Name: Faj Phenomics: Fizyolojik Yaklaşımlar Roman Viral Proteinler karakterize etmek (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2015-06-11T14:00:00.000+00:00
Duration: 9 min 40 s
Description: Keşfedin faj genlerinin fenomik karakterizasyonu için MAP ve metabolomik analiz yöntemlerini. E. coli kullanarak bakteri-faj etkileşimlerini ve metabolik profilleri inceleyin.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Benjamin Knowles, Yan Wei Lim, Andreas Haas ve Viral Dark Matter konsorsiyumu üyelerine bu el yazması üzerindeki yardımları ve yapıcı katkıları için teşekkür ederiz. Bu araştırma Ulusal Bilim Vakfı (DEB-1046413) tarafından finanse edilmektedir ve Boyutlar: Viral Karanlık Maddeye Işık Tutmak projesinin bir parçasıdır.

<ol><li>Wommack, K. E., Colwell, R. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Virioplankton%3A+Viruses+in+Aquatic+Ecosystems%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiology+and+Molecular+Biology+Reviews%22%5BJournal%5D)">Virioplankton: Viruses in Aquatic Ecosystems.</a> Microbiology and Molecular Biology Reviews. 64 (1), 69-114 (2000).</li>
<li>Hendrix, R. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Recoding+in+Bacteriophages%5BTitle%5D)+AND+%22Recoding%3A+Expansion+of+decoding+rules+enriches+gene+expression%22%5BJournal%5D)">Recoding in Bacteriophages.</a> Recoding: Expansion of decoding rules enriches gene expression. 24, 249-258 (2010).</li>
<li>Breitbart, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genomic+analysis+of+uncultured+marine+viral+communities%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences%22%5BJournal%5D)">Genomic analysis of uncultured marine viral communities.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences. 99 (22), 14250-14255 (2002).</li>
<li>Breitbart, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Diversity+and+population+structure+of+a+near-shore+marine-sediment+viral+community%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings.+Biological+sciences+%2F+The+Royal+Society%22%5BJournal%5D)">Diversity and population structure of a near-shore marine-sediment viral community.</a> Proceedings. Biological sciences / The Royal Society. 271 (1539), 565-574 (2004).</li>
<li>Dinsdale, E. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+metagenomic+profiling+of+nine+biomes%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Functional metagenomic profiling of nine biomes.</a> Nature. 452 (7187), 629-632 (2008).</li>
<li>Vega Thurber, R. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metagenomic+analysis+indicates+that+stressors+induce+production+of+herpes-like+viruses+in+the+coral+Porites+compressa%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Metagenomic analysis indicates that stressors induce production of herpes-like viruses in the coral Porites compressa.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 105 (47), 18413-18418 (2008).</li>
<li>Pedulla, M. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Origins+of+highly+mosaic+mycobacteriophage+genomes%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Origins of highly mosaic mycobacteriophage genomes.</a> Cell. 113 (2), 171-182 (2003).</li>
<li>Calendar, R., Abedon, S. T. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aCalendar%2C+R+%22The+bacteriophages%22">The bacteriophages</a>. , Oxford Univeresity Press. (2006).</li>
<li>Breitbart, M., Miyake, J. H., Rohwer, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Global+distribution+of+nearly+identical+phage-encoded+DNA+sequences%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+microbiology+letters%22%5BJournal%5D)">Global distribution of nearly identical phage-encoded DNA sequences.</a> FEMS microbiology letters. 236 (2), 249-256 (2004).</li>
<li>Klenk, H. -P., Palm, P., Zillig, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA-Dependent+RNA+Polymerases+as+Phylogenetic+Marker+Molecules%5BTitle%5D)+AND+%22Systematic+and+Applied+Microbiology%22%5BJournal%5D)">DNA-Dependent RNA Polymerases as Phylogenetic Marker Molecules.</a> Systematic and Applied Microbiology. 16 (4), 638-647 (1993).</li>
<li>Breitbart, M., Thompson, L., Suttle, C., Sullivan, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exploring+the+Vast+Diversity+of+Marine+Viruses%5BTitle%5D)+AND+%22Oceanography%22%5BJournal%5D)">Exploring the Vast Diversity of Marine Viruses.</a> Oceanography. 20 (2), 135-139 (2007).</li>
<li>Mann, N. H., Cook, A., Millard, A., Bailey, S., Clokie, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Marine+ecosystems%3A+bacterial+photosynthesis+genes+in+a+virus%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Marine ecosystems: bacterial photosynthesis genes in a virus.</a> Nature. 424 (6950), 741(2003).</li>
<li>Mann, N. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+genome+of+S-PM2%2C+a+%E2%80%9Cphotosynthetic%E2%80%9D+T4-type+bacteriophage+that+infects+marine+Synechococcus+strains%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+bacteriology%22%5BJournal%5D)">The genome of S-PM2, a “photosynthetic” T4-type bacteriophage that infects marine Synechococcus strains.</a> Journal of bacteriology. 187 (9), 3188-3200 (2005).</li>
<li>Lindell, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transfer+of+photosynthesis+genes+to+and+from+Prochlorococcus+viruses%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Transfer of photosynthesis genes to and from Prochlorococcus viruses.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 101 (30), 11013-11018 (2004).</li>
<li>Millard, A., Clokie, M. R. J., Shub, D. A., Mann, N. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genetic+organization+of+the+psbAD+region+in+phages+infecting+marine+Synechococcus+strains%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Genetic organization of the psbAD region in phages infecting marine Synechococcus strains.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 101 (30), 11007-11012 (2004).</li>
<li>Sullivan, M. B., Coleman, M. L., Weigele, P., Rohwer, F., Chisholm, S. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Three+Prochlorococcus+cyanophage+genomes%3A+signature+features+and+ecological+interpretations%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+biology%22%5BJournal%5D)">Three Prochlorococcus cyanophage genomes: signature features and ecological interpretations.</a> PLoS biology. 3 (5), e144(2005).</li>
<li>Rohwer, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+complete+genomic+sequence+of+the+marine+phage+Roseophage+SIOI+shares+homology+with+nonmarine+phages%5BTitle%5D)+AND+%22Limnology+and+Oceanography%22%5BJournal%5D)">The complete genomic sequence of the marine phage Roseophage SIOI shares homology with nonmarine phages.</a> Limnology and Oceanography. 45 (2), 408-418 (2000).</li>
<li>Miller, E. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Complete+genome+sequence+of+the+broad-host-range+vibriophage+KVP40%3A+comparative+genomics+of+a+T4-related+bacteriophage%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+bacteriology%22%5BJournal%5D)">Complete genome sequence of the broad-host-range vibriophage KVP40: comparative genomics of a T4-related bacteriophage.</a> Journal of bacteriology. 185 (17), 5220-5233 (2003).</li>
<li>Thompson, L. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phage+auxiliary+metabolic+genes+and+the+redirection+of+cyanobacterial+host+carbon+metabolism%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Phage auxiliary metabolic genes and the redirection of cyanobacterial host carbon metabolism.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 108 (39), E757-E764 (2011).</li>
<li>Paterson, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antagonistic+coevolution+accelerates+molecular+evolution%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Antagonistic coevolution accelerates molecular evolution.</a> Nature. 464 (7286), 275-278 (2010).</li>
<li>Seguritan, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Artificial+neural+networks+trained+to+detect+viral+and+phage+structural+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+computational+biology%22%5BJournal%5D)">Artificial neural networks trained to detect viral and phage structural proteins.</a> PLoS computational biology. 8 (8), e1002657(2012).</li>
<li>Neidhardt, F. C., Bloch, P. L., Smith, D. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Culture+Medium+for+Enterobacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Bacteriology%22%5BJournal%5D)">Culture Medium for Enterobacteria.</a> Journal of Bacteriology. 119 (3), 736-747 (1974).</li>
<li>Khlebnikov, A., Datsenko, K. A., Skaug, T., Wanner, B. L., Keasling, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Homogeneous+expression+of+the+P%28BAD%29+promoter+in+Escherichia+coli+by+constitutive+expression+of+the+low-affinity+high-capacity+AraE+transporter%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiology+%28Reading%2C+England%29%22%5BJournal%5D)">Homogeneous expression of the P(BAD) promoter in Escherichia coli by constitutive expression of the low-affinity high-capacity AraE transporter.</a> Microbiology (Reading, England). 147 (Pt 2), 3241-3247 (2001).</li>
<li>Cuevas, D. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Elucidating+genomic+gaps+using+phenotypic+profiles%5BTitle%5D)+AND+%22F1000Research%22%5BJournal%5D)">Elucidating genomic gaps using phenotypic profiles.</a> F1000Research. , (2014).</li>
<li>Zwietering, M. H., Jongenburger, I., Rombouts, F. M., van’t Riet, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Modeling+of+the+bacterial+growth+curve%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+environmental+microbiology%22%5BJournal%5D)">Modeling of the bacterial growth curve.</a> Applied and environmental microbiology. 56 (6), 1875-1881 (1990).</li>
<li>Venables, W. N., Smith, D. M. An introduction to R. , Available from: 
 <a target="_blank" href="http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-intro.pdf">http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-intro.pdf</a> (2014).</li>
<li>Schmieder, R., Lim, Y. W., Rohwer, F., Edwards, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TagCleaner%3A+Identification+and+removal+of+tag+sequences+from+genomic+and+metagenomic+datasets%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+bioinformatics%22%5BJournal%5D)">TagCleaner: Identification and removal of tag sequences from genomic and metagenomic datasets.</a> BMC bioinformatics. 11, 341(2010).</li>
<li>Schmieder, R., Edwards, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quality+control+and+preprocessing+of+metagenomic+datasets%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics+%28Oxford%2C+England%29%22%5BJournal%5D)">Quality control and preprocessing of metagenomic datasets.</a> Bioinformatics (Oxford, England). 27 (6), 863-864 (2011).</li>
<li>Schmieder, R., Edwards, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fast+identification+and+removal+of+sequence+contamination+from+genomic+and+metagenomic+datasets%5BTitle%5D)+AND+%22PloS+One%22%5BJournal%5D)">Fast identification and removal of sequence contamination from genomic and metagenomic datasets.</a> PloS One. 6 (3), e17288(2011).</li>
<li>Welch, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Design+parameters+to+control+synthetic+gene+expression+in+Escherichia+coli%5BTitle%5D)+AND+%22PloS+One%22%5BJournal%5D)">Design parameters to control synthetic gene expression in Escherichia coli.</a> PloS One. 4 (9), e7002(2009).</li>
<li>Fiehn, O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quality+control+for+plant+metabolomics%3A+reporting+MSI-compliant+studies%5BTitle%5D)+AND+%22The+Plant+journal%3A+for+cell+and+molecular+biology%22%5BJournal%5D)">Quality control for plant metabolomics: reporting MSI-compliant studies.</a> The Plant journal: for cell and molecular biology. 53 (4), 691-704 (2008).</li>
<li>Zeng, Q., Chisholm, S. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Marine+viruses+exploit+their+host%E2%80%99s+two-component+regulatory+system+in+response+to+resource+limitation%5BTitle%5D)+AND+%22Current+biology%3A+CB%22%5BJournal%5D)">Marine viruses exploit their host’s two-component regulatory system in response to resource limitation.</a> Current biology: CB. 22 (2), 124-128 (2012).</li>
<li>Shindy, W. W., Smith, O. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+plant+hormones+from+cotton+ovules%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+physiology%22%5BJournal%5D)">Identification of plant hormones from cotton ovules.</a> Plant physiology. 55 (3), 550-554 (1975).</li>
<li>Lee, H. I., Leon, J., Raskin, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biosynthesis+and+metabolism+of+salicylic+acid%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Biosynthesis and metabolism of salicylic acid.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 92 (10), 4076-4079 (1995).</li>
<li>Chappell, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Biochemistry+and+Molecular+Biology+of+Isoprenoid+Metabolism%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Physiology%22%5BJournal%5D)">The Biochemistry and Molecular Biology of Isoprenoid Metabolism.</a> Plant Physiology. 107 (1), 1-6 (1995).</li>
<li>Kitagawa, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Complete+set+of+ORF+clones+of+Escherichia+coli+ASKA+library+%28a+complete+set+of+E.+coli+K-12+ORF+archive%29%3A+unique+resources+for+biological+research%5BTitle%5D)+AND+%22DNA+research%3A+an+international+journal+for+rapid+publication+of+reports+on+genes+and+genomes%22%5BJournal%5D)">Complete set of ORF clones of Escherichia coli ASKA library (a complete set of E. coli K-12 ORF archive): unique resources for biological research.</a> DNA research: an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes. 12 (5), 291-299 (2005).</li>
<li>Baran, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metabolic+footprinting+of+mutant+libraries+to+map+metabolite+utilization+to+genotype%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+chemical+biology%22%5BJournal%5D)">Metabolic footprinting of mutant libraries to map metabolite utilization to genotype.</a> ACS chemical biology. 8 (1), 189-199 (2013).</li>
</ol>

