Name: Yaratma Yüksek Kalite Makine okunabilir Biyolojik Pathways için Web Aracı (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-02-08T12:30:00.000+00:00
Duration: 8 min 1 s
Description: Keşfedin PathWhiz ile biyokimyasal yol haritaları oluşturmayı; metabolik süreçleri görselleştirmek için ücretsiz çevrimiçi araç. Araştırmacılar, eğitimciler ve öğrenciler için uygun bu yöntem yaklaşık 15 dakikada detaylı yol haritaları üretir.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

Yazarlar mali destek, Sağlık Araştırması (CIHR) ve Genom Alberta, Genom Kanada &#39;nın bir bölümü Kanada Enstitüleri teşekkür etmek istiyorum.

<ol><li>Michal, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((On+representation+of+metabolic+pathways%5BTitle%5D)+AND+%22Biosystems%22%5BJournal%5D)">On representation of metabolic pathways.</a> Biosystems. 47 (1-2), 1-7 (1998).</li>
<li>Kanehisa, M., Sato, Y., Kawashima, M., Furumichi, M., Tanabe, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((KEGG+as+a+reference+resource+for+gene+and+protein+annotation%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">KEGG as a reference resource for gene and protein annotation.</a> Nucleic Acids Res. 44 (D1), D457-D462 (2016).</li>
<li>Karp, P., Riley, M., Paley, S. <a target="_blank" href="https://academic.oup.com/nar/article/30/1/59/1332792/The-MetaCyc-Database">The MetaCyc Database.</a> Nucleic Acids Res. 30 (1), 59-61 (2002).</li>
<li>Kelder, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((WikiPathways%3A+building+research+communities+on+biological+pathways%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">WikiPathways: building research communities on biological pathways.</a> Nucleic Acids Res. 40 (Database issue), D1301-D1307 (2011).</li>
<li>Croft, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Reactome+pathway+knowledgebase%29%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">The Reactome pathway knowledgebase).</a> Nucleic Acids Res. 42 (Database issue), D472-D477 (2014).</li>
<li>Karp, P. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pathway+Tools+version+13.0%3A+integrated+software+for+pathway%2Fgenome+informatics+and+systems+biology%5BTitle%5D)+AND+%22Brief+Bioinform%22%5BJournal%5D)">Pathway Tools version 13.0: integrated software for pathway/genome informatics and systems biology.</a> Brief Bioinform. 11 (1), 40-79 (2010).</li>
<li>Van Iersel, M. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Presenting+and+exploring+biological+pathways+with+PathVisio%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Presenting and exploring biological pathways with PathVisio.</a> BMC Bioinformatics. 9, 399(2008).</li>
<li>Demir, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+BioPAX+community+standard+for+pathway+data+sharing%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">The BioPAX community standard for pathway data sharing.</a> Nat. Biotechnol. 28 (9), 935-942 (2010).</li>
<li>Shannon, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cytoscape%3A+A+Software+Environment+for+Integrated+Models+of+Biomolecular+Interaction+Networks%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Cytoscape: A Software Environment for Integrated Models of Biomolecular Interaction Networks.</a> Genome Res. 13 (11), 2498-2504 (2003).</li>
<li>Salomonis, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((GenMAPP+2%3A+new+features+and+resources+for+pathway+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">GenMAPP 2: new features and resources for pathway analysis.</a> BMC Bioinformatics. 8, 217(2007).</li>
<li>Elliott, B., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18728044">PathCase: pathways database system.</a> Bioinformatics. 24 (21), 2526-2533 (2008).</li>
<li>Hu, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((VisANT+3.0%3A+new+modules+for+pathway+visualization%2C+editing%2C+prediction+and+construction%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">VisANT 3.0: new modules for pathway visualization, editing, prediction and construction.</a> Nucleic Acids Res. 35 (Web Server), W625-W632 (2007).</li>
<li>Jewison, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SMPDB+2.0%3A+Big+Improvements+to+the+Small+Molecule+Pathway+Database%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">SMPDB 2.0: Big Improvements to the Small Molecule Pathway Database.</a> Nucleic Acids Res. 42 (D1), D478-D484 (2013).</li>
<li>Pon, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pathways+with+PathWhiz%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Pathways with PathWhiz.</a> Nucleic Acids Res. 43 (W1), W552-W559 (2015).</li>
<li>Sajed, T., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25934797">ECMDB 2.0: A richer resource for understanding the biochemistry of E. coli.</a> Nucleic Acids Res. 44 (D1), D495-D501 (2015).</li>
<li>Wishart, D., Mandal, R., Stanislaus, A., Ramirez-Gaona, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cancer+Metabolomics+and+the+Human+Metabolome+Database%5BTitle%5D)+AND+%22Metabolites%22%5BJournal%5D)">Cancer Metabolomics and the Human Metabolome Database.</a> Metabolites. 6 (1), 10(2016).</li>
<li>Altschul, S. F., Gish, W., Miller, W., Myers, E. W., Lipman, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Basic+local+alignment+search+tool%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">Basic local alignment search tool.</a> J. Mol. Biol. 215 (3), 403-410 (1990).</li>
<li>Le Novere, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Systems+Biology+Graphical+Notation%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">The Systems Biology Graphical Notation.</a> Nat. Biotechnol. 27 (8), 735-741 (2009).</li>
<li>Hucka, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+systems+biology+markup+language+%28SBML%29%3A+a+medium+for+representation+and+exchange+of+biochemical+network+models%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">The systems biology markup language (SBML): a medium for representation and exchange of biochemical network models.</a> Bioinformatics. 19 (4), 524-531 (2003).</li>
</ol>

Yazarlar ifşa hiçbir şey yok.

