Name: Çevre zenginleştirme etkileri kolon Microbiome biyolojik çeşitliliğin bir fare kolon tümörü modeli tanımlamak için bir yöntem (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2018-02-28T13:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 14 s
Description: Keşfedin, fare kolon tümörü modelinde çevre zenginleştirmenin bağırsak mikrobiyomu biyolojik çeşitliliği üzerindeki etkilerini değerlendirmek için tekrarlanabilir bir protokol. Mikrobiyom normalizasyonu ve 16S rDNA dizileme yöntemleri kullanılır.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

B. Dalley'in Utah Üniversitesi Biyoistatistik temel istatistik tavsiye ve erişim için Ulusal Kanser Enstitüsü Ödülü P30 CA042014 tarafından desteklenen bu teknik çekirdek Utah Üniversitesi genomik çekirdek Kütüphane sıralama ve K. Boucher için teşekkür ediyoruz. Açıklanan proje Ulusal Kanser Enstitüsü hibe P01 CA073992 ve K01 CA128891 ve avcı kanser Vakfı tarafından desteklenmiştir.

<ol><li>Bechard, A., Meagher, R., Mason, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Environmental+enrichment+reduces+the+likelihood+of+alopecia+in+adult+C57BL%2F6J+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Association+for+Laboratory+Animal+Science+%3A+JAALAS%22%5BJournal%5D)">Environmental enrichment reduces the likelihood of alopecia in adult C57BL/6J mice.</a> Journal of the American Association for Laboratory Animal Science : JAALAS. 50 (2), 171-174 (2011).</li>
<li>Jankowsky, J. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Environmental+enrichment+mitigates+cognitive+deficits+in+a+mouse+model+of+Alzheimer%27s+disease%5BTitle%5D)+AND+%22J+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Environmental enrichment mitigates cognitive deficits in a mouse model of Alzheimer's disease.</a> J Neurosci. 25 (21), 5217-5224 (2005).</li>
<li>Kondo, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Environmental+enrichment+ameliorates+a+motor+coordination+deficit+in+a+mouse+model+of+Rett+syndrome--Mecp2+gene+dosage+effects+and+BDNF+expression%5BTitle%5D)+AND+%22Eur+J+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Environmental enrichment ameliorates a motor coordination deficit in a mouse model of Rett syndrome--Mecp2 gene dosage effects and BDNF expression.</a> Eur J Neurosci. 27 (12), 3342-3350 (2008).</li>
<li>Reichmann, F., Painsipp, E., Holzer, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Environmental+enrichment+and+gut+inflammation+modify+stress-induced+c-Fos+expression+in+the+mouse+corticolimbic+system%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Environmental enrichment and gut inflammation modify stress-induced c-Fos expression in the mouse corticolimbic system.</a> PLoS One. 8 (1), 54811(2013).</li>
<li>Cao, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Environmental+and+genetic+activation+of+a+brain-adipocyte+BDNF%2Fleptin+axis+causes+cancer+remission+and+inhibition%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Environmental and genetic activation of a brain-adipocyte BDNF/leptin axis causes cancer remission and inhibition.</a> Cell. 142 (1), 52-64 (2010).</li>
<li>Bice, B. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Environmental+Enrichment+Induces+Pericyte+and+IgA-Dependent+Wound+Repair+and+Lifespan+Extension+in+a+Colon+Tumor+Model%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+reports%22%5BJournal%5D)">Environmental Enrichment Induces Pericyte and IgA-Dependent Wound Repair and Lifespan Extension in a Colon Tumor Model.</a> Cell reports. 19 (4), 760-773 (2017).</li>
<li>Moser, A. R., Pitot, H. C., Dove, W. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+dominant+mutation+that+predisposes+to+multiple+intestinal+neoplasia+in+the+mouse%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">A dominant mutation that predisposes to multiple intestinal neoplasia in the mouse.</a> Science. 247 (4940), 322-324 (1990).</li>
<li>Angus-Hill, M. L., Elbert, K. M., Hidalgo, J., Capecchi, M. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((T-cell+factor+4+functions+as+a+tumor+suppressor+whose+disruption+modulates+colon+cell+proliferation+and+tumorigenesis%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">T-cell factor 4 functions as a tumor suppressor whose disruption modulates colon cell proliferation and tumorigenesis.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 108 (12), 4914-4919 (2011).</li>
<li>Holmdahl, R., Malissen, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+need+for+littermate+controls%5BTitle%5D)+AND+%22Eur+J+Immunol%22%5BJournal%5D)">The need for littermate controls.</a> Eur J Immunol. 42 (1), 45-47 (2012).</li>
<li>Ubeda, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Familial+transmission+rather+than+defective+innate+immunity+shapes+the+distinct+intestinal+microbiota+of+TLR-deficient+mice%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Med%22%5BJournal%5D)">Familial transmission rather than defective innate immunity shapes the distinct intestinal microbiota of TLR-deficient mice.</a> J Exp Med. 209 (8), 1445-1456 (2012).</li>
