Name: ve Otomatik Analizi C. elegans Deniz Davranışı (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2016-12-07T12:30:00.000+00:00
Duration: 8 min 47 s
Description: Öğrenin C. elegans yüzme davranışını CeleST yazılımıyla nicel olarak değerlendirme yöntemini. Bu teknik, genetik mutasyonların ve yaşlanmanın lokomotör kapasite üzerindeki etkilerini hızlıca analiz eder.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

NIH tarafından desteklenen Celest geliştirme R21AG027513 ve U01AG045864 verir. Veriler ve bazı kısa video gösterimleri Restif ark uyarlanmıştır. Creative Commons Attribution (CC BY) lisansı http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ altında yayınlandı (2014) 8. Biz el yazması yardım için Ricardo Laranjeiro teşekkür ederiz.

1. nematodu Büyüme ve Taşıma <ol><li> NGM besin kaynağı 1-3 olarak OP50-1 Escherichia coli ile benekli içeren standart Petri kapları C. elegans büyütün. </li><li> istenilen sıcaklığı koruyan bir inkübatör kültürleri tutun. C. elegans 20 ° C standart büyüme sıcaklığı olmak üzere, sıra 15 ila 25 ° C kadar büyür. NOT: Yüzme, ancak enerji kültürlerin ve slaytlar kalıplarda kirlenme ve aşırı ısınma dahil olmak üzere çevresel faktörlerden etkilenebilir yüzmek, sağlam bir fenotip olduğunu. kararlı koşulları sağlamak için güçlü çabalar yapılmalıdır. </li><li> Her bir hayvan için 4 transferini yönetmek için bir cam çubuk içinde alev sızdırmaz bir platin telden yapılmış bir ev yapımı nematod çekme kullanın. </li></ol> 2. Swim Analizi için ayarlama <ol><li> Bir stereomikroskop, dijital CCD kamera ve dijital video kayıt yazılımı oluşan entegre bir sistem kullanın. Celest yazılım can ayrı bir bilgisayarda kullanılabilir. <ol><li> Karanlık bir bezle örtün mikroskop mikroskop lamı üzerine yüzmek damla alanında parlamayı önlemek ve görüntü kalitesini artırmak için (örneğin, keçe). </li><li> Tam yüzmek alanının görüntüsü ve arka plana karşı hayvanların keskin kontrast elde etmek için baz ayna mikroskop çalışma mesafesini ve büyütme ayarlayın. hesaplamalı görselleştirme ve yüzmek analiz yazılımı ile izlemek için çok iyi çalışıyor siyah arka plan karşı beyaz yetişkinlerin organları görselleştirmek için koyu alana aydınlatma ayarlayın. </li><li> çalışma alanı, bir mikroskop lamı tutmak ve çok temiz damla yüzmek için özen gösterin. Enkaz yetişkinlerin serbest yüzme tıkayarak analizi engelleyebilir, ve lif ince iplikleri izleme sırasında hayvanların nonmoving olarak tespit edilebilir. </li></ol></li></ol> Sıvı Fiziksel Uygunluk Analizi 3. Hayvan Hazırlık <ol><li> Pipet 60 mcL obir mikroskop lamı üzerine önceden basılmış 10 mm halka içine f 1x M9 tampon. damla tamamen halka iç alanı kaplamaktadır emin olun. yazılımı multiwell plakaları kullanan varsa olduğundan daha bir slayt yer alan bu damla boyutu kullanarak daha fazla yüzme bilgileri ayıklar. </li><li> Tek yetişkin nematod almak ve sıvı bulut bakterilerin taşınmasını en aza indirerek, 1x M9 tampon damla içine aktarabilirsiniz. Önce onları yukarı kaldırarak yavaşça, çok bakteriyel çim içermez plaka bir tarafı transfer için hayvanları yerleştirerek onları tarama sağlayarak, ve bakterilerin en aza indirin. <ol><li> Damla içine nematodları aktarırken, hayvanların 25 davranışını etkileyebilir, yüzmek süreyi azaltmak için analiz istasyonuna yakın bir diseksiyon kapsamı kullanın. </li><li> genellikle şiddetle hareket ve çapraz yolları ise damla sadece 4 yetişkin yerleştirin. (Hesaplamalı analizi boşa olan) yüzücüler örtüşen en aza indirmek için rehberlik gibi, yerleştirmeyi düşününOnlar eski ve daha az canlılığı gösterdiğinizde genç, sağlıklı WT yetişkinler ve damla başına 5 hayvan gibi aktif damla başına 4 hayvan. NOT: Sağlıklı WT nematod içgüdüsel sıvı konuyor kısa bir süre sonra yüzmeye başlar. simlenirler eğer nematod çekme yardımıyla hafifçe açılan yetişkin ayırın. </li></ol></li></ol> Sıvı Fiziksel Uygunluk 4. Analizi - Yüzmenin Video Kayıt <ol><li> kendi yüzme kaydetmek için mikroskop baz yetişkinler yüklü slayt yerleştirin. Sıvı bireysel hayvanın davranışının 30 s videoları yakalama ayrıntıları (Video 1) ve Celest yazılımı 8,26 yardımıyla zaman kolayca gerçekleştirilir bu kayıtların çok sayıda örnekleme; Ancak, daha uzun süreler diğer özel davranışsal çalışmalar 25 için ideal olabilir yüzebilirsiniz. Önemlisi, büyütme farklılıkları affec yana tüm kayıtları boyunca aynı büyütme korumak için emin olunt yüzme analizi ve irade önyargı karşılaştırılması. Not: Bu adımlarda Malzeme tablosunda listelenen dijital video kayıt yazılımı kullanılarak rehber olarak sağlanır; Bu test edilmemiş olmasına rağmen VirtualDub açık erişim yazılımı, yerine olabilir. <ol><li> 696 x 520 piksel görüntü boyutu, 0.02 mm / piksel görüntü çözünürlüğü ve 18 kare / sn hızında: Başarılı yüzmek analizi için rehber olarak aşağıdaki ayarları kullanın. Bu ayarların yüksek çözünürlük sürümleri izleme kolaylaştırabilir ancak program tarafından hesaplanır önlemleri etkilemez. NOT: mikroskop lamı üzerine 1x M9 tampon 60 uL damla tarafından sağlanan yüzmek bölgesi yukarı aza indirir çok derinlik ve aşağı doğru yüzme hareketi yoktur. </li></ol></li><li> Ayarlar altında, &#39;diskte 545 kare&#39; ayarlanmış &#39;Sınır Sıra Boyutu&#39; &#39;Kayıt&#39; gidin. Aynı başlık altında, &#39;kullan Kayıt Yöneticisi&#39; kutusunu işaretleyin. &#39;Edit akım recor tıklayınding komut ... komutlar &#39;düğmesine basın ve altında&#39; &#39;girin,&#39; Dur Koşullar &#39;ve altında&#39; tut Frame &#39;seçeneğini&#39; Dur 0 sonra: 00: 30.00 &#39;. </li><li> kaydetmek için, daha sonra kırmızı &#39;Record&#39; düğmesine basın, ev başlığı altında &#39;RAM Yeni Sırası&#39; seçeneğini seçin. Yazılım dijital kamera ile 30 saniye boyunca 545 kare yakala ve RAM bellek onları tutacaktır. </li></ol> Sıvı Fiziksel Uygunluk 5. Analizi - video