Basit bir metabolik yol (TCA döngüsü) oluşturmak için açıklanan protokol herhangi bir türden, makine tarafından okunabilir, biyolojik olarak karmaşık yolların geniş bir çeşitlilik oluşturmak için adapte edilebilir. Ayrıca, bu protokol aynı zamanda bir çoğaltmak veya diğer kullanıcılar tarafından oluşturulan mevcut yollar yaymak açıklanır. Bu aracı kullanarak bir yol oluşturma unsurları üst üste ile bağlı her biri reaksiyonlar, etkileşimleri, taşıma süreçleri ve alt yollar tekrarlanan adım adım eklemeler gerektirir. Tüm bunlar koyarak birlikte bir hayli biyolojik detay ve kullanışlı biyolojik bağlam sağlayan renkli, görsel olarak hoş yolu diyagramlar oluşturmak için olanak sağlar. Bu protokol açıklanan adımlar nispeten basit ve bir yolu diyagramı oluşturmak için gereken süre yolunun büyüklüğüne ve karmaşıklığına bağlıdır. uygulama biraz, en bireyler 15-20 reaksiyonlar oluşan yüksek kaliteli yolu şeması işlemek veya bir işler yapabilirsinizYaklaşık 15 dakika içinde d çeşitli hücresel bileşenler. Yepyeni bir kullanıcı benzer boyut ve karmaşıklık bir yol oluşturmak için 30-40 dk kadar sürebilir. bir yol oluşturmak için gereken zaman reaksiyonlar / render gereken işlemlerin sayısı ile kabaca doğrusal olduğunu. Bu web tabanlı aracıyla yüksek kalitede yolu oluşturma kalite ve detay kaynak materyal (kitap, çevrimiçi veri tabanları, deneysel veriler, elle çizilmiş eskizler gelen yollar) ve yolu &quot;sanatçı&quot; titizlik bağlıdır. bu bölümler reaksiyon elemanları (reaktanlar / ürünler, enzimler, kenarları, resimler, yakınlaştırma kutuları, etiket oluşturma ve düzenleme tarif beri yüksek kalitede yolu şemaları, bölümler 1.11, 1.15 ve protokolün 1.20 özellikle dikkat etmelidir oluşturmak isteyenler, ve membranlar). En iyi yolu şemaları akıllıca b bulunanlar da dahil olmak üzere mümkün yolun birçok mevcut temsilleri bilgi tevhit olacakooks, posterler, kağıtlar ve çevrimiçi veri tabanları. yüksek kaliteli yolları üreten bir diğer önemli dikkatlice (bölüm protokolünün 1.11) aracılığıyla bir reaksiyon oluşturmadan önce reaksiyonların doğruluğunu kontrol ediyor. Her tür için doğru (zaten PathWhiz en büyük veritabanında varolan çoğu) ilgili zaman ve reaktifler, ürünleri sağlamak için çaba ve enzimleri vardır alarak çok önemlidir. Reaksiyonlar, hücresel konumda farkında olması ve doğru biyolojik içerik sağlamak için önemli hücresel ya da hücre içi bileşenleri dahil edilmesi de önemlidir. Bu kontrol ve UniProt gibi online veri tabanları ile reaksiyonu doğrulayan yapılabilir. büyük ölçüde hataları azaltacaktır oluşturulacak yolun kaba, elle çizilmiş kroki ve çizim ya da render için harcanan toplam zaman ile birlikte eldeki tüm gerekli bilgileri, sahip. Tahmin edilebileceği gibi, daha büyük ve daha karmaşık yollar, partic işlemek için daha uzun sürerdurum daha ziyade istenen elemanları ve süreçleri PathWhiz veri tabanında zaten değilse. Büyük yollar ile çalışırken, eylemler arasında uzun gecikme önlemek için, tasarrufu modunda Kılavuzuna kaydetme moduna geçmek için genellikle akıllıca olacaktır. bir yol çoğaltma yapılırken oluşturulacak yolu yolundaki elemanların sayısına bağlıdır, zamanın miktarı kullanıcı beklemek olabilir. Çoğu yollar yaklaşık 1-2 dakika içinde çoğaltılabilir. Bir yol yayılan zaman PathWhiz BLAST 17 dizi türler arasında homolog enzimleri bulmak için arama kullanır gibi, yeni yayılır yolun başarılı render, iki tür ne kadar benzer bağlıdır. BLAST enzimlerin daha fazla sayıda çalıştırmak gerekir, çünkü büyük yollar yaymak için yavaş olacaktır. önemli ölçüde farklı türler arasındaki yollar yaymak (maya ve insanlar arasında ki) girişiminde yolları bilinmeyen proteinlerin bir dizi ile işlenmiş neden olacaktır. Bu &quot;uzaktan&quot; sropagated