Name: Nörolojik Hastalıklarda Lipidomik ve Transkriptomik (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2022-03-18T12:30:00.000+00:00
Duration: 9 min 58 s
Description: Öğrenin, fare epilepsi modelinde lipidomik ve transkriptomik analiz yöntemlerini. Bu protokol, sinirsel hastalıklarda lipit ve RNA etkileşimlerini incelemek için eşzamanlı örnekleme ve ekstraksiyon teknikleri sunar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

Bu makaleyi Dr. Ermelinda Lomazzo'ya ithaf ediyoruz. Bu makalenin son uzaması sırasında Dr. Ermelinda Lomazzo vefat etti. Bilime olan tutkunun ve anlamlı bir araştırma amacını yerine getirmek için ekip çalışmasına özverili katılımın vücut bulmuş halidir. Her zaman insanların daha iyi olmasına anlamlı bir şekilde katkıda bulunmayı hayal etti. Onun iyi kalpli doğası, bilimin ve yaşamın yorucu yollarından asla ödün vermedi. Paha biçilmez ve sonsuza dek kalbimizde kalacak.
Julia M. Post, Johannes Gutenberg Üniversitesi Mainz Üniversitesi Tıp Merkezi'nde Çevirisel Sinirbilim Için Odak Programı (FTN) tarafından finanse edildi ve şu anda LB'ye SPP-2225 EXIT projesi tarafından finanse ediliyor Raissa Lerner, DZHK projesi 81X2600250 tarafından LB ve Lipidomics Çekirdek Tesisi'ne kısmen finanse edildi. Bu çalışmalar için kısmi finansman, Johannes Gutenberg Üniversitesi Mainz Üniversitesi Tıp Merkezi'nden Lipidomics Çekirdek Tesisi, Fizyolojik Kimya Enstitüsü ve Intramural fonlar (LB'ye) tarafından sağlanmıştır.