Tedavisi <ol><li> ev başlığı tıklayıp video kayıt yazılımı &#39;... İhracat tam dizisini seçerek görüntü karelerinden oluşan bir dizi içine video parçalara. NOT: Dijital video kayıt yazılımı Burada sunulan yüzme analiz programı tarafından okunabilir bütün bunlar .bmp, .jpg, .tif veya .png gibi kare kaydedebilirsiniz. Bu .tif Not dosyaları daha fazla depolama alanı kullanabilirsiniz, ancak .jpg gibi bazı formatlar görüntü kalitesini düşürebilir. </li><li> MATLAB b yüzmek analizi programı başlatmaky çalıştırmak butonuna tıklayarak. </li><li> yüzmek analizi programının ana ekranında, bir defada bir çerçeveleri ya da genotip, tarih, deneme ve süresi gibi ilgili etiketler takarken gruplar halinde görüntü dizileri yüklemek için düğmeler &#39;birden videos Ekle&#39; bir video ekle &#39;ya da kullanımı . Yazılım etiketli dizilerin bir veritabanı oluşturur. </li><li> 1 &#39;tıklayarak yüklenen dizileri birden hayvanların aynı anda izlemeyi etkinleştirin. Süreç videoları &#39;. Yeni ekranda, soldaki kutuda istediğiniz videoları seçmek ve &#39;listesine ekle&#39;, tıklayın. her bir video için sağ alt videonun ilk resmi görüntülemek için sağ üst listede adını tıklatın. halkasının içinde 3 puanı seçerek yüzmek bölgesini ayırmak ve &#39;yukarıda listelenen tüm videoları Süreci&#39; tıklayarak işleme başlatırlar. orta alt kısmında işleme ilerlemesini görüntüleyin. </li><li> video işleme ekran Tamamlandığında, &#39;Close&#39;. </li></ol> 6. Sıvı Fiziksel Uygunluk Analizi - Ölçme <ol><li> 2 &#39;tıklayın. Hesaplamak önlemler &#39;doğrulamak ya da tek hayvanların takibini reddetmek için, işlenmiş videoları teker teker, yüklenebilir yeni bir ekran açmak için. işlenmiş olan videolar video ismi o videoyu yüklemek için tıklanabilir soldaki listede görünecektir. </li><li> Başarılı izleme (yeşil bloklar) aksine cevapsız izleme (kırmızı blokların) alanlarına odaklanmak için bu adımı el kullanın. NOT: Yazılım (404 videoları 8&#39;den 2.020 hayvanlarda gözlendiği gibi% 94.1 geçerlilik) sağlam bir izleme sistemine sahip çünkü Alternatif olarak, bir geçerli izleme otomatik çıkış güvenebilirsiniz. <ol><li> alt yarısında ekran karşısında ilk renkli çubuğunda &#39;parçalı bedenin Geçerlilik&#39; bulun. &#39;Geçerli kare&#39; yüzdesi yeşil ve &#39;Reddedildi kare&#39; yüzdesi kırmızı olduğunu. Geçerli kare ≥80% ima olduğunu izleme iönlemler hesaplamak için kullanılan aberler 30 s 540 üzerinden en az 432 kare gelen 18 kare / sn kaydedildi deneme yüzmek. </li><li> Kolayca gezinmek ve geçerli blokları değiştirmek / &#39;Sonraki blok&#39;, &#39;Anahtar geçerliliğini&#39;, &#39;Bölünmüş blok&#39; ve &#39;İzole çerçeve&#39; seçeneklerini kullanarak çerçeveleri reddetti. 2 hayvan bir uncrowded yüzmek bölgesinde yolları kesişti nadir durumlarda, &#39;Switch&#39; düğmesi ile belirli bir çerçeve aralığında kendi kimlik numaralarını değiştirmek. </li><li> izleme ve üst üste performansları hakkında ek bilgi için, ekranın alt yarısında çubuk grafikler görüntüleyin. Parçalara gövde (kare başına hayvanın vücut uzunluğu) uzunluğu incidences örtüşen ile ilişkilidir. </li></ol></li><li> video üzerinde herhangi bir parlak noktalar analizi ile müdahale ederse, &#39;Glare zonların fonksiyonunu seçerek yüzmek bölgesinde parlak alanlar ayarlayın. </li><li> tıklayın &#39;Kaydet ve Compute önlemler&#39; geçerlilik girişi önce biriktirmekBaşka işlenmiş video yükleme. Yazılım hesaplar Bu aşamada, arka, tek tek hayvanların yüzme performansı eğrilik haritalar (kullanıcıya gösterilmemiştir) ve parametreler aşağıda belirtilen (Video 2). Not: Burada odaklanan parametreler ölçülmüştür Tablo 1 &#39;de tarif edilmiştir. Dalga başlatma hızı, vücut dalga sayısı, asimetri, streç ve kıvırma yazılım hayvanlar için hesaplar eğrilik haritalara göre hesaplanır; Hareket hızı, fırça darbesi ve Etkinlik indeksi parametreleri eğrilik haritalar dayalı değildir. </li><li> &#39;Compute tedbirler&#39; ekranından çıkmak için &#39;Kapat&#39;ı tıklayın. </li></ol> Sıvı Fiziksel Uygunluk 7. Analizi - Sonuçların Çıktı Not: Yazılım kolayca göz attığı değil çok ince için açık davranışsal özellikleri gelen kapak yüzmek hareket birden önlemler hakkında rapor edebilir (Video 3 ve 4). buradaDalga başlatma oranı, Vücut dalga sayısı, Asimetri, Streç, Curling, Sürüş hızı, Fırça inme ve Aktivite endeksi: odak genellikle iyi dinamik aralık 8 parametreleri üzerinde. <ol><li> Programın ana ekranında, 3 &#39;üzerine tıklayın. Ekran sonuçları &#39;analiz sonuçlarını elde etmek için. </li><li> Sol kutusuna kare istenen analiz dizileri seçip ya da &#39;seçilmiş numune ekle&#39; &#39;Yeni Örnek Ekle&#39; butonlara basarak yeni veya mevcut örneklem grubunun taşıyarak istatistiksel tedavi için örnek gruplar oluşturun. </li><li> Ekranın üst kısmında seçimi ile grafikleri ve 8 parametrelerin her biri için numunelerin önemli istatistikleri görüntüleyen ikinci bir ekrana geçmek için &#39;bu örneklerin göster grafikleri tıklayın. <ol><li> İstenirse, &#39;Renkler&#39;, &#39;histogramlar içinde&#39; ve seçiciler &#39;Worms #&#39; kullanarak, ekranın sol üst kısmında çubuk grafikler temsil ayarlayın. </li></ol></li><li> kullanım&#39;2B histogramlar&#39; Ekranın solundaki menüler açılır &#39;Y ekseni üzerinde Tedbir&#39; ve &#39;X eksenindeki Tedbir&#39; üzerinden herhangi iki parametre kombinasyonları çizmek için. Çıkmak ve &#39;Görüntü sonuçları&#39; ekranına dönmek için &#39;Kapat&#39;ı tıklayın. </li><li> açmak ve daha fazla bir tablo programında işlemek için .csv dosyası olarak ayrıntılı sayısal verileri kaydetmek için ekranın sol üst köşesinde &#39;Export ...&#39; düğmesini kullanın. </li><li> Ana ekrana gidin ve analiz video dizileri içeren veritabanının tasarrufu sağlamak için &#39;Quit&#39; tıklayın &#39;Close&#39; &#39;Görüntü sonuçları&#39; ekran. </li></ol>