yollar genellikle ek manuel düzenleme gerektirir. Nedeniyle yolu diyagramlar ve bir yol getirilebilir detay son derece görsel doğası, onu (&gt; 20 inç veya&gt; 50 cm) oldukça büyük bir ekrana sahip bir bilgisayar ve iyi bir internet bağlantısı çalışmak için iyi bir fikirdir (&gt; 5 mbps). render veya ekran ferahlatıcı problemler karşılaşılan, kullanıcı sorun giderme küçük bir miktar yapmak zorunda kalabilirsiniz. Bir büyük, karmaşık yolu güncellemek için çok uzun sürerse, kullanıcı sayfayı yenilemeniz gerekebilir. beklendiği gibi bir yol yaymak etmezse, kullanıcı tüm öğelerin düzgün görüntülenmesini sağlamak için bazı manuel düzenleme yapmak zorunda kalabilirsiniz. bir tepki unsurları görüntülenmez Ayrıca, daha spesifik bir örnek olarak, kullanıcı tüm elemanlar veya enzimler düzgün seçilir ve kenarları gizli olmadığından emin olmak gerekebilir. Bir sorunla karşılaşılırsa, ana başlığında &quot;Yardım&quot; bağlantısını yararlı olabilir. Bir öğretici olduğunu&quot;Öğretici&quot; sekmesine ve kullanım kılavuzu altında bulunan &quot;Kullanıcı Kılavuzları&quot; sekmesi altında mevcuttur. Hem detaylı aracın özellikleri birçok açıklar. Kılavuzu sonra böyle bir kullanıcı bir yol kilitler olduğu gibi belirli bir özellik için potansiyel sınırlamaları gidermek ya da açıklamak için kullanılabilir ve kullanıcı düzenlemek istemektedir. Bu protokol ile ve ekteki şekillerde sağlanan örnekler aracılığıyla vurgulandığı gibi, bu araç herhangi bir (veya çoğu) diğer yolu çizim araçları (bakınız Tablo 1) bulunmayan eşsiz bir dizi özellik sunuyor. Birincisi, tamamen web tabanlı ve tamamen platform bağımsızdır. İkincisi, aynı zamanda makine tarafından okunabilir formatlarda (BioPAX, SBGN-ML 18, SBML 19 PWML 14) dönüştürülebilir renkli, biyolojik kompleks, görsel olarak hoş, tam köprü yolu diyagramlar oluşturulmasını ve kolay oluşumunu destekler. Üçüncü olarak, yol diyagramları cinslerBu araç ile ted, arama, göz seçilmiş ve kolayca online veritabanına kolay kullanımlı ve görüntüleme arayüzü üzerinden keşfedilebilir. Dördüncü olarak, web aracı yeni yollar ve yeni yolu elemanlarının paylaşımı ve üretilmesini teşvik eder &quot;yolu kalabalık kaynak&quot; için izin toplum yolu katkıları desteklemek için tasarlanmıştır. Bu web tabanlı araç tarafından oluşturulan Mesleki çeşitli uygulamalar için de kullanılabilir. Zengin detaylı, tam köprü yolları kolayca proteomik, metabolomik veya sistem biyolojisi uygulamaları için organizma özgü veritabanları entegre edilebilir. web tabanlı görüntüler üzerinden mevcut ayrıntılar genellikle statik bir resim yoluyla veya tek bir ders kitabı ya da dergi sayfası üzerinden görüntülenebilir olandan çok daha büyük olduğu gibi Internet erişimli yollar, eğitim ve öğretim amaçlı özellikle yararlıdır. Bu web tabanlı araç aynı zamanda baskı ve yayın için daha uygundur yolu temsilleri oluşumunu destekler.Sonuç olarak, bu web tabanlı bir araç tarafından oluşturulan birçok resim kağıtları, posterler ve slayt sunumları ortaya çıkıyor. Bu web sunucusu kullanılarak oluşturulan yollar sistem biyolojisi veya metabolik modelleme uygulamaları için hesaplamalı analizde doğrudan kullanılmak üzere (örneğin BioPAX ve SBML gibi) metin tabanlı veri alışverişi dosya biçimleri içine İhracat yollar sağlar. çıkarımlar türler arasındaki yollar sağlar propaganda özellikle çok yakın zamanda sıralı olan bu türler arasında, biyolojik süreçler hakkında yapılacak. tüm mevcut yolları halen PathWhiz var iken, kamu yolu veritabanı yeni kitle kaynaklı yolu koleksiyonları ortaya çıkmasına yol açan, büyümeye devam ediyor. Bu koleksiyonlar sadece umarım onların eşsiz biyoloji ve biyokimya daha derin bir anlayışa yol açacaktır, yeni türlerin kolayca uzatılabilir olmayacaktır.

