Segmentasyon ve Trabeküler kemik bir Imagej Plugin tarafından miktar sınırı dış destekli

Bu prosedürün genel amacı, trabeküler kemiklerin yapısal ölçümlerini otomatik olarak doğruluk ve verimlilikle ölçmektir. Bu yöntem, düzensiz yapıların verimli bir şekilde doğru bir şekilde nasıl ölçüleceği gibi görüntü analizi alanındaki temel soruların yanıtlanmasına yardımcı olabilir. Bu tekniğin temel avantajı, böyle bir teknikle iki boyutlu veya üç boyutlu nesnelerin yapısal ölçümlerinin mevcut mevcut niceleme yaklaşımlarından daha doğru ve verimli olmasıdır.

Bu prosedüre başlamak için önce metin protokolünde belirtildiği gibi ImageJ yazılımını ve trabeküler analiz eklentilerini yükleyin. ImageJ yazılımını açın. Eklentiler, BoMomics, Nesneleri Simüle Et altında, Daire düğmesini tıklayın.

Açılan pencerede, çap olarak 200 girin ve ardından 200 piksel çapında sanal bir daire oluşturmak için Tamam'a tıklayın. Oluşturulan daireyi TIFF formatında kaydedin. Ardından, Eklentiler, BoMomics, Nesneleri Simüle Et'te, Kare düğmesini tıklayın.

Açılır pencerede 200 ve kenar uzunluğunu girin ve kenar uzunluğu 200 piksel olan bir sanal kare oluşturmak için Tamam'a tıklayın. TIFF formatında kaydedin. Ardından, aynı menüde Küre düğmesine tıklayın.

Çap olarak 30 girin ve simüle edilmiş küreyi oluşturmak için Tamam'a tıklayın. Tıkla Eklentiler, 3D, Hacim Görüntüleyici küreyi görüntülemek için ve TIFF formatında kaydedin. Son olarak, Eklentiler, BoMomics, Nesneleri Simüle Et'te Silindir düğmesine tıklayın.

Çap olarak 30 ve yükseklik olarak 100 girin ve ardından simülasyon silindirini oluşturmak için Tamam'a tıklayın. Bundan sonra, tıklayın Eklentiler, 3D, Hacim Görüntüleyici silindiri görüntülemek ve TIFF formatında kaydetmek için. İlk olarak, ImageJ yazılımını açın ve taranmış bir görüntüyü açın veya içe aktarın.

Bir dilim seçmek için alt kaydırma çubuğunu kaydırın ve ardından Görüntü, Ayarla, Eşik düğmesini tıklatın. Threshold (Eşik) açılır penceresinde, kemiklerin arka plandan iyi bir şekilde ayrıldığından emin olmak için minimum ve maksimum eşik değerlerini ayarlayın. Minimum eşik değerini kortikal kemik eşik değeri olarak kaydedin.

Ardından, tıklayın Eklentiler, BoMomics, Trabeküler Parametre Profili Oluşturma düğmesine basın. Açılır pencerede, Dilim Dizini'ni temsili dilimin konumuna ayarlayın. Profil segmentasyon parametreleri için bir dizi kortikal eşik hesaplamak için Kortikal Kemik, Aralık ve Adım değerlerini ayarlayın.

Bundan sonra, analiz için bir dizi gürültü değeri belirtmek üzere Gürültü Çapı, Adım ve Aralık değerlerini ayarlayın. Bir dizi delik değerini hesaplamak için Delik Çapı, Adım ve Aralık değerlerini ayarlayın. Parametre profili oluşturmayı gerçekleştirmek için Tamam'a tıklayın.

Parametre Profili Oluşturma Sonuçları penceresinde, segmentasyon sonuçlarını görsel olarak kontrol edin ve kemiğin dış sınırının doğru bir şekilde özetlendiği bir dilim katmanı seçin. Ardından, Parametre Profil Oluşturma Sonuçları tablosundaki ilgili girişten profil oluşturma parametrelerini alın. Trabeküler kemikleri analiz etmeye başlamak için ImageJ yazılımını açın ve taranmış bir görüntüyü açın veya içe aktarın.