<ol><li>Aronica, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Neuroinflammatory+targets+and+treatments+for+epilepsy+validated+in+experimental+models%5BTitle%5D)+AND+%22Epilepsia%22%5BJournal%5D)">Neuroinflammatory targets and treatments for epilepsy validated in experimental models.</a> Epilepsia. 58, 27-38 (2017).</li>
<li>Lerner, R., Post, J., Loch, S., Lutz, B., Bindila, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Targeting+brain+and+peripheral+plasticity+of+the+lipidome+in+acute+kainic+acid-induced+epileptic+seizures+in+mice+via+quantitative+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Biochimica+et+Biophysica+Acta+-+Molecular+and+Cell+Biology+of+Lipids%22%5BJournal%5D)">Targeting brain and peripheral plasticity of the lipidome in acute kainic acid-induced epileptic seizures in mice via quantitative mass spectrometry.</a> Biochimica et Biophysica Acta - Molecular and Cell Biology of Lipids. 1862 (2), 255-267 (2017).</li>
<li>Schuhmann, K., Almeida, R., Baumert, M., Herzog, R., Bornstein, S. R., Shevchenko, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Shotgun+lipidomics+on+a+LTQ+Orbitrap+mass+spectrometer+by+successive+switching+between+acquisition+polarity+modes%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">Shotgun lipidomics on a LTQ Orbitrap mass spectrometer by successive switching between acquisition polarity modes.</a> Journal of Mass Spectrometry. 47 (1), 96-104 (2012).</li>
<li>Puppolo, M., Varma, D., Jansen, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+review+of+analytical+methods+for+eicosanoids+in+brain+tissue%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Chromatography+B%3A+Analytical+Technologies+in+the+Biomedical+and+Life+Sciences%22%5BJournal%5D)">A review of analytical methods for eicosanoids in brain tissue.</a> Journal of Chromatography B: Analytical Technologies in the Biomedical and Life Sciences. 964, 50-64 (2014).</li>
<li>Blewett, A. J., Varma, D., Gilles, T., Libonati, J. R., Jansen, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Development+and+validation+of+a+high-performance+liquid+chromatography-electrospray+mass+spectrometry+method+for+the+simultaneous+determination+of+23+eicosanoids%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Pharmaceutical+and+Biomedical+Analysis%22%5BJournal%5D)">Development and validation of a high-performance liquid chromatography-electrospray mass spectrometry method for the simultaneous determination of 23 eicosanoids.</a> Journal of Pharmaceutical and Biomedical Analysis. 46 (4), 653-662 (2008).</li>
<li>Lerner, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Simultaneous+lipidomic+and+transcriptomic+profiling+in+mouse+brain+punches+of+acute+epileptic+seizure+model+compared+to+controls%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Lipid+Research%22%5BJournal%5D)">Simultaneous lipidomic and transcriptomic profiling in mouse brain punches of acute epileptic seizure model compared to controls.</a> Journal of Lipid Research. 59, 283-297 (2017).</li>
<li>Lerner, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Simultaneous+lipidomic+and+transcriptomic+profiling+in+mouse+brain+punches+of+acute+epileptic+seizure+model+compared+to+controls%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Lipid+Research%22%5BJournal%5D)">Simultaneous lipidomic and transcriptomic profiling in mouse brain punches of acute epileptic seizure model compared to controls.</a> Journal of Lipid Research. , 1-48 (2018).</li>
<li>Lévesque, M., Avoli, M., Bernard, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Animal+models+of+temporal+lobe+epilepsy+following+systemic+chemoconvulsant+administration%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Neuroscience+Methods%22%5BJournal%5D)">Animal models of temporal lobe epilepsy following systemic chemoconvulsant administration.</a> Journal of Neuroscience Methods. 260, (2016).</li>
<li>Eyo, U. B., Murugan, M., Wu, L. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microglia-Neuron+Communication+in+Epilepsy%5BTitle%5D)+AND+%22Glia%22%5BJournal%5D)">Microglia-Neuron Communication in Epilepsy.</a> Glia. 65 (1), 5-18 (2017).</li>
<li>Zhu, J., Zheng, X. Y., Zhang, H. L., Luo, Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Kainic+acid-induced+neurodegenerative+model%3A+Potentials+and+limitations%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Biomedicine+and+Biotechnology%22%5BJournal%5D)">Kainic acid-induced neurodegenerative model: Potentials and limitations.</a> Journal of Biomedicine and Biotechnology. 2011, 457079(2011).</li>
<li>Park, S. H., Sim, Y. B., Kim, C. H., Lee, J. K., Lee, J. H., Suh, H. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Role+of+%CE%B1-CGRP+in+the+regulation+of+neurotoxic+responses+induced+by+kainic+acid+in+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Peptides%22%5BJournal%5D)">Role of α-CGRP in the regulation of neurotoxic responses induced by kainic acid in mice.</a> Peptides. 44, 158-162 (2013).</li>
<li>Lerner, R., Cuadrado, D. P., Post, J. M., Lutz, B., Bindila, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Broad+lipidomic+and+transcriptional+changes+of+prophylactic+PEA+administration+in+control+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Neuroscience%22%5BJournal%5D)">Broad lipidomic and transcriptional changes of prophylactic PEA administration in control mice.</a> Frontiers in Neuroscience. 13, 527(2019).</li>
<li>Post, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antiepileptogenic+Effect+of+Subchronic+Palmitoylethanolamide+Treatment+in+a+Mouse+Model+of+Acute+Epilepsy%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Molecular+Neuroscience%22%5BJournal%5D)">Antiepileptogenic Effect of Subchronic Palmitoylethanolamide Treatment in a Mouse Model of Acute Epilepsy.</a> Frontiers in Molecular Neuroscience. 11, (2018).</li>
<li>Schauwecker, P. E., Steward, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genetic+determinants+of+susceptibility+to+excitotoxic+cell+death%3A+Implications+for+gene+targeting+approaches%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences%22%5BJournal%5D)">Genetic determinants of susceptibility to excitotoxic cell death: Implications for gene targeting approaches.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences. 94 (8), 4103-4108 (2002).</li>
<li>Monory, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Endocannabinoid+System+Controls+Key+Epileptogenic+Circuits+in+the+Hippocampus%5BTitle%5D)+AND+%22Neuron%22%5BJournal%5D)">The Endocannabinoid System Controls Key Epileptogenic Circuits in the Hippocampus.</a> Neuron. 51 (4), 455-466 (2006).</li>
<li>Konsman, J. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+mouse+Brain+in+Stereotaxic+Coordinates%5BTitle%5D)+AND+%22Psychoneuroendocrinology%22%5BJournal%5D)">The mouse Brain in Stereotaxic Coordinates.</a> Psychoneuroendocrinology. 28 (6), (2003).</li>
<li>Spijker, S. Dissection of Rondent Brain Regions. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aSpijker%2C+S+%22Neuroproteomics%22">Neuroproteomics</a>. Li, K. W. 57, 13-27 (2011).</li>
<li>Gross, R. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+evolution+of+lipidomics+through+space+and+time%5BTitle%5D)+AND+%22Biochimica+et+Biophysica+Acta+-+Molecular+and+Cell+Biology+of+Lipids%22%5BJournal%5D)">The evolution of lipidomics through space and time.</a> Biochimica et Biophysica Acta - Molecular and Cell Biology of Lipids. 1862 (8), 731-739 (2017).</li>
<li>Wang, M., Wang, C., Han, R. H., Han, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Novel+advances+in+shotgun+lipidomics+for+biology+and+medicine%5BTitle%5D)+AND+%22Progress+in+Lipid+Research%22%5BJournal%5D)">Novel advances in shotgun lipidomics for biology and medicine.</a> Progress in Lipid Research. 61, 83-108 (2016).</li>
<li>Abbott, S. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+improved+high-throughput+lipid+extraction+method+for+the+analysis+of+human+brain+lipids%5BTitle%5D)+AND+%22Lipids%22%5BJournal%5D)">An improved high-throughput lipid extraction method for the analysis of human brain lipids.</a> Lipids. 48 (3), 307-318 (2013).</li>
<li>Matyash, V., Liebisch, G., Kurzchalia, T. V., Shevchenko, A., Schwudke, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Lipid+extraction+by+methyl-tert-butyl+ether+for+high-throughput+lipidomics%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Lipid+Research%22%5BJournal%5D)">Lipid extraction by methyl-tert-butyl ether for high-throughput lipidomics.</a> Journal of Lipid Research. 49 (5), 1137-1146 (2008).</li>
</ol>

Yazarlar çıkar çatışması olmadığını beyanda bulunun.