<li>Spor, A., Koren, O., Ley, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Unravelling+the+effects+of+the+environment+and+host+genotype+on+the+gut+microbiome%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Unravelling the effects of the environment and host genotype on the gut microbiome.</a> Nat Rev Microbiol. 9 (4), 279-290 (2011).</li>
<li>Fujiwara, R., Watanabe, J., Sonoyama, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Assessing+changes+in+composition+of+intestinal+microbiota+in+neonatal+BALB%2Fc+mice+through+cluster+analysis+of+molecular+markers%5BTitle%5D)+AND+%22Br+J+Nutr%22%5BJournal%5D)">Assessing changes in composition of intestinal microbiota in neonatal BALB/c mice through cluster analysis of molecular markers.</a> Br J Nutr. 99 (6), 1174-1177 (2008).</li>
<li>Castelhano-Carlos, M. J., Sousa, N., Ohl, F., Baumans, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+methods+in+newborn+C57BL%2F6+mice%3A+a+developmental+and+behavioural+evaluation%5BTitle%5D)+AND+%22Lab+Anim%22%5BJournal%5D)">Identification methods in newborn C57BL/6 mice: a developmental and behavioural evaluation.</a> Lab Anim. 44 (2), 88-103 (2010).</li>
<li>Curley, J. P., Davidson, S., Bateson, P., Champagne, F. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Social+enrichment+during+postnatal+development+induces+transgenerational+effects+on+emotional+and+reproductive+behavior+in+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+behavioral+neuroscience%22%5BJournal%5D)">Social enrichment during postnatal development induces transgenerational effects on emotional and reproductive behavior in mice.</a> Frontiers in behavioral neuroscience. 3, 25(2009).</li>
<li>National Research Council (U.S.). Update of the Guide for the Care and Use of Laboratory Animals. <a target="_blank" href="NULL">Institute for Laboratory Animal Research (U.S.)</a>. , National Academies Press. Washington, D.C. 220(2011).</li>
<li>Silver, L. M. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aSilver%2C+LM+%22Mouse+genetics+%3A+concepts+and+applications%22">Mouse genetics : concepts and applications</a>. , Oxford University Press. New York. (1995).</li>
<li>Chen, M., Kan, L., Ledford, B. T., He, J. Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tattooing+Various+Combinations+of+Ears%2C+Tail%2C+and+Toes+to+Identify+Mice+Reliably+and+Permanently%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Association+for+Laboratory+Animal+Science+%3A+JAALAS%22%5BJournal%5D)">Tattooing Various Combinations of Ears, Tail, and Toes to Identify Mice Reliably and Permanently.</a> Journal of the American Association for Laboratory Animal Science : JAALAS. 55 (2), 189-198 (2016).</li>
<li>Truett, G. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Preparation+of+PCR-quality+mouse+genomic+DNA+with+hot+sodium+hydroxide+and+tris+%28HotSHOT%29%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechniques%22%5BJournal%5D)">Preparation of PCR-quality mouse genomic DNA with hot sodium hydroxide and tris (HotSHOT).</a> Biotechniques. 29 (1), 52-54 (2000).</li>
<li>Cole, J. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ribosomal+Database+Project%3A+data+and+tools+for+high+throughput+rRNA+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Ribosomal Database Project: data and tools for high throughput rRNA analysis.</a> Nucleic Acids Res. 42, 633-642 (2014).</li>
<li>Bosshard, P. P., Zbinden, R., Altwegg, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Turicibacter+sanguinis+gen.+nov.%2C+sp.+nov.%2C+a+novel+anaerobic%2C+Gram-positive+bacterium%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Syst+Evol+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Turicibacter sanguinis gen. nov., sp. nov., a novel anaerobic, Gram-positive bacterium.</a> Int J Syst Evol Microbiol. 52, Pt 4 1263-1266 (2002).</li>
<li>Chen, W., Liu, F., Ling, Z., Tong, X., Xiang, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Human+intestinal+lumen+and+mucosa-associated+microbiota+in+patients+with+colorectal+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Human intestinal lumen and mucosa-associated microbiota in patients with colorectal cancer.</a> PLoS One. 7 (6), 39743(2012).</li>
<li>16S Metagenomic Sequencing Library Preparation: Preparing 16S ribosomal RNA Gene Amplicons for the Illumina MiSeq System. Illumina. , Available from: 
 <a target="_blank" href="https://suport.illumina.com/content/dam/illumina-support/documents/documentation/chemistry_documentation/16s/16s-metagenomic-library-prep-guide-15044223-b.pdf">https://suport.illumina.com/content/dam/illumina-support/documents/documentation/chemistry_documentation/16s/16s-metagenomic-library-prep-guide-15044223-b.pdf</a> (2017).</li>
<li>Illumina Experiment Manager. Illumina. , Available from: 
 <a target="_blank" href="https://www.illumina.com/informatics/research/experimental-design/illumina-experiment-manager.html">https://www.illumina.com/informatics/research/experimental-design/illumina-experiment-manager.html</a> (2017).</li>
<li>Caporaso, J. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((QIIME+allows+analysis+of+high-throughput+community+sequencing+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data.</a> Nat Methods. 7 (5), 335-336 (2010).</li>