Eklentiler, BoMomics, Trabeküler Segmentasyon düğmesini tıklayın. Burada gösterildiği gibi uygun analiz parametrelerini doldurun. Ardından, trabeküler segmentasyonu gerçekleştirmek için Tamam'a tıklayın.

Trabeküler Segmentasyon Sonuçları penceresinde sonuçları görsel olarak inceleyin. Ardından, daha fazla analiz için Segmentli Trabeküler Kemikler penceresinde gösterilen çıkarılan trabeküler kemikleri TIFF formatında kaydedin. Bundan sonra, Eklentiler, BoMomics, Trabeküler Analiz düğmesine tıklayın ve metin protokolünde belirtildiği gibi uygun analiz parametrelerini doldurun.

Sonuç Raporlama bölümünde, seçeneklerin trabeküler kemik hacmi, toplam hacim ve iki boyutlu veya üç boyutlu olarak ölçülen kalınlık olduğu ölçülecek bir veya daha fazla parametreyi seçin. Trabeküler analiz yapmak için hem 2B hem de 3B için onay kutularını seçin ve ardından nesneleri nicelemeye başlamak OK.To tıklayın, ImageJ yazılımında simüle edilmiş bir görüntü açın. Eklentiler, BoMomics, Trabeküler Analiz düğmesini seçin ve Gürültü Azaltma Çapı, Delik Doldurma Çapı ve Kortikal Kalınlık Çapı'nı sıfıra ayarlarken Başlangıç, Bitiş, Anahat Sınırı ve Trabeküler Kemikler için varsayılan değerleri koruyarak uygun analiz parametrelerini doldurun.

Sonuç Raporlama bölümünde, ölçülecek parametreler olarak hem 2D hem de 3D'yi seçin. Ardından, simülasyon nesnesi üzerinde trabeküler analiz gerçekleştirmek için Tamam'a tıklayın. Bundan sonra, elektronik tablo sütunlarında kalibre edilmiş kemik hacmini, toplam hacmi, kemik mineral içeriğini, kemik hacmi fraksiyonunu ve kemik mineral yoğunluğunu hesaplayın ve metin protokolünde belirtildiği gibi verileri analiz edin.

Bu çalışmada, trabeküler kemikleri otomatik olarak segmentlere ayırmak ve ölçmek için bir ImageJ eklentisi kullanılmıştır. Farklı parametre koşulları kullanılarak yapılan temsili parametre profili analizi, bir kemiğin dış sınırlarını belirlerken bazı kombinasyonların diğerlerinden daha doğru olduğunu ortaya koymaktadır. Daha sonra, trabeküler kemiklerin ölçümlerini ölçmek için segmentasyon ve analiz yapılır.

Bu segmentasyonun sonuçları görsel olarak dilim dilim kontrol edilebilir. Kemik hacminin, toplam hacmin, gri değerlerin toplamının ve kalınlığın ham miktarları, analiz sırasında hangi seçeneklerin seçildiğine bağlı olarak iki veya üç boyutta raporlanabilir. Kalibrasyon bilgileri, taranan mikro-CT veri setinden çıkarılır ve daha sonra kemik hacmi, toplam hacim, kemik mineral içeriği, kemik hacmi fraksiyonu ve kemik mineral yoğunluğunun kalibre edilmiş ölçümleri hesaplanır.

Dağılımları daha sonra seçilen analiz bölgesinde, katman konumlarına karşı katman katman profillenebilir. Bir kez ustalaştıktan sonra, bu teknik, uygun şekilde gerçekleştirilirse 10 ila 20 dakika içinde 500 görüntü katmanının trabeküler kemiklerini ölçebilir. Bu yöntem için ilk olarak, aynı veri seti aynı deneyimli operatör tarafından analiz edildiğinde, mikro-CT satıcı yazılımı tarafından bildirilen sonuçların tekrarlanabilir olmadığını bulduğumuzda aklımıza geldi.

Bu videoyu izledikten sonra, uygun kemik segmentasyon parametrelerinin nasıl seçileceğini ve minimum kullanıcı etkileşimi ile uzun kemiklerin analizini nasıl yapacağınızı iyi anlamış olmalısınız.