition.</a> Cell. 122, 901-913 (2005).</li>
<li>Gack, M. U., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TRIM25+RING-finger+E3+ubiquitin+ligase+is+essential+for+RIG-I-mediated+antiviral+activity%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">TRIM25 RING-finger E3 ubiquitin ligase is essential for RIG-I-mediated antiviral activity.</a> Nature. 446, 916-920 (2007).</li>
<li>Zeng, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Reconstitution+of+the+RIG-I+pathway+reveals+a+signaling+role+of+unanchored+polyubiquitin+chains+in+innate+immunity%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Reconstitution of the RIG-I pathway reveals a signaling role of unanchored polyubiquitin chains in innate immunity.</a> Cell. 141, 315-330 (2010).</li>
<li>Anderson, E., Cole, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Domain+stabilities+in+protein+kinase+R+%28PKR%29%3A+evidence+for+weak+interdomain+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Biochemistry%22%5BJournal%5D)">Domain stabilities in protein kinase R (PKR): evidence for weak interdomain interactions.</a> Biochemistry. 47, 4887-4897 (2008).</li>
<li>Habjan, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((NSs+protein+of+rift+valley+fever+virus+induces+the+specific+degradation+of+the+double-stranded+RNA-dependent+protein+kinase%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Virology%22%5BJournal%5D)">NSs protein of rift valley fever virus induces the specific degradation of the double-stranded RNA-dependent protein kinase.</a> Journal of Virology. 83, 4365-4375 (2009).</li>
<li>Weber, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Incoming+RNA+virus+nucleocapsids+containing+a+5%27-triphosphorylated+genome+activate+RIG-I+and+antiviral+signaling%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Hos.%2C+%26+Microbe%22%5BJournal%5D)">Incoming RNA virus nucleocapsids containing a 5'-triphosphorylated genome activate RIG-I and antiviral signaling.</a> Cell Hos., & Microbe. 13, 336-346 (2013).</li>
<li>Bradford, M. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+rapid+and+sensitive+method+for+the+quantitation+of+microgram+quantities+of+protein+utilizing+the+principle+of+protein-dye+binding%5BTitle%5D)+AND+%22Analytical+Biochemistry%22%5BJournal%5D)">A rapid and sensitive method for the quantitation of microgram quantities of protein utilizing the principle of protein-dye binding.</a> Analytical Biochemistry. 72, 248-254 (1976).</li>
<li>Wittig, I., Schagger, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advantages+and+limitations+of+clear-native%5BTitle%5D)+AND+%22%22%5BJournal%5D)">Advantages and limitations of clear-native.</a> 5, 4338-4346 (2005).</li>
<li>Muller, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterization+of+clone+13%2C+a+naturally+attenuated+avirulent+isolate+of+Rift+Valley+fever+virus%2C+which+is+altered+in+the+small+segment%5BTitle%5D)+AND+%22Am+J+Trop+Med+Hyg%22%5BJournal%5D)">Characterization of clone 13, a naturally attenuated avirulent isolate of Rift Valley fever virus, which is altered in the small segment.</a> Am J Trop Med Hyg. 53, 405-411 (1995).</li>
<li>Bouloy, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genetic+evidence+for+an+interferon-antagonistic+function+of+rift+valley+fever+virus+nonstructural+protein+NSs%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Virology%22%5BJournal%5D)">Genetic evidence for an interferon-antagonistic function of rift valley fever virus nonstructural protein NSs.</a> Journal of Virology. 75, 1371-1377 (2001).</li>
<li>Ikegami, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rift+Valley+fever+virus+NSs+protein+promotes+post-transcriptional+downregulation+of+protein+kinase+PKR+and+inhibits+eIF2alpha+phosphorylation%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Pathogens%22%5BJournal%5D)">Rift Valley fever virus NSs protein promotes post-transcriptional downregulation of protein kinase PKR and inhibits eIF2alpha phosphorylation.</a> PLoS Pathogens. 5, e1000287(2009).</li>