Yazarların açıklayacak hiçbir şeyi yoktur.

Burada, biz varsayılan faj genlerinin fonksiyonel karakterizasyonu için Phenomic yaklaşımlar sunuyoruz. Izleme teknikleri ana anabolik metabolizmasının sahip gelişmiş bir tahlil içerir, Çok-fenotip tahlil plakaları (MAP), katabolik metabolizmanın efekt ölçebilen metabolitler kurulan yöntemi, ilave olarak. Biz yüksek verimli işleme ve analiz 24 için izin bu teknolojilerden kaynaklanan büyük veri kümelerini yönetmek için ek araçlar sağladı. Son olarak, açıklamalı bir faj kapsid proteini, faj tiyoredoksin, iki farazi metabolik faj genlerinin ve ortalama deneysel yanıt karşılaştırılması yoluyla biz fenotipik eğilimler ve aykırı değerlerin belirlenmesi belirlenmesi üzerinde durularak, veri setleri ve gen sınıfları hem yorumlamak için çeşitli stratejiler öneriyorum. Belirtildiği gibi, her iki yaklaşım kantitatif ev sahibi metabolizması sadece yarısını ölçün. Herhangi bir göreli fonksiyonu yorumlamaksoruşturması kapsamında yeni proteinler, her iki yöntemle elde edilen veriler fonksiyonu kanıt sunmaları gerekmektedir. Bu mevcut yazının bir odak olmasa da, her Phenomic yönteminden veri çıkışları gibi rasgele orman ve temel bileşen analizi gibi kümeleme teknikleri odaklanmak kombinatoriyel analizlerle alınır. Ayrıca, kombine analiz kaynaklanan hipotezler sonra geleneksel genetik metodolojiler tarafından onaylanmalıdır. Son olarak, yöntemler ağır bakteriyel fizyoloji etkilenir ve bu nedenle aynı standartları izler sundu. Her iki yöntem yapılırken, düşünceler ile denediği bağımsız, klonal gruplar sağlamak için yapılması gereken; kirlenme önlenir; tek bir değişken test ediliyor; ve uygun kontroller aynı anda koştu ediliyor. Bu noktalar hesaba takdirde herhangi bir fizyolojik deneyinde benzer sonuçlar açık, neden olur. Çoklu fenotipik tahlil plakaları(MAP) MAP&#39;ler geliştirilmesi büyük bir geçiş miktarının ve mevcut teknolojilerde (Şekil 5A ve Tablo 1,2) göre adapte deneyi sağlar. Tahlil tüm mikrobiyoloji laboratuarları mevcut malzemeleri, teçhizat, ve temel teknikleri kullanır. sonraki veri işleme ve analiz için bir hesaplama boru hattının eklenmesi, PMAnalyzer 24, hızlı veri yorumlama sağlar. Buna ek olarak, yaklaşım, hem deneysel ve analitik açıdan kolayca ayarlanabilir ya da özel amaçlar için ayarlanmış. Veri büyük bir kısmı bölümünde 4 özetlenen filtreleme geçmek başarısız olursa, örneğin, bir el sorunları tanımlamak için büyüme eğrileri aracılığıyla elemek yapabilirsiniz. Sorun sıkı filtre parametreleri nedeniyle ortaya çıkarsa, senaryoya ayarlamalar yapılabilir. Alternatif olarak, sorunları deneysel işlemle ilişkili ise (yani, uzun süreli yoğuşma, uygunsuz bakteriyel cel transferils, vs.) sonra ek çoğaltır kolayca tekrar edilebilir. Cuevas et al., 24 de açıklandığı gibi, PMAnalyzer tutarlı bir otomatik boru hattı olarak ayrıştırma ve analiz komut yürüten bir sarıcı komut dosyası olarak yazılmış tek bir bash programıdır. Tüm komut üçlü verileri arasında her zaman noktası için medyan değerini alarak 25 ° C&#39;de Git deposundan serbestçe erişilebilir ve daha sonra gecikme süresini elde etmek için lojistik eğri, maksimum büyüme oranı, asimptotunu ve yeni bir terim, Büyüme Seviye parameterizes. medyan değeri büyük aykırı etkisini azaltmak için Çalışmamızda ortalama üzerinde seçildi, ancak komut dosyası kolayca çoğaltmak verilerin ortalamasını hesaplamak için adapte edilebilir. Azaltılmış varyasyon verileri çoğaltmak (Şekil 2A) boyunca görülen (SE) nedeniyle bir lojistik eğrisi için PMAnalyzer medyan kullanımını sürdürmüştür. Buna ek olarak, bu çalışmada büyüme için kesilir (GL ≥ 0.4) dete olduveri Büyüme Düzeyi ve maksimum büyüme oranı karşısında nasıl ayırdığını karşılaştırarak rmined (Şekil 1A, B). Bu yeniden tanımlanmasını gerektiren bu terim değişebilir kullanılan alet ve model sistemine bağlı olarak değer kesti. Bizim tahlil önemli bir avantajı biz Büyüme Düzeyi (GL) olarak tanımlayan genel mikrobiyal büyümeyi, karakterize tek bir parametre kullanarak fenotipleri karşılaştırmak için yeteneğidir. GL harmonik ortalama olduğunu ve bu nedenle verilerin büyük aykırı etkilerini azaltır. kaymıştır lojistik takılan değerlere sahip bir harmonik ortalama kullanımının büyüme özet deneme yanılma yoluyla geldi edildi sağlamak. Diğer yöntemler büyüme dahil ayırt çalıştı: Bu geçen süre, belirli eğri parametreleri (yarım μ max μ max ve taşıma kapasitesi), tayini (R2) katsayısına ve belirli eğrisi parametreleri ile çarpılır R2 kombinasyonlarını ulaşmak için. Kaydırılmış bir harmonik ortalama kullanmaGL lojistik-fit değerleri böylece seçim yöntemi oldu büyümeyi değerlendirirken en büyük aralığı sağladı. Unutulmaması gereken bir husus dinamik büyüme eğrisi desenleri tek bir parametre veya bir monte modeli kullanırken kaybolmuş potansiyeline sahip olmasıdır. Örneğin, lojistik eğri ve GL bireysel eğri parametreleri bifazik büyümeyi temsil aciz. Tek bir karbon ortamda, bir büyüme bu etki, alt-tabaka, alt-tabaka kullanım veya vardiya her iki dönüşüm, viral protein arabuluculuk eder. Birden fazla büyüme parametreleri dikkate değilken potansiyel kayıp Ek etkileri şunlardır: uzun süreli gecikme süresi, viral makine veya ürün artan yükü öneren; Hızla enerji üretim yolları barındırmak için birleştiğinde viral proteinleri düşündüren, üstel fazı hızlandırılması; ana besin alımı ve anabolizma viral desteğe ima biyokütle oluşumu ya da daha yüksek seviyelerinin, (veriler gösterilmemiştir). Böylece, (doğmakta olan büyüme eğrilerini komplo <stGL klon genel başarısını temsil eden bir tek sayısal numara sağlayarak, dikkate lojistik modelin başlıca değişkenleri alır oysa rong&gt; Şekil 2A, B) zamanla eğilimleri ile ilgili bilgi sağlar. MAP&#39;ler yapısal ve metabolik genler tarafından katkıda farklı tepkiler göz önüne alındığında, söz konusu farklı alt tabaka sınıfları protein fonksiyonu için en büyük kanıt olduğu görülmektedir. Örneğin, metabolik proteinler genellikle merkezi metabolizma 16,32 barındırmak için spesifik olan sınırlayıcı besin, edinimi ile ilişkilidir. Ön MAP deneyleri merkezi metabolizma karbon kaynakları (Şekil 2A) üzerinde büyüdüğü zaman varsayılan metabolik faj genleri barındıran klonlar artmış bir lag fazı olduğunu ortaya koymaktadır. Tersine, konakçı enerji ve dNTP havuzları büyük boyutlara gerektiren olası yapısal genleri taşıyan klonlar, yüzde ilişkin büyüme