Name: Yüksek üretilen iş paralel sıralama ölçü Fitness Leptospira interrogans Transposon ekleme mutantlar sırasında altın Suriye Hamster enfeksiyon için (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-12-18T12:30:00.000+00:00
Duration: 11 min 50 s
Description: Keşfedin yüksek verimli transposon dizileme yöntemiyle Leptospira interrogans mutantlarının in vivo ve in vitro fitness analizini. Altın Suriye hamster modelinde virülans genlerini belirleyin ve bakteri patogenezini anlayın.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Bu eser bir gazileri işleri Başarı Ödülü (için D.A.H.) tarafından desteklenen ve bir Ulusal Sağlık Enstitüsü (D.A.H.) R01 AI 034431 verin.

Dikkat: Patojen Leptospira spp. suşlarının seviye 2 (BSL-2) koruma prosedürleri altında ele alınması gerekir. Uygun kişisel koruyucu ekipman (PPE) takılmalıdır. Sınıf II Biyogüvenlik kabini patojenik Leptospira spp. tüm manipülasyonlar için kullanılmalıdır
1. Transposon Yaratılış Mutant Kütüphane15
<ol><li>
Transposon transfer Leptospira spp. konjugasyon tarafından içine (Resim 1)
	<ol>
<li>Bir birim 10 mL Ellinghausen-McCullough-Johnson-Harris orta (EMJH)18,19107 hücrelere karşılık gelen patojenik Leptospira spp. kültürünün üssel faz aşılamak. 150 yoğunluğu 2-8 x 108 hücre/mL ulaşıncaya kadar sallayarak rpm ile 30 ° C'de kuluçkaya. Not: Katlama, patojen leptospires zorlanma bağlı olarak 12-24 h zamanı.</li>
		<li>5 mL, Luria suyu (2,6-diaminopimelicacid (DAP), 50 µg/mL 0.3 mM ile desteklenmiş LB) içine mobilizable transposon plazmid (pCjTKS2)16 taşıyan donör Escherichia coli zorlanma β216320 50 µL aşılamak sefaloridin (Km) ve 50 µg/mL Spektinomisin (Spc) ve 37 ° C kuluçka 255 devirde gecede yerde.</li>
		<li>DAP (EMJH + DAP) 0.3 mM ile desteklenmiş EMJH 3 mL içine E. coli hücre 60 µL aşılamak. 3-4 h OD600nm≈ 0,3 ilâ 255 rpm ajitasyon, 37 ° C'de kuluçkaya.</li>
		<li>Filtrasyon ünitesi (şekil 1) bir araya getirmek için bir 125 mL yan-kol üzerinde Erlenmeyer flask Bankası yerleştirin, bir asetat-selüloz filtre pozisyonu (gözenek boyutu 0.1 mm; çapı 25 mm) Bankası ve kelepçe kaidenin üzerine huni. Filtrasyon ünitesi vakum bir sisteme bağlayın.</li>
		<li>Leptospira spp5 mL ekleyin. Kültür ve E. coli kültür huni içine 0.5 mL. Sıvı filtreden vakum.</li>
		<li>Yukarı dönük olacak şekilde bir EMJH + DAPplate bakteri yüzey filtresiyle aktarın. 30 ° C'de gecede yukarı dönük olacak şekilde filtre ile kuluçkaya.</li>
		<li>EMJH ve girdap 10 için 1 mL içeren bir 15 mL tüp içine süzgeç koyun s bakteri medya serbest bırakmak için. Süspansiyon üzerine 5 EMJH platescontaining 50 µg/mL de 10-15 1 mm steril cam boncuk veya steril bir tek kullanımlık dağıtıcısı kullanarak Km 200 µL yayıldı. Plakayı parafilm ile sarın ve onları baş aşağı 30 ° C'de 3-4 kolonileri görünür hale gelene kadar hafta kuluçkaya.</li>
		<li>Koloniler 150 rpm ajitasyon 7 ila 10 gün kültür ≈ 10 bir yoğunluğuna ulaşır kadar altında 30 ° C'de EMJH Km (EMJH + Km) 50 µg/mL içeren ayrı ayrı 3 mL aktarmak8/mL. Not: Kültürler-80 ° C'de veya sıvı azot (ile % 4 gliserol) depolanabilir.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
Transposon ekleme sitesi tarafından iç içe PCR tanımlaması (Şekil 2)
	<ol>
<li>Kuluçka 15dk için 95 ° C'de tarafından 50 µL PCR tüpleri her transposon mutant parçalayıcı. Not: DNA bunun yerine, bir DNA ekstraksiyon kiti kullanarak saf.</li>
		<li>PCR karışımı ile Deg1 ve Tnk1 astar (Tablo 3) Tablo 1göre hazırlayın. Mix 23,7 µL her PCR tüp aktarmak ve lysed hücrelerinin 1.3 µL ekleyin. Programı çalıştırın: 95° C 5 dakika; 40 devir: 15 95 ° C s, 40 ° C için 1 dakika, 72 ° C için 2 dk; 10 dk 72 ° C.</li>
		<li>PCR karışımı etiket ve TnkN1 astar (Tablo 3) göre Tablo 2ile olun. Mix 24.2 µL her PCR tüp aktarmak ve 0.8 µL PCR 1 tepki ekleyin. Programı çalıştırın: 95 ° C 5 dakika; 35 devir: 15 95 ° C s, 30 55 ° C s, 72 ° C için 2 dk; 10 dk 72 ° C.</li>
		<li>3 µL PCR ürünlerinin % 1'özel jel 10-15 V/cm (şekil 2B), 1 X Tris-asetat-EDTA (TAE) arabelleği ile çalıştırın.</li>
		<li>PCR ürünlerinin bir PCR arıtma kit kullanarak olumlu örnekleri arındırmak. DNA paketi tarafından kurtarılan DNA konsantrasyonu en üst düzeye çıkarmak için izin verilen en düşük güç ile elute.</li>
		<li>Arıtılmış PCR ürünleri TnkN1 astar (Tablo 3) kullanarak sıralama Sanger için gönderin.</li>
		<li>Ekleme siteleri ebeveyn zorlanma 's genom dizisi ile elde edilen sıra BLASTN analizi (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/) ile karşılaştırarak veya SpiroScope veritabanı (http://www.genoscope.cns.fr/agc/mage)21kullanarak tanımlayın.</li>
		<li>Transposon kanat ana bilgisayar sıraları tavlama primerler kullanılarak PCR tarafından ekleme sitesi onaylayın. Not: Transposon vahşi-tipi kol boyutunu artırır tarafından ≈ 2 kb.</li>
	</ol>
</li>
</ol>2. hayvan deneyi (şekil 3)
<ol><li>
Leptospira mutantların kültür
	<ol>
<li>Tek tek her seçili transposon mutant EMJH + Km 10 ml 107-108 leptospires/mL bir yoğunluk için 150 rpm ajitasyon, 30 ° C'de büyümek.</li>
