Name: Yağ Asitlerinin Tanımlanması içinde Bacillus cereus (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2016-12-05T15:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 41 s
Description: Öğrenin, Bacillus cereus kullanarak bakterilerdeki yağ asitlerini saflaştırma yapmadan nasıl tanımlayacağınızı. Bu yöntem, metil dallanma ve çift bağ pozisyonlarını belirleyerek bakteri taksonomisinde önemli bilgiler sunar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Yazarlar kendi teknik destek için Thomas Mison minnettarız ve yazının gözden geçirilmesi için Rachel Kopec için.

1. Bakteri kültürleri <ol><li> LB agar ortamı bir plaka yüzeyi üzerine, LB (Luria-Bertani ortamında) içinde 30 ° C&#39;de inkübe soyun bir gecelik kültüründen 100 ul yayarak bakteriler (Bacillus cereus ATCC 14579) &#39;in bir çim hazırlayın. 30 ° C&#39;de gece boyunca inkübasyona bırakılır. </li></ol> 2. ECL: Eşdeğer Zincir uzunluğu <ol><li> şöyle ECL hesaplayın: <img alt="denklem" src="/files/ftp_upload/54960/54960eq1.jpg" /> ile: Ben ilgi çözünen; N, çözünen önce elüsyon düz zincirli, doymuş yağlı asit metil ester karbon sayısı I; N + 1, çözünen sonra elüsyon, düz zincirli doymuş yağlı asit metil ester karbon sayısı I; RTI, RTN R (n + 1), yukarıda tarif edilen FAME tepe tutma süreleri verir. Not: (aykırı bir karışımının enjeksiyonla B, düz zincirli doymuş yağ asitleri metil esterlerin tutma süreleri elde edilirAME). </li></ol> 3. FAME Hazırlama ve Analiz <ol><li> Agar plakasından koloniler kazınarak lipit yağlı asitler, hasat bakteriyel hücreler elde etmek ve vidalı kapaklar ve PTFE keçe 10 ml&#39;lik bir cam tüp içine bakteri (10 9 canlı hücre eşdeğer taze ağırlık), 40 mg aktarmak için. </li><li> Aşağıda ayrıntıları verilen ester bağlantı yöntemiyle 14,15 aracılığıyla transesterifikasyon gerçekleştirin. <ol><li> Taze bakteri hücreleri için metanol içinde 0.2 M KOH 5 ml ilave edilir ve 1 saat boyunca 37 ° C&#39;de inkübe edin. Bu reaksiyon, lipid ester bağlantısı kırma ve yağlı asit metil esterlerinin üretilmesi, alkalin metanoliz oluşur. </li><li> 7.0 pH değerini düşürmek için 1 M asetik asit 1 ml ilave edilir. pH test şeritleri ile pH&#39;ı kontrol edin. </li><li> FAMEler çıkarmak için heksan 3 ml ekleyin. </li><li> yaklaşık 200 ul elde etmek üzere bir nitrojen sürekli akış altında oda sıcaklığında buharlaştırma ile temiz bir tüp içine süpernatant (organik faz) aktarın ve konsantreekstresi. ekleme ile GC şişe içine örnek aktarın. </li><li> Bir gaz kromatografisi-kütle spektrometrisi (GC-MS) sistemi hülasalarının enjekte edilir. </li></ol></li></ol> 4. GC / MS koşulları <ol><li> bir kılcal kolon ZB-balmumu (çapı, 0,25 mm, film kalınlığı 0.25 um uzunluğunda, 30 m) ile donatılmış bir GC-MS cihazı içine FAME örnekleri enjekte edilir. </li><li> (Yarıksız modunda) enjeksiyon ağzının 250 ° C&#39;ye sıcaklığa ayarlayın. 37 cm / sn arasında bir doğrusal hız ile, taşıyıcı gaz olarak helyum kullanın. 20 ° C / dk bir oranda 190 ° C&#39;ye arttırmak ve 2 ° C / dk bir oranda 230 ° C&#39;lik bir son sıcaklığa kadar daha da artması, 1 dakika boyunca 50 ° C de fırın sıcaklığı tutun. </li><li> MS için 70 eV elektron iyonizasyon (EI) kütle spektrumları kaydedebilir ve 50 ve 400 atomik kütle birimi (akb) (2 tarama / sn) arasındaki toplam iyon akımı satın ayarlayın. </li><li> Gerektiğinde, aynı durum İstisnai altında DMOX ve pikolinil türevleri enjekteaşağıdaki gibi sıcaklık programı fırın t: DMOX: 50 ° C (1 dakika), 20 ° C 210 ° C ye kadar / dk ve 2 ° C / dakika, 240 ° C (5 dakika) kadar; Pikolinil: 6 ° C (1 dakika), 220 ° C&#39;ye kadar 20 ° C / dakika ve 250 ° C (20 dakika kadar) 2 ° C / dak. </li></ol> FAME 16 5. Pikolinil ester Preparasyon <ol><li> bir azot akımı (en az 10 mg kuru madde) ile Kısım 3&#39;ten FAME özü buharlaştınn ve kuru diklorometan 1 ml içinde çözülür. </li><li> Tetrahidrofuran içerisinde potasyum tert t-butoksit içindeki bir 1.0 M çözelti hazırlayın. </li><li> FAME özü ve aşama 5.2&#39;de yapılan çözeltinin 0.2 ml 3-piridinmetanol ila 0.1 ml ilave edilir. </li><li> kapalı bir şişede 30 dakika boyunca 40 ° C&#39;da, çözelti ısıtılır. </li><li> Oda sıcaklığına kadar soğutulduktan sonra, (Malzeme bakınız Tablo, 2 mL) ve heksan (4 mi) arıtılmış, iyonu giderilmiş su ilave edilir. Bir girdap ile karıştırın faz ayrılması için izin ve organik faz toplamak. </li><li> drorganik faz kadar susuz sodyum sülfat ilave edilerek y bunu çok açıktır. Temiz bir tüp içine aktarın. Daha sonra 200 ul buharlaştırılmaktadır. ekleme ile GC şişe içine örnek aktarın. </li></ol> FAME 17 6. DMOX hazırlanması <ol><li> nitrojen (en az 10 mg kuru madde) içindeki bir akışı ile Bölüm 3&#39;ten FAME özü buharlaştırın. </li><li> FAME kuru ekstre etmek için, 2-amino-2-metil-1-propanol, 250 mg ekleyin. Nitrojen ile kap yıkayın bir stoper ekleyin ve 190 ° C de bir gece boyunca ısıtma bloğu içine koyun. </li><li> Oda sıcaklığına kadar soğutulduktan sonra, tüp, 3 ml diklorometan ekleyin ve 5 ml deiyonize edilmiş su (Malzeme Tablosu) arıtıldı. </li><li> Faz ayrımı için çalkalanır ve daha sonra sulu faz çıkarın. </li><li> 5 ml su ile organik faz yıkanır. Faz ayrımı için çalkalanır ve daha sonra sulu faz çıkarın. </li><li> organik faz kadar susuz sodyum sülfat eklenerek kuru çok açıktır veTemiz bir tüp içine aktarın. 200 ul bir hacim elde edilene kadar bir azot akımı altında buharlaştırılır. ekleme ile GC şişe içine örnek aktarın. </li></ol>