üzerinde yanlış pozitif tepki nedenral ve amino asit metabolizması, karbon yüzeyler. (Gösterilmemiş olan Şekil 2A ve veri) mikroskopi ile gözlemlenen Bu durum, ana ipliklenmenin ve / veya inklüzyon cisimcikleri ile sonuçlanan çözünmeyen proteinlerin birikmesi muhtemeldir. Daha fazla analiz, bu ön sonuçlarını doğrulamak için gerekli iken, MAP belirli faj gen sınıflarının fonksiyonlarını hipotez için ilişkili fenotipik yanıtları almak yeteneğine sahiptir. Bilinmeyen viral proteinlerin aydınlatılması ek olarak, MAP bireysel bakterinin fonksiyonel ve metabolik çeşitlilik ya da bakteri topluluğu araştırmak için yeni bir kaynaktır. MAP bileşenleri bakterilerin bir dizi büyümeyi desteklemek kolay değiştirilmesi için tasarlanmıştır; deniz, Okzotrofik ve anaerobik mikroplar da dahil olmak üzere. Farklı bakteriyel cinsi MAP&#39;ler üzerinde desteklenebilir daha önce tanımlandığı bazal ön büyüme ortamı ilave veya ayarlanmış kimyasal türleri gerektiren bu çabalar kolaylaştırmak.MAP&#39;ler bu kullanım bir not gibi tripton, maya özütü ve pepton olarak katkı maddelerinin kullanımını yasaklayan, belirlenen medyayı muhafaza etmektir. Metabolomik metabolitler alan kütle spektrometresi ile tespit izole edilen metabolitler dahil metabolit veri tabanları, bağlıdır. Burada seçilen çekirdek tesisi büyük metabolomiks veritabanlarından birine sahiptir. Diğerleri daha önce bizim ana kaydedilmiştir asla ederken İlginçtir, bizim denemelerle ortaya çıkan metabolitlerin yarıdan fazlası (~% 65) tanımlanamayan idi, Escherichia coli (örnekler şunlardır: İndol 3 asetik asit 33, salisilik asit 34, ve dihidroreçine asit 35). Bu durum bitki metabolitleri veya soruşturma altında belirli proteinlerin doğru veritabanının güçlü bir önyargı ya isnat edilebilir. Ne olursa olsun, sonuç, veri sunumunun ve analiz için bilinen metabolitlerin sınırlı bir sayıdır. FuTure, çeşitli veri tabanları kullanılarak birden metabolomik yöntemleri daha metaboliti kapsama sağlayacak. Halen, hem bilinen hem de karşılaştırma ve bizim yeni viral proteinleri zıt yaparken bilinmeyen metabolitleri kullanılır. Bu yaklaşımı kullanarak, işlevsel olarak benzer proteinleri barındıran klonlar, eksiksiz metabolomic profilinde artan benzerliği paylaşacak varsayımında. Ön metabolomik analiz yapısal ve metabolik genler açıkça birbirinden ayrı yok ederken (Şekil 6) korelasyon yapmak aşırı eksprese zaman, bu genlerin konak üzerinde benzer etkiler gösteren ortaya koydu. Örneğin, yakından varsayılan metabolik genlerle açıklamalı kapsid gen kümeleri Bu çalışmada, EDT2440 ve EDT2441 vurgulanan. Bir kamuya açık transmembran topoloji ve sinyal peptid belirleyicisi programı kullanarak araştırmalar hem farazi metabolik genler tek bir transmembran liman kanıt gösterdi. İlginçtir 5 inci dışarı(En dendrogram kısmını sol) Birinci küme grubunda e 9 klon aynı topoloji programı kullanarak transmembran etki tahmin. Başka araştırmalar da ihtiyaç vardır, bununla birlikte, bu klonlar aşırı ekspresyonu sırasında mevcut metabolitler zar ya da yapısal yük kaynaklanan selüler gerginlik tepkisi ile ilişkili olduğu görünmektedir. Bu kanıt metabolomiks veriler gürültü artan bir miktarda sahip ise, yöntem içinde ve bir gen sınıfı arasında, her iki genin genel etkileri, farklı sinyal vurgulama yeteneğine sahip olduğunu desteklemektedir. Yöntem, gen fonksiyonu belirli bir bilgi çıkarma yeteneğine sahip olup olmadığını belirlemek için, metabolitleri özellikle metabolik yolların gruba ayrıldı. Bir klon, tek bir yola özgü metabolitleri etkiliyorsa hipotezi varlık, ardından aşırı eksprese edilen gen bu yol aktiftir. Bizim metabolomiks kalite güvence boru hattının kurulması öncesinde, ön veriler bir yere ortayad underrepresented metabolitler ilişkili oldukları yollar üzerinde küçük bilgi veren, genellikle &quot;bilinmeyen&quot; vardı (veriler gösterilmemiştir). Önceden işlenmiş metabolomiks Ancak veriler, metabolit profilleri çoğunluğu benzer ve sadece bilinmeyen ve bilinen metabolit bolluk belirli bir sayıda, örneğin putreskin ve urasil (Şekil 6) için, klonlar arasında farklılık olduğunu ortaya koymaktadır. Protein fonksiyonu çabalarının daha yüksek çözünürlük sağlamak deneysel karakterizasyonu fonksiyonel bazlı metabolitin &quot;delikleri&quot; doldurmak için kullanılabilir bilinen faj genlerinin karşı yeni faj genleri karşılaştırmak için yapılıyor. Bu tekniği kullanarak, bilinen viral genlerin tahsis işlevi bilinmemektedir genlerinin işlevi için bir referans içerir. Bununla birlikte, metabolomic analiz sınırlayıcı faktör veritabanının boyutu ve alaka olduğunu. Bu araştırmaya ilişkilendirilebilir metabolomic veritabanları geliştirilmesi gereken bu sınırlamalar, düzeltmek için; böyleE. ASKA koleksiyonuna özgü bir metabolitlerin veritabanı ve bolluk olarak E. coli klonları olan tek ORF 36 aşırı ifade edilir. Lawerence Berkeley Ulusal Laboratuvarı&#39;nda araştırmacılar modeli bakteri 37 tüm mutant kütüphaneleri özel metabolitlerin ilk kapsamlı bir veritabanı derlenmiş bu tür veritabanları ihtiyacı için kanıtlar 2013 yılında sağlandı. Bu araştırma fenotip ve genotip arasındaki açık bağlantıyı açığa belirli metabolitlerin kullanımı için gerekli olan genlerin içine yeni görmemizi sağladı. Bir araç olarak metabolomik göz önüne alındığında, bu işleme rejimi çekirdek tesisinde izlenen tanımlamak önemlidir. En deneysel prosedürlerin bir dışlayıcı kullanım araçlara ilişkin gün-gün varyans olduğunu. Bugüne kadar tüm GC-MS analizi her bir analitik çalışma dahildir iç standartların kullanımı uygular; Ancak, projeye özel iç örneklerin eklenmesi &lt;/ Em&gt; deney her gün ilave varyans kaldırır koştu. Bu hususlar normalleştirme sorunları ve önyargıları önlemek için erken ele alınmalıdır. Başka bir çözüm, aynı makine üzerinde bir çekirdek tesiste ve tek bir toplu, herhangi bir nüve imkan mevcut bir seçenek olarak tüm örneklerin işlemektir. çeşitli araçlar hem tanıttı ve yeni ekran ve işlevsel bilinmeyen faj genleri karakterize etmek anlamına gelir sağlayan bu yazının yeniden araştırdı. hesaplamalı boru hatlarının düzene kullanımı ile deneysel tekniklerin sadelik ve uyum bu yöntemlerin araştırma çabaları ve alanlarda geniş bir yelpazede için geçerlidir sağlar. Amacımız burada sunulan Phenomic yaklaşımlar eşit işlevsel tanımsız sistemlerine ek olarak yeni faj proteinlerinin daha fazla araştırma yardımcı olacaktır.