Burada açıklanan nörolipidomik ve transkriptomik metodoloji, beyin ve periferik organlarda yüksek ve düşük mekansal çözünürlükte herhangi bir hastalığı veya sağlıklı gelişimi araştırmak için uygun bir ortalamadır. Optimize edilmiş plazma örnekleme ve elleçleme prosedürleri nedeniyle, doku lipidomik ve transkriptomik için kurban edilen aynı hayvanlardan plazma lipidomik analizi de yapılabilir, böylece doku kanı moleküler korelasyonlarının ve biyobelirteç keşfinin güvenilirliği artırılabilir. Üç protokolden veya kombinasyo...

Lipitlerin işlevindeki son gelişmeler ve nörolojik hastalıkların başlangıcında ve ilerlemesinde rolleri, yeni terapötik hedeflerin ve hastalık mekanizmasının yeni araştırma ve geliştirme mekanlarını açmaktadır1. Kitle spektrometresi görüntüleme ve gelişmiş kütle spektrometresi profilleme gibi modern moleküler görüntüleme teknikleri ile vurgulanan farklı beyin bölgelerindeki lipid bileşimindeki belgelenmiş farklılıklar, lipid araştırması paradigmasını tüm beyinden fonksiyonel olarak farklı ve ayrık beyin bölgelerine kaydırır. Lipid bileşiminin farklı beyin bölgelerinde farklılık göstermesi, fonksiyonel olarak farklı beyin bölgelerinde bir beyin hakaretine veya uyaranlarına yanıt olarak hem membran lipid duyarlılığının hem de aşağı akış lipid sinyalinin yeni kavramsallaştırılmasına neden olmaktadır. Bu nedenle, lipid protokolleri, daha yüksek uzamsal çözünürlük tespiti ve nicelleştirme için düşük doku miktarlarının zorluğunu ele almak için yeni gelişmeler ve eş zamanlı olarak hücre zarlarının ve sinyal yollarının birden fazla lipit bileşeninin analizini gerektirir. Ayrıca, seviyelerinin ve işlevlerinin düzenlenmesinde rol oynayan enzimlerin, lipid ligandlarının ve reseptörlerin belirlenmesi, nörolojik bir hastalıkta etkilenen sinyal yollarını aydınlatmak ve patofizyolojik bağlamda yeni mekanistik araştırmalara rehberlik etmek için çok önemlidir.
Artan beyin mekansal çözünürlüğüne ek olarak, yeni nörolipidomik yaklaşımların geliştirilmesine meydan okuyan iki büyük zorluk vardır. İlk olarak, lipid sinyal molekülleri tipik olarak membran constitutive lipits ile karşılaştırıldığında çok düşük bolluğa sahip. İkincisi, lipidom yüksek yapısal heterojenlik sergiler, tek bir analitik yaklaşım kullanarak incelenerek zor. Bu nedenle, ekstraksiyon ve analitik yöntemler farklı lipit kategorilerine göre uyarlanır ve genellikle farklı doku örneklerinde gerçekleştirilir.2. Av tüfeği lipidomik yöntemleri3 membran lipitlerin geniş bir profilini hızla ortaya çıkarmak için mükemmel araçlardır, hedeflenen keşif ve nicelik kütle spektrometrik yöntemlerinin sağladığı artan duyarlılık ve seçicilik, aşağıdakiler de dahil olmak üzere düşük bol sinyal lipitlerinin araştırılması için sermayelendirilir: i) enflamatuar lipitler ve ii) endocannabinoidler (eBB'ler), amino asit bağlantılı lipitler gibi nöronal aktivitenin modülasyonunda yer alan lipitler, ve saire.4,5. Nörolojik hastalık modellerinin beyin bölgelerinde meydana gelen hem hücre zarındaki hem de sinyalizasyon seviyesindeki lipit değişikliklerini kapsamak için, tipik olarak lipid ekstraksiyonu ve analizi, farklı hayvan partilerinden veya farklı yarımkürelerden elde edilen veya daha büyük bir doku bölgesini birden fazla parçaya ayırarak farklı doku örneklerinde gerçekleştirilir. Enzim reseptörlerinin mRNA seviyeleri de ilgi çekici olduğunda, incelemeleri tipik olarak farklı bir doku örneğinin tedarikini gerektirir. Örneğin, membran lipitleri, endojen kannabinoidler ve mRNA'nın araştırılması üç farklı doku örneği gerektirir (örneğin, iki lipid ekstraksiyon yöntemi için iki örnek-membran lipitleri ve sinyal lipitleri- ve sonraki iki lipid analiz yöntemi- ve mRNA analizi için bir örnek). İnflamatuvar lipitlerin ve endojen kannabinoidlerin araştırılması sırasıyla iki farklı doku örneği, ekstraksiyon yöntemleri ve analiz