		<li>Karanlık-alan mikroskobu ile Petroff-Hausser sayaç veya Miller23tarafından tanımlandığı gibi tarafından leptospires saymak.</li>
		<li>EMJH her kültürde aynı yoğunluğu, örneğin 106 hücre/mL için sulandırmak.</li>
		<li>Giriş havuzu bir araya getirmek için eşit birimleri seyreltilmiş kültürlerde karıştırın. Not: bilinen fitness kusurları gibi loa2217,24 mutantlarla ve ligB17,25gibi değişmeden fitness mutantlarla ekleyerek giriş havuzda denetimleri dahil, anılan sıraya göre. Mutantlar takımlık %4 gliserol-80 ° C'de veya sıvı azot ile saklanır.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
Meydan okuma Not: Burada açıklanan yöntemleri gazileri işleri büyük Los Angeles kurumsal hayvan bakım ve kullanım Komitesi (iletişim kuralı #09018-14) tarafından kabul edildi.<ol>
<li>Her hayvan giriş havuza intraperitoneally 1 mL 26G x ½" iğne ile bir insülin şırınga U-100 enjekte et. Not: pilot denemede giriş Havuzu, yani, 106 bakteri toplam171 mL ile 8 hayvanlar meydan. Enfeksiyon 4 gün önce ötenazi için devam etmek için izin verildi.</li>
		<li>Giriş havuzun 10 mL toplamak ve 20 dk 3,220 x g., dikkatli bir şekilde çıkarın için süpernatant Pelet bozmadan spin. Hücre Pelet, - 80˚C kadar kullanmak (Adım 3.1.3) depolar.</li>
		<li>Onlar önceden belirlenmiş uç noktada durduruluncaya kadar hayvanlar her gün izlemek. Hamster günlük tartmak ve bitiş noktası ölçütlerini bak: kaybetme-in iştah, yürüyüş veya nefes zorluk, secde, fırfır yakalı kürk veya &gt; elde en fazla kilo kaybı.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
Vitro deney
	<ol>
<li>Challenge günü, EMJH + Km 25 ml 5 mL de giriş havuzu ile 3 şişe aşılamak. Kültürler 150 rpm ajitasyon altında 30 ° C'de büyümek.</li>
		<li>Leptospires her gün Bölüm 2.1.2 yöntemlerden birini kullanarak sayma. Spin yoğunluğu ≈ 1 x 108/mL ulaştığında, her süspansiyon 3,220 x g de 20 dakika aşağı.</li>
		<li>-80 ° C'de hücre topakları kullanmak kadar saklamak.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
Hasat ve depolama dokularin
	<ol>
<li>İkili Torakotomi26tarafından takip isoflurane Solunduğunda hayvanlara ötenazi.</li>
		<li>Hemen 1-2 mL kan tarafından kalp ponksiyon 3 mL şırınga ve iğne 25G x 5/8" ile toplamak. Kan EDTA içeren tüp içine aktarın. INVERSION tarafından 5-6 kez karıştırın.</li>
		<li>Bir böbrek ve ⅓ ventral medyan LOB karaciğer ½ simgesiyle cryotubes toplamak.</li>
		<li>-80 ° C'de dokuları kullanmak kadar saklamak.</li>
	</ol>
</li>
</ol>3. inşaat yüksek üretilen iş sıralama (şekil 4) için genomik kütüphanelerin
<ol><li>
DNA ekstraksiyon
	<ol>
<li>Kandan DNA ekstraksiyon.<ol>
<li>100 µL kan EDTA tüp sizden bir microcentrifuge tüp aktarın.</li>
			<li>Bir DNA ekstraksiyon kiti kullanılarak DNA arındırmak. Üreticinin yönergeleri izleyin.</li>
		</ol>
</li>
		<li>DNA dokuları çıkarma.<ol>
<li>Neşter ve makas kullanarak, 50-80 mg (1 mm x 1 mm) küçük parçalara her organ arasında zar ve steril vida-kap kuru tüpe aktarmak. Doku ağırlığı ile hassas denge ölçmek.</li>
			<li>Steril PBS 500 µL tüpün içine ekleyin.</li>
			<li>Örnekleri saniyede 5 hareketleri, 1 dk. için topu kullanarak lunaparkçı.</li>
			<li>Aşağıdaki denklemi kullanarak doku 25 mg için karşılık gelen birim Hesapla: <img alt="Equation 1" src="/files/ftp_upload/56442/56442eq1.jpg">
</li>
			<li>Hesaplanan birim DNA ekstraksiyon kiti aktarın. DNA arıtma üreticinin yönergeleri izleyerek devam edin.</li>
		</ol>
</li>
		<li>Giriş havuzu ve vitro kültürlerden DNA ekstraksiyon.<ol>
<li>Bakteriyel granül, oda sıcaklığında 5-10 dk çözülme.</li>
			<li>DNA ekstraksiyon kiti eşlik eden yönergeleri izleyerek devam edin.</li>
		</ol>
</li>
		<li>Mağaza DNA-80 ° c kadar kullan.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
DNA kesme (şekil 5)
	<ol>
<li>50 µL ayıklanan DNA 1.5 mL microcentrifuge tüp üzerine aktarın.</li>
		<li>Tüpler (4 ° C) soğuk su ile dolu sonicator Kupası boynuz rafa yerleştirin.</li>
		<li> </li><li></ol></li><li><ol><li><li> <img alt="Equation 2" src="/files/ftp_upload/56442/56442eq2.jpg"></li><li> </li><li></ol></li><li><ol><li><ol><li> </li><li></ol></li><li><ol><li> </li><li></ol></li><li></li></ol></li><li> </li><li><li> <img alt="Equation 3" src="/files/ftp_upload/56442/56442eq3.jpg"></li><li> </li></ol><ol><li><ol><li></ol></li><li><ol><li><ol><li><li><li><li> </li></ol></li><li> <ol><li><li></li></ol></li><li><ol><li><li><li></ol></li><li><ol><li></ol></li><li> <ol><li><li> </li><li></ol></li><li><ol><li><li><li><li><li><li><li><li><li><li></ol></li><li><ol><li> </li><li> </li><li> </li></ol></li><li><ol><li></li><li> </li><li></ol></li><li><ol><li><li> </li><li></ol></li><li><ol><li><li> </li><li></ol></li><li><ol><li><li> </li><li></ol></li><li><ol><li><li> </li><li></ol></li><li> </li><li><ol><li><li> </li><li></ol></li><li> </li><li><ol><li><li> </li><li></ol></li><li> </li></ol></li><li><ol><li> </li><li> </li><li> <img alt="Equation 4" src="/files/ftp_upload/56442/56442eq4.jpg"></li><li> <img alt="Equation 5" src="/files/ftp_upload/56442/56442eq5.jpg"></li><li><ol><li></li><li></ol></li></ol></li></ol>