(Bakteriyofaj veya faj aka) Bakteri bulaşan virüsler bir ortamda 1,2 küresel parçacıklar gibi 10&#39;dan fazla 31 virüsü (VLP&#39;ler) de var ve diğer tüm organizmalar sayıca tahmin edilmektedir. denizel ortamlarda ile ilişkili viral toplulukları araştıran ilk çalışma metagenomic viral fraksiyon 3 içinde görülen çeşitlilik miktarının üzerinde duruldu. Buna ek olarak, Breitbart ve arkadaşları, viral Topluluğu dizilerinin üzerinde 65% kamuya açık veri tabanlarında mevcut olan bir dizi ile homoloji paylaştığı bulundu. Daha sonraki çalışmalar metagenomic benzer kanıtlar bulundu: San Diego deniz çökelleri gelen metagenomes, California% 75 bilinmeyen virüs dizileri 4 içerirler; Salton Denizi hypersaline göllerden metagenomes% 98 bilinmeyen virüs dizileri 5 içerirler; % 98 bilinmiyor viral sekanslar 6 - ve mercan ilişkili metagenomes 95 içerir. Açıklama içermeyen Bu bilgi birikimi sonuçlandı7 &quot;Biyolojik evrenin karanlık madde&quot; olduğu faj genetik materyal. Faj genomik karakterizasyonu mevcut nükleik asit ve protein veri tabanları ile karşılaştırmak yoluyla dizi benzerliği belirleme dayanır. Faj kodlanmış genetik bilgi ağırlıklı bilinmediğinden, homoloji dayalı yöntemler etkisizdir. Transkripsiyon ve replikasyon genleri, metabolik genleri ve yapısal genleri: genomları içinde, fajlar tipik olarak üç ana gen tiplerini kodlamak. transkripsiyonuna genleri (sınıf I / II genleri 8) polimerazlar, primases, endo / ekso-nükleazlar ve kinazlar bulunmaktadır. Bu genler çok transkripsiyonu ve faj genetik materyali kopyalayan, faj enfeksiyonu önemleri nedeniyle muhafaza edilir. Faj polimerazlar kolaylıkla nedeniyle küresel koruma 9 geleneksel bir dizi homolojisi yöntemler kullanılarak tespit edilir ve etkili filogenetik işaretleri 10 karşılık vermektedir gösterilmiştir.Aksine, faj metabolik ve yapısal genlerdeki (sınıf II / III genleri 8) giderek farklı ve genellikle varsayımsal genler olarak açıklamalı vardır. Faj metabolik genler konağın metabolik kapasitesini etkiler ve mutlaka viral replikasyon için gerekli değildir. Genellikle, yardımcı metabolik genlerin 11 (AMGs) olarak geçen bu genler, konakçı metabolizmasını modüle eden ve enfeksiyon ve viryon olgunlaşma başarı uygun ilerlemesini sağlar görünmektedir. AMGs sınırlayıcı besin ya da enerji üretimi yollarındaki kullanımı ve madde alımı ile ilişkilendirilmiştir. Bazı örnekler fotosistem çeşitli cyanophage 12-16 genomları bulunan genleri, genler bağlı olan ve fosfat metabolizması 17,18 ve faj dNTP biyosentezi 18,19 için pentoz fosfat yolunun kullanımı ile düzenlenir bulunmaktadır. Buna karşılık, yapısal genler enfeksiyon sırasında üretilen geç genlere orta arasındadır ve farklı faj-ho arasında farklılıkst sistemleri. yapısal proteinlerin üretimi kendi transkripsiyon, çeviri ve montaj 8 viral dNTP kullanılabilirliği ve enerji havuzları bağlıdır. kapsid ve kuyruk fiber yapısal proteinler tüm viral proteini kodlayan genlerin en farklı olarak kabul edilir ve başarılı viryonu üretimi için gereklidir. Onların sapma tipik olarak virüs konak Birlikte evrimin varlığını 20 şekillenmesinde aktif bir rol oynamak atfedilir. Geleneksel homoloji ve sekans hizalama teknikleri kullanırken Iraksak proteinler, ne olursa olsun gen sınıfı, kolayca göz ardı edilir. Sıkı dizi karşılaştırmalar ile görülen kısıtlamalar düzeltmek için bir çaba gibi yapay sinir ağları 21 olarak dernek belirlemek için dizi özelliklerini kullanma yeteneğine biyoinformatik araçları sonuçlandı. Yapay sinir ağları (YSA) yapısal ve metabolik genlerin tahmini için izin, ancak, doğrudan karakterize etmek için aşağı deneysel doğrulama gerektirenGen işlevi. Bu yazının amacı, yeni bir faj gen sentezlenmesi sırasında bir konakçı bakteri hem katabolik ve anabolik metabolizma izleme yeteneğine Phenomic protokolleri temin edilmesidir, işlevsel YSA&#39;ların yoluyla tahmin. phenomics alanı, hücresel fenotipleri ile ilişkili biyoloji, iyi bilinmeyen ya da pleiotropik fonksiyonu ile proteinlerin soruşturma yardımcı olmak için sistem biyolojisi kurulmuştur. Phenomic araçlar genotipik bilgilere fenotipik bilgi bağlamak için kullanılır. Biz onların fonksiyonu (ler) faj gen ifadesi sırasında gözlemleyerek konak fizyolojik etkileri yoluyla tespit edilebilir varsayılan faj genlerinin hipotez. Bu hipotezi araştırmak için, iki sayısal yöntemler seçildi. Metabolomik belirli ortamındaki büyüme sırasında ev sahibi metaboliti çeşitliliği ve göreceli bolluk ölçülen ise Multi-fenotip Tahlil Tabaklar (MAP) ana substrat kullanımını ve sonraki biyokütle oluşumunu izlemek için kullanıldıruhsal durumların. Varsayılan yapısal ve metabolik proteinler Escherichia coli aşırı ve her iki deneylerden temsilcisi sonuçları karşılaştırılmıştır. Sayısız görsel teknikler ve yüksek verimli işleme boru hatları deneysel çoğaltma kolaylaştırmak için sunulmuştur. Son olarak, sunulan yöntemlerinin uyarlık ve doğruluğu açıklamalı kapsid proteini ve faj metabolik protein, tiyoredoksin, artı iki varsayılan AMGs için beklenen fizyolojik etkileri bağlamında ele alınmaktadır.