<li>Iwamura, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Induction+of+IRF-3%2F-7+kinase+and+NF-kappaB+in+response+to+double-stranded+RNA+and+virus+infection%3A+common+and+unique+pathways%5BTitle%5D)+AND+%22Genes+to+Cells+%3A+Devoted+to+Molecula.%2C+%26+Cellular+Mechanisms%22%5BJournal%5D)">Induction of IRF-3/-7 kinase and NF-kappaB in response to double-stranded RNA and virus infection: common and unique pathways.</a> Genes to Cells : Devoted to Molecula., & Cellular Mechanisms. 6, 375-388 (2001).</li>
<li>Yoneyama, M., Suhara, W., Fujita, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Control+of+IRF-3+activation+by+phosphorylation%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Interfero.%2C+%26+Cytokine+Research+%3A+the+Official+Journal+of+the+International+Society+for+Interferon+and+Cytokine+Research%22%5BJournal%5D)">Control of IRF-3 activation by phosphorylation.</a> Journal of Interfero., & Cytokine Research : the Official Journal of the International Society for Interferon and Cytokine Research. 22, 73-76 (2002).</li>
<li>Bamming, D., Horvath, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+of+signal+transduction+by+enzymatically+inactive+antiviral+RNA+helicase+proteins+MDA5+RIG-I+and+LGP2%5BTitle%5D)+AND+%22The+Journal+of+Biological+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Regulation of signal transduction by enzymatically inactive antiviral RNA helicase proteins MDA5 RIG-I and LGP2.</a> The Journal of Biological Chemistry. 284, 9700-9712 (2009).</li>
<li>Wu, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structural+basis+for+dsRNA+recognition%2C+filament+formation%2C+and+antiviral+signal+activation+by+MDA5%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Structural basis for dsRNA recognition, filament formation, and antiviral signal activation by MDA5.</a> Cell. 152, 276-289 (2013).</li>
<li>Berke, I. C., Modis, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MDA5+cooperatively+forms+dimers+and+ATP-sensitive+filaments+upon+binding+double-stranded+RNA%5BTitle%5D)+AND+%22The+EMBO+Journal%22%5BJournal%5D)">MDA5 cooperatively forms dimers and ATP-sensitive filaments upon binding double-stranded RNA.</a> The EMBO Journal. 31, 1714-1726 (2012).</li>
<li>Garcia-Sastre, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Induction+and+evasion+of+type+I+interferon+responses+by+influenza+viruses%5BTitle%5D)+AND+%22Virus+Research%22%5BJournal%5D)">Induction and evasion of type I interferon responses by influenza viruses.</a> Virus Research. 162, 12-18 (2011).</li>
<li>Taylor, K. E., Mossman, K. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Recent+advances+in+understanding+viral+evasion+of+type+I+interferon%5BTitle%5D)+AND+%22Immunology%22%5BJournal%5D)">Recent advances in understanding viral evasion of type I interferon.</a> Immunology. 138, 190-197 (2013).</li>
<li>Goodbourn, S., Randall, R. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+regulation+of+type+I+interferon+production+by+paramyxoviruses%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Interfero.%2C+%26+Cytokine+Research+%3A+the+Official+Journal+of+the+International+Society+for+Interferon+and+Cytokine+Research%22%5BJournal%5D)">The regulation of type I interferon production by paramyxoviruses.</a> Journal of Interfero., & Cytokine Research : the Official Journal of the International Society for Interferon and Cytokine Research. 29, 539-547 (2009).</li>
<li>Versteeg, G. A., Garcia-Sastre, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Viral+tricks+to+grid-lock+the+type+I+interferon+system%5BTitle%5D)+AND+%22Current+Opinion+in+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Viral tricks to grid-lock the type I interferon system.</a> Current Opinion in Microbiology. 13, 508-516 (2010).</li>
</ol>