<ol><li>Brenner, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+genetics+of+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Genetics%22%5BJournal%5D)">The genetics of Caenorhabditis elegans.</a> Genetics. 77 (1), 71-94 (1974).</li>
<li>Jove Science Education Database. Essentials of Biology 1: yeast, Drosophila and C. elegans. An Introduction to Caenorhabditis elegans. , JoVE. Cambridge, MA. Available from: 
 <a target="_blank" href="http://www.jove.com/science-education/5103/an-introduction-to-caenorhabditis-elegans">http://www.jove.com/science-education/5103/an-introduction-to-caenorhabditis-elegans</a> (2016).</li>
<li>Stiernagle, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Maintenance+of+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22WormBook%22%5BJournal%5D)">Maintenance of C. elegans.</a> WormBook. , 1-11 (2006).</li>
<li>Gallagher, T., Kim, J., Oldenbroek, M., Kerr, R., You, Y. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ASI+regulates+satiety+quiescence+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22J+Neurosci%22%5BJournal%5D)">ASI regulates satiety quiescence in C. elegans.</a> J Neurosci. 33 (23), 9716-9724 (2013).</li>
<li>Brown, A. E., Yemini, E. I., Grundy, L. J., Jucikas, T., Schafer, W. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+dictionary+of+behavioral+motifs+reveals+clusters+of+genes+affecting+Caenorhabditis+elegans+locomotion%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">A dictionary of behavioral motifs reveals clusters of genes affecting Caenorhabditis elegans locomotion.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 110 (2), 791-796 (2013).</li>
<li>Herndon, L. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stochastic+and+genetic+factors+influence+tissue-specific+decline+in+ageing+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Stochastic and genetic factors influence tissue-specific decline in ageing C. elegans.</a> Nature. 419 (6909), 808-814 (2002).</li>
<li>Restif, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CeleST%3A+computer+vision+software+for+quantitative+analysis+of+C.+elegans+swim+behavior+reveals+novel+features+of+locomotion%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Comput+Biol%22%5BJournal%5D)">CeleST: computer vision software for quantitative analysis of C. elegans swim behavior reveals novel features of locomotion.</a> PLoS Comput Biol. 10 (7), e1003702(2014).</li>
<li>Ibanez-Ventoso, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Modulated+microRNA+expression+during+adult+lifespan+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Aging+Cell%22%5BJournal%5D)">Modulated microRNA expression during adult lifespan in Caenorhabditis elegans.</a> Aging Cell. 5 (3), 235-246 (2006).</li>
<li>Hahm, J. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((C.+elegans+maximum+velocity+correlates+with+healthspan+and+is+maintained+in+worms+with+an+insulin+receptor+mutation%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">C. elegans maximum velocity correlates with healthspan and is maintained in worms with an insulin receptor mutation.</a> Nat Commun. 6, 8919(2015).</li>
<li>Hsu, A. L., Feng, Z., Hsieh, M. Y., Xu, X. Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+by+machine+vision+of+the+rate+of+motor+activity+decline+as+a+lifespan+predictor+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Neurobiol+Aging%22%5BJournal%5D)">Identification by machine vision of the rate of motor activity decline as a lifespan predictor in C. elegans.</a> Neurobiol Aging. 30 (9), 1498-1503 (2009).</li>
<li>Liu, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+aging+in+the+nervous+system+contributes+to+age-dependent+motor+activity+decline+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Metab%22%5BJournal%5D)">Functional aging in the nervous system contributes to age-dependent motor activity decline in C. elegans.</a> Cell Metab. 18 (3), 392-402 (2013).</li>
<li>Gerstbrein, B., Stamatas, G., Kollias, N., Driscoll, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vivo+spectrofluorimetry+reveals+endogenous+biomarkers+that+report+healthspan+and+dietary+restriction+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Aging+Cell%22%5BJournal%5D)">In vivo spectrofluorimetry reveals endogenous biomarkers that report healthspan and dietary restriction in Caenorhabditis elegans.</a> Aging Cell. 4 (3), 127-137 (2005).</li>
<li>Husson, S. J., Costa, W. S., Schmitt, C., Gottschalk, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Keeping+track+of+worm+trackers%5BTitle%5D)+AND+%22WormBook%22%5BJournal%5D)">Keeping track of worm trackers.</a> WormBook. , 1-17 (2012).</li>
<li>Yemini, E., Jucikas, T., Grundy, L. J., Brown, A. E., Schafer, W. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+database+of+Caenorhabditis+elegans+behavioral+phenotypes%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">A database of Caenorhabditis elegans behavioral phenotypes.</a> Nat Methods. 10 (9), 877-879 (2013).</li>
<li>Wang, S. J., Wang, Z. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Track-a-worm%2C+an+open-source+system+for+quantitative+assessment+of+C.+elegans+locomotory+and+bending+behavior%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Track-a-worm, an open-source system for quantitative assessment of C. elegans locomotory and bending behavior.</a> PLoS One. 8 (7), e69653(2013).</li>
<li>Likitlersuang, J., Stephens, G., Palanski, K., Ryu, W. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((C.+elegans+tracking+and+behavioral+measurement%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">C. elegans tracking and behavioral measurement.</a> J Vis Exp. (69), e4094(2012).</li>
<li>Tsechpenakis, G., Bianchi, L., Metaxas, D., Driscoll, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+novel+computational+approach+for+simultaneous+tracking+and+feature+extraction+of+C.+elegans+populations+in+fluid+environments%5BTitle%5D)+AND+%22IEEE+Trans+Biomed+Eng%22%5BJournal%5D)">A novel computational approach for simultaneous tracking and feature extraction of C. elegans populations in fluid environments.</a> IEEE Trans Biomed Eng. 55 (5), 1539-1549 (2008).</li>
<li>Krajacic, P., Shen, X., Purohit, P. K., Arratia, P., Lamitina, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biomechanical+profiling+of+Caenorhabditis+elegans+motility%5BTitle%5D)+AND+%22Genetics%22%5BJournal%5D)">Biomechanical profiling of Caenorhabditis elegans motility.</a> Genetics. 191 (3), 1015-1021 (2012).</li>
<li>Pierce-Shimomura, J. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genetic+analysis+of+crawling+and+swimming+locomotory+patterns+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Genetic analysis of crawling and swimming locomotory patterns in C. elegans.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 105 (52), 20982-20987 (2008).</li>
<li>Schreiber, M. A., Pierce-Shimomura, J. T., Chan, S., Parry, D., McIntire, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Manipulation+of+behavioral+decline+in+Caenorhabditis+elegans+with+the+Rag+GTPase+raga-1%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Genet%22%5BJournal%5D)">Manipulation of behavioral decline in Caenorhabditis elegans with the Rag GTPase raga-1.</a> PLoS Genet. 6 (5), e1000972(2010).</li>
<li>Fang-Yen, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biomechanical+analysis+of+gait+adaptation+in+the+nematode+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Biomechanical analysis of gait adaptation in the nematode Caenorhabditis elegans.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 107 (47), 20323-20328 (2010).</li>
<li>Buckingham, S. D., Partridge, F. A., Sattelle, D. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Automated%2C+high-throughput%2C+motility+analysis+in+Caenorhabditis+elegans+and+parasitic+nematodes%3A+Applications+in+the+search+for+new+anthelmintics%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Parasitol+Drugs+Drug+Resist%22%5BJournal%5D)">Automated, high-throughput, motility analysis in Caenorhabditis elegans and parasitic nematodes: Applications in the search for new anthelmintics.</a> Int J Parasitol Drugs Drug Resist. 4 (3), 226-232 (2014).</li>
<li>Ghosh, R., Emmons, S. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Episodic+swimming+behavior+in+the+nematode+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Biol%22%5BJournal%5D)">Episodic swimming behavior in the nematode C. elegans.</a> J Exp Biol. 211 (Pt 23), 3703-3711 (2008).</li>
<li>Restif, C., Ibanez-Ventoso, C., Driscoll, M., Metaxas, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tracking+C.+elegans+swimming+for+high-throughput+phenotyping%5BTitle%5D)+AND+%222011+IEEE+International+Symposium+on+Biomedical+Imaging%3A+From+Nano+to+Macro%22%5BJournal%5D)">Tracking C. elegans swimming for high-throughput phenotyping.</a> 2011 IEEE International Symposium on Biomedical Imaging: From Nano to Macro. , 1542-1548 (2011).</li>
<li>Friedman, D. B., Johnson, T. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+mutation+in+the+age-1+gene+in+Caenorhabditis+elegans+lengthens+life+and+reduces+hermaphrodite+fertility%5BTitle%5D)+AND+%22Genetics%22%5BJournal%5D)">A mutation in the age-1 gene in Caenorhabditis elegans lengthens life and reduces hermaphrodite fertility.</a> Genetics. 118 (1), 75-86 (1988).</li>
<li>Johnson, T. E., Tedesco, P. M., Lithgow, G. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparing+mutants%2C+selective+breeding%2C+and+transgenics+in+the+dissection+of+aging+processes+of+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Genetica%22%5BJournal%5D)">Comparing mutants, selective breeding, and transgenics in the dissection of aging processes of Caenorhabditis elegans.</a> Genetica. 91 (1-3), 65-77 (1993).</li>
<li>Morris, J. Z., Tissenbaum, H. A., Ruvkun, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+phosphatidylinositol-3-OH+kinase+family+member+regulating+longevity+and+diapause+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">A phosphatidylinositol-3-OH kinase family member regulating longevity and diapause in Caenorhabditis elegans.</a> Nature. 382 (6591), 536-539 (1996).</li>
<li>Lin, K., Dorman, J. B., Rodan, A., Kenyon, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((daf-16%3A+An+HNF-3%2Fforkhead+family+member+that+can+function+to+double+the+life-span+of+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">daf-16: An HNF-3/forkhead family member that can function to double the life-span of Caenorhabditis elegans.</a> Science. 278 (5341), 1319-1322 (1997).</li>
<li>Ogg, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Fork+head+transcription+factor+DAF-16+transduces+insulin-like+metabolic+and+longevity+signals+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">The Fork head transcription factor DAF-16 transduces insulin-like metabolic and longevity signals in C. elegans.</a> Nature. 389 (6654), 994-999 (1997).</li>
<li>Ziv, E., Hu, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genetic+variation+in+insulin%2FIGF-1+signaling+pathways+and+longevity%5BTitle%5D)+AND+%22Ageing+Res+Rev%22%5BJournal%5D)">Genetic variation in insulin/IGF-1 signaling pathways and longevity.</a> Ageing Res Rev. 10 (2), 201-204 (2011).</li>
<li>Murphy, C. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genes+that+act+downstream+of+DAF-16+to+influence+the+lifespan+of+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Genes that act downstream of DAF-16 to influence the lifespan of Caenorhabditis elegans.</a> Nature. 424 (6946), 277-283 (2003).</li>
<li>Sulston, J. E., Horvitz, H. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Post-embryonic+cell+lineages+of+the+nematode%2C+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">Post-embryonic cell lineages of the nematode, Caenorhabditis elegans.</a> Dev Biol. 56 (1), 110-156 (1977).</li>
<li>White, J. G., Southgate, E., Thomson, J. N., Brenner, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+structure+of+the+nervous+system+of+the+nematode+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Philos+Trans+R+Soc+Lond+B+Biol+Sci%22%5BJournal%5D)">The structure of the nervous system of the nematode Caenorhabditis elegans.</a> Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 314 (1165), 1-340 (1986).</li>
<li>Varshney, L. R., Chen, B. L., Paniagua, E., Hall, D. H., Chklovskii, D. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structural+properties+of+the+Caenorhabditis+elegans+neuronal+network%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Comput+Biol%22%5BJournal%5D)">Structural properties of the Caenorhabditis elegans neuronal network.</a> PLoS Comput Biol. 7 (2), e1001066(2011).</li>
<li>Jarrell, T. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+connectome+of+a+decision-making+neural+network%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">The connectome of a decision-making neural network.</a> Science. 337 (6093), 437-444 (2012).</li>
<li>Greenblum, A., Sznitman, R., Fua, P., Arratia, P. E., Sznitman, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Caenorhabditis+elegans+segmentation+using+texture-based+models+for+motility+phenotyping%5BTitle%5D)+AND+%22IEEE+Trans+Biomed+Eng%22%5BJournal%5D)">Caenorhabditis elegans segmentation using texture-based models for motility phenotyping.</a> IEEE Trans Biomed Eng. 61 (8), 2278-2289 (2014).</li>
</ol>