<ol><li>Christie, W. W., Han, X. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aChristie%2C+WW+%22Lipid+Analysis+4th+Edition%22">Lipid Analysis 4th Edition</a>. , Oily press. (2010).</li>
<li>HÜbschmann, H. -J. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aH%C3%9Cbschmann%2C+H-J+%22Handbook+of+GC-MS%3A+fundamental+and+application.+Third+edition%22">Handbook of GC-MS: fundamental and application. Third edition</a>. , Wiley-vch. (2015).</li>
<li>Sasser, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+Bacteria+by+Gas+Chromatography+of+Cellular+Fatty+Acids%5BTitle%5D)+AND+%22MIDI+Technical+note%22%5BJournal%5D)">Identification of Bacteria by Gas Chromatography of Cellular Fatty Acids.</a> MIDI Technical note. 101, 1-6 (1990).</li>
<li>Spitzer, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structure+analysis+of+fatty+acids+by+gas+chromatography+-+Low+resolution+electron+impact+mass+spectrometry+of+their+4%2C4-dimethyloxazoline+derivatives+-+A+review%5BTitle%5D)+AND+%22Prog+Lipid+Res%22%5BJournal%5D)">Structure analysis of fatty acids by gas chromatography - Low resolution electron impact mass spectrometry of their 4,4-dimethyloxazoline derivatives - A review.</a> Prog Lipid Res. 35 (4), 387-408 (1996).</li>
<li>Harvey, D. J. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aHarvey%2C+DJ+%22Advances+in+lipid+methodology.+Volume+1%22">Advances in lipid methodology. Volume 1</a>. Christie, W. W. , Oily press. Dundee. 19-80 (1992).</li>
<li>Diomande, S. E., Nguyen-The, C., Guinebretière, M. -H., Broussolle, V., Brillard, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Role+of+fatty+acids+in+Bacillus+environmental+adaptation%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Role of fatty acids in Bacillus environmental adaptation.</a> Front Microbiol. 6, (2015).</li>
<li>Brillard, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+Bacillus+cereus+Genes+Specifically+Expressed+during+Growth+at+Low+Temperatures%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Identification of Bacillus cereus Genes Specifically Expressed during Growth at Low Temperatures.</a> Appl Environ Microbiol. 76 (8), 2562-2573 (2010).</li>
<li>de Sarrau, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Influence+of+Anaerobiosis+and+Low+Temperature+on+Bacillus+cereus+Growth%2C+Metabolism%2C+and+Membrane+Properties%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Influence of Anaerobiosis and Low Temperature on Bacillus cereus Growth, Metabolism, and Membrane Properties.</a> Appl Environ Microbiol. 78 (6), 1715-1723 (2012).</li>
<li>Diomandé, S. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Involvement+of+the+CasK%2FR+two-component+system+in+optimal+unsaturation+of+the+Bacillus+cereus+fatty+acids+during+low-temperature+growth%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Food+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Involvement of the CasK/R two-component system in optimal unsaturation of the Bacillus cereus fatty acids during low-temperature growth.</a> Int J Food Microbiol. 213, 110-117 (2015).</li>
<li>Berkeley, R. C. W., Heyndrickx, M., Logan, N., De Vos, P. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aBerkeley%2C+RCW+%22Applications+and+Systematics+of+Bacillus+and+Relatives%22">Applications and Systematics of Bacillus and Relatives</a>. Berkeley, R. C. W. , Blackwell Science Publ. 1-7 (2002).</li>
<li>Kämpfer, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Limits+and+Possibilities+of+Total+Fatty+Acid+Analysis+for+Classification+and+Identification+of+Bacillus+Species%5BTitle%5D)+AND+%22System.+Appl.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Limits and Possibilities of Total Fatty Acid Analysis for Classification and Identification of Bacillus Species.</a> System. Appl. Microbiol. 17 (1), 86-98 (1994).</li>
<li>Kaneda, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fatty-acids+of+genus+bacillus+-+example+of+branched-chain+preference%5BTitle%5D)+AND+%22Bacteriol+Rev%22%5BJournal%5D)">Fatty-acids of genus bacillus - example of branched-chain preference.</a> Bacteriol Rev. 41 (2), 391-418 (1977).</li>