<ol><li>Murray, G. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+transposon+mutagenesis+in+pathogenic+Leptospira+species%5BTitle%5D)+AND+%22Infect+Immun%22%5BJournal%5D)">Genome-wide transposon mutagenesis in pathogenic Leptospira species.</a> Infect Immun. 77 (2), 810-816 (2009).</li>
<li>Adler, B., Lo, M., Seemann, T., Murray, G. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pathogenesis+of+leptospirosis%3A+the+influence+of+genomics%5BTitle%5D)+AND+%22Vet+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Pathogenesis of leptospirosis: the influence of genomics.</a> Vet Microbiol. 153 (1-2), 73-81 (2011).</li>
<li>Marcsisin, R. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Use+of+a+high-throughput+screen+to+identify+Leptospira+mutants+unable+to+colonize+the+carrier+host+or+cause+disease+in+the+acute+model+of+infection%5BTitle%5D)+AND+%22J+Med+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Use of a high-throughput screen to identify Leptospira mutants unable to colonize the carrier host or cause disease in the acute model of infection.</a> J Med Microbiol. 62, 1601-1608 (2013).</li>
<li>van Opijnen, T., Bodi, K. L., Camilli, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tn-seq%3A+high-throughput+parallel+sequencing+for+fitness+and+genetic+interaction+studies+in+microorganisms%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Tn-seq: high-throughput parallel sequencing for fitness and genetic interaction studies in microorganisms.</a> Nat Methods. 6 (10), 767-772 (2009).</li>
<li>van Opijnen, T., Lazinski, D. W., Camilli, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+fitness+and+genetic+interactions+determined+by+Tn-seq%2C+a+high-throughput+massively+parallel+sequencing+method+for+microorganisms%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Protoc+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Genome-wide fitness and genetic interactions determined by Tn-seq, a high-throughput massively parallel sequencing method for microorganisms.</a> Curr Protoc Microbiol. 36, 1E.3.1-1E.3.24 (2015).</li>
<li>Troy, E. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Understanding+barriers+to+Borrelia+burgdorferi+dissemination+during+infection+using+massively+parallel+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Infect+Immun%22%5BJournal%5D)">Understanding barriers to Borrelia burgdorferi dissemination during infection using massively parallel sequencing.</a> Infect Immun. 81 (7), 2347-2357 (2013).</li>
<li>Wunder, E. A. Jr, et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Real-time+PCR+reveals+rapid+dissemination+of+Leptospira+interrogans+after+intraperitoneal+and+conjunctival+inoculation+of+hamsters%5BTitle%5D)+AND+%22Infect+Immun%22%5BJournal%5D)">Real-time PCR reveals rapid dissemination of Leptospira interrogans after intraperitoneal and conjunctival inoculation of hamsters.</a> Infect Immun. 84 (7), 2105-2115 (2016).</li>
<li>Lourdault, K., Aviat, F., Picardeau, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Use+of+quantitative+real-time+PCR+for+studying+the+dissemination+of+Leptospira+interrogans+in+the+guinea+pig+infection+model+of+leptospirosis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Med+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Use of quantitative real-time PCR for studying the dissemination of Leptospira interrogans in the guinea pig infection model of leptospirosis.</a> J Med Microbiol. 58, 648-655 (2009).</li>
<li>Coutinho, M. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Kinetics+of+Leptospira+interrogans+infection+in+hamsters+after+intradermal+and+subcutaneous+challenge%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Negl+Trop+Dis%22%5BJournal%5D)">Kinetics of Leptospira interrogans infection in hamsters after intradermal and subcutaneous challenge.</a> PLoS Negl Trop Dis. 8 (11), e3307(2014).</li>
<li>Athanazio, D. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rattus+norvegicus+as+a+model+for+persistent+renal+colonization+by+pathogenic+Leptospira+interrogans%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Trop%22%5BJournal%5D)">Rattus norvegicus as a model for persistent renal colonization by pathogenic Leptospira interrogans.</a> Acta Trop. 105 (2), 176-180 (2008).</li>
<li>Ratet, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Live+imaging+of+bioluminescent+Leptospira+interrogans+in+mice+reveals+renal+colonization+as+a+stealth+escape+from+the+blood+defenses+and+antibiotics%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Negl+Trop+Dis%22%5BJournal%5D)">Live imaging of bioluminescent Leptospira interrogans in mice reveals renal colonization as a stealth escape from the blood defenses and antibiotics.</a> PLoS Negl Trop Dis. 8 (12), e3359(2014).</li>
<li>Gutierrez, M. G., Yoder-Himes, D. R., Warawa, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comprehensive+identification+of+virulence+factors+required+for+respiratory+melioidosis+using+Tn-seq+mutagenesis%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Cell+Infect+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Comprehensive identification of virulence factors required for respiratory melioidosis using Tn-seq mutagenesis.</a> Front Cell Infect Microbiol. 5 (78), (2015).</li>
<li>Gawronski, J. D., Wong, S. M., Giannoukos, G., Ward, D. V., Akerley, B. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tracking+insertion+mutants+within+libraries+by+deep+sequencing+and+a+genome-wide+screen+for+Haemophilus+genes+required+in+the+lung%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Tracking insertion mutants within libraries by deep sequencing and a genome-wide screen for Haemophilus genes required in the lung.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 106 (38), 16422-16427 (2009).</li>
<li>Gallagher, L. A., Shendure, J., Manoil, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-scale+identification+of+resistance+functions+in+Pseudomonas+aeruginosa+using+Tn-seq%5BTitle%5D)+AND+%22MBio%22%5BJournal%5D)">Genome-scale identification of resistance functions in Pseudomonas aeruginosa using Tn-seq.</a> MBio. 2 (1), (2011).</li>
<li>Slamti, L., Picardeau, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Construction+of+a+library+of+random+mutants+in+the+spirochete+Leptospira+biflexa+using+a+mariner+transposon%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Construction of a library of random mutants in the spirochete Leptospira biflexa using a mariner transposon.</a> Methods Mol Biol. 859, (2012).</li>
<li>Picardeau, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Conjugative+transfer+between+Escherichia+coli+and+Leptospira+spp.+as+a+new+genetic+tool%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Conjugative transfer between Escherichia coli and Leptospira spp. as a new genetic tool.</a> Appl Environ Microbiol. 74 (1), 319-322 (2008).</li>
<li>Lourdault, K., Matsunaga, J., Haake, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-throughput+parallel+sequencing+to+measure+fitness+of+Leptospira+interrogans+transposon+insertion+mutants+during+acute+infection%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Negl+Trop+Dis%22%5BJournal%5D)">High-throughput parallel sequencing to measure fitness of Leptospira interrogans transposon insertion mutants during acute infection.</a> PLoS Negl Trop Dis. 10 (11), e0005117(2016).</li>
<li>Ellinghausen, H. C., McCullough, W. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nutrition+of+Leptospirapomona+and+growth+of+13+other+serotypes%3A+Fractionation+of+oleic+albumin+complex+and+a+medium+of+bovine+albumin+and+polysorbate+80%5BTitle%5D)+AND+%22Am+J+Vet+Res%22%5BJournal%5D)">Nutrition of Leptospirapomona and growth of 13 other serotypes: Fractionation of oleic albumin complex and a medium of bovine albumin and polysorbate 80.</a> Am J Vet Res. 26, 45-51 (1965).</li>