Yazarların açıklayacak hiçbir şeyi yoktur.

Bir model sistem olarak C. elegans kullanımı genetik dövülebilirlik, titiz detay açıklamalı deneysel tractability ve anatomi nedeniyle artmaya devam etmektedir. Örneğin, C. elegans hermafrodit nöronal yapısı ve bağlantı açıkça ölçüde belirli davranışlarını kontrol belirli nöronal devrelerin soruşturma kolaylaştırılması, 34-36 dışarı eşleştirilir. 302 nöronlar lokomosyon gibi temel davranış çıkışlara duyusal girdilerin geniş bir işleme yetişkin hermafrodit en sinir sistemini oluşturmaktadır. Daha karmaşık bir erkek sinir sisteminin yapısı da ele alınması cinsiyete özgü devreyi sağlayan, 37 tarif edilmiştir. 37 C. elegans davranışı yoğun katı ortam içeren standart kültür levhaları üzerinde incelenmiştir. WT C, agar dolu plakaları üzerinde öngörülebilir sinüzoidal dalgalar halinde hareket, sapmaları elegans yanagenel model gözü tarafından algılanabilen ve el attı edilebilir. Bu yaklaşım, ancak deneycinin kritere tabi olup emek yoğundur. Izlemek ve C. katı ortam üzerinde lokomosyon ele alınması daha sofistike biyolojik soruları izin, öznellik önyargı kaldırmak ve büyük ölçekli çalışmalar için izin elegans ölçmek için tasarlanmış donanım ve yazılım araçları. Schafer laboratuarında 16 tarafından oluşturulan son davranışsal veritabanı plakaları üzerinde hareket etmek için bir hesaplama sistemi ile elde edilmiştir analitik uzantısı ve derinlik mükemmel bir örnektir. WT C. elegans sıvı yerleştirildiğinde, hayvan hızla yüzerek başlatarak, yeni ortama hareketini uyarlar. C. yüzme tarama daha hareket daha geniş bir yelpazede kullanır ve 8 daha düzensiz olabilir elegans. Celest gibi yazılım C. detaylı analiz için boşluğu doldurmak için tasarlanmıştır sıvı içinde, Permi davranışı eleganskolayca un destekli gözle ölçülen değil, ya da daha hızlı manuel puanlama daha yapılabilir hareket ilişkili parametrelerin tting kantitatif. 8 sabit h bir birey ~, 200 videoları günde 1000 kayıtları işleme olabilir. Yazılım fiziksel uygunluk ve davranış kapsamlı bir parmak izi olarak hizmet değerlendiren parametreleri yüzme tanımlar. C. elegans sıvı davranış ve bunların altında yatan moleküler yolların karmaşık yönleriyle anlaşılmasını zenginleştirerek yanı sıra, bu yazılım farmakolojik tepkiler, yaşlanma ve farklı davranış da dahil olmak üzere biyoloji birden yönlerini keşfetmek için kullanılabilir. Bu yaş yazılım gibi uygulamanın bir örnek olarak burada sunulan, C fiziksel performans ortaya sayısal değişikliklerin genel yetişkin elegans (daha ayrıntılı bir açıklama için, Restif ve ark. 8). yaşlanma çerçevede, ölçülen parametreler ise azalmıştırDiğerleri artmış veya sürekli vahşi tip değişmedi. Eğilimler uzun ömürlü mutantlar hesaplama profili ile büyük ölçüde teyit edildi ve aynı yaştaki nüfusun zarif ve kötü ager kohortların göreli profilleri homojen çevre koşullarında tuttu. Yazılımın yüksek çözünürlüklü da kapsamlı bir şekilde, özelliği mutant (Şekil 1 &#39;de, örneğin, yaş-1 (hx546)), daha önce bilinmeyen bir ince fenotipleri ortaya çıkarabilir. tarif edilen protokolün bir kaç özellikle kritik adım vardır. deneyci son derece tesadüfi sıcaklık değişiklikleri önlemek için büyük ağrıları gitmek için teşvik böylece yüzmek çevre ve gerilme plaka kültürü arasında bir sabit sıcaklık ortamını koruyarak, yüzmek tekrarlanabilir için önemlidir. Yüzücü ortam plakaları ile aynı sıcaklıkta olmalıdır. Aynı şekilde, yüzmek için damla boyutu dikkatli özen tekrarlanabilirliği sağlamaya yardımcı olur. Son olarak, düşünmek ihtiyatlıbirikir büyük video dosyalarını boşaltma konusunda ilerlemek. video yakalama bilgisayardan ayrı bir sitedeki görüntü işleme tavsiye edilir. yüzmek analiz için burada sunulan yazılımın kullanımı bazı sınırlamalar vardır. programları aynı anda birden fazla hayvan izleyebilirsiniz rağmen beşten fazla hayvan ortaklaşa incelendiğinde ise Birincisi, hayvanlar video görüntüleri birbirlerine yüzerek olacağı artan bir şansı yoktur. Ne zaman programı açıkça bu o veri çerçeveleri censors, hangi hangi hayvan belirleyemiyor. Bu program özelliği, bireysel hayvanlar için veriler yüksek kalitede olmasını sağlar rağmen, verimi sınırlamaktadır. ilişkili sinyaller aynı zamanda görüntü analizleri etkileyebilecek gibi İkincisi, görüntüler oldukça temiz olması gerektiğini, toz, leke ve ışıklar parlama ücretsizdir. protokol Bölüm 2.1.1, büyük ölçüde dalgalanmalar komplikasyonları ortadan kaldırarak görüntü yakalama yardımcı olabilir çok düşük teknolojili yatırım belirtildiği gibi benn çevre aydınlatma ortam ışığı aşamaya ulaşmak için izin vermez bir karanlık bezle sahne alanı kapsayacak etmektir. Üçüncü olarak, program, yetişkin safhasında hayvanlar için optimize edilmiştir. Genç larvalar yüzmek çok hızlı ve program hatası artırır, küçük bedenlere sahip. Dördüncü olarak, bazı yazılım MATLAB kullanır ve sürüm yükseltmeleri ve / veya işletim sistemi yükseltmeleri olduğunda, bazı program bağlantıları bozulabilir. Şu anda, yazılım MATLAB 2015b ve Mac OS sürümü 10.10 kullanım için optimize edilmiş, ama biz yakında bu tür değişikliklere karşı daha dayanıklı bir yazılım sürümünü göndermek için bekliyoruz edilir. Son olarak, video veri dosyaları hızlı geniş olur ve tahsis edilecek depolama alanı gerektirebilir. Özetle, burada sunulan kolayca Celest analizi için yüzme C. elegans videoları oluşturmak için çok yatırım yapmadan herhangi bir laboratuvar tarafından uygulanan basit bir yöntemdir. yazılım paketinin özellikleri sayesinde izleme kapsamlı otomasyon dahilanalizi, aynı anda birden fazla hayvan izleme ve çoğu lokomosyon parametrelerinin kantitatif için matematiksel üsleri (yani eğrilik tedbirler) kullanımı. Yazılım Restif ark ayrıntılı olarak halka açık kod ve demolar ile açık kaynak vardır. 8. Program takibi için gelişmiş bilgisayar vizyonu analizi, diğer yayınlanmış izleme sistemleri özellikleri olsa da (örneğin, Greenblum ve diğ., 2014 38) Burada sunulan yazılımın parametre analizi ile uyumludur. Gelecek gelişmeler yukarıda belirtilen işletim sistemleri (aynı zamanda Malzemelerin Tabloda belirtilen) özel sürümleri için kullanımını kısıtlamak değil daha sağlam bir paket içine dönüştürme yazılımı doğru yönlendirilecektir.

genetik, epigenetik, deneyim ve çevre etkisi davranışı modern biyolojinin önemli bir sorundur nasıl tanımlanması. hesaplama izlenen ve bu hedefe doğru kritik katkılar sağlayabilir ölçülebilir Basit, genetik müsait modelleri. Nematod Caenorhabditis elegans böyle bir modeldir. Bu makalenin amacı, lokomosyon yüzme C. elegans izlenir ve biyolojik alaka ile sekiz yeni özellikleri hakkında bilgi ayıklamak için oranlamr nasıl göstermektir. 3 w ve 20 ° C 1,2 yaklaşık 4 gün bir üreme dönemi - C. elegans yaklaşık 2 nispeten kısa bir ömrü vardır. Standart laboratuvar kültürlerde, bu mikroskobik nematod bakteriyel bir besin kaynağı 3,4 ile yayılır nematodu Büyüme Medya (NGM) içeren Petri kapları yetiştirilir. WT N2 hayvanlar agar dolu plakaları üzerinde zarif sinüzoidal dalgalar aktif hareket; Onlar hareket sıçan değiştirmek(tarama) konut, (gıda arayışı) dolaşım, ya da bir yemek (inaktif tokluk sakinleştikten) kurtarma sırasında es 5. Düşüş 6 veya yaş 7-12 zamanda dramatik plakalar üzerinde hareket değiştirebilir. Healthspan&#39;in ya da yaşlanma davranışı modüle eden genler işlevsel olarak C. elegans hareket paternleri veya lokomosyon analizi ile karakterize edilebilir. Healthspan&#39;in ölçmek için bir yaklaşım olarak şiddetli fiziksel aktivite sınıfı A ve felç olma sınıfının C 7,8,13 ile, plakalar üzerinde kendi hareketin göre üç kategoriye (örneğin, A, B, ve C) içine yaşlanma yetişkin sınıflandırmak etmektir. Böyle nitel sıralama fiziksel uygunluk farklılıkları ortaya çıkarmak için yararlı olsa da, kategoriler net sınırlar olmadan geniştir ve dolayısıyla puanlama önyargı deneyci tabidir. Izci Giderek artan sayıda nesnellik, gelişmişliği yükseltilmiş, ve C analizi hassas hareketini elegansKatı ortam 14-18. Plakalar üzerindeki hareket çok hayvan ortamın katı yüzey ile temas ettiği düzleme sınırlıdır elegans. (C. elegans, birden çok düzlemde elemanların, bir katı yüzey ile temas halinde de vücudun geri kalan kafadan kaldırarak keşif neden olabilir. Bununla birlikte, bu davranış, olağan değildir.), Sıvı yerleştirilmiştir, bu nematod katı yüzeylerdeki hayvanlara kıyasla daha kapsamlı boyutlu hareketi, hız ve hareket derinliği daha geniş bir yelpazede, ve posterior farklı hareket anterior yaşla birlikte artan insidansı özellikleri bir dalgalı hareket, ya da yüzme, başlatır. fiziksel uygunluk ve yeni ortama yanıt hızlı bir analiz olarak, bir deneyci bir sıvı damlası içine tek bir hayvanı yerleştirebilir ve diseksiyon kapsamında vücut kıvıran frekansını puan. Video kayıt yüzme gücü bugünkü ve gelecekteki skorlarının kolaylaştırabilirhayvan. Ancak, manuel yaklaşım atılır olabilir özelliklerin sayısını sınırlar ve tam bir defada bir hayvan puanlama kısıtlıdır. sıvı içindeki Hareket az katı ortam üzerinde hareketin daha incelenmiştir. Nitekim, sıvı 19-24 yılında lokomosyon ölçmek için laboratuarda uygulanması sağlam ve kolay birkaç yazılım seçenekleri vardır. Yazılım Celest (C. elegans Swim Testi) Hareket 8 doğası ile doğrudan alakalı verileri (eğrilik puanları) teslim kullanımı ve matematiksel temelli önlemlerin sadeliği sunar; (Restif ve ark., 8 özellikleri ve avantajları detaylı tanımı). Dahası, hesaplama analizleri insan gözünün puan için imkansız olan fenotipik özelliklerin açıklanmasını sağlar. İşte, bu analiz yaklaşımının çözünürlüğü örneklemek veri sonraki Celest analizi açıklanmıştır için yüzmek denemeler kayıt protokolü uygulamak için kolay sunulmuş ve.