Çıkar çatışması ilan etti.

Virüslerin varlığı ve sistem IFN antiviral Çeşidi aktivasyonunu algılama başarılı bir doğuştan gelen bağışıklık tepkilerinin 22 için çok önemlidir. Virüs algılama ve böylece hızlı bir tepki ve antiviral savunma mekanizmalarının aktivitesini sağlayan, Rig-I ve PKR gibi patojen tanıyan reseptörler (PRR) aracılık eder. Burada, doğrudan Rig-I ve PKR aktivasyon durumunu değerlendirmek için iki yöntem açıklanmaktadır. Rig-I ve PKR&#39;nin yapısal değişiklikleri sırasıyla birinci M. Jr G...

Antiviral konak savunmasında çok önemli bir etkinlik sözde görüntü tanıma reseptörleri (PRR) 1,2 patojeni hızlı tespit edilmesidir. RNA virüs enfeksiyonu tespiti, iki hücre içi sitoplazmik RNA sarmallara Rig-I (retinoik asit olarak uyarılabilir bir gen I) &#39;in ve MDA5 (melanoma farklılaşma ilişkili protein 5) 3-5 bağlıdır. Rig-I, iki N-ucu kaspaz alım alanları (kart), merkezi bir Dech kutu tipi RNA helikaz etki alanı ve bir C-terminal alanının (CTD) 4,6 oluşmaktadır. CTD ve sarmal etki non-self (viral) RNA&#39;lar tanınması için gerekli ise, kARtlARI bir antiviral sahibi durumundaki kurulmasına yol açan aşağı sinyalizasyon aracılık. Rig-I, belirli bir RNA ligandın yokluğunda yani sessiz durum içinde ise, ikinci bir kart merkezi sarmal alanı ile etkileşime girer ve bir otomatik engelleyici konformasyonunda 7-11 Rig-I tutar. Rig-Ben kısa bağlanır çiftbir 5&#39;-trifosfat (5&#39;PPP) ve uzun dsRNA, polyU ve / UC açısından zengin RNA, birçok DNA virüsünün 12-16 genomlarında üzerinde mevcut olan klasik imza yapıları taşıyan iplik (ds) RNA. Rig-I aktivasyonu iki temel özellikleri kapalı konformasyon 6,17 ve homo-oligomerizasyonun 6,18,19 bir anahtar vardır. Yapısal anahtarı, RNA bağlayıcı geliştirir aşağı sinyalizasyon için kartlar ortaya, ve aktif bir ATPaz sitesi 8,9,11,20 yeniden oluşturulmasını. Oligomerik Rig-I komplekslerinin oluşumu antiviral sinyal iletimi 11 için bir platform oluşturmak için aşağı doğru sinyal adaptör moleküllerinin gelişmiş işe yol açar. Rig-I-regüle sinyal zinciri sonunda transkripsiyon faktörünü aktive IRF-3 için yukarı-regülasyonu tam bir antiviral karşılık 21,22 için interferon (IFN-alpha/beta) genleri ve interferon uyarılan genlerin dolayısıyla gen ifadesi (ISGs) arasında . En iyi karakterize edilmiş ISGs bir RNA ile aktive olan Protein kinaz (PKR) 23. PKR ökaryotik translasyon başlatma faktörü alfa 2 (eIF2α) kinazları ailesine ait olan ve bir N-terminal çift-şeritli RNA bağlama alanı ve bir C-terminal kinaz oluşmaktadır. Kinaz etki PKR dimerizasyon aktivasyonu için önemli bir arayüz oluşturur ve proteinin katalitik işlevleri yerine getirir. Viral dsRNA PKR bağlanması, bunun yapısal değişiklik diğer artıklar arasında yer Thr 446 dimerizasyonu ve oto-fosforilasyonunu izin yol açar. PKR sonra bu şekilde viral mRNA 23-27 çevirisini bloke eIF2α fosforilasyonunu aracılık eder. Rig-I ve PKR her ikisi de, önemli bir yapısal yeniden düzenlemeleri geçmesi oligomerik kompleksler oluşturmak ve post-translasyonel fosforilasyon / defosforilasyon ve ubikitinasyon 10,11,19,23,24,26-29 ile tadil edilmiş metilalümoksandır. Viral RNA yapıları Rig-I ve PKR&#39;yi aktive edilir (ve hangi aşamada viral antagonist b olabilecek daha iyi anlaşılması içine) müdahale, bu tam etkinleştirme durumunu belirlemek için önemlidir. Her iki PRRS için bir önceki aktivasyon trypsin&#39;e dirençli protein fragmanlarının 6,17,30 ve daha yüksek dereceden oligomerlerin 6,18,19 ortaya çıkmasına yol açar tanımlanmıştır. Ancak, antiviral konak yanıtının 1,2,24 bu anahtar faktörlere edebiyatının zenginliği göz önüne alındığında, doğrudan yöntemler uygulama nispeten nadir görünüyor. Geniş kullanım uyarıcı umuduyla olarak, sağlam Rig-I ve PKR&#39;nin aktivasyon durumları analiz etmek için uygun ve hassas protokolleri sağlar. IFN yetkin insan hücre hattı A549 Rig-I ve PKR, zayıflatılmış Rift Valley ateşli virüsü mutant klonu 13 (Cı-13) 31,32 yerleşik bir aktivatör ile enfekte edilir. Basit bir parçalama işleminden sonra, enfekte olmuş hücrelerin ekstreleri konformasyonel geçiş değerlendirmek için sınırlı tripsin sindirim / western blot analizi ile test edildi ve mavi olan yerli poliakrilamid jel elektroforezi (PAGE) / Western blot analizi çalışan tarafındanoligomerlerin oluşumunu ölçmektir.