<table><tbody><tr><td>0.22 ve mikro; m Sterivex</td><td>Filtre Fisher Scientific</td><td>SVGP01050</td><td>Millipore</td></tr><tr><td>0.22 & mikro; m Millex Filtreler</td><td>Fisher Scientific</td><td>SLGV033RS</td><td>Millipore</td></tr><tr><td>0.22 & mikro; m SteriCap Filtre</td><td>Fisher Scientific</td><td>SCGPS02RE</td><td>Millipore</td></tr><tr><td>0.22 & mikro; m Omnipore membran filtreler</td><td>Millipore</td><td>JHWP02500</td><td>Millipore</td></tr><tr><td>96 oyuklu mikro titre plakaları</td><td>VWR</td><td>82050-764</td><td>Standart F-Bottom 96 kuyulu Mikroplakalar</td></tr><tr><td>2 ml 96 oyuklu plaka</td><td>Fisher Scientific</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Yapışkanlı conta plakası filmi</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>Z369667</td><td></td></tr><tr><td>2 L Nalgene kare şişeler</td><td>Cole Parmer</td><td>T-06040-70</td><td></td></tr><tr><td>125 ml Nalgene kare şişeler</td><td>Cole Parmer</td><td>T-06040-50</td><td></td></tr><tr><td>1/4 inç. Panel montajlı kilit somunu, siyah naylon</td><td>Cole Parmer</td><td>EW-45509-04</td><td></td></tr><tr><td>Dişi Luer dişli stil panel montajı 200 Serisi Barb, 1/16 inç.</td><td>Cole Parmer</td><td>EW-45500-30</td><td></td></tr><tr><td>Dişi Luer iplik tarzı panel montajı, 200 serisi diken, 1/8 inç.</td><td>Cole Parmer</td><td>EW-45500-34</td><td></td></tr><tr><td>Erkek Luer entegre kilit halkası 500 serisi diken, 1/16 inç. Kimlik borusu</td><td>Cole Parmer</td><td>EW-45505-31</td><td></td></tr><tr><td>Kilit halkalı erkek Luer x dişi Luer kuplör</td><td>Cole Parmer</td><td>T-45508-80</td><td></td></tr><tr><td>Dikenli bölme bağlantı parçaları, 1/4 inç. OD</td><td>Fisher Scientific</td><td>6149-0002</td><td></td></tr><tr><td>Sanipure boru, 1/16 inç. Kimlik x 1/8 inç. OD</td><td>SaniPure</td><td>AR400002</td><td></td></tr><tr><td>Sanipure boru, 1/4 inç. OD x 1/8 inç ID</td><td>SaniPure</td><td>AR400007</td><td></td></tr><tr><td>Değişken akışlı mini pompa (peristaltik pompa)</td><td>Fisher Scientific</td><td>13-876-1</td><td></td></tr><tr><td>Manyetik karıştırıcı</td><td>Velp Scientifica</td><td>F203A0160</td><td></td></tr><tr><td>Forseps</td><td>Fisher Scientific</td><td>14-512-141</td><td>Millipore* Filtre Forseps</td></tr><tr><td>Çok plakalı spektrofotometre plaka okuyucu</td><td>Moleküler Cihazlar Analisti GT</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Filtre manifoldu</td><td>Fisher Scientific</td><td>XX10 025 02</td><td></td></tr><tr><td colspan="4">Software:</td></tr><tr><td>Python sürüm 2.7.5</td><td></td><td></td><td><a href="http://www.python.org/" target="_blank">http://www.python.org/</a></td></tr><tr><td>PyLab modülü</td><td></td><td></td><td><a href="http://wiki.scipy.org/PyLab" target="_blank">http://wiki.scipy.org/PyLab</a></td></tr><tr><td>R sürüm 3.0.1</td><td></td><td></td><td><a href="http://www.r-project.org/" target="_blank">http://www.r-project.org/</a></td></tr><tr><td>reshape2 library</td><td></td><td></td><td><a href="http://had.co.nz/reshape" target="_blank">http://had.co.nz/reshape</a></td></tr><tr><td>ggplot2 kitaplığı</td><td></td><td></td><td><a href="http://ggplot2.org/" target="_blank">http://ggplot2.org/</a></td></tr><tr><td>Gene Composer</td><td>PSI Tech Portal</td><td></td><td><a href="http://www.genecomposer.net" target="_blank">http://www.genecomposer.net</a></td></tr><tr><td colspan="4">Hizmetler:</td></tr><tr><td>Batı Kıyısı Metabolomik Merkezi</td><td>UC Davis</td><td></td><td><a href="http://metabolomics.ucdavis.edu/" target="_blank">http://metabolomics.ucdavis.edu</a</td></tr><tr><td>>DNA 2.0</td><td></td><td></td><td><a href="https://www.dna20.com" target="_blank">https://www.dna20.com</a></td></tr></tbody></table>