<table><tbody><tr><td><güçlü >REAKTIF< / güçlü ></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>N2</td><td>Kaenorhabdit Genetik Merkezi (CGC)</td><td></td> <td> C. elegans WT (ata).</td></tr><tr><td>OP50 Escherichia coli</td><td>Caenorhabditis Genetik Merkezi (CGC)Biyogüvenlik</td><td></td> <td>Seviyesi: BSL-1.</td></tr><tr><td>OP50-1 Escherichia Coli&nbsp;</td><td>Caenorhabdit Genetik Merkezi (CGC)</td><td></td><td>Streptomisin'e dirençli OP50 türü. Biyogüvenlik Seviyesi: BSL-1.</td></tr><tr><td>Streptomisin sülfat tuzu</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S6501</td><td></td></tr><tr><td>Baskılı Mikroskop Slaytları&nbsp;</td><td>Thermo Fisher</td><td>Scientific Altın Mühür Floresan Antikor Mikro slaytları: 3032-002</td>, <td>beyaz seramik mürekkeple sınırlandırılmış iki kazınmış 10 mm çapında daireye sahiptir</td></tr><tr><td>Nematod Büyüme Ortamı (NGM)</td><td>1 L için: 17 g Agar, 3 g NaCl, 2,5 g Pepton, 1 mL 1 M CaCl2, 1 mL 5 mg/mL Etanolde kolesterol, 25 mL 1 M KPO<alt>4</alt> tampon, 1 mL 1 M MgSO<alt>4</alt>, H<alt>2</alt>O ila 1 L. Otoklavlama ile sterilize edin.</td><td></td><td>Stiernagle, T. C. elegans'nin bakımı. WormBook, 1-11, doi:10.1895/wormbook.1.101.1 (2006)</td></tr><tr><td>M9 tamponu</td><td>1 L için: 3 g KH2PO4, 6 g Na2HPO4, 5 g NaCl, 1 mL 1 M MgSO4, H2O ila 1 L. Otoklavlama ile sterilize edin.</td><td></td><td>Stiernagle, T. C. elegans'nin bakımı. WormBook, 1-11, doi:10.1895/wormbook.1.101.1 (2006)</td></tr><tr><td>EQUIPMENT</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>CeleST</td><td>Driscoll Laboratuvarı, Rutgers Üniversitesi</td><td>C. elegans Yüzme Testi</td><td>Açık Kaynak, http://celestmod.github.io/CeleST/ ve http://celest.mbb.rutgers.edu/</td></tr> <tr><td>MATLAB'a</td> bakın <td>www.mathworks.com/downloads</td><td>MatLab sürüm 2015b (en iyi)</td><td>Burada gösterilen CeleST sürümü, Mac OS 10.10 ve MatLab 2015b ile en iyi işlevselliğe sahiptir. MATLAB 2015B, yeni bir kodlama kuralı ve sözdizimi de dahil olmak üzere MATLAB'ın grafikleri nasıl işlediğine dair değişiklikler getirdi. Bu değişiklikler, zarif bir şekilde çözülemeyen bir sorunu çözdü (öncelikle MATLAB'ın iç kısımlarının MATLAB 2015B'de uygulanan büyük grafik revizyonuna gerçekten ihtiyaç duyması nedeniyle). Bu nedenle, CeleST her zaman MATLAB 2015B veya sonraki sürümlerde çalıştırılmalıdır. Ancak, MATLAB sürüm 2015B veya sonraki sürümlere (veya MATLAB'a hiç) erişimi olmayan kullanıcılar için, bilgisayarda MATLAB'a ihtiyaç duymayan bir CeleST programı oluşturduk. Potansiyel kullanıcı tarafından bir yükleyici indirilir ve ardından çoğu programda olduğu gibi birkaç istemle kendini bilgisayara yükler. &nbsp;</td></tr><tr><td>Mac OS</td><td>www.apple.com</td><td>Sürüm 10.10</td><td>Şu anda, CeleST başlıca işletim sistemlerine (Windows, Mac ve Linux) taşınmıştır. Mevcut kod herhangi bir işletim sisteminde çalıştırılabilir ve her işletim sistemi için, kullanıcıların CeleST'i kullanmak için MATLAB'a sahip olmalarını gerektirmeyen sürümler vardır (bu sürüm büyük bir indirme gerektirir). Windows sürümü en az test edilmiştir ve bu tür hatalara en yatkın olanıdır. Linux orta derecede test edilmiştir. Ve Mac kapsamlı bir şekilde test edildi ve edilmeye devam ediyor (öncelikle laboratuvarımızdaki işletim sistemi olduğu için).</td></tr><tr><td>Stereomikroskop&nbsp;</td><td>Zeiss</td><td>Stemi 2000-C&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>İletilen Işık Tabanlı</td><td>Teşhis Cihazları</td><td>TLB 3.1</td><td></td></tr><tr><td>Dijital CCD Kamera</td><td>Qimaging</td><td>Rolera-XR Mono Fast 1394 (ROL-XR-F-M-12)</td><td></td></tr><tr><td>Dijital Video Kayıt Yazılımı</td><td>Norpix</td><td>Streampix Sürüm 3.17.2</td><td></td></tr></tbody></table>

ve otomatik analizi<em&gt; c. elegans</emcelest yazılım kullanma&gt; deniz davranışı

Automated Analysis of C. elegans Swim Behavior Using CeleST Software

davranışı düzenleyen nöronal ve nöromüsküler devreleri Kesme biyoloji önemli bir sorun olmaya devam etmektedir. Nematod Caenorhabditis elegans aslında temel fonksiyonel desen spesifik moleküler sürücüleri aydınlatan, insan beyninin connectome bina, teknolojik yaklaşımlar ilham verici, bu meydan mücadele için yardımcı paha biçilmez bir model organizmadır olduğu kanıtlanmıştır. C. elegans davranışsal çalışmalar dökme katı substratlar üzerinde gerçekleştirilmiştir. sıvı içinde, hayvanlar 3D hızları aralığında hareket yanı sıra kantitatif için yeni zorluklar tanıtmak gibi ön şekil değişikliği olmadan posterior kıvrılma gibi kısmi vücut hareketleri, dahil davranış sergilerler. Basit bir işlem aşamaları ve C. elegans yüksek çözünürlüklü analiz davranışını yüzmek sağlayan bir yazılımın kullanımı, burada sunulmuştur. Celest adlı yazılım, izleyen bir uzman bilgisayar programı kullananC. birden aynı anda hayvanlar ve sağlayan yeni önlemler sıvı (yüzme) &#39;de lokomosyon elegans. önlemler çoğunlukla eşik kesilmelerine karşı hesaplama gereksinimleri olmadan, bilgisayar vizyonu ve örüntü tanıma kullanılan matematik hayvan duruş topraklı ve dayanır. Her iki kombine küçük parti çalışmalardan elde edilen hayvanların yüzlerce genel yüzme cesaret değerlendirmek ve hatta yeni fenotipleri iyi karakterize genetik mutantlar ortaya çıkarmak için yazılım aracı kullanılabilir. Celest ile analiz için örneklerin hazırlanması bilimsel topluluk tarafından geniş adaptasyonunu sağlayarak, basit ve düşük teknoloji olduğunu. Burada açıklanan hesaplama yaklaşımının kullanılması dolayısıyla C. elegans modeli davranış ve davranış devrelerin daha iyi anlaşılması için katkıda bulunmalıdır.