<li>Aronesty, E. <a target="_blank" href="https://www.researchgate.net/publication/319159822_ea-utils_Command-line_tools_for_processing_biological_sequencing_data">ea-utils: Command-line tools for processing biological sequencing data.</a> Expression Analysis. , Durham, NC. (2011).</li>
<li>Knight, R., Caporaso, J. G. QIIME: Multiple Paired Ends Script. QIIME. , Available from: 
 <a target="_blank" href="http://qiime.org/scripts/multiple_join_paired_ends.html">http://qiime.org/scripts/multiple_join_paired_ends.html</a> (2017).</li>
<li>Knight, R., Caporaso, J. G. QIIME: De-Novo OTU Picking Protocol. QIIME. , Available from: 
 <a target="_blank" href="http://qiime.org/scripts/pick_de_novo_otus.html">http://qiime.org/scripts/pick_de_novo_otus.html</a> (2017).</li>
<li>Edgar, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Search+and+clustering+orders+of+magnitude+faster+than+BLAST%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Search and clustering orders of magnitude faster than BLAST.</a> Bioinformatics. 26 (19), 2460-2461 (2010).</li>
<li>Caporaso, J. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((PyNAST%3A+a+flexible+tool+for+aligning+sequences+to+a+template+alignment%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">PyNAST: a flexible tool for aligning sequences to a template alignment.</a> Bioinformatics. 26 (2), 266-267 (2010).</li>
<li>DeSantis, T. Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Greengenes%2C+a+chimera-checked+16S+rRNA+gene+database+and+workbench+compatible+with+ARB%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Greengenes, a chimera-checked 16S rRNA gene database and workbench compatible with ARB.</a> Appl Environ Microbiol. 72 (7), 5069-5072 (2006).</li>
<li>Knight, R., Caporaso, J. G. QIIME: Multiple Split Libraries Fastq Script. QIIME. , Available from: 
 <a target="_blank" href="http://qiime.org/scripts/multiple_split_libraries_fastq.html">http://qiime.org/scripts/multiple_split_libraries_fastq.html</a> (2017).</li>
<li>Knight, R., Caporaso, J. G. QIIME: De Novo Otus Script. QIIME. , http://qiime.org/scripts/pick_de_novo_otus.html (2017).</li>
<li>Knight, R., Caporaso, J. G. QIIME: Links to Sample Identification. QIIME. , Available from: 
 <a target="_blank" href="http://qiime.org/documentation/file_formats.html">http://qiime.org/documentation/file_formats.html</a> (2017).</li>
<li>Knight, R., Caporaso, J. G. QIIME: Validation of Mapping File. QIIME. , Available from: 
 <a target="_blank" href="http://qiime.org/scripts/validate_mapping_file.html">http://qiime.org/scripts/validate_mapping_file.html</a> (2017).</li>
<li>Knight, R., Caporaso, J. G. QIIME: Link of OTUs to Sample Description Using Mapping File. QIIME. , Available from: 
 <a target="_blank" href="http://qiime.org/scripts/make_otu_network.html">http://qiime.org/scripts/make_otu_network.html</a> (2017).</li>
<li>Knight, R., Caporaso, J. G. QIIME: Summarize Taxa Through Plots. QIIME. , Available from: 
 <a target="_blank" href="http://qiime.org/scripts/summarize_taxa_through_plots.html">http://qiime.org/scripts/summarize_taxa_through_plots.html</a> (2017).</li>
<li>Knight, R., Caporaso, J. G. QIIME: Biome Summarize Table Command. QIIME. , Available from: 
 <a target="_blank" href="http://qiime.org/documentation/summarizing_biom_tables.html">http://qiime.org/documentation/summarizing_biom_tables.html</a> (2017).</li>
<li>Moon, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Vertically+transmitted+faecal+IgA+levels+determine+extra-chromosomal+phenotypic+variation%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Vertically transmitted faecal IgA levels determine extra-chromosomal phenotypic variation.</a> Nature. 521 (7550), 90-93 (2015).</li>
<li>Chakravorty, S., Helb, D., Burday, M., Connell, N., Alland, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+detailed+analysis+of+16S+ribosomal+RNA+gene+segments+for+the+diagnosis+of+pathogenic+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22J+Microbiol+Methods%22%5BJournal%5D)">A detailed analysis of 16S ribosomal RNA gene segments for the diagnosis of pathogenic bacteria.</a> J Microbiol Methods. 69 (2), 330-339 (2007).</li>
<li>Chen, H. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Decreased+dietary+fiber+intake+and+structural+alteration+of+gut+microbiota+in+patients+with+advanced+colorectal+adenoma%5BTitle%5D)+AND+%22Am+J+Clin+Nutr%22%5BJournal%5D)">Decreased dietary fiber intake and structural alteration of gut microbiota in patients with advanced colorectal adenoma.</a> Am J Clin Nutr. 97 (5), 1044-1052 (2013).</li>
<li>Zhu, Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+the+intestinal+lumen+microbiota+in+an+animal+model+of+colorectal+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Analysis of the intestinal lumen microbiota in an animal model of colorectal cancer.</a> PLoS One. 9 (6), 90849(2014).</li>
<li>Evans, C. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exercise+prevents+weight+gain+and+alters+the+gut+microbiota+in+a+mouse+model+of+high+fat+diet-induced+obesity%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Exercise prevents weight gain and alters the gut microbiota in a mouse model of high fat diet-induced obesity.</a> PLoS One. 9 (3), 92193(2014).</li>
</ol>