yöntemleri gerektirir. Başka bir örnek, mRNA'nın ve bir beyin yumruğu veya lazer mikrodiseksiyon örneğindeki herhangi bir lipit kategorisinin araştırılmasıdır, bu da sonuç olarak beyin (alt) bölgesi başına iki farklı hayvanın iki örnek temin etmesini gerektirir. Biyolojik değişkenlik ve/veya doku heterojenliğinden kaynaklanan bu gibi durumlarda sonuçların değişkenliğinin ve/veya zayıf tekrarlanabilirliğinin önemli ölçüde sıklıkla ortaya çıkar. Özellikle beyindeki yüksek uzamsal çözünürlükte meydana gelen bu pratik multimoleküler analiz sınırlamaları tarafından yönlendirilen üç modüllü bir nörolipidomik protokol, şunları kapsayacak şekilde tasarlanmıştır: 1) enflamatuar lipitlerin (örneğin, eikosanoidler (eiCs)) ve eB'ler gibi nöronal aktivitenin modülasyonunda rol oynayan lipitlerin LC/MRM tarafından birlikte çıkarılması ve birlikte analiz2; 2) fosfolipidlerin (PL'ler) ve eB'lerin sonraki multiscan LC /MRM ve öncül/nötr kayıp tarama analizi ile birlikte çıkarılması2; ve 3) membran (fosfo)lipitler ve eB'lerin yanı sıra mRNA'nın çift ekstraksiyonu, sonraki LC / MRM ve qPCR veya RNA dizileme analizi ile6. Nörolojik bir hastalıkta ele alınacak biyolojik soruya ve ilgi çekici beyin bölgesine bağlı olarak, birinci ve ikinci protokolün veya birinci ve üçüncü protokolün bir kombinasyonu, yaklaşık 4 mg ağırlığındaki dokular için aynı doku örneğine uygulanabilir. Birinci ve üçüncü protokoller 2 mg civarındaki dokular için bağımsız olarak uygulanabilir. İkinci protokol 0,5 mg kadar hafif dokular için uygulanabilir. Seçilen nörolipidomik protokol modülünden bağımsız olarak, doku örneklemesi ve ön analitik işleme, beyin izolasyonu ve bölge diseksiyonu ve hayvan modelinden ödün vermek için prosedür protokolün üç modülü için de standartlaştırılmış ve aynıdır. Nörolojik hastalıkları araştırmamızda, hastalığın patolojik sonuçlarıyla ilgili periferik organlar da her zaman bu modüler protokoller kullanılarak toplanır ve analiz edilir. Ek olarak, plazma lipidomik için düzenli olarak kan örneklenerek, prospektif çeviri uygulamalarına yönelik nörolojik hastalıkların okuma aracı olarak hizmet edilir. Burada sunulan modüler lipidomik protokolü çok yönlüdür: daha büyük doku miktarlarına ölçeklendirilebilir ve hemen hemen her doku tipi ve hastalığı için kolayca uygulanabilir. Modüler protokolün uygulanması için (Şekil 1) nörolojik hastalıklarda, travmatik beyin hasarı, Parkinson hastalığı, Alzheimer hastalığı veya epilepsi gibi nörolojik bozuklukların standartlaştırılmış kemirgen başlangıç ve ilerleme modeli uygundur.
 Bu protokoller, insan temporal lob epilepsisine (TLE)8,9,10,11 benzerliği nedeniyle klinik öncesi çalışmalarda yaygın olarak kullanılan bir model olan epilepsinin kainik asit (KA) kaynaklı fare modelinde epilepsinin akut fazında doku lipidomu ve/veya transkriptom değişiklikleri üzerinde çalışmak için kapsamlı bir şekilde uygulanmıştır. Bu protokoller kullanılarak, Palmitoylethanolamide (PEA)12,13 gibi ilaçların terapötik potansiyeli aynı epilepsi fare modelinde değerlendirildi. Çalışmada, beyin ve periferde yüksek ve düşük mekansal çözünürlükte, maksimal akut nöbet yoğunluklarının zaman noktasında (60 dk posteizür indüksiyonunda) ve PEA ile subkronik ve akut tedavide dört farklı zaman noktasında (20, 60, 120 ve 180 dk) lipid ve mRNA değişiklikleri belirlendi. Tedavi edilmemiş KA enjekte edilmiş farelerin plazma, beyin ve periferik organları, akut ve subkronik olarak BEZELYE ile tedavi edilen farelerin yanı sıra araç ve BEZELYE aracı kontrol fareleri her zaman 12,13 noktasında toplanmış ve bu moleküler analiz ile araştırılmıştır. Moleküler veriler, akut epilepsi evresinin ilerlemesini ve PEA'nın hafifletme potansiyelini çözmek için nöbet skorlamasıyla elde edilen davranışsal fenotiplerin yanı sıra nörodejeneratif süreçler hakkında immünhistokinetri türetilmiş verilerle ilişkiliydi.