Sıvı (yüzme) &#39;de lokomosyon analiz ederek, (emekleme) katı ortam üzerinde kolayca anlaşılır olmayan fenotipleri açıklığa edilebilir. Yüzme lokomosyon ölçmek için biz yüzme davranışı 8 on yeni parametreleri ölçen özel bir yazılım geliştirdi. Bu parametrelerin sekiz en yararlı Tablo 1 &#39;de ayrıntılı olarak tarif edilmiştir. Bu parametreler Dalga başlatma oranı, Vücut dalga sayısı, Asimetri, Streç, Curling, Sürüş hızı, Fırça inme ve Aktivite endeksi olarak adlandırılır. Yazılımın gücünü örnekleyen Çalışmalar, WT, mutant davranışsal ya da uzun ömürlü kökenden 8 ile yaşlanma yetişkinlerin yüzlerce fonksiyonel düşüş tanımladığınız ve iyi çalışılmış uzun ömürlü mutantlar yaş-1 (hx546) ve daƒ-16 (mgDƒ50) analiz ettik hangi normal insülin sinyal yolunu bozan mutasyonu taşıyan. Gen yaş 1 (a phosphatidylinositide 3-kinaz PIK3 kodlayanBu mutasyon hx546 barındırdığı) katalitik alt birim ve, ömür uzatma ve stres direnci 27-29 neden olur. Gen daƒ-16 ömrünü kısaltır ve 30-33 silinen zaman stres yanıtı bozan bir forkhead kutusu O (Foxo) transkripsiyon faktörü kodlayan. Dalga başlatma oranı, Seyahat hızı, Fırça inme ve Etkinlik indeksi gibi yüzme belirli parametreler giderek daha olumlu genetik geçmişleri (Şekil 1) yaşla birlikte azalmıştır. Mevcut bilgi doğrultusunda, uzun ömürlü yaş 1 (hx546) mutantlar, gelişmiş ve son derece ileri yaslarda WT daha şiddetli fiziksel performans gösterdi. Beklenen olarak da, kısa ömürlü daƒ-16 (mgDƒ50) mutantlar özellikle son derece ileri yaslarda, performans tehlikeye görüntülenen. Enteresandır ki, sadece Celest bilgisayarla görme ve matematiksel algoritma paketinin SuperIO incelemesine altındayaş 1 (hx546) mutantlar r yüzmek performansı yetişkinlik başlangıcında saptanabilir oldu. Yaş 1 (hx546) genç erişkin yaşamda gelişmiş fiziksel performans sonuçları bu mutasyon daha önce (Şekil 1) takdir şekilde normal gelişimini ve / veya genç erişkin fenotip etkilediğini düşündürmektedir gerçeği. Vücut dalga sayısı, Asimetri, Stretch ve Curling parametreleri WT yaş ve yaşlanma mutant yetişkinler (Şekil 2) ile yukarı yönlü seyir. İlginçtir, yazılım çözünürlük seviyesi germek ve aynı ölçüde bükmek için yaş-1 (hx546) yaşamlarının ve aşırı eski daƒ-16 (mgDƒ50) mutantlar yetersizlik boyunca mutantlar sürekli simetri gibi ince davranış özellikleri ortaya daha yukarı yaştaki WT ve yaş 1 (hx546) yetişkinler. Fiziksel perfo genel kaçınılmaz kaybına ek olarakyaş, her yetişkin yaşlanma sürecinde eşsiz bir ilerleme desen görüntüler nedeniyle genetik ve çevre 7 neredeyse homojen olsa bile rmance. (Genetik ve çevre kontrol ederek, bu faktörlerin olası karıştırıcı etkileri yaşa bağlı dejenerasyon stochasticity önemli katkısı açıklanması, en aza indirilir.) Benzer genetik arka plan bir senkronize C. elegans nüfus kontrollü bir ortamda tutulan hala bir karışımını içerir onların yaşlanma özelliklerine göre bireylerin farklı sınıflar. Tüm sağlıklı yetişkinler başlar rağmen diğerleri daha uzun süre (zarif agers, sınıf A) canlılığını muhafaza ederken, bazıları hızla kendi fiziksel uygunluk (kötü Agers, C sınıfı) kaybedersiniz. Kötü: agers Böylece zarif agers nazaran daha kısa bir Healthspan&#39;in var gibi görünmektedir. Gibi diğer çalışmamızda 8 ayrıntılı, zarif agers genç fiziksel fitn muhafazaess daha genç yetişkinlerin yüzme profili ile karşılaştırıldığında gözlemlediği gibi (3, 4 ve Şekiller 5). Bu sürekli spor sonrası üreme çağındaki uzun ömürlü yaş 1 (hx546) mutantlar fiziksel performans (D 11) ile karşılaştırılabilir (Şekil 1 ve 2). Aksine, kötü agers dramatik aşırı eski ve progerik daƒ-16 (mgDƒ50) yetişkinler (- 4 Şekil 1) benzer seviyelerde performans, kısa bir süre üreme sonra fiziksel kapasite çoğunu kaybetti. Bu benzerlikler brüt karşılaştırma yoluyla çizilebilir, ancak belirli imzalar yakından bakmak kolaylıkla fark edilir. Streç ve curling aşırı eski vahşi türleri ve yaşlanma mutantlar hem yaygınlığı arasında bazı korelasyon (Şekil 2) olmasına rağmen Örneğin, bu ilişki kötü agers görülmez (Şekil 4 ve 5), kıvrılmaya yüksek eğilimi göstermektedir ki yukarı amaTest örnekleri germek değil. Sunduğumuz yazılım böylece daha önce uysal değildi daha gelişmiş çalışmalar için araçlar sağlayarak fiziksel uygunluk veya lokomotor kapasite analizi boyut katar. Özetle, Celest belirli koşulların imzaları olabilir benzersiz ve ortak parametre kalıplarının belirlenmesini (sağlayan sekiz özgü genetik, epigenetik davranışsal parmak izi tanımlamak burada vurgulanan yeni önlemler ve çevre kökenden şeklinde kapsamlı okumalar sağlar bu Healthspan&#39;in çevre, farmakolojik, beslenme), biyolojik işlemler, ya da organizma belirtir. <img alt="Şekil 1" src="/files/ftp_upload/54359/54359fig1.jpg" /> Şekil 1: Dalga Başlatma Oranı (A) Aktivite İndeksi (B), Fırça Darbesi (C) ve WT, yaş-1 (hx546) için Sürüş Hızı (D) ve daƒ-16 Celest Yazılım Raporları (mgDƒ50)<html> D 4 (genç yetişkinlik), 11 (post-üreme) ve 20 (aşırı eski) hakkında Yetişkinler. y ekseni anlamı &#39;numarası&#39; &#39;#&#39;. WTS yeşil ve daƒ-16 kırmızı, gri, yaş-1 renklidir. Hata çubukları, ortalamanın (SEM), standart hatalarıdır. Aynı yaş WT ve yaşlanma mutantlar ANOVA Dunnett çoklu karşılaştırma testi ile takip tek yönlü kullanarak istatistiksel anlamlılık için karşılaştırıldı. ** P = 0.001 - &lt;0.01; *** P = 0.0001 - &lt;0.001. n = her veri 62 dört bağımsız çalışmalarda etmektedir. Burada dikkat ve Şekil 2, her 30 s Video 4 hayvanlar ile yapılır ve her deneme için biz 4 yüzme videoları 16 hayvanların toplam puanı, bu gösterilen her bir veri noktası için 4 biyolojik çoğaltır için yapılır. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54359/54359fig1large.jpg" target="_blank">Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.</a> <html> ntent &quot;fo: keep-together.within-page =&quot; 1 &quot;&gt; <img alt="şekil 2" src="/files/ftp_upload/54359/54359fig2.jpg" /> Şekil 2: Vücut Dalga sayısı (A), Asimetri (B), Stretch (C) ve WT Curling (D), yaş-1 (hx546) ve daƒ-16 D 4 (mgDƒ50) Yetişkinler Yazılım Raporları (genç yetişkinlik), 11 (post-üreme) ve 20 (aşırı eski). y ekseni anlamı &#39;numarası&#39; &#39;#&#39;. WT kırmızı, gri, yaş-1 yeşil ve daf-16 renklidir. Hata çubukları, ortalamanın (SEM), standart hatalarıdır. Aynı yaş WT ve yaşlanma mutantlar ANOVA Dunnett çoklu karşılaştırma testi ile takip tek yönlü kullanarak istatistiksel anlamlılık için karşılaştırıldı. * P = 0.01 - &lt;0.05; ** P = 0.001 - &lt;0.01; *** P = 0.0001 - &lt;0.001. n = her veri noktası 62 bağımsız dört itibaren, 30 s denemeler yüzmek.e.jpg &quot;target =&quot; _ blank &quot;&gt; bu rakamın daha büyük bir versiyonunu görmek için lütfen buraya tıklayınız. <img alt="Şekil 3," src="/files/ftp_upload/54359/54359fig3.jpg" /> Şekil 3: Dalga Başlatma Oranı (A) Aktivite İndeksi (B), Fırça Darbesi (C) ve genç WT yetişkinler için Sürüş Hızı (D) (D 4) ve aynı yaş Zarif ve Kötü Agers (D10 Yazılım Raporları ve 11). y ekseni anlamı &#39;numarası&#39; &#39;#&#39;. Genç WTS bir yeşil zarif Agers ve C sınıfı kötü agers kırmızı, gri, sınıfta renklidir. Hata çubukları, ortalamanın (SEM), standart hatalarıdır. Sınıf A zarif agers ve C sınıfı kötü agers Dunnett çoklu karşılaştırma testi ile takip tek yönlü ANOVA D 4 genç yetişkinler karşılaştırıldı. ****, P &lt;0.0001. n = bağımsız ikisinden her veri noktası 27, 30 s denemeler yüzmek. Grafik biraz Restif et al modifiye edilir. Creative altında yayınlandı (2014) 8,Commons Attribution (CC BY) lisansı http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54359/54359fig3large.jpg" target="_blank">Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.</a> <img alt="Şekil 4," src="/files/ftp_upload/54359/54359fig4.jpg" /> Şekil 4: Genç WT Yetişkinler için Vücut Dalga sayısı (A), Asimetri (B) ve Curling (C) Yazılım Raporları (D 4) ve aynı yaş zarif ve Kötü Agers (D 10 ve 11). y ekseni anlamı &#39;numarası&#39; &#39;#&#39;. Genç WTS kırmızı, gri, sınıfta yeşil ve C sınıfı kötü agers bir zarif Agers renklidir. Hata çubukları, ortalamanın (SEM), standart hatalarıdır. Sınıf A zarif agers ve C sınıfı kötü agers Dunnett çoklu karşılaştırma testi ile takip tek yönlü ANOVA D 4 genç yetişkinler karşılaştırıldı. ** P = 0.001 - &lt;0.01; ****, P &lt;0.0001; <strong&gt; n / a, toplam örnek büyüklüğünün sadece biri hayvan kıvrılmış beri sigara uygulanabilir. n = bağımsız ikisinden her veri noktası 27, 30 s denemeler yüzmek. Grafik biraz Restif et al modifiye edilir. (2014) 8, Creative Commons Attribution (CC BY) lisansı http yazıyı hangi: /creativecommons.org/licenses/by/4.0/. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54359/54359fig4large.jpg" target="_blank">Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.</a> <img alt="Şekil 5," src="/files/ftp_upload/54359/54359fig5.jpg" /> Şekil 5: Genç WT yetişkinler için Stretch Yazılım Raporu (D 4) ve aynı yaş Zarif ve Kötü Agers (D 10 ve 11). Genç WTS kırmızı, gri, sınıfta yeşil ve C sınıfı kötü agers bir zarif Agers renklidir. Hata çubukları, ortalamanın (SEM), standart hatalarıdır. A sınıfı zarif agers ve C sınıfı kötü agers D 4 y karşılaştırıldıDunnett çoklu karşılaştırma testi ile takip tek-yönlü ANOVA kullanılarak genç yetişkinler. n = her verilerde 27 iki bağımsız çalışmalarda etmektedir. Grafik biraz Restif et al modifiye edilir. (2014) 8, Creative Commons Attribution (CC BY) lisansı http yazıyı hangi: /creativecommons.org/licenses/by/4.0/. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54359/54359fig5large.jpg" target="_blank">Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.</a> <img alt="Video 1" src="/files/ftp_upload/54359/54359video1.jpg" /> Video 1: C. Temsilci grup Yüzme yetişkin elegans. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/54359/Video1.mov" target="_blank">Bu videoyu görmek için lütfen buraya tıklayınız. (Indirmek için sağ tıklatın.)</a> <img alt="Video 2" src="/files/ftp_upload/54359/54359video2.jpg" /> Video 2: Test Hayvanlar yüzün Performansları bireysel eğriliği Haritalarının Celest Yazılım Hesaplama. Eğrilik haritaları arka planda hesaplanır; onlar kullanıcı ile yazılım arayüzü görünmez. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/54359/Video2.mov" target="_blank">Bu videoyu görmek için lütfen buraya tıklayınız. (Indirmek için sağ tıklatın.)</a> <img alt="Video 3" src="/files/ftp_upload/54359/54359video3.jpg" /> Video 3: Bireysel Eğriliği Maps dayalı yüzmek Önlemleri Yazılım hesaplama. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/54359/Video3.mov" target="_blank">Bu videoyu görmek için lütfen buraya tıklayınız. (Indirmek için sağ tıklatın.)</a> <img alt="Video 4" src="/files/ftp_upload/54359/54359video4.jpg" /> Video 4: Eğrilik güvenin yok Yüzücü Tedbirlerinin Yazılım HesaplamaHaritalar. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/54359/Video4.mov" target="_blank">Bu videoyu görmek için lütfen buraya tıklayınız. (Indirmek için sağ tıklatın.)</a>