Yazarlar onlar-si olmak hayır çatışması beyan ederim.

Bu yordam, normal veya tümör hayvan taşıyan çevre zenginleştirme takip dışkı izole microbiota analizi için verir. Çünkü bunlar farklı cinsiyette ve genotip birçok hayvan elde etmek üreme dahil büyük deneyler, microbiome deney başlamasından önce hayvanlar arasında normalleştirme önemlidir sigara-EE önlemek için microbiome üzerindeki etkileri ile ilgili biyolojik çeşitlilik.
NE ve EE koşullar arasında tutarlılık sağlamak için üreme süreci tüm fareler başlangıçta aynı mikroplar maruz var ve bu ne...

Çevre zenginleştirme (EE) çalışmalar sosyal stimülasyon (büyük konut kafesleri, hayvanların büyük gruplar), bilişsel stimülasyon (kulübe, tünel, iç içe geçmiş malzeme, platformlar) ve fiziksel aktivite (koşularda etkiler için karmaşık konut parametrelerini kullanmak tekerlekler). EE hastalığı başlatma ve fare modelleri, berberlik indüklenen alopesi, Alzheimer hastalığı da dahil olmak üzere geniş bir dizi kullanarak ilerleme artmış aktivite ve geliştirilmiş sosyal ve Bilişsel etkileşimleri etkileri anlamak için birçok labs tarafından kullanıldığında vardır, Rett sendromu ve birkaç tümör ve sindirim rahatsızlıkları modelleri1,2,3,4,5,6.
Birkaç fare modelleri iki nokta üstüste tumorigenesis farelerde incelemek için geliştirilmiştir. Belki de en iyi tanımlanmış modeli ApcMin faredir. ApcMin fare 19907William Dove laboratuvarda geliştirilen ve yaygın olarak insan kolorektal kanseri ile ilişkili APC gen mutasyonlar bir fare modeli olarak kullanılmıştır. Aksine insanlar öncelikle APC mutasyonlar, ApcMin fareler barındıran küçük bağırsak tümörleri, kolon tümörleri çok nadir görülmesi ile geliştirmek. Ancak, bir Tcf4Het alleli Tcf4, bir tek knockin nakavt heterozigoz mutasyon ile büyük ölçüde ApcMin alleli8ile birleştirildiğinde iki nokta üstüste tumorigenesis artırır. Son zamanlarda, bu fare modeli kolon tumorigenesis kolon tumorigenesis6EE etkilerini belirlemek için kullanılır. İçinde Bice ve ark. çalışma, fizyolojik ve fenotipik EE üzerine etkileri kadın ve erkek dört farklı fare satırlarının (vahşi-tipi (WT), Tcf4Het / + Apc+/ +, Tcf4+/ + ApcMin / +, ve Tcf4 Het / + APCMin / +)) tanımlı değil. Belki de en ilginç bulgu EE önemli ölçüde hem erkek hem de dişi kolon tümörü taşıyan hayvanların ömrü artar oldu. Bu EE en az azaltabilir gösterdi bazı belirtilerin iki nokta üstüste tumorigenesis ile ilişkili ve hayvan sağlığını geliştirmek. Dikkat çekici, erkeklerde geliştirilmiş bu ömrü sınırlı tumorigenesis doğrudan bir sonucu değildir ve bunun yerine yanıt geliştirilmiş microbiome biyolojik çeşitlilik6dahil olmak üzere, şifa bir tümör yara inisiyasyon bağlıydı.
Birkaç EE belirli çalışmaları ile ilginç sonuçları yayınlanmıştır. Ancak, bir teknik açıdan önemli sonuçlar diğer laboratuvarlar için çevrilebilir değildir. Aynı EE metodolojileri farklı laboratuvarlar arasında Bakımı olan bir inanılmaz derecede karmaşık bir sorun, sadece zenginleştirme aygıtlar ve kullanılan, konut nedeniyle ama aynı zamanda yatak takımları, gıda, havalandırma, üreme, genetik, etkinlik oda ve hayvan iletişim kuralı gereksinimleri, diğerleri arasında9,10,11. Bir hayvan Tümleştirme, nerede hayvanlar stabil fare koloni, bu nedenle genetik arka plan ve diyet kompozisyon tedavi sigara ilgili etkileri önlemek için normalleştirme tümleştirilmelidir örnektir. Ayrıca, birçok EE çalışma microbiome hastalığı ve ortak fare yetiştiriciliği uygulamaları gut microbiome10,12bileşimi etkileyebilir yol önemi gerçekleşme öncesinde tamamlanmıştır.
EE üreme stratejisi ve hayvan yerleştirme-stres artırabilir değilse düzgün gerçekleştirilen. EE çalışmalar çok sayıda erkek ve dişi hayvanlar ve birden çok genotip kullanmak beri deneysel hayvan gereksinimini birleştirilmek üzere birkaç çöp verilen zor kurulabilir. Bu nedenle, bir üreme ve strateji Sütten kesme geliştirilmiştir farklı çöp üzerinden doğru genotip Emzikteki hayvanların birleştirme izin vermek için. Bunun için birincil mantığı çöp arasında microbiota normalize etmek ve deneysel çevreye hayvanlar taşındığında stresi azaltmak için yapıldı. Microbiome Barajı10' dan gönderilmiş. Kolonisi mikrobiyal çeşitliliği sağlamak için kadın Jackson Labs satın alınan ve bir ay önce9,10,12deneme başladı koloni entegre. Daha fazla microbiome biyolojik çeşitlilik hayvanlar arasında normalize etmek, kadın üreme önce co barındırılıyor. Islahı, yetiştirme sırasında ortak konut ve kaçmak için yetenek Hemşirelik pups stres düzeyleri anne bakım13,14muhtemelen microbiome normalleştirme sürdürmek, geliştirilmiş. EE sigara önlemek için microbiome üzerindeki etkileri ile ilgili, tüm deneysel hayvan bu ortak konut bir deneysel kafes içine farklı çöp üzerinden birkaç erkek birleştirirken oluştu mücadele ve ek stres engelledi. Son olarak, tüm genotip hayvanların eşit sayıda kafeslerde dahil edilmiştir. Bu geliştirilmiş microbiota biyolojik çeşitlilik için fırsat genotip arasında sağlanan ve coprophagia (dışkı tüketmeye hayvanın eğilim) veya olası genotip özgü davranış farklılıkları genel bir çalışma. kaldırıldı
Bu iletişim kuralı microbiome araştırma, daha fazla tek tip microbiome nüfus etkinleştirmek için microbiota normalleştirme microbiota iletim ve hayvan koloni Tümleştirme dahil olmak üzere bilinen yönleri dahil etmek için önceki EE çalışmalarda genişletir bir strateji sağlar deneysel hayvan arasında. Bu önlemler heeding çalışma bulguları yıkmak yeteneği olmayan tedavi ilgili microbiota farklılıklar nedeniyle önemlidir. EE sigara ortadan kaldırarak microbiota değişiklikleri araştırmacılar özellikle microbiota kompozisyon hastalığı gelişme ve ilerleme sırasında EE rolü tanımlamak sağlayacaktır ilgili.