<li>Chazarreta Cifre, L., Alemany, M., de Mendoza, D., Altabe, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exploring+the+Biosynthesis+of+Unsaturated+Fatty+Acids+in+Bacillus+cereus+ATCC+14579+and+Functional+Characterization+of+Novel+Acyl-Lipid+Desaturases%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Exploring the Biosynthesis of Unsaturated Fatty Acids in Bacillus cereus ATCC 14579 and Functional Characterization of Novel Acyl-Lipid Desaturases.</a> Appl Environ Microbiol. 79 (20), 6271-6279 (2013).</li>
<li>Sasser, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+Bacillus+anthracis+from+culture+using+gas+chromatographic+analysis+of+fatty+acid+methyl+esters%5BTitle%5D)+AND+%22J+AOAC+Int%22%5BJournal%5D)">Identification of Bacillus anthracis from culture using gas chromatographic analysis of fatty acid methyl esters.</a> J AOAC Int. 88 (1), 178-181 (2005).</li>
<li>Schutter, M. E., Dick, R. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+fatty+acid+methyl+ester+%28FAME%29+methods+for+characterizing+microbial+communities%5BTitle%5D)+AND+%22Soil+Sci+Soc+Am+J%22%5BJournal%5D)">Comparison of fatty acid methyl ester (FAME) methods for characterizing microbial communities.</a> Soil Sci Soc Am J. 64 (5), 1659-1668 (2000).</li>
<li>Destaillats, F., Angers, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((One-step+methodology+for+the+synthesis+of+FA+picolinyl+esters+from+intact+lipids%5BTitle%5D)+AND+%22J+Am+Oil+Chem+Soc%22%5BJournal%5D)">One-step methodology for the synthesis of FA picolinyl esters from intact lipids.</a> J Am Oil Chem Soc. 79 (3), 253-256 (2002).</li>
<li>Fay, L., Richli, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Location+of+double-bonds+in+polyunsaturated+fatty-acids+by+gas-chromatography+mass-spectrometry+after+4%2C4-dimethyloxazoline+derivatization%5BTitle%5D)+AND+%22J+Chromatogr%22%5BJournal%5D)">Location of double-bonds in polyunsaturated fatty-acids by gas-chromatography mass-spectrometry after 4,4-dimethyloxazoline derivatization.</a> J Chromatogr. 541 (1-2), 89-98 (1991).</li>
<li>Zhang, J. Y., Yu, Q. T., Liu, B. N., Huang, Z. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chemical+modification+in+mass+spectrometry+IV-2-alkenyl-4%2C4-dimethyloxazolines+as+derivatives+for+the+double+bond+location+of+long-chain+olefinic+acids%5BTitle%5D)+AND+%22Biol+Mass+Spect%22%5BJournal%5D)">Chemical modification in mass spectrometry IV-2-alkenyl-4,4-dimethyloxazolines as derivatives for the double bond location of long-chain olefinic acids.</a> Biol Mass Spect. 15 (1), 33-44 (1988).</li>
<li>de Sarrau, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Unsaturated+fatty+acids+from+food+and+in+the+growth+medium+improve+growth+of+Bacillus+cereus+under+cold+and+anaerobic+conditions%5BTitle%5D)+AND+%22Food+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Unsaturated fatty acids from food and in the growth medium improve growth of Bacillus cereus under cold and anaerobic conditions.</a> Food Microbiol. 36 (2), 113-122 (2013).</li>
<li>Miwa, T. K., Mikolajczak, K. L., Earle, F. R., Wolff, I. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gas+chromatographic+characterization+of+fatty+acids.Identification+constants+for+mono-+and+dicarboxylic+methyl+esters%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Gas chromatographic characterization of fatty acids.Identification constants for mono- and dicarboxylic methyl esters.</a> Anal Chem. 32 (13), 1739-1742 (1960).</li>
<li>van Den Dool, H., Kratz, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+generalization+of+the+retention+index+system+including+linear+temperature+programmed+gas-liquid+partition+chromatography%5BTitle%5D)+AND+%22J+Chromatogr+A%22%5BJournal%5D)">A generalization of the retention index system including linear temperature programmed gas-liquid partition chromatography.</a> J Chromatogr A. 11, 463-471 (1963).</li>
<li>Stransky, K., Jursik, T., Vitek, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Standard+equivalent+chain+length+values+of+monoenic+and+polyenic+%28methylene+interrupted%29+fatty+acids%5BTitle%5D)+AND+%22J+High+Res+Chromatogr%22%5BJournal%5D)">Standard equivalent chain length values of monoenic and polyenic (methylene interrupted) fatty acids.</a> J High Res Chromatogr. 20 (3), 143-158 (1997).</li>
</ol>