Biyolojik yolu şemaları yaşam bilim adamları için planları gibidir. Onlar belki de biyolojik süreçleri ve genler, proteinler ve metabolitler arasında bağlamsal bağlantıları gösteren en özlü ve bilgilendirici yolları vardır. Görüntüler çok daha verimli bir ve genellikle çok daha kolay bir metin 1 den, bizler olmasıdır. yolu diyagramlar kalitesi, detay ve içerik önemli ölçüde değişebilir. Bu farklılıklar genellikle yolun amacına ve yolu sanatçının becerilerine bağlıdır. Böyle duvar çizelgeleri veya ders kitapları gibi eğitim amaçlı oluşturulan facebook genellikle profesyonel sanatçılar tarafından oluşturulur. Sonuç olarak, bu yolu şemaları çok daha görsel olarak hoş ve metabolit yapıların tam tasvirleri, hücre içi bileşenleri, hücre yapıları, dokular ve organlar ile çok daha biyolojik detay sunuyoruz. Bu &quot;ders kitabı&quot; temsiller genellikle ayrıntılı notlar içermektedir veyorumların. Öte yandan, internet uygulamaları için tasarlanmış yolu şemaları genellikle basitleştirilmiş makine tarafından okunabilir &quot;kablolama&quot; diyagramlar lehine sanatı ve görsel zenginlik feda etmek zorunda. Bu tel kafes şemaları daha kolay görüntü eşlenen ve köprü bulunmaktadır. Basitleştirilmiş yolu şemaları KEGG 2, MetaCyc 3, Wikipathways 4, ve Reactome 5 gibi popüler çevrimiçi yolu veritabanlarına temelini oluşturur. Bilgisayar uyumlu yolu veritabanı çıkışı da, bilgisayarla uyumlu bir yol çizim araçları görünümünü yol açmıştır. Başka bir deyişle, bir profesyonel sanatçı ya da kullanışlı yolu diyagramlar oluşturmak için profesyonel bir programcı olmak zorunda değildir. Örneğin, BioCyc en Yol araçları 6 ve Wikipathway en PathVisio yazılımı 7 kullanıcıları özgürce oluşturmak ve BioPAX 8 hisse makine tarafından okunabilir yolları için izinnd / veya HTML formatında. Ayrıca, bir diğer stand-alone ücretsiz paketlerinin sayısı yanı sıra ticari paketler 11 PathCase gibi Cytoscape 9, GenMAPP 10 gibi çeşitli makine tarafından okunabilir, tel çerçeve yollarının oluşturulmasını destekleyen ve VisANT 12 vardır. İnternet yolu diyagramlar sadeleştirme büyük ölçüde birçok web tarayıcıları ve web tabanlı render araçları bulunan tarihi sınırlamalar büyüdü. Bununla birlikte, ağ teknolojileri önemli gelişmeler son birkaç yıl içinde yapılmıştır. Gibi estetik ve ders kitaplarında bulunanlara kadar biyolojik tamamlanmış gibi renkli interaktif internet uyumlu yolu diyagramlar oluşturmak mümkün olabileceğini öne sürdü. Bu çalışma PathWhiz gelişmesine yol açmıştır. PathWhiz Ruby on bir Ruby (http://rubyonrails.org, sürüm 4.2.0) web framewor kullanılarak gerçekleştirilmiştirvarlık ilişkileri, dış referanslar, açıklamaları, görselleştirme özellikleri ve kimyasal yapıları da dahil olmak üzere yolu verilerinin tüm yönetmek için MySQL ilişkisel veritabanı (https://www.mysql.com, sürüm 5.1.50) içeren k. ön uç web istemcisi editörü ön uç web framework olarak backbone.js (http://backbonejs.org, sürüm 1.0.0) ile birlikte Ruby on Rails tarafından kontrol edilir. Başlangıçta insan sadece Küçük Molekül Yolu Veritabanı (SMPDB) 13 küratörlüğünde için geliştirilmiş, PathWhiz 14 yana birçok diğer organizmalar için yolun nesil desteklemek ve genel yolu görüntü ve bilgi veritabanı olarak işlev uzatıldı. Özellikle, bu web aracı metabolik protein etkileşimi, moleküler sinyalizasyon, fizyolojik ve ilaç / hastalık yollar dahil biyokimyasal / biyolojik yolların dizi oluşturulmasını sağlar. Bu yol çizim aracı diğer birçok farklıüç ana yollardan yolu üreten araçları: 1) oldukça bir stand-alone, kurulabilir yazılım paketi daha bir web sunucusu; 2) basit üretimi ve kimyasal bileşikler, proteinler, nükleik asitler, hücre membranları, hücre içi yapılarda, doku ve organların etkileşimli görselleştirme destekler; ve 3) kullanıcıların kolayca, ödünç böylece &quot;kitle kaynaklı&quot; yolu nesil izin inşa etmek ya da diğer kullanıcıların çalışmalarına geliştirmek için olanak sağlar. Bir web sunucusu olarak, indirilebilir, platforma özel yazılım araçları üzerinde birçok avantajı vardır. Özellikle, herhangi bir platform, işletim sistemi ve modern bir web tarayıcısı ile uyumludur. Ayrıca, (kullanıcılar özgürce izlemek ve oluşturdukları yolların erişilebilirliğini kontrol etmek için bir &quot;özel hesap&quot; oluşturabilir olsa) bir yol oluşturmaya başlamak için kayıt kullanıcının gerektirmez. Belki de bu aracın en çekici özelliği kolayca eklenebilir biyolojik ve biyokimyasal ayrıntı miktarıönceden işlenen görüntülerin bir palet, protein ve biyokimyasal verilerin geniş bir veri tabanı üzerinden herhangi bir yolu. Bu, hem &quot;non-sanatçı&quot; ve &quot;non-programcılar&quot; kolayca web uyumlu ve tamamen makine tarafından okunabilir olan renkli estetik ve zengin detaylı yollar oluşturmak için olanak sağlar. PathWhiz ve diğer yol çekme araçları arasında daha ayrıntılı bir karşılaştırması Tablo 1 &#39;de verilmektedir. Popüler yaşam bilimleri veritabanları bir dizi zaten online, interaktif yolu diyagramlar veritabanına özel oluşturmak için bu yolun çizim aracını kullandık. Örneğin, Escherichia coli Metabolome Veritabanı (ECMDB) 15 Son zamanlarda web tabanlı aracı kullanılarak çizilmiş fazla 1.650 yollar ile yolun kütüphanesi güncellendi. ECMDB her yolu şimdi detaylı metaboliti ve protein yapı tasvirleri ile zengin renkli, tam köprü görüntü haritası yanı sıra basitleştirilmiş siyah ve beyaz KEGG-l olarak görüntülenirike tel diyagramı. Bu büyük ölçekli yolu güncelleştirme daha önce diğer Escherichia coli metabolik veritabanları dahil olmasaydı birçok ara metabolitlerin keşfine yol açtı. İnsan Metabolome Veritabanı (HMDB) 15 gibi diğer veritabanları, sadece tasvir ve metabolik ve sinyal yolları tanımlamak için PathWhiz yollar güvenmek değil, aynı zamanda kanser gibi hastalıklarda rol oynayan metabolik değişiklikler tasvir. HMDB anda bu web aracıyla oluşturulan 101 metabolik yolları, 376 uyuşturucu eylem yolları, 233 hastalıkla ilişkili yollar ve 16 sinyal yolları, tümünü içerir. Aşağıdaki protokol PathWhiz kolayca oluşturmak çoğaltmak ve amaçları ve uygulamaları çeşitli biyokimyasal yollar yaymak için kullanılabilir ayrıntılı olarak açıklanmaktadır.