<table><tbody><tr><td>Teklad Diets/Harlan Labs Chow</td><td>Harlan Labs</td><td>3980X</td><td>Standart ışınlanmış yemek, Harlan Labs ile işbirliği içinde Dr. Mario Capecchi tarafından formüle edilmiştir.</td></tr><tr><td>Cell-Sorb Plus yatak takımı</td><td>Fangman Specialties</td><td>82010</td><td>Kullanmadan önce otoklav.</td></tr><tr><td>Neonatlar İçin AIMS Dövme Sistemi</td><td>AIMS</td><td>NEO-9</td><td>https://animalid.com/neonate-rodent-tattoo-identification/32. Aramis Mikro Dövme Kiti de dahil olmak üzere diğer hayvan sınıfı dövme sistemleri ve mürekkepleri benzer sonuçlarla kullanılabilir.</td></tr><tr><td>Zyfone One Cage 2100 AllerZone Fare Mikro İzolatör Sistemi Kafes, AllerZone filtre üstü ve modüler diyet dağıtım sistemi ile tamamlandı</td><td>Laboratuvar Ürünleri</td><td>82120ZF</td><td>Her EE kafesi, # 82120ZF, 82100ZF ve 82101ZF kataloglarının her birinden bir tane ve ayrıca 82109ZF'den iki tane gerektirir. Yiyecekler sadece bir tarafta.</td></tr><tr><td>Zyfone One Cage 2100 Ömür Zenginleştirme Cihazı Laboratuvar</td><td>Ürünleri</td><td>82109ZF</td><td>Her EE kafesi, # 82120ZF, 82100ZF ve 82101ZF kataloglarının her birinden bir tane ve ayrıca 82109ZF'den iki tane gerektirir. Yiyecekler sadece bir tarafta.</td></tr><tr><td>Zyfone Bir Kafes 2100 Kafes 13-7/8" Uzunluk X 19-1/16" Genişlik X 7-3/4" Derinlik Laboratuvar</td><td>Ürünleri</td><td>82100ZF</td><td>Her EE kafesi, # 82120ZF, 82100ZF ve 82101ZF kataloglarının her birinden bir tane ve ayrıca 82109ZF'den iki tane gerektirir. Yiyecekler sadece bir tarafta.</td></tr><tr><td>Zyfone One Cage 2100 AllerZone Mikro İzolatör filtre üstü</td><td>Lab Ürünleri</td><td>82101ZF</td><td>Her EE kafesi, # 82120ZF, 82100ZF ve 82101ZF kataloglarının her birinden bir tane ve ayrıca 82109ZF'den iki tane gerektirir. Yiyecekler sadece bir tarafta.</td></tr><tr><td>Tünel</td><td>Bio-Serv</td><td>K3323 veya K3332</td><td>Kafesleri birbirine bağlayın ve zenginleştirme için kullanın</td></tr><tr><td>Tüneli kafeslere bağlamak için Grommet</td><td>Utah Üniversitesi Makine Atölyesi</td><td>tarafından üretilmiştir n/a</td><td>Malzemenin çiğnemeye karşı dayanıklı ve otoklavlanabilir olduğundan emin olun</td></tr><tr><td>Hızlı paletli tekerlek</td><td>Bio-Serv</td><td>K3250 veya K3251</td><td>Fare iglosu ve zemin ile kullanın</td></tr><tr><td>Fare Igloo</td><td>Bio-Serv</td><td>K3328, K3570 veya K3327</td><td>Hızlı paletli tekerlek ve zemin</td></tr><tr><td>Fare Igloo zemin</td><td>Bio-Serv</td> ile kullanım <td>K3244</td><td>Fare Igloo ve Hızlı</td></tr><tr><td>Geçiş Fare Kulübesi</td> ile kullanım <td>Bio-Serv</td><td>K3272, K3102 veya K3271</td><td></td></tr><tr><td>Tarama Topu</td><td>Bio-Serv</td><td>K3330 veya K3329</td><td></td></tr><tr><td>Biyo-kulübe</td><td>Bio-Serv</td><td>K3352</td><td>Barınma ve yuvalama için kullanılan odun hamuru kulübesi</td></tr><tr><td>Yapışkan film&nbsp;</td><td>VWR</td><td>60941-072</td><td>Farelerin kaçmasını önlemek için büyük kafeste delinmiş deliği geçici olarak kapatmak için kullanın</td></tr><tr><td>Laminer Akışlı Havalandırmalı Raf</td><td>Techniplast</td><td>Bio-C36</td><td>Bu çalışmada kullandığımız kabin şu anda tedarik edilmemektedir. Bio-C36 buna çok benzer.</td></tr><tr><td>1.5 mL Mikrofüj Tüpü- RNAse ve DNAse içermez</td><td>Herhangi bir tedarikçi</td><td></td><td></td></tr><tr><td>QIAamp DNA Dışkı MiniKit</td><td>Qiagen</td><td>51504</td><td>Bu kit, 50 DNA preparatı için reaktif sağlar. dışkı lizis tamponu = ASL; Guanidinyum Klorür Lizis Tamponu = AL; Guanidinyum Klorür = AW1 ile Tampon 1'i Yıkayın; Yıkama Tamponu 2= AW2; EDTA = AE Su Banyosu ile Elüsyon Tamponu</td></tr><tr><td>(95 dereceye kadar ısıtma kapasitesine sahip)</td> <td>Herhangi bir tedarikçi</td><td></td><td>Dışkı örneklerinin hücreleri parçalamak için 94 derece inkübasyonu için.</td></tr><tr><td>Su banyosu (70 dereceye kadar ısıtabilir)</td><td>Dışkı örneklerinin 70 derece inkübasyonu için</td> <td>herhangi bir tedarikçi</td><td></td>&nbsp;</tr><tr><td>Etanol (200 kanıt)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>E7023</td><td></td></tr><tr><td>Florometre: Qubit</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>Q33216</td><td></td></tr><tr><td>Qubit dsDNA geniş Aralıklı Test Kiti</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>Q32850</td><td></td></tr><tr><td>EB Tamponu veya 10 mM Tris pH 8.5</td><td>Qiagen</td><td>19086</td><td></td></tr><tr><td>Deneye özel primerler</td><td>Herhangi Bir Tedarikçi</td><td></td><td></td></tr><tr><td>PCR sınıfı su</td><td>Herhangi bir tedarikçi</td><td></td><td></td></tr><tr><td>2X KAPA HiFi HotStart Hazır Karışım&nbsp;</td>Amplikon Amplifikasyonu için <td>Kapa Biosystems</td><td>KK2601</td><td>(1.25 mL, 100 rxns'ye izin verir).</td></tr><tr><td>Teşhis jellerini çalıştırmak için agaroz</td><td>Herhangi bir tedarikçi</td><td></td><td></td></tr><tr><td>TapeStation Yüksek Hassasiyetli D1000 Ekran Bant İzleme</td><td>Agilent</td><td>5067-5583</td><td>TapeStation veya Biyoanalizör cihazları, kütüphane kalitesini analiz etmek için Kurumsal Genomik Çekirdeklerde yaygındır. Alternatif olarak, bir Biyoanalizör DNA1000 Çip (Agilent, 5067-1504) kullanılabilir.