faj phenomics: fizyolojik yaklaşımlar roman viral proteinler karakterize etmek

Phage Phenomics: Physiological Approaches to Characterize Novel Viral Proteins

Faj konak etkileşimleri içine Güncel araştırmalar (meta) genomlar bilgiyi extrapolating bağlıdır. İlginçtir, 60 - tüm faj dizilerinin% 95 geçerli açıklamalı proteinlere hiçbir benzerliği paylaşırlar. Bunun bir sonucu olarak, faj genlerinin büyük bir kısmının varsayımsal olarak açıklamalı. Bu gerçeklik ağır hem yapısal ve yardımcı metabolik genlerin şerhi etkiler. Burada bu bilinmeyen faj genlerin birinin sentezlenmesi sırasında seçilen konakçı fizyolojik yanıt (lar) yakalamak için tasarlanmış Phenomic yöntem sunuyoruz. Metabolomik metaboliti bolluk ve çeşitlilik izleyerek iki ürün analizi sağlarken Çok fenotip Tahlil Tabaklar (MAP), ev sahibi substrat kullanımı ve sonraki biyokütle oluşumu çeşitliliğini izlemek için kullanılır. Her iki araç tek bir varsayımsal faj açık okuma çerçevesinin (ORF) ekspresyonu ile bağlantılı bir fenotipik profil sağlamak için eşzamanlı olarak kullanılır. Her iki yöntem için Örnek sonuçlar, highli karşılaştırıldığındafarazi yapısal veya metabolik faj genleri ya taşıyan bir ana fenotipik profil farklılıklarını ighting. Buna ek olarak, deneysel analizi kolaylaştırdı görselleştirme teknikleri ve yüksek verimlilik hesaplama boru hatları sunulmaktadır.

Burada, varsayılan faj genlerinin fonksiyonel karakterizasyonu için fenomik yaklaşımlar sunuyoruz. Teknikler, katabolik metabolizmaya etkileri ölçebilen yerleşik metabolomik yöntemine ek olarak, konakçı anabolik metabolizmayı izleyebilen gelişmiş bir tahlil, Çoklu Fenotip Test Plakaları (MAP'ler) içerir.

Faj Phenomics: Fizyolojik Yaklaşımlar Roman Viral Proteinler karakterize etmek

Current investigations into phage-host interactions are dependent on extrapolating knowledge from (meta)genomes. Interestingly, 60 - 95% of all phage ...