<table><tbody><tr><td>Renkli ekranlı bilgisayar</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>&nbsp; >20 inç veya >50 cm</td></tr><tr><td>İnternet bağlantısı&nbsp;</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>>5 mbps</td></tr><tr><td>Modern web tarayıcısı&nbsp;</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>Google Chrome (sürüm 31 ve üstü), Internet Explorer (sürüm 9 ve üstü), Safari (sürüm 7 ve üstü), Opera (sürüm 15 ve üstü) ve Firefox (sürüm 23 ve üstü)</td></tr></tbody></table>

yaratma yüksek kalite makine okunabilir biyolojik pathways için web aracı

A Web Tool for Generating High Quality Machine-readable Biological Pathways

PathWhiz biyolojik bilgi açısından zengin renkli, interaktif, görsel olarak hoş yolu diyagramlar oluşturulmasını kolaylaştırmak için inşa edilmiş bir web sunucusudur. bu online uygulama tarafından oluşturulan yolları makine tarafından okunabilir ve esasen tüm web tarayıcıları ve işletim sistemleri ile tam uyumludur. Bu reaksiyonlar, etkileşimleri, ulaşım süreçleri ve bağlayıcı olayları tasvir etmek için seçimi ve önceden çizilmiş biyolojik veya biyokimyasal kişilerin farklı kombinasyonlar yerleştirilmesini sağlar özel olarak geliştirilmiş, web özellikli yolu çizim arabirimi kullanır. Unsurlar Bu palet kimyasal bileşikler, proteinler, nükleik asitler, hücre membranları, hücre içi yapılarda, doku ve organların oluşur. Bunun görsel öğelerin tümü interaktif ayarlanabilir ve özelleştirilebilir. Bu araç, bir web sunucusu olduğundan Dahası, bütün yollar ve yolu elemanları kamuya erişilebilir. yolunun Bu tür &quot;kalabalık kaynak&quot; olduğunu PathWhiz gelirZaten önceden çizilmiş yollar ve yolu elemanlarının bir hızla geniş ve büyüyen bir koleksiyonu içerir. Burada yeni yolların hızlı ve kolay oluşturulması ve mevcut yolların değiştirilmesi için bir protokol açıklar. ayrıca yolu düzenleme ve oluşturma kolaylaştırmak için, araç çoğaltma ve yayma fonksiyonlarını içerir. çoğaltma işlevi mevcut yolları oluşturmak veya yeni yollar düzenlemek için şablon olarak kullanılabilir sağlar. yayılma fonksiyonu bir varolan yolu izlemesini ve otomatik olarak farklı türler arasında da yaymak için izin verir. Bu araç ile oluşturulan Mesleki olabilir &quot;yeniden tarz&quot; farklı biçimlerde (KEGG benzeri veya metin kitap gibi) BioPAX, SBGN-ML, SBML veya PWML veri alışverişi formatlarını ihraç farklı geçmişlere sahip, renkli ve aynı indirilen içine PNG veya SVG görüntüleri. yollar kolayca sunumlar, poster ya da yayınlar entegre, online veritabanlarına dahil edilebilir veya çevrimiçi görüntüleme ve keşif için özel olarak kullanılabilir. bu protocol başarıyla artık HMDB, drugbank, SMPDB ve ECMDB dahil olmak üzere pek çok online veri tabanlarında bulunan 2.000 yol diyagramları oluşturmak için uygulanmıştır.