</td></tr><tr><td>Agencourt AMPure XP Manyetik Boncuklar</td><td>Beckman Coulter</td><td>A63880</td><td>PCR temizliği için macentik boncuklar - 5 mL, 250 PCR reaksiyonunu temizler</td></tr><tr><td>Manyetik stand</td><td>Yaşam Teknolojileri</td><td>AM10027</td><td></td></tr><tr><td>Kütüphanesi Hazırlama Kılavuzu</td><td>Illumina</td><td></td><td>Illumina. 16S Metagenomik Dizileme Kütüphanesi Hazırlığı: Illumina MiSeq Sistemi için 16S ribozomal RNA Gen Amplikonlarının hazırlanması. https://support.illumina.com/content/dam/illumina-support/documents/documentation/chemistry_documentation/16s/16s-metagenomic-library-prep-guide-15044223-b.pdf.</td></tr><tr><td>Benzersiz Çift İndeksleme</td><td>Illumina</td><td>Illumina Deney Yöneticisi Yazılımı</td><td>Ücretsiz olarak şu adreste mevcuttur: https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/experiment_manager/downloads.html</td></tr><tr><td>Nextera XT 96 İndeks Kiti</td><td>Illumina</td><td>FC-131-1002</td><td>Amplikonlara barkod eklemek için kullanılır</td></tr><tr><td>MicroAmp Optik 96 kuyulu reaksiyon plakası</td><td>Uygulamalı Biyosistemler/ThermoFisher</td><td>N8010560</td><td></td></tr><tr><td>TruSeq İndeks Plakası Fikstürü</td><td>Illumina</td><td>FC-130-1005</td><td></td></tr><tr><td>Yapışkanlı şeffaf plaka contası</td><td>Uygulamalı Biyosistemler /ThermoFisher</td><td>4360954</td><td>Uygulamalı Biyosistemler/ThermoFisher Microamp v3</td></tr><tr><td>reaktifleri ve çift 300 bp okuma ile MiSeq ile yapışkan film dizilimi</td><td>Illumina</td><td>MS-102-3003</td><td></td></tr><tr><td>PhiX Kontrol Kiti</td><td>Illumina</td><td>FC-110-3001</td><td></td></tr><tr><td>Proteinaz K (600 mAU/ml)</td><td>Qiagen</td><td>19131</td><td>20 mg/ml proteinaz K'ye eşdeğerdir. QiaAmp kiti ile birlikte verilir</td></tr><tr><td>Veri Analiz Araçları</td><td>Qiime</td><td>QIIME yazılım Araçları</td><td>Kurulum, sisteminize göre farklılık gösterebilir ve QIIME web sitesinde çeşitli seçenekler açıklanmaktadır (http://qiime.org/install/install.html). Bu çalışma için MacQIIME 1.9.1 yazılım paketi kullanılmıştır (Werner Lab, SUNY, http://www.wernerlab.org/software/macqiime</td></tr><tr><td>Step 13.2</td> tarafından derlenmiştir.<td>Qiime</td><td>FastQ Birleştirme yöntemi</td><td>&nbsp;( http://code.google.com/p/ea-utils &nbsp;). &nbsp; Bu çalışma için http://qiime.org/scripts/multiple_join_paired_ends.html çoklu birleştirme eşleştirilmiş uçlar kullanılmıştır. Aronesty, E. ea-utils: Biyolojik dizileme verilerini işlemek için komut satırı araçları. İfade Analizi, Durham, NC. (2011).</td></tr><tr><td>Adım 13.3.</td><td>Qiime</td><td>De-Novo OTU toplama protokolü</td><td>http://qiime.org/scripts/pick_de_novo_otus.html.</td></tr><tr><td>Adım 13.3.1.</td><td></td> Uclust Edgar, R.C. <td>kullanarak Taksonomik Birimleri (OTU'lar) açın</td><td>. BLAST'tan daha hızlı büyüklük sıralarını arayın ve kümeleyin. Biyoinformatik. 26 (19), 2460-2461, doi:10.1093/biyoinformatik/BTQ461 (2010).</td></tr><tr><td>Adım 13.3.1.</td><td>Pynast</td><td>Pynast</td><td>Caporaso, J.G. et al. PyNAST: dizileri bir şablon hizalamasına hizalamak için esnek bir araç. Biyoinformatik. 26 (2), 266-267, doi:10.1093/biyoinformatik/BTP636 (2010).&nbsp;</td></tr><tr><td>Adım 13.3.1.</td><td>Pynast</td><td>Pynast_Greengenes</td><td>DeSantis, T.Z. et al. Greengenes, kimera tarafından kontrol edilmiş bir 16S rRNA gen veritabanı ve ARB ile uyumlu çalışma tezgahı. Uygulama Çevresi Mikrobiyol. 72 (7), 5069-5072, doi:10.1128/AEM.03006-05 (2006). Bu çalışmada Greengenes sürüm 13_8 kullanılmıştır</td></tr><tr><td>13.3.1. Not:&nbsp;</td><td>Qiime</td><td>Çoklu Bölünmüş Kitaplıklar</td><td>http://qiime.org/scripts/multiple_split_libraries_fastq.html.</td></tr><tr><td>13.3.1. Not:&nbsp;</td><td>Qiime</td><td>Pick de novo OTUs script</td><td>http://qiime.org/scripts/pick_de_novo_otus.html&nbsp;</td></tr><tr><td>Adım 13.2.2.</td><td>Qiime</td><td>Bir eşleme dosyası oluşturun</td><td>http://qiime.org/documentation/file_formats.html.</td></tr><tr><td>Adım 13.2.2.</td><td>Qiime</td><td>: Bir eşleme dosyasını http://qiime.org/scripts/validate_mapping_file.html doğrulayın</td><td>.</td></tr><tr><td>Adım 13.3.3.</td><td>Qiime</td><td>: OTU'yu örnek açıklamaya eşleme dosyasına</td><td>http://qiime.org/scripts/make_otu_network.html.</td></tr><tr><td>Adım 13.3.4.</td><td>Qiime</td><td>Taksonları çizimler aracılığıyla özetleyin</td><td>http://qiime.org/scripts/summarize_taxa_through_plots.html.</td></tr><tr><td>Adım 13.3.5.</td><td>Qiime</td><td>Biyom Özet tablosu</td><td>http://biom-format.org/documentation/summarizing_biom_tables.html&nbsp; Bu çalışmada, tüm örnekler 20.000 OTU'ya kadar nadirleştirildi ve ardından QIIME'de alfa nadirleştirme komut dosyası kullanılarak analiz edildi.</td></tr></tbody></table>