<table><tbody><tr><td colspan="4">Cell culture</td></tr><tr><td>Dulbecco' s değiştirilmiş Kartal' s orta (DMEM)</td><td>Gibco</td><td>21969-035</td><td></td></tr><tr><td>OptiMEM</td><td>Gibco</td><td>31985-47</td><td></td></tr><tr><td>L-glutamin</td><td>PAA</td><td>25030-024</td><td></td></tr><tr><td>Penisilin-streptomisin</td><td>PAA</td><td>15070-063</td><td></td></tr><tr><td>Fetal baldır serumu (FCS)</td><td>PAA</td><td>10270</td><td></td></tr><tr><td>%0,05 Tripsin-EDTA</td><td>Gibco</td><td>25300-054<</td><td></td></tr><tr>td colspan="4">Chemicals</td></tr><tr><td>L-1-tosylamido-2-feniletil klorometil keton ile tedavi edilmiş (TPCK) tripsin</td><td>Sigma Aldrich</td><td>T1426</td><td></td></tr><tr><td colspan="4">Antikorlar</td></tr><tr><td>Fare monoklonal anti-RIG-I antikoru (ALME-1)</td><td>Enzo Life Sciences</td><td>ALX-804-849-C100</td><td>WB: TBS Farede %1 yağsız sütte 1:500</td></tr><tr><td> monoklonal anti-PKR (B10)</td><td>Santa Cruz</td><td>sc-6282</td><td>WB: TBS'de %1 yağsız sütte 1:500</td></tr><tr><td>Tavşan monoklonal anti-P-PKR (Thr446)</td><td>Epitomik</td><td>1120-1</td><td>WB: TBS'de %5 BSA'da 1:1.000</td></tr><tr><td>Tavşan poliklonal anti-IRF-3</td><td>Santa Cruz</td><td>sc-9082</td><td>WB: TBS'de %1 yağsız sütte 1:500</td></tr><tr><td>Tavşan monoklonal anti-P-IRF-3 (Ser386)</td><td>IBL</td><td>og-413</td><td>WB: TBS'de</td></tr> <tr><td>%1 yağsız sütte 1:100Tavşan anti-RVFV hiperimmün serum "C2" (MP-12)</td><td>Alejandro Brun tarafından sağlanmıştır CISA-INIA</td><td></td><td>WB: TBS'de %1 yağsız sütte 1:2.000</td></tr><tr><td>Fare monoklonal anti-beta-aktin (8H10D10)</td><td>Hücre Sinyalizasyonu</td><td>3700</td><td>WB: TBS'de %1 yağsız sütte 1:1.000</td></tr><tr><td>Poliklonal peroksidaz konjuge keçi anti-tavşan Thermo</td><td>Fisher</td><td>0031460 1892914</td><td>WB: TBS'de</td></tr> <tr><td>%1 yağsız sütte 1:20.000Poliklonal peroksidaz konjuge keçi anti-fare</td><td>Thermo Fisher</td><td>0031430 1892913</td><td>WB: TBS'de %1 yağsız sütte 1:20.000</td></tr></tbody></table>

antiviral pattern recognition reseptörler rig-i ve pkr by limited proteaz sindirim ve yerli page izlenmesi aktivasyonu