PathWhiz biyokimyasal ve biyolojik yollar üretmek için kapsamlı bir çevrimiçi yolu çizim aracıdır. Önceden çizilmiş yolu bileşenlerinden oluşan kamuya açık veri tabanları ve kolayca genişletilebilir paletleri kullanır. Kolayca, yeni yollar inşa çoğaltmak ve mevcut yollar düzenleyebilir ve farklı organizmalar için önceden çizilmiş yolları yaymak için nasıl Bu protokol açıklar.

Yaratma Yüksek Kalite Makine okunabilir Biyolojik Pathways için Web Aracı

PathWhiz is a web server built to facilitate the creation of colorful, interactive, visually pleasing pathway diagrams that are rich in biological ...

Bu protokolün genel amacı, çeşitli amaçlar ve uygulamalar için biyokimyasal yolları kolayca oluşturmak, çoğaltmak ve yaymak için PathWhiz ve interneti kullanmaktır. Bu araç, bilim adamlarının, eğitimcilerin ve öğrencilerin yüksek düzeyde biyolojik ayrıntı ve karmaşıklığa sahip görsel olarak hoş ve doğru biyokimyasal yollar oluşturmasına olanak tanır. PathWhiz, esasen herhangi bir işletim sistemiyle uyumlu olan ve tüm kullanıcılar tarafından erişilebilen ve genişletilebilen, binlerce yol ve yol bileşeni içeren ücretsiz bir genel galeridir.PathWhiz sayfasını herhangi bir modern web tarayıcısına yükleyerek ve Çiz menüsüne tıklayarak başlayın. Yeni bir yol başlatmak ve çizilecek yolun adını girmek için Yeni Yol düğmesine tıklayın. Açılır listeden yol türünü seçin.Ardından, ilgilenilen organizmayı aramak için otomatik tamamlama kutusuna organizmanın bilimsel adını, ardından türün bilimsel adını ve ortak adı girin. Açılır listeden tür sınıflandırmasını Ökaryot veya Prokaryot olarak seçin ve NCBI taksonomisinden taksonomi kimliğini girin. Tür Oluştur'a tıklayın ve yol için kapsamlı bir açıklama girin.Yola uygun şekilde dış referanslar eklemek için Referans Ekle'yi tıklatın. Ardından, Yol Oluştur'u tıklayın. Gri bir menü çubuğuyla birlikte beyaz ızgaralı bir tuval görünecektir.İşlem Ekle bağlantısına tıklayın ve ilk süreç görselleştirmesini eklemek için Tepki Ekle'yi seçin. Mevcut reaksiyonları aramak için ilgilendiğiniz reaktanlar, ürünler veya enzimleri otomatik tamamlama kutusuna girin. Ardından mevcut tepkiler arasında gezinin.İstenen reaksiyon bulunduğunda, onu seçin. Ardından, uygun stokiyometri ve eleman tipini seçmek için otomatik tamamlama kutusuna ilgili eleman adının girilmesi. Reaksiyonun sol tarafındaki tüm öğeler eklendikten sonra, açılır listeden yolun yönünü seçin ve bir ürün eklemek için Doğru Öğe Ekle'ye tıklayın.Reaksiyonun sağ tarafındaki tüm elementler için az önce gösterildiği gibi stokiyometri ve element tipini seçin. Ardından reaksiyona bir enzim eklemek için Enzim Ekle'ye tıklayın. Enzimin adını otomatik tamamlama kutusuna yazın ve uygun enzimi seçin.Reaksiyonun tüm unsurları eklendiğinde, yeni reaksiyonu kaydetmek için Reaksiyon Oluştur düğmesine tıklayın ve açılır listelerden reaksiyonun ilk oluşturulması için istenen yönü seçin. Ardından Reaksiyon Oluştur düğmesine tekrar tıklayın. Yeni oluşturulan reaksiyon çizim tuvalinde görüntülenecektir.Reaksiyonu uygun şekilde düzenlemek için, reaksiyon öğelerini tuval üzerinde sürükleyerek istediğiniz gibi yeniden konumlandırın. Ardından, geçerli seçime eklemek için her bir öğeyi bir kez tıklatın. Tüm öğeler seçildiğinde, bunları tuvalin uygun alanına sürükleyin ve seçimlerini kaldırmak için öğelere tekrar tıklayın.Bir açılır düzenleme kenar çubuğuna erişmek için, bir kimyasala çift tıklayın ve reaksiyonun şablonunu, biyolojik durumunu, Z-indeksini ve tam reaksiyon ayrıntılarını uygun şekilde düzenleyin. Tüm bir işlemin bilgilerini düzenlemek için, öğelerinden herhangi birine çift tıklayın. Gri ikincil menü çubuğunun