Çevre zenginleştirme etkileri kolon microbiome biyolojik çeşitliliğin bir fare kolon tümörü modeli tanımlamak için bir yöntem

A Method to Define the Effects of Environmental Enrichment on Colon Microbiome Biodiversity in a Mouse Colon Tumor Model

Birkaç son yıllarda yapılan çalışmalarda insan hastalık geliştirmeye yönelik an enriched çevre yaşayan yararlı etkileri gösterildiği. Farelerde, çevre zenginleştirme (EE) fare bağışıklık sistemini harekete geçirerek tumorigenesis azaltır veya geliştirilmiş microbiome çeşitlilik, tümör microenvironment dahil yara onarım yanıt uyararak tümörü taşıyan hayvan hayatta kalma etkiler. Burada olması koşuluyla bir fare kolon tümörü modelindeki microbiome çevre zenginleştirme biyoçeşitlilik üzerindeki etkilerini değerlendirmek için ayrıntılı bir yönerge. Hayvancılık ve hayvan genotip ve fare koloni entegrasyonu için konuları ile ilgili önlemler açıklanmıştır, tümü sonuçta mikrobiyal biyolojik çeşitlilik etkiler. Bu önlemler heeding daha fazla tek tip microbiome aktarımına izin vermek ve sonuç olarak çalışma bulguları yıkmak tedavi olmayan bağımlı etkileri hafifletmek. Ayrıca, bu yordam, 16S rDNA sıralama gelen uzun vadeli çevre zenginleştirme takip distal kolon toplanan dışkı izole DNA kullanarak microbiota değişiklikleri karakterizedir. Gut microbiota dengesizlik iltihabi bağırsak hastalığı ve kolon kanseri, aynı zamanda obezite ve diyabet diğerleri arasında patogenezi ile ilişkilidir. Önemlisi, bu iletişim kuralı için EE ve microbiome analiz microbiome patogenezinde rol insan hastalık özetlemek nerede sağlam fare modelleri mevcut hastalıkların çeşitli eğitim için yararlı olabilir.

Çeşitli çalışmalarda zihin-beden tıp pratiği sağlık sonuçları geliştirir göstermiştir. Benzer şekilde, farelerde, çevre zenginleştirme geliştirilmiş ömrü ve tümör yara onarım6dahil sonuçları geliştirir. Bu nedenle, bir EE yordamı ilk microbiome (şekil 1) deney inisiyasyon önce normalleştirme sırasında bu fenotip microbiota rolünü tanımlama amacı ile geliştirilmiştir. Önemlisi, tüm üreme hayvan ıslahı başlamasından önce en az bir ay içi...

Çevre zenginleştirme (EE) yaşam tarzı, stres ve hastalık arasındaki bağlantıları altında yatan mekanizmaları ortaya çıkarmak için kullanılan bir hayvan konut ortamdır. Bu iletişim kuralı özellikle hayvan mortalite etkisi olabilir microbiota biyolojik çeşitlilik değişiklikleri tanımlamak için iki nokta üst üste tumorigenesis ve EE bir fare modelini kullanan bir yordam açıklanır.

Çevre zenginleştirme etkileri kolon Microbiome biyolojik çeşitliliğin bir fare kolon tümörü modeli tanımlamak için bir yöntem

Several recent studies have illustrated the beneficial effects of living in an enriched environment on improving human disease. In mice, environmental ...

Bu yayının temel amacı, kemirgenlerin mikrobiyomunu normalleştirmek için bir yöntem sunmaktır. Bu gösteride, çevresel zenginleştirmenin mikrobiyom üzerindeki etkisi, kolon tümörü oluşumu sırasında test edilmiştir. Bu protokol, çevresel zenginleştirme müdahalesinden önce mikrobiyomun normalleştirilmesinin deneysel tekrarlanabilirliği nasıl geliştirdiğini göstermektedir.Ayrıca, zenginleştirilmiş bir ortam kullanarak hayvan stresinin nasıl azaltılacağını ve etkileşimlerin nasıl geliştirileceğini de gösteriyoruz. Her ne kadar bir kolon tümörü modelinde çevresel zenginleştirmenin etkisine odaklanmış olsak da, yöntem mikrobiyomun hastalık etiyolojisindeki rolünü daha iyi anlamak için kolayca uygulanabilir. Kafesleri steril koşullar altında kurun, havalandırmalı bir başlık altında çalışın.Bu deneyin kontrolleri, yuvalama için yatak takımları ve laboratuvar dokusu olan geleneksel kafeslerden oluşur, ancak bunun dışında zenginleştirme cihazlarından yoksundur. Yavru yetiştirme veya çevresel olarak zenginleştirilmiş kafesleri kurmak için, iki büyük otoklavlanmış kafesi sterilize edilmiş rondela ile güvenli bir tünel ile bağlayın ve taban alanını artırmak için her kafese sterilize edilmiş bir

a-method-to-define-effects-environmental-enrichment-on-colon

Research

JoVE Journal

Cancer Research

Kanser Araştırmaları

Biz hızla pro-inflamatuar ajan dekstran sülfat sodyum (DSS) üç kür takip ve sürekli insan kolit görülenler ile morfolojik ve moleküler benzerlikleri olan farelerde kolon tümörleri oluşturur genotoksik ajan azoxymethane (AOM) hangi yönetiminde bir protokol göstermek kanserle ilişkili.