Monitoring Activation of the Antiviral Pattern Recognition Receptors RIG-I And PKR By Limited Protease Digestion and Native PAGE

Virüs enfeksiyonu konak savunması doğuştan gelen bağışıklık sisteminin örüntü tanıma reseptörleri (PRR&#39;ler) tarafından hızlı bir algılama bağlıdır. Sitoplazmada, PRR Rig-I ve belirli viral RNA ligandlarına PKR bağlanır. Bu, ilk olarak yapısal ve anahtarlama oligomerizasyonu aracılık etmekte ve daha sonra bir anti-viral tepki interferon aktivasyonunu sağlar. Antiviral bir ev sahibi gen ekspresyonunu ölçmek için yöntemler iyi kurulmuş olsa da, doğrudan Rig-I ve PKR&#39;nin aktivasyon durumları izlemek için yöntemler, sadece kısmen ve daha az iyi bilinmektedir. Burada, kurulu bir interferon indükleyici, Rift Valley ateşli virüsü mutant klonu 13 (CI 13) ile enfeksiyon üzerine Rig-I ve PKR stimülasyon izlemek için iki yöntem tarif eder. Sınırlı tripsin sindirim PRRS şekilsel değişiklikleri gösteren, proteaz duyarlılık değişiklikleri analiz etmeyi sağlar. Rig-I ve PKR, anlamlara sahiptir: hızlı bir şekilde bozunması ile sahte enfeksiyonlu hücreler sonuçlarından lizatlarının tripsin sindirims Cı 13 enfeksiyonu bir peptidaza dayanıklı Rig-I fragmanının ortaya çıkmasına yol açar. Ayrıca PKR Thr 446 onun ayar damgası fosforilasyonu ile çakışmaktadır tripsin sindirim, bir virüs kaynaklı kısmi bir direnç gösterir. Rig-I ve PKR oligomerleri yerli poliakrilamid jel elektroforezi (PAGE) ile doğrulandı oluşumu. Bu proteinlerin örnekleri sahte enfekte monomer olarak kalmıştır oysa enfeksiyon üzerine, Rig-I ve PKR oligomerik kompleksleri güçlü bir birikimi bulunmaktadır. Sınırlı proteaz sindirimi ve yerel PAGE, Rig-I ve PKR aktivasyon iki farklı adımları bir hassas ve doğrudan bir ölçüm sağlar, western blot analizi bağlanmış iki. Bu teknikler nispeten kolay ve gerçekleştirmek için hızlı ve pahalı ekipman gerektirmez.

Rig-I ya da PKR ile bir viral agonistinin tanınması konformasyonel anahtarlama 6,17,30 ve oligomerizasyon 6,18,27 tetikler. Biz ise, sınırlı bir proteaz sindirimi ve yerli poliakrilamid jel elektroforezi (PAGE) ile bu iki etkinleştirme işaretleri analiz edilmiştir. Insan A549 hücreleri, IFN antagonist NSS 35,36 bir mutasyon ile karakterize Rift Valley ateşli virüsü klon 13 (CI 13) ile enfekte edilmiştir. Nedeniyle fonksiyonel NSS olmaması için, Clone 13 şidde...

Virüs enfeksiyonlarına karşı doğal savunma örüntü tanıma reseptörleri (PRR&#39;ler) tarafından tetiklenir. İki sitoplazmik PRR&#39;ler Rig-I ve viral imza RNA&#39;lar, değişim konformasyon, oligomerleşip ve antiviral sinyalini etkinleştirmek için PKR bağlamak. Yöntem, uygun yapısal anahtarlama ve bu sitoplazmik PRRS en oligomerizasyonu izlemek için izin tarif edilmiştir.