<li>Johnson, R. C., Harris, V. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Differentiation+of+pathogenic+and+saprophytic+letospires.+I.+Growth+at+low+temperatures%5BTitle%5D)+AND+%22J+Bacteriol%22%5BJournal%5D)">Differentiation of pathogenic and saprophytic letospires. I. Growth at low temperatures.</a> J Bacteriol. 94 (1), 27-31 (1967).</li>
<li>Demarre, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+new+family+of+mobilizable+suicide+plasmids+based+on+broad+host+range+R388+plasmid+%28IncW%29+and+RP4+plasmid+%28IncPa%29+conjugative+machineries+and+their+cognate+Escherichia+coli+host+strains%5BTitle%5D)+AND+%22Res+Microbiol%22%5BJournal%5D)">A new family of mobilizable suicide plasmids based on broad host range R388 plasmid (IncW) and RP4 plasmid (IncPa) conjugative machineries and their cognate Escherichia coli host strains.</a> Res Microbiol. 156 (2), 245-255 (2005).</li>
<li>Vallenet, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MicroScope%3A+a+platform+for+microbial+genome+annotation+and+comparative+genomics%5BTitle%5D)+AND+%22Database+%28Oxford%29%22%5BJournal%5D)">MicroScope: a platform for microbial genome annotation and comparative genomics.</a> Database (Oxford). , bap021(2009).</li>
<li>Goodman, A. L., Wu, M., Gordon, J. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identifying+microbial+fitness+determinants+by+insertion+sequencing+using+genome-wide+transposon+mutant+libraries%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Protocols%22%5BJournal%5D)">Identifying microbial fitness determinants by insertion sequencing using genome-wide transposon mutant libraries.</a> Nat. Protocols. 6 (12), 1969-1980 (2011).</li>
<li>Miller, J. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aMiller%2C+J+%22Spirochetes+in+body+fluids+and+tissues+manual+of+investigative+methods%22">Spirochetes in body fluids and tissues manual of investigative methods</a>. , 22-23 (1971).</li>
<li>Ristow, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+OmpA-like+protein+Loa22+is+essential+for+leptospiral+virulence%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Pathog%22%5BJournal%5D)">The OmpA-like protein Loa22 is essential for leptospiral virulence.</a> PLoS Pathog. 3 (7), (2007).</li>
<li>Croda, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Targeted+mutagenesis+in+pathogenic+Leptospira+species%3A+disruption+of+the+LigB+gene+does+not+affect+virulence+in+animal+models+of+leptospirosis%5BTitle%5D)+AND+%22Infect+Immun%22%5BJournal%5D)">Targeted mutagenesis in pathogenic Leptospira species: disruption of the LigB gene does not affect virulence in animal models of leptospirosis.</a> Infect Immun. 76 (12), 5826-5833 (2008).</li>
<li>Haake, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Hamster+model+of+leptospirosis%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Protoc+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Hamster model of leptospirosis.</a> Curr Protoc Microbiol. 12, 2(2006).</li>
<li>Giardine, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Galaxy%3A+a+platform+for+interactive+large-scale+genome+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Galaxy: a platform for interactive large-scale genome analysis.</a> Genome Res. 15 (10), 1451-1455 (2005).</li>
<li>Goecks, J., Nekrutenko, A., Taylor, J., Galaxy, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Galaxy%3A+a+comprehensive+approach+for+supporting+accessible%2C+reproducible%2C+and+transparent+computational+research+in+the+life+sciences%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">Galaxy: a comprehensive approach for supporting accessible, reproducible, and transparent computational research in the life sciences.</a> Genome Biol. 11 (8), R86(2010).</li>
<li>Blankenberg, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Galaxy%3A+a+web-based+genome+analysis+tool+for+experimentalists%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Protoc+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Galaxy: a web-based genome analysis tool for experimentalists.</a> Curr Protoc Mol Biol. (Chapter 19), 11-21 (2010).</li>
<li>Afgan, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Galaxy+platform+for+accessible%2C+reproducible+and+collaborative+biomedical+analyses%3A+2016+update%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">The Galaxy platform for accessible, reproducible and collaborative biomedical analyses: 2016 update.</a> Nucleic Acids Res. 8 (44), (2016).</li>
<li>McCoy, K. M., Antonio, M. L., van Opijnen, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MAGenTA%3B+a+Galaxy+implemented+tool+for+complete+Tn-Seq+analysis+and+data+visualization%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">MAGenTA; a Galaxy implemented tool for complete Tn-Seq analysis and data visualization.</a> Bioinformatics. , 1367(2017).</li>
<li>Langmead, B., Trapnell, C., Pop, M., Salzberg, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ultrafast+and+memory-efficient+alignment+of+short+DNA+sequences+to+the+human+genome%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome.</a> Genome Biol. 10 (3), R25(2009).</li>
<li>Kamp, H. D., Patimalla-Dipali, B., Lazinski, D. W., Wallace-Gadsden, F., Camilli, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gene+fitness+landscapes+of+Vibrio+cholerae+at+important+stages+of+its+life+cycle%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Pathog%22%5BJournal%5D)">Gene fitness landscapes of Vibrio cholerae at important stages of its life cycle.</a> PLoS Pathog. 9 (12), e1003800(2013).</li>
<li>Poggi, D., Oliveira de Giuseppe, P., Picardeau, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antibiotic+resistance+markers+for+genetic+manipulations+of+Leptospira+spp%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Antibiotic resistance markers for genetic manipulations of Leptospira spp.</a> Appl Environ Microbiol. 76 (14), 4882-4885 (2010).</li>
<li>van Opijnen, T., Camilli, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transposon+insertion+sequencing%3A+a+new+tool+for+systems-level+analysis+of+microorganisms%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Transposon insertion sequencing: a new tool for systems-level analysis of microorganisms.</a> Nat Rev Microbiol. 11 (7), 435-442 (2013).</li>
<li>Pappas, C. J., Picardeau, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Control+of+gene+expression+in+Leptospira+spp.+by+Transcription+activator-like+effectors+demonstrates+a+potential+role+for+LigA+and+LigB+in+Leptospira+interrogans+virulence%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Control of gene expression in Leptospira spp. by Transcription activator-like effectors demonstrates a potential role for LigA and LigB in Leptospira interrogans virulence.</a> Appl Environ Microbiol. 81 (22), 7888-7892 (2015).</li>
<li>Koskiniemi, S., Sun, S., Berg, O. G., Andersson, D. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Selection-driven+gene+loss+in+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Genet%22%5BJournal%5D)">Selection-driven gene loss in bacteria.</a> PLoS Genet. 8 (6), e1002787(2012).</li>
<li>Troy, E. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Global+Tn-seq+analysis+of+carbohydrate+utilization+and+vertebrate+infectivity+of+Borrelia+burgdorferi%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Global Tn-seq analysis of carbohydrate utilization and vertebrate infectivity of Borrelia burgdorferi.</a> Mol Microbiol. 101 (6), 1003-1023 (2016).</li>
<li>Ramsey, M. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+high-throughput+genetic+screen+identifies+previously+uncharacterized+Borrelia+burgdorferi+genes+important+for+resistance+against+reactive+oxygen+and+nitrogen+species%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Negl+Trop+Dis%22%5BJournal%5D)">A high-throughput genetic screen identifies previously uncharacterized Borrelia burgdorferi genes important for resistance against reactive oxygen and nitrogen species.</a> PLoS Negl Trop Dis. 13 (2), e1006225(2017).</li>
</ol>