Azoxymethane (AOM) ve Dekstran Sülfat Sodyum (DSS) ile Modelleme Kolit-İlişkili Kanser

Bu videoda, kolon tümörü taşıyan farelerin dışkı örneklerinden alınan DNA izolasyon protokolü açıklanmaktadır. Ekstrakte edilen DNA, PCR kullanılarak amplifiye edilir ve ürün, manyetik boncuk bazlı bir yaklaşım kullanılarak daha da temizlenir. Bu yöntem, çevresel zenginleştirmenin kolon mikrobiyotası ve hayvan ölümleri üzerindeki etkisini belirlemek için kullanılabilir.

Dışkı Mikrobiyal DNA İzolasyonu: Murin Tümör Modelinde Çevresel Zenginleştirmenin Mikrobiyom Çeşitliliği Üzerine Etkisinin İncelenmesi

Bu videoda, fare proksimal kolon halkası veya pcLoop segmenti oluşturmak için cerrahi bir prosedürü ve ardından bağırsak epitel geçirgenliğini incelemek için segmente intraluminal floresan belirteçleri enjeksiyonunu açıklıyoruz.

Fare Proksimal Kolon Döngü Modelinin Oluşturulması: İntraluminal Enjeksiyonu Takiben Serumda Floresan İşaretleyicilerin Saptanmasıyla Proksimal Kolon Halkası Oluşturmak ve Bağırsak Geçirgenliğini Ölçmek İçin Cerrahi Bir Prosedür

Bu video, kolon iltihabı olan interlökin-10 eksikliği olan bir farede dışkı mikrobiyotası nakli prosedürünü göstermektedir. Bağırsaktaki kolonize dışkı mikropları ikincil metabolitleri serbest bırakarak anti-inflamatuar sitokin salınımını ortaya çıkarır ve kolon iltihabını azaltır.

İnterlökin-10 Eksikliği Olan Bir Farede Fekal Mikrobiyota Transplantasyonunun Etkilerinin Değerlendirilmesi

Farelerde kolon patolojilerinin tedavisi için terapötiklerin etkinliğinin rijit bir endoskop kullanılarak uzunlamasına izlenmesi için yöntemleri açıklıyoruz. Bu protokol, canlı farelerde tek bir tümörün terapötik yanıtının karakterizasyonu ve ayrıca potansiyel hastalık nüksünü izlemek için kolayca kullanılabilir.

Canlı Fareler Seri endoskopik Görüntüleme kullanma Bağırsak Patolojilerde Yeni Therapeutics Etkinliğinin Non-invaziv Değerlendirme

Fareler için çevresel zenginleştirme, farelerde sağlam metabolik ve anti-kanser etkileri sağlamak için karmaşık ve zorlu bir kurulumun yanı sıra kapsamlı yetiştirme ve işleme teknikleri gerektirir. Bu protokol, farelerde yukarıda belirtilen etkileri yeniden üretmek için ayrıntılı prosedürler sağlar.

Bir Zenginleştirilmiş Ortamında Konut Fareler için Protokol

enflamatuvar bağırsak hastalığı (IBD) Mevcut tedaviler, hastalığın semptomlarını hafifletmek amaçlamaktadır, ancak ciddi yan etkilere neden olabilir. Böylece, alternatif stratejiler hayvan kolit modellerinde araştırılmaktadır. Burada, klinik IBD işaretleri diyet takviyeleri yararlı etkileri böyle bir kolit modelinde analiz edilmektedir açıklar.

Deneysel Kolit sırasında Bağırsak epitel Bariyer Fonksiyonları Üzerine Ek Beslenme Faydalı Etkileri Analizi

Burada, Bacillus cereus'un kolit üzerindeki olumlu etkilerini düzenlemede bağırsak mikrobiyotasının rolünü araştırmak için antibiyotik kaynaklı yalancı mikrop içermeyen dekstran sülfat sodyum kaynaklı kolit fare modelini oluşturmak için bir protokol sunuyoruz.

Bacillus cereus Uygulamasının Kolit Üzerindeki Hafifletici Etkilerinin Bağırsak Mikrobiyota Modülasyonu ile Araştırılması

3 boyutlu kolonoidlerin gelişimi için murin kolonik kriptlerinin izolasyonunu detaylandıran bir protokol açıklıyoruz. Yerleşik kolonoidler daha sonra, enflamatuar bir meydan okuma almadan veya bir epitelyal tek tabaka oluşturmaya yönlendirilmeden önce konakçı epitelinin hücresel bileşimini yansıtacak şekilde terminal olarak farklılaştırılabilir.

İntestinal İnflamasyonun Yerleşik Murin Kolonoidleri Üzerindeki İn Vitro Epitelyal Etkilerinin İncelenmesi

Bu protokol, pks+ Escherichia coli farelerinin inflamatuar olmayan koşullarda kolonileşmesi için gerekli adımları, ayrıca kolonizasyonun doğrulanması ve dışkıda pks+ E. coli genişlemesinin değerlendirilmesi için invaziv olmayan yöntemleri tanımlar.

Murine pks+ Escherichia coli ile İltihap Olmayan Koşullarda Kolonizasyon

Keşfedin, fare kolon tümörü modelinde çevre zenginleştirmenin bağırsak mikrobiyomu biyolojik çeşitliliği üzerindeki etkilerini değerlendirmek için tekrarlanabilir bir protokol. Mikrobiyom normalizasyonu ve 16S rDNA dizileme yöntemleri kullanılır.

Çevre zenginleştirme etkileri kolon Microbiome biyolojik çeşitliliğin bir fare kolon tümörü modeli tanımlamak için bir yöntem

Daha fazla video keşfet