<table><tbody><tr><td>12 (S) -HETE</td><td>Biomol</td><td>Cay10007248-25</td><td>Lipid Std</td></tr><tr><td>12 (S) -HETE-d8</td><td>Biomol</td><td>Cay334570-25</td><td>Lipid Std</td></tr><tr><td>1200 serisi LC Sistem</td><td>Agilent</td><td></td><td>Enstrümantasyon / LCMS</td></tr><tr><td>2100 Biyoanalizör</td><td>Agilent</td><td></td><td>Enstrümantasyon / qPCR</td></tr><tr><td>5 (S) -HETE-d8</td><td>Biomol</td><td>Cay 334230</td><td>Lipid Std</td></tr><tr><td>ABI 7300 Gerçek Zamanlı PCR döngüleyici</td><td>Uygulamalı Biyosistemler</td><td></td><td>Enstrümantasyon/qPCR</td></tr><tr><td>Asetonitril LC-MS Chroma Solv</td><td>Honeywell</td><td>9814920</td><td>Çözücü/LCMS</td></tr><tr><td>amber eppendorf tüpleri</td><td>Eppendorf</td><td></td><td>Numune Hazırlama</td></tr><tr><td>Analist 1.6.2 Yazılım</td><td>AB SCIEX, Darmstadt</td><td></td><td>Yazılım</td></tr><tr><td>Analitik terazi</td><td>Mettler Toledo</td><td></td><td>Enstrümantasyon/Numune hazırlama</td></tr><tr><td>Araşidonik Asit-d8 MS Standardı</td><td>Biomol</td><td>Cay-10007277</td><td>Lipid Std</td></tr><tr><td>Bessmann Doku Pulverizatörü</td><td>Spectrum Laboratories, Inc. (Breda, Hollanda)</td><td></td> <td>Enstrümantasyon / Numune hazırlama.</td></tr><tr><td>Bino</td><td>Zeiss</td><td></td><td>Mikroskopi</td></tr><tr><td>parçalanmış Kaspaz 3 antikor</td><td>Hücre Sinyalizasyonu</td><td>9661S</td><td>Mikroskopi</td></tr><tr><td>Kriyostat, Leica CM3050 S</td><td>Leica Biosystems</td><td></td><td>Enstrümantasyon/Numune hazırlama.</td></tr><tr><td>CTC HTC PAL otomatik numune alma cihazı</td><td>CTC Analytics AG</td><td></td><td>Enstrümantasyon/LCMS</td></tr><tr><td>Dumont Kavisli Forseps Dumoxel #7</td><td>FST</td><td>11271-30</td><td>Cerrahi Aletler</td></tr><tr><td>Dumont Forseps Süper ince uçlu #5SF (x2)</td><td>FST</td><td>11252-00</td><td>Cerrahi Aletler</td></tr><tr><td>EDTA 1000 A R&ouml; hrchen</td><td>Kabe Labortechnik</td><td>078001</td><td>Numune Hazırlama</td></tr><tr><td>EP-1 EconoPump</td><td>BioRAD</td><td>700BR07757</td><td>Enstrümantasyon/Numune hazırlama.</td></tr><tr><td>İnce Forseps Ayna Kaplama</td><td>FST</td><td>11412-11</td><td>Cerrahi Aletler</td></tr><tr><td>İnce İris Makas düz keskin</td><td>FST</td><td>14094-11</td><td>Cerrahi Aletler</td></tr><tr><td>İnce Makas Tungsten Karbür düz</td><td>FST</td><td>14568-09</td><td>Cerrahi Aletler</td></tr><tr><td>İris Spatula</td><td>FST</td><td>10094-13</td><td>Cerrahi Aletler</td></tr><tr><td>Kainik asit</td><td>Abcam</td><td>ab120100</td><td>Epileptik ilaç</td></tr><tr><td>Lipid View yazılımı</td><td>AB SCIEX, Darmstadt</td><td></td><td>Yazılımı</td></tr><tr><td>LPC 17:0</td><td>Avanis Polaris</td><td>855676P</td><td>Lipid Std</td></tr><tr><td>LPC 18:0</td><td>Avanis Polaris</td><td>855775P</td><td>Lipid Std</td></tr><tr><td>Luna 2,5&micro; m C18(2)- HAST 100A LC sütunu</td><td>Phenomenex</td><td>00D-4446-B0</td><td>Enstrümantasyon/LCMS</td></tr><tr><td>Büyüteç lambası</td><td>Maul GmbH</td><td></td><td>Enstrümantasyon/Numune hazırlama.</td></tr><tr><td>Metanol LC-MS Chroma Solv %99,9</td> <td>Honeywell</td><td>9814920</td><td>Solvent/LCMS</td></tr><tr><td>Motic Camara</td><td>Motic</td><td></td><td>Mikroskopi</td></tr><tr><td>MTBE</td><td>Honeywell</td><td>34875-1L</td><td>Solvent/LCMS</td></tr><tr><td>MultiQuant 3.0 kantitasyon yazılım paketi</td><td>AB SCIEX, Darmstadt</td><td></td><td>Yazılımı</td></tr><tr><td>NanoDrop 2000c Spektrofotometre</td><td>Termo Bilimsel</td><td></td><td>Enstrümantasyon/qPCR</td></tr><tr><td>PA 16:0-18:1</td><td>Avanis Polaris</td><td>840857P</td><td>Lipid Std</td></tr><tr><td>PA 17:0-14:1</td><td>Avanis Polaris</td><td>LM-1404</td><td>Lipid