Yazarlar ifşa gerek yok.

Her ne kadar intraperitoneally 42 L. interrogans mutantlarla meydan hamster için bizim pilot deney sonuçlarından17sunulmaktadır, beklediğimiz mutantların büyük havuzları Tn-Seq. tarafından taranması Çünkü transconjugants sıklığı düşüktür (100-200 transconjugants/çiftleşme), birkaç matings mutantlar büyük Tn-Seq deneyler için yeterli sayıda oluşturmak gereklidir. Mutantlar sıvı kültürlerde çok sayıda Bakımı ele alınması gereken lojistik sorunlar sunar. Kültürler derin 96-şey levha inkübe. ...

Leptospira spp. gibi bazı bakteriler için virülans gen tanımlaması genetik araçlar mevcut sınırlı sayıda nedeniyle zordur. Bir sık kullanılan yaklaşım ardından her mutant ekleme sitedeki tanımlaması ve bireysel transposon mutant bir hayvan modeli virülans test rastgele transposon mutagenesis gitmesini... mutantlardan topluluğu oluşturulmasıdır. Bu yaklaşım zaman alan, pahalı ve çok sayıda hayvan gerektirir.
Rastgele mutagenesis patojen Leptospira interrogansiçin ilk geliştirildiğinde, genler virülans içinde yer alan bir hayvan modeli1' bireysel mutant test ederek tespit edilmiştir. Mutantlar sinyal onların potansiyel rolleri veya hareketliliği veya tahmin edilen dış membran veya yüzey konum gibi ölçütlere göre seçildi. Leptospiral çoğunluğu olarak genler kodlamak bilinmeyen fonksiyon2varsayımsal proteinler, seçme mutantlar dayalı bu kriterleri sınırlamalar roman leptospiral virülans genler keşfetmek yeteneği.
Daha yakın zamanlarda, L. interrogans transposon mutantlar takımlık infektivite hamster ve fare modelleri3için gösterildi. Her hayvan en çok 10 mutantlar bir havuz ile karşılaşıyordu. Bir mutant infektivite PCR kan ve böbrek elde kültürler tarafından algılandıysa olumlu olarak atan oldu. Çünkü her mutant havuzu için bireysel bir PCR reaksiyon gerekli PCR testi zahmetli. Her mutant kültürlerde sıklığını sayısal değil çünkü yaklaşım son derece zayıflatılmış mutantlar tanımlaması doğru önyargılı.
Biz bir transposon (Tn-Seq) tekniği, daha verimli bir şekilde ekrana virülans genler için bir strateji olarak sıralama tanımlamak. TN-seq mutantlar Kütüphanesi oluşturulması büyük paralel sıralama4,5,6tarafından takip transposon mutagenesis tarafından oluşur. Kısaca, transposon mutantlar havuza alınmış, hayvana aşı ve daha sonra farklı organ (çıkış havuzları) kurtarıldı. DNA çıktı havuzlarından çıkarılan ve enzimleri ile sindirilmiş veya sonication tarafından sheared. Transposon ekleme siteleri kavşak hedefleyen PCR iki tur gerçekleştirilir. Bu adım nasıl yapılacağını için gerekli adaptörleri ilavesi etkinleştirir. Elde edilen PCR ürünleri her mutant havuzun mutant havuzu ilk kompozisyon karşılaştırıldığında onların göreceli bereket ile birlikte transposon ekleme site tanımlamak için yüksek üretilen iş sıralama tarafından incelenir.
Bu yaklaşımın birincil avantajı aynı anda çok sayıda hayvan az sayıda mutantlarla ekran için yeteneğidir. TN-Seq transposon ekleme siteleri ile yeni Leptospirakeşfetme şansı artar ön bilgi gerektirmez-belirli genler virülans içinde daha az zaman ve daha fazla verimlilik ile ilgili. Leptospiral yük dokularda nispeten yüksek olduğundan kemirgen öldürücü duyarlı enfeksiyon modelleri (genellikle 104 ' e 108 bakteri/g doku)7,8,9 de rezervuar ana olduğu gibi 10,11, dokuları doğrudan kültür, önyargıları vitro büyüme nedeniyle azaltmak için gerek kalmadan analiz.
TN-Seq çalışmalar çoğu bakteriyel patojenler açıklandığı tarihe, insertional mutagenesis yüksek frekans enfeksiyon topluca her gen4 içinde birden çok yakından aralıklı transposon eklemeler olan mutantlar içeren büyük havuzlu izin ,12,13,14. TN-Seq da mutagenesis sıklığı çok düşük6olduğu bir bakteri için geliştirilmiştir. Leptospiraile Slamti ve ark15tarafından açıklandığı gibi konjugasyon tarafından transposon mobilizable plazmid olarak tanıtarak bir kütüphane transposon mutant oluşturulabilir. Ancak, transposon mutagenesis, L. interrogans sıklığı düşüktür. Himar1 transposon üzerinde Konjügatif bir plazmid tanıttığında, transconjugant frekans sadece 8,5 x 10-8 alıcı başına L. interrogans16 Lai gerilme ile hücre ve olması muhtemeldir olduğu bildirildi L. interrogansçoğu suşları ile benzer şekilde zavallı. Burada açıklanan transposon insertional mutagenesis sıklığı da düşük6olduğu Borrelia burgdorferiiçin geliştirilen temel bölümünde iletişim kuralıdır.