Yazarlar, rekabet eden hiçbir finansal çıkarları olmadığını beyan ederler.

Tablo 1 &#39;de gösterilen FAs kromatogram profilleri bir agar plakası yüzeyi üzerinde büyütülmüş, B. cereus ATCC 14579 karşılık gelmektedir. Bakteri, aynı sıcaklıkta 8 de gaz sıvı ortam içinde büyütülmüştür da benzer profilleri elde edilmiştir. Sıvı ortamda yetişen bakteri durumunda, bakteriyel biyokütlenin büyüme ortamının santrifüj ile toplanır ve büyüme koşulları 8,19 bağlı olarak daha önce tarif edilen protokollere göre yıkanabilir. B. cereus tarafından üreti...

Yağlı asit metil ester (FAME), gaz kromatografisi (GC), lipid karakterizasyonu için gerekli bir yöntemdir. Bu hızlı bir şekilde ayırır ve kısa bir ekstraksiyon aşamasından sonra bir numune, çeşitli yağlı asitleri (FAS) ifade etmektedir. metil ester türevleri, kromatografik kolona doğru yüksek, uçucu istikrarlı ve inert böylece atık doruklarına kaçınarak. kromatografik profiller yayımlanmış veya standartlarla karşılaştırıldığında, çünkü örnek tanınmış finansman kurumu oluşuyorsa kendi kimlik oldukça basittir. Buna ek olarak, çeşitli Fas&#39;ın ölçümü için bir kalibrasyon standartları tekrar enjeksiyon alev iyonizasyon saptamasıyla (FID) 1 kendi hemen hemen sabit tepki verilir, gerekli değildir. FID ek olarak, kütle spektrometrisi (MS) tespit FAMEler teyit etmek için bir bilgi tamamlayıcı bir dizi sağlar. Kareleri elektron iyonizasyonu (El) ile şarj edilir, ancak elde edilen spektrumlar her th için izin vermeFA ince yapısının e tanımlanması. Teşhis iyonları 1 tespit edilmesi zor olan ve hedef iyon bolca karakteristik bir değişiklik kütle spektrumu kütüphaneleri 2 kullanımını engelleyen, makineye bağlı olduğu için, örneğin, konum dallanma (yani, metil dallı grup) tahmin etmek zordur. Başka bir sorun EI çift bağ göçünü neden olduğundan çift bağ pozisyonunu belirleme yatıyor. Böylece, çift bağ pozisyonlarını değişen FA izomerleri kendi kütle spektrumları ayırt edilemez. Neyse ki, başka araçlar FA tanımlanması için geliştirilmiştir. Örneğin, durum ve fasıl&#39;da çift bağların ya da dallanma konumu eş zincir uzunluğuna sahip (ECL) 3 hesaplanarak conjectured edilebilir. Diğer türetme yöntemleri bir çift bağ ya da kollara ayrılmış bir metil grubunun konumuna bağlı olarak, farklı kütle spektrumları ile sonuçlanır. 4,4-Dimetil oksazolin türevleri (DMOX) 4 EAS izintekli doymamış yağ asidi çift bağların pozisyon y tanımlanması. Ester (pikolinil ester) türevleridir metil yerini kesin tanımlanması için izin veren 3-pyridylcarbinyl FAs 5 dallanmış. Nükleer manyetik rezonans (NMR) spektrumu, yapısal karakterizasyon 1 tartışılmaz bir yöntem için gerekli olan, saflaştırma karmaşık yöntemler kullanmaya gerek kalmadan kromatografik (ECL) ile kütle spektrumları (DMOX ve pikolinil) bilgi çoğu Fas&#39;ın saptanmasına olanak birleştirme . Bazı insan ve hayvan patojenleri içeren Bacillus, bakteriler, çok çeşitli bir niş kolonize edebiliyoruz ve bu nedenle yaygın olarak çevre 6 dağıtılır. Bacillus cinsi içinde, FA bileşimi (çevresel değişiklikler geniş bir uyum FA desen modülasyonlar türlerin ekolojik niş etkilenir, örneğin, büyüme ortamı, sıcaklık,pH, vs.) 7-9. Çünkü standart koşullarda büyüme sırasında Bacillus türleri arasında FA model göreli homojenlik FA bileşimin belirlenmesi Bacillus türleri tanımlamak için kullanılan temel kriterlerden biridir. Bacillus cinsinin eşsiz bir nitelik 12-17 karbon iso ve çevre koşullarına uyum önemli bir belirleyicisi olan anteiso- izomerler arasındaki oran ile 10-12 ihtiva eden dallı zincirli finansman kurumu bolluğu olduğunu. Bacillus türleri de doymamış yağ asitlerinin oranının değiştirilmesiyle çevresel değişimlerin uyum. Bacillus cereus gibi bazı türler, iki yağ asidi desatürazlar uyum 9 farklı rollere sahip alkil zincirinin 13 farklı pozisyonlarda çift bağ oluşturur. Bacillus cinsinin örnek tam çift bağ pozisyonunu belirleme ve FA dallanma önemini göstermektedir. Toplamakively, Bacillus FA desen kimlik birçok yararlı uygulamalar vardır. Bu yazıda, klasik bir GC-MS analizi doğasında kısıtlamaların üstesinden Bacillus FA desen tanımlanması için yeni bir GC-MS yaklaşımı öneriyoruz. Bu yenilikçi yaklaşım, ham biyolojik bir malzeme üzerinde doğrudan kullanılan ve mevcut tekniklerin bir kombinasyonundan oluşur edilebilir: tutma süreleri (ECL) ve farklı FAs türevleri (FAME, DMOX ve pikolinil-ester) kütle spektrumları modülleri. Biz şu FA isimlendirme kullanın. a ve n, iso gösterir I, anteiso- metil sırasıyla dallanmış ve düz zincirli yağlı asit. Doymamış FAs C olarak seçilmiştir: Cı karbonlu yağlı asit atomuna ve D sayısı D ikili bağların sayısı. Δ X bir çift bağ karboksilik asit uç sayarak, X. karbon-karbon bağı bulunmaktadır çift bağ pozisyonunu gösterir.