Std</td></tr><tr><td>Palmitoil Etanolamid</td><td>Biomol</td><td>Cay90350-100</td><td>Lipid Std</td></tr><tr><td>Palmitoil Etanolamid-d5</td><td>Biomol</td><td>Cay9000573-5</td><td>Lipid Std</td></tr><tr><td>PC 16:0-18:1</td><td>Avanis Polaris</td><td>850457P</td><td>Lipid Std</td></tr><tr><td>PC 16:0-18:1</td><td>Avanis Polaris</td><td>850457P</td><td>Lipid Std</td></tr><tr><td>PC 17:0-14:1</td><td>Avanis Polaris</td><td>LM-1004</td><td>Lipid Std</td></tr><tr><td>PE 16:0-18:1</td><td>Avanis Polaris</td><td>850757P</td><td>Lipid Std</td></tr><tr><td>PE 17:0-14:1</td><td>Avanis Polaris</td><td>LM-1104</td><td>Lipid Std</td></tr><tr><td>PG 16:0-18:1</td><td>Avanis Polaris</td><td>840457P</td><td>Lipid Std</td></tr><tr><td>PG 17:0-14:1</td><td>Avanis Polaris</td><td>LM-1204</td><td>Lipid Std</td></tr><tr><td>PI 17:0-14:1</td><td>Avanis Polaris</td><td>LM-1504</td><td>Lipid Std</td></tr><tr><td>Precelleys 24</td><td>Peqlab</td><td></td><td>Enstrümantasyon/Numune hazırlama.</td></tr><tr><td>Precellys Keramik-K&uuml; gelchen</td><td>Peqlab</td><td>91-pcs-ck14p</td><td>Numune Hazırlama</td></tr><tr><td>Precellys Stahlkugeln 2,8mm</td><td>Peqlab</td><td>91-PCS-MK28P</td><td>Numune Hazırlama</td></tr><tr><td>Precellys-keramik-kit 1,4 mm</td><td>VWR</td><td>91-PCS-CK14</td><td>Numune Hazırlama</td></tr><tr><td>Prostaglandin D2</td><td>Biomol</td><td>Cay 12010</td><td>Lipid Std</td></tr><tr><td>Prostaglandin D2-d4</td><td>Biomol</td><td>Cay 312010</td><td>Lipid Std</td></tr><tr><td>Prostaglandin E2</td><td>Biomol</td><td>Cay10007211-1</td><td>Lipid Std</td></tr><tr><td>Prostaglandin E2-D9</td><td>Biomol</td><td>Cay10581-50</td><td>Lipid Std</td></tr><tr><td>PS 17: 0-14: 1</td><td>Avanis Polaris</td><td>LM-1304</td><td>Lipid Std</td></tr><tr><td>Q Tuzağı 5500 Üçlü Dört Kutuplu Lineer İyon Tuzağı MS</td><td>AB SCIEX</td><td></td> AU111609004 <td>Enstrümantasyon/LCMS</td></tr><tr><td>Gerçek Zamanlı PCR Sistemi</td><td>Uygulayıcısı Biyosistem</td><td></td><td>Enstrümantasyonu/qPCR</td></tr><tr><td>Resolvin D1</td><td>Biomol</td><td>Cay10012554-11</td><td>Lipid Std</td></tr><tr><td>Rneasy Mini Kit - RNAaz İçermeyen DNaz Seti (50)</td><td>Qiagen</td><td>79254</td><td>Numune Hazırlama.</td></tr><tr><td>Güvenlik Görevlisi ön sütun</td><td>Phenomenex</td><td></td><td>Enstrümantasyon / LCMS</td></tr><tr><td>Shandon kapak plakaları</td><td>Thermo Fisher</td><td>72110017</td><td>Mikroskobu</td></tr><tr><td>Shandon sürgülü raf ve kapak</td><td>Thermo Fisher</td><td>73310017</td><td>Mikroskobu</td></tr><tr><td>SM 18:0</td><td>Avanis Polaris</td><td>860586P</td><td>Lipid Std</td></tr><tr><td>SM d18:1/12:0</td><td>Avanis Polaris</td><td>LM-2312</td><td>Lipid Std</td></tr><tr><td>Standart Forseps düz Pürüzsüz</td><td>FST</td><td>11016-17</td><td>Cerrahi Aletler</td></tr><tr><td>Cerrahi Makas ToughCut Standart Model</td><td>FST</td><td>14130-17</td><td>Cerrahi Aletler</td></tr><tr><td>T3000 Thermocycler</td><td>Biometra</td><td></td><td>Enstrümantasyon/qPCR</td></tr><tr><td>Tromboksan B2</td><td>Biomol</td><td>Cay19030-5</td><td>Lipid Std</td></tr><tr><td>Tromboksan B2-d4</td><td>Biomol</td><td>Cay319030-25</td><td>Lipid Std</td></tr><tr><td>Doku Lyser II</td><td>Qiagen / Retsch</td><td>12120240804</td><td>Enstrümantasyon / Numune hazırlama.</td></tr><tr><td>Doku Tek</td><td>Sakura Finetek</td><td>4583</td><td>Mikroskopi</td></tr><tr><td>Toluidinblau</td><td>Roth</td><td>0300.2</td><td>Mikroskopi</td></tr><tr><td>Vapotherm</td><td>Barkey</td><td>4004734</td><td>Enstrümantasyon/Numune hazırlama.</td></tr><tr><td>Wasser LC-MS Chroma Solv</td><td>VWR</td><td>9814920</td><td>Çözücü / LCMS</td></tr></tbody></table>