Antiviral Pattern Recognition reseptörler Rig-I Ve PKR By Limited Proteaz Sindirim ve Yerli PAGE izlenmesi aktivasyonu

Host defenses to virus infection are dependent on a rapid detection by pattern recognition receptors (PRRs) of the innate immune system. In the cytoplasm, ...

Viral enfeksiyonlara karşı doğuştan gelen savunmalar, örüntü tanıma reseptörleri veya PRR'ler tarafından tetiklenir. Bunlar, bir enfeksiyon sırasında doğuştan gelen bağışıklık sistemi hücrelerinde bulunur. Sitoplazmik PRR'ler olan RIG-I ve PKR, viral imza RNA'larına bağlanır, konformasyon değiştirir, oligomerize olur ve antiviral sinyallemeyi aktive eder. RIG-I ve PKR konformasyonel değişikliklerini ve oligomerizasyonunu izlemek için, in vitro insan A549 hücreleri Rift Vadisi ateşi virüsü ile enfekte edilir.PRR aktivasyonunu stimüle etmek için Klon 13 kullanılır. Ardından, RIG-I ve PKR konformasyonel değişikliklerini analiz etmek amacıyla kontrol ve enfekte hücrelerin hücre lizatları hazırlanır. Sınırlı bir tripsin sindirimi gerçekleştirilir.Protein yapısında konformasyonel değişiklikler meydana gelmişse, protein sindirime karşı daha dirençli hale gelir ve tüm oligomerizasyon oluşumunu analiz etmek için yapılan native PAGE işlemini takiben uygulanan Western blotting analizi ile bantlar görülür. Eğer tam ligasyon gerçekleşmişse, daha yüksek ağırlıklı oligomerler ve PKR kompleksleri görülür. Sınırlı proteaz sindirimi ve native PAGE yöntemlerinin temel avantajı, bu tekniklerin RIG-I v

monitoring-activation-antiviral-pattern-recognition-receptors-rig-i

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

İmmünoloji ve Enfeksiyon

Biz bir model herpes, gamma herpes 68 (γHV68) litik çoğaltma konak sinyal molekülleri arasında önemli rolleri tanımlamak için bir protokol açıklar. Genetiği değiştirilmiş fare suşları ve γHV68 litik replikasyon için embriyonik fibroblastlar kullanarak, protokol fenotipik karakterizasyonu ve viral litik çoğaltma virüs konak etkileşimler moleküler sorgulama hem de izin verir.

Model Herpesvirüs Litik çoğaltma Diseksiyon Host-virüs Etkileşim

Source: Mateer, E., et al., Confocal Imaging of Double-Stranded RNA and Pattern Recognition Receptors in Negative-Sense RNA Virus Infection. J. Vis. Exp. (2019)This video demonstrates the confocal imaging of viral double-stranded RNA (dsRNA) and cytoplasmic pattern recognition receptors (PRRs) in virus-infected epithelial cells. It highlights how antibody-based fluorescent labeling reveals the interaction between viral replication intermediates and host immune sensors.

Visualization of Viral Double-Stranded RNA and Host Pattern Recognition Receptors in Infected Epithelial Cells

İnsan Kaposi sarkomu ile ilişkili Herpes (KSHV) ve Epstein-Barr virüsü (EBV) ile yakından ilgili olan bir model herpesvirüs, kemirgen gamma herpes virüsü 68 (γ HV68) ile enfekte olan fareler içindeki antiviral sitokin üretimini ölçmek için bir protokolü tarif eder. Genetik olarak modifiye edilmiş olan fare soyları ve fare embriyonik fibroblastlar (MEF'ler) kullanarak, biz antiviral sitokin üretimini in vivo ve ex vivo hem de değerlendirildi. Lentiviral transdüksiyonu ile nakavt embriyonik...

Sitokin Üretimi Viral Evasion Doğuştan Bağışıklık Sinyalizasyonu Diseksiyon

Burada, IRF3 transkripsiyon faktörünün fosforilasyona bağlı aktivasyonunun ayrıntılı bir analizine izin veren bir prosedürü açıklıyoruz. Bu, yüksek çözünürlüklü bir SDS-PAGE ve çoklu fosfospesifik antikorlar kullanılarak immünoblotlara bağlı bir doğal PAGE'nin kombinasyonu ile elde edilir.