Bizim pilot için protokol17ile biz transposon mutagenesis L. interrogans serotip Manilae gerilme L495 ile transposon ekleme mutant suşu ile birlikte onun düşük içinde izole başarısı, diğer grupların nedeniyle deney LD50 (öldürücü doz) virülans1. Tn-Seq 42 mutantlar ekranlı ve birkaç mutant aday virülans iki eklemeler ile bir aday adenilat cyclase gene de dahil olmak üzere, kusurlu teşhis etti. Hamster iki mutantların bireysel test onların virülans17' eksik olduğunu doğruladı.

<table><tbody><tr><td>Streptomyces kanamyceticus</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>K4000'den</td><td></td>kanamisin sülfat</tr><tr><td>2,6-diaminopimelik asit</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>D1377</td><td></td></tr><tr><td>Spektinomisin dihidroklorür pentahidrat</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S4014</td><td></td></tr><tr><td>Karanlık alan kondansatörlü Axio Lab A1 mikroskobu</td><td>Zeiss</td><td>490950-001-000</td><td></td></tr><tr><td>DNeasy kan ve doku kiti</td><td>Qiagen</td><td>69504/69506</td><td></td></tr><tr><td>MinElute PCR Saflaştırma</td><td>Qiagen</td><td>28004/28006</td><td></td></tr><tr><td>QIAquick PCR saflaştırma kiti</td><td>Qiagen</td><td>28104/28106</td><td></td></tr><tr><td>Model 505 Sonic Dismembrator</td><td>Fisher Scientific</td><td>FB-505</td><td></td></tr><tr><td>2.5" Fincan boynuz</td><td>Fisher Scientific</td><td>FB-4625</td><td></td></tr><tr><td>Boncuk Ruptor 24</td><td>Omni International</td><td>19-010</td><td>Adım 3.1.2.4</td></tr><tr><td>Terminal deoksinükleotidil transferaz</td><td>Promega</td><td>M828C</td><td></td></tr><tr><td>Master mix Phusion</td><td>Thermo Scientific</td><td>F531</td><td>Genomik kütüphanelerin hazırlanması, adım 3.4.</td></tr><tr><td>DreamTaq Master Mix</td><td>Thermo Scientific</td><td>K9011/K9012</td><td>Transpozon yerleştirme yerinin tanımlanması, adım 1.2.</td></tr><tr><td>dCTP</td><td>Thermo Scientific</td><td>R0151</td><td></td></tr><tr><td>ddCTP</td><td>Affymetrix/ USBProducts</td><td>77112</td><td></td></tr><tr><td>T100 Termal döngüleyici</td><td>BioRad</td><td>1861096</td><td></td></tr><tr><td>Qubit 2.0 florometre</td><td>Invitrogen</td><td>Q32866</td><td>adım 3.6.</td></tr><tr><td>Qubit dsDNA HS test kiti</td><td>Invitrogen</td><td>Q32851 / Q32854</td><td>adım 3.6.</td></tr><tr><td>Kübit tahlil tüpleri</td><td>yaşam teknolojileri</td><td>Q32856</td><td>adım 3.6.</td></tr><tr><td>PBS pH 7.2 (1X)</td> <td>Gibco</td><td>20012-027 20012-050</td><td></td></tr><tr><td>Tek kullanımlık neşter No10</td><td>Tüy</td><td>2975 # 10</td><td></td></tr><tr><td>Plastik K < alt > 2 < / alt > EDTA 2 ml tüpler</td><td>BD vakum</td><td>367841</td><td></td></tr><tr><td>şırınga U-100 26G x & frac12; &rdquo; iğne</td><td>BD vacutainer</td><td>329652</td><td>IP meydan okuması, adım 2.2.1.</td></tr><tr><td>3 mL Luer-Lok uçlu şırınga</td><td>BD vacutainer</td><td>309657</td><td>Kardiyak ponksiyon, adım 2.4.2.</td></tr><tr><td>25G X 5/8 "iğne</td><td>BD vacutainer 305901</td><td></td><td>Kardiyak ponksiyon, adım 2.4.2.</td></tr><tr><td>25 mm kırmalı cam taban, durduruculu</td><td>EMD Millipore</td><td>XX1002502</td><td>Filtrasyon ünitesi sistemi, adım 1.1.7.</td></tr><tr><td>25 mm alüminyum yaylı kelepçe</td><td>EMD Millipore</td><td>XX1002503</td><td>Filtrasyon ünitesi sistemi, adım 1.1.7.</td></tr><tr><td>15 ml borosilcate cam huni</td><td>EMD Millipore</td><td>XX1002514</td><td>Filtrasyon ünitesi sistemi, adım 1.1.7.</td></tr><tr><td>125 ml yan kol Erlenmeyer şişesi</td><td>EMD Millipore</td><td>XX1002505</td><td>Filtrasyon ünitesi sistemi, adım 1.1.7.</td></tr><tr><td>Asetat-selüloz filtre VVPP (gözenek boyutu 0,1 mm; çap 25 mm)</td><td>EMD Kırlangıç</td><td>VVLP02500</td><td></td></tr></tbody></table>