sıvı içinde nematod yüzme davranış bilgisayar tabanlı analiz için etkin ve basit bir yöntem tarif edilmektedir. Yöntem C. elegans laboratuarlar için hiçbir yatırım çok az gerektirir. kullanılan donanım standart ve davranışsal analizi (Celest) için bilgisayar yazılımı açık kaynak kodlu bir tanesidir.

ve Otomatik Analizi<em&gt; C. elegans</emCelest Yazılım Kullanma&gt; Deniz Davranışı

Dissecting the neuronal and neuromuscular circuits that regulate behavior remains a major challenge in biology. The nematode Caenorhabditis elegans has ...

Bu metodolojinin genel amacı, C.elegans yüzme davranışını "C.elegans Swim Test" (C.elegans Yüzme Testi) için CeleST adlı Bilgisayarlı Görü yazılımını kullanarak nicel olarak değerlendirmektir. Bu analiz yöntemi, genetik mutasyonların veya farmakolojik müdahalelerin C.elegans yüzme davranışı üzerindeki etkisinin belirlenmesine yardımcı olabilir. Ayrıca, yaşa bağlı lokomotor kapasite kaybını da kolayca puanlayabilir. Bu tekniğin temel avantajları, birden fazla hayvanın eş zamanlı olarak takip edilebilmesi, yüzme davranışının sekiz parametresini puanlamak için yüzme duruşunun farklı yönlerinin analiz edilebilmesi ve verilerin otomatik olarak değerlendirilmesidir.C.Elegans yüzme davranışı analizi için bir stereo mikroskop ve dijital CCD kameranın yanı sıra dijital video kayıt yazılımı ve bilgisayarlı görü yazılımı yüklü bir bilgisayar temin ederek başlayın. Dijital video kayıt yazılımında şu ayarları yapın: Mikroskop lamındaki yüzme damlası alanında parlamayı önlemek ve görüntü kalitesini artırmak için mikroskobu koyu renkli bir bezle örtün. Mikroskobun çalışma mesafesini ve büyütmesini yüzme alanının tamamı görünecek şekilde ayarlayın ve hayvanların arka plana karşı keskin bir kontrast oluşturması için alt aynayı ayarlayın.Ardından, yetişkinlerin gövdelerini siyah bir arka plan üzerinde beyaz olarak görüntülemek için aydınlatmayı karanlık alana ayarlayın. Sonra, bir mikroskop lamı üzerine önceden basılmış 10 milimetrelik bir halkanın içine 60 µL 1 x M9 tamponu pipetleyin ve damlanın halkanın iç alanını tamamen kapladığından emin olun. Sıvıyı bulandırabilecek bakterilerin taşınmasını en aza indirerek, dört yetişkin nematodu 1 x M9 tampon damlasına aktarın.Nematodların transfer edilmeden önce plakanın oturmamış bir bölgesinde kısa bir süre sürünmelerine izin vererek veya kayıt öncesinde hafif miktardaki bakteri kalıntılarını dağıtmak için yüzme kuyucuğunu hafifçe karıştırarak, kuyucuktaki bakterileri minimize edin. Ardından, yetişkin nematodların yüklü olduğu lamı, sıvı ortamdaki yüzme davranışlarını 30 saniyelik videolar halinde kaydetmek üzere mikroskobun tablasına yerleştirin. Kayıt yapmak için Home başlığı altındaki RAM kısmından New Sequence seçeneğini belirleyin ve ardından kırmızı kayıt düğmesine basın.Son olarak, kayıt işlemi tamamlandıktan sonra, videoyu bir dizi görüntü karesine ayırmak için Ana Sayfa başlığına tıklayın ve Tam Diziyi Dışa Aktar seçeneğini belirleyin. Run düğmesine tıklayarak Mat Lab üzerinden C.elegans yüzme davranışı analizi için Bilgisayarlı Görü yazılımını başlatarak işleme başlayın. Yüzme analizi programının ana ekranında, görüntü karesi dizilerini tek tek veya gruplar halinde yüklemek için "Bir video ekle" veya "Birden fazla video ekle" düğmelerini kullanın ve bu sırada genotip, tarih, deneme ve süre gibi ilgili etiketleri ekleyin.Ardından, yüklenen sekanslardaki birden fazla hayvanın eş zamanlı takibini etkinleştirmek için "Process videos" seçeneğine tıklayın. Açılan yeni ekranda, sol kutudaki istenen videoları seçin ve "Add to the list" butonuna tıklayın. Daha sonra, halkanın içinde üç nokta seçerek yüzme bölgesini belirleyin ve "Process all the videos listed above" seçeneğine tıklayarak işlemeyi başlatın. Video işleme sürecindeki ilerlemeyi ekranın alt orta kısmından izleyebilirsiniz.İşlem tamamlandıktan sonra video işleme ekranını kapatın. İşlenmiş videoların, tekil hayvanların takibini doğrulamak veya reddetmek amacıyla tek tek yüklenebileceği yeni bir ekranı açmak için "Compute measures" seçeneğine tıklayarak başlayın. Kırmızı bloklarla gösterilen takip hatalarına odaklanmak ve bunları yeşil bloklarla belirtilen başarılı takiplere kıyaslamak için bu manuel adımı kullanın.Ekranın alt yarısındaki ilk renk çubuğunda "segmented body" (segmentlere ayrılmış gövde) geçerliliğini bulun. Geçerli karelerin yüzdesinin yeşil, reddedilen karelerin yüzdesinin ise kırmızı renkte olduğunu not edin. Ardından, "next block" (sonraki blok), "Switch validity" (Geçerliliği Değiştir), "Split block" (Bloğu Böl) ve "Isolate frame" (Kareyi İzole Et) seçeneklerini kullanarak geçerli veya reddedilen kare blokları arasında gezin ve bunları düzenleyin.Sık olmayan bir durum olarak, hayvanların kalabalık olmayan bir yüzme bölgesinde yollarının kesişmesi halinde, "Switch" butonu ile belirli bir kare aralığında tanımlama numaralarını değiştirin. Sonra, başka bir işlenmiş videoyu yüklemeden önce geçerlilik girişini kaydetmek için "Save and compute measures" seçeneğine tıklayın. Ardından, Ölçümleri Hesapla ekranından çıkmak için "Close" seçeneğini belirleyin.Yazılımın, daha sonra belirtilen sekiz parametrenin yanı sıra, arka planda bireysel hayvanların yüzme performansına ait eğrilik haritalarını da hesapladığını unutmayın. Bilgisayar Görüntüleme yazılım programının Ana Ekranında, analiz çıktısını elde etmek için "Display results" seçeneğine tıklayın. Ardından, sol kutudaki analiz edilmesi istenen kare dizilerini seçip "Add to the selected sample" veya "Add to a new sample" düğmelerine tıklayarak bunları mevcut veya yeni bir örnek grubuna taşıyarak istatistiksel işlem için örnek grupları oluşturun.Ekranın üst kısmındaki seçim aracılığıyla sekiz parametrenin her biri için örneklerin grafiklerini ve temel istatistiklerini görüntüleyen ikinci bir ekrana gitmek için "Bu örnekler için grafikleri göster" seçeneğine tıklayın. Ardından, ekranın solundaki X ekseni ölçümü ve Y ekseni ölçümü açılır menüleri üzerinden herhangi iki parametrenin kombinasyonlarını çizdirmek için "2D histogramlar" seçeneğini belirleyin. Çıkmak ve "Sonuçları Görüntüle" ekranına geri dönmek için "Kapat" seçeneğine tıklayın.Ardından, ayrıntılı sayısal verileri bir hesap tablosu programında açmak ve üzerinde daha fazla işlem yapmak üzere csv dosyası olarak kaydetmek için ekranın sol üst köşesindeki dışa aktarma (export) düğmesini seçin. Son olarak, "Sonuçları Görüntüle" (Display Results) ekranından çıkıp ana ekrana dönmek için "Kapat" (Close) seçeneğini belirleyin. Analiz edilen video dizilerini içeren veri tabanının kaydedildiğinden emin olmak için "Çıkış" (Quit) seçeneğine tıklayın.Dalga başlatma hızı, aktivite indeksi, fırça darbesi ve ilerleme hızı gibi bazı yüzme parametreleri, uygun genetik arka planlarda bile yaşla birlikte kademeli olarak azalmıştır. Öte yandan, vücut dalga sayısı, asimetri, esneme ve kıvrılma parametreleri, yaban tipi ve yaşlanan mutant yetişkinlerde yaşla birlikte artış eğilimi göstermiştir. Tüm nematodlar sağlıklı yetişkinler olarak başlasa da, bazıları fiziksel kondisyonlarını hızla kaybederken, diğerleri zindeliklerini daha uzun süre korumaktadır; bu durum, kötü yaşlananların sağlıklı yaşam sürelerinin, zarif yaşlananlara göre önemli ölçüde daha kısa olduğunu göstermektedir.Yöntemye hakim olunduğunda, dört yüzen solucanın analizi birkaç dakika içinde tamamlanabilir. Hesaplama, video başına yaklaşık altı dakika sürer ve uzaktan gerçekleştirilebilir. Günde 250 hayvanın işlenmesi mümkündür.Bu videoyu izledikten sonra, yüzme denemelerinin videolarının nasıl kaydedileceği ve sıvı içindeki lokomosyon değerlendirmesini elde etmek için verilerin nasıl işleneceği konusunda iyi bir anlayışa sahip olmalısınız.