Aşağıdaki deneyin genel amacı, bilinmeyen fonksiyonlara sahip faj genlerini taramak ve karakterize etmektir. İlk olarak, ORF olarak adlandırılan olası faj viral açık okuma çerçeveleri e coli'de eksprese edilir.Faj Orff eksprese eden e coli klonları; büyüme ortamı ve çeşitli substratlar içeren çoklu fenotip analiz plaklarına veya haritalarına inoküle edilir. Bakteriyel büyüme, analiz için ikinci bir yöntem olarak spektrometri ile zaman içinde izlenir; faj geni eksprese eden e coli'ler, ya sürekli kültürde ya da seri pasaj kültürü yöntemiyle büyütülür.Ardından, ortaya çıkan büyüme metabolitleri toplanır ve gaz kromatografisi, uçuş süresi kütle spektrometrisi ile metabolomik analiz için gönderilir. Elde edilen veriler, tek bir varsayılan faji açık okuma çerçevesinin ekspresyonu ile ilişkili bir fenotipik profil sunar. Bu yöntem, başlangıçta bilinmeyen viral proteinlerin fonksiyonunu aydınlatmak için geliştirilmiştir.Bu yöntem ayrıca genotipler ve fenotipler arasındaki bağlantıyı inceleyen çalışmalara ve farklı biyomlar genelinde bakteri fajı ile konakçı arasındaki etkileşimlerin araştırılmasına da uygulanabilir. Bu prosedüre, steril 96 kuyucuklu mikrotiter plakalarını E. coli klon tanımlama numarası ve analizde test edilen substratları belirten harita şeması tipi ile etiketleyerek başlayın. Steril suyu aseptik koşullarda bir sıvı rezervuarına aktarın.Ardından, çok kanallı bir pipet kullanarak mikrotitrasyon plağının her kuyucuğuna 60 µL su aktarın. Daha sonra, üç X bazal besiyerini aseptik koşullarda bir sıvı rezervuarına aktarın. Sonrasında, çok kanallı bir pipet kullanarak mikrotitrasyon plağının her kuyucuğuna 50 µL aktarın.Aynı tekniği kullanarak, harita şemasında kullanılan her bir bazal ortamdan 50 µL pipetleyin. Ardından, her bir substrattan 30 µL uygun kuyucuğa aktarın. Son olarak, çok kanallı bir pipet kullanarak her kuyucuğa 10 µL bakteri hücresi aktarın.Pipeti kültür stoğuna tekrar daldırmadan önce uçları değiştirdiğinizden emin olun. Her plakayı yapışkanlı plaka filmi ile kapatın. Eşit ve sıkı bir sızdırmazlık sağlamak için filmi plaka kuyucuklarının üzerine ve kenarları boyunca sıkıca bastırın.Steril bir jilet kullanarak, mikrotiter plakanın kenarlarındaki fazla filmi temizleyin. Hazırlanan plakayı bir çoklu spektrofotometrenin giriş yuvasına yerleştirin. Plaka okuyucu yazılımını açın ve toplam 32 saat boyunca her 30 dakikada bir absorbansı ölçecek bir protokol oluşturun.Okumalar arasında 60 saniyelik çalkalama ile cihaz sıcaklığını 37 °C olarak ayarlayın. Harita ayarlanan sıcaklıkta dengelendiğinde, 32 saat sonra protokolü başlatın ve haritayı plak okuyucunun çıkış kılıfından çıkarın. Her veri dosyasını e coone kimlik numarası, tarih ve harita şeması tipi ile etiketleyin.Büyümeyi ve biyolojik olarak ilgili büyümeyi değerlendirmek için verileri ekteki belgede açıklandığı şekilde analiz edin. Metabolit analizinden elde edilen parametreler; hücreler, kararlı bir durumu korumak için ya sürekli ya da seri pasajlı seri kültürleme yoluyla kültüre edilebilir.Burada sürekli bir kültürü göstereceğiz. 75 mililitrelik bir sürekli kültür reaktörünün bileşenlerini ve iki litrelik bir besleme şişesini ekteki belgede açıklandığı şekilde sterilize edin. Sterilizasyonun ardından, tüm otoklav malzemelerini bir biyolojik güvenlik kabinine yerleştirin ve besiyeri soğurken ultraviyole ışığı açın. Besiyeri soğuduğunda, %0,1 L arabinoz ve 100 micrograms per milliliter ekleyin.75 mililitre 0.5 XLB besiyerine Ampisilin ekleyin ve bunu sürekli reaktöre aktarın. Sürekli kültür reaktörü kapağının ambalajını açın ve reaktöre vidalayın. Örnekleme tüpüne dokunmamaya dikkat ederek besleme şişesi kapağının ambalajını açın ve besleme şişesine vidalayın.Epsilon portuna bağlı olan 18 inçlik borunun steril kalmasını sağlayarak örnekleme tüpüne dokunmaktan kaçının. 18 inçlik borunun ve peristaltik pompa borusunun ambalajlarını açın. 18 inçlik borunun bir ucunu peristaltik pompa borusu adaptörünün bir ucuna, peristaltik pompa borusu adaptörünün diğer ucunu ise 18 inçlik boruya takın.Besleme şişesi kapağının epsilon portuna, sürekli kültür reaktörünün beta ve delta portlarına 0,22 µm filtre üniteleri takın. Alfa portunun adaptörüne bir 0,22 µm filtre ünitesi takın. Buna, biyogüvenlik kabini içerisinde 18 inçlik hortumu bağlayın.Sürekli kültür reaktörüne, beraberindeki belgede açıklandığı şekilde hazırlanan e coli gece kültürü üzerinden 100 µL inoküle edin. Reaktör ve besleme şişesi kapaklarını sıkıca kapatın ve ardından sistemi 37 °C'lik bir inkübatöre yerleştirin. Manyetik karıştırıcı ve mini peristaltik pompa ile donatılmış düzeneğe, peristaltik pompa tüp adaptörünü yerleştirin.Besleme şişesinden gelen boru pompaya girer ve reaktöre doğru uzanır. Pompayı önce hızlı konuma, ardından başlatma konumuna getirin. Besiyerinin boru boyunca akmaya başladığından emin olmak için ileri yönlü kontrol moduna geçin.Reaktörü manyetik karıştırıcı üzerine yerleştirin ve karıştırmaya başlayın. Ertesi gün örnekleme yapmadan önce, sürekli kültür reaktörünün 24 saat boyunca dengelenmesine izin verin. Sürekli kültürden örnek almak için, gama portuna beş mililitrelik bir luer lock şırınga takın ve 4,5 mililitre kültür çekin.600 nanometre dalga boyunda optik yoğunluğu ölçmek için kültürden 500 µL kullanın. Ardından, alikotun geri kalanını OD 600 değeri 0,35 olacak şekilde dört adet 1 mL'lik kültür oluşturmak ve gaz kromatografisi, uçuş süreli kütle spektrometrisi veya GC-TOF-MS analizleri için numuneleri hazırlamak amacıyla 1,7 mL'lik mikrosantrifüj tüplerine aktarmak için kullanın. Hücreleri çöktürmek için 16.900 ×g kuvvetinde iki dakika boyunca santrifüjleyin.Santrifüj sonrası üst faz döküldükten sonra, süpernatan 500 µL PBS ile yıkanır. Bu yıkama adımını ikinci kez tekrarlayın, süpernatanı son kez dökün ve ardından pelete edilmiş hücreleri içeren mikrosantrifüj tüplerini sıvı azota daldırın.Kabarcıklanma durana kadar örnekleri -80 °C dondurucuda saklayın. Tüm örnekler toplandıktan sonra, dört gün boyunca her 12 saatte bir örneklemeyi tekrarlayın. Viral açık okuma çerçevelerini elde etmek amacıyla, örnek işleme analizi ve GC-TOF-MS normalizasyonu için her klondan üç örneği kuru buz üzerinde bir metabolomik merkez tesisine gönderin.Güney Hat Adaları'ndaki Starbuck Adası ve Caroline AOL'den, mercan sınır tabakasının altından deniz suyu toplandı. 47 klon için 72 karbon spesifik koşul altında bakteriyel büyüme haritalar kullanılarak değerlendirildi. Elde edilen veriler daha sonra klonları beklenen büyüme, fonksiyon kazanımı, fonksiyon kaybı ve büyüme yokluğu fenotipleri olarak kategorize etmek için kullanıldı.Fonksiyonel olarak benzer proteinler taşıyan klonların metabolomik profillerinin benzer olduğu hipotezini test etmek amacıyla, sürekli kültürde yetiştirilen 84 klonun medyan metabolit bollukları GC TOF ms ile belirlenmiştir. Elde edilen veriler, ardından renklerle belirtilen bağıl metabolit bolluklarına göre klonları hiyerarşik olarak kümelemek için kullanılmıştır.En bol bulunan metabolitler kırmızıyla, en az bulunanlar ise koyu maviyle gösterilmiştir. Ön metabolomik analizler, yapısal ve metabolik genlerin birbirlerinden net bir şekilde ayrılmadığını, ancak konak üzerinde benzer etkiler gösteren genlerin birbiriyle korele olduğunu ortaya çıkarmıştır. Örneğin, açıklanan kapsid geni, bu çalışmada vurgulanan varsayılan metabolik genlerle yakın kümelenmektedir; EDT 24 40 ve EDT 24 41 araştırmalarında, halka açık bir transmembran topolojisi ve sinyal peptit öngörücü program kullanılarak yapılan incelemeler, her iki varsayılan metabolik genin de tek bir transmembran domen barındırdığına dair kanıtlar göstermiştir.İlginç bir şekilde, ilk küme grubundaki dokuz klonun beşinin aynı topolojiyi kullanan öngörülen transmembran bölgeleri bulunmaktadır. Tüm bu veriler birlikte değerlendirildiğinde, bu yöntemin klon metabolit profilleri, ilgili fonksiyonlara sahip potansiyel klonlar ve klon metabolit aykırı değerleri hakkında bilgi sağlayabildiği görülmektedir. Bu prosedür uygulanırken, sunulan yöntemlerin bakteriyel fizyolojiden yoğun bir şekilde etkilendiğini hatırlamak önemlidir.Kontaminasyonun önlendiğinden, uygun kontroller kullanılarak tek bir değişkenin test edildiğinden ve klonal bağımsız gruplarla deney yapıldığından emin olmak için gerekli değerlendirmelerin yapılması gerekir.