yüksek üretilen iş paralel sıralama ölçü fitness leptospira interrogans transposon ekleme mutantlar sırasında altın suriye hamster enfeksiyon için

High-throughput Parallel Sequencing to Measure Fitness of Leptospira interrogans Transposon Insertion Mutants During Golden Syrian Hamster Infection

Bu makale, bir transposon (Tn-Seq) tekniği tanımlamak ve fitness konusunda altın Suriye hamster enfeksiyon sırasında değiştirilmiş Leptospira interrogans mutantlar ölçmek için sıralama açıklar. TN-Seq rasgele transposon mutagenesis yüksek üretilen iş sıralama teknoloji gücü ile birleştirir. Hayvanlar transposon mutant (giriş havuzu), havuzlu kan ve dokularda birkaç gün sonra tanımlamak ve mutantlar her organ (çıkış havuzları) sayısını ölçmek için hasat tarafından takip zorlanmaktadır. Çıkış havuzları her mutant vivo içinde fitness değerlendirmek için giriş havuza karşılaştırılır. Bu yaklaşım mutant hayvanlar sınırlı sayıda büyük bir havuzu tarama sağlar. Küçük değişiklikler ile bu iletişim kuralı leptospirosis hayvan herhangi bir model, sıçan gibi rezervuar ana bilgisayar modelleri ve vitro çalışmalar yanı sıra, hamster gibi akut enfeksiyon modelleri ile gerçekleştirilebilir. TN-Seq in vivo ve in vitro fitness kusurları mutantlarla için ekran için güçlü bir araç sağlar.

L. interrogans içinde transposon mutantlardan konjugasyon Kütüphanesi oluşturulması filtrasyon ünitesi, şekil 1' de gösterildiği gibi gerektirir. Biz 100-200 transconjugants her çiftleşme kurtarıldı.
Transposon ekleme site her mutant transposon sonu hedefleyen yarı rastgele PCR tarafından oluşturulan PCR ürünü sıralama tarafından tanımlanır ve bitişik ev sahibi15 (<s...

Biz burada transposon mutagenesis tanımlamak ve transposon leptospiral mutantlar dokularda hamster bir meydan okuma sonra ölçmek için yüksek üretilen iş sıralama ile birleştirir bir tekniğini tanımlamak. Bu iletişim kuralı için hayatta kalma ve hayvanlar yayılmasında ekran mutantlar için kullanılabilir ve vitro çalışmalar için de uygulanabilir.

Yüksek üretilen iş paralel sıralama ölçü Fitness Leptospira interrogans Transposon ekleme mutantlar sırasında altın Suriye Hamster enfeksiyon için

In this manuscript, we describe a transposon sequencing (Tn-Seq) technique to identify and quantify Leptospira interrogans mutants altered in fitness ...

Bu yüksek verimli transpozon dizileme tekniğinin genel amacı, in vivo ve in vitro uygunluk kusurları olan transpozon mutantlarını tanımlamak ve ölçmek ve böylece virülansta yer alan Leptospira genlerini tanımlamaktır. Bu yöntem, konakçıdaki bakterilerin kolonizasyonu, yayılması ve hayatta kalmasında rol oynayan genlerin tanımlanması gibi Leptospira alanındaki temel soruların yanıtlanmasına yardımcı olabilir. Bu tekniğin temel avantajı, sınırlı sayıda hayvanla çok sayıda mutantın taranabilmesidir.Bu yöntem, akut leptospirosisli hamster modelindeki Leptospira interrogans mutantlarının uygunluğunu incelemek için tasarlanmış olsa da, kronik enfeksiyon modelleri, in vitro çalışmalar ve diğer Leptospira suşları aracılığıyla da uygulanabilir. Prosedürü gösterenler, her ikisi de laboratuvarımdan doktora sonrası olan Kritel Lourdault ve Karen Evangelista olacak. İlk önce bir filtreleme ünitesi monte edin.Tabanı 125 mililitrelik bir yan kol Erlenmeyer şişesine yerleştirin. Tabana bir asetat selüloz filtre yerleştirin ve tabana bir huni sıkıştırın. Filtrasyon ünitesini bir vakum sistemine bağlayın.Daha sonra, huniye beş mililitre Leptospira kültürü ve 0,5 mililitre E.coli kültürü ekleyin. Çöz

high-throughput-parallel-sequencing-to-measure-fitness-leptospira

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

İmmünoloji ve Enfeksiyon

Enterobacter sp. YSU glukoz az tuz ortamında büyür. Oksotroflan rastgele bir konakçı genom içine kendisini ekleyen bir transposome ile dönüştürülmesiyle oluşturulur. Mutantlar minimal orta karmaşık ortamdan replika plaka tarafından bulundu. Kesilen gen, kurtarma ve dizileme ile tespit edilir.

Üretilmesi Enterobacter Sp. YSU oksotroflan transpozon mutajenezi kullanarak,

Coxiella burnetii zoonotik hastalık Q ateşi sorumlu zorunlu hücre içi Gram-negatif bir bakteridir. Burada Coxiella flüoresan transpozon mutantlarının üretimi yanı sıra otomatik tanımlama ve elde edilen içselleştirme, çoğaltma ve sitotoksik fenotipleri analizi için yöntemleri tarif eder.