automated-analysis-of-c-elegans-swim-behavior-using-celest-software

Research

JoVE Journal

Neuroscience

Sinirbilim

Biz kayıt ve sayısal bir video-hızı izleme mikroskop sistemi...

C. elegans Takip ve Davranış Ölçme

Burada, yüzme gibi şiddetli hareketler sırasında ortaya çıkan davranışsal bir C. elegans fenotipi olan SWIP'yi ölçmek için bir test sunuyoruz. Örnek protokol hem manuel hem de otomatik analiz yaklaşımlarını tartışır.

Yüzmeye Bağlı Felç (SWIP) Testi: Dopamin Aracılı Hareketi Ölçmek İçin Bir Yöntem C. elegans

Bu videoda, bir arenada solucan hareketini kaydetmek için video ve izleme yazılımının kullanımı açıklanmaktadır. Örnek protokol, etanol maruziyetinin solucan hareketi üzerindeki etkisini ölçer.

C. elegans Hareket İzleme: Solucanlarda Hareketi Değerlendirmek İçin Bir Yöntem

Içinde isteğe bağlı hareket ikna etmek için bir yarı-otomatik mikro-elektro-akışkan...

On-talep Kantitatif Analiz için mikroakışkan tabanlı Electrotaxis<em&gt; Caenorhabditis elegans</em&gt; &#39;Locomotion

Burada sunulan tekniği özgürce tek dalga boyu maruz kullanılarak mikroskobik türler yüzme yolunu ölçer. C. elegans pahalı mikroskoplar için ucuz bir alternatif olarak gölge görüntüleme göstermek için kullanılır. Bu teknik yönü, hız, ivme ve güçlerini ölçmek için çeşitli yönelimleri, ortamları ve türler karşılamak için adapte edilebilir.

Tek Dalgaboyu Gölge Görüntüleme<em&gt; Caenorhabditis elegans</em&gt; Locomotion dahil Kuvvetleri Tahminleri

C. elegans davranış üzerindeki etanol etkilerini incelemek için yararlı bir modeldir. Bu davranış analizi, sürünen solucanların lokomesyon hızındaki etanol etkilerini nicel olarak belirler; bu analiz ile hem başlangıç hassasiyeti hem de etanol için akut fonksiyonel tolerans gelişimi ölçülebilir.

Locomotion Speed ​​Etanol Etkilerinin Ölçülmesi için bir Testi<em&gt; Caenorhabditis elegans</em

Nematodun, Caenorhabditis elegans'ın , nüfusa dayalı bir deneyde çözünür bileşikler için tercihinin otomatik analizini sağlayan bir davranış kayıt kurulumu ve protokolü sunuyoruz. Bu makale bir davranış odasının inşasını, davranışsal analiz protokolünü ve video analiz yazılımının kullanımını anlatıyor.

Nematod Popülasyona Dayalı Kemoterapi Tercihi Testinin Otomatik Analizi

Biz yüksek üretilen iş Caenorhabditis elegansbüyük popülasyonlarda fenotipik karakterizasyonu sağlayan geniş görüş alanı nematodunun izleme platformu (WF-NTP) kullanarak iletişim kurallarını açıklar. Bu protokoller mutant suşları veya yüksek ölçeklenebilir bir moda farmakolojik tedaviye yanıt ince davranış değişiklikleri tanımlamak için kullanılabilir.

Otomatik davranış analizi büyük C. elegans nüfus kullanarak bir geniş alan bakış açısı izleme platformu

Bu çalışma, C. elegans complex I hastalığı gaz-1(fc21)solucanlarında, yani ZebraLab (orta verimli bir test) ve WormScan'da (yüksek verimli bir test) iki yarı otomatik lokomotor aktivite analizi yaklaşımı için protokoller sunar ve nematod davranışını ve entegre nöromüsküler işlevi ölçmek için çok çeşitli araştırma yöntemleri arasında karşılaştırmalı analiz sağlar.

Caenorhabditis elegans Mitokondriyal Hastalık Modellerinde Hayvan Aktivitesini Ölçmek için Deneysel Yöntemlerin Karşılaştırmalı Analizi

Bu protokol, C. elegans amyotrofik lateral skleroz modellerinde hafif, orta ve şiddetli motor bozukluk arasında ayrım yapmak için iki hassas tahlil, C. elegans suşları için genel yarar ile değiştirilmiş hareketlilik ile açıklanmaktadır.

C. elegans Amyotrofik Lateral Skleroz Modellerinde Motor Bozukluğun Değerlendirilmesi

Burada, geniş alan mikroskobu görüntülerinde tek tek solucanların otomatik segmentasyonu için geliştirdiğimiz bir derin öğrenme sistemi olan SegElegans'ın daha sonra ImageJ gibi görüntü analiz yazılımlarında kullanılmak üzere etkin bir şekilde kullanılmasına ilişkin talimatlar sunuyoruz. Sistemi hem çevrimiçi hem de çevrimdışı kullanmanın yollarını sunuyoruz.

SegElegans Kullanarak C. elegans Floresan Görüntülerinin Otomatik Analizi

Öğrenin C. elegans yüzme davranışını CeleST yazılımıyla nicel olarak değerlendirme yöntemini. Bu teknik, genetik mutasyonların ve yaşlanmanın lokomotör kapasite üzerindeki etkilerini hızlıca analiz eder.

ve Otomatik Analizi

Daha fazla video keşfet