nörolojik hastalıklarda lipidomik ve transkriptomik

Lipidomics and Transcriptomics in Neurological Diseases

Lipitler, nörolojik hastalıklara elverişli beyin hakaretleri veya uyaranlar için birincil arayüz görevi görür ve hastalıkların başlangıcını ve ilerlemesini altı çizebilecek çeşitli sinyal veya ligand işlevine sahip lipitlerin sentezi için bir rezervuardır. Genellikle presemptomatik düzeyde değişen lipitler, ortaya çıkan bir ilaç hedefi ve biyobelirteç kaynağıdır. Birçok nörolojik hastalık, kısmen spesifik lipid sinyal sistemleri tarafından modüle edilen yaygın ayırt edici özellikler olarak nöroinflamatikasyon, nörodejenerasyon ve nöronal uyarılabilirlik sergiler. Çeşitli lipitlerin sentezinin birbirine bağımlılığı ve birbiriyle olan ilgisi, nörolojik bağlamların ortak yönlerini ve özgüllüklerini türetmek ve hastalığın başlangıç ve ilerlemesinin mekanistik yönlerinin çözülmesini hızlandırmak için çok yıllı, multienzim ve multireceptor bir analize neden olur. Lipid rollerinin farklı beyin bölgelerine abone olmak, nörolojik bir hastalıkla ilişkili lipid moleküler fenotip ve morfolojinin belirlenmesini ilerletir.
Burada sunulan, belirli bir nörolojik hastalık ve/veya durumla ilgili ayrı beyin bölgelerinden çıkarılan, işlevselliğinin altında bulunan enzimlerin ve mediatörlerin mRNA'sı ile birlikte membran lipitlerinin ve aşağı akış lipit sinyallerinin analizi için uygun modüler bir protokoldür. Doğru karşılaştırmalı lipidomik profilleme sağlamak için, iş akışları ve çalışma kriterleri aşağıdakiler için optimize edilmiş ve standartlaştırılmıştır: i) ilgi alanlarının beyin örneklemesi ve diseksiyonu, ii) birden fazla lipit sinyalinin ve membran lipitlerinin birlikte çıkarılması, iii) çift lipid/mRNA ekstraksiyonu, iv) sıvı kromatografisi çoklu reaksiyon izleme (LC/MRM) ve v) standart mRNA profilleme ile niceleme. Bu iş akışı, fonksiyonel olarak ayrı beyin alt bölgelerinin örneklemesi (yani beyin delme yoluyla) ile elde edilen düşük doku miktarları için elverişlidir, böylece doku heterojenliği ve/ veya hayvan değişkenliği nedeniyle multimoleküler analizde önyargıyı önler. Nörolojik hastalıkların periferik sonuçlarını ortaya çıkarmak ve nörolojik hastalık durumlarının çevirisel moleküler okumalarını oluşturmak, periferik organ örneklemesi, işleme ve bunların sonraki lipidomik analizlerinin yanı sıra plazma lipidomikleri de takip edilir ve açıklanır. Protokol akut epilepsi fare modelinde gösterilmiştir.

Açıklanan protokoller kümesi, hayvan modeli seçimi, örnekleme rotası, ekstraksiyon yöntemi ve profil oluşturma gibi amace özgü bir şekilde farklı düzeylerde birleştirilebilir (Şekil 1).
Akut epileptik nöbet durumu boyunca beyin ve periferde lipid düzeyi değişikliklerini belirlemek ve PEA'nın potansiyel antiepileptik etkisini ve beyin ve periferdeki lipidome değişiklikleri üze...

Bu makalede doku lipidomik ve transkriptomik için modüler bir protokol ve inflamasyon ve nöronal aktivitenin altında kalan lipitleri, membran lipitlerini, aşağı akış habercilerini ve lipid fonksiyonu altında bulunan mRNA kodlayıcı enzimleri/reseptörleri hedefleyen nörolojik hastalık fare modellerinde plazma lipidomikleri sunulmaktadır. Örnekleme, numune işleme, ekstraksiyon ve nicelik prosedürleri özetlenmiştir.

Nörolojik Hastalıklarda Lipidomik ve Transkriptomik

Lipids serve as the primary interface to brain insults or stimuli conducive to neurological diseases and are a reservoir for the synthesis of lipids with ...

Bu modüler protokol, örnek numune başına gelişmiş nicel ve nitel veri çıkışı ile ketum doku bölgelerinde ve kanda yapısal ve sinyal lipitleri ve/veya RNA'lar tarafından işlenen birden fazla moleküler olayı keşfetmeyi mümkün kılar. Yöntem herhangi bir deneysel model için geçerlidir ve insan doku örneklerine ve kana da uygulanabilir. Prosedürü gösterenler bir teknisyen olan Claudia Schwitter, yüksek lisans öğrencisi Julia Post ve grubumdaki bir postdoc olan Raissa Lerner olacak.Başlamak için, akut ve profilaktik olarak tedavi edilmiş kainik asit kaynaklı epilepsili farelerin daha önce izole edilmiş, bütün, donmuş beyinlerini alın. Beyinleri kriyostatın montaj sistemine monte edin. Kalınlığı 50 mikrometreye ayarlayın ve beyni ilgi çekici bölgeye yakın kırpma modunda dilimleyin.İlgi alanına yaklaşırken kalınlığı 18 ila 20 mikrometre olarak ayarlayın. İlginin alt kısmını lokalize etmek için, toluidin mavisi kullanarak beyin dilimlerini lekeleyin. Delik delmenin ilgi çekici bölgelerini belirlemek için lekeli dilimleri incelemek için bir mikroskop kullanın ve uygun beyin anatomik bölgelerini bulmak için referans olarak bir fare atlası kullanın.0,8 ila 1,0 milimetre çapında yumruklar almak

lipidomics-and-transcriptomics-in-neurological-diseases

Research

JoVE Journal

Neuroscience

Sinirbilim

Mikroglia merkezi sinir sisteminin savunma ve bağışıklık gözetim ilk satırı sağlamak makrofajlar ikamet ediyorsanız. MicroRNA aktivasyonu ve makrofaj farklılaşma da dahil olmak üzere bir çok fizyolojik süreçlerin önemli bir rol oynar düzenleyici moleküllerdir. Bu yazıda, mikroglia yılında microRNA ölçümü için bir yöntem sunduk.