<table><tbody><tr><td>GC/MS</td><td>Shimadzu</td><td>QP2010</td><td></td></tr><tr><td>kılcal kolon ZB WAX</td><td>Phenomenex</td><td>7HG-G007-11</td><td>30 m x 0,25 mm x 0,25&nbsp; &mikro; m</td></tr><tr><td>Metanol Lichrosolv</td><td>VWR</td><td>1.06018.2500</td><td></td></tr><tr><td>potasyum hidroksit</td><td>Aldrich</td><td>P1767</td><td></td></tr><tr><td>THF</td><td>Hipersolv Chromanorm</td><td>28559.320</td><td></td></tr><tr><td>Diklorometan</td><td>Hipersolv Chromanorm</td><td>23373.320</td><td></td></tr><tr><td>Hekzan</td><td>Hipersolv Chromanorm</td><td>24575.320</td><td></td></tr><tr><td>3-piridinemetanol</td><td>Aldrich</td><td>P6-680-7</td><td></td></tr><tr><td>potasyum tertiobutoksit</td><td>Aldrich</td><td>156671</td><td></td></tr><tr><td>2-amino-2-metil-1-propanol</td><td></td><td>A-9879</td><td></td></tr><tr><td>MilliQ Akademik</td><td>Kırlangıç ZMQS50001</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Bakteriyel Asit Metil Ester (BAME) Karışımı</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>47080-U Supelco</td><td></td></tr></tbody></table>

yağ asitlerinin tanımlanması içinde<em&gt; bacillus cereus</em

Identification of Fatty Acids in Bacillus cereus

Bacillus türleri metil dalının farklı pozisyonları ile zincirli ve doymamış yağ asitleri (FAS) dallanmış (izo ya anteiso-) ve çift bağın. FA kompozisyonundaki değişikliklerin çevreye bakterilerin adaptasyon önemli bir rol oynamaktadır. Bu değişiklikler anteiso- fas dallı karşı iso oranında bir değişiklik gerektirir ve belirli pozisyonlarda oluşturulan ikili bağlar ile doyurulmuş Fas&#39;a doymamış FAs göreli, oranında. FA profilinin kesin kimlik Bacillus türlerinin adaptasyon mekanizmalarının anlaşılması gereklidir. Bacillus&#39;dan Fas&#39;ı çoğu ticari olarak temin edilebilir değildir. yağlı asit metil esterleri (FAME), 4,4-dimetil oksazolin: Bu tarifnamede önerilen strateji üç FA türevlerinin tiplerine kütle spektrumları ile (eş zincir uzunluğuna sahip (ECL) hesaplanması ile) alıkoyma süresi hakkında bilgi birleştirerek Fas tanımlar türevleri (DMOX) ve3-pyridylcarbinyl ester (pikolinil). Bu yöntem, bilinmeyen fas arındırmak için gerek kalmadan fas belirleyebilir. Standartları ticari bir karışım olan, Bacillus cereus hazırlanabilir FAME kromatografik profillerini karşılaştırmak için diğer Fas&#39;ın kimliğine fas, ECL hesaplama ve hipotez, doymuş, düz zincirli tanımlanmasına izin verir. ve Fames karbona aynı sayıda doğrusal doymuş finansman kurumu göre FAS, iso veya anteiso-, ECL sürekli bir negatif kayma gösterir doymuş dallı. Doymamış Fas&#39;ı kareleri moleküler iyon kütlesi ile tespit ve karşılık gelen doymuş Fas&#39;ına göre ECL olumlu bir artışa neden olabilir. Fas&#39;ı dallanma konumu ve doymamış Fas&#39;ın çift bağ pozisyonu, sırasıyla, pikolinil ve DMOX türevlerinin elektron iyonizasyon kütle spektrumları ile tespit edilebilir. Bu yaklaşım, tüm bilinmeyen doymuş şube tanımlarEd fasının doymamış, düz zincirli Fas ve B. cereus özü doymamış dallı FASB.

