Içinde Mikrotubul Dynamics Tedbir plusTipTracker Yazılım Kullanma Xenopus laevis Büyüme Konileri

Bu prosedürün amacı, yazılım paketi artı uç izleyici kullanarak Mikrotübül artı uç izleme proteini veya artı uç dinamikleri ve canlı büyüme konileri hakkında nicel bilgi elde etmektir. Burada, EB one GFP dinamiklerinin ve kültürlenmiş XUS lavis büyüme konilerinin görüntülerini analiz etme adımlarını açıklıyoruz, ancak benzer bir protokol, etiketli EB one ve kültürlenmiş embriyonik büyüme konilerinin yüksek çözünürlüklü canlı görüntülerinin elde edilmesini takiben diğer hücre tipleri için de kullanılabilir. Prosedürdeki ilk adım, komut artı ucunu kullanmak, EB one GFP kuyruklu yıldızlarını tespit etmek için izler almak, kuyruklu yıldızları parçalara bağlamak ve mikrotübül dinamiğinin parametrelerini belirlemektir.

İkinci adım, büyüme konisi görüntülerinin üzerine bindirilmiş mikrotübül izlerini görselleştirmek için komut artı uç C izlerini kullanmaktır. Son adım, film gruplarının mikrotübül iz parametrelerini analiz etmek ve karşılaştırmak için artı uç grubu analizini kullanmaktır. Bu tekniğin, bireysel artı ipucu izlerini analiz etmek için el izlemeyi kullanmak gibi mevcut yöntemlere göre ana avantajı, bu yöntemin hızlı ve otomatik algılama, izleme, görselleştirme ve analize izin vermesidir.

Görüntü analizinin ilk adımı, EB one GFP kuyruklu yıldızlarını tespit etmek, kuyruklu yıldızları parçalara bağlamak ve mikrotübül dinamiğinin parametrelerini belirlemektir. Bu, komut artı ipucu ile elde edilir. Görüntü analizinden önce parçaları alın.

Her zaman aralıklı filmi bir dizi TIFF görüntü dosyasına dönüştürün ve her seriyi görüntüler adı verilen kendi klasörüne kaydedin. Görüntülerin büyük/küçük harfe duyarlı olduğunu unutmayın. Analize başlamak için MATLAB uygulamasını açın ve komut penceresine artı tip get tracks yazın.

Bu, yeni bir iletişim kutusunun görünmesine neden olur. Tıklayın, yeni projeler oluşturun ve uygun görüntüler klasörünü seçerek önceki TIFF görüntü serilerinden birini veya daha fazlasını seçin. Bu adımın tamamlanmasının ardından bir Dosya dizini oluşturulacaktır.

Tıklayın, tamam. İlk görüntü görüntülendikten sonra, tıklamak ve bir çokgen oluşturmak için fareyi kullanın. Sonra büyüme konisinin tamamını kapsar.

Çokgeni kapatmak için fareye çift tıklayın. Görüntüde başka bir büyüme konisi varsa bir iletişim kutusu görünecektir. Analiz etmek için evet'i seçin.

Aksi takdirde, hayır'ı seçin. Bir sonraki adım, hemen analiz edilecek projeleri seçmektir. Projeleri seç'e tıklayın ve klasörü seçin.

Bir listeyi analiz etmek için, yapışkan ekranı seçin. Ekranın sol tarafından projeleri seçin ve sağ tarafa taşıyın. Tıklayın, tamam.

Proje listesini kaydetmek için bir konum seçin ve kaydet'e tıklayın, algılama, izleme ve son işlemeyi seçin. Bu seçimler yapıldıktan sonra, diyalog kutusunun sağ tarafı yapılandırılabilir hale gelecektir. İşlem sonrası ayarları doldurun.

İstenen özel görüntü alma ayarlarına bağlı olarak, başlat'a tıklayın. Yazılım daha sonra hangi adımları girilmişse onu çalıştıracaktır. Komut penceresi, her işlev için kalan tahmini süreyi görüntüler ve adımın çalışmasının ne zaman tamamlandığını gösterir.