altında, Seçileni Düzenle bağlantısını tıklayın ve uygun şekilde Öğeyi Düzenle veya İşlemi Düzenle'yi seçin.Tuval üzerindeki öğeleri istenen konumlara yeniden konumlandırın. İlgilenilen reaksiyon kenarlarını seçin ve bunları reaksiyon bileşikleri ve proteinleri için gösterildiği gibi düzenleyin. İlk reaksiyon istenildiği gibi çizildikten sonra, reaksiyonun bir ürününü seçmek için tıklayın.Ardından, İşlem Ekle sekmesi altında Tepki Ekle'yi seçin. Yol tamamlandığında, Yol bağlantısını tıklayın ve Dışa Aktar ve Görüntüle'yi seçin. Görüntünün arka plan rengi olarak mavi veya beyazı seçmek için Görüntüler için Arka Plan Rengi seçeneğini belirleyin ve Ayrıca Basitleştirilmiş Sürüm Oluştur seçeneği için evet veya hayır'ı seçin.Ardından Görüntü Dosyaları Oluştur'a tıklayın. Görüntü oluşturulduğunda, tarayıcıda tamamen köprülü, yüksek çözünürlüklü bir yol görüntüsü oluşturmak için Görüntüleyicide Göster'i tıklatın. Mevcut bir yolu çoğaltmak için, Yollar menüsünü tıklayın ve arama çubuğuna ilgilendiğiniz yolun adını girin.Çoğaltılacak yolu bulun ve Çoğalt'a tıklayın. Yolun adını düzenleyin ve uygun şekilde yolun yeni bir açıklamasını girin. Ardından, yinelenen yolu oluşturmak için Yol Oluştur'a tıklayın.Bir yolu görüntülemek veya İndirmek için Yollar menüsüne girin, az önce gösterildiği gibi ilgilendiğiniz yolu bulun ve Göster'e tıklayın. Ardından, Görüntüleyicide Göster etiketinin yanındaki istediğiniz PathWhiz Kimliğine sahip düğmeye tıklayın ve İndirilenler sekmesini açın. Ardından, yolu çeşitli dosya biçimlerinde indirmek için köprülere tıklayın.PathWhiz, çeşitli içerik türleri ve stilleri ile yollar oluşturmak için kullanılabilir. Yan etkileri ve ilaç yanıtlarını göstermek için geleneksel metabolik yollar, hastalık ve ilaç yollarının yanı sıra protein sinyal yolları dahil. Yollar, önemli biyolojik ayrıntılarla zengin bir şekilde renklendirilebilir veya basit siyah beyaz temsillere dönüştürülebilir.Tamamlandıktan sonra, bu yollar etkileşimli yol görüntüleyicide görüntülenebilir, görüntü olarak indirilebilir veya daha fazla analiz için makine tarafından okunabilir birkaç farklı veri alışverişi formatında dışa aktarılabilir. Bir kez ustalaştıktan sonra, yaklaşık 15 dakika içinde standart bir internete hazır yol oluşturmak mümkündür. Bununla birlikte, daha karmaşık yolların tamamlanması daha uzun sürebilir.Bu prosedürü denerken, her bir reaksiyon için seçilen türün her zaman yol türüyle eşleştiğini hatırlamak ve reaksiyon oklarının yönünün doğru olduğunu doğrulamak önemlidir. Bu prosedürü takiben, ilgilenilen metabolitlerin dinamikleri veya niceliklerinin belirlenmesi hakkında ek soruları yanıtlamak için metabolik analiz gibi diğer yöntemler gerçekleştirilebilir. Geliştirilmesinden sonra, bu teknik, metabolomik ve biyoloji alanındaki araştırmacıların, çok çeşitli insan, doğu ve E.Coli biyokimyalarını gösteren binlerce internet hazır yol oluşturmasının yolunu açtı.Bu videoyu izledikten sonra, yeni yolların nasıl oluşturulacağını, mevcut yolların nasıl çoğaltılacağını ve düzenleneceğini ve ayrıca daha önce çizilmiş yolların farklı organizmalara nasıl yayılacağını iyi anlamış olmalısınız. Bir yolu kilitlemenin onu düzenlenemez hale getirdiğini unutmayın. Ayrıca, tercihinize bağlı olarak genel veya özel yollar oluşturmayı seçebileceğinizi unutmayın.

a-web-tool-for-generating-high-quality-machine-readable-biological

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Burada nükleotid ya da amino asit dizisi veri setleri güvenilir filogenezlerini üretilmesi için adım adım boru hattını açıklar. Bu kılavuz, araştırmacılar veya filogenetik analize yeni öğrencilere hizmet etmeyi amaçlamaktadır.