Bakteriyel hücrelerden FA kimlik stratejisi Şekil 1 &#39;de sunulmuştur. Her adım tamamlayıcı spektral bilgi veya kromatografik tutma hakkında bilgi sağlar. Aşama 1, standart çözeltisi kullanılarak, ön FA belirlenmesinden oluşur. Adım 2 geçici ürünlerini belirlemek için, FAME EI spektrumları ve ECL yorumlanması için izin verir. Adım 3 dallı zincirli-Fas kesin dallanma konumunu tanımlar. Son olarak, aşama 4, doymamış fasıl&#39;da çift bağların kesin konumunu tanımlar. </p...

Yağ asitlerini saflaştırmaya gerek kalmadan tanımlamak için bir protokol öneriyoruz. Tutma süreleri hakkındaki bilgileri üç tip yağ asidi türevinin kütle spektrumları ile birleştirir: yağ asidi metil esterleri (FAME'ler), 4,4-dimetil oksazolin türevleri (DMOX) ve 3-piridilkarbinil esterler (pikolinil).

Yağ Asitlerinin Tanımlanması içinde<em&gt; Bacillus cereus</em

The Bacillus species contain branched chain and unsaturated fatty acids (FAs) with diverse positions of the methyl branch (iso or anteiso) and of the ...