Artık mikro tüp izleri tanımlandığına göre, fonksiyon artı uç C izleri, iz görselleştirme ve büyüme konisi görüntülerinin üzerine bindirilmiş mikro tüp izlerini görüntülemek için kullanılır. Bu, komut penceresine komut artı uç C izleri türü artı uç C izleri ile elde edilir. Diyalog kutusu yüklendikten sonra proje seç'e tıklayın.

Görselleştirmek için projeyi içeren üst dizini seçin ve klasör seç'e tıklayın. Pencere göründüğünde, görselleştirilecek dosyayı seçin ve üzerine tıklayın. Tamam, sonra, kaydedilmiş ROI'yi seç'e tıklayın, önceki adımda seçilenle aynı ilgi bölgesi klasörüne gidin ve R-O-I-Y-X adlı dosyayı seçin.

MATLAB'ın parça görselleştirme dosyalarını nereye kaydedeceğini belirlemek için çıktı dizinini seç'e tıklayın ve ardından parça filmi yap'ı seçin. Tüm parçaları gösteren bir ekran görünecektir. Artı ipucu, artı ipucu yorumlarından hesaplanan parçaları alın.

Adım, parça zaman serisini bir film formatında kaydeder. Son işlev, mikro tüp izi parametrelerinin analizi ve karşılaştırılması için film grupları oluşturmak için kullanılır. Bu, komut artı uç grubu analizi ile elde edilir.

Bir kez artı ipucu al parçaları birden fazla film için çalıştırıldı ve farklı veri alt kümeleri karşılaştırma için hazır. Komut penceresine artı ipucu grubu analizi yazın: Önce karşılaştırılacak grupları manuel olarak seçmek için, hiyerarşiden otomatik grup seçimini kaldırın. Ardından proje seç'e tıklayın.

Tüm ROI klasörlerini içeren üst dizinlere gidin. Bir listeyi analiz etmek için, GUI Penceresi görünecektir. Ekranın sol tarafından gruplara dahil edilecek tüm projeleri seçin ve sağ tarafa taşıyın.

Tıklayın, tamam. Ardından proje listesini kaydetmek için bir konum seçin ve kaydet'e tıklayın, bir pencere görünecektir. Tıklamak.

Tamam, ve liste seçici yapışkan pencere görüntülenecektir. Yine, yalnızca bir araya getirilmesi gereken ilk gruba karşılık gelen dosyaları seçin ve üzerine tıklayın. Tamam. Grup adını girin ve tıklayın, tamam.

Bir pencere açılacak, buna göre cevap verin ve grupları seçmeye devam edin. Ardından grup listesini kaydetmek için bir konum seçin ve kaydet'e tıklayın. Çıktı klasörlerinin nerede saklanacağını seçmek için çıktı dizinini seç'e tıklayın.

Son olarak, hangi tür grup analizinin yapılacağını seçin. Burada tüm hücrelerden ve gruplardan havuz verilerini seçiyoruz. Grupları karşılaştır'a tıklayın.

Bu görüntü, fonksiyon artı tip git izlerinden elde edilen Mikro tüp dinamiğinin parametrelerini gösterir. Bu film, fonksiyon artı uç C izlerinden elde edilen mikrotübül izlerini göstermektedir. Son olarak, bu görüntü, fonksiyon artı uç grubu analizinden elde edilen mikrotübül parametrelerini göstermektedir.

Bir elektronik tablo uygulaması kullanma. Farklı film gruplarından elde edilen bu parametreler, bir işleme programı kullanılarak kutu çizimleri olarak da incelenebilir. Bu videoyu izledikten sonra, fonksiyonlar artı uç git izleri artı uç C izleri ve artı uç Grup analizini kullanarak mikrotübül artı uç dinamikleri ve canlı büyüme konileri hakkında nicel bilgi elde etmek için artı uç izleyicinin nasıl kullanılacağını iyi anlamalısınız.