Normal MSS Real-time PCR ve Nöro sırasında mikroglia içinde microRNA tespiti

Biz burada mRNA ekstraksiyonu ve saflaştırılması için işlemler ve metabolitlerin...

Transkript ve Metabolitler gelen saflaştırılması<em&gt; Drosophila</em&gt; Kafaları

Bu protokol, in vivo CNS numunelerin translatome incelemek amacıyla polyribosome fraksiyonasyon bölgesinin temel bir değişiklik göstermektedir. Bu, izolasyon ve bağlı RNA ribozom fraksiyonlarının toplam RNA ile karşılaştırılması, translasyon ve transkripsiyon düzenleme küresel değerlendirmesini sağlar.

Polyribosome Fraksiyonu tarafından Santral Sinir Sistemi Translatome in vivo sorguluyor

Biz klinik çeviri potansiyeli ile geliştirilen yüksek verim, multipleks ve hedeflenen proteomik beyin omurilik sıvısı (BOS) testi açıklar. Test böyle Apolipoprotein E varyantları (E2, E3 ve E4) olarak nörodejenerasyonun potansiyel belirteçleri ve risk faktörlerini, ölçmek ve onların allelik ifadesini ölçebilirsiniz.

Bir Yüksek Verimli, Çoklanmış ve Hedefli Proteomik BOS Deneyi nörodejeneratif Biyomarkerleri ve Apolipoprotein E İzoformları Durum belirlememize

Multipl skleroz tedavisi olmayan inflamatuar demyelleştirilme bir hastalıktır. Beyin dokusunun analizi, hastalığın patogenezini anlamak için önemli ipuçları sağlar. Burada Cleveland Clinic operasyonunda benzersiz bir hızlı otopsi programı ile toplanan MS beyin dokusu metodolojisi ve aşağı analiz tartışmak.

Multipl skleroz bireyler için kapsamlı otopsi programı

Protokol, klinik örneklerden elde edilen proteinlerin Çoklu Reaksiyon İzlemesi (MRM) için üçlü dörtlü kütle spektrometresi kullanımını sağlamayı amaçlamaktadır. Alınması gereken tüm önlemlerle klinik numuneler için numune hazırlamadan veri analizine kadar sistematik bir iş akışı sağladık.

İnsan Beyin Dokusundan Proteinlerin Çoklu Reaksiyon İzleme Tabanlı Tespiti Kullanılarak Nicel Proteomik İş Akışı

Bu protokolün amacı, matris yardımlı lazer desorpsiyon / iyonizasyon (MALDI) kütle spektrometrisi görüntülemesini kullanarak Drosophila beyni gibi küçük dokularda lipit ve metabolit analizi için uygun numune hazırlama konusunda ayrıntılı rehberlik sağlamaktır.

Matris Destekli Lazer Desorpsiyon/İyonizasyon Kütle Spektrometrisi Görüntüleme Kullanarak Drosophila Beyinde Hızlı Lipid Analizi için Örnek Hazırlama

DeepOmicsAE, çoklu omik verilerin boyutluluğunu azaltmak için bir derin öğrenme yönteminin (yani bir otomatik kodlayıcı) uygulanmasına odaklanan bir iş akışıdır ve birden çok omik veri katmanını temsil eden tahmine dayalı modeller ve sinyal modülleri için bir temel sağlar.

DeepOmicsAE: Alzheimer Hastalığında Sinyal Modüllerinin Proteomik, Metabolomik ve Klinik Verilerin Derin Öğrenme Analizi ile Temsil Edilmesi

Bu çalışma, Alzheimer hastalığı (AD) olan otuz üç bireyin tek çekirdekli transkriptomlarını analiz etti ve glial hücrelerde cinsiyete özgü DEG'leri ortaya çıkardı. Fonksiyonel zenginleştirme analizi sinaptik, nöral ve hormonla ilişkili yolakları vurguladı. Anahtar genler, yani NLGN4Y ve düzenleyicileri tanımlandı ve cinsiyete özgü AD için potansiyel terapötik adaylar önerildi.

Alzheimer Hastalığının Cinsiyet Özgüllüğü için Glial Transkriptom Profillerine Dayalı Biyobelirteç Tanımlaması

Burada, nörolojik bozukluklar için mikroRNA (miRNA) biyobelirteçleri için kaynak olarak küçük hücre dışı veziküller elde etmek için minimum miktarda taze donmuş beyin dokusu kesitleri ve boyut dışlama kromatografisi ile birlikte erişilebilir bir yüksek hızlı santrifüjleme yöntemi kullanan bir protokol oluşturuyoruz.

Taze Dondurulmuş İnsan Beyninin Bölümlerinden Salınan Küçük Hücre Dışı Veziküllerde MikroRNA Yüklerinin Gücünden Yararlanma 

Öğrenin, fare epilepsi modelinde lipidomik ve transkriptomik analiz yöntemlerini. Bu protokol, sinirsel hastalıklarda lipit ve RNA etkileşimlerini incelemek için eşzamanlı örnekleme ve ekstraksiyon teknikleri sunar.

Nörolojik Hastalıklarda Lipidomik ve Transkriptomik

Daha fazla video keşfet