Bu protokolün genel amacı, bakterilerdeki yağ asitlerini belirlemek ve metil dallanmasının ile çift bağların konumunu tespit etmektir. Bu yöntem, bakterilerin çevrelerine adapte olma biçimlerinde yağ asitlerinin rolü gibi bakteriyoloji alanındaki temel soruların yanıtlanmasına yardımcı olabilir. Bu tekniğin temel avantajı, yağ asitlerinin çoğaltılmasının gerekmemesidir.Yağ asidi kompozisyonunun bakteriyel taksonomideki önemi nedeniyle, bu tekniğin etkileri bakteriyel tanımlamaya kadar uzanmaktadır. Bu yöntem Bacillus cereus bakterileri üzerinde geliştirilmiş olsa da, dallı zincirli yağ asitleri içeren diğer türlerin incelenmesi için de oldukça uygundur. Genel olarak, bu yöntemin geliştirilme sürecinde zorluklar yaşadık.Güncel yağ asidi tanımlama yöntemleri, çift bağ konumundaki metil dallanmalarını tespit edemediği için; bu prosedüre başlamak için, LB agar besiyeri plak yüzeyine, LB içerisinde 30 °C'de inkübe edilmiş suşun gece boyunca büyütülmüş kültüründen 100 µL yayarak bakteriyel bir ekim alanı hazırlayın. Plağı gece boyunca 30 °C'de inkübe edin.Lipid yağ asitlerini elde etmek için, kolonileri agar plakadan sıyırarak bakteri hücrelerini hasat edin. Ardından, yaklaşık 40 mg hücreyi vidalı kapaklı ve PTFE contalı on mililitrelik bir cam tüpe aktarın. Transesterifikasyon işlemini gerçekleştirmek için, taze bakteri hücrelerine beş mililitre 0.2 M metanol içinde potasyum hidroksit ekleyin.Vorteksleyin ve 37 °C'de bir saat inkübe edin. Ardından, pH'ı yediye düşürmek için bir molar asetik asitten bir mililitre ekleyin. Şimdi, yağ asidi metil esterlerini veya FAME'leri ekstrakte etmek için üç mililitre heksan ekleyin ve bir dakika vorteksleyin.Üst fazı temiz tüplere aktarın ve yaklaşık 200 µL FAME özütü elde etmek için oda sıcaklığında, sürekli nitrojen akışı altında evaporasyon yoluyla konsantre edin. Ardından, özütleri insertli GC viallerine aktarın. Özütleri, kapiler kolon ile donatılmış bir gaz kromatografisi-kütle spektrometrisi veya GC-MS sistemine enjekte edin.Enjeksiyon portu sıcaklığını 250 °C'ye ayarlayın. Fırın sıcaklığını bir dakika boyunca 50 °C'de sabit tutun. Sıcaklığı dakikada 20 °C artış hızıyla 190 °C'ye yükseltin ve ardından dakikada iki °C artış hızıyla 230 °C olan nihai sıcaklığa çıkarın.Kütle spektrometrisi (MS) için, kütle spektrumlarını 70 elektron volt değerinde elektron iyonizasyonu (EI) ile kaydedin ve toplam iyon akımı kazanımını 50 ile 400 atomik kütle birimi (AMU) arasına ayarlayın. Kurutulmuş FAME ekstraktı örneğini bir mililitre kuru diklorometan içerisinde çözün. Ardından, ekstrakt çözeltisini ve 0,2 mililitre 3-piridinmetanolü, tetrahidrofuran içindeki 0,1 mililitre bir molar potasyum tert-butoksit üzerine ekleyin.Çözeltiyi kapalı bir flakon içerisinde 40 °C'de 30 dakika boyunca ısıtın. Çözelti oda sıcaklığına soğuduktan sonra, iki mL saflaştırılmış deiyonize su ve dört mL heksan ekleyin. Çözeltiyi bir vorteks karıştırıcı ile bir dakika boyunca karıştırın.Fazların ayrılmasına izin verdikten sonra üstteki organik fazı toplayın. Ardından, organik faz berraklaşana kadar susuz sodyum sülfat ekleyin. Organik fazı temiz bir tüpe aktarın, ardından yaklaşık 200 microliters hacme ulaşana kadar organik fazı nitrojen akımı altında evapore edin.Kurutulmuş FAME ekstraktı örneğine 250 miligram 2-amino-2-metil-1-propanol ekleyin. Tüpü azot ile temizleyin ve bir tıpayla kapatın. Ardından, çözeltiyi gece boyunca 190 °C'de ısıtın.Çözeltiyi oda sıcaklığına soğuttuktan sonra, üç mililitre diklorometan ve beş mililitre saflaştırılmış deiyonize su ekleyin. Karışımı vorteksleyin ve fazların ayrılmasını bekleyin. Ardından, sulu fazı uzaklaştırın.Bunu takiben, organik fazı beş mililitre su ile yıkayın. Organik faz berraklaşana kadar susuz sodyum sülfat ekleyin. Organik fazı yeni bir test tüpüne aktardıktan sonra, yaklaşık 200 microliters hacme ulaşana kadar bir nitrojen akımı altında evaporate edin.I16 pikolinal türevi kütle spektrumu metil dallanmasını doğrulamaktadır. 304 ve 332'deki iyonlar arasındaki 28 AMU'luk fark, dallanmış karbonun öncesinde ve sonrasında oluşan fragmanlara karşılık gelmektedir. DMOX türevleri için karakteristik olan 113 ve 126 tanısal iyonları burada gösterilmiştir.307 moleküler iyonu 16:1 izomerine özgüdür ve 196 ile 208 arasındaki 12 AMU'luk fark, karbon konumundaki bir çift bağı gösterir. Çift bağ 7. karbondan önce olduğunda 12 AMU'luk fark artık gözlemlenmez. DMOX türevi kütle spektrumundaki, 5. karbondaki çift bağa özgü olan yoğun 153 iyonu ve 307 moleküler iyonu, bu bileşiği n16 bir delta beş olarak tanımlamıştır.DMOX türevinin 307 iyonu ve picolinal türevinin 345 iyonu, 16:1 yağ asidi izomerini belirtir. 28 AMU'luk bir fark dallanma konumunu, DMOX için 12 AMU ve picolinal ester için 26 AMU'luk bir fark ise çift bağı tanımlar. Bacillus cereus'ta tanımlanan yağ asitleri ve bunlara karşılık gelen tanısal iyonlar burada listelenmiştir.Tanılayıcı iyonlar, DMOX ve pikolinal ester türevleri için karbon zinciri üzerindeki metil dallanma ve çift bağ konumlarını belirler. Bu teknikte uzmanlaşıldığında, uygun şekilde yürütülürse işlem iki günde tamamlanabilir. Bu prosedürün ardından, yağ asitleri GC-MS ve FAME türevlerinin salınımı yoluyla nicelleştirilebilir.Geliştirilmesinin ardından bu teknik, bakteriyoloji alanındaki araştırmacıların bakteriyel çeşitliliği ve bakteriyel adaptasyon mekanizmalarını keşfetmelerinin yolunu açmıştır. Bu videoyu izledikten sonra, metil dallanmış ve doymamış yağ asitleri de dahil olmak üzere bakterilerdeki yağ asitlerinin nasıl çalışılacağı konusunda iyi bir anlayışa sahip olmalısınız. Reaktiflerle çalışmanın son derece tehlikeli olabileceğini ve bu prosedürü gerçekleştirirken laboratuvar çeker ocak kullanımı ve eldiven giyilmesi gibi önlemlerin her zaman alınması gerektiğini unutmayın.

identification-of-fatty-acids-in-bacillus-cereus

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Biyokimya

Biz son zamanlarda basit bir bakteriyel tespiti için floresan assay "mix-ve-okuma" kurmak için uygulanabilir Flourogenik DNAzyme probları üretmek için yeni bir yaklaşım bildirdin. Bu özel DNA sondaları böylece floresans sinyali kuşağa bakteriyel algılama çevirme belirli bakteri tarafından üretilen ham hücre dışı karışımı (CEM) varlığında, bir kromofor-değiştirilmiş-DNA RNA kimerik substratın bölünme katalize. Bu yazıda, "RFD-EC1" ifade belirli bir DNAzyme prob modeli bakterinin tespiti için...