Üretim ve Çok fenotipik Yüksek içerik Eleme<em&gt; Coxiella burnetii</em&gt; Transposon Mutantlar

Burada sunulan Escherichia coli veya bakteriyel konjugasyon kullanarak Shigella flexneri yüksek yoğunluklu transposon ekleme kütüphane oluşturmak için basit bir yöntemdir. Bu iletişim kuralı bir transposon rastgele genomik ekleme tarafından bakterilerde benzersiz mutantlar, yüz binlerce topluluğu oluşturulmasına izin verir.

Bir yoğun Transposon ekleme kütüphane kullanarak bakteriyel konjugasyon Escherichia Coli Enterobacterial suşları gibi veya Shigella flexneri oluşturulması

Pronuclear (PN) iğne kümelenmiş düzenli olarak kısa palindromik yineler (CRISPR) interspaced ve CRISPR ilişkili protein-9 nükleaz (CRISPR/Cas9) sistemi genetiği altın Suriye hamster üretmek için son derece verimli bir yöntemdir. Burada, biz gene nakavt hamster CRISPR/Cas9 sistemi ile üretim için detaylı PN enjeksiyon Protokolü tanımlamak.

Üretim CRISPR/Cas9 kompleks Pronuclear enjeksiyonla genetiği altın Suriye hamster

Bakteriyel Fitness belirlenmesi için bu moleküler tabanlı yaklaşım dijital PCR üzerinden nicelik benzersiz genomik DNA barkodları kullanarak mikroorganizmaların kesin ve doğru algılanmasını kolaylaştırır. Protokol, Salmonella suşları için rekabetçi dizinin hesaplanmasında açıklanmaktadır; Ancak, teknoloji, herhangi bir genetiği değiştirilmiş organizmanın mutlak ölçümlerini gerektiren protokollere kolayca adapte olmaktadır.

Salmonella Fitness yüksek verimlilik analizi için dijital PCR tabanlı rekabetçi endeksi

Sıralama (RH-seq) ile karşılıklı hemizygosity türler arasındaki bir özellik farkıgenetik temelharita için güçlü bir yeni yöntemdir. Hemizygot havuzları transposon mutagenezi tarafından oluşturulur ve fitness yüksek sıralama boyunca kullanarak rekabetçi büyüme ile izlenir. Elde edilen verilerin analizi, özelliğin altında yatan genleri saptar.

Genom-Geniş Karşılıklı Hemizygosity Analizi ile Saccharomyces Maya Türleri Arasındaki Termotolerans Farklarının Genetik Haritalama

Gram-negatif bakterilerde doymak üzere transpozon mutant kütüphaneleri oluşturmak ve daha sonra yüksek işlemli sıralama için DNA amplicon kütüphanelerinin hazırlanmasını tanımlayan bir yöntem. Örnek olarak, biz ESKAPE patojen, Acinetobacter baumanniiodaklanmak , ama bu protokol Gram-negatif organizmaların geniş bir yelpazede için münasip olduğunu.

Yüksek İşlem Likör Sıralaması Için Gram-Negatif Bakterilerde Transposon Ekleme Kitaplıkları Oluşturma

Burada, Leptospira türlerinde spesifik gen susturma için CRISPR parazitinin (CRISPRi) uygulanması açıklanmıştır. Leptospira hücreleri, dCas9 'u (katalitik olarak "ölü" Cas9) ifade eden plazmidler ve istenen genomik hedefe taban eşleştirmeden sorumlu tek kılavuzlu bir RNA (sgRNA) ile konjugasyon ile dönüştürülür. Gen susturma doğrulamak için yöntemler sunulmaktadır.

Leptospira'nın Patojenik Türlerinde Gen Susturma için CRISPR Parazitinin (CRISPRi) Uygulanması

Bu, Burkholderia faydalı bir symbiont'taki aday böcek kolonizasyon faktörlerini tanımlamak için uyarlanmış bir yöntemdir. Böcek konağı transposon mutajensis yoluyla oluşturulan rastgele bir mutant kütüphanesi ile enfektedir ve kolonileşmeden sonra kütüphane karmaşıklığı in vitroyetiştirilen bir kontrol ile karşılaştırılır.

Lagria villosa Böcekleri burkholderia gladioli Symbiont Bakteriyel Kolonizasyon Faktörlerini Elucidate için Bir Araç Olarak Transposon-ekleme Dizileme

Burada, L. infantum-Luc ile intraperitoneal (IP) veya intragingival (IG) enfekte olmuş altın hamsterlerin biyolüminesan görüntüleme ve PCR ile boylamsal bir değerlendirmesini sunuyoruz. Hamsterlar enfeksiyondan 1 gün sonra (1 dpi), enfeksiyondan 1 hafta sonra (8 dpi) ve enfeksiyondan 3 hafta sonra (22 dpi) değerlendirildi ve 50. dpi ve enfeksiyondan 8 ay sonra ötenazi yapıldı.

In vivo (İn canlı) Leishmania infantum ile Enfekte Hamsterlerin Luciferaz İfade Eden Aksenik Amastigotların Dişeti Aşılaması ile Görüntülenmesi

Bu protokol, kristal-mor biyokütle testleri, zaman geçişli faz kontrast kinetikleri, konfokal 3-D/matris haritalama, SEM ultrayapı ve in vivo hamster enfeksiyon modülünü birleştirerek Leptospira biyofilminin işlevsel rolünü geliştirmek, niceliklendirmek, karakterize etmek ve araştırmak için modüler, BSL-2 iş akışı sunar; böylece mutantların standart değerlendirilmesini ve laboratuvarlar arasında anti-biyofilm müdahalelerini mümkün kılar.

Leptospira Biyofilmlerinin Nicel, Yapısal ve Fonksiyonel Analizi İçin Modüler İş Akışı

Keşfedin yüksek verimli transposon dizileme yöntemiyle Leptospira interrogans mutantlarının in vivo ve in vitro fitness analizini. Altın Suriye hamster modelinde virülans genlerini belirleyin ve bakteri patogenezini anlayın.

Yüksek üretilen iş paralel sıralama ölçü Fitness Leptospira interrogans Transposon ekleme mutantlar sırasında altın Suriye Hamster enfeksiyon için (Video) | JoVE Journal

Yüksek üretilen iş paralel sıralama ölçü Fitness Leptospira interrogans Transposon ekleme mutantlar sırasında altın Suriye Hamster enfeksiyon için

Daha fazla video keşfet