Bir Yüksek Çözünürlüklü Yöntem IRF3 fosforilasyonu bağımlı Aktivasyon Monitör

RNA virüsü çoğaltma sırasında üretilen çift iplikçikli RNA desen tanıma reseptörleri tarafından doğuştan gelen bağışıklık yanıtının ikna etmek için kabul edilebilir. Negatif anlamda RNA virüsleri için alt düzey dsRNA ve PRRs arasındaki etkileşimi belirsizdir. Arenavirus dsRNA ve tek tek hücreleri içinde PRR görselleştirmek için confocal mikroskopi yöntemi geliştirdik.

Çift iplikçikli RNA ve desen tanıma reseptörleri negatif anlamda RNA virüsü enfeksiyonu confocal görüntüleme

Memeli hücre HeLa hücreleri kullanarak döngüsü sırasında eğitim RNA-interactors için çift iplikçikli RNA bağlayıcı protein kinaz (PKR) RNA-harekete geçirmek ve deneysel yaklaşımlar mevcut. Formaldehit crosslink RNA-PKR kompleksleri ve immunoprecipitation PKR bağımlı RNA'ların zenginleştirmek için bu yöntemi kullanır. Bu RNA'ların daha da yüksek üretilen iş sıralama veya qRT-PCR ile çözümlenebilir.

RNA Interactors Protein kinaz memeli hücre döngüsü sırasında RNA-harekete geçirmek, eğitim

CAL-1 plazmasitoid dendritik hücre hattında endojen interferon düzenleyici faktör 5 dimerizasyon analizi için bir yerli Batı leke yöntemi tanımlanmıştır. Bu protokol diğer hücre satırlarına da uygulanabilir.

Endojen IRF5 Dimerizasyon Yerli Poliakrilamid Jel Elektroforez İmmünblot Analizi

Viral poliproteine gömülü homolog konak-patojen protein dizilerinin (SSHHPS) kısa uzantılarını belirlemek için genel bir protokol sayılmiyoruz. SSHHPS viral proteazlar tarafından tanınan ve çeşitli Grup IV virüsler tarafından belirli konak proteinlerin hedefli imha doğrudan.

Grup IV Viral SSHHPS In Vitro ve In Silico Yöntemleri Kullanılarak Analizi

Bu protokol, piroptoz, apoptoz, nekroptoz ve PANoptoz gibi hücre ölüm yollarının başlatılmasını belirlemek için hem in vitro hem de in vivo (in fareler) enfeksiyon, steril hakaretler ve kanser modellerine yanıt olarak kaspaz aktivasyonunu (kaspaz-1, kaspaz-3, kaspaz-7, kaspaz-8, kaspaz-9 ve kaspaz-11) değerlendirmek için kapsamlı bir yöntemi açıklamaktadır.

Doğuştan İmmün Hücre Ölümünü Değerlendirmek için Kaspaz Aktivasyonunun Değerlendirilmesi

İmmünofloresan boyama sırasında tiramid sinyal amplifikasyonu, HSV-1 enfeksiyonundan sonra ZBP1 kaynaklı nekroptoz sırasında fosforile RIPK3 ve MLKL'nin hassas tespitini sağlar.

İnsan Hücrelerinde HSV-1 Enfeksiyonu Sonrası ZBP1'e Bağlı RIPK3 ve MLKL'nin İmmünofloresan Boyama İçin Timamid Sinyal Amplifikasyonu

Öğrenin, RIG-I ve PKR aktivasyonunu sınırlı tripsin sindirimi ve yerli PAGE ile nasıl izleyeceğinizi. Bu yöntem, viral enfeksiyonlarda konformasyonel değişiklikleri ve oligomerizasyonu analiz eder.

Antiviral Pattern Recognition reseptörler Rig-I Ve PKR By Limited Proteaz Sindirim ve Yerli PAGE izlenmesi aktivasyonu

Daha fazla video keşfet