Flourogenik DNAzymes kullanarak Bakterilerin Tespiti

Kaynak: Ginies, C., ve diğerleri. Bacillus cereus'ta Yağ Asitlerinin Tanımlanması. J. Vis. Uzm. (2016)Bu video, biyokütleyi alkali bir çözelti ile işleyerek bakteri örneklerinden yağ asidi metil esterlerinin (FAME'ler) hazırlanması, ardından aşağı akış analizi için faz ayırma ve çözücü buharlaştırma sürecini göstermektedir.

Bakteriyel Biyokütleden Yağ Asidi Metil Esterlerinin (FAME'ler) Hazırlanması

Gram-negatif bakterilerin lipopolisakarit (LPS) lipid A alanı izolasyonu ve karakterize edilmesi, hücre yüzeyi antibiyotik direnç mekanizmaları göre, bakterinin yaşamda kalması ve spor ve nasıl kimyasal olarak çeşitli lipit A moleküler türün farklı olarak ana doğal immün yanıtları modüle fikir verir.

Gram-negatif bakterilerin izolasyonu ve Lipid A kimyasal karakterizasyonu

Mekanik hücre bozulması, solvent esaslı lipid ekstraksiyonu, transesterifikasyon ve miktar tayini ve gaz kromatografisi kullanılarak yağ asitlerinin tanımlanması göre mikroalg yağlı asit içeriği ve bileşimin belirlenmesi için bir yöntem tarif edilmektedir. Bir tripentadecanoin iç standart ekstraksiyon ve eksik transesterifikasyon esnasında muhtemel kayıpları telafi etmek için kullanılır.

Mikroalglerden yağlı asit içeriği ve bileşimi analizi

&lt;em&gt; Caenorhabditis elegan &lt;/ em&gt; geliştirme ve fizyolojisi çok-doymamış yağlı asitlerin fonksiyonlarını keşfetmek için uygun bir modeldir. Bu protokol &lt;em&gt; C tamamlayan etkili bir yöntem tarif elegans &lt;/ em&gt; çoklu doymamış yağ asitleri ile diyet.

Çoklu doymamış yağ asitlerinin Diyet takviyesi<em&gt; Caenorhabditis elegans</em

Yani, yağ asitleri asimilasyon tüm molekül ve transfer tüketici doku içine yağ asidi trofik marker yaklaşım değişiklik, engel olmayan ya da küçük küçük toprak omurgasızlar yağ asidi metabolizması bilgi boşlukları tarafından. Isotopologue profil oluşturma trofik etkileşimleri disentangle için değerli bir araç olarak sağlanır.

Yağ asidi 13C profil oluşturma Isotopologue trofik karbon Transfer ve Lipid metabolizması, omurgasız tüketicilerin sağlar

Bu yöntem, özellikle Staphylococcus aureusgibi kompleks ana kaynaklardan gelen eksojen yağ asitleri dahil etmek için bir çerçeve sağlar. Bunu başarmak için, tavuk yumurtası sarısı ve kütle spektrometresi kullanan bakteriyel fosfolipidlerin sonraki yağ asidi profillerinden lipoprotein parçacıklarının zenginleşmesi için protokoller açıklanmıştır.

Membran fosfolipidler içine bakteriyel patojen yağ asidi kuruluş çalışması için tavuk yumurtası sarısı lipoprotein parçacıklarının yalıtım

Çok çeşitli mikobakterilerin hücre duvarının toplam lipit içeriğini çıkarmak için bir protokol sunulmaktadır. Ayrıca, farklı mikolik asit türlerinin ekstraksiyon ve analitik protokolleri gösterilmiştir. Bu mikobakteriyel bileşikleri izlemek için ince katmanlı bir kromatografik protokol de sağlanmaktadır.

İnce Tabaka Kromatografisi ile Mikobakterilerin Lipid Bileşiminin Analizi

Burada, maldi-TOF-TOF tandem kütle spektrometresi ve yukarıdan aşağıya proteomik analiz kullanılarak genomik olarak sıralanmış patojenik bakteriler tarafından üretilen proteinlerin şirket içinde geliştirilen yazılımla hızlı tanımlanması için bir protokol sunuyoruz. Metastable protein iyonları, aspartik asit etkisi nedeniyle parçalanır ve bu özgüllük protein tanımlaması için yararlanılmıştır.

MALDI-TOF-TOF-MS/MS ve Yukarıdan Aşağıya Proteomik Analiz kullanılarak Escherichia coli'de Antibakteriyel Bağışıklık Proteinlerinin Tanımlanması

Burada, in vivo kahverengi yağ dokusunda toplam yağ asidi de novo lipogenezinin analizi için döteryum oksit ve gaz kromatografisi kütle spektrometrisi (GCMS) kullanan ucuz bir kantitatif yöntem sunuyoruz.

Kahverengi Yağ Dokusunda De Novo Yağ Asidi Sentezinin Döteryum Oksit Kullanılarak Kantitatif Tayini

Öğrenin, Bacillus cereus kullanarak bakterilerdeki yağ asitlerini saflaştırma yapmadan nasıl tanımlayacağınızı. Bu yöntem, metil dallanma ve çift bağ pozisyonlarını belirleyerek bakteri taksonomisinde önemli bilgiler sunar.

Yağ Asitlerinin Tanımlanması içinde

Daha fazla video keşfet