Nonexperts için Phylogenetics İçin Pratik Kılavuz

Bu iletişim kuralı Zebra balığı embriyolar, larva, Bütün transcriptome analiz için bir yaklaşım sunar veya hücre sıralanır. RNA izolasyonu, RNASeq veri yolu çözümlemesi ve qRT PCR dayalı doğrulama gen ifade değişiklikleri içerir.

Numune hazırlama ve analiz RNASeq tabanlı gen ifadesi verileri Zebra balığı

Bu makalede tanımlama ve asma Arabidopsis Tóxicos Levadura içinde (ATL) E3 Ubikuitin ligazlar aile için uygulanan bir gen aile karakterizasyonu için yordam açıklanır.

Genom kapsamındaki bir tanımlama ve ifade Meta-Analizi ATL E3 Ubikuitin ligaz gen ailesinin asma için kapsamlı iş akışı

Araştırmacılar, Pathway Association Çalışma Aracı'nı (PAST) parlak uygulama veya R konsolu aracılığıyla çalıştırarak, ilgili metabolik yolları araştırarak genom çapındaki ilişki çalışmalarının (GWAS) sonuçlarının biyolojik anlamı hakkında daha derin bir anlayış kazanabilirler.

Metabolik Yol Bilgilerinin GWAS Analizleri için Bir Pathway Association Çalışma Aracı

Bu protokolün amacı, RNA dizileme verilerini kullanarak aday genlerin evrimini ve ekspresyonunun araştırılmasıdır.

RNA-seq Kullanarak Moleküler Evrimi ve Gen ekspresyonını Araştırmak için Biyoinformatik Boru Hattı

Burada açıklanan protokol, kullanıcı dostu UCSC Genom Tarayıcısında PhyloCSF kullanarak mikroprotein kodlama potansiyeli için ilgilenilen genomik bölgelerin nasıl analiz edileceğine dair ayrıntılı talimatlar sağlar. Ek olarak, varsayılan işlevleri hakkında fikir edinmek için tanımlanmış mikroproteinlerin dizi özelliklerini daha fazla araştırmak için çeşitli araçlar ve kaynaklar önerilmektedir.

Mikroprotein Tanımlama ve Dizi Analizi için Entegre Bir Yaklaşım

Biyomedikal raporlarda açıklandığı gibi mitokondriyal proteinleri ve bunların kardiyovasküler hastalıklarla ilişkilerini araştırmak için bir hesaplama protokolü olan CaseOLAP LIFT ve bir kullanım senaryosu sunulmaktadır. Bu protokol, kullanıcı tarafından seçilen hücresel bileşenleri ve hastalıkları incelemek için kolayca uyarlanabilir.

Organel Yolaklarının Hastalıktaki Rolünü Biyomedikal Raporlarla Aydınlatmak İçin Bir Bilgi Grafiği Yaklaşımı

Bu protokol, kanserdeki önemli moleküler değişiklikleri tanımlamak için yararlı bir araç tanımlar ve özofagus skuamöz hücreli karsinomu için yeni tanı ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yol açar.

Özofagus Skuamöz Hücreli Karsinomu için Özet Geliştirme

Bu protokol, biyoinformatiğe yeni başlayanlara, kullanıcıların CUT &amp; RUN sıralama verilerinin ilk analizini ve doğrulamasını tamamlamalarını sağlayan giriş niteliğinde bir CUT &amp; RUN analiz hattı aracılığıyla rehberlik eder. Burada açıklanan analiz adımlarının tamamlanması, aşağı akış tepe açıklaması ile birlikte, kullanıcıların kromatin regülasyonu hakkında mekanik içgörüler elde etmesine olanak tanır.

CUT&#38;RUN Sıralama Verilerinin Giriş Analizi ve Doğrulanması

Bu makale, bir roman protokol ve reaktif bileşikler ve tedavilerin yüksek içerik analizi kullanarak nöronlar ve astrositler ortak kültürleri üzerinde nörotoksik etkileri hassas ölçümü için tasarlanmıştır ayarlamak açıklamaktadır. Sonuçlar yüksek bir içerik analizi nörotoksisite değerlendirmesi için heyecan verici yeni bir teknoloji temsil ettiğini göstermektedir.

Nörotoksisite Yüksek İçerik Analizi Nöronal ve Astrosit Hücre Co-Kültür Testi

Keşfedin PathWhiz ile biyokimyasal yol haritaları oluşturmayı; metabolik süreçleri görselleştirmek için ücretsiz çevrimiçi araç. Araştırmacılar, eğitimciler ve öğrenciler için uygun bu yöntem yaklaşık 15 dakikada detaylı yol haritaları üretir.

Yaratma Yüksek Kalite Makine okunabilir Biyolojik Pathways için Web Aracı

Daha fazla video keşfet