phage-phenomics-physiological-approaches-to-characterize-novel-viral

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

İmmünoloji ve Enfeksiyon

Tek Virüs Genomik (SVG) tek Virons en genom izole etmek ve yükseltmek için bir yöntemdir. Karışık malzeme grubuyla viral süspansiyonları böylece virion yakalama ve alt işleme sırasında genom kesme azaltarak, agaroz içeren ayrık kuyu ile bir mikroskop lamı üzerine akım sitometri kullanılarak sıralanır. Tüm genom amplifikasyonu sekanslama için uygun olan genomik malzeme ile sonuçlanan birden fazla yer değiştirme amplifikasyonu (MDA) kullanılarak elde edilir.

&#39;Tek Virüs Genomik&#39; kullanarak Tek viryonlar İzolasyonu ve Genom Analizi

Boş hücre transkripsiyon-çeviri platformları yeni nesil Gen devreleri yürütülmesi ile biyokimyasal sistemleri vitro oluşturmak için tasarlanmış. Bu makalede, nasıl bacteriophages MS2, ΦΧ174 ve T7, gibi bir bütün E. coli boş hücre TXTL sistemini kullanarak kendi genom sentezlenmiş açıklayın.

Bir E. coli -bulaşıcı Bacteriophages sentezi ifade sistem boş hücre tabanlı

Bu iletişim kuralı, özellikle etiket ve seçmeli olarak viral genom ilişkili proteinler karakterizasyonu için virüslü hücrelerinden viral DNA izole etmek için hedeftir.

Teşhis edilmesi için kullanılan ilişkili Viral ve hücresel proteinler Viral DNA'ın arıtma

Açıklanan protokollere izin ver inşaat, karakterizasyonu ve DNA, herhangi bir kaynaktan yapılan bir "domainome" kitaplığının (karşı seçim hedef) seçimi. Bu farklı teknolojileri bir araya getiren bir araştırma boru hattı tarafından sağlanır: faj ekran, katlama muhabir ve sonraki nesil sıralama veri analizi için bir web aracı ile.

Interactome-Seq: Domainome kitaplığı inşaat, doğrulama ve seçim fajının görüntü ve sonraki nesil sıralama için bir protokol

Bu protokol, kehanetlerin konakçıları üzerindeki etkisinin ortaya çıkmasını sağlar. Bakteri kültürleri, lizojenik durumu en iyi destekleyen ve spontan indüksiyonu sınırlayan koşullar kullanılarak senkronize edilir. RT-qPCR, kehanet kısıtlı genleri ve faj kontrolünden ayrılmamış genleri, litik replikasyon döngüsü sırasında eksprese edilenlerden kesin olarak ayırır.

Ilıman Bakteriyofajların Lizojenleri Üzerindeki Etkisini Transkriptomik Yoluyla Anlamak

Aktinomisetler ve diğer yavaş büyüyen bakteriler için uygun olan bakteriyofajların varlığında uzun süreli bakteri büyümesini ölçmek için optik yoğunluğa dayalı bir mikroplaka yöntemi tanımlanmıştır. Bu yöntem, buharlaşmayı ve kapak yoğuşmasını azaltmak için modifikasyonlar ve eğrinin altındaki alan, büyüme maksimumu ve göreceli virülans dahil olmak üzere virüs enfeksiyonu ölçümlerini hesaplamak için R kodunu içerir.

Aktinobakteriyofaj enfeksiyonunu karakterize etmek için uyarlanmış optik yoğunluk tabanlı mikroplaka testi

Bakterileri enfekte eden virüsler olan bakteriyofajlar (fajlar), bağırsak mikrobiyomunun ayrılmaz bir bileşenidir. Bu simbiyotik sakinler bakteriyel zindeliği ve popülasyon dinamiklerini yönlendirse de, bağırsak homeostazını ve hastalığını nasıl etkiledikleri hakkında çok az şey anlaşılmıştır. Bu protokol, diğer faj-bakteri çiftlerine uyarlanabilen bir fare modeli içinde izole edilmiş T4 fajlarını inceler.

Murin Bağırsağında T4 Bakteriyofaj ve E. coli Etkileşimi: İn Vivo Konak-Bakteriyofaj Dinamiğini İncelemek İçin Prototipik Bir Model

Burada, anjiyotensin dönüştürücü enzim-2'ye bağlı manyetik mikroküreler tarafından yakalanan sağlam şiddetli akut solunum sendromu koronavirüs 2 (SARS-CoV-2) viral partikülleri üzerinde iki benzersiz spike protein epitopunu aynı anda tespit etmek için çift raportörlü bir akış sitometrik sistemi kullanan yeni geliştirilmiş bir multipleks floresan immünolojik testi açıklıyoruz.

Viral Partiküller Üzerindeki Yüzey Protein Epitoplarının Multipleks Çift Raportör Stratejisi ile Profillenmesi

Burada, siyanofajları (ve konakçılarını) izole etmek için deniz ve tatlı su ekosistemlerinin öfotik bölgelerinden örnekleme yöntemlerini ve tek genotipleri zenginleştiren ve virüs-konak etkileşim dinamiklerini karakterize eden örnekleme sonrası süreçleri açıklıyoruz.

Fotosentetik Mikropların ve Virüslerinin Çevresel Örneklemesi: Tarladan Laboratuvara

İnsan papillomaviri gibi lokalize enfeksiyonlara neden olan patojenlerin T-hücresi epitoplarının karakterizasyonu, dolaşımdaki T hücresi sayısının sınırlı olması nedeniyle zorludur. Nadir T hücrelerinin, çok az sayıdaki hücreden başlanarak izole edildiği ve karakterize edildiği bir yöntem açıklanmıştır.

Human Papillomavirüs Roman T hücre epitopları Karakterizasyonu için interferon-γ Enzim bağlı immünospot Assay Kullanımı

Keşfedin faj genlerinin fenomik karakterizasyonu için MAP ve metabolomik analiz yöntemlerini. E. coli kullanarak bakteri-faj etkileşimlerini ve metabolik profilleri inceleyin.

Faj Phenomics: Fizyolojik Yaklaşımlar Roman Viral Proteinler karakterize etmek

Daha fazla video keşfet